Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Анализ эксперимента с повторностями -- какие методы подходят? --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Ulvhare




 прочитанное сообщение 17.12.2018 21:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте!
Довожу до ума методику измерения целлюлазной активности в пробах из кишечника мелких млеков. Пробы экстрагируются в глицерине или буфере, затем (с разбавлением) инкубируются в присутствии МУФ-Ц, мерится на флуориметре. По количеству получающегося МУФ определяется активность.

Текущая задача - оценить влияние экстрагента и концентрации химуса в измерительной кювете.

Таблица в прицепе:
sample - номер пробирки
C_chym - концентрация химуса в кювете
cbha - целлобиогидролазная активность

Все пробы взяты из слепой кишки одного и того же зверя (здесь - домашний кролик), 10 пробирок - в глицерин, 10 - в буфер. Из каждой пробирки по 3 разведения. Разбросы значений cbha велики, т.к. целлюлазы не плавают в растворе, а сидят эдакими тяжами на микросимбионтах кишечника, которые в свою очередь сидят на частичках химуса, и сколько этих частичек попало в пробирку - случайный процесс. Но усреднённо метод работает (мне важно, сколько целлюлозы на зверя гидролизуется, точнее, сколько целлобиозы образуется).

Предполагал делать дисперсионный анализ для проверки влияния экстрагента и Спирменовскую корреляцию для проверки влияния разведения. Однако неясно, как учитывать повторности, точнее, зависимость выборок.
Посоветовали изучить теорию по теме "Experimental design", чем сейчас и занимаюсь, но как-то это похоже на стрельбу из пушки по воробьям, там в основном про многофакторные эксперименты и построение и подгонку множества (!) моделей. Подозреваю, что для моего случая есть варианты попроще.


См. также здесь.

Файл/ы:

скачать файл rabbit2018.csv.txt
размер: 2.55к
кол-во скачиваний: 254


Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 17.12.2018 23:32     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Да, тут схема опыта очень простая.

Под логарифм проситься cbha
Участник оффлайн! Den-N
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.12.2018 00:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Планирование эксперимента - это не "из пушки по воробьям", это - основа, поэтому продолжайте изучать. Я раньше советовал всем учебники Дугласа Монтгомери (уже 8 изданий есть точно, одно из самых ранних переведено на русский), но после них тяжело перестаиваться на R, где используется другая форма записи экспериментальных комплексов.
Если задача сейчас - только оценка влияния факторов, то можно ограничиться многофакторным дисперсионным анализом (Factorial ANOVA). Модель следующая. Отклик (зависимая переменная) - cbha (удобно умножить на 100000, на рез-ты повлияет только в лучшую сторону). Независимые факторы и их взаимодействия:
0) Если у вас несколько кроликов, то вводим фактор (и столбец) "Индивид" и помещаем туда метки для животных. Данный фактор позволит выразить и оценить изменчивость, привносимую индивидуальными различиями животных. Фактор случайный (Random), т.к. для аналогичного эксперимента ваши коллеги в другой стране не смогут использовать ваших кроликов, и возьмут из генеральной совокупности каких-то других случайных особей. У вас сейчас этого фактора нет, поэтому пронумеровал его как (0).
1) От каждого кролика материал делится на 2 части, имеем фактор "Среда" с двумя градациями: "Буфер" и Глицерин". Позволяет выразить и оценить изменчивость, привносимую выбором среды. Фактор фиксированный (Fixed), т.к. полностью находится под вашим контролем.
2). Каждая часть разливается по 10 пробиркам. Имеем фактор "Пробирка". Позволяет выразить и оценить изменчивость, привносимую этапом деления материала на части и каких-то микроусловий в пробирке (вам виднее каких). Фактор случайный. Также фактор является иерархическим, вложенным (nested) и вложен в фактор "Среда", т.к. для каждой среды - свои 10 пробирок. Такой фактор обозначается Пробирка(Среда) - пробирка внутри среды. Межу этими факторами невозможно взаимодействие. Поскольку фактор Пробирка(Среда) выражен, в анализе будет учтён зависимый характер результатов, полученных из одной пробирки (хотя и на разных концентрациях).
3). Концентрация химуса. Выражает влияние концентрации. Имеет 3 градации. Фактор фиксированный. Удобно умножить на 100.
4) Взаимодействие факторов (Среда х Концентрация). Выражает особенности сочетанного эффекта градаций двух факторов. Эффект фиксированный, т.к. входящие в него факторы такие. Если профили средних значений отклика для двух сред проходят параллельно - взаимодействия нет. Про взаимодействия факторов нужно читать хотя бы на примере двухфакторного дисп. анализа.
5) Взаимодействие факторов (Пробирка(Среда) х Концентрация). Случайное. Самостоятельного интереса не представляет, но позволяет грамотно разложить всю имеющуюся в дисперсионном комплекса изменчивость (дисперсию) на части.

В R я этот комплекс быстро не задам, но результаты должны быть очень близки к тем, что прикрепил по F и P. Откомментирую их потом.

Картинки:
картинка: Image_2.png
Image_2.png — (12.14к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Ulvhare
Участник оффлайн! Ulvhare




 прочитанное сообщение 18.12.2018 18:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Огромное спасибо! Вы сделали именно то, что мне никак не удавалось - по полочкам разложили мои факторы в модель. Это моя вечная проблема: теория более-менее понятна, но как соотнести с ней свои данные - пока на нескольких своих примерах не получится, просто в ступор впадаю. Дополнительную прелесть вносит разница привычных советских и западных концепций ("въехать" в новую область знаний на чужом языке, причём есть сходные, но не идентичные понятия).
По теории решил пойти с начала, с вводной книжки Козлова (Планирование экологических исследований, 2014) "для научных сотрудников младшего возраста", очередной раз перечитать Мастицкого и Шитикова (2014), а также Шитикова и Розенберга (2013), по крайней мере, 4-ю главу. Попытки с места в карьер освоить англоязычные ресурсы не удались - не хватает базы. Монтгомери в переводе постараюсь добыть, но если закопаюсь в теорию и анализ вместо выполнения плана по статьям, это грозит санкциями ;-)
По практике - думаю, что смогу такую модель поглядеть в R, т.к., что есть что вы мне любезно объяснили. Насколько я могу интерпретировать вашу таблицу, мои предварительные выводы по графикам подтверждаются - значимым фактором является концентрация, экстрагент (среда) напрямую на активность не влияет.
На днях выложу сюда свои результаты, тогда и сверимся. Ещё раз благодарю за развёрнутый ответ!
Участник оффлайн! Den-N
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.12.2018 21:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Для дисперсионного анализа нет никаких "советских концепций". Есть только переводы/трактовки разного качества. Из советских статистиков какие-то свои наработки были у Плохинского. Но к ним и тогда относились настороженно, а сейчас всё это вообще неактуально, т.к. любой дисперсионный комплекс можно выразить через математический аппарат общих линейных моделей (General linear models). Очень грамотный советский учебник по биостатистике Н.В. Глотова с соавт. "Биометрия" (в сети не видел), но в нём чувствуется сильное влияние учебников Sokal & Rohlf "Biometry" и Монтгомери.

Книги Монтгомери (почему-то не всеми браузерами открывается корректно) https://yadi.sk/d/iWeppTdonLaAog

По поводу дисперсионного анализа в R - это беда. aov не понимает фиксированных и случайных факторов, lm не понимает вложенных, т.е. средние квадраты не так раскладываются и не на то делятся... В lme не получилось за 3 подхода в разное время разобраться со структурами Error() или (1|x), и всё равно получается не всё так как в книжках. Есть надежды на пакет EMSaov, но пока он работает только с равномерными комплексами. И это в то время как в SPSS, а позднее в Statistica (старше версии 6) это легко было сделать уже десятилетия назад. Буду признателен всем, кто научит получить для этих данных нужную табличку традиционными пакетами R.

В ваших данных я умножил концентрации на 1000 (стало 5, 10, 15), а отклик на 100000 (первое наблюдение 22,68041). Поскольку пакет использует команду type, заменил на tp.
>library(EMSaov)
>res<-EMSanova(cbha~sample+tp+conc,data=rabbit, type=c("R","F", "F"),nested=c("tp",NA, NA), level=c(3,1,1))
> res # прикрепил картинкой

Авторы пакета сделали хорошую работу, но опять не доработали. Параметр level не всегда очевиден, скорее вносится как-то интуитивно. Ну типа, каждой концентарции было по одной, каждого типа среды - по одному, а вот пробирок на тип - 3. Хотя как-то же программисты коммерческого софта обходятся без этих уровней, да и мне чтобы расписать ожидаемые средних квадратов они не нужны, нужно только число градаций факторов. Ну да ладно...

Сообщение было отредактировано Den-N - 20.12.2018 08:09

Картинки:
картинка: Image_1.png
Image_1.png — (6.84к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Ulvhare
Участник оффлайн! Den-N
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.12.2018 23:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Теперь комментарии.
1) Можно видеть, что результаты Statistica и EMSanova идентичны. Но в первом случае видно, что остаток модели (Residual) является в действительности взаимодействием факторов. Для этого эффекта нельзя получить F-критерий и р, т.к. его не с чем соотнести. Этот остаток складывается из взаимодействия факторов sample(tp)*conc (то же что и sample(tp*conc)) и ошибки измерения cbha - сейчас они нераздельны, не понятно что больше. Если бы вы измеряли каждый свой вариант хотя бы дважды, то ошибку приборного измерения можно было бы выразить, и появился бы ещё один MS, на который бы разделили эффект этого взаимодействия с получением для него F и р. Но это всё не слишком принципиально.

2) Раз вы ставите методику, то с точки зрения метрологии важно чтобы нужные эффекты были статистически значимыми, ненужные - нет. Судя по значению F-критерия, самый сильный эффект в модели - влияние на отклик концентрации; это хорошо. Другой значимый эффект - пробирка внутри типа среды. Это - плохо, т.к. на результат значимо влияет абсолютно случайный фактор. С этим нужно разбираться: смотреть данные, строить графики... Мне кажется, что эту значимость натянула первая пробирка (22,6804; 74,8936; 82,1978), и даже 74,8936, которое скорее всего является выбросом (outlier). Если это будет повторяться, то с такими вещами можно бороться "запретительными" методами, скажем описать в методике, что "за пригодные для последующего анализа принимаются результаты, которые..." (лежат в таком-то диапазоне, не выделяются более чем на... и т.п. - обсудите с коллегами - подскажут). А остальное бракуется. Так повысите точность.

3) также для методики важна "подконтрольность" системы. Всякие взаимодействия - неаддитивные и не всегда легко прогнозируемые эффекты. Раз взаимодействия факторов незначимы - это хорошо. Также для моделирования желательна линейность отклика. В требованиях к разработке фармакологических методик это даже, слышал, прописано. Для этих данных всё линейно; это тоже очень хорошо, но не мешало бы доказать линейность отдельно...

4) Вам говорили про множество моделей и это так. Но сложность возрастает. Например, мы можем не включать в окончательную модель статистически незначимые эффекты и рассматривать их просто как реплики. Мне это не нравится, но так делают и логика в этом есть. Получим уже другую модель. Включаем стадию проверки на выбросы (статистическую или какую-то эмпирическую) - получаем на выходе другие данные и другую модель. Также, если мы учтём, что концентрация - не качественный фактор с тремя градациями, а количественный, то можем отмоделировать зависимость от концентрации в ходе ковариационного анализа - уже другие модели.

5). И последнее. по результатам anova можно рассчитать компоненты дисперсии, т.е. выразить напрямую в % какую часть изменчивости (дисперсии) обусловливают все члены модели. По результатам пакета EMSaov это легко сделать вручную по Expected MS (EMS). Например, видно, что средний квадрат эффекта концентрации складывается из эффекта Error и 20 conc. Значит "чистый" эффект conc равен (2694,8895-54,45440)/20. Проверить правильность работы пакета в этой части ещё не успел, там не везде дисперсии, для фиксированных факторов - квадратичные формы, но доверимся пока авторам пакета. Такие "чистые" эффекты факторов и взаимодействий суммируются, это - 100%. Далее рассчитываются вклады каждого чистого эффекта в %. Если окажется, что какой-то неглавный член ответственен, скажем, за 50% шума данных, то желательно нагрузить этот фактор дополнительными измерениями, градациями. Или, скажем, если что-то шумит совсем мало, можно пробовать снять с этого фактора часть измерений - может это сильно удешевит/ускорит анализ практически без ущерба для точности метода. Например, может лучше ставить не 10, а 3 пробирки, но в каждой определять не 3, а 5 концентраций. Вряд ли это ваши цифры, привёл просто для примера того, что над постановкой методики "с умом" можно работать и долго, и нудно. Причём в самый разгар работы вам могут сказать, что самый черновой вариант методики начальство уже само упростило и даже валидировало, а если по ней не получается работать, так это потому что "у вас руки кривые" и "ждите инспектора"...

Сообщение было отредактировано Den-N - 20.12.2018 07:54

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Ulvhare
Участник оффлайн! PS2004R
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.12.2018 20:17     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Рыдаю от гениального антиспама этого форума...

Это остатки модели.

Картинки:
картинка: _________________2018_12_20_20_11_15.png
_________________2018_12_20_20_11_15.png — (26.29к)   



Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Ulvhare
Участник оффлайн! bandar sbobet




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.02.2019 20:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

bandar sbobet
bandar resmi sbobet
bandar situs sbobet online
Участник оффлайн! mongjihyo




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  21.02.2019 10:49     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Two full thumbs up for this magnificent article of yours. I've truly delighted in perusing this article today and I figure this may be outstanding among other article that I've perused yet. It would be ideal if you keep this work going ahead in a similar quality.
2 player games
Участник оффлайн! MarkMalin




 прочитанное сообщение 23.04.2019 21:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Актуальность темы. Известно, что не только крупные растительноядные млекопитающие, но и некоторые мышевидные грызуны, например полёвки, способны к высокоэффективному усвоению вегетативных частей растений, характеризующихся низкой питательной ценностью. В мировой научной литературе уделено достаточно много внимания морфоэкологическим адаптациям крупных млекопитающих-фитофагов к потреблению кормов низкой питательной ценности, а также стратегии их пищеварения. Механизмы же обеспечения организма зеленоядных грызунов питательными веществами во внутренних (симбионтных) цепях питания изучены недостаточно.

Предполагается, что у растительноядных млекопитающих, в том числе грызунов, специализированных к питанию дефицитными по содержанию белка зелеными и подземными частями растений, важную роль в питании и пищеварении играет диазотрофно-целлюлолитический комплекс микроорганизмов. Однако до сих пор закономерности функционирования этого важнейшего звена внутренних цепей питания у млекопитающих практически не исследованы.

Сообщение было отредактировано MarkMalin - 23.04.2019 21:33
Участник оффлайн! Ulvhare




 прочитанное сообщение 06.09.2019 18:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(MarkMalin @ 23.04.2019 22:32)
Ссылка на исходное сообщение  Актуальность темы. Известно, что не только крупные растительноядные млекопитающие, но и некоторые мышевидные грызуны, например полёвки, способны к высокоэффективному усвоению вегетативных частей растений, характеризующихся низкой питательной ценностью...

Это из моего диссера. И чо? Да, я всё ещё копаю эту тему со всех сторон.
Участник оффлайн! vananh01




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  18.12.2019 04:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Things are very open and intensely clear explanation of issues. was truly information. Your website is very beneficial
hotmail login email
gmail sign up
guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  31.05.2022 09:11     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.
guest: 123
IP-штамп: frXqkB4MpP2jQ
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  08.06.2022 12:58     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.
guest: 123
IP-штамп: frpYd0YygcNIA
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  09.06.2022 09:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Elon Musk has 123VEGA threatened to เกมสล็อต walk away from his JOKER GAMING $44bn takeover DREAMGAMING of Twitter, accusing เล่นสล็อต the social media company of "thwarting" his 11HILO requests to learn AMB CASINO more about its user base. In a letter filed FC SLOT with regulators, Mr Musk 88KTC said he was entitled 123GOAL to do his own measurement of spam accounts.
guest: 123
IP-штамп: frAWeMdOsBSXM
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.06.2022 10:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Saxon Mullins 123VEGA says she once had PRAGMATIC PLAY romantic dreams of what her 'first time' would ICONIC GAMING be like. In none was หวยปิงปอง she paralysed by fear in a Sydney ปั่นสล็อต alleyway, aged 18, with a 123GOAL man she had met only minutes earlier. Ms 88KTC Mullins has always maintained FC SLOT this incident - in 2013 - was rape. It spurred AMB CASINO her to push for legal 11HILO reform in Australia, after a long court battle ended with a judge finding the man involved did not realise she hadn't consented to sex.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 19.03.24 08:06
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft