molbiol.ru -> Поиск последовательностей

> Все форумы > Тематические форумы > Софт

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Поиск последовательностей
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

20.01.2004 15:44

URL #1

Есть N-концевая последовательность (15 аминокислот) нового белка. Надо сравнить с N-концами известных белков. Подскажите, пожалуйста, адреса соответствующих баз данных. Именно для сравнения N-концевых последовательностей.

Павел
Постоянный участник
Новосибирск

20.01.2004 15:56

URL #2

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/

genseq
Постоянный участник

20.01.2004 17:46

URL #3

ДЛя работы с BLASTом нужен хотя-бы небольшой опыт. Сообщите последовательность. Попробую помочь.

genseq
Постоянный участник

21.01.2004 19:07

URL #4

rmr> N-концевая последовательность белка следующая:
rmr> STPNNQNLNSIMNTF.
rmr> Я смотрела, но что-то ничего похожего не нашла. Буду очень признательна за помощь.

Dear Viktoria,

при первой попытке, т.е. при использовании обычного blastp я тоже
ничего не нашёл. Но на сайте NCBI есть сервис, специально
предназначенный для поиска коротких последовательностей. В нём
отключены фильтры и выставлены параметры, обеспечивающие выявление
даже незначительного сходства. Недостатком при этом является высокий
неспецифический фон. Результаты поиска высылаю в файле
Viktoria.htm .

По ссылкам можете посмотреть, что это за белки. Обилие результатов
может запутать, поэтому в первую очередь обратите внимание ближайших
родственников источника Вашего белка, а также на координаты найденных
аналогов. Координаты первого аминокислотного остатка находятся во
втором столбце множественного выравнивания. В первом столбце -
гиперссылки на белки. Учтите. что если Ваш белок внеклеточный, то
исходно он имел на N-конце сигнальную последовательность, отвечающую
за выведение из клетки, т.е. ~20..30 дополнительных аминокислот.
В полученном выравнивании я насчитал 7 последовательностей, которых можно
заподозрить в родственных связях с искомым пептидом.

msman
Участник

22.01.2004 15:40

URL #5

для поиска коротких последовательностей

Expect 20000
Word Size 2
MAtirx PAM30

jackwilson

07.02.2023 17:21

URL #6

i think you should download and install this ogwhatsapp which has amazing features and functions to use.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.