Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Next-gen секвенирование в России -- Оно уже есть, или как? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: RJ Dio, Bern55
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 02.07.2008 21:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Слышал, что в России сейчас обсуждается уже более 10 проектов по созданию центров геномного секвенирования wall.gif , работа которых будет построена на использовании секвенаторов нового поколения (FLX, 1G, и SOLiD). В числе соискателей финансирования подобных проектов упоминались Е.Д.Свердлов, К.Г.Скрябин, Н.А.Колчанов, ИМБ, ММА и другие академические и медицинские организации. Буду очень признателен за любые подробности mol.gif .
Участник оффлайн! k7riYg
Участник



 прочитанное сообщение 02.07.2008 23:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

В ноябре прошлого года Скр. говорил о GS20 так, как будто бы тот уже у него в кармане (хотя как бы он там поместился confused.gif )
Однако пока его нет. Что, впрочем, неудивительно.

Сообщение было отредактировано k7riYg - 02.07.2008 23:33
Guest
IP-штамп: frlbfbSqS0Xpc
гость



 прочитанное сообщение 02.07.2008 23:36     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

К настоящему моменту куплены/покупаются минимум 3 системы FLX (у Скрябина, в НПЦ медпомощи детям и еще где-то в Москве). G2 планируется купить для НПЦ медпомощи детям, SOLiD - для Власовского НИИ в Новосибирске. Реально не работает еще ни один прибор. К концу года ситуация должна измениться, т.е. хоть что-то заработает.

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): genseq, СашаКазаров
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.07.2008 08:01     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(k7riYg @ 02.07.2008 20:33)
Ссылка на исходное сообщение  В ноябре прошлого года Скр. говорил о GS20 так, как будто бы тот уже у него в кармане  (хотя как бы он там поместился  confused.gif )
Однако пока его нет. Что, впрочем, неудивительно.


GS20 (пиросеквенатор Roche/454) был установлен и запущен в Центре "Биоинженерия" РАН у К.Г.Скрябина к конце ноября или в начале декабря прошлого года. beer.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.07.2008 15:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Если за пол года пиросеквенатор GS20 запускался 10 раз, то это 1...2 раза в месяц rolleyes.gif . Продолжительность рабочего цикла у него, если не ошибаюсь, 4,5 часа, т.е. при нормальной эксплуатации его можно запускать 2 раза в день (4 раза в сутки) umnik.gif . Тогда при нормальной эксплуатации за пол года должно было "набежать" ~250 (до 500) рабочих циклов, что в 25...50 раз больше нынешнего показателя frown.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 07.07.2008 15:11
Участник оффлайн! NameN1
Участник



 прочитанное сообщение 07.07.2008 14:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(genseq @ 06.07.2008 20:45)
Ссылка на исходное сообщение  Если за пол года пиросеквенатор GS20 запускался 10 раз, то это 1...2 раза в месяц rolleyes.gif . Продолжительность рабочего цикла у его, если не ошибаюсь, 4,5 часа,  т.е. при нормальной эксплуатации его можно запускать 2...4 раза в день umnik.gif .

были бы деньги
У нас как водится покупают прибор "шобы было", а потом репу чешут - что бы такое выдающееся на нем сделать. Пока чешут - нужно будет новый брать "шобы было", потому как дешевле быстрее престижнее...
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 07.07.2008 15:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

это не совсем так... Рабочий цикл около трех суток. Конечно же не самого секвенирования, а общий. Приготовление библиотек, титрование- это тоже целый день... Так что, чтобы работать по два цикла в день нужно, чтобы параллельно шло около шести задач при 24 часовом рабочем дне. Реальность работы с 454 такова, что приблизительно можно делать один полноценный цикл в неделю. Более того, именно на это рассчитан и "промывочный цикл", его нужно проводить, если прибор проставивает более 7 дней. Так что раз в неделю, господа, ... раз в неделю.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.07.2008 21:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(Guest @ 07.07.2008 12:58)
Ссылка на исходное сообщение  это не совсем так... Рабочий цикл около трех суток. Конечно же не самого секвенирования, а общий. Приготовление библиотек, титрование- это тоже целый день... Так что, чтобы работать по два цикла в день нужно, чтобы параллельно шло около шести задач при 24 часовом рабочем дне. Реальность работы с 454 такова, что приблизительно можно делать один полноценный цикл в неделю. Более того, именно на это рассчитан и "промывочный цикл", его нужно проводить, если прибор проставивает более 7 дней. Так что раз в неделю, господа, ... раз в неделю.


Производительность прибора определяется не расторопность обслуживающего персонала, а продолжительностью рабочего цикла, в течение которого автомат считывает информацию с проточной ячейки. Для GS20 это 4,5 часа. Для FLX - 7,5 часов. Для GA - 2...3 суток при одинарном чтении и 4...6 суток при парном. Для SOLiD - 10 суток при парном чтении (недавно было 6 суток, но они ввели фосфатазную обработку и продолжительность увеличилась).

Ну, а если для простаивающего более недели прибора требуется промывочный цикл, то это просто означает, что работать нужно без простоев.

Впрочем, спасибо за информацию. Как сказал в соседней теме Guest1, у каждого метода секвенирования есть свой "скелет в шкафу", и информация о подобных "скелетах" очень полезна wink.gif .
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.07.2008 22:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

"Нужна популяризация de novo секвенирования в российских нии, вузах, ак институтах. Тогда это может создать большую загрузку прибора."

Один из лучших способов популяризации - это данный форум. Если есть желание загрузить имеющийся GS20 работой, то сообщите расценки и/или дайте контактную информацию wink.gif .
P
IP-штамп: frscmOm8kzwA6
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.07.2008 01:52     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

http://genomics.ucr.edu/about/reports/Sequ...n1207_Table.pdf

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): qawsedrf
P
IP-штамп: frscmOm8kzwA6
гость



 прочитанное сообщение 08.07.2008 01:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

это сравнение разных next gen секвенаторов по цене и времени и тп

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 08.07.2008 15:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(P @ 07.07.2008 22:52)

Прикольно - 50 runs в год машинки ценою в 500k$+расходники+зарплата+аренда+ещё что-нибудь. Как же может получиться $1000 за ген/паспорт индивидума ?

Может быть лучше и дешевле SNP?
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.07.2008 18:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

SNP дешевле, и для непритязательных клиентов, конечно, лучше. Но здесь обсуждаются технологии другого уровня. Про 1000$ речь пока не идёт, но за 40 тыс. евро (SOLiD) и 60 тыс.$ (Illumina) геном уже сделали. Правда, при этом подсчитали только стоимость реактивов, да и повторностей маловато, но лиха беда - начало.

Как там с разработкой отечественных расходников для пиросеквенирования? Уже забросили эту идею, или можно не терять надежду?
Участник оффлайн! чайник555
Постоянный участник
Сибир-р-р-ръ



 прочитанное сообщение 10.07.2008 13:04     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Сделать можно, но кто купить? Объём рынка пока оптимизма не внушает, чтобы под него затачиваться...
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.07.2008 11:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Итак, в России пока есть только один GS20, который за 8 месяцев своего существования запускался 10 раз.

Есть другие мнения (а также замечания, дополнения и предложения)?
Guest
IP-штамп: frgIWK0EL18EY
гость



 прочитанное сообщение 12.07.2008 14:14     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(genseq @ 12.07.2008 10:37)
Ссылка на исходное сообщение  Итак, в России пока есть только один GS20, который за 8 месяцев своего существования запускался 10 раз.

Есть другие мнения (а также замечания, дополнения и предложения)?

Можно я скажу wink.gif Я не верю, что машинка запускалась в 10 раз no.gif , допускаю, что была попытка ОДИН раз на стартовых реактивах. mad.gif Я имею еще много чего сказать, но пока воздержусь, с Вашего позволения. smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.07.2008 12:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

(Guest @ 03.07.2008 13:49)
Ссылка на исходное сообщение  заметьте, что 454 в ЦБ уже работает как полгода... всего сделали около 10 прогонов. ПО слухам каждый прогон был около 130 миллионов нуклеотидов, что не очень плохо... Относительно GAII/SOLID- не шумите.. все будет...


Не вижу оснований для недоверия к информации. представленной уважаемый Guest_ом wink.gif . Он явно знаком с людьми, приближёнными к GS20 в центре "Биоинженерия" РАН. Также яно и то, что сам он далёк от данной проблемы. Об этом свидетельствует приведённая им цифра для прогонов - ~130 млн. нуклеотидов. Дело в том, что рабочий цикл на на GS20 даёт примерно 100 тыс. последовательностей длиной порядка 100 оснований. При этом общая производительнрость составляет примерно 10 млн. оснований wall.gif . У более продвинутой модели FLX количество считываемых последовательностей увеличено до 400 тыс., а их длина превышает 200 оснований. В результате производительность рабочего цикла может достигать 100 млн. оснований.

Скорее всего. приведённая Гостем цифра "~130" млн. характеризовала общую длину ДНК, которая была оцифрована за 10 прогонов, "что очень неплохо" (по его же словам), поскольку превышает среднюю расчётную производительность данного прибора для данного количества циклов umnik.gif .
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 15.07.2008 17:19     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

В биоинженерии стоит FLX. За один прогон он, действительно, по расчетам должен делать около 100 млн. Я лично видел обработку результатов, которую делал Genomatix, по данным коллег из ЦБ. 138 миллионов за один прогон. Относительно других прогонов ручаться не могу. Говорят, что за 10 прогонов сделали уже больше миллиарда нуклеотидов....

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.07.2008 17:46     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

(Guest @ 15.07.2008 17:19)
Ссылка на исходное сообщение  В биоинженерии стоит ФЛХ. За один прогон он, действительно, по расчетам должен делать около 100 млн. Я лично видел обработку результатов, которую делал Геноматих, по данным коллег из ЦБ. 138 миллионов за один прогон. Относительно других прогонов ручаться не могу. Говорят, что за 10 прогонов сделали уже больше миллиарда нуклеотидов....


В ГАТЦе мне показывали , как 454 воспроизводимо "недосчитует" или "пересчитует"
3-5 одинаковых букв подряд - ААААА!!!!!!!
эти участки они пересеквинируют Иллуминой-Солексой при де ново секвенсах.
Пересеквенировать "подозрителъные" места капиллярниками - самасшедствие smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.07.2008 09:58     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

(genseq @ 16.07.2008 08:33)
Ссылка на исходное сообщение  Спасибо за информацию. Если ФЛХ, то всё сходится beer.gif .

smile.gif
Что 138 лимонов за прогон ? Это значит , что 38 лимонов в туалет потому как
скорее всего куча ошибок с коротких и длинных ридов .
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.07.2008 13:39     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

(genseq @ 07.07.2008 22:43)
Ссылка на исходное сообщение  "Нужна популяризация de novo секвенирования в российских нии, вузах, ак институтах. Тогда это может создать большую загрузку прибора."

Один из лучших способов популяризации - это данный форум. Если есть желание загрузить имеющийся GS20 работой, то сообщите расценки и/или дайте контактную информацию wink.gif .


Plant Physiol. 2008 Jan;146(1):32-44. Epub 2007 Nov 16.Click here to read Click here to read Links
Transcript profiling by 3'-untranslated region sequencing resolves expression of gene families.
Eveland AL, McCarty DR, Koch KE.

Department of Horticultural Sciences, Plant Molecular and Cellular Biology Program, Genetics Institute, University of Florida, Gainesville, FL 32611, USA.

Differences in gene expression underlie central questions in plant biology extending from gene function to evolutionary mechanisms and quantitative traits. However, resolving expression of closely related genes (e.g. alleles and gene family members) is challenging on a genome-wide scale due to extensive sequence similarity and frequently incomplete genome sequence data. We present a new expression-profiling strategy that utilizes long-read, high-throughput sequencing to capture the information-rich 3'-untranslated region (UTR) of messenger RNAs (mRNAs). Resulting sequences resolve gene-specific transcripts independent of a sequenced genome. Analysis of approximately 229,000 3'-anchored sequences from maize (Zea mays) ovaries identified 14,822 unique transcripts represented by at least two sequence reads. Total RNA from ovaries of drought-stressed wild-type and viviparous-1 mutant plants was used to construct a multiplex cDNA library. Each sample was labeled by incorporating one of 16 unique three-base key codes into the 3'-cDNA fragments, and combined samples were sequenced using a GS 20 454 instrument. Transcript abundance was quantified by frequency of sequences identifying each unique mRNA. At least 202 unique transcripts showed highly significant differences in abundance between wild-type and mutant samples. For a subset of mRNAs, quantitative differences were validated by real-time reverse transcription-polymerase chain reaction. The 3'-UTR profile resolved 12 unique cellulose synthase (CesA) transcripts in maize ovaries and identified previously uncharacterized members of a histone H1 gene family. In addition, this method resolved nearly identical paralogs, as illustrated by two auxin-repressed, dormancy-associated (Arda) transcripts, which showed reciprocal mRNA abundance in wild-type and mutant samples. Our results demonstrate the potential of 3'-UTR profiling for resolving gene- and allele-specific transcripts.
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  16.07.2008 13:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

http://www.plantphysiol.org/cgi/reprint/146/1/32
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.07.2008 15:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

(Guest1 @ 16.07.2008 06:58)
Ссылка на исходное сообщение  smile.gif
Что 138 лимонов за прогон ?  Это значит , что 38 лимонов в туалет потому как
скорее всего куча ошибок с коротких и длинных ридов .


Ясное дело, жемчуг мелковат weep.gif . Нам бы их проблемы. У нас-то пока даже супчик жидковат wink.gif .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 24.07.2008 09:16     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

(genseq @ 17.07.2008 14:06)
Ссылка на исходное сообщение  Ясное дело, жемчуг мелковат weep.gif . Нам бы их проблемы. У нас-то пока даже супчик жидковат wink.gif .


http://www.genome.org/cgi/reprint/18/1/161
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 27.07.2008 15:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Наткнулся на майский пресс-релиз фирмы Applied Biosystems, посвящённый прогрессу технологии SOLiD:
1. В институте Бродов (Broad Institute) запустили пару секвенаторов и сделали 50 млрд.п.о. за 6 недель shuffle.gif .
2. К концу этого периода довели производительность до 13,4 млрд.п.о. за цикл rolleyes.gif .
3. В самой фирме ABI выход достигает 17 млрд. п.о. за цикл frown.gif .
4. Продолжительность цикла уменьшилась, но не признаются, на сколько конкретно weep.gif .
5. В 2009 году планируют увеличить длину секвенирования до 50 п.о. (50х2 п.о. при парном чтении) wall.gif .

Всё идёт к тому, что в следующем году будут читать геном человека за один заход jump.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 27.07.2008 15:23

Файл/ы:

SOLiD_Proof.pdf
размер: 39.07к
кол-во скачиваний: 12
27.07.2008 — 10.08.2008

Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.07.2008 17:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

1: Nat Methods. 2008 Jul;5(7):613-9.


Stem cell transcriptome profiling via massive-scale mRNA sequencing.
Cloonan N, Forrest AR, Kolle G, Gardiner BB, Faulkner GJ, Brown MK, Taylor DF, Steptoe AL, Wani S, Bethel G, Robertson AJ, Perkins AC, Bruce SJ, Lee CC, Ranade SS, Peckham HE, Manning JM, McKernan KJ, Grimmond SM.

Expression Genomics Laboratory, Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland, 306 Carmody Road, St. Lucia, Queensland, 4072, Australia.

We developed a massive-scale RNA sequencing protocol, short quantitative random RNA libraries or SQRL, to survey the complexity, dynamics and sequence content of transcriptomes in a near-complete fashion. This method generates directional, random-primed, linear cDNA libraries that are optimized for next-generation short-tag sequencing. We surveyed the poly(A)(+) transcriptomes of undifferentiated mouse embryonic stem cells (ESCs) and embryoid bodies (EBs) at an unprecedented depth (10 Gb), using the Applied Biosystems SOLiD technology. These libraries capture the genomic landscape of expression, state-specific expression, single-nucleotide polymorphisms (SNPs), the transcriptional activity of repeat elements, and both known and new alternative splicing events. We investigated the impact of transcriptional complexity on current models of key signaling pathways controlling ESC pluripotency and differentiation, highlighting how SQRL can be used to characterize transcriptome content and dynamics in a quantitative and reproducible manner, and suggesting that our understanding of transcriptional complexity is far from complete.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.08.2008 12:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

В общем, рубеж в 10 Gb за рабочий цикл уже преодолён. При десятикратном чтении на геном человека требуется всего 6 циклов.

Недавно смотрел Y-хромосому Уотсона. Его геном прочли шестикратно. Очень дырявая картинка! Аутосомы выглядят лучше, т.к. для Y-хромосомы чтение оказалось не более, чем троекратным.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  04.08.2008 16:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

With 15 GB on GA II and Avantome Buy,
Illumina Confident in Next-Gen Battle

[July 29, 2008]

By Julia Karow

Internally, through improvements in the chemistry and software, Illumina is now able to generate 15 gigabases of sequence data per run on its Genome Analyzer, and it has “clearly defined a roadmap to reach 20 gigabases or beyond by the end of this year.”
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2008 17:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

(genseq @ 05.08.2008 13:48)


Откуда этот Мустафа взялся ? confused.gif

Illumina to Buy Avantome for Up to $60M;
Long, Cheap Reads Will Target Sanger

[July 29, 2008]

By Julia Karow

The company was co-founded by Mostafa Ronaghi, a principal investigator at the Stanford Genome Technology Center. He is one of the inventors of pyrosequencing and a previous collaborator of Illumina. Illumina hopes that the new technology, which may compete with 454’s platform, will complement its Genome Analyzer.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2008 18:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

Иранец. Был рабочей лошадкой (аспирантом) в шведской лаборатории, занимавшейся люминометрическим определением пирофосфата. Под чутким руководством неспешных шведов быстро довёл до работоспособного состояния технологию пиросеквенирования и защитил на этом диссертацию.

Шведы продолжили ковыряться с планшетным пиросеквенированием, а американцы (454) тем временем занялись технологией параллельного пиросеквенирования, которая привела к появлению первого коммерческого геномного секвенатора GS20.

Ну, а Mostafa тем временем переметнулся в Стэнфорд и сконцентрировал усилия на совершенствовании параллельной технологии секвенирования. В прошлом году грозился всех переплюнуть, но вместо того, чтобы "плеваться", продал свою фирмочку Иллюмине за 60 млн.$.
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2008 19:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

(genseq @ 05.08.2008 18:55)
Ссылка на исходное сообщение  Иранец. Был рабочей лошадкой (аспирантом) в шведской лаборатории, занимавшейся люминометрическим определением пирофосфата. Под чутким руководством неспешных шведов быстро довёл до работоспособного состояния технологию пиросеквенирования и защитил на этом диссертацию.

Шведы продолжили ковыряться с планшетным пиросеквенированием, а американцы (454) тем временем занялись технологией параллельного пиросеквенирования, которая привела к появлению первого коммерческого геномного секвенатора ГС20.

Ну, а Мостафа тем временем переметнулся в Стэнфорд и сконцентрировал усилия на совершенствовании параллельной технологии секвенирования. В прошлом году грозился всех переплюнуть, но вместо того, чтобы "плеваться", продал свою фирмочку Иллюмине за 60 млн.$.


Ну и где "амналитические выводы" ? confused.gif
Что Иллумина в пиросеки решила тоже податся ? smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.08.2008 22:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

Кто-то доказывал, что SBS нужно использовать в сочетании с пиросеквенированием. Они неплохо дополняют друг друга.
Guest
IP-штамп: frP9xo7vsDH2c
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 04:12     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

По-моему, логичнее и перспективнее внедрить reversible terminators в пиросеквенирование.

http://www.pnas.org/content/104/42/16462.full

Всем приветsmile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 08:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

Терминаторы устраняют проблемы с гомогенными повторами, но замена нативных субстратов модифицированными создаёт другие проблемы shuffle.gif :
1. Необходимость использования "хитрых" полимераз типа "9°N polymerase (exo-)A485L/Y409V" wall.gif .
2. Низкая эффективность включения модифицированных субстратов даже с такими полимеразами wall.gif .
3. Значительное удорожание реагентов wall.gif .

Кстати, о реагентах. В технологии Illumina терминирование обязательно, но обеспечивает его не модификация 3'-OH, а флуорофоры, соединёные с основаниями классическим способом - через 7-углерод у пуринов или 5 у пиримидинов. Правда, не все флуорофоры способны терминировать полимеразную реакцию, и не все полимеразы способны "переварить" такую модификацию, но это уже секреты фирмы frown.gif .

По-видимому, именно этим и объясняется интерес Illumina к пиросеквенированию и то, что они не пожалели на приобретение разработчика этой технологии 60 млн.$ rolleyes.gif .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 09:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 07:50)
Ссылка на исходное сообщение  Терминаторы устраняют проблемы с гомогенными повторами, но замена нативных субстратов модифицированными создаёт другие проблемы shuffle.gif :
1. Необходимость использования "хитрых" полимераз типа "9°Н полымерасе (ехо-)А485Л/Ы409В" wall.gif .
2. Низкая эффективность включения модифицированных субстратов даже с такими полимеразами wall.gif .
3. Значительное удорожание реагентов wall.gif .

Кстати, о реагентах. В технологии Иллумина терминирование обязательно, но обеспечивает его не модификация 3ь-ОХ, а флуорофоры, соединёные с основаниями классическим способом - через 7-углерод у пуринов или 5 у пиримидинов. Правда, не все флуорофоры способны терминировать полимеразную реакцию, и не все полимеразы способны "переварить" такую модификацию, но это уже секреты фирмы frown.gif .

По-видимому, именно этим и объясняется интерес Иллумина к пиросеквенированию и то, что они не пожалели на приобретение разработчика этой технологии 60 млн.$  rolleyes.gif .


Мне кается , что 60 лимонов налом сильно смахивает на покупку футболистов smile.gif
Так сказать - новые технологии в приобретении "научных кадров" -
можно попробовать внедрить в России smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 09:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 07:50)
Ссылка на исходное сообщение  Терминаторы устраняют проблемы с гомогенными повторами, но замена нативных субстратов модифицированными создаёт другие проблемы shuffle.gif :
1. Необходимость использования "хитрых" полимераз типа "9°Н полымерасе (ехо-)А485Л/Ы409В" wall.gif .
2. Низкая эффективность включения модифицированных субстратов даже с такими полимеразами wall.gif .
3. Значительное удорожание реагентов wall.gif .

Кстати, о реагентах. В технологии Иллумина терминирование обязательно, но обеспечивает его не модификация 3ь-ОХ, а флуорофоры, соединёные с основаниями классическим способом - через 7-углерод у пуринов или 5 у пиримидинов. Правда, не все флуорофоры способны терминировать полимеразную реакцию, и не все полимеразы способны "переварить" такую модификацию, но это уже секреты фирмы frown.gif .

По-видимому, именно этим и объясняется интерес Иллумина к пиросеквенированию и то, что они не пожалели на приобретение разработчика этой технологии 60 млн.$  rolleyes.gif .


Эта "фирма рога-и-копыта" ну ясен пень оформлялась под покупку Мустафы. smile.gif
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 09:45     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 08:03)
Ссылка на исходное сообщение  Мне кается , что 60 лимонов налом сильно смахивает на покупку футболистов  smile.gif
Так сказать - новые технологии в приобретении "научных кадров" -
можно попробовать внедрить в России  smile.gif

Блин, кто-бы меня купил, ну хотя бы за ... 10 лимонов. weep.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 10:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #38 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 08:45)
Ссылка на исходное сообщение  Блин, кто-бы меня купил, ну хотя бы за ... 10 лимонов. weep.gif


smile.gif у меня тут такие "прогрессивные налоги" с научной зряплаты, что если их
применить к московским миллиардерам - Москва опустеет на следующий день smile.gif
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 13:42     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #39 множественное цитирование

проблема в том, что Иллюмина хочет дополнить свои секвенаторы, которые дают короткие риды, пиросеквенатором типа 454, который дает относительно длинные риды. По расчетам группы Леви и Вентора для сборки генома необходимы риды не менее 170 нуклеотидов. Комбинирование дешевого "короткого чтения" с дорогим, но "длинным" пиросеквенированием- это то, что стоит сегодня на повестке дня для любой геномной лаборатории. Конечно же можно купить и 454 и Иллюмину, но последняя хочет предложить комплексное решение на своей базе. Для поиска новых популяционных или ассоциативных снипов вполне подойдет и GAII особенно в сочетании с Exon trapping, а для аккуратной сборки диплоидного генома со всеми инверсиями, делециями и амплификациями нужно более аккуратное длинное чтение...

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 13:54     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #40 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 13:42)
Ссылка на исходное сообщение  проблема в том, что Иллюмина хочет дополнить свои секвенаторы, которые дают короткие риды, пиросеквенатором типа 454, который дает относительно длинные риды. По расчетам группы Леви и Вентора для сборки генома необходимы риды не менее 170 нуклеотидов. Комбинирование дешевого "короткого чтения" с дорогим, но "длинным" пиросеквенированием- это то, что стоит сегодня на повестке дня для любой геномной лаборатории. Конечно же можно купить и 454 и Иллюмину, но последняя хочет предложить комплексное решение на своей базе. Для поиска новых популяционных или ассоциативных снипов вполне подойдет и ГАИИ особенно в сочетании с Ехон траппинг, а для аккуратной сборки диплоидного генома со всеми инверсиями, делециями и амплификациями нужно более аккуратное длинное чтение...


smile.gif Что она это хочет - вроде уже выяснили smile.gif
хотелосъ бы шпионскую инфу об иллуминском "Пиросеке" smile.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 15:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #41 множественное цитирование

Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у SOLiD 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 15:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #42 множественное цитирование

Иллюмина уже давно не делает одиночных ридов. Они делают двойные риды сейчас по 35 нуклеотидов, а к зиме доведут до 50. Проблема касается именно биоинформатики и сборки. Скоро производить данные можно будет хоть в зимбабве, а вот собирать геном и уж тем более анализировать сутевую часть будет уделом очень немногих. Относительно информации по пиросеквенированию- это будет аналог 454, вернее по принципу пиросеквенирования, а пор воплощению это будет нечто иное, использующее технологию иллюминовских шариков с адресами...
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 15:59     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #43 множественное цитирование

И еще. У них у всех, и у нас тоже ( я имею в виду пользователей GAII, SOLID& 454) есть около полутора лет, пока на рынок не выйдет принципиально иная технология мономолекулярного чтения и тогда всем нам придется опять искать возможность смены парка машин на Хеликосы, ПасификБио и прочие нанопоры...
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 16:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #44 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:59)
Ссылка на исходное сообщение  И еще. У них у всех, и у нас тоже ( я имею в виду пользователей ГАИИ, СОЛИД& 454) есть около полутора лет, пока на рынок не выйдет принципиально иная технология мономолекулярного чтения и тогда всем нам придется опять искать возможность смены парка машин на Хеликосы, ПасификБио и прочие нанопоры...


От задач зависит - меня де ново сиквинячиние не волнует smile.gif
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 16:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #45 множественное цитирование

Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 17:28     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #46 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


smile.gif меня и "персональная медицина" не волнует , "полигенные заболевания" и
без буковок могут вылезти , например метилирование буковок smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 18:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #47 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


Потому, что Вентер решил пересиквинячить всех бактерюх на своей жопе-
никакого отношения к полигенным наследственным болячкам он не имеет .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 18:53     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #48 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


А вы знаете , что такое Лос Аламос и Ливермор ? smile.gif Спросите у жителей Хиросимы
и Нагасаки smile.gif А потом подумайте почему сиквинячиние де ново микробов у них smile.gif
http://www.microbeproject.gov/index.cfm?CF...572&agency_id=1
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 19:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #49 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у SOLiD 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.

http://www.jgi.doe.gov/
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 06.08.2008 19:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #50 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 15:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


Ну и где Апплера-Селера -АБИ ? smile.gif
АБИ купли Инвитроген из жалости smile.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.10.21 05:45
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft