Ну во первых! Какое животный, какой ткань. Во вторых ссылка на конкретный набор, с которым выделяли. По тому что вы описываете похоже на ЭДТА, но это далеко не факт. И в третьих ну почему не начать со звонка синтолу. Пусть тот чей набор, сам и разбирается со своей продукцией.

А фенольный метод я люблю, очень.

  Состав набора озвучить мне отказались мотивируя коммерческой тайной

  
У вас исходный материал содержит Хондроитин сульфат, который может ингибировать реакцию и при этом плохо отделяется от ДНК стандартными методами.

  Вы перед производителем набора совершенно не правильно ставите вопрос. Вам не про состав его надо спрашивать. Вам надо сказать что после фенола ПЦР идет и фрагмент накапливается, а после их набора нифига не идёт. Вопрос: что мне сделать с выделенной пробой, что бы все заработало.

Смотрите. У вас исходный материал содержит Хондроитин сульфат, который может ингибировать реакцию и при этом плохо отделяется от ДНК стандартными методами.
Это одна из возможных причин.

Второй вопрос вы ДНК на форезе перед ПЦР гоняет или ее там так мало, что на форезе ничего не видно. Это к чему вопрос у вас с фенолом выход ДНК выше или ниже в сравнении с синтольским протоколом?

В любом случае самый первый и простой ход, это просто разбавить пробу раз в 10- 25
Второй ход переосадить и промыть спиртом осадок ДНК после последнего буфера синтола. Синтольный же протокол он же на силикагеле построен. Я правильно понял? И ДНК смывается в буфер с сорбента на последней стадии. Вот из этого раствора и надо попробовать переосадить ДНК по классике, не забывая добавить соль ацетата перед добавлением спирта.

  Ага! Материала много! Фенол ожидаемо дает меньший выход. Разводить есть куда.
Можно делать серию разведений матрицы, а заодно и магний подвинуть. Хотя по моим понятиям Mg двигать в вашем несчастье не правильно.

  Некорректный вопрос. Как туда и в каком количестве и какие полисахариды попали?

  К сожалению, магний двигать придется, потому что со стандартным буфером, в котором конечная конц. 1,5 mM эти праймеры не отжигаются. Поэтому вынуждена добавлять го, чтобы наработалось хоть что-то. Просто в итоге, неспецифика ожидаемо начинает лезть на повышенной концентрации, увы.

  думаю, что из клеточной стенки после обработки зимолиазой.

  Может температуру отжига понизить? Хотя и так и так может вылезть неспецифика. Следующий шаг менять праймеры

  Ну во первых! Какое животный, какой ткань. Во вторых ссылка на конкретный набор, с которым выделяли. По тому что вы описываете похоже на ЭДТА, но это далеко не факт. И в третьих ну почему не начать со звонка синтолу. Пусть тот чей набор, сам и разбирается со своей продукцией.

А фенольный метод я люблю, очень.