Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Next-gen секвенирование в России -- Оно уже есть, или как? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Кураторы темы:* genseq
Чёрный список: RJ Dio, Bern55
     NB! в теме нельзя обсуждать тех, кто внесён в чёрный список
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 20:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 13:47)
Ссылка на исходное сообщение  Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...


Какого именно Леви Вы имели в виду? Фамилия довольно распространённая. Известны, например, джинсы Леви-Страус confused.gif .

Есть ещё Amnon Levi
Charleston, South Carolina
Research Geneticist
Amnon.Levi@ars.usda.gov
Phone: (843) 402-5300 ext. 5326
Fax: (843) 573-4715
2700 SAVANNAH HIGHWAY
CHARLESTON, SC, 29414-0000

Projects

GENETICS AND GENETIC IMPROVEMENT OF DISEASE RESISTANCE AND QUALITY TRAITS IN WATERMELON, BROCCOLI, AND LEAFY GREEN BRASSICAS Appropriated (D)
Accession Number: 413305


IDENTIFYING DNA MARKERS LINKED TO THE FUSARIUM WILT (RACE 1) RESISTANCE GENE IN WATERMELON Nonfunded Cooperative Agreement (N)
Accession Number: 412587


COMPARATIVE GENOMICS, WIDENING NARROW GENETIC BACKGROUND AND MINING FRUIT QUALITY GENES IN CUCURBITS Reimbursable ®
Accession Number: 412813

Сообщение было отредактировано genseq - 06.08.2008 20:48
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.08.2008 20:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

Кажется, нашёл:

Dr. Samuel Levy, Director in Human Genomics at the J. Craig Venter Institute, has an ongoing interest in characterizing and refining the structure and function of the genome and epigenome in human populations. Dr. Levy was the leading scientist on the first published diploid genome sequence of a human, J. Craig Venter (PLoS Biology 5, e254), and he leads ongoing studies of functional characterization of DNA variants in protein coding and cis-regulatory regions. Dr. Levy also provides contract-based gene resequencing services for the National Heart, Lung and Blood Institute (NHLBI) and has worked with over ten different research groups over the last three years providing high throughput discovery of DNA variants on clinical samples for disease association studies.

Картинки:
 картинки уже нет на сайте: levys_01.jpg levys_01.jpg — (6.96к) 06.08.2008 — 20.08.2008  
Guest
IP-штамп: frP9xo7vsDH2c
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 00:27     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

Проблемы, связанные с reversible terminators, безусловно существуют, но неразрешимыми они не кажутся - думаю, год работы с 9N в определенных комнатах ИБХ приведет к значительному увеличению эффективности включения терминаторов без многократного удорожания (хотя киты для 454 и так запредельно дорогие, это факт).

Проблема определения "направления участков" в большинстве случаев однозначно решается с помощью paired-end, проблема копийности по идее решается адаптацией digital PCR к полногеномному секвенатору (с предварительным отловом нужных последовательностей - как у NimbleGen или ) - paired end есть у всех next-gen технологий, для digital PCR рошевский 454 подходит лучше, чем иллюминовский GA (другое дело - "шарики с адресами").

Статус метилирования буковок надежнее всего определяется опять-таки секвенированием (после бисульфитной модификации).

Вот будет забавно, если окажется, что у Вентера стоит 10 штук аппаратов от Biotage:))

Касательно мономолекулярщиков - Хеликос вроде как начал коммерциализацию, в ZS Genetics утверждают, что открыты для переговоров о бета-тестировании, а во всяческие nanopore пока ИМХО рановато верить.
Guest
IP-штамп: frP9xo7vsDH2c
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 00:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

У NimbleGen или Olink (про последний см. www.pnas.org/cgi/content/full/0702165104 )

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): genseq
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 08:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 21:27)
Ссылка на исходное сообщение  Проблемы, связанные с reversible terminators, безусловно существуют, но неразрешимыми они не кажутся - думаю, год работы с 9N в определенных комнатах ИБХ приведет к значительному увеличению эффективности включения терминаторов без многократного удорожания (хотя киты для 454 и так запредельно дорогие, это факт).

Касательно мономолекулярщиков - Хеликос вроде как начал коммерциализацию, в ZS Genetics утверждают, что открыты для переговоров о бета-тестировании, а во всяческие nanopore пока ИМХО рановато верить.


Касательно мономолекулярщиков:
1. Хеликос третий год заявляет о том, что "вроде как начал коммерциализацию", но "воз и ныне там". Недавно, правда, им удалось просеквенировани геном бактериафага фX174 (~5 тыс. п.о.). Т.е. "гора родила мышь") rolleyes.gif .
2. ZS Genetics "открыта для переговоров о бета-тестировании своей технологии", т.е. открыта для инвесторов beer.gif . Количество подобных "открытых для переговоров" фирм измеряется десятками.

Полимераза из "определённых комнат ИБХ" не решит проблему, поскольку речь идёт об "увеличении эффективности включения терминаторов без многократного удорожания", а требуется многократное удешевление.
Тем не менее очень рад, что в России есть люди, пытающиеся заниматься решением подобных проблем. Жалко только, что работать им приходится в глубоком подполье weep.gif .

Сообщение было отредактировано genseq - 07.08.2008 08:51
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 09:26     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


smile.gif ну уболтал - уже год , как пробуем 454-ПЕРЕСИКВИНЯЧИТь классический штамм
субтильной бациллы smile.gif так-что - попутного ветра в "персональную медицину" beer.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 09:37     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


почему рановато - Вентер рванул в акванавты и забил на человеков , потому
как доктора Ватсона отсиквинячили smile.gif типа не интересно стало человеков smile.gif
оставил за себя Леву щеки раздувать smile.gif

Environ Microbiol. 2008 Jul 14. [Epub ahead of print]Click here to read Links
It's all relative: ranking the diversity of aquatic bacterial communities.
Shaw AK, Halpern AL, Beeson K, Tran B, Venter JC, Martiny JB.

Department of Ecology and Evolutionary Biology, Brown University, Providence, RI 02912, USA.

The study of microbial diversity patterns is hampered by the enormous diversity of microbial communities and the lack of resources to sample them exhaustively. For many questions about richness and evenness, however, one only needs to know the relative order of diversity among samples rather than total diversity. We used 16S libraries from the Global Ocean Survey to investigate the ability of 10 diversity statistics (including rarefaction, non-parametric, parametric, curve extrapolation and diversity indices) to assess the relative diversity of six aquatic bacterial communities. Overall, we found that the statistics yielded remarkably similar rankings of the samples for a given sequence similarity cut-off. This correspondence, despite the different underlying assumptions of the statistics, suggests that diversity statistics are a useful tool for ranking samples of microbial diversity. In addition, sequence similarity cut-off influenced the diversity ranking of the samples, demonstrating that diversity statistics can also be used to detect differences in phylogenetic structure among microbial communities. Finally, a subsampling analysis suggests that further sequencing from these particular clone libraries would not have substantially changed the richness rankings of the samples.
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 09:49     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 14:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


Вентер по океановирусам специализируется smile.gif
http://www.plosone.org/article/info:doi/10...al.pone.0001456
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 10:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 07:07)
Ссылка на исходное сообщение  Офтоп, но не спрсить не могу у Генсека (он знает все smile.gif ):
Не ведутся ся ли работы в "определённых комнат ИБХ" по получению KOD полимеразы?
http://www.merckbiosciences.co.uk/html/nvg/kodindex.htm


Весьма польщён redface.gif . К сожалению, знаю далеко не всё rolleyes.gif . Точнее - совсем немного frown.gif . Ещё точнее - почти ничего weep.gif .

Но кое-что знаю. Например, если кого-то интересуют полимеразы, причём из ИБХ, то обращаться нужно к Матвеичу. Уж он-то точно знает всё umnik.gif .
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 10:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:49)
Ссылка на исходное сообщение  если не выбросил КОД - могу послать малой скоростью  smile.gif

Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит? confused.gif Как это малой скоростью и куда? confused.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 11:08     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:57)
Ссылка на исходное сообщение  Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит?  confused.gif  Как это малой скоростью и куда? confused.gif


она ни для какой ДНК не подошла нафик smile.gif куда послать ее - могу тебе если
не стухла или не выбросил smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 11:20     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:57)
Ссылка на исходное сообщение  Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит?  confused.gif  Как это малой скоростью и куда? confused.gif


недавно был в ступоре - евабраун уверенно ингибировала японские полимеразы smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 11:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 09:57)
Ссылка на исходное сообщение  Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит?  confused.gif  Как это малой скоростью и куда? confused.gif


для обработанной днк я спидстархс такары южу - на все другие - забил smile.gif
но она не любит евубраун smile.gif
http://catalog.takara-bio.co.jp/en/product...itid=U100005919
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 12:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 10:33)
Ссылка на исходное сообщение  для обработанной днк я спидстархс такары южу - на все другие - забил  smile.gif
но она не любит евубраун  smile.gif
http://catalog.takara-bio.co.jp/en/product...itid=U100005919

А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif По КОДу патент у япошки. confused.gif Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif
Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 13:43     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

метилирование тоже можно смотреть с мононуклеотидным разрешением... вот для арабидопсиса уже сделали... и для людей вот вот Ениш сделает... Таким образом после проекта 1000геномов может стать на повестку дня проект 1000эпигеномов. Только собирать их существенно сложнее из за вырожденности ЦТ
KB
IP-штамп: frGqyYT8IU7LU
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 18:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

(Guest @ 06.08.2008 23:27)
Ссылка на исходное сообщение   9N в определенных комнатах ИБХ приведет к значительному увеличению эффективности включения терминаторов без многократного удорожания.


9N это вотчина NEBа. Матвеич и компания этой полимеразой не занимаются. Может кто-то еще в ИБХ занимается ДНК полимеразами?
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 18:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 12:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


smile.gif издеваешси - поставил на верити градиент подстраховатся -
взял японофаст и абифаст и бухнул евубраун - на аби - все идет , что с евой , что
без . на японофаст - только без евы и пофиг градиент confused.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 12:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


фиг его знает - нулевая гипотеза - клентака + вент + антитела -
но только не надейся - я в отпуске smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #69 множественное цитирование

(KB @ 07.08.2008 19:11)
Ссылка на исходное сообщение  КОДом в "определённых комнатах" не интересуются - уж больно плохо ПЦРит зараза (как и все другие полимеразы из археобактерий). А Вам для чего? Если для ПЦР без ошибок то лучше пользовать Пхусион полимеразу хттп://щщщ.неб.цом/небецомм/продуцтс/продуцтФ-530.асп или  Терсус хттп:/евроген.ру/п4-2.штмл.
В обоих случаях точность работы ферментов сопоставима с Пфу и Вент, а эффективность ПЦР на порядки выше


Вроде Иллумина-Солекса для амплификации библиотек Пхусион торгует в киты . Мне не подошла -
больно ДНК у меня ультрафиолетом покоцана smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:25     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #70 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 12:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


confused.gif а может действительно они клентаку смешали с КОДой confused.gif
КОДа точно СИБРой ингибируется .
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #71 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 11:34)
Ссылка на исходное сообщение  А какая полимераза входит в Такару Микс.? confused.gif  По КОДу патент у япошки. confused.gif  Представил тебя в состоянии ступора... lol.gif  lol.gif

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, redface.gif  но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. mad.gif хочется постоянно нарушать. smile.gif


confused.gif
http://www.jstage.jst.go.jp/article/analsci/21/1/53/_pdf
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 07.08.2008 19:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #72 множественное цитирование

(KB @ 07.08.2008 18:11)
Ссылка на исходное сообщение  KODом в "определённых комнатах" не интересуются - уж больно плохо ПЦРит зараза (как и все другие полимеразы из археобактерий). А Вам для чего? Если для ПЦР без ошибок то лучше пользовать Phusion полимеразу http://www.neb.com/nebecomm/products/productF-530.asp или  Tersus http://evrogen.ru/p4-2.shtml.
В обоих случаях точность работы ферментов сопоставима с Pfu и Vent, а эффективность ПЦР на порядки выше

Для полного счастья. smile.gif Для мультиплекса (18-20 плекс) STR-ов c 5-мечеными праймерами. Идет накопление очень коротких меченных осколков, frown.gif от праймеров ? confused.gif от ПЦР продуктов? confused.gif Вообщем, картинка не очень красивая. weep.gif
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 07.08.2008 21:10     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #73 множественное цитирование

Насколько я понимаю, при таком крутом мультиплексировании нужна полная взаимосовместимость праймеров, т.е. отсутствие межпраймерных залипаний. Иначе должны вылезть если не димеры, то всяческие вилочные структуры. Наверное, это и есть Ваши "короткие меченые осколки".

Это Вы личности идентифицируете, или просто гаплотипы определяете?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 08.08.2008 10:47     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #74 множественное цитирование

(Guest @ 07.08.2008 18:40)
Ссылка на исходное сообщение  Для полного счастья. smile.gif Для мультиплекса (18-20 плекс) СТР-ов  ц 5-мечеными праймерами. Идет накопление очень коротких меченных осколков, frown.gif  от праймеров ? confused.gif от ПЦР продуктов? confused.gif Вообщем, картинка не очень красивая. weep.gif


Рекламацию Промеге или АБИ smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.08.2008 13:06     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #75 множественное цитирование

(genseq @ 06.08.2008 15:37)
Ссылка на исходное сообщение  Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у СОЛиД 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.


"Шпионская инфа" smile.gif Однажды немцы, англичайне и японцы решили отсиквинячить
бактерию на брудершафт. Разрезали ее на три куска , потом собрали в кучу
и выставили в базу данных всем на радость smile.gif

Мораль басни - не связуйтесь с японцами smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.08.2008 13:17     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #76 множественное цитирование

http://www.plosgenetics.org/article/info:d...al.pgen.1000139
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.08.2008 10:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #77 множественное цитирование

Illumina scientists have demonstrated that the same runs can yield 10GB of high quality data with 50-base paired end reads.

http://findarticles.com/p/articles/mi_m0EI..._6/ai_n25383115

Кстати, об Иллумине. Уже божатся, что довели длину чтения до 75 п.о. tongue.gif Не планирует ли кто-нибудь покупку GAII rolleyes.gif ?
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.08.2008 10:55     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #78 множественное цитирование

(genseq @ 09.08.2008 10:30)
Ссылка на исходное сообщение  Иллумина сциентистс хаве демонстратед тхат тхе саме рунс цан ыиелд 10ГБ оф хигх яуалиты дата щитх 50-басе паиред енд реадс.

хттп://финдартицлес.цом/п/артицлес/ми_м0ЕИ..._6/аи_н25383115

Кстати, об Иллумине. Уже божатся, что довели длину чтения до 75 п.о.  tongue.gif Не планирует ли кто-нибудь покупку ГАИИ  rolleyes.gif ?


Это что за намеки smile.gif Я тут уже напокупался благодаря некоторым товарищам smile.gif
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.08.2008 11:01     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #79 множественное цитирование

(genseq @ 09.08.2008 10:30)
Ссылка на исходное сообщение  Иллумина сциентистс хаве демонстратед тхат тхе саме рунс цан ыиелд 10ГБ оф хигх яуалиты дата щитх 50-басе паиред енд реадс.

хттп://финдартицлес.цом/п/артицлес/ми_м0ЕИ..._6/аи_н25383115

Кстати, об Иллумине. Уже божатся, что довели длину чтения до 75 п.о.  tongue.gif Не планирует ли кто-нибудь покупку ГАИИ  rolleyes.gif ?


Кстати , в Констанце прибамбаса для пеард-ендс есть - толъко не понял , что
за новая химия и математика у Иллумины confused.gif
Guest
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2008 10:03     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #80 множественное цитирование

(Guest1 @ 09.08.2008 09:55)
Ссылка на исходное сообщение  Это что за намеки smile.gif Я тут уже напокупался благодаря некоторым товарищам smile.gif

Ты чего такое говоришь? confused.gif Это же не специально. Я что сам не покупаю - вместо столов стеллажи завел. no.gif smile.gif
А секвенаторы мне бесплатно не нужны.
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2008 14:34     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #81 множественное цитирование

(Guest1 @ 09.08.2008 08:01)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати , в Констанце прибамбаса для пеард-ендс есть - толъко не понял , что
за новая химия и математика у Иллумины confused.gif


Химия старая. Правда, с парными концами ещё не разобрался confused.gif . Патенты есть, но не уверен, что именно описанные в них варианты paired-end используются в GAII.

Что касается программного обеспечения, то его последняя версия имеет улучшенный base-caller, позволяющий читать до 50 п.о. Альтернативный вариант - использование самонастраивающегося ПО, позволяющего довести длину чтения до 78 п.о. Правда, цифры немного лукавые wink.gif . В действительности последнее Иллуминовское ПО тоже доводит длину чтения до 78 п.о. но только у 5% последовательностей, а самонастраивающаяся система доводит количество читаемых сиквенсов до 22%:
http://hannonlab.cshl.edu/Alta-Cyclic/main.html

Файл/ы:

poster_for_biology_of_genomes.pdf
размер: 276.23к
кол-во скачиваний: 8
11.08.2008 — 25.08.2008

Guest
IP-штамп: frTlWdNmzlEpc
гость



 прочитанное сообщение 11.08.2008 15:41     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #82 множественное цитирование

А кто то может меня сориентировать по цене некоторых Иллюминовских расходников, если я выложу каталожные номера. Просто мы не direct customer и есть ощущение, что нам слегка придавливает ценами местный поставщик. Вот, что мне нужно узнать о среднеевропейских ценах:
PE-102-1001
1 Paired End DNA Sample Prep Kit
Kitted reagents for Paired End Sample Preparation of 10 DNA samples

PE-203-1002
5 Paired End Cluster Generation Kits - GA II
Kitted reagents for Cluster Generation on 5 flow cells

FC-204-2036
36 Cycle Sequencing Kit v2
Kitted reagents for a single run of 35 bases on one flow cell

СПАСИБО!
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.08.2008 21:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #83 множественное цитирование

Не знаю, сможет ли кто-нибудь, кроме Иллуминовцев, дать такую инормацию, но буду очень признателен, если Вы приведёте цены, которые Вас сейчас "придавливают".
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.08.2008 07:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #84 множественное цитирование

(genseq @ 11.08.2008 21:05)
Ссылка на исходное сообщение  Не знаю, сможет ли кто-нибудь, кроме Иллуминовцев, дать такую инормацию, но буду очень признателен, если Вы приведёте цены, которые Вас сейчас "придавливают".


Меня придавливают не цены, а "киты" - так что "самопалить" приходится smile.gif
Guest
IP-штамп: froplQlEbqVZY
гость



 прочитанное сообщение 16.08.2008 00:29     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #85 множественное цитирование

GAII собираемся покупать мы. Осенью, скорее всего, будет стоять у нас. Правда, у начальства есть сильное желание купить ее без каких бы то ни было китов. Самопалить мы в принципе умеем, но не такое же и не сразу же :-))). Вся надежда в таком случае будет на ГенСекаsmile.gif).

Цены на киты могу узнать - по крайней мере российские.

Насчет Хеликоса полностью согласен с предыдущими ораторами, гора пока даже толком не родила мышь (про гору очень точно - внушительно выглядит аппарат, точнее, его муляж, показанный на одной из конференций этой весной) и не собирается - а вот насчет ZS пока соглашаться рано
(http://www.zsgenetics.com/application/geneexpress/expressiondetail.html#application ). Написал им, ждем ответа.

В генетическую инженерию полимераз в России я как-то верю. Надо точно цели определить, а там видно будет - может быть, и Константин ими займется, а может быть, и кто-то другой найдется.
Guest
IP-штамп: froplQlEbqVZY
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  16.08.2008 00:44     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #86 множественное цитирование

http://www.zsgenetics.com/application/UsingTech/index.html
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.08.2008 20:33     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #87 множественное цитирование

(Guest @ 15.08.2008 21:29)
Ссылка на исходное сообщение  GAII собираемся покупать мы. Осенью, скорее всего, будет стоять у нас.


Установите в лаборатории Евгения Давидовича wink.gif , или под секвенатор будет организована отдельная группа rolleyes.gif ?

Сообщение было отредактировано genseq - 16.08.2008 20:38
Guest
IP-штамп: frOB/Xcpq1nwM
гость



 прочитанное сообщение 21.08.2008 23:56     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #88 множественное цитирование

Установим в лаборатории Александра Сергеевичаsmile.gif. Отдельная группа организованва будет:-).
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.08.2008 12:02     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #89 множественное цитирование

(Guest @ 21.08.2008 20:56)
Ссылка на исходное сообщение  Установим в лаборатории Александра Сергеевичаsmile.gif. Отдельная группа организованва будет:-).


Прошу прощения, но кто это (если не Пушкин) confused.gif ?
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 25.08.2008 07:48     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #90 множественное цитирование

(genseq @ 23.08.2008 11:02)
Ссылка на исходное сообщение  Прошу прощения, но кто это (если не Пушкин) confused.gif ?


ГАТЦ вроде 100 геномов человека к 2010 собирается confused.gif
http://www.gatc-biotech.com/en/index.php
Участник оффлайн! Guest1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 25.08.2008 09:32     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #91 множественное цитирование

(Guest @ 16.08.2008 00:29)
Ссылка на исходное сообщение  ГАИИ собираемся покупать мы. Осенью, скорее всего, будет стоять у нас. Правда, у начальства есть сильное желание купить ее без каких бы то ни было китов. Самопалить мы в принципе умеем, но не такое же и не сразу же :-))). Вся надежда в таком случае будет на ГенСекаsmile.gif).

Цены на киты могу узнать - по крайней мере российские.

Насчет Хеликоса полностью согласен с предыдущими ораторами, гора пока даже толком не родила мышь (про гору очень точно - внушительно выглядит аппарат, точнее, его муляж, показанный на одной из конференций этой весной) и не собирается - а вот насчет ЗС пока соглашаться рано
(хттп://щщщ.зсгенетицс.цом/апплицатион/генеехпрессехпрессиондетаил.хтмлъапплицатион ). Написал им, ждем ответа.

В генетическую инженерию полимераз в России я как-то верю. Надо точно цели определить, а там видно будет - может быть, и Константин ими займется, а может быть, и кто-то другой найдется.


Библиотеки делают для Солексы вроде многие "самопалами" - ДНК может
оказатся из "мамонта" или сильно поврежденной - полимераза из "родного кита"
начнет чихать .
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 28.08.2008 23:05     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #92 множественное цитирование

Кстати, о GAII wink.gif :

Файл/ы:

Illumina_GA_Update.pdf
размер: 1.01мб
кол-во скачиваний: 10
28.08.2008 — 11.09.2008

Guest
IP-штамп: fr8xQ1yxqd56I
гость



 прочитанное сообщение 31.08.2008 15:07     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #93 множественное цитирование

Александр Сергеевич - Белохвостов. Мы же с Вами, genseq, общались в НПЦ:-).
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.08.2008 18:40     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #94 множественное цитирование

"Вечерняя Москва", №84 (24862) от 16.05.2008

Рак мозга можно победить?


Вся надежда у онкологов только на генетику. Далеким от медицинских проблем людям мало известно, что за последние годы подобные центры появились в США, Германии, а недавно такая программа принята и в Китае.
Почему же нет таких центров в России? В первую очередь из-за фантастической дороговизны. Анализ всех шести с лишним миллиардов пар нуклеотидов генома одного человека обходится в миллионы долларов и, конечно, остается недоступным для практической медицины. В результате полный анализ генома человека, то есть всей совокупности генов и остальных ДНК-последовательностей клетки, представляет собой фундаментальную проблему. Но альтернативы этой методике нет.

Что важно – в развитых странах изучают другие виды опухолей. К глиомам так близко еще никто не подошел. Так что если будет реализован представленный Притыко проект «Быстрый геном», в Москве появится геномный центр нового поколения, не имеющий аналогов в мире.

Проектом «Быстрый геном» заинтересовался Юрий Лужков. По его поручению в Московском комитете по науке и технике прошло уже два совещания.

Откуда у докторов НПЦ такая уверенность в своих силах? Так не с нуля же начинают! Уже три года в клинике действует лаборатория молекулярной генетики.
– За это время наши ученые вышли на такой уровень прикладных исследований, что стали реально помогать людям, – рассказывает заведующий генетической лабораторией научно-практического центра, доктор медицинских наук Александр Белохвостов.

Автор: Жанна АВЯЗОВА
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.08.2008 18:51     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы       Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование

(Guest @ 31.08.2008 12:07)
Ссылка на исходное сообщение  Александр Сергеевич - Белохвостов. Мы же с Вами, genseq, общались в НПЦ:-).


Dear Андрей,
виноват redface.gif . Склероз mol.gif . Путаюсь уже frown.gif . Старость - не радость weep.gif .

Чтобы не запутаться просветите, пожалуйста, насчёт гостевых входов:

fr8xQ1yxqd56I - это, конечно, Вы.
frOB/Xcpq1nwM - это тоже Вы, но зашли с соседнего компьютера.
А вот froplQlEbqVZY - это тоже Вы, или есть и другие желающие приобрести GAII? confused.gif
Guest
IP-штамп: frXXyuB/kbmb6
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 01:30     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #96 множественное цитирование

Да ничего страшного :-).
Как ни прискорбно, d56I, 1nwM и qVZY - это все я (и что особенно любопытно, с одного и того же компа - почему так по-разному, вопрос к компании МТУ, наверное).
Из других желающих приобрести GAII точно могу сказать только про К. Г. Скрябина.
Guest
IP-штамп: frXXyuB/kbmb6
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 01:31     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #97 множественное цитирование

И вот сейчас я с него же:-)
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 08:50     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #98 множественное цитирование

(genseq @ 31.08.2008 17:40)
Ссылка на исходное сообщение  "Вечерняя Москва", №84 (24862) от 16.05.2008

Рак мозга можно победить?


    Вся надежда у онкологов только на генетику. Далеким от медицинских проблем людям мало известно, что за последние годы подобные центры появились в США, Германии, а недавно такая программа принята и в Китае.
    Почему же нет таких центров в России? В первую очередь из-за фантастической дороговизны. Анализ всех шести с лишним миллиардов пар нуклеотидов генома одного человека обходится в миллионы долларов и, конечно, остается недоступным для практической медицины. В результате полный анализ генома человека, то есть всей совокупности генов и остальных ДНК-последовательностей клетки, представляет собой фундаментальную проблему. Но альтернативы этой методике нет.

    Что важно – в развитых странах изучают другие виды опухолей. К глиомам так близко еще никто не подошел. Так что если будет реализован представленный Притыко проект «Быстрый геном», в Москве появится геномный центр нового поколения, не имеющий аналогов в мире.

    Проектом «Быстрый геном» заинтересовался Юрий Лужков. По его поручению в Московском комитете по науке и технике прошло уже два совещания.

    Откуда у докторов НПЦ такая уверенность в своих силах? Так не с нуля же начинают! Уже три года в клинике действует лаборатория молекулярной генетики.
  – За это время наши ученые вышли на такой уровень прикладных исследований, что стали реально помогать людям, – рассказывает заведующий генетической лабораторией научно-практического центра, доктор медицинских наук Александр Белохвостов.

Автор: Жанна АВЯЗОВА



про "три года в клинике действует" - это круто smile.gif
Guest
IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 08:57     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #99 множественное цитирование

(genseq @ 31.08.2008 17:40)
Ссылка на исходное сообщение  "Вечерняя Москва", №84 (24862) от 16.05.2008

Рак мозга можно победить?


    Вся надежда у онкологов только на генетику. Далеким от медицинских проблем людям мало известно, что за последние годы подобные центры появились в США, Германии, а недавно такая программа принята и в Китае.
    Почему же нет таких центров в России? В первую очередь из-за фантастической дороговизны. Анализ всех шести с лишним миллиардов пар нуклеотидов генома одного человека обходится в миллионы долларов и, конечно, остается недоступным для практической медицины. В результате полный анализ генома человека, то есть всей совокупности генов и остальных ДНК-последовательностей клетки, представляет собой фундаментальную проблему. Но альтернативы этой методике нет.

    Что важно – в развитых странах изучают другие виды опухолей. К глиомам так близко еще никто не подошел. Так что если будет реализован представленный Притыко проект «Быстрый геном», в Москве появится геномный центр нового поколения, не имеющий аналогов в мире.

    Проектом «Быстрый геном» заинтересовался Юрий Лужков. По его поручению в Московском комитете по науке и технике прошло уже два совещания.

    Откуда у докторов НПЦ такая уверенность в своих силах? Так не с нуля же начинают! Уже три года в клинике действует лаборатория молекулярной генетики.
  – За это время наши ученые вышли на такой уровень прикладных исследований, что стали реально помогать людям, – рассказывает заведующий генетической лабораторией научно-практического центра, доктор медицинских наук Александр Белохвостов.

Автор: Жанна АВЯЗОВА


Ну раз великий ученый Лужков заинтересовался - тогда уж "Быстрый геном навозных шариков Лужкова" нужно делать smile.gif
Ъ
IP-штамп: frNwv0U1khjS.
гость



 прочитанное сообщение 01.09.2008 13:11     Сообщение для модератора  Сообщение для куратора темы     

(Guest @ 01.09.2008 00:30)
Ссылка на исходное сообщение  Да ничего страшного :-).
Как ни прискорбно, d56I, 1nwM и qVZY - это все я (и что особенно любопытно, с одного и того же компа - почему так по-разному, вопрос к компании МТУ, наверное).
Из других желающих приобрести GAII точно могу сказать только про К. Г. Скрябина.

Это модемная связь такая, т.е. каждое подключение - разные IP-адреса. У меня тоже было такое в отпуске. Но мне это очень понравилось... lol.gif А на работе, к сожалению, не удается уходить в глубокое подполье. weep.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 25.10.21 12:49
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft