СТР-триплексы на спредексах и родной камере, мне кажется, это нормальный "земной" проект. Я не верю тому, что в России в каждой области или большом городе будет по капилярнику и будут покупать постоянно наборы от Промеги или АБИ Привет, когда в оппуск, в сторону Градо? 

  Тебе виднее, что сейчас в России . Но болъно они ПАГИ  на стекле с байндсиланом
смахивают - токма вместо стекла - твердая пленка . И ее похоже лучше не
отдирать - Привет Выгнал предыдущую загрузку 5В/см до конца -
щас загружу новую - ну так и получается - пока новый  ПЦР ставишь
на 30 минут - продукты от предыдущего "убегают"

  И сколько раз можно использовать один гель? Это так приятно для российской души, когда многократно... Если положено 5 раз, то можно 10 раз..  

  И сколько раз можно использовать один гель? Это так приятно для российской души, когда многократно... Если положено 5 раз, то можно 10 раз..  

  СТР-триплексы на спредексах и родной камере, мне кажется, это нормальный "земной" проект. Я не верю тому, что в России в каждой области или большом городе будет по капилярнику и будут покупать постоянно наборы от Промеги или АБИ Привет, когда в оппуск, в сторону Градо? 

  положено - 10 раз

  Мне вот интересно, перейдут ли когда нибудь с СТР-тыпинг  на СНП-тыпинг  в  этой сфере?  Я, конечно  этим никогда не занимался, но, на мой дилетантский взгляд, если подобное произойдёт, это будет что-то навроде перехода с аналоговой фотографии на цифровую. Ну, типа если каждого человека идентифицировать по 10 снипам (нужно больше конечно), то его индивидуальный код будет записываться вроде: АМСКГТРАЦЫ.  Ну и патерниты  будет, типа если родители АГТЦ и ГЦАТ, то ребёнок может быть только РСЩЫ. Вот, нарыл ссылок по теме: ПМИД: 17384212, ПМИД: 15570103, ПМИД: 16182964, ПМИД: 15639604 .

  Мне вот интересно, перейдут ли когда нибудь с STR-typing  на SNP-typing  в  этой сфере?  Я, конечно  этим никогда не занимался, но, на мой дилетантский взгляд, если подобное произойдёт, это будет что-то навроде перехода с аналоговой фотографии на цифровую. Ну, типа если каждого человека идентифицировать по 10 снипам (нужно больше конечно), то его индивидуальный код будет записываться вроде: AMSKGTRACY.  Ну и paternity  будет, типа если родители AGTC и GCAT, то ребёнок может быть только RSWY. Вот, нарыл ссылок по теме: PMID: 17384212, PMID: 15570103, PMID: 16182964, PMID: 15639604 .

  хттп://щщщ.снпфорид.орг/

  Если будут  дальше продвигать идею в Европе - то сто пудов
выберут  АПЕХ
хттп://щщщ.аспербио.цом/АПЕХ.хтм

  Вот-вот БОЛьШЕ  енто СКОКО ?
Как усегда - начнут с 50 а закончут штук 200
1: Electrophoresis. 2006 May;27(9):1713-24.Click here to read Links
    A multiplex assay with 52 single nucleotide polymorphisms for human identification.
    Sanchez JJ, Phillips C, Børsting C, Balogh K, Bogus M, Fondevila M, Harrison CD, Musgrave-Brown E, Salas A, Syndercombe-Court D, Schneider PM, Carracedo A, Morling N.

    Department of Forensic Genetics, Institute of Forensic Medicine, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark. juan.sanchez@forensic.ku.dk

    A total of 52 SNPs reported to be polymorphic in European, Asian and African populations were selected. Of these, 42 were from the distal regions of each autosome (except chromosome 19). Nearly all selected SNPs were located at least 100 kb distant from known genes and commonly used STRs. We established a highly sensitive and reproducible SNP-typing method with amplification of all 52 DNA fragments in one PCR reaction followed by detection of the SNPs with two single base extension reactions analysed using CE. The amplicons ranged from 59 to 115 bp in length. Complete SNP profiles were obtained from 500 pg DNA. The 52 loci were efficiently amplified from degraded samples where previously only partial STR profiles had been obtained. A total of 700 individuals from Denmark, Greenland, Somalia, Turkey, China, Germany, Taiwan, Thailand and Japan were typed, and the allele frequencies estimated. All 52 SNPs were polymorphic in the three major population groups. The mean match probability was at least 5.0 x 10(-19) in the populations studied. Typical paternity indices ranged from 336 000 in Asians to 549 000 in Europeans. Details of the 52 SNP loci and population data generated in this work are freely available at http://www.snpforid.org.

PMID: 16586411 [PubMed - indexed for MEDLINE]

 
Биаллельный полиморфизм сравнивать с 10--20 - аллельным?? Я думаю нужно начинать с 200 и выше локусов и полностью автоматизировать метод. Но учитывая тенденцию увеличения количества СТР в идентификации, метод СНП типирования, по-моему, не выдержит конкуренции. 

  Привет Ты на кого намекаешь ? Что у тебя за хобби камни в чужие огороды
кидать     
http://www.lytech.ru/content/view/330/68/

  Привет   Я и не знал, что у них есть такие "тест-системы", хотел бы глянуть на них. а самое главное как они работают. Камни в огород? И не думал. Предпочитаю "честную" конкуренцию, основанную на качестве продукции. Вот так то!   Всякие интриги, ..... и т д  ..приводят в конечном итоге в ..сам знаешь

   Да ладно - просто купи их продукцию и проверь Как во всем мире
делается

Завтра  Спредекс  с пелтьефорезом заказую Расскажу , как уголивнички
получаются

  Да ну, время на это тратить не хочу. Ты мне лучше скажи (держись в седле!) какой пластик, кроме родного, можно на АБИ 9700 "юзить"? Возможно, ты мне об этом сто раз говорил, но, извини, не задержалось тогда ...  А теперь надо и все!

  Да ну, время на это тратить не хочу. Ты мне лучше скажи (держись в седле!) какой пластик, кроме родного, можно на АБИ 9700 "юзить"? Возможно, ты мне об этом сто раз говорил, но, извини, не задержалось тогда ...  А теперь надо и все!

  Да ну, время на это тратить не хочу. Ты мне лучше скажи (держись в седле!) какой пластик, кроме родного, можно на АБИ 9700 "юзить"? Возможно, ты мне об этом сто раз говорил, но, извини, не задержалось тогда ...  А теперь надо и все!

  Да ну, время на это тратить не хочу. Ты мне лучше скажи (держись в седле!) какой пластик, кроме родного, можно на АБИ 9700 "юзить"? Возможно, ты мне об этом сто раз говорил, но, извини, не задержалось тогда ...  А теперь надо и все!

  токма бери прозрачную Иначе центрифуга обеспечена     
http://www.abgene.com/productDetails.asp?prodID=101

  Да ну, время на это тратить не хочу. Ты мне лучше скажи (держись в седле!) какой пластик, кроме родного, можно на АБИ 9700 "юзить"? Возможно, ты мне об этом сто раз говорил, но, извини, не задержалось тогда ...  А теперь надо и все!

  abgene  - AB0600
http://www.abgene.com/Static_Pages.asp?page=25

  Спасибо Спасибо Спасибо Буду СТР-ить и сравнивать Капиллярник с Гидрогелями (это когда куплю) и убеждать народ не тратиться на дорогой Капиллярник. Другое дело если роботизированную лабораторию нужно запустить, тогда никуда не денешся от АБИ-шных капиллярников.

  Всегда тебе говорил, что ты сачек "роботизированная лаборатория" такого
тебе "нароботизирует"     

  И выделение и ПЦР и форез полностью выполняет роботизированная гибкая линия. На этом специализируется ряд фирм (Текан, Гамилтон и т д и т п). Это когда нужно генотипировать целые массивы, короче миллионы .... Не знаю процветают эти фирмы или нет, но такие действующие лаборатории существует в мире и не мало. Ну, я же знаю. 

  Ню-ню  "такие гибкие линии " таких "геномов насиквенировали" - твоим
правнукам хватит "пересиквенировать" - позвони Генсеку     

  Во всяком случае -проверено ЕКСПЕРИМЕНТАЛьНО на одной бактерюхе

  Я говорю о идентификации и СТР, а ты о своем "девичьем"...   Секвенированием я больше не займусь. А было время когда я осваивал сивенир. по Максаму и Гильберту, представляешь какая древность  . Освоил и бросил, а было ли это..  

      неуж-то стоко алиментчиков
что без "гибкой линии " никак Ну ВО ПЕРВЫХ - в любом СУДЕ -твою "линию"
- ПОШЛЮТ и ПРАВИЛьНО СДЕЛАЮТ 

  Спасибо Спасибо Спасибо Буду STR-ить и сравнивать Капиллярник с Гидрогелями (это когда куплю) и убеждать народ не тратиться на дорогой Капиллярник. Другое дело если роботизированную лабораторию нужно запустить, тогда никуда не денешся от АБИ-шных капиллярников.

  Почему нужно обязательно разоряться на АБИ? Можно БецманЦоултер  попробовать. Как сиквенсер он неплох и в три раза дешевле АБИ (мы недавно получили дил от Бэкмана и покупаем их машину). Ну, а если нужен простой капиллярник без сиквенсера, то тогда и Агилент и Био-Рад капиллярный чип-форез можно гонять.  Не знаю, правда, как у них с ресолутион  дела обстоят.

  Предыдущее сообщение - моё.

... The method relies on comparison of the intensity of allele bands in cancer tissue, plasma, and lymphocytes of a patient. ...

  Проблема может заключаться в том, что не всё можно визуализировать на форезе покраской этидий-бромидом или другими интеркалирующими  красителями. Например, для амплификации ЦГ-рич  тринуклеотидных повторов применяетса 7-деазо-дГТП,  который "плавит" ДНК и облегчает работу ДНК-полимеразы. Часто (когда много повторов) без 7-деазо-дГТП  амплификация вообще не идёт. Так вот этот включение этого 7-деазо-дГТП  резко снижает способность интеркалирующих красок связыватьса с двуцепочечной ДНК. Т.е. на геле ничего не увидишь,  нужны флуоресцентные праймеры и капиллярник.

  Проблема может заключаться в том, что не всё можно визуализировать на форезе покраской этидий-бромидом или другими интеркалирующими  красителями. Например, для амплификации ЦГ-рич  тринуклеотидных повторов применяетса 7-деазо-дГТП,  который "плавит" ДНК и облегчает работу ДНК-полимеразы. Часто (когда много повторов) без 7-деазо-дГТП  амплификация вообще не идёт. Так вот этот включение этого 7-деазо-дГТП  резко снижает способность интеркалирующих красок связыватьса с двуцепочечной ДНК. Т.е. на геле ничего не увидишь,  нужны флуоресцентные праймеры и капиллярник.

  Проблема может заключаться в том, что не всё можно визуализировать на форезе покраской этидий-бромидом или другими интеркалирующими  красителями. Например, для амплификации CG-rich  тринуклеотидных повторов применяетса 7-deazo-dGTP,  который "плавит" ДНК и облегчает работу ДНК-полимеразы. Часто (когда много повторов) без 7-deazo-dGTP  амплификация вообще не идёт. Так вот этот включение этого 7-deazo-dGTP  резко снижает способность интеркалирующих красок связыватьса с двуцепочечной ДНК. Т.е. на геле ничего не увидишь,  нужны флуоресцентные праймеры и капиллярник.

  Проблема может заключаться в том, что не всё можно визуализировать на форезе покраской этидий-бромидом или другими интеркалирующими  красителями. Например, для амплификации ЦГ-рич  тринуклеотидных повторов применяетса 7-деазо-дГТП,  который "плавит" ДНК и облегчает работу ДНК-полимеразы. Часто (когда много повторов) без 7-деазо-дГТП  амплификация вообще не идёт. Так вот этот включение этого 7-деазо-дГТП  резко снижает способность интеркалирующих красок связыватьса с двуцепочечной ДНК. Т.е. на геле ничего не увидишь,  нужны флуоресцентные праймеры и капиллярник.

  Проблема может заключаться в том, что не всё можно визуализировать на форезе покраской этидий-бромидом или другими интеркалирующими  красителями. Например, для амплификации ЦГ-рич  тринуклеотидных повторов применяетса 7-деазо-дГТП,  который "плавит" ДНК и облегчает работу ДНК-полимеразы. Часто (когда много повторов) без 7-деазо-дГТП  амплификация вообще не идёт. Так вот этот включение этого 7-деазо-дГТП  резко снижает способность интеркалирующих красок связыватьса с двуцепочечной ДНК. Т.е. на геле ничего не увидишь,  нужны флуоресцентные праймеры и капиллярник.

капиллярники  дорогие  однако и вроде не так уж ХОРОШИ

  Всё зависит от еффективности амплификации. То, что я написал про 7-деаза-Г,  нужно лишь в очень специфических случаях, когда невозмозно амплифицировать очень длинные ЦпГ  аллели. Например - Фрагиле Х сындроме -  больше 200 ЦЦГ повторов - дебил. А амплифицировать в ПЦР без 7-деаза-Г  больше 70-100 повторов проблематично. В этом случае без 7-деаза-Г  и капиллярника не обойтись. А для самух длинных аллелей ставят Соутхерн,  так как их вообще никакая ДНК-полимераза не берёт. Боттомлине - если всё ПЦР-ится нормально, то и гели подойдут.

  Всё зависит от еффективности амплификации. То, что я написал про 7-deaza-G,  нужно лишь в очень специфических случаях, когда невозмозно амплифицировать очень длинные CpG  аллели. Например - Fragile X syndrome -  больше 200 CCG повторов - дебил. А амплифицировать в ПЦР bez 7-deaza-G  больше 70-100 повторов проблематично. В этом случае без 7-deaza-G  и капиллярника не обойтись. А для самух длинных аллелей ставят Southern,  так как их вообще никакая ДНК-полимераза не берёт. Bottomline - если всё ПЦР-ится нормально, то и гели подойдут.

  Фрагиле Х сындроме это же "неземная аномалия", еще метод надо придумать для исследования этого локуса.   А СТР для ХИД это выбранные после длительных много-популяционных исследований локусы. Они должны с одной стороны давать максимум информации (побольше аллелей, 10 и больше, повыше гетерозиготность, около 80%, низкий уровень мутабельности и т д), а с другой давать идеальные ПЦР продукты без всяких там артефактов и неспецификм. Все они ГЦ- небогатые (меньше 50%), искусственно подогнанные под всякие мультиплексы ненуклеотидными спейсерами и нематричными 5-хвостами и другими примочками. В конечном итоге СТРы для идентификации человека идеально подогнаны под капиллярники, а может и наборот  

   на аллельные ладдеры изойдешся с капиллярниками

  А я сегодня придумал (теоретически пока) как легко и просто изготовить аллельные ладеры для СТР на 80% аллелей. А для миниСТР берут ладдер от СТР амплифицируют весь ладдер в одной пробирке! (вчера вычитал) Представляешь! Чем я хуже. Сто типированных человечков, из подходящих типов сделать минипулы и все, работы на день. 

      сам намедни говорил про три полосочки
на геле и креветки - что у тебя усегда ОДНА получается

  Несравнимые вещи! А потом когда это было -15 лет назад! А тут  одна пара праймеров (два классических праймера) на матрицы разной длины. А у тебя на креветках три пары и, причем, один праймер коллективного использования! А другие спотыкаясь друг на друга каким-то образом умудряются давать ПЦР продукты, пропорционально количеству матрицы

  Несравнимые вещи! А потом когда это было -15 лет назад! А тут  одна пара праймеров (два классических праймера) на матрицы разной длины. А у тебя на креветках три пары и, причем, один праймер коллективного использования! А другие спотыкаясь друг на друга каким-то образом умудряются давать ПЦР продукты, пропорционально количеству матрицы

      дк написал ж , что их МАЛО -один закончился праймер - начинает другой - потом третий