Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Newsline Участник Paris, France |
Возможно в скором будущем можно будет синтезировать ферменты с заданной специфичностью, в том числе к субстратам, несуществующим в природе. Алгоритм и успешную реализацию такого подхода опубликовала группа Дональда Хилверта из высшей технической школы Цюриха, которая впервые получила искусственный фермент с активностью, соизмеримой c природной! Авторы использовали глобулу ксиланазы и квантово-механические расчеты, чтобы перестроить активный сайт фермента, сделав его катализатором элиминирования Кремпа – важной реакции органического синтеза (на рисунке). Полученный белок (11 мутаций относительно ксиланазы) обладал специфичностью к субстратам реакции, но был практически лишен каталитических свойств, однако проблему удалось решить направленной in vitro эволюцией: после 17 циклов отбора наиболее активных из случайных мутантов (~10 из 1000) был получен белок, HG3.17, ускоряющий реакцию в 6x108 раз, при том, что природные ферменты ускоряют реакцию в среднем в 108-1010 раз! Кристаллическая структура HG3.17 в комплексе с субстратным аналогом показывает, что новый фермент обладает универсальными свойствами природных катализаторов – комплементарностью формы с субстратами, сближающей их активные группы, и способностью стабилизировать переходное состояние, снижая активационный барьер реакции. Открытие открывает дорогу к созданию искусственных ферментов и может изменить будущее белковой инженерии. Возможно, через несколько лет каталог ферментов для органических и прочих реакций будет таким же доступным и привычным, каким сегодня является каталог эндонуклеаз. На рисунке: Верхняя панель: элиминирование Кремпа (соединение 3 - субстратный аналог). В центре: структура HG3.17 в комплексе с субстратным аналогом, разрешение - 1.1 Å; мутированные позиции относительно ксиланазы и относительно фермента до in vitro эволюции показаны как цветные сферы, субстрат выделен оранжевым цветом. Нижняя панель: активность фермента до (синяя линия) и после in vitro эволюции (красная линия). Работа: Сообщение было отредактировано Newsline - 10.12.2013 00:50
Сообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология" 10.12.2013 13:45 |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
Может там уже кто делает фермент эндо-[пластик, полимер, резина]-азу по этому алгоритму? Передайте чтобы в водопровод не выливали открученные остатки культур, а то мало ли - вдруг он пластиковый у них? А то и-колай с такими ферментами на борту может иметь серьезное преимущество в так называемом "отборе" - еды вокруг может стать завались, особенно в городах и на свалках вокруг них, куда отходы из таких лаб иногда свозют в целях "бюджетной экономии"®. Поздравляю весь так называемый "цивилизованный мир", кое-кто в Швейцарии решил, что пора открыть этот ящик... Еще раз весь мир увидит, что между in silico (а где у нас наибольшие вычислительные мощности печатають за наши деньги но для себя? ) и in vivo (куда вы аутсорсите гибридомы и нокаутных мышей? ) скоро рабочих мест не останется. Всё будет делаться быстро и без проблем самими "моделлерами". |
Alexander bk Участник |
Вопрос: куда они вылили бактерии, несущие плазмиды с менее эффективными на момент скрининга изоформами? Не в швейцарскую ли канализацию, часом? А что, так кто-то делает? Ведь это нарушение :-) Вряд ли люди с таким мышлением способны делать работу уровня, который представлен в статье. Для меня научный результат и скурпулезность (пусть даже в следовании правилам обращения с отработанными материалами) вещи связанные. Не поэтому ли наши "ученые" так "часто" печатаются в Nature? |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
И занимаются этой наукой какие-нибудь привозные китайцы, индусы или наши, хотящие престижа и заграничной славы, или замуж уже наконец, наёмные сотрудники... Которые вы удивитесь на что способны когда их никто не видит А в ваших политических журналах наших редко печатают потому что их научные интересы редко совпадают с той имитацией науки, которая там печатается вперемешку с серьезными и достоверными статьями (для которых у них и своих исполнителей полно, а наши были нужны из-за политики лет 10 назад, когда нужно было доровнять развалины уничтоженного Союза, внушив этим развалинам разными способами, что разваливаться непристижно и не трендово, нужно "брать трактор", если он пока есть, и валить исполнять свою галлюцинаторную мечту ). |
papa Karlo Постоянный участник |
Да а куда ж еще ... туда... мне вообще страшно представить себе сколкьо моих очеловеченных дрожжей живет в Бельгийской природе нунче... И нас там помнится какие-то мутантные одуванчики вокруг института появились... право смешные такие... ну явно же что-то из теплиц отдела Системной Биологии Растений сбежало и скрестилось с дикой природой. Моих -то хоть не видно невооруженным глазом. Но они тоже там живут. Зуб даю.
|
xenopus Постоянный участник Moscow |
(NMR-guy @ 10.12.2013 19:08) Рано или поздно это случится, с помощью человека или без оной. И тогда будет армагеддец...
|
papa Karlo Постоянный участник |
|
Panaev Постоянный участник |
(xenopus @ 11.12.2013 03:42) А что такого катастрофичного произойдет? Деградация материалов, используемых человеком была всегда. Коррозия металлов, гниение древесины, кожи ну и т.д. И пластик он же не вечный. Под солнышком и без бактерий хорошо сыпется. Вы бы видели, что делает горное солнце и перепады температуры с лучшими образцами веревок из полиамидного волокна, даже обработанного тефлоном. |
xenopus Постоянный участник Moscow |
|
Panaev Постоянный участник |
Какой же это будет ужас, если эти бактерии туда попадут?! До сих пор ужаса не произошло. |
Panaev Постоянный участник |
(xenopus @ 11.12.2013 06:16) Ну, если хотя бы представить, что полиэтиленовые трубы будут сожраны бактериями. Брр.. Этого никто не ждет и не предусматривает, в отличие от ржавчины и т.п. А про веревки я в курсе, сам в походы хожу. Это можно представить только на космической станции, где нет более съедобных субстратов. Я вас уверяю, что нормальная бактерия найдет чем прокормиться в почве кроме полиэтилена . |
xenopus Постоянный участник Moscow |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
(papa Karlo @ 11.12.2013 04:05) Ну надо же как-то разгрести этот дерьмовый остров из пластика в Индийском океане.... А то засрали все этим пластиком ... вот теперь надо делать тех кто его ест... как иначе-то? Тока мономеры-то этих веществ - не все "вкусные", часть, как акрилы и некоторые амины и амиды, кроме этих бактерий никто пережевать не сможет, некоторые подавятся а остальные - задохнутся... (Panaev @ 11.12.2013 05:41) А что такого катастрофичного произойдет? Деградация материалов, используемых человеком была всегда. Коррозия металлов, гниение древесины, кожи ну и т.д. И пластик он же не вечный. Под солнышком и без бактерий хорошо сыпется. Вы бы видели, что делает горное солнце и перепады температуры с лучшими образцами веревок из полиамидного волокна, даже обработанного тефлоном. Скорость того процесса, который Вы описываете - дни, недели и месяцы непрерывных перепадов и облучения. Бактерии же смогут, если будет тепло и мокро, хотя бы на поверхности, использовать эти ферменты для извлечения полезных метаболитов за часы и минуты. Это будет не как ржавчина. Скорее как кинетика проедания листа металла кислотой. 3-6 часов - и готово! субстрата уже нет, как глюкозы в М9. (Panaev @ 11.12.2013 06:48) Однажды, мой отец (инженер-прочнист) узнал о существовании и даже целенаправленной селекции бактерий, потребляющих нефть и прочие углеводороды. И очень обеспокоился судьбой наших нефтяных месторождений. Какой же это будет ужас, если эти бактерии туда попадут?! До сих пор ужаса не произошло. Почему же? Эти бактерии как раз и обитают в этих пластах. Просто их популяции лимитируются не нефтяным субстратом, а каким-нибудь более редким метаболитом. Здесь же мы сознательно "делаем" в отсутствии лимитирущих по субстрату условий НОВЫЙ фактор колонизации той части биосферы, которая ПРЕДВАРИТЕЛЬНО была насыщена НАМИ ЖЕ субстратом, отсутствующим до 20 века в среде вокруг нас. То есть, кроме нас и бактерий с такими ферментами этот пластик не будет никому интересен. Вы уверены, что готовы в мире перестающих работать антибиотиков к конкуренции с бактериями за пластик, которым она питается вне лимитирующих её факторов среды, кроме Вас с химикатами?
|
angelian Участник |
|
vb Постоянный участник |
можно пластик оставить бактериям и нмр-гаю - нехай конкурируют. а мы перейдем на исконно-посконные бересту, лен и коноплю.
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
пока улучшенную целлюлазу им по тому же алгоритму не вставили в набортный набор плазмид... |
Panaev Постоянный участник |
(NMR-guy @ 11.12.2013 11:37) Почему же? Эти бактерии как раз и обитают в этих пластах. Просто их популяции лимитируются не нефтяным субстратом, а каким-нибудь более редким метаболитом. Здесь же мы сознательно "делаем" в отсутствии лимитирущих по субстрату условий НОВЫЙ фактор колонизации той части биосферы, которая ПРЕДВАРИТЕЛЬНО была насыщена НАМИ ЖЕ субстратом, отсутствующим до 20 века в среде вокруг нас. То есть, кроме нас и бактерий с такими ферментами этот пластик не будет никому интересен. Вы уверены, что готовы в мире перестающих работать антибиотиков к конкуренции с бактериями за пластик, которым она питается вне лимитирующих её факторов среды, кроме Вас с химикатами? То есть вы предполагаете, что кто-то специально сделал лимитирующий фактор для метанотрофов? А я так думаю, что эти факторы существуют как обратная сторона медали, то есть материи. Диалектика... Точно так же и для этих бактерий, жующих пластик обнаружатся лимитирующие факторы. Впрочем, ваше мировоззрение я помню. Точно, сделал бог специально. Могу еще напомнить беспокойства по поводу манипуляций с геномом Иколая. Даже специальная конференция была 1975 по безопасности. Ну в общем, чтобы долго не разглагольствовать, опасения не подтвердились. |
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
Иное дело - поверхность, где Творец создал множество красивых мудро устроенных живых существ. И где энергию можно добывать практически из всего. Я рад, что Вы предпочитаете не замечать очевидного, связанного с геномом иколай (в том числе - плазмидной его частью, которая давно снабдила все больничные штаммы патогенов генами устойчивости к антибиотикам), но мне идея держать голову закопанной в песок при виде приближающегося льва уже не близка. |
Nik-AD Постоянный участник |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
|
Panaev Постоянный участник |
(NMR-guy @ 12.12.2013 06:02) Иное дело - поверхность, где Творец создал множество красивых мудро устроенных живых существ. И где энергию можно добывать практически из всего. Ну я про то же. Зачем грызть невкусный полиэтилен, если есть удобоваримый пенек березовый или вообще сладкий корнеплод? |
Panaev Постоянный участник |
(NMR-guy @ 12.12.2013 06:02) Я рад, что Вы предпочитаете не замечать очевидного, связанного с геномом иколай (в том числе - плазмидной его частью, которая давно снабдила все больничные штаммы патогенов генами устойчивости к антибиотикам), но мне идея держать голову закопанной в песок при виде приближающегося льва уже не близка. Мое мнение - катастрофичность этого также сильно преувеличена. Каждый исследователь был вынужден писать раздел "актуальность". Чего там только не увидишь . И ничего - человечество пока не вымерло, а скорее наоборот. А паникеров мы будем расстреливать (с) Не пугайтесь, просто к слову вспомнилось. |
Panaev Постоянный участник |
(NMR-guy @ 12.12.2013 06:02) На глубине 5 км при тамошних давлении и температуре ничего дополнительно делать не нужно, подозреваю что там и так кроме нефти и метана мало что есть, пригодного для метаболизма и поддержания жизни. По крайней мере, кроме этих бактерий там вроде ничто жить не способно. Ну, как бы специально обученные люди работают над тем, чтобы эти бактерии при нормальных условиях жили и нефть кушали. Например для рекультивации земель. Вроде прописные истины рассказываю, надеюсь, что вы и без меня это знаете. |
tj1978 |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
kriz Постоянный участник |
|
jad12 IP-штамп: frWoyLp/FCXKE гость |
|
jad12 IP-штамп: frWoyLp/FCXKE гость |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
466773030 Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
watchesonline89 Постоянный участник |
|
PowerISO Crack IP-штамп: fraoPU0Lh.juM гость |
|
« Предыдущая тема · Колонка новостей · Следующая тема » |