 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* R Help -- Давайте составим русский FAQ --
Кураторы темы:* plantago
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* [ Схема ] · Стандартный · +Перв.сообщ.
 plantagoПостоянный участник  |
 26.06.2006 23:06
 Уважаемый Посетитель, помните, что все мы безусловно рады общению с вами. 1) У среды статистического анализа R обширная и одновременно точная документация. Дело в том, что R разрабатывали и документировали крайне компетентные и востребованные отраслью специалисты. Если что-то внесено в документацию, то оно в 99% случаев понадобится пользователю. Поэтому всегда, когда в первый раз приходится воспользоваться какой-либо командой, наберите в интерпретаторе (иногда это отдельное окно среды разработки) сочетание ?имя_команды, и вы получите возможность прочитать справку, куда внесены все нюансы, которые "прочувствовали на себе" предыдущие поколения пользователей. Документация R писалась добровольцами в течении более 15 лет и не содержит ни одной просто так написанной строки. Очень полезно просто прочитать страницы помощи всех команд R, входящих в пакет {base}, например, тут: Это немного. 2) Если вы никогда до этого не читали "Введение в R" , то обязательно сделайте это. Дело в том, что логика использования R, заложенная при его создании, подразумевает соблюдение нескольких простых правил. Если пытаться их игнорировать, то ничего, кроме разочарования и постоянного неудобства, испытать не удастся. 3) Если вы ищете какие-то возможности R по анализу ваших данных, полезно начать поиск с страницы , на которой собраны постоянно обновляемые обзоры растущих возможностей R в различных областях прикладного анализа данных. 4) Воспользуйтесь поиском по форуму с помощью гугла: "ключи поиска" site:http://molbiol.ru/forums/ Если же (1), (2), (3) и (4) не помогли, вы можете написать свой вопрос сюда, в этот раздел форума. Вопрос лучше всего сопроводить перечислением, где Вы уже искали ответы и чем найденная информация о встреченной проблеме Вас не устроила. Это сокращает процесс написания точного и полезного вам ответа. Постарайтесь также подготовить минимальный самостоятельно работающий пример, то есть такой кусок кода (а также, возможно, текстовый файл с данными), который посторонний человек может скачать к себе на компьютер, запустить в R и увидеть, в чем ваша проблема. И еще -- мы не решаем контрольные работы. === Исходная версия первого сообщения: Учитывая, что народ проявил недюжинный интерес к проекту R ( ), предлагаю здесь организовать русскоязычную консультацию. Принимаются любые вопросы: от "Зачем это все вообще надо, разве не хватает Excel?" до "Как посчитать то-то и то-то?". Надеюсь, что мне помогут отвечать. Цель -- составить русскоязычный FAQ. Имейте в виду, что существует немало полезных англоязычных ресурсов по R: 1) R FAQ (official) -- 2) R Help mail list -- (non-searchable, updated continuously); (searchable, updated once a day) 3) R Help search engine -- 4) R Tips -- Это лишь небольшая часть. Поскольку (так я думаю) в русскоязычной среде пользователей R начинающих большинство, давайте сделаем основной акцент на самых базовых вещах, типа установки, импортирования/экспортирования данных, вставления графиков в презентации и пр. Более сложные вопросы тоже принимаются. Я, например, готов отвечать за многомерную статистику.
|
   |
Ответы
|
plantago Постоянный участник |
03.07.2006 02:54
Я уже писал, что строить надо командой > plot(g) Если Вам нужны не все пять, нужно сделать так: > plot(g, which=2) Чтобы получить справку по этой команде, надо сделать так: > ?plot.lm потому что R -- по-настоящему объект-ориентированный язык. 2. Про R vs. STATISTICA Можно задать про это вопрос в R Help, а можно автору кода "Levene Test" -- John Fox ( ). Но боюсь, что без особых резутьтатов -- про отношение к STATISTICA среди статистиков я уже писал, а самое главное -- Вы никогда не узнаете, что действительно использует STATISTICA, тогда как в случае с R это очень просто. Кстати, если уж про тесты: > ?bartlett.test и все тесты, которые там в "See Also". ANOVA пользуюсь нечасто, штатных средств R мне вполне хватает. |
|
Amadeus Участник |
03.07.2006 18:51
(plantago @ 03.07.2006 00:54)  1. Про QQ Plot. Я уже писал, что строить надо командой > plot(g) Если Вам нужны не все пять, нужно сделать так: > plot(g, which=2) Чтобы получить справку по этой команде, надо сделать так: > ?plot.lm потому что R -- по-настоящему объект-ориентированный язык. Хорошо, справку почитал, но не нашел там ответа на свой вопрос  Имеет ли значение градус наклона линии на QQ plot или нет? Т.е. если все точки (или по крайней мере подавляющее большинство) располагаются на линии или очень близко к ней, то данные можно считать нормальными? Или наде еще смотреть на угол наклона линии на этом графике и насколько он соответсвует линии нормального распределения (т.е. y=x, 45 градусов, если шкалы по x и y равны)?2. Про R vs. STATISTICA Можно задать про это вопрос в R Help, а можно автору кода "Levene Test" -- John Fox ( ). Разобрался сам. Дело в том, что STATISTICA считает Levene test на основе means (доступа к ее исходным кодам у меня, понятно нет, но установил это опытным путем). А John Fox реализовал levene.test в R на основе medians. Отсюда и некоторая разница в p values. А проверил это так, что в процедуре John Fox'а заменил median на mean: levene.test <- function(y, group) { meds <- tapply(y, group, mean, na.rm=TRUE) resp <- abs(y - meds[group]) table <- anova(lm(resp ~ group)) rownames(table)[2] <- " " cat("Levene's Test for Homogeneity of Variance\n\n") table[,c(1,4,5)] } и тест в R начал выдавать результат идентичный со STATISTICA  Почитал интернет по этому вопросу и оказалось, что второй вариант (реализованный в R, через medians) - точнее (например тут: . Не то чтобы я не доверял R, но эта разница в p values меня тревожила. Теперь, когда причина разницы между STATISTICA и R найдена, все стало на свои места. Вот еще инфа о тестах Homogeneity of Variances, которую нашел в своих конспектах, переписанная с какой-то книжки: "Hartley's F-max test was examined when discussing the two-sample t-test. It is simply the max variance divided by the min variance. Bartlett's test is computationally a bit more prolonged. A nice description and worked example can be found in Sokal & Rohlf (1995; Box 13.2). Both Hartley's and Bartlett's are sensitive to departures from normality, so this needs to be determined first. Further, Hartley's test requires equal sample sizes. The Scheffé-Box test is less sensitive to departures from normality and can be used for unequal sample sizes, but requires the data to be acquired in a stratified group fashion. Perhaps the best overall test (because of its insensitivity to sample size and normality) to examine the homogeneity of variance assumption is the Modified Levene Equal Variance test. Here, all variates are redefined by subtracting the median of each subgroup and running a one-way ANOVA on theses redefined variates. If you fail to reject the null hypothesis, conclude that variances are equal." Чисто познавательно, интересно какой из вариантов Levene реализован в SPSS... Но что-то мне не хочется демо ставить только ради этого А вообще в ходе поисков обнаружил что в пакете ctest есть тест, который некоторыми считается еще более robust чем Levene: Fligner-Killeen Test of Homogeneity of Variances. The Fligner-Killeen (median) test has been determined in a simulation study as one of the many tests for homogeneity of variances which is most robust against departures from normality, see Conover, Johnson & Johnson (1981). It is a k-sample simple linear rank which uses the ranks of the absolute values of the centered samples and weights a(i) = qnorm((1 + i/(n+1))/2). The version implemented here uses median centering in each of the samples (F-K:med X^2 in the reference). ANOVA пользуюсь нечасто, штатных средств R мне вполне хватает. Последнюю реплику не совсем понял. А разве ANOVA не является штатным средством R? Я думал это один из самых часто используемых параметрических методов? А чем сравниваете несколько групп, если такая нужда есть? Или сразу регрессию проводите? Но там ведь assumptions тоже надо сравнивать...Кстати, Вы может подскажите мне, как заставить R выводить p values в десятичных дробях, а не в научном формате? Т.е. 0.000002238 вместо 2.238e-06 ? Сообщение было отредактировано Amadeus - 03.07.2006 20:52 |
|
plantago Постоянный участник |
03.07.2006 22:41
(Amadeus @ 03.07.2006 08:51) Т.е. если все точки (или по крайней мере подавляющее большинство) располагаются на линии или очень близко к ней, то данные можно считать нормальными?Да Или наде еще смотреть на угол наклона линии на этом графике Нет Разобрался сам. Отлично! И спасибо за инфу о тестах. Последнюю реплику не совсем понял. Это я неудачно выразился. Конечно, несколько групп сравниваю с помощью ANOVA. Кстати, Вы может подскажите мне, как заставить R выводить p values в десятичных дробях, а не в научном формате? Т.е. 0.000002238 вместо 2.238e-06 ? |
|
Amadeus Участник |
04.07.2006 01:04
Это я неудачно выразился. Конечно, несколько групп сравниваю с помощью ANOVA. А какими тестами/графиками assumptions проверяете? (plantago @ 03.07.2006 20:41) Только там форматировать предлагают каждый раз - это немного неудобно для меня. Я бы предпочел глобально это один раз переопределить для всех репортов. Решение такое нашел в доках: options(scipen=20) правда длинные они тогда иногда числа получаются, но все равно, для моих eyeballs оно так нагляднее и приятнее У меня еще несколько вопросов накопилось. 1. Вы строете графики в R или GNUPlot? Какой из них мощнее? 2. Как в R на график впихнуть p values с какого либо теста? Вот например сделал я ANOVA, вывел QQ plot командой plot(g, which=2) сделал тест shapiro-wilk на нормальность: shapiro.test(g$res) выдал он мне такой результат: Shapiro-Wilk normality test data: g$res W = 0.9343, p-value = 0.08822 Как его заставить еще на моем QQPlot еще типа такой надписи написать: "Shapiro-Wilk normality test: p=0.08822" Причем как дополнительную надпись, а не вместо какого-нибудь титула? 3. Как можно заставить R каждый новый график открывать в новом окошке, а не стирать старый? Сообщение было отредактировано Amadeus - 04.07.2006 01:20 |
|
plantago Постоянный участник |
04.07.2006 02:10
(Amadeus @ 03.07.2006 15:04) А какими тестами/графиками assumptions проверяете? QQ Plot, Levene test  1. Вы строете графики в R или GNUPlot? Какой из них мощнее? Gnuplot давно забросил. R, конечно же, мощнее. Вот, для забавы, посмотрите график:  и код к нему В R не очень много интерактивности в графиках (один из примеров ниже), но есть замечательный GGobi ( ), который сию интерактивность добавляет. 2. Как в R на график впихнуть p values с какого либо теста? Извиняюсь за выражение, > text(locator(), paste("Shapiro-Wilk normality test: p=", round(shapiro.test(g$res)$p.value, 5), sep=""), pos=4) Щелкните мышкой куда хотите вставить, а затем Esc. 3. Как можно заставить R каждый новый график открывать в новом окошке, а не стирать старый? Перед графиком > x11() либо > windows() (менее универсально), на Mac -- > quartz()
|
|
Amadeus Участник |
04.07.2006 03:25
(plantago @ 04.07.2006 00:10) QQ Plot, Levene test А чем пользуетесь для постройки SVG графиков (если строите)? gridSVG? Хотелось бы чего нибудь scalable, чтобы не пихать в документ статичные пикчерсы в PNG. Хотябы какая-та замена динамическим графикам STATISTICA, которые можно в любой момент поправить/изменить. Хотя ни MSOffice, ни OpenOffice все равно SVG не понимают...  Gnuplot давно забросил. R, конечно же, мощнее. Вот, для забавы, посмотрите график: и код к нему Господи, как только люди не извращаются   Пришлось для этого даже R Graphics установить.В R не очень много интерактивности в графиках (один из примеров ниже), но есть замечательный GGobi ( ), который сию интерактивность добавляет. Скачал, поставил, он начал орать на отсутствие какой-то GTKшной либы, которой почему то в дистрибутиве не было. Пришлось ему аналогичную из ГИМПа скормить А есть к нему какой-нибудь туториал для чайников? Такой который можно безболезненно прожевать? Извиняюсь за выражение, > text(locator(), paste("Shapiro-Wilk normality test: p=", round(shapiro.test(g$res)$p.value, 5), sep=""), pos=4) Щелкните мышкой куда хотите вставить, а затем Esc. Я предпочитаю автоматизировать - даю ему сразу координаты. Только заметил интересную особенность - он надпись пихает не по абсолютным координатам, а по координатам осей - т.е. внутри графика. И не в какую не хочет его помещать снаружи собственно области графика. Как это побороть можно? Так чтобы надпись дать например вверху, рядом с титулом? Перед графиком > x11() либо > windows() Мои знания по R благодаря Вам расширяются просто со пугающей скоростью.  Аж самому страшно А ведь помню когда его первый раз поставил - поковырялся, да и снес от греха подальше... А оно оказывается совсем и ничего 
|
Сообщения этой темы
plantago R Help 26.06.2006 23:06
mpyat Я работаю с R уже года два (правда, не очень актив... 27.06.2006 15:53 plantago Вместе искать веселее ;)
Вот про double/single:
=... 27.06.2006 23:15 Amadeus Идея с R конечно интересная. Раз уж можно задавать... 30.06.2006 22:40 plantago 1. plot(g) ;)
2. levene.test <- function(y, gro... 01.07.2006 01:56
Amadeus
Хм, у меня эта функция выводит четыре графика, и ... 01.07.2006 04:53 plantago
Так Вам шашечки или ехать? QQ Plot показывает то ... 01.07.2006 05:46 Amadeus
Почитал я про этот QQ plot. Различия между ними е... 01.07.2006 15:48 plantago
Графики в SVG не строю, хотя формат очень перспек... 04.07.2006 03:52 Amadeus
Спасибо.
У меня к Вам еще вопросы :shuffle:
1... 08.07.2006 17:09 Den-N Работать с R несколько муторно, но никуда не детьс... 05.07.2006 23:45 plantago В пакете sem есть bootstrap для structural equatio... 06.07.2006 02:19 Den-N Большое спасибо, попробую разобраться! 06.07.2006 19:48 plantago Извините, что отвечаю поздно и мало -- много работ... 13.07.2006 03:56 Amadeus
Да ничего страшного, спасибо что вообще отвечает... 16.07.2006 06:53 plantago Кстати, не обратили внимание -- столбики на Вашем ... 13.07.2006 06:26 plantago Вот как сделать столбики:
===
c.mean <- tapply(... 18.07.2006 02:29 plantago Кажется, понял Ваш вопрос про разнесение точек... 18.07.2006 06:14 Amadeus
Plantago, большущее Вам спасибо опять. Я как раз... 19.07.2006 17:03 Tolmacheva Hello!
Ja tolko nachinau rabotat s R i u menj... 18.07.2006 16:21 plantago Сталкивался немного. Чтобы ответить на Ваши вопрос... 18.07.2006 21:07 Tolmacheva Kod uge napisan, i oformlen f funkcii, Teper' ... 19.07.2006 11:31 plantago Отлично, что Вы нашли причину! Вообще говоря, ... 19.07.2006 11:36 plantago Ого, как у Вас здорово все выходит!
С учетом э... 20.07.2006 08:18 Amadeus
Плантаго, не мучайте меня :wall:
Попробовал та... 20.07.2006 16:54 plantago Я не мучаю, я сам не знаю (честно). Времени просто... 21.07.2006 11:48 Amadeus
Попробовал, это мне выдало исходный код функции :... 21.07.2006 20:24 plantago
Ну, я Вам сам накопал. См. приложение. Правда, ни... 22.07.2006 13:00 Amadeus
Снимаю шляпу! :) Это именно то что нужно. Я... 22.07.2006 18:36 gav
Мысль действительно очень здравая. Небольшой тол... 15.12.2006 17:00 plantago Спасибо за улучшенный код!
Что касается книжек... 23.07.2006 15:43 Amadeus Plantago,
Я решил немножко оживить тему. Для зат... 05.08.2006 14:41 plantago UnifyPow принципиально не обновлялся с 1998 года.
... 09.08.2006 05:46 Amadeus
Спасибо, из них трех pwr мне показался самым опти... 13.08.2006 17:29 plantago Я обычно цитирую R и не цитирую пакеты, хотя это, ... 14.08.2006 04:42 Pryanik А работал ли кто-нибудь с данными microarray в пак... 03.11.2006 11:41 Guest
http://www.stat.berkeley.edu/~terry/zarray...re/s... 18.11.2006 00:16 plantago Bioconductor -- это набор пакетов к R. К сожалению... 06.11.2006 06:47 guest: Piter_ http://molbiol.ru/forums/index.php?showtop...960#e... 17.11.2006 23:58 Piter- хттп://лудщиг-сун2.унил.ч/~дарлене/Рмини/счед.хтмл... 18.11.2006 00:17 plantago Кое-что есть у меня на сайте ( http://www.r-projec... 16.12.2006 03:15 Yason Уважаемые, а вам не приходилось работать с модулем... 05.02.2007 09:35 plantago Что _конкретно_ не получается? Какие данные, как о... 05.02.2007 10:02 Yason Есть данные о взаимодействие пептидов (9-мерных) с... 05.02.2007 12:49 plantago Видна, по крайней мере, одна ошибка:
hla<-read.... 05.02.2007 13:01 Yason это я написал неправильно. там было указано row.na... 06.02.2007 06:33 plantago You are welcome :) 06.02.2007 07:28 Guest А кто-нибудь когда-нибудь писал функции на R, кото... 29.08.2007 20:54 plantago Вот здесь все подробно описано:
http://cran.r-proj... 29.08.2007 22:45 Pryanik Спасибо, этот мануал я уже нашла. :) В мануале нап... 29.08.2007 23:09 plantago 0) Я ни разу этого не делал, так что рекомендации ... 30.08.2007 03:31 guest: Pryanik Please, подробнее, я чайник.
До этого только поль... 30.08.2007 07:34 plantago Дело в том, что я вот попробовал как раз на Mac... 30.08.2007 07:55 plantago Ура! У меня получился пример из последнего тек... 30.08.2007 23:57 Guest У меня тоже получились примеры из текста. А что ес... 01.09.2007 04:31 plantago Ну, раз они получились, то смотреть, какой у Вас X... 01.09.2007 05:14 Guest Thanks :) 01.09.2007 05:18 Guest я писала код в текстовом редакторе, сохраняла с ра... 01.09.2007 05:20 Guest Plantago, а вы что-нибудь кроме примеров пытались ... 11.09.2007 09:37 plantago Нет. 12.09.2007 00:26 Pryanik Ясно. Просто не понятно, например, как использоват... 13.09.2007 19:36 plantago Очень трудно отвечать на такие общие вопросы. Что ... 14.09.2007 00:36 Pryanik Библиотеки -- сишные. Не знаю... tcl.h, sstream лю... 14.09.2007 02:42 plantago А просто прописать библиотеки в исходниках, скомпи... 14.09.2007 07:10 Guest я уге посмотрела исходники какого-то пакета, где е... 14.09.2007 07:30 Guest а есть в R что-нибудь похожее на то, что делает PA... 20.11.2007 12:51 plantago Попробуйте поискать в Bioconductor или в пакетах, ... 21.11.2007 11:21 smirnovatatiana скажите пожалуйста, а GUI к нему не появился?? И ... 25.11.2007 17:24 smirnovatatiana о, есть R Commander, ура! И еще RKWard. остал... 26.11.2007 00:47 plantago С RCommander я работаю в том смысле, что делал его... 26.11.2007 02:58 Guest большое спасибо!
а где можно Ваш перевод найти... 26.11.2007 11:45 plantago Перевод ставится автоматически, если Вы использует... 27.11.2007 07:42 Guest УРА! кажется счастье есть... ох, как же я не л... 27.11.2007 13:09 Pryanik Люди, кто нибудь имеет опыт делания пакетов для R,... 07.01.2008 23:28 plantago Почему бы Вам не спросить это в R-Help? 08.01.2008 00:08 Pryanik Я спросила уже, даже в [R-devel], жду. Просто реши... 08.01.2008 00:19 Guest Простите за глупый вопрос, а кто-нить знает как в ... 17.01.2008 23:28 Pryanik > c<-rnorm(20)
> hist(c,col=c("red... 18.01.2008 21:53 Guest
Спасибо, Полин. 21.01.2008 17:24 Pryanik А есть ли пакеты для environmental microbiology/me... 20.04.2008 06:59 guest: Гость Доброго времени суток!
Вопрос по установке RCo... 28.05.2008 02:22 plantago Я прочитал Ваше сообщение несколько раз, но так ни... 28.05.2008 07:12 guest: гость
Прошу прошения за предыдущее сообщение.
Проблема... 31.05.2008 20:32 plantago Я попробую повторить Ваши шаги на своих системах, ... 01.06.2008 02:02 plantago Попробовал. Понял. Если Вы хотите установить комма... 05.06.2008 06:52 noname00 Прекрасная идея с FAQ по R. Прошло много времени, ... 20.06.2008 01:35 plantago FAQ -- это и есть "Вопрос - Ответ"... 20.06.2008 04:38 Guest
Спасибо за расшифровку :) Хотелось бы увидеть упо... 20.06.2008 17:44 Rjhdby Есть некий массив вот такого вида
--X1--X2--X3--X... 17.07.2008 16:33 plantago
> a <- data.frame(X1=c(1,15,1,3... 17.07.2008 22:07 Rjhdby Дайте я вас расцелую! :) 18.07.2008 10:03 guest: LuK Всем привет. Собрал немного литературы по языку R,... 31.07.2008 09:27 zollin Здравствуйте,
кто-нибудь знает как в R можно прово... 22.09.2008 19:26 plantago Спросить в R Help, написать автору. 22.09.2008 20:05| страницы (28): 1 2 3 > » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.