molbiol.ru -> Имеют ли место множественные сравнения?

> Все форумы > Тематические форумы > Биофизика и матметоды в биологии

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Имеют ли место множественные сравнения? -- цитометрия --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Fury-of-Bury

03.04.2017 16:51

URL #1

Вопрос, наверное, несложный. Почитал темы форума и обнаружил следующее (в теме про лягух и аминокислоты):
1. если производится сравнение одних и тех же групп по нескольким признакам, то имеет место множественные сравнения, даже если групп две - я правильно понял?
2. Если 1 верно, то перевожу к своей работе. Мы исследуем воздействие гормона на лимфоциты. Мы выделили лимфоциты из крови 10 (условно) доноров. Лимфоциты каждого донора мы культивировали в присутствии 4 концентраций гормона (0, 1, 10, 100). Спустя несколько дней мы сравнивали процент клеток экспрессирующих условно 3 (пусть А, Б и В) поверхностных молекулы по сравнению с контролем. То есть у нас 4 группы и 3 признака. Для каждого признака мы сравнивали группы методом Фридмана, для апостериорных сравнений с контрольной группой использовали критерий Данна. То есть 3 раза мы проводили сравнения. И вот тут у нас ошибка получается: мы не учли эффект множественных сравнений для признаков, так как группы одни и те же - я правильно понял?
3. Если 1 и 2 верно, где найти инфу о возможных решениях проблемы. Хотелось бы в рамках традиционных стат. пакетов, а то я до R ибутстрепа еще не дорос, да и я лизко не математик. Если такого простого решения нет. подскажите хоть как поанглийски называется тема, которую стоит разобрать. Там, глядишь, и до R дорасту...
С уважением.

Сообщение было отредактировано Fury-of-Bury - 03.04.2017 17:16

Den-N
Постоянный участник

03.04.2017 22:44

URL #2

Посмотрите ещё эту тему:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=534294

Вы можете в принципе использовать параметрику после преобразований: ANOVA или MANOVA. Считается, что проценты распределены примерно нормально в диапазоне 30-70. В диапазоне 0-30 распределение положительно асимметричное, в 70-100 - отрицательно асимметричное. Для устранения асимметрии % применяются угловые преобразования типа фи-преобразования (арксинус корня из частоты). Если весь эксперимент загнать в один анализ - проблемы не будет совсем (хотя я бы, пожалуй, оставил у вас всё как есть, безо всяких поправок).

Fury-of-Bury

03.04.2017 23:27

URL #3

Спасибо за наводку на тему)

(Den-N @ 03.04.2017 23:44)

Посмотрите ещё эту тему:
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=534294
Если весь эксперимент загнать в один анализ - проблемы не будет совсем

- не очень понял вот это. В какой-то многофакторный анализ или как?

А насчет отказа от поправок - я тоже об этом думал. Стоит ли настолько упарываться в статистику. Рискуем не заметить некоторые эффекты, данные то не такие уж многочисленные.
На эту тему один дядька прикольно написал:
"For example, let's say you've gone to a lot of trouble and expense to knock out your favorite gene, mannose-6-phosphate isomerase (Mpi), in a strain of mice that spontaneously develop lots of tumors. Hands trembling with excitement, you get the first Mpi-/- mice and start measuring things: blood pressure, growth rate, maze-learning speed, bone density, coat glossiness, everything you can think of to measure on a mouse. You measure 50 things on Mpi-/- mice and normal mice, run the approriate statistical tests, and the smallest P value is 0.013 for a difference in tumor size. If you use a Bonferroni correction, that P=0.013 won't be close to significant; it might not be significant with the Benjamini-Hochberg procedure, either. Should you conclude that there's no significant difference between the Mpi-/- and Mpi+/+ mice, write a boring little paper titled "Lack of anything interesting in Mpi-/- mice," and look for another project? No, your paper should be "Possible effect of Mpi on cancer." You should be suitably cautious, of course, and emphasize in the paper that there's a good chance that your result is a false positive; but the cost of a false positive—if further experiments show that Mpi really has no effect on tumors—is just a few more experiments. The cost of a false negative, on the other hand, could be that you've missed out on a hugely important discovery." http://www.biostathandbook.com/multiplecomparisons.html

И еще вопрос - а имеет ли смысл смотреть зависимость процента экспрессии молекул от концентрации гормона? В том смысле, что выборки у нас обычно не велики и более 20 образцов вряд ли будет. Не имел дела с корреляцией/регрессией, хорошо бы совет опытного человека. И будет ли кстати расчет корреляции/функции регрессии еще одним повторным измерением?

Сообщение было отредактировано Fury-of-Bury - 04.04.2017 08:10

Den-N
Постоянный участник

04.04.2017 23:28

URL #4

Про многофакторный анализ. Поскольку результаты на разных концентрациях получены на одних и тех же донорах (зависимые выборки), то фактор "Доноры" нужно вводить в анализ. Т.о. имеем двухфакторный анализ с "Донорами" и "Концентрацией" и с одним наблюдением на ячейку дисперсионного комплекса. Вы анализировали такую таблицу Фридманом, но - как я писал выше - можно и дисперсионным анализом после преобразования. Эффектами в таком дисперсионном комплексе будут: (1) Доноры, (2) Концентрации и (3) Взаимодействие факторов "Доноры х Концентрация", которое выразит индивидуальную изменчивость профилей изменения % клеток в зависимости от концентрации. Преимущества такого подхода в том, что Фридманом вы оценили только различия между концентрациями, т.е. оценили значимость фактора "Концентрация" с учётом зависимого характера выборок. Если вы проанализируете аналогично транспонированную матрицу данных, то оцените значимость индивидуальных различий, т.е. фактор "Доноры", ведь у каких-то доноров в среднем по всем концентрациям экспрессия выше, у каких-то - ниже. В дисп. анализе же оба этих фактора оцениваются одновременно + выражается ещё и взаимодействие факторов, которое служит ошибкой для оценки главных эффектов. Если вы проводили измерения на приборе однократно, то оценить статистическую значимость этого взаимодействия не удастся, но всё равно можно будет разложить всю изменчивость по полочкам - на компоненты дисперсии: столько-то изменчивости экспрессии привносится концентрацией гормона, столько-то - донорами, столько-то - взаимодействием факторов. Платой за такую информативность будет необходимость нормализации данных, после которого ошибка дисперсионного комплекса (остатки, residuals) будут распределены нормально. Это - вступление

Теперь, учитывая, что признаков - 3, вводим в анализ дополнительно фактор "Молекула". Если мы считаем, что экспрессия одной молекулы не завивисит от экспрессии другой - имеем трёхфаторный дисп. анализ (ANOVA). В нём появятся новые взаимодействия: Концентрация х Молекула, Донор х Молекула и трёхфакторное Концентрация х Донор х Молекула. В таком комплексе "множественность" уже заложена изначально, поэтому и проблемы с ней нет - я это имел ввиду. Если же считаем, что экспрессия 3 молекул идёт не независимо, а как-то скоррелировано - используем MANOVA. Получаются достаточно сложные для осмысления большие анализы, поэтому и написал, что не стал бы так усложнять.

Регрессия в вашем случае логична, т.к. и в дисперсионном анализе, и по Фридману 0, 1, 10 и 100 обрабатываются не как количественный показатель, а как метка - номинальная категория. Т.е. в анализе не учитывается, что это - конкретные числовые значения концентраций. Если ввести в схему анализа этот регрессионный компонент будет тоже сложнее: нужно либо линеаризовать преобразованием скорее всего исходно нелинейные зависимости экспрессии от концентрации (индивидуальные зависимости для доноров) и работать далее ковариационным анализом (ANCOVA), или как-то моделировать в рамках так называемого конфлюэнтного анализа или в рамках анализа функциональных зависимостей нелинейные зависимости какой-то функцией, например полиномом второй или третьей степени (см. простые варианты в Монтгомери Д.К. Планирование эксперимента и анализ данных и/или материалы по статистике в R). Зато такой сложный анализ позволит не только констатировать различия экспрессии на разных концентрациях, но и найти функцию, позволяющую интерполировать экспрессию во всём диапазоне концентраций. Т.е. задача моделирования зависимости по-иному расставляет акценты в работе. Поэтому считаю, что формально регрессионный анализ "снимает" проблему "множественности": не статистически, но исходя из целей работы. По крайней мере, если бы я проделал такую работу - сумел бы отмоделировать экспрессию каждой из трёх молекул в отдельности с учётом измерения одних и тех же доноров и построил бы 3 графика регрессии с доверительными границами, то послал бы нахер любого, кто бы только заикнулся о каких-то множественных сравнениях экспрессии. Ну или нашёл бы менее экспрессивную форму усомниться в адекватности оппонента. А объём выборки не принципиален и даже наоборот, чем меньше данных, тем важнее использовать наиболее специализированные и мощные в статистическом смысле методы.

Сообщение было отредактировано Den-N - 04.04.2017 23:56

Fury-of-Bury

05.04.2017 00:24

URL #5

Воу. Огромное спасибо за ответ. Сама идея транспонировать данные никогда бы в голову не пришла: нас просто не учили столь "фривольно" и смело обращаться с данными. От того и проблемы видимо. С предложенными анализами пока попробую разобраться сам. Есть пока только небольшой вопрос по поводу выбора более мощного критерия: ANOVA обладает большой мощностью, чем Фридман (если данные удастся привести к более-менее нормальным путем преобразований), ведь так?

guest: great
IP-штамп: frj5GEfdEWR5M
гость

31.10.2018 17:22

URL #6

Positive site, where did u come up with the information on this posting?I have read a few of the articles on your website now, and I really like your style. Thanks a million and please keep up the effective work.
http://www.repeatproperty.com

guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость

31.05.2022 09:13

URL #7

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.

guest: 123
IP-штамп: fr4iy3.kHUw02
гость

06.06.2022 12:50

URL #8

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.

guest: 123
IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ
гость

08.06.2022 11:42

URL #9

12
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость

11.06.2022 10:48

URL #10

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.