Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
PPGAR |
Файл/ы:
|
PPGAR |
|
vb Постоянный участник |
|
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
(vb @ 05.07.2018 10:49) Это значит: не очная встреча. Есть строго обозначенная тема, есть предложенные материалы. Хотите: можете обсуждать по существу, а не личности. |
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
Я их нашел. Мне показалось многое странным, как порядок оформления ссылок, корректность использования ссылок. Не понятны идеи и выводы. Я постараюсь их разбить на отдельные нумерованные возражения для собственного понимания. Итак, предложенная Вами статья 2015 года : Предложенная статья 2018 гола: Пока беглые придиризмы 1: почему у вас в оригинальной английской статье 2015 года 37 ссылок, в русском переводе 32? 2. Куда делась ссылка № 17. «17. Спиноза Б. 1677. Этика». Грешным делом, хотел бы посмотреть на то как выглядит это по-английски. Простите, что придираюсь, но статья по-английски такая удобная: подвел под ссылку и видишь контекст ссылки. Учитывая, что у Вас так много слова «контекст» и «лексика», Вы меня поймете. Вот найдешь контекст, попытаешься проверить, правильно ли я понял, переходишь к русскому тексту, а здесь разница в ссылках и Сенеки нет. Нет ли у Вас русского варианта статьи с равным по ссылкам английскому, опубликованному варианту. Если нет, будем прорываться. |
Xantipius |
|
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
Spinoza, B. (1677) Ethics. Стоит сказать, что в 1677 году, по смерти философа опубликовали работу Ethica, ordine geometrico demonstrata Я не думаю, что Вы читаете по латыни. Скорее всего Вы цитируете перевод. Спиноза Б. Этика / Пер. с лат. Н. А. Иванцова. — СПб.: Аста-пресс ltd, 1993. — 248 с. Кстати по Спинозе и Налимову. Последуем… Белковый код создан Разумом. Будем вслед за Спинозой и Налимовым считать Вселенную и причиной самой себя (causa sui), и лингвистической, т.е. разумной [17, 18]. The Protein-genetic code was created by Intelligence. Let’s follow Spinoza and Nalimov and consider the Universe being the reason for itself (“causa sui”) as well as being linguistic, i.e. intelligent [19] [20] Конечно, я понимаю, прекрасный оборот, только не в естественно-научной статье. Впрочем, мне кажется Вы решили основной вопрос философии философской кашей. Усе, Маркс с теологией посрамлены. Хотя Налимов В.В. 1989. Спонтанность сознания. Вероятностная теория смыслов и смысловая архитектоника личности. М., Прометей, 287 с. Безусловно, Налимов и Спиноза -это сила. Интересно, как из этого «научного предсказания» Вы вывели опыты Туранова с соавторами. Впрочем, о чем это я. Забыл формальную логику: из недостоверного может следовать любое утверждение, даже истинное. Знаете, философски сей перл - пантеизм, религиозно мистицизм (шаманизм), но никак не естествознание. Ни в качестве физики, ни в качестве биологии. |
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
Я думаю, что верным было бы сослаться без др. Turanov AA, Lobanov AV, Fomenko DE, Morrison HG, Sogin ML, Klobutcher LA, Hatfield DL, Gladyshev VN. (2009) Genetic code supports targeted insertion of two amino acids by one codon. Science. Jan 9;323(5911):259-61. Я, кстати, считаю, что Ваша ссылка на статьи из лаборатории Гладышева не корректна. Кстати: вот статьи лаборатории Из статьи 2018 года «Это было теоретически обосновано ранее [1, 2, 3]. Экспериментальная работа [4] подтвердила такую теорию, когда было показано, что две разные аминокислоты – селеноцистеин и цистеин кодируются одним сиом кодоном UGA для инфузории Euplotes crassus.» This was theoretically substantiated earlier [1] [2] [3]. Experimental work [4] confirmed this theory: It was demonstrated that two different amino acids, selenocysteine and cysteine, are coded by a single UGA-syhom-codon for Euplotes crassus infusoria. Стоит сказать, что в Вашей же статье 2015 Вы ссылаетесь на образовательный обзор Л.П. Овчинникова. В котором на странице 14 написано: «Сравнительно недавно, однако, было показано, что аминокислота селеноцистеин (очень редкая, но функционально очень важная аминокислота) непосредственно включается в белок». Замечу, статья 1998 года. «Соросовский образовательный журнал» это образовательный, а не научный журнал, в котором выдающиеся ученые писали образовательные статьи, с ограниченным количеством ссылок. Книга Спирина, в которой уже было упоминание селеноцистеина 1996 года. Ваша монография про волновой геном 1997 года. Но в ней эквилибристики с кодами нет. Никаких сиомов. Сиомы опубликованы только в статье 2015 года. Спустя 6 лет статьи Туранова и через двадцать лет после издания учебника, повторю, учебника А.С. Спирина. Так что, "П.П. Горяев предугадал, а потом ученые накопали превращается" в ученые выяснили, а П.П. Горяев, следуя Спинозе и Налимову осмыслил. Но, согласитесь, это другой порядок событий. В чем статья Туранова и соавторов. Отнюдь не в том, что они открыли неоднозначность кода, а в исследовании механизма альтернативности выбора. Вы будите смеяться, но сам механизм описывал еще Лев Павлович, в цитированной же Вами работе (стр. 14) Исследования показали, что селеноцистеин кодируется UGA (терминирующим кодоном в таблице генетического кода), если за ним находится особая стимулирующая последовательность. Эта последовательность может отстоять от UGA на очень большом расстоянии – иногда она может быть на расстоянии 200 нуклеотидов и находиться в 3'-нетранслируемой области мРНК (рис. 3, б). Еще раз, это 1998 год. Да это влияние отдаленного контекста. Но статья Туранова из лаборатории Вадима Гладышева как раз и показывает, что есть конкретная последовательность. Не волновая, а физическая (так сказать корпускулярная) последовательность с конкретным порядком нуклеотидов. От наличия последовательности на 3’ мРНК зависит, какая аминокислота будет вставлена: цистеин или селеноцистеин. Что и показано экспериментально. Что интересного? То, что в универсальном коде это стоп кодон, а у инфузории по цистеин или селеноцистии. Бывает. Нарушения универсальности общеизвестны давно. Вот, навскидку,ссылочка на статью 1991 года Вот ведь незадача, и третий кодон не лишний. Так как в этой четверке как раз триптофан последним основанием кодируется. Никаких волновых свойств не нужно. Обычная последовательность нуклеотидов. Подытоживаю рассмотрение куска с 4 первыми ссылками Вашей статьи 2018 года. Статья Туранова не имеет отношение к Вашей сиомной гипотезе. У Вас нарушение временной последовательности между Вашими теоретическими статьями по «сиомике» и реалиями исключений из универсальности генетического кода. P.S. Статью могу выслать по запросу. Кстати, Соросовский образовательный журнал так и назывался Соросовский образовательный журнал, а не «Московский Государственный Университет. Соросовский образовательный журнал» . Как у Вас в статье и не Moscow State University, Soro-Sovski Educational Journal О чем можно убедится по Вашей ссылке на сайт МФТИ (!) |
PPGAR |
Файл/ы:
|
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
Впрочем, чем еще кроме колера букв отличается новый вариант Вашей рукописи от опубликованного? Мне искренне кажется, что вариант на сайте удобней. Там есть помощь по ссылкам. Можно легко найти соответствие ссылки на контекст, к которому относится ссылка. Ключевые слова указаны, к тому же. Или Вы считаете что окраска букв в данном тексте имеет значение? Неужели все дело в длине фотонов? Замечу, что я просил правильный российский вариант статьи 2015 года (если есть) в котором есть соответствие с английским в количестве ссылок. Если Вы дополняли английский вариант ссылками после перевода, так и напишите. Я пойму. |
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
33. Turanov, A.A., Lobanov, A.V., Fomenko, D.E., Morrison, H.G., Sogin, M.L., Klobutcher, L.A., et al. (2009) Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon. Science, 323, 259-261. Все же контекст, в который Вы вставили ссылку на так понравившуюся Вами статью неверный. With a certain degree of confidence we could predict that the same codon-homonyms for different proteins, or even within mRNA of large proteins, would (to a certain percentage) encode different amino acids or stop-posi- tions, depending on the context of mRNA. Как видно из образовательной статьи Овчинникова (которое Вы цитировали) задолго до статьи Туранова найдены исключения из универсальности генетического кода. Утверждение we could predict that и здесь показывает Ваше незнание до статьи Маркова на элементах о нарушения кода. Впрочем, у Вас же в руках была статья Овчинникова. В общем я немного обескуражен несоответствием Ваших утверждений реалиям научной литераторы. Возможно, это может произвести для тех кто учил молбиологию не по Спирину. Но, я подозреваю, что многие кто на этом форуме Спирина знают. О тРНК |
PPGAR |
(Vadim Sharov @ 08.07.2018 06:41) По статье 2018 гола. Странно, что Вы ссылаетесь на ссылки с Вашим участием полностью (№ 7), на работы других авторов частично (№4). Я думаю, что верным было бы сослаться без др. Turanov AA, Lobanov AV, Fomenko DE, Morrison HG, Sogin ML, Klobutcher LA, Hatfield DL, Gladyshev VN. (2009) Genetic code supports targeted insertion of two amino acids by one codon. Science. Jan 9;323(5911):259-61. Я, кстати, считаю, что Ваша ссылка на статьи из лаборатории Гладышева не корректна. ПГ: Почему не корректна? Кстати: вот статьи лаборатории Из статьи 2018 года Стоит сказать, что в Вашей же статье 2015 Вы ссылаетесь на образовательный обзор Л.П. Овчинникова. В котором на странице 14 написано: Замечу, статья 1998 года. «Соросовский образовательный журнал» это образовательный, а не научный журнал, в котором выдающиеся ученые писали образовательные статьи, с ограниченным количеством ссылок. Книга Спирина, в которой уже было упоминание селеноцистеина 1996 года. Ваша монография про волновой геном 1997 года. Но в ней эквилибристики с кодами нет. Никаких сиомов. Сиомы опубликованы только в статье 2015 года. Спустя 6 лет статьи Туранова и через двадцать лет после издания учебника, повторю, учебника А.С. Спирина. Так что, "П.П. Горяев предугадал, а потом ученые накопали превращается" в ученые выяснили, а П.П. Горяев, следуя Спинозе и Налимову осмыслил. Но, согласитесь, это другой порядок событий. В чем статья Туранова и соавторов. Отнюдь не в том, что они открыли неоднозначность кода, а в исследовании механизма альтернативности выбора. Вы будите смеяться, но сам механизм описывал еще Лев Павлович, в цитированной же Вами работе (стр. 14) ПГ: Да, не смеюсь, но улыбаюсь. Цитирую Л.П.Овчинникова, который понял роль контекстных ориентаций рибосом на мРНК, НО ПОЗЖЕ. И при этом не сослался на меня. Я это понял раньше его и опубликовал в своей монографии 1997г. "Волновой генетический код". И во 2-й статье привожу ссылку на эту монографию и таблицу из неё же по синонимо-омонимической вырожденности белкового кода. Прикреплю монографию, чтобы вы убедились. Статья Л.П.Овчинникова в Соросовском журнале появилась много позже. Кстати, то, что статья Л.П.Овчинникова популярно-образовательная никак не влияет на её информационное содержание. И оно бы не усилилось, будь она опубликована в Nature. И еще. Когда готовил монографию 1997г., проштудировал все доступное в научной литературе по механизмам выбора аминокислот при встрече рибосом с неоднозначными (смешанными, по Лагерквисту) кодонами, которые назвал "СИОМЫ". И не нашел ничего... Еще раз, это 1998 год. Да это влияние отдаленного контекста. Но статья Туранова из лаборатории Вадима Гладышева как раз и показывает, что есть конкретная последовательность. Не волновая, а физическая (так сказать корпускулярная) последовательность с конкретным порядком нуклеотидов. От наличия последовательности на 3’ мРНК зависит, какая аминокислота будет вставлена: цистеин или селеноцистеин. Что и показано экспериментально. ПГ: Позволю не согласиться. Ваше выражение "отдаленный контекст" - странное, точнее, не корректное. Контекст - нечто целостное, например, целая фраза, предложение, рассказ, поесть и тд. Никаких "отдаленностей". Если вы имеете в виду шпилки на мРНК генов селеноцистеина и цистенина, то они, будучи как бы удаленными от основного текста мРНК, тем не менее входят в единый контекст мРНК и работают в ментальном (смысловом ракурсе) как единое целое. Что интересного? То, что в универсальном коде это стоп кодон, а у инфузории по цистеин или селеноцистии. Бывает. Нарушения универсальности общеизвестны давно. Вот, навскидку,ссылочка на статью 1991 года Вот ведь незадача, и третий кодон не лишний. Так как в этой четверке как раз триптофан последним основанием кодируется. Никаких волновых свойств не нужно. Обычная последовательность нуклеотидов. ПГ: Никакой незадачи. С чего вы (или кто-то) взяли, что 3-й кодон бывает лишним? Во 2-й статье этому уделяю особое внимание. 3-й кодон в СИОМАХ играет как раз стратегическую роль, направляя биосинтез белков по смысловому пути. Если вы этого не поняли, то вы, извините, не поняли ничего. Относительно статьи Туранова и др. Работа изящная, точная безупречная. Но она ТОЛЬКО КОНСТАТИРУЕТ, что есть кодоны с неопределенным двойным кодиованием, и что однозначный выбор одной аминокислоты из двух разных (напр., селеноцистеина или цистеина) зависит от наличия ШПИЛЬКИ (дополнительная часть в контексте мРНК как целом инф. образовании). Таким образом, авторы никоим образом не касаются главного - роли контекста мРНК в выборе аминокислот и стопов при работе рибосомы с сиомами. Подытоживаю рассмотрение куска с 4 первыми ссылками Вашей статьи 2018 года. Статья Туранова не имеет отношение к Вашей сиомной гипотезе. У Вас нарушение временной последовательности между Вашими теоретическими статьями по «сиомике» и реалиями исключений из универсальности генетического кода. ПГ: Правильно, не имеет. В рамках поставленных авторами задач. Они их блестяще решили. Главное достижение - констатация роли палиндромов (шпилек) на мРНК. И все. А как реализуется эта роль? Они не поняли или не хотят рассуждать на эту тему. Я им даже письмо послал. Ответа нет. Вообще группа Туранова отделилась и занялась микроРНК. Рассуждать на эту тему опасно, что они отлично понимают. Думаю так. А я вот рассуждаю. И прихожу к выводу (кротко об этом и во 2-й нашей статье), что модель кода Ниренберга-Крика НЕДОРАЗВИТА. Ведь они еще в 1994г. опубликовали статью в УФН, где проигнорировали (не поняли) своего же открытия о неоднозначности шифрования кодона UUU, т.е. одновременном шифровании фениланина и лейцина. Может, и поняли, но сообразили, что это уведет генетику в дальние дали. P.S. Статью могу выслать по запросу. Кстати, Соросовский образовательный журнал так и назывался Соросовский образовательный журнал, а не . Как у Вас в статье и не О чем можно убедится по Вашей ссылке на сайт МФТИ (!) [url=http://bio.fizteh.ru/student/files/biology/bioarticles/f_4ai2]http://bio.fizteh.ru/student/files/biology...articles/f_4ai2[/ur ПГ: Благодарю за отличный, но не безупречный анализ. Прикрепляю исходную 2-ю статью без искажений таблиц. И монографию 1997г., где показал не замеченную ранее синонимо-омонимическую вырожденность белкового кода. |
PPGAR |
------------ Да, дополнял англ. вариант, что опубликован. Его шлю. Русский не выверял. Файл/ы:
|
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
И монографию 1997г., где показал не замеченную ранее синонимо-омонимическую вырожденность белкового кода. Волновой бред удален. Это нарушение договоренностей. Это тема не про "Волновой геном". |
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
Цитирую Л.П.Овчинникова, который понял роль контекстных ориентаций рибосом на мРНК, НО ПОЗЖЕ. И при этом не сослался на меня. Статья Л.П.Овчинникова в Соросовском журнале появилась много позже. Что сказать. Попытка не удалась. Перейдя на ложь и обвинение в плагиате в отношении Льва Павловича Вы перешли границу. Надеюсь найдете себе другое место, для своей беспардонной лжи. |
« Предыдущая тема · Мусорница · Следующая тема » |