Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 07.06.2010 04:06) Да, это она. С помощью СПЦ, кстати, можно увеличить количество аналитов за один анализ в несколько раз. Luminex использует цветные микросферы размером 5.6 мкм, всего 100 цветов. Если желаете больше, то на этих же цветах надо разместить другие ловушки и продавать в отдельном флаконе. Если организовать x-Map технологию на СПЦ, то в качестве другого флакона можно использовать размер микросфер. СПЦ обладает уникальной точностью измерения характеристик гомогенных сферических частиц. При этом можно использовать не только различные размеры микросфер, но и материал (показатель преломления) из которого они изготовлены. Для Luminex-like assays это приведет к резкому удорожанию и китов (проблемы стандартизации микросфер по референсным параметрам) , так и анализатора. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 07.06.2010 04:06) Да, это она. С помощью СПЦ, кстати, можно увеличить количество аналитов за один анализ в несколько раз. Luminex использует цветные микросферы размером 5.6 мкм, всего 100 цветов. Если желаете больше, то на этих же цветах надо разместить другие ловушки и продавать в отдельном флаконе. Можно проще - если нет ограничений по числу флуоресцентных каналов - т.е. если кит без привязки к Luminex analyzer- то число одновременно можно "утрамбовать" в один флакон (правда, гнать искомый семпл придется на LSR-II/Fortessa, к примеру, с его 12-18 FL и high end параметрами чувствительности и стабильности). Следовательно, опять таки- не коммерциализируемое для широкого применения предложение. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 07.06.2010 04:06) то в качестве другого флакона можно использовать размер микросфер. СПЦ обладает уникальной точностью измерения характеристик гомогенных сферических частиц. Если только по размеру- то СПЦ и не потребуется. FS vs SS будет достаточно. Но, орять таки- возникает проблема в получении сетов стандартизованных частиц. И опять таки- идет, по этой причине, резкое удорожание кита (хотя, в таком случае, на обычном Luminex reader можно будет гнать, лишь несколько модифицировав софт). |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
СПЦ требуется достаточно большой временной интервал, для записи своих параметров, в результате скорость- порядка сотен частиц/сек. Против - 30000-40000/с на Luminex или высокоскоростном цитометре. А ведь чем больше аналитов в Bead array- тем больше Events надобно набрать за ограниченное время (дабы в конкретной популяции, соответствующей анализируемому веществу, было достаточное количество событий. в среднем- не менее нескольких сотен, а лучше- тысяч). Для панели в 20 аналитов (средний размер для Luminex при массовом использовании) имеем не менее 20000-40000 событий. Если необходимо прогнать (в скрининговых задачах- а именно под них и заточены CBA и Luminex) десяток 96 луночных планшетов, то имеем 20 миллионов событий. Для СПЦ- это порядка 10-12 часов работы... А ведь сие- рядовая задача. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Dr. Maltsev @ 06.06.2010 07:50) Вот эту ( Cytometric bead assay, во всех его вариантах и при любом изготовителе наборов относится к количественной проточной цитометрии лишь косым боком. Суть метода в измерении к-ва сильноразбавленного лиганда (поэтому разговор про избыток лиганда не имеет смысла) в некоем объеме. Например токсина в воде. Или низкоэкспрессированного биомаркера в пробе итд. Вопрос количества насыщенных рецепторов (сайтов связывания) на поверхности объекта играет там десятую роль. Измерения производятся по смещению средней флюоресценции всей популяции «шариков». |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 07.06.2010 15:59) Я тут завис на неделю на ГАК (Государственная аттестационная комиссия). Слушаем дипломные работы на соискание степени бакалавра и магистра студентов НГУ. Так что менее оперативен буду в дискуссии. Скорость…. Действительно, скорость поменьше, чем у обычных проточников. Но обсуждать технические ограничения текущего момента - неблагодарное занятие. Техника через год может рвануть далеко вперед и все наши обсуждения пропадут. Можно обсуждать новые фундаментальные результаты и как они могут повлиять на проведение тех или иных анализов в клинике, сейчас или в будущем. Что принципиально? СПЦ измеряет размер и показатель преломления гомогенных сфер с уникальной точсностью. Это новые фундаментальные знания и возможности. FSC и SSC в принципе не измеряют размер и показатель преломления. Эти сигналы можно использовать для идентификации сфер по размеру только в ограниченных диапазонах размеров. Это тоже фундаментальный результат. Нет однозначного решения обратной задачи светорассеяния для гомогенных сфер по двум числам. Для Luminex-like assays это приведет к резкому удорожанию и китов (проблемы стандартизации микросфер по референсным параметрам) , так и анализатора. Хороший пример. А что, сейчас есть рефересные параметры по распределению количества антигенов (или любых ловушек) на поверхности продаваемых микросфер в наборах? Нет. В Новосибирске встречались с представителями Luminex и обсуждали эту проблему. Закапывают они ее. И так бизнес прет. Это как с влиянием показателя преломления на результаты Malvern анализа дисперсности. Пусть он не влияет и все. Бизнес прежде всего. Можно проще - если нет ограничений по числу флуоресцентных каналов… Да всегда есть это ограничение. Как проблему перекрытия спектров решать? Это очень узкий момент флуоресцентных измерений в проточной цитометрии. В спектроскопии эту проблему уже давно решили. Надо измерять непрерывный спектр сигнала и решать обратную задачу выделения отдельных спектральных компонент. При этом сразу появится информация о точности определения концентрации молекул красителя на клетке. Кстати, СПЦ очень удобен для записи полного спектра в видимом диапазоне. Сейчас мы используем сферическую аберрацию, чтобы записать непрерывную индикатрису. Если добавить в оптическую систему СПЦ элемент с хроматической аберрацией, то в результате получим полный спектр флуоресценции и потом будем решать обратную задачу выделения спектральных линий. Это гораздо проще, чем определение характеристик клеток из светорассеяния. Все, побежал дальше студентов слушать. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 05:13) Как проблему перекрытия спектров решать? Это очень узкий момент флуоресцентных измерений в проточной цитометрии. 1) Подбор комбинации флуорохромов 2) Полностью цифровая платформа с полной матрицей компенсаций Если бы проблемы была так уж нерешаема, то я бы не мог бы гонять свои панели |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 05:13) Действительно, скорость поменьше, чем у обычных проточников. Но обсуждать технические ограничения текущего момента - неблагодарное занятие. Техника через год может рвануть далеко вперед и все наши обсуждения пропадут. Пока у вас стоит механическая развертка- увы. Вот ежели перейдете (пожертвовав "полнотой" записи индикатриссы) на многоканальнй детектор- то да. А скорокть- не "поменьше", а "намного меньще". Разница в 20-100 раз- это очень существенно (ждать результатов до второго пришествия- неблагодарно). |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 05:13) Если добавить в оптическую систему СПЦ элемент с хроматической аберрацией, то в результате получим полный спектр флуоресценции и потом будем решать обратную задачу выделения спектральных линий. Это гораздо проще, чем определение характеристик клеток из светорассеяния. Верно. Но опять таки- СКОРОСТЬ. Надо избавляться от механики- он тут "скоростьлимитирующая стадия) |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 05:13) А что, сейчас есть рефересные параметры по распределению количества антигенов (или любых ловушек) на поверхности продаваемых микросфер в наборах? Антигено то тут при чем? И зачем бидзы с разным количеством сайтов связывания? Там же принцип другой (и гораздо проще и дешевле поддающийся стандартизированию)= все бидзы- одинаковы, а калибровка- по раствору с известными концентрациями искомых веществ (цитокинов, к примеру). А сolor coding- это просто: опять таки, банадьно пришито стандартное количесвто молекул флуорохрома к бидзу. Сие- не параметр и не репер для какого-либо анализа, сие- лишь "этикетка" для конкретного набора в смеси. (Dr. Maltsev @ 08.06.2010 05:13) Неудивительно. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
простите, ради Бога, но некоторые Ваши мысли читать без слёз умиления невозможно (Dr. Maltsev @ 07.06.2010 23:13) Зачем Luminex-у решать эту проблему? Зачем обсуждать её с исследователями сферического коня в вакууме? Это частная компания. Она делает наборы, которые работают и позволяют решать задачи. Понимаете? Эти наборы дают результат. А конь в вакууме - не даёт. Как не даёт результат предложение купить прибор с неизвестным потенциалом и аспиранта к нему (пост-дока) для сотрудничества (sic!). Если купить, то тогда к прибору прилагается сервис, как минимум гарантийный, и аспирант не нужен, а если что-то совместное, то тогда совсем другой коленкор. Итд. (Dr. Maltsev @ 07.06.2010 23:13) Как проблему перекрытия спектров решать? Это очень узкий момент флуоресцентных измерений в проточной цитометрии. Опять ... хоть плачь ... невозможно в начале 21 века писать о проблеме перекрытия спектров со знаком вопроса и называть это узким моментом. Ну нет такого узкого момента и проблемы. Т.е. в сферическом вакууме он есть, а в практической цитометрии (а это прикладная по большей части область) такой проблемы нет. Вернее есть на неё пятнадцатицветный ответ и он перекрывает в 15 раз запросы 60 процентов пользоватей. И в 7,5 раз запросы еще 10 процентов, и в 5 раз еще 10 ... итд. У меня под строгим взглядом пробегает ежегодно около 50 проектов и проектиков научных. Из них 40 обходятся одним цветом. И публикуют потом, присовокупив «остальные» результаты, в журналах с импактом от 7 и выше. Это результат. Зримый. Если Вы желаете «коммерциализировать», а по сути внедрять, то и «нос», простите, нужно держать по ветру потенциального практического результата, а не объяснять водителям «Жигулей» пользу всеобъемлющей математической модели поворота колёса. Еще раз прошу простить за избыточно эмоциональный стиль повествования. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 08.06.2010 13:40) Жаль, что Вы не понимаете, как работает система сканирования в СПЦ. Это действительно элегантное решение. Именно так назвали систему СПЦ лет 10 назад Salzman и Steinkamp из Лос Аламоса на очередном конгрессе ISAC. Нет там никаких механических разверток. Если бы проблемы была так уж нерешаема, то я бы не мог бы гонять свои панели Вы можете гонять панели до тех пор, пока я Вас не попрошу ответить на вопрос: «Какая точность определения количества молекул красителя в измерениях?» И зачем бидзы с разным количеством сайтов связывания? Там же принцип другой (и гораздо проще и дешевле поддающийся стандартизированию)= все бидзы- одинаковы, а калибровка- по раствору с известными концентрациями искомых веществ (цитокинов, к примеру). Так они в процессе иммобилизации получаются с разным количеством. Всегда существует распределение по количеству иммобилизированных молекул на поверхности микросфер. От этого распределения зависит кинетика процесса образования комплексов. Да, влияние может быть мало. Но, кто же это контролирует? Калибровка - это зло в биологии и медицине. Широкая биологическая вариабельность характеристик биосистем не позволяет использовать калибровку, так как калибровку можно проводить только при определенном наборе значений характеристик. Не факт, что при измерении набор характеристик системы будет соответствовать тому, что был при калибровке. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) Жаль, что Вы не понимаете, как работает система сканирования в СПЦ. Это действительно элегантное решение. Именно так назвали систему СПЦ лет 10 назад Salzman и Steinkamp из Лос Аламоса на очередном конгрессе ISAC. Нет там никаких механических разверток. Хм, без развертки вы не сможете "записать" параметр в широком телесном угле, используя лишь один точечный приемник. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) Вы можете гонять панели до тех пор, пока я Вас не попрошу ответить на вопрос: «Какая точность определения количества молекул красителя в измерениях?» +-25MESF. Что для СD3 на T клетках (да, в ненавидимых насышающих условиях, за вычетом аутофлуоресценции и IC) даст погрешность в 0.01% (по числу рецепторов/клетку) Просто Ваш вопрос к практике совершенно не имеет никакого прилдожения. Одиночные рецепторы- они просто неинтересны. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) Так они в процессе иммобилизации получаются с разным количеством. Всегда существует распределение по количеству иммобилизированных молекул на поверхности микросфер. От этого распределения зависит кинетика процесса образования комплексов. Верно, но... (Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) ...именно так и обстоит дело. (Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) QC Team |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) Широкая биологическая вариабельность характеристик биосистем не позволяет использовать калибровку, так как калибровку можно проводить только при определенном наборе значений характеристик. При чем тут биологическая система? Речь- о Capture beads, а не клетках. Но в целом- верное замечание. Именно для того, чтобы избежать (Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) Не факт,что при измерении набор характеристик системы будет соответствовать тому, что был при калибровке. проводится robustness test с варьируемыми реагентами и т.п. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 15:54) Жаль, что Вы не понимаете, как работает система сканирования в СПЦ. Это действительно элегантное решение. Именно так назвали систему СПЦ лет 10 назад Salzman и Steinkamp из Лос Аламоса на очередном конгрессе ISAC. Нет там никаких механических разверток. Да, разобрался. Действительно, без непосредственной механической развертки. Однако, подобная схема накладывает жесткие ограничения на скорость потока все равно.
|
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Леонид В @ 08.06.2010 19:57) Зачем Luminex-у решать эту проблему? Зачем обсуждать её с исследователями сферического коня в вакууме? В том то и дело, что Luminex предлагает сферического коня в вакууме. Они предлагают всем систему, которая является нулевым приближением в общей кинетической схеме процесса, используемого в их технологии. Мы же предлагали им перейти от сферического коня к коню с четырьмя ногами, так как учет всех кинетических особенностей - это уже следующее приближение к реальной кинетической схеме. Эти наборы дают результат. А конь в вакууме - не даёт. Эти наборы дают диаметр этого коня. Как не даёт результат предложение купить прибор с неизвестным потенциалом и аспиранта к нему (пост-дока) для сотрудничества (sic!). Ну, что Вы? Luminex я не предлагал аспиранта и студента. Я предлагал выкупить интеллектуальную собственность на усовершенствованную технологию. А аспирантов и пост-доков я предлагаю профессорам или ассистентам профессоров, которые хотят освоить что-то новенькое. невозможно в начале 21 века писать о проблеме перекрытия спектров со знаком вопроса и называть это узким моментом. Именно узкий момент. Он возникает при постановке вопроса: "Какая точность определения того, что мне предлагают эти ушлые ребята из коммерции?" Они предлагают Вам определить диаметра сферического коня в вакууме. Вернее есть на неё пятнадцатицветный ответ и он перекрывает в 15 раз запросы 60 процентов пользоватей. И в 7,5 раз запросы еще 10 процентов, и в 5 раз еще 10 ... итд. Если бы пользователи были более требовательны в своих запросах, то это сыграло бы огромную службу прогрессу. А так имеем, что имеем. Результаты фундаментальных исследований востребованы с большой задержкой. …..то и «нос», простите, нужно держать по ветру потенциального практического результата Вот чего не могу, того не могу. Образование не позволяет. Далее диалектика. Еще раз прошу простить за избыточно эмоциональный стиль повествования. Без проблем. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 08.06.2010 21:05) Вот! Именно этого фирма и добивается. Вот этой слепой веры. Мы предлагаем, чтобы необходимые параметры процесса контролировались самой технологией измерения. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
|
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 08.06.2010 21:14) Еще раз напомню, что скорость необходимо ограничить только при желании получить дополнительную информацию о характеристиках клеток, т.е. записать индикатрису и решить обратную задачу светорассеяния. Для работы ортогонального канала требуется обычная скорость проточника. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
В режиме же работы "только с боковым каналом"- имеем обычный цитометр (FACS Star Plus, если мне не изменяет память, был "донором" flow cell и части компонент?) |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 08.06.2010 21:42) Может быть. Это по поводу провальной идеи. Но у нас есть преимущество: на нашей платформе можно легко собрать анализатор или для гематологии, или для иммунологии, или для серологии, и наконец, для анализа микроорганизмов. Это будет влиять на цену. Да, и так наша машина не такая уж дорогая. Все компоненты от существующих проточников подходят легко, кроме сканирующей кюветы и мат. обеспечения. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 08.06.2010 21:03) +-25MESF. Что для СD3 на T клетках (да, в ненавидимых насышающих условиях, за вычетом аутофлуоресценции и IC) даст погрешность в 0.01% (по числу рецепторов/клетку) Вы же это прочитали на фирменной коробочке, а я прошу рассчитать погрешность с учетом всех особенностей протекания биохимических реакций. Мгновенно Вы обнаружите, что 90% констант, определяющих ход реакций Вам неизвестна. И эти константы могут сильно отличаться от тех, которые определяли ход реакций в процессе калибровки в условиях фирмы-производителя. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
В общем, опять таки, возвращаемся к тому, что модели, кинетические - они нужны на стадии бейсик али разработки (как раз, для установки границ применимости конкретного метода). далее- нужно имет работающую систему, а не "плодить излишние сущности". |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
наверное моё серое вещество претерпевает усыхание, но понять суть разговора, увы, не в силах ... Возможно ошибаюсь, но Ваш интерес это — «коммерциализация» сиречь внедрение данного конкретного аппарата в клинико-научную среду. Соответственно речь может идти только об алгоритмах оного внедрения: грубо говоря, через какие «дырки» это всунуть и под каким «соусом» а вот «ля-ля, тополя» вокруг теоретически безграничных возможностях СканПЦ представляет безграничные же возможности для спекуляций с пивом в бане, или без пива, или без бани, но в любом случае в настоящий момент интересует Вас довольно слабо, бо и без помощи «коллективного разума» Вы знаете, что возможности СканПЦ безграничны. или это не так? |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 17:01) Нет, скорее - "просчитал" на фирменном агрегате, с логотипом BD на корпусе. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Леонид В @ 08.06.2010 22:26) Это правда. На коммерциализацию СПЦ наша лаборатория тратит определенные силы. Но я не думаю, что на этом форуме мы найдем формулу коммерциализации. Наша дискуссия о проточной цитометрии помогает мне оттачивать аргументацию при реальных контактах с инвесторами. Через две недели мы выставляемся с СПЦ на Сибирской венчурной ярмарке. Собираемся выжимку из этого форума представить в виде информационного материала, чтобы вопросы пользователей находили адаптированные под них ответы. Нашу команду трудно назвать пользователями, и поэтому запросы их нам не всегда понятны. ….без помощи «коллективного разума» Вы знаете, что возможности СканПЦ безграничны. или это не так? Кстати, не безграничные возможности СПЦ мы практически уже не обсуждаем. Это действительно не быстрый процесс - появление пользовательского интереса к новым возможностям анализа. Первое, чем мы заинтересовали Институт иммунологии в Новосибирске - это дать им возможность освоить методику измерения распределения абсолютного числа рецепторов на клетках. То есть от нас нужен только софт. Приходится вытаскивать нативные (прямо с АЦП) данные с Calibur и обрабатывать кинетики нашей моделью. Они уже начали работать с пациентами в своей клинике. Судя по их активности, они действительно что-то почувствовали новенькое в этих данных. Посмотрим, что получится. Я их тоже отошлю почитать этот форум. Вот и польза. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 08.06.2010 18:51) Наша дискуссия о проточной цитометрии помогает мне оттачивать аргументацию при реальных контактах с инвесторами. Через две недели мы выставляемся с СПЦ на Сибирской венчурной ярмарке. Собираемся выжимку из этого форума представить в виде информационного материала, чтобы вопросы пользователей находили адаптированные под них ответы. Cтоп, стоп, стоп...А IP? А копирайт? А дивиденды? |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Дядя ФАКСер @ 08.06.2010 13:52) ДФ, дорогой, ну не шути ты так ... если хоть один ляп из этой дискуссии поможет людям выставить их игрушку в лучшем виде, то уже, считай, не зря нас мама родила |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 09.06.2010 00:52) Извините, друзья, воспользовался открытостью Интернета, не подписав предворительно соглашение о конфиденциальности. Ну, имею сильную надежду, что наши дискуссии не были совсем бесполезными и для Вас. Кстати, дико извиняюсь. (Дядя ФАКСер) Был не прав. Это действительно достоверная информация о точности измерения количества молекул красителя на клетке. Я же имел ввиду точность количества рецепторов на клетке или комплексов в случае Luminex. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
Так что, опять таки, квантификация конечному юзеру- не нужна. Вот я о чем подумал: почему бы в вашей схеме не прикрутить мультиспектральную матрицу Робинсона? |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 09.06.2010 14:40) Да, снятие полного спектра - это правильный путь. Но есть проблема с чувствительностью фотоматрицы. Фотонов маловато. Флуорохромы с разным квантовым выходом трудно будет вытаскивать. Но, в принципе, прикрутить можно без проблем. С другой стороны хочется элемент с высокой хроматической аберрацией поставить и фотоны по максимуму собрать с помощью одного ФЭУ во всем видимом диапазоне. Все-таки, что-то новенькое хочется испытать. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Леонид В @ 09.06.2010 01:22) .... если хоть один ляп из этой дискуссии поможет людям выставить их игрушку в лучшем виде, то уже, считай, не зря нас мама родила Так уже не зря. По крайней мере, корреспондента, который написал про Биологический адронный коллайдер. Уже звонок из администрации Президента был. Посмотрим, куда будет разворачиваться движение сверху. Да, кстати, в названии статьи всего одно слово не к месту - «адронный». В СПЦ действительно клетки и фотоны двигаются навстречу друг другу и сталкиваются в зоне измерения. Коллайдер в чистом виде. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 09.06.2010 11:46) Да, снятие полного спектра - это правильный путь. Но есть проблема с чувствительностью фотоматрицы. Фотонов маловато. Флуорохромы с разным квантовым выходом трудно будет вытаскивать. У вас скорость небольшая- накопление данных должно помочь. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 09.06.2010 17:52) Так если жертвовать скоростью, то лучше вместо сферического зеркала поставить оптический элемент с большой хроматической аберрацией и интегрировать флуоресценцию по азимутальному углу и измерять одним ФЭУ. Это гораздо эффективнее, чем фотоматрица. Причем, этот элемент можно поставить в дополнение к сферическому зеркалу. Оптическая схема, кстати, запатентована в Росспатенте. То есть в такой системе два выигрыша: интегрирование по азимутальному углу и высокая чувствительность ФЭУ. В дополнение можно запрограммировать коэффициент усиления электронной системы для определенных положений клетки в зоне измерения. Это позволит выпрямить рабочий диапазон по спектру. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
Хотя, если только видимый диапазон- то покатит. Но, опять таки- скорость падает еще больше, а файл на выходе получается гомерического размера. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Dr. Maltsev @ 09.06.2010 05:46) С другой стороны хочется элемент с высокой хроматической аберрацией поставить и фотоны по максимуму собрать с помощью одного ФЭУ во всем видимом диапазоне. Все-таки, что-то новенькое хочется испытать. Возможно ошибаюсь, но сильной стороной ... вернее не сильной, но как минимум новой, в Вашем приборе является не измерение флюоресценции, а анализ светорассеяния. Именно тут, на мой несовершенный взгляд, можно достичь принципиально новых результатов. В том числе и, возможно, в первую очередь, используя поляризованный лазер (анализ деполяризации). Область практически неисследованная (кроме пионерской работы Light-scattering polarization measurements as a new parameter in flow cytometry. Кстати, вопрос. Если Вы будете проводить сравнительный анализ светорассеивания от двух различных источников одновременно освещающих клетку (405 и 640, например), то не даст ли Вам это в динамике информацию об изменении диаметра внутриклеточных гранул? (понятно, что детекцию нужно проводить раздельно по каждой длинне волны. Не уверен, что это возможно в современной схеме прибора) а флюоресценцию, для исследовательских, как минимум целей, можно регистрировать с одним - двумя спектральными каналами (можно купить готовые ячейки у Olympus). Очень удобная в науке вещь. Для клиники практически бесполезная, правда. |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Леонид В @ 09.06.2010 21:43) Как же к месту этот пост про поляризацию! Сегодня в нашей лаборатории большое событие. Второй канал светорассеяния СПЦ показал полное согласие с теорией. Это как раз поляризационная индикатриса. Теперь у нас в два раза больше информации для решения обратной задачи светорассеяния. Можно более реалистические модели клеток использовать при этом и определять более тонкие характеристики клеток. Проблема не в том, чтобы поставить поляризатор в канал светорассеяния и измерять сигнал. Прошло много лет, прежде чем мы смогли объяснить эффект деполяризации светорассеяния на базофилах (наша статья в Optics Express, 2007). Этот сигнал и был предложен для проточной цитометрии в упомянутой статье. Проблема в том, чтобы мы получали сигналы, которые можем предсказать с помощью самых новых теоретических представлений о взаимодействии излучения с одиночными сложными клетками. Надеемся, вскоре выпустим несколько статей на тему поляризационные свойства рассеянного одиночными клетками лазерного излучения. Кстати, вопрос. Если Вы будете проводить сравнительный анализ светорассеивания от двух различных источников одновременно освещающих клетку (405 и 640, например), то не даст ли Вам это в динамике информацию об изменении диаметра внутриклеточных гранул? В теории светорассеяния появление новых особенностей связано с отношением характерного размера клетки к длине волны излучения. Так что вдали от полос поглощения излучения самой клеткой ничего особенного использование двух лазеров не даст. Вот если есть поглощение, то тогда можно что-то получить. Например, для эритроцитов 430 нм и 660 нм. Гемоглобин поглощает сильно на 430 нм и это дает новую информацию о клетке. Не уверен, что это возможно в современной схеме прибора) На нашей платформе мы можем это реализовать. Не сразу, но можем. Однако, по моему мнению игра не стоит свеч. Поляризация - более мощный источник информации о структуре и форме клетки. а флюоресценцию, для исследовательских, как минимум целей, можно регистрировать с одним - двумя спектральными каналами (можно купить готовые ячейки у Olympus). Не знаю, что такое спектральный канал. Если это измерение спектра флуоресценции линейкой фотодиодов или фотоматрицей, то проблемы такого подхода мы обсуждали выше. Подход правильный, но чувствительность. Фотонов мало. |
VVolkov Постоянный участник |
Тока про коллайдер не нада. )) Трубочка для клеток со светилкой. )) |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 09.06.2010 19:03) Например, для эритроцитов 430 нм и 660 нм. Гемоглобин поглощает сильно на 430 нм и это дает новую информацию о клетке. 355нм добавьте- будет интересно. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Dr. Maltsev @ 09.06.2010 13:03) (Dr. Maltsev @ 09.06.2010 13:03) вдали от полос поглощения излучения самой клеткой ничего особенного использование двух лазеров не даст. речь не идёт о клетке, она слишком большая. Рель идёт о гранулах (эндосомах, например, или агрегатах) внутри клетки. Их размер «соразмерим» с длинной волны и поэтому светорассеяние на них большое. (Dr. Maltsev @ 09.06.2010 13:03) Да. Но хотлось бы пожелать Вам найти область, желательно клиническую или около того, в котором вода из этого источника была бы желанна. (Dr. Maltsev @ 09.06.2010 13:03) Не знаю, что такое спектральный канал. Если это измерение спектра флуоресценции линейкой фотодиодов или фотоматрицей, ни в коем случае ... сталкивался с этой линейкой не на бумаге, а в микроскопе Zeiss. Мягко говоря - далеко от совершенства. Теперь они поставили GaAsP диоды. Наверное стало лучше. Не вем ... не пробовал. Имел же ввиду вещь простую как банный веник (правда чуть подороже). У Olympus есть готовая спектральная ячека, где можно в диапозоне 2 - 100 нм менять ширину полосы детекции. Удобно, когда исползуешь самые разные флюорохромы. А когда есть фоновая флюоресценция так и вообще незаменимая вещь. Но игрушка, правда, дорогая. А с белым лазером - поддерживаю уважаемого ДФ. Правда не совсем в том смысле в котором он предлагал. На прототипной машине, штучной, используемой для отладки и прочих игр, может иметь смысл установить белый лазер и набор фильтров. Т.е. Вы за секунду можете сменить длинну волны, если надо. Только набор фильтров должен быть большим (=дорогим), а лазер-источник очень мощным ( = очень дорогим) |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 10.06.2010 01:39) Попробую повторить. С точки зрения светорассеяния, изменение длины волны в видимом диапазоне не представляют интереса. Тем более уход в ультрафиолет приведет к трудностям в настройке оптики. Реально мы работаем с тремя длинами волн: 405 нм для светорассеяния на бактериях; 488 для возбуждения флуоресценции; 660 нм для светорассеяния на клетках. Этого более чем достаточно. (Леонид В @ 10.06.2010 03:26) речь не идёт о клетке, она слишком большая. Рель идёт о гранулах (эндосомах, например, или агрегатах) внутри клетки. Их размер «соразмерим» с длинной волны и поэтому светорассеяние на них большое. У Вас типичные заблуждения по явлению светорассеяния. Если описывать на пальцах, то интенсивность светорассеяния определяется размером клетки, а элементы внутренней структуры только в большей или меньшей степени изменяют угловое распределение интенсивности. Если взять отдельные клеточные элементы, то светорассеяние на них будет на несколько порядком меньше, чем на клетке. Поэтому мы и используем лазер 405 нм для измерения светорассеяния на бактериях. Они же на порядок меньше клеток. |
Дядя ФАКСер moderator Nothern Maccaronia, Ticinum |
(Dr. Maltsev @ 10.06.2010 10:12) Попробую повторить. С точки зрения светорассеяния, изменение длины волны в видимом диапазоне не представляют интереса. Тем более уход в ультрафиолет приведет к трудностям в настройке оптики. Реально мы работаем с тремя длинами волн: 405 нм для светорассеяния на бактериях; 488 для возбуждения флуоресценции; 660 нм для светорассеяния на клетках. Хм, а почему не работаете с 488 на рассеянии? Или это просто издержки, налагаемые оставшейся "скамейкой" от цитометра- донора компонент? (Dr. Maltsev @ 10.06.2010 10:12) На пальцах не надо - оптику в МФТИ хорошо преподавали (нелинейную- в том числе) |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
(Дядя ФАКСер @ 10.06.2010 16:54) Хм, а почему не работаете с 488 на рассеянии? Или это просто издержки, налагаемые оставшейся "скамейкой" от цитометра- донора компонент? А какой смысл в середине видимого диапазона? Нижняя граница нужна для мелких объектов, чтобы увеличить интенсивность рассеяния. Верхняя граница нужна для больших объектов, чтобы уменьшить требования к угловому разрешению измерения индикатрисы. Видимый диапазон - удобство в настройке оптической системы. А то, что иногда работаем с 488, то Вы правы - издержки популярности этого лазера в проточной цитометрии. |
Леонид В Постоянный участник Квебек |
(Dr. Maltsev @ 10.06.2010 04:12) Виноват, нечетко выразился. Имел ввиду что соотношение угловое/прямое будет возрастать с приближением размера объекта к длинне волны. Кажется теория (или закон) Ми. Но да не суть важно ... (это к тому, что пересказ «на пальцах» этой теории не требуется) |
Dr. Maltsev Постоянный участник Новосибирск, Россия |
Сами понимаете: пятница 19:00 ----> баня , пиво! |
VVolkov Постоянный участник |
|
VVolkov Постоянный участник |
|
VVolkov Постоянный участник |
|
« Предыдущая тема · Клеточные технологии · Следующая тема » |