Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
NatRu Участник |
Проблема: Шеф решил свой чип сделать, коллектив собираю я (т.е. с кого материал будем брать ), чип делает моя соседка, а анализом данных боюсь придётся заниматься мне . Вопрос есть ли уже готовые Софты для таких анализов (моего СПСС явно не хватит)? Что делают с большой вариабельностью экспресссии между 2-мя пробами? (Извините но жаргоном Молиевским не владею ). Слышала народ кластеры строит.. На чём, и сколько параметров в кластер оптимально закаладывать? Может есть, что почитать толковое (Только пожалуйста без советов ПабМед), толковые авторы? Кто занимается статистической генетикой (возм. это так называется) Заранее Спасибо! |
Piter- Постоянный участник |
Мо они используют штуки покожые на то что я использую. СВД сингулар валуе децомпоситион. Можно глянусь здесь. [http://molbiol.ru/ubb/ultimatebb.php?ubb=get_topic;f=22;t=000212] За книгой. Всетаки посоветую пубмед. запрос типа [SVD micrroarray]. и линки на софт тута [http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_mining_comprehensive.html] [Текст переведён с транслита] |
NatRu Участник |
А кто сейчас этой статистикой занимается не знаете случайно? Шеф мой назвал какого-то Шварца в Америке, но он толком у нас ничего не знает, никогда А вы не данные РТ-ПЦР так случайно анализируете? Мы тут один рецептор раскатали, но такие вариации, что я плюнула и сказала, мы-врачи и на вариации глаза закроем, попробуем только абсолютные значения по Манн-Витню загнать.. И ничего получилось сигнификантно , да и не понятно куда в SPSS эти SD вставлять и как считать тоже. |
NatRu Участник |
|
Piter- Постоянный участник |
Автор - НатРу: Я к молбиологии имею очен таки далекое отношение.Спасибо за совет. А кто сейчас этой статистикой занимается не знаете случайно? Шеф мой назвал какого-то Шварца в Америке, но он толком у нас ничего не знает, никогда А вы не данные РТ-ПЦР так случайно анализируете? Мы тут один рецептор раскатали, но такие вариации, что я плюнула и сказала, мы-врачи и на вариации глаза закроем, попробуем только абсолютные значения по Манн-Витню загнать.. И ничего получилось сигнификантно , да и не понятно куда в СПСС эти СД вставлять и как считать тоже. и про пцр и про микроарраы тол0ко слышал. мое дело xемометрикс. такчто болшего не посоветую [Текст переведён с транслита] |
lokh Участник |
[Текст переведён с транслита] [Текст переведён с транслита] |
|
Есть в первой книжке глава, посвященная обзору разного софта... |
NatRu Участник |
Автор - лох: Spasibo. No pridumivat pridejtsja, t.k. moj chef chip vidimo patentirovat budet!Я периодочески хожу на этот сайт [http://www.gene-chips.com/]. Мой совет - ничего сами не выдумывайте - всё уже придумано. Удачи [Текст переведён с транслита] [Текст переведён с транслита] [Текст переведён с транслита] |
травник Участник |
Заранее Спасибо! Luchshaya besplatnaya programma - J-Express Pro (http://www.molmine.com/), luchshaya kommercheskaya - “GeneMaths” firmi “AppliedMaths” (mozhno zayti suda:http://madswichmann.dk/arrayalizer/, tozhe besplatno, a voobshe, programm mnogo). Esli bolshaya variabelnost mezhdu povtornostaymi - poprobuyte proverit kachestvo. Eto mozhno sdelat vizualno - prosto posmotrite na kartinki posle gibridizacii, mozhno vvesti vce povtornosti dlya analiza metodom glavnih komponent (principal component analysis) - horoshie povtornosti dolzhni raspolozhitsya ryadom. No eto vce prikidochno i ne publikuemo. Bolee strogiy podhod, predlagaemiy narodom - ispolzovanie tak nazivaemih flazhkov (flags or microarray data quality indicators), pozvolyaushie otsekat nenadezhie cloni (spots). Postroenie klasterov vhodit v komlect standartnogo software. Poigrayte v raznimi metodami - eto ne vozbranyaetsya. Bioinformatikoy (takogo roda analizom zanimaetsya ona) zanimaetsya kucha naroda. Shvarc - on seychas ne mozhet, on gubernator Californii. I vse zhe ne uderzhalsya i soobshau neskolko ssilok, ochen poleznaya informaciya: Quackenbush, J. Microarray data normalization and transformation. Nature Genet. 32, 496–501 (2002). Slonim DK. From patterns to pathways: gene expression data analysis comes of age. Nat Genet. 2002 Dec;32 Suppl:502-8. Churchill GA. Fundamentals of experimental design for cDNA microarrays. Nat Genet. 2002 Dec;32 Suppl:490-5. |
травник Участник |
[QB] Я периодочески хожу на этот сайт [http://www.gene-chips.com/]. Мой совет - ничего сами не выдумывайте - всё уже придумано. Удачи Придумано далеко еше не все. Сеычас как раз мат статистика дла микрочипов находится в стадии становления. Вырабативаутся стандарты. Но начинаушим, я согласен, выдумыват ничего не стоит. [Текст переведён с транслита] |
NatRu Участник |
Буду читать . Офф.. То что Мол.Биолог-губернатор-круто!!, моему шефу что-ли посоветовать, хотя он и так из "телевизора" не вылезает (т.е. его снимают и интервью берут)!... Мы занимаемся диабетом, ожирением и Метаболическим синдромом. Чипы будут для генов, ассоциированных с диабетом или ожирением. Материал-биоптаты подкожной жировой ткани и РНА из них, как я понимаю. Наши "единомышленники" сделали похожее с эффектом потери веса 3 года назад, .... не публикуют, анализируют до сих пор!!! И то что опубликовано в моей области-это 6-8 пациентов против столько же контролей! Да и опистельные публикации, выводов никаких, вот это было вниз-рег. а это -вверх |
guest: 123vega IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
Guest IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
|
Guest IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frY/5Vmfd77P. гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE гость |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
guest: 123vega IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frJhOCvSv9ICE гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
munmin67 Участник |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frAWeMdOsBSXM гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frJhOCvSv9ICE гость |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
guest: 123 IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
234 IP-штамп: frAWeMdOsBSXM гость |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
asd IP-штамп: fr.vwiRMFbky2 гость |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
guest: 123vega IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ гость |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
guest: asd IP-штамп: fr.vwiRMFbky2 гость |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема » |