Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Анализ микросателлитов с помощью капиллярного электрофореза
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Floriana




 прочитанное сообщение 22.05.2017 11:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Здравствуйте!

Мы прогнали клевер на микросателлиты, и у нас возникли сложности в анализе полученных электрофореграмм. В некоторых случаях электрофореграммы содержат явные пики в количестве >2 (чего быть не должно). Этот факт ставит нас в тупик. Как понять, какие пики "наши", а какие - "левые"? Возможно ли вообще проанализировать такие спорные картинки? Или же их нужно либо перепрогонять на капиллярнике, либо выбраковывать из анализа?

Подскажите, пожалуйста, по какому принципу нужно анализировать пики? Есть ли какая-либо литература по анализу микросателлитов на стадии электрофореграмм? Подкиньте, плиз)

Прикрепляю файлы с картинками нормальными и спорными с моими комментариями по поводу количества пиков (это малая часть того, что нужно проанализировать). Специалисты, отзовитесь!) Очень нужна ваша помощь!

Файл/ы:

скачать файл molbiol_______________.pdf
размер: 1.61мб
кол-во скачиваний: 166


Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 22.05.2017 12:40     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Нормальных пиков там практически нет...
Для начала ПЦР оптимизируйте анализируя продукты на банальном агарозном геле. Далее плавно переходите на реал-тайм с SYBR Green c обязательным анализом кривых плавления на наличие ингибирования, гетерозигот , самое главное, димеров. По ходу дела Вы покупаете Размерный стандарт с другой краской, само собой, - как то должны вы ориентироваться в размерах пиков.
И наконец шлифуете ПЦР уже на капилярнике: количество циклов (для минимизации неспецифики), количество ДНК, программу ампл. (темп. отжига) и т.д..
Участник оффлайн! borigv
Постоянный участник
г. Саратов



 прочитанное сообщение 24.05.2017 06:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Уважаемый -Ъ- прав, такое впечатление что вы не проводите нормирование нагрузки. Вы делаете предварительное определение концентрации ДНК? В первой (№11) картинке исходной ДНК слишком мало - полез фоновый "мусор", а в номере 33 явный перегруз. Также рекомендую обратить внимание на выделение ДНК, в некоторых случаях впечатление что есть контаминация.
Уважаемый -Ъ-, в случае топикстартера работа ведется, вероятнее всего, на готовых коммерческих тест-системах (не думаю что они сами рассчитывали бины). там не надо ничего выдумывать и особо подбирать - RT показывает концентрацию, ингибирование а в последних тест-системах еще и фрагментированность ДНК (возможно в их тест-системах это неактуально, это более востребовано в криминалистических анализах). вероятно товарищи просто экономят на этом этапе или неправильно используют его результаты.
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  23.11.2021 15:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

https://replicawatches24.tumblr.com/post/64...lica-watches-uk
https://ello.co/replicawatchesuk/post/ubut9ig9g4glx-q6nyphka
https://www.evernote.com/shard/s451/client/...%2BWatches%2BUK
https://www.bloglovin.com/@rolexrelicawatch...replica-watches
https://www.designspiration.com/watcheshutuk/saves/
https://write.as/fakerolexwatches/hints-to-...lica-watches-uk
https://www.dailystrength.org/journals/hint...lica-watches-uk
https://issuu.com/replicawatchesuk/docs/dif...he_replica_watc
https://www.keepandshare.com/discuss2/5601/...lica-watches-uk
https://penzu.com/public/9e250377
https://bestreplicawatc.livejournal.com/336.html
https://www.pearltrees.com/replicawatchesuk/item349627941
https://www.intensedebate.com/people/watches24
https://anonfiles.com/N039Qf66q9/Guide_On_H...atch_Online_pdf

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 23:08
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft