Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
watchesonline89 | Отправлен 05.01.2023 12:02 |
Дядя ФАКСер | Отправлен 21.03.2018 23:02 |
(Леонид В @ 03.03.2018 04:31) Он сдох и разложился, по ходу дела...Алексий молчит уже третий год |
|
Guest | Отправлен 20.03.2018 14:26 |
Для "малопараметрики" (8 цветов и менее, коя составляет >80% всей проточки) tSNE- избыточен. "Радара" хватит за глаза. | |
Guest | Отправлен 19.03.2018 06:21 |
(Annabel @ 17.03.2018 00:32) Кому-то недосуг разбираться в тонкостях. Я сейчас дописываю статью * и калибровку tSNE, положу сюда ссылку, когда подадимся и препринт будет в биоархиве. “не читал, но утверждаю“ * всё-таки tSNE, при всём моём уважении, это высокое парение в области вычислений (некислых, заметим). А радар, в том варианте, который привел выше, это простое нанесение на график. tSNE наверняка “мощнее“, но всегда ли нужна пушка по воробьям? Словом не знаю ... Пока поверчу-ка Калузный вариант. Нутром чую, есть там чем поживиться. |
|
Дядя ФАКСер | Отправлен 17.03.2018 23:21 |
(Annabel @ 16.03.2018 23:32) Зато SNE пользуют напропалую (без понимания) и публикуют. А ревьюеры - тоже хороши,угу. ""Биоинформатик" ныне- слово матерное" |
|
Annabel | Отправлен 17.03.2018 00:32 |
Ну некоторые и мышей едят. Кому-то недосуг разбираться в тонкостях. Я сейчас дописываю статью как раз про «hidden magic” (не знаю, что в нем такого потаённого, код открытый, читай-не хочу) и калибровку tSNE, положу сюда ссылку, когда подадимся и препринт будет в биоархиве. | |
Guest | Отправлен 16.03.2018 18:17 |
Чуток остудим энтузазизм "адептов SNE" There’s a reason that t-SNE has become so popular: it’s incredibly flexible, and can often find structure where other dimensionality-reduction algorithms cannot. Unfortunately, that very flexibility makes it tricky to interpret. Out of sight from the user, the algorithm makes all sorts of adjustments that tidy up its visualizations. Don’t let the hidden “magic” scare you away from the whole technique, though. The good news is that by studying how t-SNE behaves in simple cases, it’s possible to develop an intuition for what’s going on. |
|
Дядя ФАКСер | Отправлен 16.03.2018 00:14 |
Почему странно? "Чистый" сигнал для дальнейшей обработки- удобнее. | |
Леонид В | Отправлен 13.03.2018 18:03 |
вчера посмотрел в Калузе на компенсацию. Вроде как она для радара нужна. Хотя математически это странно. Но на глаз однозначно. | |
Леонид В | Отправлен 05.03.2018 01:56 |
(Annabel @ 04.03.2018 11:57) Но у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки. в каждой шутке есть доля шутки, а в каждом преимуществе — доля недостатка. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) впихнуть похожие точки на плоскость более-менее рядом, но прикинуть силу каждого вектора по итоговой картинке со множеством точек гораздо сложнее. дык, ентоть, оно совсем для другого. “Прикидывать“ не просто сложнее, а практически невозможно. Вы гейтите пятнышко и смотрите чего в нём есть. А суть именно в том, чтобы дать визуализацию кластеров. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) - если маркеры все взаимоисключающие и пересекаются максимум по два (потому что у нас именно двумерная проекция), то тогда - и только тогда мммм ... что-то мне подсказывает, что это не совсем так. Или так, но не совсем. Вернее совсем не так. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) да уж ... но, не плавал, не знаю. Но видок у tSNE скажем так ... абстрактненький. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) можно выщелкнуться и сперва разложить по осям фенотип, а потом уже поверх цветом (как heatmap) нарисовать медиану экспрессии маркера, который размазан по нескольким популяциям и поэтому осью его не нарисуешь. Не уверена, умеет ли такое Калуза. не умеет, но это очень интересная мысль. Особенно если соединить ея с “у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки.“ Т.е. если в Калузу засунуть, например, right click дающий раскоряку для каждой точки, то это будет супер. Отличная мысля! У Вас есть прямые ходы на менеджмент Калузы? На слово “Бостон“ они клюют куда лучше, чем на то слово, которым мы здесь обзываемся. (Annabel @ 04.03.2018 11:57) будем ждать |
|
Посмотреть тему (откроется в новом окне) | |