Rambler's Top100
 		Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Поиск SNP -- секвенирование и поиск снипов --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

 
 Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! khrenpoimi

Київ
 прочитанное сообщение 05.06.2016 13:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Уважаемые форумчане, после секвенирования некоторые риды "косячные". Тут для примера, я выбрала участок более менее нормальный. Но все же, вопрос: как исключить риды в которых больше двух замен? Бывает что покрытие нормальное, а половина ридов не ахти.
Заранее спасибо.

Картинки:
картинка: kpm.png
kpm.png — (15.22к)   
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва
 прочитанное сообщение 05.06.2016 13:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование
По качеству отфильтровать?
Участник оффлайн! khrenpoimi

Київ
 прочитанное сообщение 05.06.2016 16:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование
я не знаю как это делать)
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск
 прочитанное сообщение 08.06.2016 16:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование
khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.

И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?
Участник оффлайн! khrenpoimi

Київ
 прочитанное сообщение 09.06.2016 15:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование
(Nastja @ 08.06.2016 17:11)
Ссылка на исходное сообщение  khrenpoimi, попробуйте какую-нибудь программу для коррекции ридов, могу выслать свежий обзор про них. Это, например, SGA, Coral, Karect. Там ничего сложного, только если у Вас диплоидный набор, то надо программу, которая это поддерживает.

И у меня еще вопрос - почему Вас беспокоят риды, в которых больше двух замен, и возникает желание их исключить?



буду очень рада обзору.
ну у нас тут устоявшееся мнение, что snp не может быть много) если их два и более в одном риде, то это ошибки...или я не права? Поэтому хочется, чтобы приступая к поиску снипов, анализировать только "чистые" риды.
Участник оффлайн! Nastja
Постоянный участник
Новосибирск
 прочитанное сообщение 13.06.2016 04:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование
На самом деле SNP может быть и много, может быть несколько в одном риде, и даже несколько в одном кодоне. Риды с ошибками не так уж сильно мешают программе поиска SNP, особенно если покрытие достаточное. Если сомневаетесь, попробуйте сгенерировать набор ридов с ошибками и посмотрите, как меняется результат.
Обзор прилагаю.

Файл/ы:

скачать файл Alic_et_al_2016_Wiley_Interdisciplinary_Reviews__Computational_Molecular_Science.pdf
размер: 930.04к
кол-во скачиваний: 235

guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.10.2018 17:03     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование
I have read your blog it is very helpful for me. I want to say thanks to you. I have bookmark your site for future updates.
http://www.savingslaunch.com
guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.05.2022 09:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование
SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.
guest: 123
IP-штамп: fr4iy3.kHUw02
гость
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  06.06.2022 12:49     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование
South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.
guest: 123
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость
 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.06.2022 10:50     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование
Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики 		Назначение кнопок:
   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -  
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 16.04.24 15:25
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024  IPS, Inc.