Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Floriana |
Мы прогнали клевер на микросателлиты, и у нас возникли сложности в анализе полученных электрофореграмм. В некоторых случаях электрофореграммы содержат явные пики в количестве >2 (чего быть не должно). Этот факт ставит нас в тупик. Как понять, какие пики "наши", а какие - "левые"? Возможно ли вообще проанализировать такие спорные картинки? Или же их нужно либо перепрогонять на капиллярнике, либо выбраковывать из анализа? Подскажите, пожалуйста, по какому принципу нужно анализировать пики? Есть ли какая-либо литература по анализу микросателлитов на стадии электрофореграмм? Подкиньте, плиз) Прикрепляю файлы с картинками нормальными и спорными с моими комментариями по поводу количества пиков (это малая часть того, что нужно проанализировать). Специалисты, отзовитесь!) Очень нужна ваша помощь! Файл/ы:
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
Для начала ПЦР оптимизируйте анализируя продукты на банальном агарозном геле. Далее плавно переходите на реал-тайм с SYBR Green c обязательным анализом кривых плавления на наличие ингибирования, гетерозигот , самое главное, димеров. По ходу дела Вы покупаете Размерный стандарт с другой краской, само собой, - как то должны вы ориентироваться в размерах пиков. И наконец шлифуете ПЦР уже на капилярнике: количество циклов (для минимизации неспецифики), количество ДНК, программу ампл. (темп. отжига) и т.д.. |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
Уважаемый -Ъ-, в случае топикстартера работа ведется, вероятнее всего, на готовых коммерческих тест-системах (не думаю что они сами рассчитывали бины). там не надо ничего выдумывать и особо подбирать - RT показывает концентрацию, ингибирование а в последних тест-системах еще и фрагментированность ДНК (возможно в их тест-системах это неактуально, это более востребовано в криминалистических анализах). вероятно товарищи просто экономят на этом этапе или неправильно используют его результаты. |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |