Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Петя |
Хочу сделать олигонуклеотидные затравки для ПЦР, чтобы обнаружать его. Также и с другими. Напишите своё мнение! Можно ли это проделать от руки с ручкой и бумагой в данном случае?? Расскажите о своих методах и хитростях, если возможно. Заранее СПАСИБО |
R.J.Dio Постоянный участник |
|
Epsilon Новосибирск |
ИМХО, с помощью ручки и бумаги подбирать праймеры неудобно. |
Statin Постоянный участник |
(Epsilon @ 05.05.2014 11:24) Это правильно, используйте прогу, например VectorNTI 11.5 |
genseq Постоянный участник |
С этого нужно было начинать. Затем нужно объяснить почтенной публике важность срочного расчёта праймеров и заинтересовать её (публику) огромным (эпохальным) значением срочного создания тест-системы на rs2740574. Лично у меня важность этой разработки пока вызывает большие сомнения. Сообщение было отредактировано genseq - 05.05.2014 16:01
|
ship Постоянный участник Moscow |
(genseq @ 05.05.2014 12:16) Затер нужно объяснить почтенной публике важность срочного расчёта праймеров и заинтересовать её (публику) огромным (эпохальным) значением срочного создания тест-системы на rs2740574. Лично у меня важность этой разработки пока вызывает большие сомнения. Вы слово "тест-система" в заданном вопросе где увидели??????? может мальчик Петя просто хочет немного поПЦРить Сообщение было отредактировано ship - 05.05.2014 15:26 |
R.J.Dio Постоянный участник |
(genseq @ 05.05.2014 15:16) Мутация в промоторе гена CYP3A4 (cytochrome P450) rs2740574: С этого нужно было начинать. Затем нужно объяснить почтенной публике важность срочного расчёта праймеров и заинтересовать её (публику) огромным (эпохальным) значением срочного создания тест-системы на rs2740574. Лично у меня важность этой разработки пока вызывает большие сомнения. пока есть более важные дела- магнитные штативы доточить, к примеру |
Петя |
Что касается программ, я как то использовал VectorNTI и чаще PerlPrimer. И всё получалось. Но не всегда. Я решил - есть более прямые и удобные способы, которыми пользуются опытные сотрудники. Я ещё не знаю многих тонкостей технологии. Спасибо за подсказки. P.S. Порекомендуете литературу о realtime ПЦР и вообще на тему всяких биоинформатических приёмов? |
ship Постоянный участник Moscow |
|
Statin Постоянный участник |
(Петя @ 05.05.2014 20:43) Так и есть. Этот полиморфизм пустяк (так, для примера). Мне хотелось знать, какой информации о последовательности иногда может быть достаточно, чтобы собственоручно составить праймеры. Что касается программ, я как то использовал VectorNTI и чаще PerlPrimer. И всё получалось. Но не всегда. Я решил - есть более прямые и удобные способы, которыми пользуются опытные сотрудники. Я ещё не знаю многих тонкостей технологии. Спасибо за подсказки. P.S. Порекомендуете литературу о realtime ПЦР и вообще на тему всяких биоинформатических приёмов? Праймеры подбираются лучше всего ручками, а программы, по сути, нужны только для определения разных характеристик последовательности, типа температуры плавления, энергии Гиббса, наличие гомо- и гетеродимеров и дуплексов. "Машинные" праймеры плохо работают. Последовательность сенса, антисенса и зондов выбираете сами и в программе смотрите их параметры, т.е. кроме последовательности и проги для определения вышеперечисленных параметров больше ничего не надо. Ну, за исключением, знаний
|
Петя |
(ship @ 05.05.2014 20:51) Ага, спасибо. Английский знаю. Изучу всё |
Epsilon Новосибирск |
(Statin @ 05.05.2014 22:10) Праймеры подбираются лучше всего ручками, а программы, по сути, нужны только для определения разных характеристик последовательности, типа температуры плавления, энергии Гиббса, наличие гомо- и гетеродимеров и дуплексов. "Машинные" праймеры плохо работают. Последовательность сенса, антисенса и зондов выбираете сами и в программе смотрите их параметры, т.е. кроме последовательности и проги для определения вышеперечисленных параметров больше ничего не надо. Ну, за исключением, знаний Собственно, полностью согласен. Лично я использую программу Oligo (http://www.oligo.net/), она как раз позволяет визуализировать температуру плавления ДНК дуплексов в "окне" заданной длины (скажем 20-меров), определять потенциальное образование шпилек и димеров конкретными олигами, определять потенциальный фолс-прайминг, редактировать последовательность олига вручную (добавляя мисмэтчи, адаптеры и прочее), ну и другие удобные опции. Но наличие программы не значит, что нужно пользоваться опцией автоматического подбора праймеров. Позиционировать праймеры вручную гораздо удобнее, особенно когда надо собирать ПЦРом какие-то генетические конструкции, когда праймер требуется располагать в конкретном месте без возможности сдвигать его произвольно вправо-влево. Ну и ещё, если не это не самоочевидно, если будете подбирать олиги на геномную ДНК, то заранее уточните расположение повторов (я пользуюсь программой CENSOR, Ну, а общие советы по конструированию олига написаны в интернете во множестве мест. |
Statin Постоянный участник |
(Epsilon @ 06.05.2014 07:21) Ну и ещё, если не это не самоочевидно, если будете подбирать олиги на геномную ДНК, то заранее уточните расположение повторов (я пользуюсь программой CENSOR, В данном случае автор топика подбирает на конкретный снип, тут никуда не денешься, только чуть-чуть вправо- влево. |
Teaholic |
|
Statin Постоянный участник |
(Teaholic @ 11.05.2014 03:51) Ну и очевидно, что снип должен быть в самом 3'-конце. Не далее трёх нуклеотидов, а лучше в двух концевых, чтоб уж наверняка. Не прям, можно спокойно и посередине зонда. |
watchesonline89 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |