Да, у меня самого возник вопрос.  
В чем хитрость, не смог разобраться (это из Вашей сылки):

Traditionally, allele specific PCR (ARMs) has been shown to work by a number of groups worldwide. A number of improvements to this technique have been made in the past few years. The most significant of these is the use of 3' - 5' exonuclease deleted Taq DNA polymerases. These deleted Taq's increase the discriminating power of the technique, however the technique can still suffer from extension of the incorrect allele, providing false positive signals. KBiosciences has perfected this technique by employing a novel form of allele specific PCR that is distinct and different from ARMS. This increases the robustness and discriminating power of the technique and is currently in use on a daily basis at our facility.

Благодарю заранее.

  Размеры финансирования? Коммерческий проект?Специализация лабы? Вы даете источник - это Ваша фирма?  Ну кто может на такой вопрос ответить, не владея этой информацией. Пардон, за нескромные вопросы.
Я понимаю из Вашей сылки, что фирма эта Ваша и этой продукцией Вы вледеете? KlearTaq - это аналог KlenTaq? Тогда флаг Вам в руки - аллельспецифик.  Я сам люблю ТетраПраймер ARMS ковыряться. 300 СНИПов аллельспецифик прогоните и будете суперспециалистом.

А если более конкретные вопросы, с удовольствием отвечу. Удачи!

  KBioscience IMHO is using Amplifluors under different name. Phil Robinson used to work at GSK (Harlow) and he was a big time user. He moved on to KB and continued there. Check, for example, these

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1534256...Pubmed_RVDocSum

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1508111...Pubmed_RVDocSum

  
Thanks a lot! I spoke to KB people last night, and they say openly that they, po-russki govorya, sp#%dili the principle using a hole in the patent.

  Просто интересно. В какую сумму вы оцениваете такой проект? Это же только праймеров сколько надо.

  Доброго времени суток. Есть 900 образцов и около 300 СНИПов. Думаю как это лучше прогнать: заказать Illumina GoldenGate assay, сделать SBE in house (есть Beckman CEQ) или попробовать AS-PCR: http://www.kbioscience.co.uk/chemistry/kas...istry-intro.htm. Матчасть читал, хотелось бы услышать что народ думает.

  Primers are so cheap now this should be the least of your concerns. A reasonable price for reagents will be no more than 10-15 cents per genotyping reaction.

  Понятно.
Т.о. по цене $0,15 стоимость по реагентам получается $40500 за 300 полиморфизмов в каждом из 900 образцах.

  Unless you would prefer to run every reaction in triplicate. On the other hand, you can minituarise your scale. If you plan to run some serious genotyping in the future, you should at least switch to 384 format and cut down your volume. This will require some investmens, like automatic pipetting stations, but if you go for larger scale this is inevitable. For your current scale I will still stick to 96 well plates/8 uL rxns.

In 2002-2004 we supplied GSK at the price of 10 cents per rxn, assuming they ran 8 uL rxns. If you can find a cheaper maker of Amplifluor in Russia (which I suspect can be done) it will obviously cost you less.

  http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=15601992

  Роугхлы тхе саме стуфф И дид он Луминех.

Тхере аре тщо киндс оф генотыпинг, мы фриенд, оне щитх маны СНПс анд оне щитх маны самплес. И алреады цомментед тхат суч мултиплехинг онлы паыс офф ёу хаве фещ СНПс бут маны самплес.

   Юр - у тебя термин "приблезительно" что означает ?
на Люминексе мултиплексы 250-750 СНИпов на реакцию     

  Офф цоурсе, Луминех цан таке фещер СНПс. Бут тхе процесс оутлине ис абоут тхе саме. Анд тхе тыпес оф проэцтс щоулд бе тхе саме ас щелл.

   процесс совсем не такой у Аффи и Люминекса- аффи гибридизует
на матч-мисматч олиги хай денсити чипах - люминекс демултиплицирует минисиквенс-аллелеспец протяжку таг-антитаг микросферами на проточном цитометре 

  " Еач пример ис цомпосед оф цоммон сеяуенце ат тхе 5′ енд фоллощед бы лоцус-специфиц сеяуенце ат тхе 3′ енд. Фоллощинг а примары реацтион ин щхич лоцус-специфиц продуцтс аре генератед, а сецондары универсал амплифицатион ис царриед оут усинг а генериц пример паир цорреспондинг то тхе олигонуцлеотиде анд геномиц ДНА адаптер сеяуенцес. Аллеле дисцриминатион ис ачиевед бы хыбридизатион то хигх-денситы ДНА олигонуцлеотиде арраыс"

Тхис ис ехацтлы тхе аппроач И усед. И ам нот цлаиминг И инвентед ит, БТЩ, бут тхис ис щхат И дид.

   ну сначала по тексту рестрикция и лигирование адаптеров как в АФЛП
типа лигейшн медиейтед пцр ЛМ-ПЦР
локус праймеры - чтоб локусы а чтоб Люминекс использовал Аффи-чипы -
первый раз слышу 

   процесс совсем не такой у Аффи и Люминекса- аффи гибридизует
на матч-мисматч олиги хай денсити чипах - люминекс демултиплицирует минисиквенс-аллелеспец протяжку таг-антитаг микросферами на проточном цитометре 

  Как устроены хай денсити чипы для гибридизации? Контроли (гетеро-, гомозиготы, бланки) как наносятся и как это выглядит? Привет. Пардон за глупый вопрос.

  Как устроены хай денсити чипы для гибридизации? Контроли (гетеро-, гомозиготы, бланки) как наносятся и как это выглядит? Привет. Пардон за глупый вопрос.

  привет  это дядя Федор из Аффиметрикса лучше знает 
http://www.pubmedcentral.nih.gov/picrender...22&blobtype=pdf

  Спасибо. Все понятно.  У меня возникла идея создания "народных чипов"
в виде обычных 96 ПЦР-плашек под Степана+ на нужный набор СНП.   

   ТакМан МГБ СНП стоит у АБИ 330 евро на 1200 реакций 25 микролитров в
96 плашке  покупаеш нужный набор и вперед 

  Такого добра своего девать некуда.

   и ктож наладил синтез TaqManMGB ?

  Спрашиваю у спецов - говорят могут.   "Но мы пойдем другим путем".

   Привет  "Нормалъные герои всегда идут в обход" (ц)
"В обход идти понятно не очень то легко , не оченъ то приятно и очень далеко " (ц)

  Спрашиваю у спецов - говорят могут.   "Но мы пойдем другим путем".

   2Х ФастМикс от АБИ - типа 5 микролитров микса (хотстарт полимераза + ДНТП +
буффер + магний)  а потом 5 микролитров воды праймеров и матрицы
стоит 86 евриков на 500 реакций - кабы твои пути тебя не обанкротили 

  Это все без праймеров-проб столько стоит?   Если так, это несравнимые вещи - я лучше "за......сь чем этот кит куплю .

  Это все без праймеров-проб столько стоит?   Если так, это несравнимые вещи - я лучше "за......сь чем этот кит куплю .

  позвони ферментасу - почем они 2х ФастМикс на 20 мкл реакции в России торгуют 

  позвони ферментасу - почем они 2х ФастМикс на 20 мкл реакции в России торгуют 

  Ты мне скажи лучше, нужна мне эта хреновина к ВЕРИТИ (держись за хвост своей кобыли )
9 Чаннел Температуре Верифицатион Кит фор ВериФлех™ 96-Щелл, 0.2 мЛ Сампле Блоцк 1 кит

  Ты мне скажи лучше, нужна мне эта хреновина к ВЕРИТИ (держись за хвост своей кобыли )
9 Чаннел Температуре Верифицатион Кит фор ВериФлех™ 96-Щелл, 0.2 мЛ Сампле Блоцк 1 кит

   ну я брал 0.1 мл блок на низкий профиль потому как Степан
на 0.1 . 0.2 мл енто типа градиентной АБИ9700 ускоренной без кнопочек 
будеш пальцем тыкать в дисплей 
АБИшников я термопарил по смеси - как ни странно НЕ ВРУТ в отличие от
других  так-что через годик на рынке тока АБИ и останется 

  еще у верити откидная горячая крышка а не дуратская скользячая как на
аби9700-9800  мона одним пальчиком закрывать 

  Верита попадет в историю - теперь Гамильтон со своими роботами откажутся от БиоРада (МЙ) со своми откидными крышками. Во всяком случае, мне так объяснили - из-за откидных крышех комплектовали ЭмЖей, а не АБИ.

  скорее пошлют гамилтона и биорада - геном человека закончилси а на новых сиквенаторах геномов вся эта роботизированная бодяга не нужна 

  Ты меня не убивай - я только на 02 и Вериту и Степана и два 9700 (они и так 02).   Так практика диктует, мне в массы нужно продвигать. Короче, там видно будет. Не делаю я крупную ошибку? Деньги еще не ушли.

  степанов на о.2 не бывает

  Я заказал рекомендуемые плашки  
МицроАмп™ Фаст Оптицал 48-Щелл Реацтион Плате 20 платес  4375816

  ну и что - это низкопрофильные высотой 1.5 см и называются 0.1 
0.2 - высотой 2 см -привет 

  Может быть Верту 01 купить, вместо 02.    Неужели программы не будут стыковаться? Привет.

  0.2 медленней похоже - я брал 0.1 от греха подальше 

  Я знаю, что медленнее. Короче, до завтра решу какой брать - целый месяц хожу воуруг да около.