Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
genseq Постоянный участник |
1.1 Да 1.2 Да 1.3 Да-да-да. Последнее - не в России. 1.4 Да. И да (не в России). 1.4.2 Особых проблем нет, но есть нюансы, с которыми придётся разбираться. 1.5 Смысл есть. Заниматься некому. 1.6 Нанопорщики ещё долго не смогут монополизировать рынок. Но со временем смогут урвать его львиную долю. 1.7 AXBIO может значительно повысить и точность, и производительность нанопорового секвенирования. Но это только теоретически. Практически - узнаем в следующем году. Сообщение было отредактировано genseq - 06.12.2019 16:43 Картинки: H_L.png — (378.82к) |
dk Постоянный участник Россия |
|
genseq Постоянный участник |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
genseq Постоянный участник |
(dk @ 09.12.2019 19:42) Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало. 1. Главное в нанопоровой технологии - очень низкая себестоимость секвенирования, которая после появления конкурентов приведёт к снижению его стоимости. 2. Пора помирает, но сейчас уже не через несколько "протяжек", а через несколько сотен (или даже тысяч) "протяжек" (ридов). 3. Нынешние нанопоры уже неплохо справляются и с короткими ридами. А если нужно увеличить общее количество коротких ридов, то их сшивают. И секвенируют длинными ридами. 4. Число ошибок медленно, но верно снижается. Сейчас однократное чтение даёт меньше 95% ошибок на ДНК большинства бактерий и 94% на ДНК человека. Качество многократного чтения (>40) превышает Q40, а с нанопорами десятой серии перевалило за Q50. Для метабаркодинга этого более чем достаточно. Сообщение было отредактировано genseq - 10.12.2019 09:16 |
dk Постоянный участник Россия |
|
genseq Постоянный участник |
|
banned sceptique-NMRguy Постоянный участник временной жизни |
(genseq @ 10.12.2019 21:40) У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние. Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад. |
микробиом |
(banned sceptique-NMRguy @ 30.12.2019 00:20) У тех, кто разумно к ним относится, они всегда лишние. Ибо, тратить их нет никакого смысла обычно на всякую ерунду, к которой расходку перестают продавать черз 2-3 года после покупки секвенатора, как мерзавцы из Роша со всеми своими клиентами поступили пару лет назад. пару лет назад. ваамщето Рош сдох в NGS лет 10 назад |
breznak |
|
Acer-X Участник |
(genseq @ 10.12.2019 21:40) |
Bit Постоянный участник |
презентации новинок Illumina и Genapsys
|
genseq Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано genseq - 23.01.2020 09:21 |
genseq Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано genseq - 23.01.2020 09:25 Файл/ы:
|
Acer-X Участник |
(dk @ 09.12.2019 22:42) Как я понимаю, смысл нанопор - в длинных ридах. Сама пора через несколько "протяжек" благополучно помирает. А для метабаркодинга надо очень много ридов небольшой длины (те же ионторренты с 400п.н. - отлично, только дорого). Да и с числом ошибок, вроде как, очень "грязно" нанопоры работают. Правда, я тут не специалист - может, сейчас уже всё и лучше стало. в принципе нанопоры доджны делать 16s microbioms на полной 16с до уровня штамма в клинике |
H3K27me2 Участник |
|
mail-e Участник |
|
mail-e Участник |
(H3K27me2 @ 12.02.2020 22:46) Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов |
H3K27me2 Участник |
(mail-e @ 17.02.2020 10:02) Интересно как на HiSeq2000 получить только 3M ридов либо авторы не указали что мультиплексные библиотеки либо это юникли маппед ридс но тогда накасячили с либрами |
cellcounter Участник |
(Vadim Sharov @ 28.04.2020 16:48) SARS-CoV-2 NGS data analysis in Strand NGS - 29 Апр 2020 |
genseq Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано genseq - 24.08.2020 10:15 Картинки: _100.png — (266.57к) |
Permission Участник |
А мысль моя была проста, но не приятна для молбиологов и генетиков. Суть её в том, что сколько угодно можно говорить о полезности и красоте одежды, обсуждать материалы, используемые для нее, покрои, нитки, размеры, износостойкость и.т.д и т.п. Полезно? Несомненно, в малых масштабах. Однако, «пустячок» вне нашего внимания - какого субъекта наряжают в эти одеяния? Кто это? Как он живёт-может? Это главное. Но это главное - МИМО. Почему? Потому, что сиквенс, точнее его внешняя оболочка, это ПРЕЖДЕ ВСЕГО БИЗНЕС, а это ДЕНЬГИ. И это главное, вытесняющее действительно ГЛАВНОЕ, - кто в этих одеждах? Что он и как он? Разве неправда? Хоть засеквенируйтесь в дребодан. Не зная диалектов языка ДНК --- мРНК --- Белков, все остальное - имитация работы. Когда власть предержащие и деньги дающие поймут это, причем, очень скоро, тогда лингвистическая генетика умрет, не родившись. Что контр продуктивно, это тупик генетики и мол. биологии, стирай - не стирай сей пост. |
genseq Постоянный участник |
|
Permission Участник |
(genseq @ 02.09.2020 10:53) Убрал молча. Наверное, это некрасиво. Но я убираю все сообщения, не имеющие отношения к теме. Здесь обсуждаются не высшие сферы молекулярной генетики, недоступные простым учёным, а новые технологии секвенирования. Так что извините, но для обсуждения глубинных принципов хранения и передачи генетической информации Вам лучше открыть свою тему. Здесь все отвлекающие от секвенирования сообщения удаляются. Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая хим. состав и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую. |
kb1 Участник |
(Permission @ 02.09.2020 12:30) Ну это как пытаться понять Джоконду, обсуждая хим. состав и мол.структуру используемых Леонардо красок и способы их намазывания. Можно обсуждать? Конечно. Но это трата времени впустую. Ну, так не топчитесь здесь. Вам - в Лувр, а мы красками займемся. |
genseq Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
|
dk Постоянный участник Россия |
|
genseq Постоянный участник |
|
Shikooo Постоянный участник |
|
guest: Ufa1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
macanbola78 Участник Thailand |
linkr.bio/macanbolanews |
Situs Bandarjitu IP-штамп: frxwqRM9LKN8w гость |
|
BANDARJITU IP-штамп: frxwqRM9LKN8w гость |
|
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |