Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Странная проблема с агробактерией -- Плохо растет --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 14.05.2019 00:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Странная проблема с агробактерией

Плохо растет

Ну тут такое дело , сделал я два вектора для трансформации растений и поместил их в агробактерию. Один содержит ген ГФП, а другой ген фаговой трансгликозилазы которя понятно дело токсична для грам-отрицательный бактерий к коим и агробактер относится поэтому я вставил туда еще и интрон бета-глобиновый от кролика , ни чтоб не экспрессировался этот яд в бактерии.

Так вот странное дело ... Требуется помощь специалистов и людей с опытом.
В Е. Коли вообще проблем нет .. А в Агробактерии необычно как-то ... если засевать жидкую культуру, с антибиотиком конечно же , с чашки, то вроде обе агробактэрии растут , одна чуть хуже другой , ну та что с ядом чуть хуже растет. Но если сделать пересев из жидкой культуры опять в жидкую .. то наблюдается огромная разница ... та что с ядом растет существенно хуже чем та что с ГФП.

Но ведь яд-то не может работать , там интрон стоит, или таки с этого интрона агробактерия таки синтезирует что-то ? типа как криптичерский промотор он работает? Там яд высокоэффективный , насколько молекул достаточно на бактерию.

Вот что бы такое умное придумать по-этому поводу? так чтоб без сложных экспериментов , а то у нас денег мало на науку выделяют.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.05.2019 08:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Яд - это белок, а не ДНК. В бактерии нет интронов. Это значит, что вся РНК транслируется в белок. И интроновая вставка тоже. В результате вы имеете дело с несуществующим в природе полипептидом. Далее в дело вступают шаперонные системы бактерии, которые могут немного по разному сложить белок в агробаках и в колях(например, в агробаках у химеры останется остаточная ферментная активность или в колях белок удасться удерживать в растворе, а в агробаках он будет выпадать в агрегаты, мешающие нормальным процессам в клетке). Так же совершенно непонятно какими активностями эта химера будет обладать. Она так же может вмешиваться в работу каких-то биохимических цепочек агробака, которых нет в колях, к примеру, или втраиваться в какие-то метаструктуры бактерии, нарушая их работу.

Сообщение было отредактировано MMM - 14.05.2019 09:01

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): anti anti
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 14.05.2019 13:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Ну вот эта последовательность у интрона, кстати он не кроличьий , а картофельный , это у меня что-то с памятью стало, Альц близится наверное. . , вставлен после первых 20 аминокислот белка считая лидера для секреции в апопласт. Там стоп-кодон на стоп кодоне , как его можно пройти рибосоме без терминации трансляции? Сложно себе такое представить.

[ST-LS1 intron IV2 Potato locus light-inducible tissue-specific ST-LS1
concensus g-gt.....ag-g
2641 gcccaag---gtt tgtttctgct tctacctttg atatatatat aataattatc attaattagt
2701 agtaatataa tatttcaaat atttttttca aaataaaaga atgtagtata tagcaattgc
2761 ttttctgtag tttataagtg tgtatatttt aatttataac ttttctaata tatgaccaaa
acatggtgat gtttag----ggaa
intron DNA incertion poin is AGG /GGA Arg-Gly in the beginning of protein just after signal peptide to provide concensus environment for introne g/gt-----ag/g . ST-LS1 second intron IV2. Potato locus, light-inducible tissue-specific protein.]

Единственно что может в конце интрона какой-то слабый промотор оказался и от него время от времени снимается функциональная копия последующей за ним части способная к трансляции в белок., но его достаточно чтоб мутить мне воду в агробактериях. вот этот например кусок похож на промотор [ ctaata tatg].

Или же сама РНК может интерферирует, хотя с чего бы , это синтетический ген, оптимизированный под экспрессию в растениях ,а не природный из фага , неужели случайно так получилось?
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.05.2019 14:26     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(Asterix @ 14.05.2019 14:51)
Ссылка на исходное сообщение   Там стоп-кодон на стоп кодоне , как его можно пройти  рибосоме  без терминации трансляции?  Сложно себе такое представить.

Игра напоминает игру в военном училище.
Даю новую вводную: Интрон не интрон, а поли стоп кодон.


Ну, в общем, мы поняли - дело темное.
Собственно вы зачем этот ген ставили под промотор, если вакм не нужна его экспрессия? Его можно было вообще не в экспрессирующий вектор вставить.

Сообщение было отредактировано MMM - 14.05.2019 14:27
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 14.05.2019 14:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Ген предназначен для экспрессии в растениях после переноса его туда, в геном , методом агробактериальной трансформации. Он находится под растительным вирусным промотором и в агробактерии экпрессироваться не должен , но для еще большей надежности в кодирующая последовательность была разорвана интроном , чтоб уж точно агробактерия не пострадала от этого гена даже если случайно будет запускать транскрипцию и трансляцию с каких нибудь криптических участков .. А то могла бы быть селекция на плазмиду с делецией например или на потерю плазмиды.

Этот яд гидростатически взрывает бактерию разрушая ее клеточную стенку. Ну так же как и фаг это делает , Это фаговый литический фермент с многократно усиленным потенциалом и измененым функционалом способный проникать через внешние мембраны бактерий в периплазматическое пространство и проедать дыру в клеточной стенке.

Вот здесь можно подробно почитать про эти химерные антиибактериальные белки, если интересно , чтоб мне оттуда сюда не переписывать научно-популярную часть. Там они красиво все рассказывают и показывают. Кстати наш ген оригинально приехал из ИБХ, они там много с фаговыми литическими белками работают. Ищут их и характеризуют.
https://www.lysando.com/

Сообщение было отредактировано Asterix - 14.05.2019 15:10
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 14.05.2019 15:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

А вот здесь схема вектора и некоторые обьяснения по нашему проекту. Ну чтоб понятно было , хотя бы в общих чертах зачем оно все надо... https://nextgen.iupac2019.be/2019/03/22/uni...eria-in-plants/
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 14.05.2019 15:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(Asterix @ 14.05.2019 15:42)
Ссылка на исходное сообщение  Ген предназначен  для экспрессии в растениях    после переноса  его  туда,  в геном ,  методом  агробактериальной  трансформации.  Он  находится под  растительным  вирусным  промотором    и  в агробактерии  экпрессироваться не должен


Понятно! Судя потому что вы описываете он там и не экспрессируется. А экспресируется что то другое, но тоже не очень вкусное.
Участник оффлайн! Asterix
Участник



 прочитанное сообщение 17.05.2019 01:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

У меня на самом деле проблема с тестом этих ГМО растений на антибактериальную активность. Они и сам и по себе вполне могут бороться с бактериями.. Сволочи маленькие зеленые . Мне нужна бактерия кототая реально ест растение .. а не вызывает имунную реакцию.

И мои ГМО показывали бы что их хрен сьешь... зубы коротки

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.07.19 07:36
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft