Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Разработка праймеров -- Как написать праймеры? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Петя




 прочитанное сообщение 02.05.2014 14:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Ребята, поделитесь опытом. Всё просто - вот полиморфизм: GAGGACAGCCATAGAGACAAGGGCA[A/G]GAGAGAGGCGATTTAATAGATTTTA
Хочу сделать олигонуклеотидные затравки для ПЦР, чтобы обнаружать его. Также и с другими. Напишите своё мнение! Можно ли это проделать от руки с ручкой и бумагой в данном случае?? Расскажите о своих методах и хитростях, если возможно. Заранее СПАСИБО
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.05.2014 00:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

учи матчасть и не мусори на форуме, умник
Участник оффлайн! Epsilon

Новосибирск



 прочитанное сообщение 05.05.2014 10:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Из Вашего сообщения не ясно: количественный анализ или качественный, какую конкретно методику ПЦР Вы хотели бы использовать? Если можно, опишите подробнее и спросите конкретнее.

ИМХО, с помощью ручки и бумаги подбирать праймеры неудобно.
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.05.2014 13:23     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(Epsilon @ 05.05.2014 11:24)
Ссылка на исходное сообщение  ИМХО, с помощью ручки и бумаги подбирать праймеры неудобно.

Это правильно, используйте прогу, например VectorNTI 11.5
Участник оффлайн! genseq
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.05.2014 14:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Мутация в промоторе гена CYP3A4 (cytochrome P450) rs2740574:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1576
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/s....cgi?rs=2740574

С этого нужно было начинать. Затем нужно объяснить почтенной публике важность срочного расчёта праймеров и заинтересовать её (публику) огромным (эпохальным) значением срочного создания тест-системы на rs2740574.

Лично у меня важность этой разработки пока вызывает большие сомнения.

Сообщение было отредактировано genseq - 05.05.2014 16:01

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Петя
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 05.05.2014 15:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(genseq @ 05.05.2014 12:16)
Ссылка на исходное сообщение Затер нужно объяснить почтенной публике важность срочного расчёта праймеров и заинтересовать её (публику) огромным (эпохальным) значением срочного создания тест-системы на rs2740574.

Лично у меня важность этой разработки пока вызывает большие сомнения.

Вы слово "тест-система" в заданном вопросе где увидели???????
может мальчик Петя просто хочет немного поПЦРить

Сообщение было отредактировано ship - 05.05.2014 15:26
Участник оффлайн! R.J.Dio
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.05.2014 17:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

(genseq @ 05.05.2014 15:16)
Ссылка на исходное сообщение  Мутация в промоторе гена CYP3A4 (cytochrome P450) rs2740574:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/1576
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/s....cgi?rs=2740574

С этого нужно было начинать. Затем нужно объяснить почтенной публике важность срочного расчёта праймеров и заинтересовать её (публику) огромным (эпохальным) значением срочного создания тест-системы на rs2740574.

Лично у меня важность этой разработки пока вызывает большие сомнения.

пока есть более важные дела- магнитные штативы доточить, к примеру
Участник оффлайн! Петя




 прочитанное сообщение 05.05.2014 19:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Так и есть. Этот полиморфизм пустяк (так, для примера). Мне хотелось знать, какой информации о последовательности иногда может быть достаточно, чтобы собственоручно составить праймеры.
Что касается программ, я как то использовал VectorNTI и чаще PerlPrimer. И всё получалось. Но не всегда. Я решил - есть более прямые и удобные способы, которыми пользуются опытные сотрудники. Я ещё не знаю многих тонкостей технологии. Спасибо за подсказки.
P.S. Порекомендуете литературу о realtime ПЦР и вообще на тему всяких биоинформатических приёмов?
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 05.05.2014 20:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

http://pathmicro.med.sc.edu/pcr/realtime-home.htm очень внятно. только надо знать английский
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 05.05.2014 21:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(Петя @ 05.05.2014 20:43)
Ссылка на исходное сообщение  Так и есть. Этот полиморфизм пустяк (так, для примера). Мне хотелось знать, какой информации о последовательности иногда может быть достаточно, чтобы собственоручно составить праймеры.
Что касается программ, я как то  использовал VectorNTI и чаще PerlPrimer. И всё получалось. Но не всегда. Я решил - есть более прямые и удобные способы, которыми пользуются опытные сотрудники. Я ещё не знаю многих тонкостей технологии. Спасибо за подсказки.
P.S. Порекомендуете литературу о realtime  ПЦР и вообще на тему всяких биоинформатических приёмов?

Праймеры подбираются лучше всего ручками, а программы, по сути, нужны только для определения разных характеристик последовательности, типа температуры плавления, энергии Гиббса, наличие гомо- и гетеродимеров и дуплексов. "Машинные" праймеры плохо работают. Последовательность сенса, антисенса и зондов выбираете сами и в программе смотрите их параметры, т.е. кроме последовательности и проги для определения вышеперечисленных параметров больше ничего не надо. Ну, за исключением, знаний smile.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Петя
Участник оффлайн! Петя




 прочитанное сообщение 05.05.2014 21:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(ship @ 05.05.2014 20:51)
Ссылка на исходное сообщение  http://pathmicro.med.sc.edu/pcr/realtime-home.htm  очень внятно. только надо знать английский

Ага, спасибо. Английский знаю. Изучу всё
Участник оффлайн! Epsilon

Новосибирск



 прочитанное сообщение 06.05.2014 06:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Statin @ 05.05.2014 22:10)
Ссылка на исходное сообщение  Праймеры подбираются лучше всего ручками, а программы, по сути, нужны только для определения разных характеристик последовательности, типа температуры плавления, энергии Гиббса, наличие гомо- и гетеродимеров и дуплексов. "Машинные" праймеры плохо работают. Последовательность сенса, антисенса и зондов выбираете сами и в программе смотрите их параметры, т.е. кроме последовательности  и проги для определения вышеперечисленных параметров больше ничего не надо. Ну, за исключением, знаний smile.gif


Собственно, полностью согласен.

Лично я использую программу Oligo (http://www.oligo.net/), она как раз позволяет визуализировать температуру плавления ДНК дуплексов в "окне" заданной длины (скажем 20-меров), определять потенциальное образование шпилек и димеров конкретными олигами, определять потенциальный фолс-прайминг, редактировать последовательность олига вручную (добавляя мисмэтчи, адаптеры и прочее), ну и другие удобные опции. Но наличие программы не значит, что нужно пользоваться опцией автоматического подбора праймеров. Позиционировать праймеры вручную гораздо удобнее, особенно когда надо собирать ПЦРом какие-то генетические конструкции, когда праймер требуется располагать в конкретном месте без возможности сдвигать его произвольно вправо-влево.

Ну и ещё, если не это не самоочевидно, если будете подбирать олиги на геномную ДНК, то заранее уточните расположение повторов (я пользуюсь программой CENSOR, http://www.girinst.org/censor/), чтобы праймер располагать в уникальной ДНК.

Ну, а общие советы по конструированию олига написаны в интернете во множестве мест.
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 06.05.2014 12:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(Epsilon @ 06.05.2014 07:21)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и ещё, если не это не самоочевидно, если будете подбирать  олиги на геномную ДНК, то заранее уточните расположение повторов (я пользуюсь программой CENSOR, http://www.girinst.org/censor/), чтобы праймер располагать в уникальной ДНК.

В данном случае автор топика подбирает на конкретный снип, тут никуда не денешься, только чуть-чуть вправо- влево.
Участник оффлайн! Teaholic




 прочитанное сообщение 11.05.2014 02:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Ну и очевидно, что снип должен быть в самом 3'-конце. Не далее трёх нуклеотидов, а лучше в двух концевых, чтоб уж наверняка.
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 11.05.2014 17:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Teaholic @ 11.05.2014 03:51)
Ссылка на исходное сообщение  Ну и очевидно, что снип должен быть в самом 3'-конце. Не далее трёх нуклеотидов, а лучше в двух концевых, чтоб уж наверняка.

Не прям, можно спокойно и посередине зонда.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  03.12.2021 17:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

http://replicarolexwatches.simpsite.nl/
https://www.smore.com/rj7kh-best-replica-watches
https://www.athleticsnation.com/users/Replicarolexwatches
https://pastebin.pl/view/ab0e458a
https://mix.com/watcheshutukcom
https://www.woddal.com/post/359216_tiny-acc...nybody-039.html
https://share.naturalnews.com/posts/3904099
https://demo.wowonder.com/post/214429_the-i...-producers.html
https://rapichat.com/post/5369_our-purpose-...ible-there.html
https://dashburst.com/replicarolexwatches/1
https://sway.office.com/KifcQvn36MK821G8
https://flipboard.com/@replicarolex24
https://getpocket.com/redirect?url=https%3A...eshut.uk.com%2F
https://www.openstreetmap.org/user/Hints%20...20Rolex%20Watch
Участник оффлайн! watchesonline89
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  28.12.2022 10:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

https://omegawatches89.mystrikingly.com/
https://www.deviantart.com/omegawatches89/j...pular-930508248
https://eatsleepride.com/c/383270
https://fortunetelleroracle.com/fashion/ama...s-online-737627
https://www.intensedebate.com/people/omegawatches89
https://fortunetelleroracle.com/fashion-acc...-popular-737613
https://anotepad.com/notes/ykiydhnj
https://medium.com/@omegawatches89/amazing-...ne-b4863ed55af0
https://omegawatches90.mystrikingly.com/
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/repli...ve-items-online
https://62e8da780bf7c.site123.me/
https://padlet.com/omegawatches89/9ibenzfwbcer7k71
https://omegawatches89.simplesite.com/452939012
https://62e8da780bf7c.site123.me/blog/excit...-replica-online
https://62e8ce2ae5d50.site123.me/blog/advan...replica-watches

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 00:25
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft