Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
Где в Москве можно ВМЕНЯЕМО БЫСТРО за денежки отсеквенировать ДНК на FLX (или типа такого) Входной материал: пробирка с ДНК + денежки (либо заказанные реагенты с доставкой) Выходной материал: риды. Спасибо! Сообщение было отредактировано Olezhek - 16.11.2012 10:00 |
mlog Постоянный участник |
а почему именно в Москве? другие регионы России никак?
|
mlog Постоянный участник |
(Olezhek @ 16.11.2012 09:19) если "типа того" - это GS Junior, то джуниороводов как раз знаю много и вменяемых.
|
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
Реально интересует метагеномка 16S поднятая ПЦРом, может и джуниор прокатит...просто разговор не про коллабораторство, а разово зачитать, потому как может все это впустую. А так - чтобы и без вопросов и оперативно и взаимовыгодно. Сообщение было отредактировано Olezhek - 16.11.2012 09:40 |
vtosha Постоянный участник |
|
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
(vtosha @ 16.11.2012 07:46) Я так думаю, что если желающие сами купят реагенты, то можно отсеквенировать на любой машине, просто за сотрудничество. Если такой возможности или желания нет, то процесс рискует сильно удлиниться во времени. ой...да? Просто думается, что если образцы не очень интересно читать владельцам секвенатора, или потенциально выхлопа может научного не быть, то сотрудничество не очень получается. vtosha, а с кем можно предметно поговорить? С реагентами, кстати, может и проще даже. |
Andrew Постоянный участник Москва |
Заказывал у них один раз на иллюмине. В сроки правда не вписались, но других нареканий не было. |
mlog Постоянный участник |
(Olezhek @ 16.11.2012 10:54) ой...да? Просто думается, что если образцы не очень интересно читать владельцам секвенатора, или потенциально выхлопа может научного не быть, то сотрудничество не очень получается. vtosha, а с кем можно предметно поговорить? С реагентами, кстати, может и проще даже. Я не могу говорить за других, но мне кажется, что vtosha права. У нас же у всех основная проблема - это сроки поставки реагентов.
|
mlog Постоянный участник |
(Andrew @ 16.11.2012 11:04) www.genotek.ru Заказывал у них один раз на иллюмине. В сроки правда не вписались, но других нареканий не было. это не называется в Москве и даже в России Тогда уж проще слать зарубёж напрямую могу подсказать хорошую фасилити, кстати. И не знаю, кому как, но мне они выставили такое КП, что я поняла - дешевле свой прибор купить А вам за сколько сделали на иллюмине?
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 16.11.2012 09:35) Просто желающие ныне в Москве и куда-то переправлять еще даже и не знаю...хотя почему бы и нет. Реально интересует метагеномка 16С поднятая ПЦРом, может и джуниор прокатит...просто разговор не про коллабораторство, а разово зачитать, потому как может все это впустую. А так - чтобы и без вопросов и оперативно и взаимовыгодно. полжуниора прокатит а что не шорт-ган метагеномика ? |
Olezhek Постоянный участник Tsukuba, Japan/КФУ, РФ |
(Guest @ 16.11.2012 08:17) Там у них ДНК не так много, как я понял Сообщение было отредактировано Olezhek - 16.11.2012 10:26 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 16.11.2012 09:35) Просто желающие ныне в Москве и куда-то переправлять еще даже и не знаю...хотя почему бы и нет. Реально интересует метагеномка 16С поднятая ПЦРом, может и джуниор прокатит...просто разговор не про коллабораторство, а разово зачитать, потому как может все это впустую. А так - чтобы и без вопросов и оперативно и взаимовыгодно. почему 16с 454 ?
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 16.11.2012 09:35) Просто желающие ныне в Москве и куда-то переправлять еще даже и не знаю...хотя почему бы и нет. Реально интересует метагеномка 16С поднятая ПЦРом, может и джуниор прокатит...просто разговор не про коллабораторство, а разово зачитать, потому как может все это впустую. А так - чтобы и без вопросов и оперативно и взаимовыгодно. можно на мисеке 2000 16С Метагеномов за прогон - но кто будет синтезировать 2000 баркодированных праймеров ? |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 16.11.2012 10:44) кстати праймеры из этой публикухи работают - проверял но 2000 праймеров синтезировать лень |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
бррр |
genseq Постоянный участник |
Копировать в полном объёме этих друзей не стоит. Но можно ведь синтезировать не всё. Зачем делать 2000 баркодов, если клиенту явно столько не понадобится? Тем более, что такое баркодирование вряд ли можно считать оптимальным. Проще сделать двойные баркоды. Одну половинку загнать в адаптор, а вторую - в адапторную вставку, которая будет встраиваться между адаптором и ампликоном при их сшивке. Вставки могут быть короткими и, соответственно, дешёвыми. Давно собираюсь рассчитать такую систему баркодирования для Ion Torrent. Если на адапторы подвесить всего 8 баркодов, то на каждые 12 вставок будет получаться по 96 вариантов кодированных библиотек. Но сначала нужно сделать простенькую программу (Splitter) под Windows для разбивки общих файлов SFF (и FASTQ) по таким сдвоенным баркодам, а потом уже мудрить с адапторами. Может быть, это уже кем-то сделано, но приличную программу пока найти не смог, а из неприличных нашёл только SFF Workbench. Сообщение было отредактировано genseq - 16.11.2012 15:14
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 16.11.2012 12:02) Мда-а-а-а-а-а-а-а........... . Копировать в полном объёме этих друзей не стоит. Но можно ведь синтезировать не всё. Зачем делать 2000 баркодов, если клиенту явно столько не понадобится? Тем более, что такое баркодирование вряд ли можно считать оптимальным. Проще сделать двойные баркоды. Одну половинку загнать в адаптор, а вторую - в адапторную вставку, которая будет встраиваться между адаптором и ампликоном при их сшивке. Вставки могут быть короткими и, соответственно, дешёвыми. Давно собираюсь рассчитать такую систему баркодирования для Ион Торрент. Если на адапторы подвесить всего 8 баркодов, то на каждые 16 вставок будет получаться по 96 вариантов кодированных библиотек. Но сначала нужно сделать простенькую программу (Сплиттер) под Щиндощс для разбивки общих файлов СФФ (и ФАСТЯ) по таким сдвоенным баркодам, а потом уже мудрить с адапторами. Может быть, это уже кем-то сделано, но приличную программу пока найти не смог, а из неприличных нашёл только СФФ Щоркбенч. уболтал - закажу первые 96 |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 16.11.2012 12:02) Мда-а-а-а-а-а-а-а........... . Копировать в полном объёме этих друзей не стоит. Но можно ведь синтезировать не всё. Зачем делать 2000 баркодов, если клиенту явно столько не понадобится? Тем более, что такое баркодирование вряд ли можно считать оптимальным. Проще сделать двойные баркоды. Одну половинку загнать в адаптор, а вторую - в адапторную вставку, которая будет встраиваться между адаптором и ампликоном при их сшивке. Вставки могут быть короткими и, соответственно, дешёвыми. Давно собираюсь рассчитать такую систему баркодирования для Ион Торрент. Если на адапторы подвесить всего 8 баркодов, то на каждые 16 вставок будет получаться по 96 вариантов кодированных библиотек. Но сначала нужно сделать простенькую программу (Сплиттер) под Щиндощс для разбивки общих файлов СФФ (и ФАСТЯ) по таким сдвоенным баркодам, а потом уже мудрить с адапторами. Может быть, это уже кем-то сделано, но приличную программу пока найти не смог, а из неприличных нашёл только СФФ Щоркбенч. 68нт праймерочки конечно дороговатые |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 16.11.2012 13:19) Обнищал к концу года, даже на простые олиги денег не хватает. |
vtosha Постоянный участник |
Вот ещё: "Просто думается, что если образцы не очень интересно читать владельцам секвенатора, или потенциально выхлопа может научного не быть, то сотрудничество не очень получается." В нашей стране с NGS не те проблемы. Проблемы в том, что реагенты для секвенирования дороги и долго поставляются, а у владельцев не всегда своих задач хватает для заполнения прогонов. Ещё владельцам приборов не всегда разрешено осуществлять платные услуги. Так что если ваши товарищи предоставят реагенты, (и в качестве оплаты за работу, скажем, разрешат владельцам секвенатора докинуть пару образцов на прогон), то в большинстве случаев проблемы снимаются. Другое дело, если нужна только часть прогона и жалко тратить деньги на реагентику на целый прогон. Тогда быстро получится только если очень повезёт. Сообщение было отредактировано vtosha - 16.11.2012 13:13
|
mlog Постоянный участник |
(vtosha @ 16.11.2012 14:04) Вроде ж в ИМБ ставили Джуниор. "Основные характеристики производительности секвенатора Genome Analyzer IIx: - Максимальная длина одного прочтения до 100 нуклеотидов" А почему не 150? |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 16.11.2012 12:57) ну для проверки работоспособности - одной пары хватило олежеку нужно - пускай и заказывает |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 16.11.2012 10:20) некоторые маняки по 144 16С на МиСеке гоняют |
Guest IP-штамп: frF63nlCtDizk гость |
16S рРНК V4 250 пн, ориентировочный выход 2000 сиквенсов 6 000 руб.
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 16.11.2012 10:20) получается из-за одного 16С микробиома с МиСеком не стоит связыватся - пускай поднаберут хоть полсотни |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 16.11.2012 09:35) Просто желающие ныне в Москве и куда-то переправлять еще даже и не знаю...хотя почему бы и нет. Реально интересует метагеномка 16С поднятая ПЦРом, может и джуниор прокатит...просто разговор не про коллабораторство, а разово зачитать, потому как может все это впустую. А так - чтобы и без вопросов и оперативно и взаимовыгодно. для жуниора |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Olezhek @ 16.11.2012 09:35) Просто желающие ныне в Москве и куда-то переправлять еще даже и не знаю...хотя почему бы и нет. Реально интересует метагеномка 16С поднятая ПЦРом, может и джуниор прокатит...просто разговор не про коллабораторство, а разово зачитать, потому как может все это впустую. А так - чтобы и без вопросов и оперативно и взаимовыгодно. если брать толко V5-V3 праймеры - то жуниор должен делать 5-7 16С микробиомов за прогон - менше денег на праймеры |
Ankakudr IP-штамп: frJsuiia8dM6. гость |
|
Guest IP-штамп: fr.8i5XY1K3QY гость |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 18.11.2012 14:52) за 2 000 ридов - 6000 рублей , но метагеном может быть сложным - типа почвенного с задачей найти что-то редкое - тогда 50 000 ридов на образец - итого 2 метагенома на жуниоре будут стоить 300 000 рублей - 150 000 на метагеном . МиСек делает 100 50к метагеномов за 100 000 рублей - 1000 рублей за метагеном - разница 150 раз между жуниором и мисеком |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 19.11.2012 15:54) гонять 16S на 454 ? болше похоже не на рынок , а на базар |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Guest @ 19.11.2012 17:17) Согласен, базара нет, ты прав. |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(-Ъ- @ 19.11.2012 16:19) ну вот метагеномчик на иллумине 2х150 - перекрытие 30 нт 3гб - 15 миллионов ридов |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(Guest @ 18.11.2012 14:52) по ссылке 2000 ридов -6000 рублей - это , что -прогон жуниора в 100 000 стоит 10 тонн баксов ? а кто тогда дороже гояет жуниор ? |
watchesonline89 Постоянный участник |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |