Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* NextSeq500: poly-G после секвенирования
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Ali G




 прочитанное сообщение 16.08.2016 20:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

После секвенирования на NextSeq500 получили миллионы ридов, сплошные poly-G. Т.е. все сэмплы - polyG. Контроль (5% PhiX) и индексы отсеквенировались нормально.
Библиотека: 24 samples, TruSeq RNA library prep, v2.
Сееквенирование: High-Output kit, 75 cycles.
Сделали контрольный ран (100% PhiX), прошёл нормально.
Где может быть проблема?
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 16.08.2016 21:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Прямо так 100% polyG?!!
ДНК/РНК?
Из чего?
Чем фрагментировали?
Чем библиотеку готовили?
ПЦР этапы были?
какая медиана длины рида?

Сообщение было отредактировано ksm - 17.08.2016 00:23
Guest
IP-штамп: frxGOYQklo76Y
гость



 прочитанное сообщение 17.08.2016 06:05     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

G в Нексте означает "no signal":
https://sequencing.qcfail.com/articles/illu...idence-g-bases/

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): genseq, Flyamer
Guest
IP-штамп: frkbFHTMHbKpg
гость



 прочитанное сообщение 17.08.2016 07:48     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

чта?
Guest
IP-штамп: frkbFHTMHbKpg
гость



 прочитанное сообщение 17.08.2016 12:21     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

забавно!
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.08.2016 12:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

это был я. интересно, зачем в принципе нуклеотиду присваивать символ, если качество его прочтения не позволяет этого?
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 17.08.2016 13:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Почитайте, что по ссылке написано, там так устроено, что отсутствие сигнала означает G, так что чем сигнал хуже, тем выше качество G.
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.08.2016 13:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Да, Ок. А как быть со сборкой тогда? Если я правильно понимаю, сам принцип сборки контигов основан на том, что нуклеотиды одинакового качества никак не дискриминируются. В данном случае явно Г будет чаще встречаться... тогда непонятки

Сообщение было отредактировано ksm - 17.08.2016 13:31
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 17.08.2016 18:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Все эти NGS, кроме рошевского, который сейчас уже не делают и не продают - это одно сплошное G. Упражняйтесь, братья.
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.08.2016 02:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(NMR-guy @ 17.08.2016 19:04)
Ссылка на исходное сообщение  Все эти NGS, кроме рошевского, который сейчас уже не делают и не продают - это одно сплошное G. Упражняйтесь, братья.

Нет, ну как?! А Ion Torrent?!! Не придуривайтесь! Побойтесь бога!
Для малых геномов наиболее перспективная технология, хотя не без геморроя, не без геморроя...
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 18.08.2016 04:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Про эти "мышиные" технологии, секвенирующие кусками по 10 нуклеотидов, думаю, все забудут как только нормальный инструмент для безамплификационного секвенирования появится. И произойдет это гораздо раньше, чем все забыли про полуметровые циллиндры для секвенирующих гелей, рестриктные карты, окраску и микроскопы.
Участник оффлайн! Ali G




 прочитанное сообщение 18.08.2016 06:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(ksm @ 16.08.2016 20:39)
Ссылка на исходное сообщение  Прямо так 100% полыГ?!!
ДНК/РНК?
Из чего?
Чем фрагментировали?
Чем библиотеку готовили?
ПЦР этапы были?
какая медиана длины рида?

братья и сёстры, ну вот как так можно?
Я же всё описал, куда ещё подробнее...
РНК из быков была, но сути это не меняет.
Спасибо, я знаю, что "нет сигнала" = "G".
Да, все риды (кроме индексов и 5% PhiX - poly-G (75нт).
Братие, ну хоть гипотезку подкиньте. Ибо китайский тех сэппорт смог только выдавить из себя "нaвeрное флоу селл неправильно лежала. или грязная была"

Сообщение было отредактировано Ali G - 18.08.2016 06:05
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.08.2016 10:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Ali G @ 18.08.2016 04:02)
Ссылка на исходное сообщение  братья и сёстры, ну вот как так можно?
Я же всё описал, куда ещё подробнее...
РНК из быков была, но сути это не меняет.
Спасибо, я знаю, что "нет сигнала" = "G".
Да, все риды (кроме индексов и 5% PhiX - poly-G (75нт).
Братие, ну хоть гипотезку подкиньте. Ибо китайский тех сэппорт смог только выдавить из себя "нaвeрное флоу селл неправильно лежала. или грязная была"


Извините за любопытство. Это у Вас NexSeq CN500 (китайской сборки)?
http://www.berrygenomics.com/zhuan-ti-4/
Или просто китаец "сэппортит" Иллюминовский прибор? confused.gif
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 18.08.2016 12:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Люди, надеющиеся на зарубежные 10-нуклеотидные секвенаторы вместо разработки и использования своих все в итоге должны получать на выходе только G из своих приборов. Поскольку после их покупки никто не заинтересован в их продуктивной работе на нашей территории.
Guest
IP-штамп: frxNT2eRFXwrw
гость



 прочитанное сообщение 18.08.2016 16:02     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Ali G @ 18.08.2016 06:02)
Ссылка на исходное сообщение  братья и сёстры, ну вот как так можно?
Я же всё описал, куда ещё подробнее...
РНК из быков была, но сути это не меняет.
Спасибо, я знаю, что "нет сигнала" = "G".
Да, все риды (кроме индексов и 5% PhiX - poly-G (75нт).
Братие, ну хоть гипотезку подкиньте. Ибо китайский тех сэппорт смог только выдавить из себя "нaвeрное флоу селл неправильно лежала. или грязная была"

брат, сетра, но ведь химия могла тупо сдохнуть на томожне?

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): NMR-guy
Участник оффлайн! Ali G




 прочитанное сообщение 18.08.2016 20:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

(genseq @ 18.08.2016 09:39)
Ссылка на исходное сообщение  Извините за любопытство. Это у Вас НехСея ЦН500 (китайской сборки)?
хттп://щщщ.беррыгеномицс.цом/жуан-ти-4/
Или просто китаец "сэппортит" Иллюминовский прибор? confused.gif

прибор от Иллюмины, просто попался китаец на поддержке.
Собственно, для нас сейчас главный вопрос - надо ли переделывать библиотеку, или просто повторить ран.
Лаба не в России, так что проблема не в таможне.
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.08.2016 21:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

Заклонируйте библиотеку и отсеквенируйте сэнгером клоны, станет понятно.
Участник оффлайн! NMR-guy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 18.08.2016 23:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

Ненене. Еще 100000 рублей не надо выкидывать на проверку.

Пожалуйста, если у Вас Ali G есть профиль распределения длин фрагментов библиотеки - вывесите эту картинку сюда. Если Вы не в России и диверсии со всякой другой таможней можно исключить - можно поискать реальные причины произошедшего.
Участник оффлайн! ksm
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.08.2016 13:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

если ПхиХ идет, то, видимо, переделывать заново библиотеку.
ведь ран обычно дороже выходит

Сообщение было отредактировано ksm - 19.08.2016 13:37

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 18.02.20 20:00
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft