Дядя Факсер, а нет ли возможности попросить веб-мастерового данного форума исправить неполадку?

  Кому-то недосуг разбираться в тонкостях. Я сейчас дописываю статью * и калибровку tSNE, положу сюда ссылку, когда подадимся и препринт будет в биоархиве.

   Кому-то недосуг разбираться в тонкостях.

There’s a reason that t-SNE has become so popular: it’s incredibly flexible, and can often find structure where other dimensionality-reduction algorithms cannot. Unfortunately, that very flexibility makes it tricky to interpret. Out of sight from the user, the algorithm makes all sorts of adjustments that tidy up its visualizations. Don’t let the hidden “magic” scare you away from the whole technique, though. The good news is that by studying how t-SNE behaves in simple cases, it’s possible to develop an intuition for what’s going on.

  Но у раскоряки есть преимущество - на ней можно сравнить величину сигнала по каждой из радиальных осей раскоряки.

   впихнуть похожие точки на плоскость более-менее рядом, но прикинуть силу каждого вектора по итоговой картинке со множеством точек гораздо сложнее.

  - если маркеры все взаимоисключающие и пересекаются максимум по два (потому что у нас именно двумерная проекция), то тогда - и только тогда

tSNE карте тоже не видны векторы экспрессии, но там хотя бы популяции не сливаются.

  можно выщелкнуться и сперва разложить по осям фенотип, а потом уже поверх цветом (как heatmap) нарисовать медиану экспрессии маркера, который размазан по нескольким популяциям и поэтому осью его не нарисуешь. Не уверена, умеет ли такое Калуза.

 Честное слово, распакую и посмотрю!