Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
hella Участник Казань |
подскажите каким софтом можно воспользоваться, чтобы достоверно обсчитать константу михаэлиса, максимальную скорость реакциии, константу ингибирования и так далее. Вышел спор насчет достоверности кинетических данных, хотелось бы обсчитать все точно. Заранее большое спасибо. |
Guest IP-штамп: frL2oriqkXcQg гость |
origin sigmaplot и тд. любоя программа которая способна делать фит. |
guest: ммм IP-штамп: frwHRv5zEzGDY гость |
Это порочная философия.
|
hella Участник Казань |
|
kookaburra |
|
guest: yuri IP-штамп: frw3GfipDY0Lk гость |
1) построить кинетическую модель фермента (схему каталитического механизма). После этого станет ясно - какие собственно параметры будут оцениваться. Ведь не все ферменты работают по схеме Михаэлиса-Ментен... 2) адаптировать кинетическую модель и экспериментальные данные для программы DBSolve7. DBSolve7 (+manual) можно свободно скачать на сайте insysbio.ru 3) В DBSolve7 провести автоматический фиттинг (подбор) значений параметров модели для наилучшего согласования с экспериментальными данными... |
Shamira |
|
Miss Marple Участник Москва vs. Европа |
|
guest: yuri IP-штамп: frw3GfipDY0Lk гость |
В вашей задаче некоторое усложнение возможно, если в эксперименте концентрации лиганда и рецептора сопоставимы, т.е. в процессе связывания концентрация "свободного" лиганда значительно изменяется. Если же лиганда заведомо больше, чем рецептора - для начала построить просто график RL(L_total) - выходит ли эта зависимость на насышение (весь рецептор нагружен лигандом)? Если выходит - оценить IC50 ~ Kd. Если зависимость не выходит на плато, то необходима оценка концентрации R_total. Можно записать уравнение: RL(L)=R_total*(L/Kd)/(1+L/Kd) Задача - подобрать Kd для наилучшего описания экспериментальных точек... |
Miss Marple Участник Москва vs. Европа |
Реакция [pseudo-firs order] - концентрация лиганда может считаться постоянной, так как он подаэтся во [flow cell]. Да, при построении графика [RL/L_total)] кривая выходит на плато, так как использовалось титрование лиганда от малых концентраций к избыточным, где [ RL equilibr.] почти равно [RL maxim.]. Моя задача, если често, подобрать наилучшее [curve fitting] для графика [RL/L_total)]. Только пока не совсем получается.... |
Miss Marple Участник Москва vs. Европа |
(guest: yuri @ 03.03.2009 16:34) yuri, Как сделать фит такой модели в Ориджин, чтобы вычислить [Кd]? |
Fritz Постоянный участник Москва |
Есть там у них все фичи в одном . Я тут тоже хочу шефа уговорить ходить на Биакор к Тампе . Сообщение было отредактировано Fritz - 26.03.2009 16:17 |
Miss Marple Участник Москва vs. Европа |
(Fritz @ 21.03.2009 20:33) Дело в том, что мы обязаны делать фит для студентов в Ориджин, так как у них был по нему курс + на установку программы есть лицензия. А все свободнораспространяемые проги здесь не приветствуются, мы даже установитьих не можем без админских прав . И вообще... что это ты тут вдруг меня по имени стал называть?... |
Fritz Постоянный участник Москва |
|
volmin Постоянный участник |
|
vrida2 Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frv7/C5StnAFc гость |
|
guest: Гость IP-штамп: frF09c.4LlHIY гость |
у меня вопрос: Можно ли при определение константы ингибирования в координатах Лаинуивера-Берка использовать 1 концентрацию ингибитора? Получались 1 прямая в присутствии ингибитора, а вторая без ингибитора (кривые пересекались на оси как типичное конкурентное ингибирование). Можно ли не использовать 2-3 возрастающие концентрации ингибиторас (вещества мало ) |
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
Guest IP-штамп: frpYd0YygcNIA гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
|
Guest IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
123goal IP-штамп: frhH4hwKCUILo гость |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
Guest IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
guest: 123vega IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
IAM1688 IP-штамп: frAafNuYANUh2 гость |
|
cricketnewsnews |
|
IAM1688 IP-штамп: frAafNuYANUh2 гость |
|
guest: geekstation IP-штамп: frlPbSMM6PgXc гость |
|
guest: geekstation IP-штамп: frlPbSMM6PgXc гость |
|
guest: geekstation IP-штамп: frlPbSMM6PgXc гость |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
guest: geekstation IP-штамп: frlPbSMM6PgXc гость |
|
guest: geekstation IP-штамп: froGyfM7ueoVc гость |
|
guest: 123 IP-штамп: frjqhthH/u3Mk гость |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
Guest IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
It’s simple, yet effective. A lot of times it’s challenging to get that “perfect balance” between user friendliness and visual appearance. I must say that you’ve done an awesome job with this. Additionally, the blog loads very quickly for me on Safari. Excellent Blog! |
IAM1688 IP-штамп: frAafNuYANUh2 гость |
|
Guest IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
It’s simple, yet effective. A lot of times it’s challenging to get that “perfect balance” between user friendliness and visual appearance. I must say that you’ve done an awesome job with this. Additionally, the blog loads very quickly for me on Safari. Excellent Blog! |
123goal IP-штамп: fryffmPfT6Rbc гость |
|
IAM1688 IP-штамп: frAafNuYANUh2 гость |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
IAM1688 IP-штамп: fr4iy3.kHUw02 гость |
|
Guest IP-штамп: frpXPq5TOmUHs гость |
Additionally, the blog loads very quickly for me on Safari. Excellent Blog! I’m really enjoying the template/theme of this blog. It’s simple, yet effective. A lot of times it’s challenging to get that “perfect balance” between user friendliness and visual appearance. |
« Предыдущая тема · Биофизика и матметоды в биологии · Следующая тема » |