Next-gen секвенирование в России

Слышал, что в России сейчас обсуждается уже более 10 проектов по созданию центров геномного секвенирования , работа которых будет построена на использовании секвенаторов нового поколения (FLX, 1G, и SOLiD). В числе соискателей финансирования подобных проектов упоминались Е.Д.Свердлов, К.Г.Скрябин, Н.А.Колчанов, ИМБ, ММА и другие академические и медицинские организации. Буду очень признателен за любые подробности .



В ноябре прошлого года Скр. говорил о GS20 так, как будто бы тот уже у него в кармане (хотя как бы он там поместился )
Однако пока его нет. Что, впрочем, неудивительно.



К настоящему моменту куплены/покупаются минимум 3 системы FLX (у Скрябина, в НПЦ медпомощи детям и еще где-то в Москве). G2 планируется купить для НПЦ медпомощи детям, SOLiD - для Власовского НИИ в Новосибирске. Реально не работает еще ни один прибор. К концу года ситуация должна измениться, т.е. хоть что-то заработает.





GS20 (пиросеквенатор Roche/454) был установлен и запущен в Центре "Биоинженерия" РАН у К.Г.Скрябина к конце ноября или в начале декабря прошлого года.



Если за пол года пиросеквенатор GS20 запускался 10 раз, то это 1...2 раза в месяц . Продолжительность рабочего цикла у него, если не ошибаюсь, 4,5 часа, т.е. при нормальной эксплуатации его можно запускать 2 раза в день (4 раза в сутки) . Тогда при нормальной эксплуатации за пол года должно было "набежать" ~250 (до 500) рабочих циклов, что в 25...50 раз больше нынешнего показателя .




были бы деньги
У нас как водится покупают прибор "шобы было", а потом репу чешут - что бы такое выдающееся на нем сделать. Пока чешут - нужно будет новый брать "шобы было", потому как дешевле быстрее престижнее...



это не совсем так... Рабочий цикл около трех суток. Конечно же не самого секвенирования, а общий. Приготовление библиотек, титрование- это тоже целый день... Так что, чтобы работать по два цикла в день нужно, чтобы параллельно шло около шести задач при 24 часовом рабочем дне. Реальность работы с 454 такова, что приблизительно можно делать один полноценный цикл в неделю. Более того, именно на это рассчитан и "промывочный цикл", его нужно проводить, если прибор проставивает более 7 дней. Так что раз в неделю, господа, ... раз в неделю.





Производительность прибора определяется не расторопность обслуживающего персонала, а продолжительностью рабочего цикла, в течение которого автомат считывает информацию с проточной ячейки. Для GS20 это 4,5 часа. Для FLX - 7,5 часов. Для GA - 2...3 суток при одинарном чтении и 4...6 суток при парном. Для SOLiD - 10 суток при парном чтении (недавно было 6 суток, но они ввели фосфатазную обработку и продолжительность увеличилась).

Ну, а если для простаивающего более недели прибора требуется промывочный цикл, то это просто означает, что работать нужно без простоев.

Впрочем, спасибо за информацию. Как сказал в соседней теме Guest1, у каждого метода секвенирования есть свой "скелет в шкафу", и информация о подобных "скелетах" очень полезна .



"Нужна популяризация de novo секвенирования в российских нии, вузах, ак институтах. Тогда это может создать большую загрузку прибора."

Один из лучших способов популяризации - это данный форум. Если есть желание загрузить имеющийся GS20 работой, то сообщите расценки и/или дайте контактную информацию .



http://genomics.ucr.edu/about/reports/Sequ...n1207_Table.pdf ( http://genomics.ucr.edu/about/reports/SequencerComparison1207_Table.pdf )



это сравнение разных next gen секвенаторов по цене и времени и тп




Прикольно - 50 runs в год машинки ценою в 500k$+расходники+зарплата+аренда+ещё что-нибудь. Как же может получиться $1000 за ген/паспорт индивидума ?

Может быть лучше и дешевле SNP?



SNP дешевле, и для непритязательных клиентов, конечно, лучше. Но здесь обсуждаются технологии другого уровня. Про 1000$ речь пока не идёт, но за 40 тыс. евро (SOLiD) и 60 тыс.$ (Illumina) геном уже сделали. Правда, при этом подсчитали только стоимость реактивов, да и повторностей маловато, но лиха беда - начало.

Как там с разработкой отечественных расходников для пиросеквенирования? Уже забросили эту идею, или можно не терять надежду?



Сделать можно, но кто купить? Объём рынка пока оптимизма не внушает, чтобы под него затачиваться...



Итак, в России пока есть только один GS20, который за 8 месяцев своего существования запускался 10 раз.

Есть другие мнения (а также замечания, дополнения и предложения)?




Можно я скажу Я не верю, что машинка запускалась в 10 раз , допускаю, что была попытка ОДИН раз на стартовых реактивах. Я имею еще много чего сказать, но пока воздержусь, с Вашего позволения.





Не вижу оснований для недоверия к информации. представленной уважаемый Guest_ом . Он явно знаком с людьми, приближёнными к GS20 в центре "Биоинженерия" РАН. Также яно и то, что сам он далёк от данной проблемы. Об этом свидетельствует приведённая им цифра для прогонов - ~130 млн. нуклеотидов. Дело в том, что рабочий цикл на на GS20 даёт примерно 100 тыс. последовательностей длиной порядка 100 оснований. При этом общая производительнрость составляет примерно 10 млн. оснований . У более продвинутой модели FLX количество считываемых последовательностей увеличено до 400 тыс., а их длина превышает 200 оснований. В результате производительность рабочего цикла может достигать 100 млн. оснований.

Скорее всего. приведённая Гостем цифра "~130" млн. характеризовала общую длину ДНК, которая была оцифрована за 10 прогонов, "что очень неплохо" (по его же словам), поскольку превышает среднюю расчётную производительность данного прибора для данного количества циклов .



В биоинженерии стоит FLX. За один прогон он, действительно, по расчетам должен делать около 100 млн. Я лично видел обработку результатов, которую делал Genomatix, по данным коллег из ЦБ. 138 миллионов за один прогон. Относительно других прогонов ручаться не могу. Говорят, что за 10 прогонов сделали уже больше миллиарда нуклеотидов....





В ГАТЦе мне показывали , как 454 воспроизводимо "недосчитует" или "пересчитует"
3-5 одинаковых букв подряд - ААААА!!!!!!!
эти участки они пересеквинируют Иллуминой-Солексой при де ново секвенсах.
Пересеквенировать "подозрителъные" места капиллярниками - самасшедствие





Что 138 лимонов за прогон ? Это значит , что 38 лимонов в туалет потому как
скорее всего куча ошибок с коротких и длинных ридов .





Plant Physiol. 2008 Jan;146(1):32-44. Epub 2007 Nov 16.Click here to read Click here to read Links
Transcript profiling by 3'-untranslated region sequencing resolves expression of gene families.
Eveland AL, McCarty DR, Koch KE.

Department of Horticultural Sciences, Plant Molecular and Cellular Biology Program, Genetics Institute, University of Florida, Gainesville, FL 32611, USA.

Differences in gene expression underlie central questions in plant biology extending from gene function to evolutionary mechanisms and quantitative traits. However, resolving expression of closely related genes (e.g. alleles and gene family members) is challenging on a genome-wide scale due to extensive sequence similarity and frequently incomplete genome sequence data. We present a new expression-profiling strategy that utilizes long-read, high-throughput sequencing to capture the information-rich 3'-untranslated region (UTR) of messenger RNAs (mRNAs). Resulting sequences resolve gene-specific transcripts independent of a sequenced genome. Analysis of approximately 229,000 3'-anchored sequences from maize (Zea mays) ovaries identified 14,822 unique transcripts represented by at least two sequence reads. Total RNA from ovaries of drought-stressed wild-type and viviparous-1 mutant plants was used to construct a multiplex cDNA library. Each sample was labeled by incorporating one of 16 unique three-base key codes into the 3'-cDNA fragments, and combined samples were sequenced using a GS 20 454 instrument. Transcript abundance was quantified by frequency of sequences identifying each unique mRNA. At least 202 unique transcripts showed highly significant differences in abundance between wild-type and mutant samples. For a subset of mRNAs, quantitative differences were validated by real-time reverse transcription-polymerase chain reaction. The 3'-UTR profile resolved 12 unique cellulose synthase (CesA) transcripts in maize ovaries and identified previously uncharacterized members of a histone H1 gene family. In addition, this method resolved nearly identical paralogs, as illustrated by two auxin-repressed, dormancy-associated (Arda) transcripts, which showed reciprocal mRNA abundance in wild-type and mutant samples. Our results demonstrate the potential of 3'-UTR profiling for resolving gene- and allele-specific transcripts.



http://www.plantphysiol.org/cgi/reprint/146/1/32 ( http://www.plantphysiol.org/cgi/reprint/146/1/32 )





Ясное дело, жемчуг мелковат . Нам бы их проблемы. У нас-то пока даже супчик жидковат .





http://www.genome.org/cgi/reprint/18/1/161 ( http://www.genome.org/cgi/reprint/18/1/161 )



Наткнулся на майский пресс-релиз фирмы Applied Biosystems, посвящённый прогрессу технологии SOLiD:
1. В институте Бродов (Broad Institute) запустили пару секвенаторов и сделали 50 млрд.п.о. за 6 недель .
2. К концу этого периода довели производительность до 13,4 млрд.п.о. за цикл .
3. В самой фирме ABI выход достигает 17 млрд. п.о. за цикл .
4. Продолжительность цикла уменьшилась, но не признаются, на сколько конкретно .
5. В 2009 году планируют увеличить длину секвенирования до 50 п.о. (50х2 п.о. при парном чтении) .

Всё идёт к тому, что в следующем году будут читать геном человека за один заход .



Файл/ы:

SOLiD_Proof.pdf Размер:: 39.07к кол-во скачиваний: 12

1: Nat Methods. 2008 Jul;5(7):613-9.


Stem cell transcriptome profiling via massive-scale mRNA sequencing.
Cloonan N, Forrest AR, Kolle G, Gardiner BB, Faulkner GJ, Brown MK, Taylor DF, Steptoe AL, Wani S, Bethel G, Robertson AJ, Perkins AC, Bruce SJ, Lee CC, Ranade SS, Peckham HE, Manning JM, McKernan KJ, Grimmond SM.

Expression Genomics Laboratory, Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland, 306 Carmody Road, St. Lucia, Queensland, 4072, Australia.

We developed a massive-scale RNA sequencing protocol, short quantitative random RNA libraries or SQRL, to survey the complexity, dynamics and sequence content of transcriptomes in a near-complete fashion. This method generates directional, random-primed, linear cDNA libraries that are optimized for next-generation short-tag sequencing. We surveyed the poly(A)(+) transcriptomes of undifferentiated mouse embryonic stem cells (ESCs) and embryoid bodies (EBs) at an unprecedented depth (10 Gb), using the Applied Biosystems SOLiD technology. These libraries capture the genomic landscape of expression, state-specific expression, single-nucleotide polymorphisms (SNPs), the transcriptional activity of repeat elements, and both known and new alternative splicing events. We investigated the impact of transcriptional complexity on current models of key signaling pathways controlling ESC pluripotency and differentiation, highlighting how SQRL can be used to characterize transcriptome content and dynamics in a quantitative and reproducible manner, and suggesting that our understanding of transcriptional complexity is far from complete.



В общем, рубеж в 10 Gb за рабочий цикл уже преодолён. При десятикратном чтении на геном человека требуется всего 6 циклов.

Недавно смотрел Y-хромосому Уотсона. Его геном прочли шестикратно. Очень дырявая картинка! Аутосомы выглядят лучше, т.к. для Y-хромосомы чтение оказалось не более, чем троекратным.



With 15 GB on GA II and Avantome Buy,
Illumina Confident in Next-Gen Battle

[July 29, 2008]

By Julia Karow

Internally, through improvements in the chemistry and software, Illumina is now able to generate 15 gigabases of sequence data per run on its Genome Analyzer, and it has “clearly defined a roadmap to reach 20 gigabases or beyond by the end of this year.”





Откуда этот Мустафа взялся ?

Illumina to Buy Avantome for Up to $60M;
Long, Cheap Reads Will Target Sanger

[July 29, 2008]

By Julia Karow

The company was co-founded by Mostafa Ronaghi, a principal investigator at the Stanford Genome Technology Center. He is one of the inventors of pyrosequencing and a previous collaborator of Illumina. Illumina hopes that the new technology, which may compete with 454’s platform, will complement its Genome Analyzer.



Иранец. Был рабочей лошадкой (аспирантом) в шведской лаборатории, занимавшейся люминометрическим определением пирофосфата. Под чутким руководством неспешных шведов быстро довёл до работоспособного состояния технологию пиросеквенирования и защитил на этом диссертацию.

Шведы продолжили ковыряться с планшетным пиросеквенированием, а американцы (454) тем временем занялись технологией параллельного пиросеквенирования, которая привела к появлению первого коммерческого геномного секвенатора GS20.

Ну, а Mostafa тем временем переметнулся в Стэнфорд и сконцентрировал усилия на совершенствовании параллельной технологии секвенирования. В прошлом году грозился всех переплюнуть, но вместо того, чтобы "плеваться", продал свою фирмочку Иллюмине за 60 млн.$.





Ну и где "амналитические выводы" ?
Что Иллумина в пиросеки решила тоже податся ?



Кто-то доказывал, что SBS нужно использовать в сочетании с пиросеквенированием. Они неплохо дополняют друг друга.



По-моему, логичнее и перспективнее внедрить reversible terminators в пиросеквенирование.

http://www.pnas.org/content/104/42/16462.full ( http://www.pnas.org/content/104/42/16462.full )

Всем привет



Терминаторы устраняют проблемы с гомогенными повторами, но замена нативных субстратов модифицированными создаёт другие проблемы :
1. Необходимость использования "хитрых" полимераз типа "9°N polymerase (exo-)A485L/Y409V" .
2. Низкая эффективность включения модифицированных субстратов даже с такими полимеразами .
3. Значительное удорожание реагентов .

Кстати, о реагентах. В технологии Illumina терминирование обязательно, но обеспечивает его не модификация 3'-OH, а флуорофоры, соединёные с основаниями классическим способом - через 7-углерод у пуринов или 5 у пиримидинов. Правда, не все флуорофоры способны терминировать полимеразную реакцию, и не все полимеразы способны "переварить" такую модификацию, но это уже секреты фирмы .

По-видимому, именно этим и объясняется интерес Illumina к пиросеквенированию и то, что они не пожалели на приобретение разработчика этой технологии 60 млн.$ .





Мне кается , что 60 лимонов налом сильно смахивает на покупку футболистов
Так сказать - новые технологии в приобретении "научных кадров" -
можно попробовать внедрить в России





Эта "фирма рога-и-копыта" ну ясен пень оформлялась под покупку Мустафы.




Блин, кто-бы меня купил, ну хотя бы за ... 10 лимонов.





у меня тут такие "прогрессивные налоги" с научной зряплаты, что если их
применить к московским миллиардерам - Москва опустеет на следующий день



проблема в том, что Иллюмина хочет дополнить свои секвенаторы, которые дают короткие риды, пиросеквенатором типа 454, который дает относительно длинные риды. По расчетам группы Леви и Вентора для сборки генома необходимы риды не менее 170 нуклеотидов. Комбинирование дешевого "короткого чтения" с дорогим, но "длинным" пиросеквенированием- это то, что стоит сегодня на повестке дня для любой геномной лаборатории. Конечно же можно купить и 454 и Иллюмину, но последняя хочет предложить комплексное решение на своей базе. Для поиска новых популяционных или ассоциативных снипов вполне подойдет и GAII особенно в сочетании с Exon trapping, а для аккуратной сборки диплоидного генома со всеми инверсиями, делециями и амплификациями нужно более аккуратное длинное чтение...





Что она это хочет - вроде уже выяснили
хотелосъ бы шпионскую инфу об иллуминском "Пиросеке"



Для инфы, даже для шпионской, пока рановато. Если, конечно, шпион не сидит в правлении Иллумины.

Что касается длины ридов, то у SOLiD 2.0 эта проблема решается парным чтением концов фрагментов длиной от 600 до 10000 п.о., причём длину чтения они обещают довести до 50х2. Это гораздо информативнее одиночных ридов, даже длинных.



Иллюмина уже давно не делает одиночных ридов. Они делают двойные риды сейчас по 35 нуклеотидов, а к зиме доведут до 50. Проблема касается именно биоинформатики и сборки. Скоро производить данные можно будет хоть в зимбабве, а вот собирать геном и уж тем более анализировать сутевую часть будет уделом очень немногих. Относительно информации по пиросеквенированию- это будет аналог 454, вернее по принципу пиросеквенирования, а пор воплощению это будет нечто иное, использующее технологию иллюминовских шариков с адресами...



И еще. У них у всех, и у нас тоже ( я имею в виду пользователей GAII, SOLID& 454) есть около полутора лет, пока на рынок не выйдет принципиально иная технология мономолекулярного чтения и тогда всем нам придется опять искать возможность смены парка машин на Хеликосы, ПасификБио и прочие нанопоры...





От задач зависит - меня де ново сиквинячиние не волнует



Леви в приватной беседе утверждал, что просто ресеквенирования не достаточно для персональной медицины. Что мол направление участков, их копийность- важнейший фактор в развитии полигенных заболеваний... Заметьте, что у Вентера стоит 10 машин для пиросеквенирования и всего по одной Иллюмине и СОЛИДу...





меня и "персональная медицина" не волнует , "полигенные заболевания" и
без буковок могут вылезти , например метилирование буковок





Потому, что Вентер решил пересиквинячить всех бактерюх на своей жопе-
никакого отношения к полигенным наследственным болячкам он не имеет .





А вы знаете , что такое Лос Аламос и Ливермор ? Спросите у жителей Хиросимы
и Нагасаки А потом подумайте почему сиквинячиние де ново микробов у них
http://www.microbeproject.gov/index.cfm?CF...572&agency_id=1 ( http://www.microbeproject.gov/index.cfm?CFID=919523&CFTOKEN=88375635&action=dsp_showarticle&article_id=572&agency_id=1 )




http://www.jgi.doe.gov/ ( http://www.jgi.doe.gov/ )





Ну и где Апплера-Селера -АБИ ?
АБИ купли Инвитроген из жалости





Какого именно Леви Вы имели в виду? Фамилия довольно распространённая. Известны, например, джинсы Леви-Страус .

Есть ещё Amnon Levi
Charleston, South Carolina
Research Geneticist
Amnon.Levi@ars.usda.gov
Phone: (843) 402-5300 ext. 5326
Fax: (843) 573-4715
2700 SAVANNAH HIGHWAY
CHARLESTON, SC, 29414-0000

Projects

GENETICS AND GENETIC IMPROVEMENT OF DISEASE RESISTANCE AND QUALITY TRAITS IN WATERMELON, BROCCOLI, AND LEAFY GREEN BRASSICAS Appropriated (D)
Accession Number: 413305


IDENTIFYING DNA MARKERS LINKED TO THE FUSARIUM WILT (RACE 1) RESISTANCE GENE IN WATERMELON Nonfunded Cooperative Agreement (N)
Accession Number: 412587


COMPARATIVE GENOMICS, WIDENING NARROW GENETIC BACKGROUND AND MINING FRUIT QUALITY GENES IN CUCURBITS Reimbursable ®
Accession Number: 412813



Кажется, нашёл:

Dr. Samuel Levy, Director in Human Genomics at the J. Craig Venter Institute, has an ongoing interest in characterizing and refining the structure and function of the genome and epigenome in human populations. Dr. Levy was the leading scientist on the first published diploid genome sequence of a human, J. Craig Venter (PLoS Biology 5, e254), and he leads ongoing studies of functional characterization of DNA variants in protein coding and cis-regulatory regions. Dr. Levy also provides contract-based gene resequencing services for the National Heart, Lung and Blood Institute (NHLBI) and has worked with over ten different research groups over the last three years providing high throughput discovery of DNA variants on clinical samples for disease association studies.



Картинки:


Проблемы, связанные с reversible terminators, безусловно существуют, но неразрешимыми они не кажутся - думаю, год работы с 9N в определенных комнатах ИБХ приведет к значительному увеличению эффективности включения терминаторов без многократного удорожания (хотя киты для 454 и так запредельно дорогие, это факт).

Проблема определения "направления участков" в большинстве случаев однозначно решается с помощью paired-end, проблема копийности по идее решается адаптацией digital PCR к полногеномному секвенатору (с предварительным отловом нужных последовательностей - как у NimbleGen или ) - paired end есть у всех next-gen технологий, для digital PCR рошевский 454 подходит лучше, чем иллюминовский GA (другое дело - "шарики с адресами").

Статус метилирования буковок надежнее всего определяется опять-таки секвенированием (после бисульфитной модификации).

Вот будет забавно, если окажется, что у Вентера стоит 10 штук аппаратов от Biotage:))

Касательно мономолекулярщиков - Хеликос вроде как начал коммерциализацию, в ZS Genetics утверждают, что открыты для переговоров о бета-тестировании, а во всяческие nanopore пока ИМХО рановато верить.



У NimbleGen или Olink (про последний см. www.pnas.org/cgi/content/full/0702165104 )





Касательно мономолекулярщиков:
1. Хеликос третий год заявляет о том, что "вроде как начал коммерциализацию", но "воз и ныне там". Недавно, правда, им удалось просеквенировани геном бактериафага фX174 (~5 тыс. п.о.). Т.е. "гора родила мышь") .
2. ZS Genetics "открыта для переговоров о бета-тестировании своей технологии", т.е. открыта для инвесторов . Количество подобных "открытых для переговоров" фирм измеряется десятками.

Полимераза из "определённых комнат ИБХ" не решит проблему, поскольку речь идёт об "увеличении эффективности включения терминаторов без многократного удорожания", а требуется многократное удешевление.
Тем не менее очень рад, что в России есть люди, пытающиеся заниматься решением подобных проблем. Жалко только, что работать им приходится в глубоком подполье .





ну уболтал - уже год , как пробуем 454-ПЕРЕСИКВИНЯЧИТь классический штамм
субтильной бациллы так-что - попутного ветра в "персональную медицину"





почему рановато - Вентер рванул в акванавты и забил на человеков , потому
как доктора Ватсона отсиквинячили типа не интересно стало человеков
оставил за себя Леву щеки раздувать

Environ Microbiol. 2008 Jul 14. [Epub ahead of print]Click here to read Links
It's all relative: ranking the diversity of aquatic bacterial communities.
Shaw AK, Halpern AL, Beeson K, Tran B, Venter JC, Martiny JB.

Department of Ecology and Evolutionary Biology, Brown University, Providence, RI 02912, USA.

The study of microbial diversity patterns is hampered by the enormous diversity of microbial communities and the lack of resources to sample them exhaustively. For many questions about richness and evenness, however, one only needs to know the relative order of diversity among samples rather than total diversity. We used 16S libraries from the Global Ocean Survey to investigate the ability of 10 diversity statistics (including rarefaction, non-parametric, parametric, curve extrapolation and diversity indices) to assess the relative diversity of six aquatic bacterial communities. Overall, we found that the statistics yielded remarkably similar rankings of the samples for a given sequence similarity cut-off. This correspondence, despite the different underlying assumptions of the statistics, suggests that diversity statistics are a useful tool for ranking samples of microbial diversity. In addition, sequence similarity cut-off influenced the diversity ranking of the samples, demonstrating that diversity statistics can also be used to detect differences in phylogenetic structure among microbial communities. Finally, a subsampling analysis suggests that further sequencing from these particular clone libraries would not have substantially changed the richness rankings of the samples.





Вентер по океановирусам специализируется
http://www.plosone.org/article/info:doi/10...al.pone.0001456 ( http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0001456 )





Весьма польщён . К сожалению, знаю далеко не всё . Точнее - совсем немного . Ещё точнее - почти ничего .

Но кое-что знаю. Например, если кого-то интересуют полимеразы, причём из ИБХ, то обращаться нужно к Матвеичу. Уж он-то точно знает всё .




Для твоей "обработанной" ДНК КОД-полимераза не подошла, значит? Как это малой скоростью и куда?





она ни для какой ДНК не подошла нафик куда послать ее - могу тебе если
не стухла или не выбросил





недавно был в ступоре - евабраун уверенно ингибировала японские полимеразы





для обработанной днк я спидстархс такары южу - на все другие - забил
но она не любит евубраун
http://catalog.takara-bio.co.jp/en/product...itid=U100005919 ( http://catalog.takara-bio.co.jp/en/product/basic_info.asp?unitid=U100005919 )




А какая полимераза входит в Такару Микс.? По КОДу патент у япошки. Представил тебя в состоянии ступора...

Да простит меня Генсек за сплошной офтоп, но после "волнового беспредела " на этом форуме я с собой ничего не могу поделать. хочется постоянно нарушать.



метилирование тоже можно смотреть с мононуклеотидным разрешением... вот для арабидопсиса уже сделали... и для людей вот вот Ениш сделает... Таким образом после проекта 1000геномов может стать на повестку дня проект 1000эпигеномов. Только собирать их существенно сложнее из за вырожденности ЦТ





9N это вотчина NEBа. Матвеич и компания этой полимеразой не занимаются. Может кто-то еще в ИБХ занимается ДНК полимеразами?





издеваешси - поставил на верити градиент подстраховатся -
взял японофаст и абифаст и бухнул евубраун - на аби - все идет , что с евой , что
без . на японофаст - только без евы и пофиг градиент





фиг его знает - нулевая гипотеза - клентака + вент + антитела -
но только не надейся - я в отпуске





Вроде Иллумина-Солекса для амплификации библиотек Пхусион торгует в киты . Мне не подошла -
больно ДНК у меня ультрафиолетом покоцана





а может действительно они клентаку смешали с КОДой
КОДа точно СИБРой ингибируется .






http://www.jstage.jst.go.jp/article/analsci/21/1/53/_pdf ( http://www.jstage.jst.go.jp/article/analsci/21/1/53/_pdf )




Для полного счастья. Для мультиплекса (18-20 плекс) STR-ов c 5-мечеными праймерами. Идет накопление очень коротких меченных осколков, от праймеров ? от ПЦР продуктов? Вообщем, картинка не очень красивая.



Насколько я понимаю, при таком крутом мультиплексировании нужна полная взаимосовместимость праймеров, т.е. отсутствие межпраймерных залипаний. Иначе должны вылезть если не димеры, то всяческие вилочные структуры. Наверное, это и есть Ваши "короткие меченые осколки".

Это Вы личности идентифицируете, или просто гаплотипы определяете?





Рекламацию Промеге или АБИ





"Шпионская инфа" Однажды немцы, англичайне и японцы решили отсиквинячить
бактерию на брудершафт. Разрезали ее на три куска , потом собрали в кучу
и выставили в базу данных всем на радость

Мораль басни - не связуйтесь с японцами



http://www.plosgenetics.org/article/info:d...al.pgen.1000139 ( http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.1000139 )



Illumina scientists have demonstrated that the same runs can yield 10GB of high quality data with 50-base paired end reads.

http://findarticles.com/p/articles/mi_m0EI..._6/ai_n25383115 ( http://findarticles.com/p/articles/mi_m0EIN/is_2008_May_6/ai_n25383115 )

Кстати, об Иллумине. Уже божатся, что довели длину чтения до 75 п.о. Не планирует ли кто-нибудь покупку GAII ?





Это что за намеки Я тут уже напокупался благодаря некоторым товарищам





Кстати , в Констанце прибамбаса для пеард-ендс есть - толъко не понял , что
за новая химия и математика у Иллумины




Ты чего такое говоришь? Это же не специально. Я что сам не покупаю - вместо столов стеллажи завел.
А секвенаторы мне бесплатно не нужны.





Химия старая. Правда, с парными концами ещё не разобрался . Патенты есть, но не уверен, что именно описанные в них варианты paired-end используются в GAII.

Что касается программного обеспечения, то его последняя версия имеет улучшенный base-caller, позволяющий читать до 50 п.о. Альтернативный вариант - использование самонастраивающегося ПО, позволяющего довести длину чтения до 78 п.о. Правда, цифры немного лукавые . В действительности последнее Иллуминовское ПО тоже доводит длину чтения до 78 п.о. но только у 5% последовательностей, а самонастраивающаяся система доводит количество читаемых сиквенсов до 22%:
http://hannonlab.cshl.edu/Alta-Cyclic/main.html ( http://hannonlab.cshl.edu/Alta-Cyclic/main.html )



Файл/ы:

poster_for_biology_of_genomes.pdf Размер:: 276.23к кол-во скачиваний: 8

А кто то может меня сориентировать по цене некоторых Иллюминовских расходников, если я выложу каталожные номера. Просто мы не direct customer и есть ощущение, что нам слегка придавливает ценами местный поставщик. Вот, что мне нужно узнать о среднеевропейских ценах:
PE-102-1001
1 Paired End DNA Sample Prep Kit
Kitted reagents for Paired End Sample Preparation of 10 DNA samples

PE-203-1002
5 Paired End Cluster Generation Kits - GA II
Kitted reagents for Cluster Generation on 5 flow cells

FC-204-2036
36 Cycle Sequencing Kit v2
Kitted reagents for a single run of 35 bases on one flow cell

СПАСИБО!



Не знаю, сможет ли кто-нибудь, кроме Иллуминовцев, дать такую инормацию, но буду очень признателен, если Вы приведёте цены, которые Вас сейчас "придавливают".





Меня придавливают не цены, а "киты" - так что "самопалить" приходится



GAII собираемся покупать мы. Осенью, скорее всего, будет стоять у нас. Правда, у начальства есть сильное желание купить ее без каких бы то ни было китов. Самопалить мы в принципе умеем, но не такое же и не сразу же :-))). Вся надежда в таком случае будет на ГенСека).

Цены на киты могу узнать - по крайней мере российские.

Насчет Хеликоса полностью согласен с предыдущими ораторами, гора пока даже толком не родила мышь (про гору очень точно - внушительно выглядит аппарат, точнее, его муляж, показанный на одной из конференций этой весной) и не собирается - а вот насчет ZS пока соглашаться рано
(http://www.zsgenetics.com/application/geneexpress/expressiondetail.html#application ). Написал им, ждем ответа.

В генетическую инженерию полимераз в России я как-то верю. Надо точно цели определить, а там видно будет - может быть, и Константин ими займется, а может быть, и кто-то другой найдется.



http://www.zsgenetics.com/application/UsingTech/index.html ( http://www.zsgenetics.com/application/UsingTech/index.html )





Установите в лаборатории Евгения Давидовича , или под секвенатор будет организована отдельная группа ?



Установим в лаборатории Александра Сергеевича. Отдельная группа организованва будет:-).





Прошу прощения, но кто это (если не Пушкин) ?





ГАТЦ вроде 100 геномов человека к 2010 собирается
http://www.gatc-biotech.com/en/index.php ( http://www.gatc-biotech.com/en/index.php )





Библиотеки делают для Солексы вроде многие "самопалами" - ДНК может
оказатся из "мамонта" или сильно поврежденной - полимераза из "родного кита"
начнет чихать .



Кстати, о GAII :



Файл/ы:

Illumina_GA_Update.pdf Размер:: 1.01мб кол-во скачиваний: 10

Александр Сергеевич - Белохвостов. Мы же с Вами, genseq, общались в НПЦ:-).



"Вечерняя Москва", №84 (24862) от 16.05.2008

Рак мозга можно победить?

Вся надежда у онкологов только на генетику. Далеким от медицинских проблем людям мало известно, что за последние годы подобные центры появились в США, Германии, а недавно такая программа принята и в Китае.
Почему же нет таких центров в России? В первую очередь из-за фантастической дороговизны. Анализ всех шести с лишним миллиардов пар нуклеотидов генома одного человека обходится в миллионы долларов и, конечно, остается недоступным для практической медицины. В результате полный анализ генома человека, то есть всей совокупности генов и остальных ДНК-последовательностей клетки, представляет собой фундаментальную проблему. Но альтернативы этой методике нет.

Что важно – в развитых странах изучают другие виды опухолей. К глиомам так близко еще никто не подошел. Так что если будет реализован представленный Притыко проект «Быстрый геном», в Москве появится геномный центр нового поколения, не имеющий аналогов в мире.

Проектом «Быстрый геном» заинтересовался Юрий Лужков. По его поручению в Московском комитете по науке и технике прошло уже два совещания.

Откуда у докторов НПЦ такая уверенность в своих силах? Так не с нуля же начинают! Уже три года в клинике действует лаборатория молекулярной генетики.
– За это время наши ученые вышли на такой уровень прикладных исследований, что стали реально помогать людям, – рассказывает заведующий генетической лабораторией научно-практического центра, доктор медицинских наук Александр Белохвостов.

Автор: Жанна АВЯЗОВА





Dear Андрей,
виноват . Склероз . Путаюсь уже . Старость - не радость .

Чтобы не запутаться просветите, пожалуйста, насчёт гостевых входов:

fr8xQ1yxqd56I - это, конечно, Вы.
frOB/Xcpq1nwM - это тоже Вы, но зашли с соседнего компьютера.
А вот froplQlEbqVZY - это тоже Вы, или есть и другие желающие приобрести GAII?



Да ничего страшного :-).
Как ни прискорбно, d56I, 1nwM и qVZY - это все я (и что особенно любопытно, с одного и того же компа - почему так по-разному, вопрос к компании МТУ, наверное).
Из других желающих приобрести GAII точно могу сказать только про К. Г. Скрябина.



И вот сейчас я с него же:-)






про "три года в клинике действует" - это круто





Ну раз великий ученый Лужков заинтересовался - тогда уж "Быстрый геном навозных шариков Лужкова" нужно делать




Это модемная связь такая, т.е. каждое подключение - разные IP-адреса. У меня тоже было такое в отпуске. Но мне это очень понравилось... А на работе, к сожалению, не удается уходить в глубокое подполье.



Очень рекомендую всем посетить http://seqanswers.com/ ( http://seqanswers.com/ ), а то мне там как-то одиноко . Больше тысячи зарегистрированых посетителей, работающих на FLX, GAII, SOLiD 2.0 и т.п., а из России я один, да и то без прибора .





Может к Редактору

Science. 2008 Aug 15;321(5891):956-60.
A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome.
Sultan M, Schulz MH, Richard H, Magen A, Klingenhoff A, Scherf M, Seifert M, Borodina T, SOLDATOV A, Parkhomchuk D, Schmidt D, O'Keeffe S, Haas S, Vingron M, Lehrach H, Yaspo ML.

Department of Vertebrate Genomics, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 73, 14195 Berlin, Germany.

The functional complexity of the human transcriptome is not yet fully elucidated. We report a high-throughput sequence of the human transcriptome from a human embryonic kidney and a B cell line. We used shotgun sequencing of transcripts to generate randomly distributed reads. Of these, 50% mapped to unique genomic locations, of which 80% corresponded to known exons. We found that 66% of the polyadenylated transcriptome mapped to known genes and 34% to nonannotated genomic regions. On the basis of known transcripts, RNA-Seq can detect 25% more genes than can microarrays. A global survey of messenger RNA splicing events identified 94,241 splice junctions (4096 of which were previously unidentified) and showed that exon skipping is the most prevalent form of alternative splicing.



http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlere...bmedid=18660515 ( http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=18660515 )





Он там, наверное, уже зарегистрирован, но со ссылкой на Германию. А вот пригласить его заглянуть в тему Mzagr, наверное, стоит .





Что это за "лучшая в мире геномная лаба " имени Лижкова в Москве?


http://www.rosbalt.ru/2008/09/27/527653.html ( http://www.rosbalt.ru/2008/09/27/527653.html )



В Сэнгеровском институте работают 26 GAII с загрузкой по времени ~50%.
В институте Бродов - 18 GAII.

Сколько нужно секвенаторов, чтобы в Москве появилаcь лучшая в мире геномная лаборатория ?



Дык, бить надо не числом, а уменьем





В ГАТЦе два Роша , две Иллумины и 6 автоматкапиллярников АБИ3730хл

"Не клади все яйца в одну корзину"
Идеальных секвенаторов нет и одним Рошом или Иллуминой не отделаешся





"Геномная лаборатория" - это не только секвенаторы ..........
(дальше - про "Кроликов")





Если речь идет о "секвенирующей фирме" -можно попробовать скопировать ГАТЦ Обещают 100 человековых геномов через два года
http://www.gatc-biotech.com/en/index.php?navid=1 ( http://www.gatc-biotech.com/en/index.php?navid=1 )



Вчера (1.10.08) в Форестере (Калифорния) в центральном офисе ABI началась трёхдневная встреча пользователей SOLiD. Представители фирмы рассказали присутствующим об основных параметрах очередной версии геномного секвенатора, выпуск которой запланирован на февраль 2009 г.

1. Длина секвенирования увеличена до 50 п.о. (или 2х50 при парном секвенировании). Возможно, будет доведена до 75 п.о.
2. Работать будет в абсолютно автономном режиме (оказываеся, предыдущие модели требовали перезарядки проточных ячеек каждые 24 часа).
3. Продолжительность рабочего цикла - 3 суток (6 суток в режиме парного секвенирования).
4. Стандартная производительность - 20 Gb (млрд п.о.) за парный цикл (т.е. если постараться, то можно сделать и больше).
5. Вычислительный кластер уберут из общего корпуса и прибор станет намного легче и компактнее.



Genome Technology, October, 2008, P.33-38.



Картинки (кликните, чтобы посмотреть полноразмерную):




Вот ыще солида в Москву - чтоб классический "лебедь-рак-щука" получился



В ближайшее время в Москве должно появиться 2 SOLiD 2.0.

К сожалению, подробностей не знаю, но кадры уже вербуют.



Nature. 2008 May 1;453(7191):56-64.
Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes.
Kidd JM, Cooper GM, Donahue WF, Hayden HS, Sampas N, Graves T, Hansen N, Teague B, Alkan C, Antonacci F, Haugen E, Zerr T, Yamada NA, Tsang P, Newman TL, Tüzün E, Cheng Z, Ebling HM, Tusneem N, David R, Gillett W, Phelps KA, Weaver M, Saranga D, Brand A, Tao W, Gustafson E, McKernan K, Chen L, Malig M, Smith JD, Korn JM, McCarroll SA, Altshuler DA, Peiffer DA, Dorschner M, Stamatoyannopoulos J, Schwartz D, Nickerson DA, Mullikin JC, Wilson RK, Bruhn L, Olson MV, Kaul R, Smith DR, Eichler EE.

Department of Genome Sciences and Howard Hughes Medical Institute, University of Washington, Seattle, Washington 98195, USA.

Genetic variation among individual humans occurs on many different scales, ranging from gross alterations in the human karyotype to single nucleotide changes. Here we explore variation on an intermediate scale--particularly insertions, deletions and inversions affecting from a few thousand to a few million base pairs. We employed a clone-based method to interrogate this intermediate structural variation in eight individuals of diverse geographic ancestry. Our analysis provides a comprehensive overview of the normal pattern of structural variation present in these genomes, refining the location of 1,695 structural variants. We find that 50% were seen in more than one individual and that nearly half lay outside regions of the genome previously described as structurally variant. We discover 525 new insertion sequences that are not present in the human reference genome and show that many of these are variable in copy number between individuals. Complete sequencing of 261 structural variants reveals considerable locus complexity and provides insights into the different mutational processes that have shaped the human genome. These data provide the first high-resolution sequence map of human structural variation--a standard for genotyping platforms and a prelude to future individual genome sequencing projects.



В ближайший четверг буду докладывать о состоянии секвенирования в мире. Хотелось бы упомянуть и Россию, но ясности пока нет .

Точно известно о наличии только одного прибора (GS FLX) в Центре биоинженерии. Все прочие всё ещё в планах, или к кому-то уже пришли ?

P.S.: Спасибо спамерам, без которых эта тема могла бы уже и не всплыть .



Генсек, хватит работать.Пятничная расслабуха!
http://www.youtube.com/watch?v=Bw4K_fbRbWk&NR=1 ( http://www.youtube.com/watch?v=Bw4K_fbRbWk&NR=1 )




http://www.ifirms.ru/firm/19039 ( http://www.ifirms.ru/firm/19039 )




Закупка реактивов для секвенирования генома бактерии на геномном анализаторе GS FLX для выполнения НИР. - тендеры Сельское хозяйство в Москве

На данный момент по данному тендеру информации нет, или он находится в стадии рассмотрения конкурсных заявок.

Показатель Значение
Сфера деятельности Сельское хозяйство
Регион Москва
Дата публикации 28 августа 2008
Источник финансирования внебюджетные средства
Общая цена контракта 484 тыс. руб.
Подача конкурсных заявок:
дата начала
дата и время окончания
28 августа 2008
5 сентября 2008, в 12:00
Сроки поставки (проведения работ) в срок до 25 сентября 2008г.
Порядок оплаты 30% после полной поставки Товара на склад Заказчика в срок до 06 октября 2008г., и 70% в срок до 30 ноября 2008г.

Наименование товаров, работ, услуг
Наименование лота Закупка реактивов для секвенирования генома бактерии на геномном анализаторе GS FLX для выполнения НИР.
Начальная/максимальная цена контракта, тыс. руб 484



Это ты мне? Я еще не дорос до таких масштабов. И вообще, я закончил труд.неделю. Сегодня целый день пытался подключить сканер к компу - не тот кабель в комплекте. Готов был все стереть в порошок.





Там в тендере у Кости Скрябина и про твои магнитики тоже есть





Может они действительно туда пошли. Какие-то большие шальные заявки были. А посредники, знаешь, какие ушлые, слово не вытянешь кому перепродают содрав все лейблы.
Ну и черт с ними, мне по фигу, лишь бы ... войны не было.





Спасибо за песенку. Расслабляет отлично.

Это не ты ли сам в отпуске клип сделал? Очень уж солист похож на тебя.








Это Петр Налич, стал очень популярным благодаря этому интернетовскому "самопальному" клипу. Он учлся в МАРХИ с моим Конечным продуктом (старшим). Я в клипе с великом ... Действительно похож.



ТОлько-что узнал из телевизора о Петре Наличе. Оказывается, я совершенно отстал от жизни.

Пересмотрел клип заново. Велик фигурирует трижды. Сначала - вдали на заднем плане. Затем - уже ближе. С велосипедистом в белых штанах. И, наконец, совсем близко, с "ощетининным", но спешенным велосипедистом, особенно похожим на тебя в обычном (небритом) состоянии.

Кстати, о велосипеде. В пятницу после обеда буду в Москве на машине. Как там с мешком? Что-нибудь прояснилось?





Как же нет ясности - прямо в тендерах написано - "Геном водоросли и бактерии"
попытка де-ново с помощю только одного Роша
Не понял только почему на реактивы для Роша нужен "тендер" с офигенной переплатой





Что тяакое "микроматрасыДНК высокой плотности " по тендеру "Електротехника"


Главная

Поставка микроматриц ДНК высокой плотности для выполнения НИР - тендеры Электротехника : Измерительная техника в Москве

На данный момент по данному тендеру информации нет, или он находится в стадии рассмотрения конкурсных заявок.

Показатель Значение
Сфера деятельности Электротехника : Измерительная техника
Регион Москва
Дата публикации 18 марта 2008
Общая цена контракта 1485000 тыс. руб.
Подача конкурсных заявок:
дата начала
дата и время окончания
18 марта 2008
18 апреля 2008, в 00:00
Сроки поставки (проведения работ) Согласно конкурсной документации
Форма оплаты Оплата в рублях, безналичный расчет
Порядок оплаты Оплата 20% в течение 5 банковских дней с момента подписания Государственного контракта, 80% в течение 60 дней после поступления Товара на склад Заказчика

Дополнительная информация
Размер, порядок и срок внесения платы Конкурсная документация в письменной форме предоставляется (направляется по почте заказным письмом с уведомлением либо вручается лично под роспись) в течение двух дней с момента получения заявления и внесения платы в размере 500 (Пятьсот) рублей 00 копеек за ее предоставление. Реквизиты счета для перечисления платы за предоставление конкурсной документации: Центр «Биоинженерия» РАН, Банковские реквизиты: Отделение УФК по г. Москве, ИНН: 7728118561, КПП 772801001, Лицевой счет: 06319336160, Отделение 1 Московского ГТУ Банка России, г. Москва 705, р/с № 40503810600001009079, БИК 044583001, к/с – нет
Критерии оценки заявок на участие в конкурсе Согласно конкурсной документации
Вскрытие конвертов, дата и время 18.04.2008 12:00
Рассмотрение заявок, дата 22.04.2008
Подведение итогов конкурса , дата 25.04.2008

Наименование товаров, работ, услуг
Наименование лота Микроматрицы ДНК высокой плотности
Начальная/максимальная цена контракта, тыс. руб 1 485 000 (Один миллион четыреста восемьдесят пять тысяч) рублей 00 копеек
Количество товара 152
Единица измерения шт
Краткие характеристики товара Согласно конкурсной документации





Водорослю уже отсеквенировали

http://www.nature.com/nature/journal/v456/...ature07410.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v456/n7219/abs/nature07410.html )




Головузаморачивающий термин.





Особенности российской научной терминологии
термоциклер - "амплификатор"
ТакМан - "зонд"
микроаррей - " микроматрац ДНК"
аффимерикс генчип (нимблген, иллумина)- "микроматрац ДНК высокой плотности"



"микроматрицы ДНК высокой плотности " по тендеру "Електротехника"

Насколько я понимаю, это проточные рабочие ячейки для пиросеквенатора GS FLX, содержащие по 1,6 млн. лунок. Правда, сейчас проходит тестирование усовершенствованная можель (FLX Titanium). У неё проточная рабочая ячейка содержит уже 3,6 млн. лунок. Называются подобные устройства "PTP" (PicoTiter Plate). Наверное, именно это название перевели на русский как "микроматрицы ДНК высокой плотности ".



Читать то умеете... написано "микроматрицы"... а у вас одни "матрасы" на уме... умники



как следует из описания к тендеру нет никаких оснований полагать, что речь идет о проточных ячейках в ФЛХ. Это наверняка иллюминовские чипы для генотипирования...





ерунда - за 10000 рублев штука иллумину не купите -особенно 1 лимон снипов на чип




152 чипа за 1400000 деревянных



В своем ли уме...????
В Москве 370ЦНВквадро именно по 10000 руб и есть...
И еще. Можно ли поподробнее про безумную переплату по реактивам для ФЛХ... Ну тольок с цифрами. В Москве их поставляет всего одна фирма... может действительно кто то предложит дешевле?



а можно поподробнее про Налича... Клип то где снимали? Кто то, относящийся к секвенированию, там плясал и распевал? Чуть чуть больше инфо дайте плз! Налич вроде как в Москве, а съемки типа Кэмбриджа...





это что - Illumina HumanHap370 microarray ?





мне соседи на Роше сделали геном бактерии за 5000 евров



Как я понял из описания тендера- это старые 370CNVduo, которые этим летом заменили на 370CNVquadro. Т.е. оно хотели около 300 человек отгенотипировать, раз у них 152 матрицы было. Московская цена для нас это около 400у.е. за образец... Для этой котировки почему то получилось почти в два раза дешевле... может у них скидка супер... не знаю..



Геном бактерии- около 5 миллионов или меньше... С 20 кратным перекрытием. Получим около 100 миллионов. Это как раз один запуск прибора с титрованием. Я не верю, что две пикотитровальные пластины (одну для титрования, а вторую для самого запуска) и еще все реактивы можно купить за 5 000 евро.... Это из области сказок...





ваши дува-квадра не гуглятся - что это за фигня - фирма - название чипа ?



все понятно... вы там с иллюминой только по гуглу и знакомы... тогда нечего дальше продолжать и разговор... Если Вы пользователь Иллюмины с Icom аккаунтом, то все было бы понятно и без этой переписки... а так- гуглите дальше...





спасибо - мне "микроматрацы ДНК" в виде шариков не очень нужны
First customer shipments of the Human610-Quad and
Human1M-Duo BeadChips are expected in Q1 2008 and Q2 2008,
respectively.




Петр Налич - русский босниец, учился с моим старшим сыном в МАРХИ. Генсек нашел, что он похож на меня,на Ъ. (с великом у дерева, крупным планом, с бородой). Смайлики иногда упрощают общение на форуме... Архитекторы, молбиологи, физики, но ни одного музыканта... Одни художники.





да ладно - фиг с ними иллуминой , аффи , нимблгеном

но почему "микроматрицы ДНК" ? конспирация, чтоб никто не догадался ?
даже генсека в ступпор загнали



"Подробно описаны методы создания ДНК-микроматриц (ДНК-чипов), как отечественных, так и зарубежных ученых. Это окажет большую помощь в оценке токсичности лекарств в доклинических испытаниях, в оценке здоровых и измененных от болезни клеток, поиске мешений для новых лекарственных препаратов. Большой объем информации имеется в разделах «Микроматрицы и геномия ДНК»"
http://www.agroxxi.ru/ReviewFull.php?nid=84 ( http://www.agroxxi.ru/ReviewFull.php?nid=84 )





уряд-ли - им похоже нужен "метилом"

1: Methods. 2008 Oct 21.
Genome-wide high throughput analysis of DNA methylation in eukaryotes.
Pomraning KR, Smith KM, Freitag M.

Center for Genome Research and Biocomputing and Department of Biochemistry and Biophysics, Oregon State University, 2011 ALS Building, Corvallis, OR 97331-7305, USA.

Cytosine methylation is the quintessential epigenetic mark. Two well-established methods, bisulfite sequencing and methyl-DNA immunoprecipitation (MeDIP) lend themselves to the genome-wide analysis of DNA methylation by high throughput sequencing. Here we provide an overview and brief review of these methods. We summarize our experience with MeDIP followed by high throughput Illumina/Solexa sequencing, exemplified by the analysis of the methylated fraction of the Neurospora crassa genome ("methylome"). We provide detailed methods for DNA isolation, processing and the generation of in vitro libraries for Illumina/Solexa sequencing. We discuss potential problems in the generation of sequencing libraries. Finally, we provide an overview of software that is appropriate for the analysis of high throughput sequencing data generated by Illumina/Solexa-type sequencing by synthesis, with a special emphasis on approaches and applications that can generate more accurate depictions of sequence reads that fall in repeated regions of a chosen reference genome.



метилом? так бы и написали, что нужен метилом... я вот специально туда позвонил и спросил... действительно речь шла про 370CNV.

как по-другому назвать? биочип- запатентован ИМБ. за каждое употребление слова "биочип" нужно макарову платить 100 рублей... А микроматрица, нейтрально... мне кажется нормальное это слово- микроматрица....




"микроматраца ДНК" звучнее микроаррея , а с иллуминовские
нужно былоб называть "шариковые микроматрацы ДНК"

но когда "высокой плотности" - народ впадает в ступор Аффиметрикс, Нимблген
или Иллумина "микроматраца ДНК" ?



Вернёмся к секвенированию .

Ниже приведены 3 слайда из презентации. Какие будут замечания?



Картинки (кликните, чтобы посмотреть полноразмерную):


этож чтож получается - 300 баксов реактивов на геном бактерии на Роше



а чем тебе конец "микроматрацев ДНК" не нравится
1: Nat Methods. 2008 Jul;5(7):585-7.

Comment on:
Nat Methods. 2008 Jul;5(7):613-9.
Nat Methods. 2008 Jul;5(7):621-8.

The beginning of the end for microarrays?
Shendure J.



Название впечатляет. Нельзя ли выложить и текст?



454 точног дешевле выходит... 15 тыс долларов запуск на титане... а это 500 миллионов п.о... значит 30К за гигабазу...



а все эти микроматрицы для науки (не для диагностики) скоро точно умрут, цифровая экспрессия, метилома с нуклеотидным разрешением, ресеквенирование генома- все это скоро вытеснит чипы и микроматрицы. как бы их не называть... для диагностики они еще поживут какое то время...




Тут такое дело - понятно, что в России можно наладить производство реактивов - одна загвоздка - рынка нет. Кроме этого, потребитель покупает фирменный набор реактивов, разводит в 10 раз и работает...





Рынка пока нет. Единственный российский обладатель GS FLX, естественно, будет работать исключительно на фирменых реактивах. Но в Новосибирске есть потенциал для создания собственного рынка пиросеквенирования .

Потенциал есть, а энтузиазма нет .




Один из моих любимых анекдотов на эту тему: В стародавние времена, когда научных работников принимали в КПСС по очереди после рабочего класса, одного из таких заздавшихся завлабов на бюро райкома старый слесарь (который ещё Ленина видел) спрашивает: "А вот вы верите в возможность построения социализма в отдельно взятой стране?" На что кандидат в члены КПСС отвечает: "Я то верю. вот только детей жалко..."




otkeda togda 400000 rublev na odnu bakteriju

Закупка реактивов для секвенирования генома бактерии на геномном анализаторе GS FLX для выполнения НИР. - тендеры Сельское хозяйство в Москве

На данный момент по данному тендеру информации нет, или он находится в стадии рассмотрения конкурсных заявок.

Показатель Значение
Сфера деятельности Сельское хозяйство
Регион Москва
Дата публикации 28 августа 2008
Источник финансирования внебюджетные средства
Общая цена контракта 484 тыс. руб.





Яж взял твоего афтора Шендуру





хриматинпреципитация (ChIP-Seq), хромосомные делеции-амплификации





Автор то мой, а вот статья другая. Не хочу лишний раз беспокоить Full-text.





это коммент на статьи

Nat Methods. 2008 Jul;5(7):613-9. Epub 2008 May 30.Click here to read Links



Stem cell transcriptome profiling via massive-scale mRNA sequencing.
Cloonan N, Forrest AR, Kolle G, Gardiner BB, Faulkner GJ, Brown MK, Taylor DF, Steptoe AL, Wani S, Bethel G, Robertson AJ, Perkins AC, Bruce SJ, Lee CC, Ranade SS, Peckham HE, Manning JM, McKernan KJ, Grimmond SM.

Expression Genomics Laboratory, Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland, 306 Carmody Road, St. Lucia, Queensland, 4072, Australia.

We developed a massive-scale RNA sequencing protocol, short quantitative random RNA libraries or SQRL, to survey the complexity, dynamics and sequence content of transcriptomes in a near-complete fashion. This method generates directional, random-primed, linear cDNA libraries that are optimized for next-generation short-tag sequencing. We surveyed the poly(A)(+) transcriptomes of undifferentiated mouse embryonic stem cells (ESCs) and embryoid bodies (EBs) at an unprecedented depth (10 Gb), using the Applied Biosystems SOLiD technology. These libraries capture the genomic landscape of expression, state-specific expression, single-nucleotide polymorphisms (SNPs), the transcriptional activity of repeat elements, and both known and new alternative splicing events. We investigated the impact of transcriptional complexity on current models of key signaling pathways controlling ESC pluripotency and differentiation, highlighting how SQRL can be used to characterize transcriptome content and dynamics in a quantitative and reproducible manner, and suggesting that our understanding of transcriptional complexity is far from complete.



Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq.
Mortazavi A, Williams BA, McCue K, Schaeffer L, Wold B.

Division of Biology, MC 156-29, California Institute of Technology, Pasadena, California 91125, USA.

We have mapped and quantified mouse transcriptomes by deeply sequencing them and recording how frequently each gene is represented in the sequence sample (RNA-Seq). This provides a digital measure of the presence and prevalence of transcripts from known and previously unknown genes. We report reference measurements composed of 41-52 million mapped 25-base-pair reads for poly(A)-selected RNA from adult mouse brain, liver and skeletal muscle tissues. We used RNA standards to quantify transcript prevalence and to test the linear range of transcript detection, which spanned five orders of magnitude. Although >90% of uniquely mapped reads fell within known exons, the remaining data suggest new and revised gene models, including changed or additional promoters, exons and 3' untranscribed regions, as well as new candidate microRNA precursors. RNA splice events, which are not readily measured by standard gene expression microarray or serial analysis of gene expression methods, were detected directly by mapping splice-crossing sequence reads. We observed 1.45 x 10(5) distinct splices, and alternative splices were prominent, with 3,500 different genes expressing one or more alternate internal splices.



ну и Редактора заодно
1: Science. 2008 Aug 15;321(5891):956-60. Epub 2008 Jul 3.Click here to read Links
A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome.
Sultan M, Schulz MH, Richard H, Magen A, Klingenhoff A, Scherf M, Seifert M, Borodina T, Soldatov A, Parkhomchuk D, Schmidt D, O'Keeffe S, Haas S, Vingron M, Lehrach H, Yaspo ML.

Department of Vertebrate Genomics, Max Planck Institute for Molecular Genetics, Ihnestrasse 73, 14195 Berlin, Germany.

The functional complexity of the human transcriptome is not yet fully elucidated. We report a high-throughput sequence of the human transcriptome from a human embryonic kidney and a B cell line. We used shotgun sequencing of transcripts to generate randomly distributed reads. Of these, 50% mapped to unique genomic locations, of which 80% corresponded to known exons. We found that 66% of the polyadenylated transcriptome mapped to known genes and 34% to nonannotated genomic regions. On the basis of known transcripts, RNA-Seq can detect 25% more genes than can microarrays. A global survey of messenger RNA splicing events identified 94,241 splice junctions (4096 of which were previously unidentified) and showed that exon skipping is the most prevalent form of alternative splicing.





щас пробую цифровую експрессию одновременно хламидии и хозяина
на "микроматрацах ДНК" это фиг сделаешь

nmeth0708_585.pdf Размер:: 197.03к кол-во скачиваний: 17

Вот еще интересная статья (кажется, постил уже...) - про поиск снипов.

Мне кажется, оч. хорошая идея для больших геномов.

Возникает проблема - чтобы с нормальной вероятностью обнаруживать редкие аллельные варианты, нужны довольно большие выборки - 60-200 образцов, что соответственно стоит туеву хучу денег. Т.е. для негламурных немодельных организмов сие останется недоступно, по крайней мере, какое-то время.



Файл/ы:

VanTassell_Illumina_RRL_NatMeth_2008.pdf Размер:: 409.9к кол-во скачиваний: 8

интересно - пулили 35 коров и вроде прошло




А представляете что было бы если Fermentas работал только на свой внутренний и даже российский рынок.
На примере dNTP Вы это кончно хорошо представляете, я думаю.
Рынок надо делать, продукцию надо продвигать, но при этом много тратить, тратить...



если секвенаторы дают динамический диапазон 5 порядков - то пулить
наверно можно и поболее коров - на аналоговых "микроматрацах ДНК" много
не напулишь




Наверняка Вы знаете историю и знаете, что такое Ферментас, из чего он получился и сколько он уже работает и роль СССР знаете в его становлении... Поэтому надеюсь не помереть и свою долю рынка отхватить и пользу некую принести... Одно разочаровывает - business for science какой-то глупый - покупатель всё больше умный попадается, а разумных вааще не встречаю...





нифига не понял - бизнисс глупый- покупател умный
Обычно наоборот




На самом деле мысль тонкая - попробуйте разобраться... Может быть поможет указание на различие между "умный" и "разумный"?




Естественный рынок умный, а все остальное - фигня, производное...
Надо глобализоваться, чтобы ... вовремя вляпаться в кризис





ндя-уж - точно тонкая - кроме хамасапинса в голову ничего пока не лезет





ну тебе- как спецу- виднее





В принципе - да, но боюсь, что у нас "неожиданное предложение будет долго не рождать спроса"




Спасибо за доверие. Я тоже тебя уважаю. Мой ник Ъ ни о чем не говорит.



Точно 5 порядков? Т.е., примерно как qPCR?
Сколько пулить - зависит от задачи и от размера и структуры генома, имхо. 13Гб с кучей повторов и транспоз. = ж....а





хлещутся, что 5 - вроде пулы размер генома не увеличивают



зато уменьшают покрытие
секвенатор выдаст Х коротких сиквенсов длиной Y, всего Z Мб. При этом вероятность p поймать некий аллель за один прогон пропорциональна Z и обратно пропорциональна кол-ву ДНКи в пробе, из-за чего, собственно, ковбои и развели сыр бор с RRL - уменьшить эффективный размер генома. Т.о. можно пулить две елки или восемь Снегурочек без ущерба для р, а вот восемь елок вряд ли. Где я наврал?





достал ты своими елками ты бы еще геном лилий для "приключений на свою ....цу"
СНИПить придумал



Декабрь. Темно. Шварцвальд. Красная Шапочка бежит по лесу. Навстречу ей попадается Серый Волк.
- Что, Красная Шапочка, бежишь в киндергартен на елочку?
...
©





Поездка в Харц. Живописные ландшафты, которыми любовалась Красная Шапочка и гномы, неподражаемый замок Спящей Красавицы, знаменитая гора Брокен, где ведьмы устраивают шабаш в Вальпургиеву ночь..





Распростирается с севера на юг вдоль течения Рейна. Наивысшая точка — гора Фельдберг, 1493 м. Преимущеcтвенно покрыт густым хвойным или буковым лесом, содержит множество живописных горных озёр. Часто встречаются минеральные источники, что обусловило наличие ряда курортов, таких как Баден-Баден или Баденвейлер. В Шварцвальде берёт исток вторая по величине река Европы — Дунай





геограхфию ывропы похоже в америках не учут






- Полезная вещь - радио, - сказал Роман.
- Я радио не слушаю, - сказал Мерлин. - У меня свои методы.







Кот с досадой выплюнул цветок и, весь сморщившись, потер лоб.
-- Отчаянное положение, -- проговорил он. -- Ведь кое-что помню!
"Ха-ха-ха! Будет чем полакомиться: конь -- на обед, молодец -- на
ужин..." Откуда бы это? А Иван, сами понимаете -- дурак, отвечает: "Эх
ты, поганое чудище, не уловивши бела лебедя, да кушаешь!" Потом,
естественно -- каленая стрела, все три головы долой, Иван вынимает три
сердца и привозит, кретин, домой матери... Какой подарочек! -- Кот
сардонически засмеялся, потом вздохнул. -- Есть еще такая болезнь --
склероз, -- сообщил он.



Последние новости:

Москва: 1 GS FLX + 2 SOLiD (+ 1 GA II ?)
Новосибирск: 2 GS FLX + 1 SOLiD



Уже установлены и работают? Или только планы?
Имена, явки?



Доподлинно известно только об одном изредка работающем GS FLX, который находится в Центре биоинженерии. Такие же машины в Новосибирске быстро съели все реактивы и сейчас простаивают. Остальные или нераспакованы, или находятся на стадии наладки.

Информация свёрстана из непровереных слухов, поэтому имена и явки пока назвать не могу. Надеюсь, что отзовётся кто-нибудь из тех, кто знаком с вопросом непонаслышке.





Кто "лоббировал" СОЛИДОВ ?



ABI





АБИ "обживается" в России Может сервис и реактивы обещают бесплатно ?



SOLiD обошёл конкурентов по всем параметрам, кроме одного. С эмульсионной ПЦР возни больше, чем с Иллуминовскими кластерами.



Картинки:




ГАТС отказался от СОЛИдов потому как европейский рынок оказался мал
3 СОЛИДА в России означают , что российский рынок круче европейского





СОЛИД - ресеквенатор





Уже нет .




у СОЛИДА только один конкурент - Иллумина , а оба они - не конкуренты Рошу





угу - де ново сикинсинг вирусов и мукоплазм



В 2008 году все без исключения разработчики NGS перешли на варианты сцеплено-парного (Mate paired) и парноконцевого (Paired ends) секвенирования, при котором читаются сцепленные участки ДНК, расстояние между которыми достигает 10 000 п.о. (у Roche). У Illumina сцепки намного ближе (200...600 п.о.). Сцепки промежуточной длины предлагает ABI. Максимальную длину сцепки обещает сделать Complete Genomics (100 000 п.о.).

Введение подобных методов пробоподготовки решило проблему недостаточной длины секвенирования и теперь все NGS-технологии пригодны не только для ресеквенирования, но и для секвенирования de novo .





не смеши мои подковы

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=763 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=763 )





для мыкробов - и то не хфакт





Хватает уже не только для микробов, но и для человеков . В 2008 году завершено секвенирование 8 индивидуальных геномов. Данные по трём геномам недавно были опубликованы (негр, китаец и англичанка, больная острым миелоидным лейкозом):
Karow J. Independent Studies Use Illumina GA To Sequence Three Human Genomes // In Sequence, November 11, 2008.



Картинки:


не морочь людям голову - человека отсеквенировали давно - твои чиловеки - ресиквинсы - де ново - абсолютно де ново о котором ничего не известно .



Illumina Sequences the First African Human Genome
Accomplishment Marks a Significant Milestone Enabling Economical Human Genome Resequencing
11 Feb 2008 - Illumina, Inc. announced that scientists at the Company have sequenced the genome of an anonymous African male (Yoruba from Ibadan, Nigeria), using the Genome Analyzer. Sequencing of this HapMap sample was conducted internally and marks the first human genome sequence generated exclusively with paired reads of 35 to 50 bases in length. Leveraging recent system improvements that increase the throughput and improve the accuracy of the Genome Analyzer, Illumina scientists were able to complete this project in a matter of weeks. More than 95 percent of production runs generated high-quality data with an average of over three billion bases (three Gb) per run. This achievement establishes the direct utility of Illumina's sequencing technology for accurately sequencing large and complex genomes.





Наверное, Вы по-своему правы. Человека секвенировать уже невозможно, поскольку любое его секвенирование будет являться ресеквенированием . Тем не менее, буду упорно настаивать на том, что высокая информативность секвенирования сцепленных участков ДНК, находящихся друг от друга на расстоянии нескольких тысяч п.о., значительно расширила возможности секвенирования ДНК de novo .





Какой упорный Пускай сначала микробув покажут Иллуминой-СОЛиДом , а уж потом на
елки -баобабы замахиваются




За негра можно получить по ... А на фига негра...
Лучше меня, кавказоида с ... кавказа
В период кризиса собираюсь разбогатеть и заработанную сумму направить на секвенирование собственного генома ... на благо отечественной молбиолнауке... Генсек, одобряешь? Доступна уже эта услуга простому советскому труженику?





потому как Адам был негром в отличие от некоторых кваказоидов




Извини, этого я не знал. Я понимаю, что на очереди ... еврей!?
Но, я тоже хочу...





Тоже мне - потомок Чингизxана






Денис Ребриков, кандидат биологических наук: «Нужно тампоном поводить у себя за щекой и потом обратно вставить. После этого девушка проведет исследование вашей ДНК».

http://news.ntv.ru/146074/ ( http://news.ntv.ru/146074/ )




Сначала умирает язык, а потом и сам народ , вообщем, исчезает... Так что есть смысл секвенирования моего генома, как умирающего "вида".





ну тоды покупай тампоны




Жду чего Генсек скажет.




Сижу думаю - что-то мне эта фамилия знакома (склеротизм проклятый ) Вспомнил, он из ДНК технологии. Представляешь, придумал чудо-юдо технологию и просит много лимонов для внедрения. Ну ващее..., я от стыда... за этого молодого кандидата наук.





там аллель-специфик с Иринины Назаренко амплифлурами плюс ТакМан
на ТакМан-МГБ фантазии не хватило



Это супер

Не, я понимаю. популяризация науки - великое дело.

Великий Распил только начинается, господа

http://www.dna11.com/gallery_mini.asp ( http://www.dna11.com/gallery_mini.asp )





Не торопись-ка.

6 октября фирма "Complete Genomics" объявила о своих планах на ближайшие годы:

Начало секвенирования геномов (на заказ) – 2 кв. 2009 года
План на 2009 г. – 1000 геномов (по 5 000$)
План на 2010 г. – 20 000 геномов

Планы на пятилетку:
открытие 10 геномных центров
оцифровка 1 миллиона геномов

В общем, потерпи ещё хотя-бы пол года. Это сэкономит десятки тысяч баксов. Если сможешь потерпеть ещё пару лет, то я и сам тебя отсеквенирую. За бутылку .





Да уж , а ты говорил елки-елки !!!!!!!!!!!!!!
Снегурочек-дурочек нужно окучивать на анализы (желательно багатеньких)



Москва:
2 ФЛХ (1- Титановая версия, работает раз в две недели, второй в пуско-наладочном процессе)+ 2 СОЛИДА(пуско-наладки в январе)+ 3 ИллюминыГА2(в пуско-наладке).




Я буду у Вас первым частным заказчиком. Генсек дал добро
Но имейте ввиду, что я сам тоже буду секвенировать параллельно,"островками" свой геном в качестве КОНТРОЛЯ на капиллярнике АБИ. Если результаты меня удовленворят, Вам слава и пиар, а мне наследство для моих потомков.





Вот так и сxодют с ума




Ну вот, чуть что - косой Ты лучше очередь занимай. Ладно, будешь за мной.





это только в москве можно найти стада непуганных ....... которым можно выгодно
втюхивать "гынитическую предрасположенность к заболеваниям"

я какнидь красным винцом полечусь - так что без меня




Лечись, лечись, несчастный. красным винцом... скорее сопьёшься
Кстати, из красных вин на первом месте, если лечиться от... всего, короче, Каберне Совиньон Рекомендую.
Да, это уже пятничная раслабуха пошла, кажется.




Ну почему только в Москве - вон наверху error дал ссылку, а таких "охотников" проводить тампоном по щеке - тьма по всей америке.



Ржунимагу. Смотрите, прямо на выставке генетические паспорта выдают. Вот до чего же дошла наука...
http://www.procontent.ru/news/10612.html ( http://www.procontent.ru/news/10612.html )



дк думешь чего я - лижу смотрю новости из масквы по спутнику -
Ба !!!!!!!!!!!! Президент и "ДНК-технология"




http://www.vz.ru/politics/2008/12/10/237549.html ( http://www.vz.ru/politics/2008/12/10/237549.html )




Развлекают парня.



Вернёмся к секвенированию.

Итак, на сегодняшний день в России имеются NGS-секвенаторы всех основных типов:
1. GS FLX - 4 шт. (Roche)
2. GA II - 3 шт. (Illumina)
3. SOLiD 2.0 - 3 шт. (ABI)

Всего - 10 шт.
Первый появился в декабре 2007 года (Центр биоинженерии РАН), а остальные девять - в 2008 году, причём в основном в самом конце года.

В то, что один из Рошевских FLX пришёл в варианте Titanium, мне что-то не верится. Наверное, это пока ещё стандартный FLX, но с комплектом реагентов Titanium, которые фирма начала поставлять с 1 октября этого года. Дата начала продажи FLX Titanium и апгрейда обычных моделей FLX ещё не определена, хотя несколько приборов уже проходят бета-тестирование, а некоторые фирмы уже ими хвастаются.



Картинки:


Один из приборов в Москве проходит Титановый апгрейд в январе 2009...



не понятно нахрена нужно было все эти 10 штук сразу закупать -
нужно было взять бесплатно на пробу , а потом решить- что будет работать
а что будет просто стоять - в москве - "залежы стоячего оборудования" на
миллиарды баксов



Приборы стоят порядка 0,5 млн.$, т.е. эта десятка секвенаторов обошлась примерно в 5 млн.$. Правда, годовые эксплуатационные расходы стоят не меньше. Тем не менее, о миллиардах речь пока не идёт.





угу - каждому "академиху" по секвенатору в кабинет и по три конфокальных
микроскопа





речь давно шла, что все это секвенаторное барахло нужно собирать в одном
месте .
плохо , когда одна "извечная проблема россии начинает решать другую извечную
проблему"©



они все, ну или почти все, стоят в одном месте...




"Эта общая проблема конкретно поставила вопрос о возможности дальнейшего преподавания предмета «Основы православной культуры» и его производных – «Православная культура земли Смоленской» и так далее, преподававшихся как раз в рамках регионального и школьного компонентов.

Представители Министерства признали, что вопросы духовно-нравственного образования необходимо ввести в содержательную часть нового стандарта, новая образовательная область будет называться ДНК" ©





ну тоды Костику и флаг в руки





"К. СКРЯБИН: Конечно, можно лечить с помощью генов, но мы сегодня больше поговорим о растениях. Хочу рассказать, что же произошло, почему подобные инновации стали возможны. Произошло изменение технологической парадигмы вообще. Раньше мы занимались материалами, металлами, физикой, а несколько десятилетий назад мы вдруг научились выделять гены, а значит, и читать их. Теперь мы знаем всю информацию о человеке - 3,5 миллиарда генов." ©






ГАТЦ говорит, что уже обтитанились
http://www.gatc-biotech.com/en/index.php ( http://www.gatc-biotech.com/en/index.php )




Вот, учись философствовать и пудрить... кое-что.



мне кается , что давать много интервью - вредно
можно и не до 3.5 миллиардов генов договорится




Чем больше "договоришь", тем больше дадут... . Логично.





да фиг с ним - если в москве будет контора типа ГАТЦ - и то хлеб -
если доступ будет за разумные бабки .





Судя по ссылке, они "обтитанились" пока только новыми китами реагентов. О приборе речь там не идёт. Точнее, идёт, но очень невнятно, что тоже показательно.





там этя фигня с дырками вроде только новая и жылезом покрыта -
поетому попала в "реагенты" - сам титановый прибор - старый



Там не только фигня с железными дырками. Из-за увеличения производительности секвенатора нужно ещё и вычислительный кластер ставить. Ну и, конечно, прочая мелочёвка - новое ПО и реагенты повышенной чистоты.



Картинки:


я могу Томасу позвонить - если очень хочется про титаниум , у меня у него
в работе три прожекта под Солеку - мне титаниум не ынтересно



Не стоит беспокоить Томаса. Меня Titanium интересует исключительно для расширения кругозора . Что касается Солексы, которую уже давно пора называть Иллуминой, то хорошо бы узнать что-нибудь об их новой модели. Информация на эту тему очень скудная .



Картинки:


если на 35бп пеарденд - 3 ГБ с одной дорожки , то 50бп вроде в 10 ГБ не
получится - это все они с одной дорожки хотят ?



По-видимому, там не только удлинение сиквенсов с 36 до 50 п.о., но и повышение плотности кластеров .





не знаю - но 100-200 бп фрагменты - уже предел вроде - по макс жирности кластера
без перекрытия ? Томас говорил , что вырезает с фореза ниже 100 и больше 200.



Диаметры кластеров - 1...2 мкм. Оптимальное расстояние между ними обычно в среднем составляет 4 мкм.

Длина двунитевой ДНК, содержащей 100...200 п.о., составляет 34...68 нм. Это означает, что размеры подобных фрагментов ДНК на величину микронных кластеров если и влияют, то не слишком заметно.

В общем, уплотнение кластеров вполне возможно.



Картинки:


процент перекрывшихся вроде уже достаточно большой -
может какую ноу-хау придумали их равномерней сажать



Может, что-то и придумали для равномерости распределения кластеров, но, скорее всего, просто улучшили программное обеспечение, анализирующее картинки.



да ладно - чего гадать - когда сделают - посмотрим
как давно обсуждали - началась "Битва Мамонтов" -Рош-Иллумина-АБИ

зрители ждут - чем закончится



Кстати, о мамонтах. Недавно их геном секвенировали. Правда, только на 80%, но и этого более чем достаточно для любителей генетки слонов и их родствеников.



Иллюмина апгрейдила, наконец, свои киты - теперь можно мультиплексить до 12 образцов на канал



Файл/ы:

SQ_Indexing_770_2008_011.pdf Размер:: 283.53к кол-во скачиваний: 14

12 елок не потянет , но бактерий из 12 анализов стула - должно хватить



Индекс содержит 6 нуклеотидов. Кодирует 12 вариантов, хотя может кодировать более 4000 вариантов. Каждый шаг чтения ДНК на GA II (в том числе и индекса), стоит более 100$. Похоже, Illumina многовато берёт за индексацию. Для 12 вариантов достаточно и двухнуклеотидного индекса.



Видимо, 6 нуклеотидов - необходимая избыточность. Ибо ошибки индексирования превратят мультиплексный сиквенс в месиво. Лишних 50 долларов за образец никого не волнуют при этом - экономим-то несколько тысяч . Через недельку-другую увидим результаты тест-драйва, если повезет





Геномное секвенирование вошло в Саенс Топ-10 за этот год
Можешь пить шампанское

http://news.xinhuanet.com/english/2008-12/...nt_10527425.htm ( http://news.xinhuanet.com/english/2008-12/19/content_10527425.htm )



Хотел выпить шампанского, но оказалось, что в этом топе геномное секвенирование стоит на самом последнем месте . Всё равно сегодня выпью, но только водки .





Лишних ~500$. Похоже, это никого не волнует (кроме меня). Рад за Вас .

Пожалуй, рюмки водки мне сегодня не хватит. Выпью стакан .





Это потому, что китаезы- лохи
В самом Саенсе 1 , 2 и (3-10 вместе) места Так что - законная бронзовая медаль
у геномного секвенирования



шесть шагов по сто талеров, итого шестьсот. поделить на двенадцать (кратность мультиплекса).
пить меньше надо
пошел мяяско отбивать...



36 шагов - ~5000$.

1 шаг - ~140$ (2 шага - ~280$).

6 шагов - ~ 833$.

6 шагов - 2 шага = 833$ - 280$ = 553$.

Делить на кратность мультиплекса не надо. Считаем не стоимость секвенирования одной индексированной пробы, а стоимость рабочего цикла.

Пить надо больше?



Меня как конечного пользователя интересует как раз стоимость секвенирования за одну пробу. Если на 5000 унылых енотов можно отсеквенировать 8 проб, а на 5500 - 96 проб, well, you do the math.

Как голова трещит, зараза завтра 40 см снега обещают за полдня...



я понимаю этиловый спирт таит снег - но зачем стока вовнутрь - 40 см снега
обещали снаружи а не внутри



Complete Genomics собирается использовать 384 идентификатора, т.е. индекса (Технология “Long Fragment Read”) . Если развивать идею индексации дальше, то лучше всего иметь дело с миллионами индексов . Самое смешное то, что это не шутка .



Картинки:


"Комплит геномикс" может подтвердить свое название в 2009-2010 гг в смысле "конец"
Дженерал Моторс, Крайслер, Форд - покруче были и не факт , что останутся



"друг Мирзабекова" выплывает из небытия

Hyseq, Inc., was founded in 1993 by former Argonne National Laboratory researchers Radoje Drmanac and Radomir Crkvenjakov to commercialize the sequencing by hybridization (SBH) technology. Hyseq has exclusive patent rights to a variation known as format 3 of SBH or the "super chip." Hyseq later won an Advanced Technology Program award from the U.S. National Institute of Standards and Technology to develop the technology further.





Сомнения, конечно, гложут . Но сама по себе идея (LFR) довольно красивая .



Отвлекаясь от лирики можно спросить участников - а можно ли заказать на сегодня в Москве такое секвинирование? И сколько оно будет стоить?





8-916-311-14-05



Поправка по Новосибирску. По уточнённым данным там всего один SOLiD. Пиросеквенаторы оказались шведскими.




Один такой пиросеквенатор хотели мне дать, но .. меня не догали. Я тебе эту историю рассказывал, было это 4 года назад - кто купил, зачем, под какую работу... полный мрак.



Ещё не передумал секвенировать себя? На днях "родил" идею, позволяющую удешевить заказное геномное секвенирование в 4...5 раз, причём при помощи простейшей пробоподготовки . В общем, перед Новым Годом побездельничал довольно продуктивно .



Вопрос с потолка. На выходе что получается? 1 копия генома или две. Если одна то зачем это вообще надо. Если две то как они собираются?



Копии две, но при этом они не "крестятся". Можно определить сцепленность всех мутаций на одной хромосоме .

Понимаю, что идея примитивная, но очень эффективная . Удивляет только, как это до неё ещё никто не додумался ? Или уже додумались, но я прохо слежу за публикациями ?



Центр медпомощи детям - 3 FLX + 1 GAII
Курчатовский центр - 3 GAII + 2 SOLiD 2.0



В пятёрку самых крупных центров геномного секвенирования входит институт Брода (Broad institute). Центр не самый крупный (больше китайского, но меньше Сэнгеровского). Данные по китайцам я уже приводил. Теперь - данные Бродовского центра:



Картинки:




http://www.plosone.org/article/info:doi/10...al.pone.0004219 ( http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0004219 )




Генсек сейчас описается кипятком, от ... кайфа.



Да уж . Ссылка супер !

Японцы молодцы! Американцы в прошлом году использовали секвенирование для определения вируса, вызвавшего гибель трёх реципиентов при пересадке органов от одного донора. Но по сравнению с японцами их работа выглядит весьма бледно. Тем не менее я включил её в свою прошлогоднюю лекцию (см. ниже).

В общем, Metagenomic Pathogen Detection набирает обороты.



Картинки:


http://www.ambion.com/techlib/prot/fm_1901.pdf ( http://www.ambion.com/techlib/prot/fm_1901.pdf )



Штучка полезная, но на цветочек не тянет.

---

MICROBEnrich™ Kit
The process employs optimized reagents and conditions to capture and
remove 18S rRNA and 28S rRNA from up to 100 μg of a purified RNA
mixture. In addition, the procedure will simultaneously remove polyadenylated
mRNAs along with the rRNAs. MICROBEnrich was
designed to remove >90% of human, mouse, or rat RNA from complex
host-bacteria RNA mixtures.





тянет-тянет - нафига впустую сиквинировать хамасапиковые РНКи из мочи и кала



Винват! Недооценил.





Поздно пить боржоми Попробуй сделать "цифровую експрессию генов " хламидии на солексе
я уж "попробовал"



Ну и что получилось?





в каком смысле ?




http://www.biomedcentral.com/1471-2164/9/418 ( http://www.biomedcentral.com/1471-2164/9/418 )





В смыселе не у французов, а у Вас, в Йене.

Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)