Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Структура белка
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Tiamin




 прочитанное сообщение 21.12.2014 23:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый вечер! Нигде не могу найти методику (и даже не знаю как правильно загуглить. Если Вы знаете название метода/вещества дайте просто одно слово, все остальное найду сам). Итак, хочется проследить за изменением структуры белка (круговой дихроизм не подойдет) в процессе связывания с другими белками. Есть ли какое нибудь вещества, которым можно специфично "пометить" альфа спирали, бета структуры или определенные мотивы в белке и отследить конформационные изменения.
Хотя наверняка есть много других способов контроля конформционных изменений в белке. Буду рад названию методов!
С уважением
guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость



 прочитанное сообщение 22.12.2014 00:10     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Это все фигня! Пометить специфично определенные структуры нельзя. Увидеть изменения можно, но это будет констатация изменения, а не его форма и вид. Однозначно что-то подтверждается РСА, но для этого нужно суметь закристаллизовать как белок отдельно, так и комплекс. А метод - флуоресценция с зондами. Или тот же ПМР с зондами. Есть относительно доступные вещества-метки, которые могут внедрятся в белковую глобулу. Их спектр зависит от окружения, меняется конформация, меняется окружение зонда - меняется спектр(ПМР или флуоресценции). Иногда помогает собственная флуоресценция аминокислотных остатков типа тирозина и триптофана, иногда нет.
Участник оффлайн! Esya
Постоянный участник
PA, USA



 прочитанное сообщение 22.12.2014 01:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Разработайте такой метод - нобелевка ваша!

Если белок мелкий можно ЯМР использовать. Но это далеко от пометить и отследить.
Участник оффлайн! Алена91




 прочитанное сообщение 12.04.2015 20:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Добрый день!
Какими методами можно идентифицировать формилметионин на N-конце интерферона альфа 2b, заранее спасибо за все идеи
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 12.04.2015 20:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

ээээ... масс-спектрометрия. ну вэжх, в принципе, на хорошей колонке, на хорошем аппарате и с хорошим химиком. вам же для фармстатьи нужно? wink.gif
Участник оффлайн! Esya
Постоянный участник
PA, USA



 прочитанное сообщение 13.04.2015 06:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

масспеком
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.04.2015 12:30     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

масс спеком вы не увидите, какая именно группа модифицирована, а кроме N-конца это могут оказаться и боковые аминогруппы лизинов. Так что дополнительно к просто масспеку нужен гидролиз белка - либо полный(тут возможны подводные камни, потому что соляная кислота может образовывать с формильной группой лабильные и реакционно активные хлорметиленовые производные) с последующим аминокислотным анализом и выявлением модифицированного метионина на аминокислотном анализаторе или ВЭЖХ, либо частичный гидролиз, такой что бы отсечь от белка пептид, содержащий N- конец, но так что бы в этом пептиде не содержалось никаких АК-остатков, которые могут формилироваться. Тогда по масспеку можно выявить именно N-конец модифицированный пептид. Ну и наконец можно отвалить метионин бромцианом и провести масспек получившихся пептидов если Не выявится ионов пептидов с формильной модификацией, то формилирование было проведено по N-концу.
Участник оффлайн! Алена91




 прочитанное сообщение 13.04.2015 14:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(vb @ 12.04.2015 21:30)
Ссылка на исходное сообщение  ээээ... масс-спектрометрия. ну вэжх, в принципе, на хорошей колонке, на хорошем аппарате и с хорошим химиком. вам же для фармстатьи нужно? wink.gif

обратно-фазовая ВЭЖХ на колонке С18 с хорошим хроматографистом не дает разрешения: интерферон альфа 2b/интерферона альфа 2 b с метионином на N-конце, оба выходят одним пиком, сравнивали с английским безметиониновым стандартом( расходятся немного если повышать температуру, но это губительно сказывается на колонке(
Участник оффлайн! Алена91




 прочитанное сообщение 13.04.2015 14:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

дело в том, что формилметионин должен отщепляться собственными ферментами культуры при синтезе, но в результате интерферон накапливается в тельцах включения и с формилметионином на N-конце и без него, очень хочется определить соотношение, но ВЭЖХ полного разделения не дает(
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.04.2015 15:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Так сделайте масспек MALDI телец включения. Правда хорошего ответа о количественном соотношении он вам не даст,для этого нужна градуировка эксперимента модельными системами разного состава. Ну и с бромцианом можно поиграться он должен выдавать разные продукты распада для формилированного и нормального метионина.
Участник оффлайн! MrDmitry
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.04.2015 00:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(Esya @ 21.12.2014 23:05)
Ссылка на исходное сообщение  Разработайте такой метод - нобелевка ваша!

Если белок мелкий можно ЯМР использовать. Но это далеко от пометить и отследить.


да сейчас моноклоны есть ко всему... к ДНК, РНК, белкам с любыми группами
Участник оффлайн! MrDmitry
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.04.2015 00:07     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Tiamin @ 21.12.2014 21:08)
Ссылка на исходное сообщение  Добрый вечер! Нигде не могу найти методику (и даже не знаю как правильно загуглить. Если Вы знаете название метода/вещества дайте просто одно слово, все остальное найду сам). Итак, хочется проследить за изменением структуры белка (круговой дихроизм не подойдет) в процессе связывания с другими белками. Есть ли какое нибудь вещества, которым можно специфично "пометить" альфа спирали, бета структуры или определенные мотивы в белке и отследить конформационные изменения.
Хотя наверняка есть много других способов контроля конформционных изменений в белке. Буду рад названию методов!
С уважением


Да куча методов, зависит от белка и задач. Сначала фракционирование изоферментов и их измененных "структур" и комплексов а потом рентгеноструктурный анализ всего этого.
Участник оффлайн! Kushelev




 прочитанное сообщение 04.12.2017 21:41     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

К сожалению РСА не может сегодня отличить альфа-спираль от 310-спирали и от пи-спирали.
Участник оффлайн! Fritz
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 06.12.2017 12:16     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

А почему бы ЭПР или FRET не попробовать....парамагнитные метки...за цистеины...и даже динамику дистанций можно оценить wink.gif
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  20.11.2021 18:20     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

https://wanelo.co/replicarolexwatches
https://musescore.com/fakerolexwatches
https://www.racked.com/users/Replicarolexwatches
https://sketchfab.com/Rolexrelicawatches
http://www.video-bookmark.com/bookmark/433...eplica-watches/
https://www.slideserve.com/ReplicawatchesUK...pt-presentation
https://www.theverge.com/users/Replicarolexwatches
https://www.yumpu.com/en/document/read/6532...lica-watches-uk
https://online.flippingbook.com/view/152275247/
https://www.instapaper.com/p/8767342
https://www.bigblueview.com/users/Replicarolexwatches
https://weheartit.com/watcheshutuk
https://sites.google.com/view/replicarolexwatches24/home
https://www.indiehackers.com/post/hints-on-...atch-113aef73a9
http://replicawatchesuk.esportsify.com/for...ica-rolex-watch

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 18:06
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft