molbiol.ru -> Ответ в Конкурс NGS проектов

Последние 10 сообщений [ в обратном порядке ]

watchesbiz	Отправлен 10.12.2021 14:00
	https://jumpshare.com/v/QxZ9Rn2mfDCaBq2AdBG1 https://www.edocr.com/v/znnrba3z/watcheshut...lica-Watches-UK https://www.tuugo.us/Companies/best-replica...s/0310006695505 https://topsitenet.com/article/988178-hints...ca-rolex-watch/ http://simp.ly/p/nxGlWb https://telegra.ph/Hints-on-Choice-of-a-Hig...lex-Watch-02-22 https://replicarolexwatche2.blog.fc2.com/blog-entry-1.html https://www.knowpia.com/s/blog_60f7e7c31014a97a https://zenwriting.net/replicawatches24/hin...ica-rolex-watch https://globalcatalog.com/replicawatchesuk.us/en http://www.cplusplus.com/articles/iE1wvCM9/ https://eatsleepride.com/c/346210/hints_on_...ica_rolex_watch https://www.myminifactory.com/users/watcheshutukcom https://www.mioola.com/ReplicawatchesUK/post/199764/ https://en.gravatar.com/allreplicawatches24 https://8tracks.com/replicawatchesuk
kabilov	Отправлен 23.04.2012 17:10
	Формальных требований к заявке нет, кроме ограничения в 10-12 стр. Рисунки и ссылки желательны. Принимаем проекты до 5 мая. Результаты 11 мая. Доклад предполагается в устной форме. Если вы будете готовы сами проанализировать полученные данные, то очень хорошо. Если не готовы, то попробуем вам помочь. Конечно форс-мажор возможен, например, не придут реактивы. В этом случае секвенирование проведем после школы. Однако пока, что все идет по плану. В большинстве случаев от вас нужна будет только ДНК, а баркоды будут вводиться на этапе приготовления библиотеки. Однако, если нужно анализировать 16S, то последовательность баркода необходимо будет ввести в последовательность праймеров. Но это мы сделаем за вас.
vtosha	Отправлен 23.04.2012 14:30
	Насколько я могу видеть, в объявлении указаны только требования к ДНК. Если бы были требования к библиотеке, был бы указан размер фрагментов. И к тому же неизвестно, какие индексы станет вводить пользователь.
bob2	Отправлен 23.04.2012 11:18
	Добрый день. Вопрос по форме. А есть ли какие-то формальные требования к оформлению заявки? То есть: размер заявки (кол-во страниц), формат документа (ссылки/картинки/абстракт нужны/можно?), дата окончания приема заявок? Доклад по результатам (в случае победы в конкурсе) предполагается в устном формате? Не нашел никакой инфо на эту тему. И второй вопрос. Насколько я понял, образец для сиквенса должен представлять собой библиотеку, готовую к "навешиванию" адапторов для баркодинга, отжига и сиквенса (в случае MiSeq), или же образец должен/может быть уже готовой библиотекой (т.е. с введенными адапоторами, совместимыми с платформой MiSeq)? И еще: возможна ли ситуация, когда сиквенс образца (в случае победы в конкурсе) не проведен до конференции? Что тогда представлять в докладе? Спасибо!
Guest	Отправлен 19.04.2012 08:26
	(kabilov @ 18.04.2012 19:21) Очень правильные слова. На 454 можно попробовать де ново бактериальный геном (в надежде, что там не слишком протяженные повторы). СОЛИД больше подходит для ресеквенирования. Только все-таки диапазон 0,4-4Гб. А МиСея нечто среднее между ними. Что-то АБИ опять подводит и не шлет реактивы. Мисек покупают, когда уже есть в наличии Хисек2000 , а не солиды и 454
Guest	Отправлен 19.04.2012 08:11
	(kabilov @ 19.04.2012 07:43) Да, вариант кДНК возможен. Вообще желание участвовать в конкурсе не должно быть абстрактным. Человек должен понимать почему, как и зачем он хочет отсеквенировать что-либо. а кто вам сказал , что РНК это кДНК ? http://www.jove.com/video/2638/iclip-trans...tide-resolution
kabilov	Отправлен 19.04.2012 07:43
	Да, вариант кДНК возможен. Вообще желание участвовать в конкурсе не должно быть абстрактным. Человек должен понимать почему, как и зачем он хочет отсеквенировать что-либо. (vtosha @ 19.04.2012 00:28) Я так понимаю, потому и конкурс: в результате организаторам нужно будет выбрать наиболее подходящие для заданных характеристик приборов и менее проблемные для секвенирования образцы. "Ну, м.б. можно объединить силы? Один человек, опытный в NGS, планирует работу и выбирает объект. Другой договаривается об объекте и выделяет ДНК. И т.д. " Ну, если нужна консультация, напишите, что-нибудь могу посоветовать. Общее образование в области NGS всегда полезно. На истину в последней инстанции не претендую, но по крайней мере скажу, с чем не стоит заморачиваться. Ещё всякие митохондриальные и хлоропластные геномы можно. Поиск снипов в полном геноме проводить. Ампликоны секвенировать. Какие-нибудь недлинные фрагменты. Кстати, я думаю, что РНКовые образцы всё-таки тоже можно попробовать предложить, если прислать образцы в формате кДНК и их направленность не важна.
kabilov	Отправлен 19.04.2012 07:33
	Без подробностей на этот вопрос не отвечу. Вариант, когда победитель присылает готовую библиотеку вполне приемлем. (MMasha @ 19.04.2012 03:47) Вопрос к организаторам: а если библиотека нетривальная, с необычным баркодингом (требует заказа доп. олигов, временных затрат и т д) , сделаете? Или самим?И кстати, можно ли присылать готовую библиотеку, а не днку?..
MMasha	Отправлен 18.04.2012 23:47
	Вопрос к организаторам: а если библиотека нетривальная, с необычным баркодингом (требует заказа доп. олигов, временных затрат и т д) , сделаете? Или самим?И кстати, можно ли присылать готовую библиотеку, а не днку?..
vtosha	Отправлен 18.04.2012 20:28
	Я так понимаю, потому и конкурс: в результате организаторам нужно будет выбрать наиболее подходящие для заданных характеристик приборов и менее проблемные для секвенирования образцы. "Ну, м.б. можно объединить силы? Один человек, опытный в NGS, планирует работу и выбирает объект. Другой договаривается об объекте и выделяет ДНК. И т.д. " Ну, если нужна консультация, напишите, что-нибудь могу посоветовать. Общее образование в области NGS всегда полезно. На истину в последней инстанции не претендую, но по крайней мере скажу, с чем не стоит заморачиваться. Ещё всякие митохондриальные и хлоропластные геномы можно. Поиск снипов в полном геноме проводить. Ампликоны секвенировать. Какие-нибудь недлинные фрагменты. Кстати, я думаю, что РНКовые образцы всё-таки тоже можно попробовать предложить, если прислать образцы в формате кДНК и их направленность не важна.
Посмотреть тему (откроется в новом окне)

Иконка сообщения*	[ Без иконки ]
Введите имя
подсказка [] вст. закрывающие теги* Включить смайлики?* *	[quote=kabilov,13.04.2012 09:32][snapback]1313390[/snapback] Готов ответить на ваши вопросы. ------------------------------------------------------ 1) Ограничений по возрасту участников нет. 2) Секвенирование почти бесплатное (нужно только оплатить оргвзнос и обязательно приехать на школу). 3) Все-таки реактивы на NGS пока не самые дешевые, поэтому на SOLiD и 454 выделяется часть слайдов (обновлена информация на сайте). На MiSeq планируется целый запуск. 4) MiSeq, на котором будут проводить секвенирование, прошлой версии поэтому выход меньший. В этом году в ЦКП придет MiSeq уже с улучшенными характеристиками. 5) К сожалению, секвенируем только ДНК (обновлена информация на сайте). 6) В принципе возможен вариант, при котором победитель присылает для секвенирования уже готовые библиотеки. 7) Формальных требований к заявке нет, кроме ограничения в 10-12 стр. Рисунки и ссылки желательны. Проекты принимаются до 5 мая. Результаты будут 11 мая. 8) Доклад предполагается в устной форме. Если вы будете готовы сами проанализировать полученные данные, то очень хорошо. Если не готовы, то попробуем вам помочь. [/quote] размер сообщения / макс. размер: / 15360