Таких деревьев программы не рисуют (ныне существующие организмы являются современниками, а потому не могут находиться друг с другом в отношениях "предок-потомок") и вообще построение филогенетических деревьев возможно лишь при наличии не менее четырёх представителей анализируемого семейства.

Посмотрите http://zbio.net/bio/001/003.html - думаю будет полезно.

  Есть такая штука, как восстановление гена-предка по построенным деревьям! Помню на какой-то лекции Колчанов про это рассказывал. Там проанализировали какой-то белок у разных организмов и потом синтезировали его возможного предка. Так у него что-то было круче чем у потомков - то ли стабильность, то ли скорость работы. В общем, никаких ключевых слов уже не помню, но что-то информацию найти можно.
Может это немного не в тему, зато интересно

  Химический синтез do novo целого гена? Никогда не слышал о таких эксперементах. Это должно быть весьма недёшево. Или они просто сайт-направленным мутагенезом слегка "поправили" один из природных вариантов?

  "Расчитывается "консенсус" - вот и "предок". "
На каком основании консенсус - предок? Т. е. логично для общего случая предположить, что если известных генов-потомков достаточно много, то они все дивергировали от общего предка примерно по всем направлениям, но вдруг окажется, что консенсус - нефункционален? Или что по каким-то причинам ген в своей эволюции "сползает" в какуе-то "одно сторону" изменчивости (то есть в разных эволюцинных ветвях жизнеспособными оказываются мутанты с похожими изменениями этого гена), а все прочие варианты оказываютя дефектными и потому организмы с ними и не выживают? Тогда консенсус уже не будет общим предком.

"С эволюцией организма обычно отождествляется только эволюция его рРНК."
А почему? Как-то помню спросил у одного микробиолога, занимающимся и этим тоже, об этом: почему этот ген не может переносится горизонтально (причём у бактерий!!!) и он ответил, что "думают, что не переносится". Я видел множество древ построенных именно на этом гене, но вот почему делается такое допущение - я до сих пор не понимаю.

 2. Что значит <Существовал ли "B"?>? Вы имеете в виду был ли у двух слонов общий предок, который не был предком мамонту? Так в указанной Вами ссылке прямо утверждается обратное: "Phylogenetic reconstruction of the Elephantinae clade suggests that M. primigenius and E. maximus are sister species that diverged soon after their common ancestor split from the L. africana lineage." То есть в Ваших терминах L. africana - это "A" (конечно, если мы рассматриваем бескорневые деревья). На самом деле никто из них не является предком для остальных.

3. А какие методы "не основанные на выравнивании последовательностей" Вы имеете в виду?

8. Выравнивать можно любое число последовательностей, в т.ч. (в простейшем случае) - две. Однако филогенетический анализ осмысленен только при наличии не менее 4 объектов, так как для трёх возможен лишь один вариант топологии "Y".

  Интересует возможность обнаружения на эволюционном дереве неизвестных нам предков. Вот и пытаюсь понять, могут ли филогенетические программы такое?

  Даже для трех единственный вариант интересен, ибо кроме топологии он может ответить на вопрос: "Что из трех первично первично: курица, яйцо или петух?"
Приведу сильно упрощенный и далекий от жизни пример:

GGGGCCCCGGGGAAAATTTT "петух"
GAGGCCCCGGGGACAATTTT "курица"
GGGGCCTCGGGGAAAATTGT "яйцо"

Сравнение последовательностей с простым голосованием два из трех однозначно указывает, что первичен "петух".

Увеличение колличества объектов сравнения и усложнение схемы дает теоретическую возможность предсказывать не только наличие предка, но и его гены (вспомним пост Насти) или белки-предки.

  "Одновременное нахождение двух типов рРНК в одной клетке почти неизбежно приведёт к проблемам в функционировании рибосом. "
Подобные опыты проводились? Т. е. брали ли один организм и трансформировали его рибосмной рНК другого?

  "Полагаю, что доля чужеродной рРНК, введённой трансформацией будет несоизмеримо меньшей в сравнении с родной, а потому никакого эффекта можно и не обнаружить... "
Почему? Можно ведь ввести её и с соответвующими регуляторными элементами, чтобы количества были сопостовимы. Кроме того, ведь мутации в этом гене накапливаются, значит бывает такое состояние, когда организм гетерозиготен по этому гену. Правда подобные аллели будут с большой вероятностью достаточно мало отличаться друг от друга...

  Что значит обнаружение? Конечно они были... Хочется предсказать каковы они были? Это можно на основе анализа множественного выравнивания, но причём тут деревья? Я плохо понимаю суть Вашего вопроса.
Опять-таки подобного рода выводы делаются на основе множественного выравнивания, а не топологии древа. Хочу только ещё раз напомнить, что все нынеживущие виды - современники и не могут быть друг другу предками-потомками.