Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Механика молекулярной биологии (я полагаю?)
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Закрытая темаСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Teacup

Алматы



 прочитанное сообщение 17.08.2020 21:59     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

Добрый день, уважаемые специалисты.
Я не учусь на биолога, изучаю лишь ради интереса.
В ходе изучения вирусологии, у меня возникло странное ощущение, будто все субъединицы расчудесным образом знают куда и когда им направляться. Но молекулы не умеют думать, мне нужно какое-то логическое объяснение тому, что происходит внутри клетки.
Я приведу пример, описывая механизм, и вместе с этим делая акцент на некоторые моменты, которые требуют данного рода объяснений.

1. Вирион HIV производит эндоцитоз к клетке Т-хелпера через протеин GP120.
МОМЕНТ: взаимодействие между HIV и Т-хелпером происходит по воле случая, или же они каким-то образом "притягиваются"?
2. Матрикс растворяется, высвобождая нуклеокапсид с РНК (2 шт.) и ферменты (обратная транскриптаза, протеаза, интеграза).
3. Обратная транскриптаза создает вирионную ДНК, после чего интеграза хватает ее и направляется к ядру.
МОМЕНТ: она направляется к ядру - почему именно туда? Я имею ввиду, каким образом и под каким воздействием получившийся мини-комплекс "выбирает" свою траекторию таковым образом?
4. Интеграза "встраивает" вирионную ДНК в человеческую. Данный участок генов по умолчанию активирован, поэтому ДНК транскриптаза производит "считывание" и формирование мРНК.
5. В цитоплазме теперь находится туча вирионных мРНК и ферментов.
6. GP120 смело направляется к поверхности мембраны клетки.
МОМЕНТ: если данный белок движется к мембране, то благодаря ЭПС?
7. Пара вирионных РНК...
МОМЕНТ: почему именно пара? Как это работает?
...а так же некоторое кол-во ферментов...
МОМЕНТ: вот это вообще жесть. Вот они, мРНК и обратная транскриптаза! Но они не начинают взаимодействие, они послушненько будто бы по указке бегут формировать полный "наборчик лего".
...отправляются в путь, формировать новые вирионы посредством отпочковывания.

Возможно, я упустил нечто основополагающее, но я правда не понимаю этого. Все это очень странно. Если интерпретировать на программирование, то у данных ферментов (обратная транскриптаза в данном случае) будто бы есть блоки с условиями и атрибуты.

if (ferment.transcription_made == 0) {
if (ferment.carrier_cell == this)
ferment.form_virion()
else
ferment.transcript()
}

С нетерпением жду Ваших ответов!
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 18.08.2020 11:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Поэтому в ВУЗах сначала преподают молекулярную физику, физхимию, термодинамику, статистическую физику и ряд других фундаментальных дисциплин, чтобы снять вопросы о "думающих молекулах"

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): brr
Участник оффлайн! Teacup

Алматы



 прочитанное сообщение 18.08.2020 15:17     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

(Panaev @ 18.08.2020 15:14)
Ссылка на исходное сообщение  Поэтому в ВУЗах сначала преподают молекулярную физику, физхимию, термодинамику, статистическую физику и ряд других фундаментальных дисциплин, чтобы снять вопросы о "думающих молекулах"

Цитата: "Я не учусь на биолога, изучаю лишь ради интереса".

Ваш комментарий никак не помогает smile.gif
Если Вы знаете ответ - будьте добры.
Участник оффлайн! MMM
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.08.2020 14:36     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

(Teacup @ 17.08.2020 22:59)
Ссылка на исходное сообщение  взаимодействие между HIV и Т-хелпером происходит по воле случая, или же они каким-то образом "притягиваются"?

Вы не поверите, но краткий ответ на вопрос звучит так: волей случая они притягиваются друг к другу. smile.gif

А не краткий ответ будет достаточно длинным, чтобы хватило места на полях этого форума.

Но все же попробую что то объяснить, хотя и надежд, что вы что - то поймёте практически нет.

Вы конечно знаете или можете узнать как работают цилиндрические механизмы замков. Повернуть ключ в механизме можно только, если на бородке ключа будут правильные выступы, которые утопят цилиндрики механизма на нужную глубину в результате цилиндрики перестанут клинить механизм и его можно станет провернуть. Если выступы будут иметь не правильный размер цилиндрики не удастся сместить на правильную величину и они продолжат клинить механизм и его невозможно будет провернуть.

Таким образом можно считать, что цилиндрический механизм обладает некоей способность узнавать свой ключ. Способностью, которую ему придает изготовитель механизма и ключа.

Так вот биомолекулы обладают такой же способностью распознавать друг друга и образовывать специфические устойчивые комплексы. Только основы такого распознавания совсем другие. Они построены на определенном пространственном сочетании и расположении определенных структур в макромолекуле, которые создают так называемые центры взаимодействия разной природы. Как правило это центры с избыточными зарядами, центры формирующие так называемые водородные связи и центры гидрофобных взаимодействий( что это такое нужно читать учебники). Так вот, другая (макро)молекула, которая будет обладать ответной подходящей пространственной структурой способной в пространстве образовать связи с первой в нужных точках будет связываться с первой и образовывать с ней устойчивый во времени комплекс. Если такие молекулы окажутся на расстоянии достаточном для образования комплекса они его образуют и после этого комплекс становится устойчивым во времени и остаётся связанным тем дольше, чем прочнее связи, его образующие. А вот для того, что бы найти друг друга, этим молекулам нужна диффузия, которая является следствием случайного теплового движения молекул.

Таким образом волей случайного теплового движения молекулы встречаются, а волей распознающих специфичных взаимодействий связываются и удерживаются в комплексе.

А, вот, вместо изготовителя замков и ключей, причиной возникновения способности распознавать друг друга у макромолекул является процесс эволюции.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Teacup
Участник оффлайн! Teacup

Алматы



 прочитанное сообщение 22.08.2020 19:07     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

@MMM
Вы сложили ваш ответ в очень хорошую оригами smile.gif
Благодарю! Это помогло.
Участник оффлайн! restrict




 прочитанное сообщение 29.08.2020 09:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

(MMM @ 22.08.2020 15:36)
Ссылка на исходное сообщение  Вы не поверите, но краткий ответ на вопрос звучит так: волей случая они притягиваются друг к другу. smile.gif

А не краткий ответ будет достаточно длинным, чтобы хватило места на полях этого форума.

Но все же попробую что то объяснить, хотя и надежд, что вы что - то поймёте практически нет.

Вы конечно знаете или можете узнать как работают цилиндрические механизмы замков. Повернуть ключ в механизме можно только, если на бородке ключа будут правильные выступы, которые утопят цилиндрики механизма на нужную глубину в результате цилиндрики перестанут клинить  механизм и его можно станет провернуть. Если выступы будут иметь не правильный размер цилиндрики не удастся сместить на правильную величину и они продолжат клинить механизм и его невозможно будет провернуть.

Таким образом можно считать, что цилиндрический механизм обладает некоей способность узнавать свой ключ. Способностью, которую ему придает изготовитель механизма и ключа.

Так вот биомолекулы обладают такой же способностью распознавать друг друга и образовывать специфические устойчивые комплексы. Только основы такого распознавания совсем другие. Они построены на определенном пространственном сочетании и расположении определенных структур в макромолекуле, которые создают так называемые центры взаимодействия разной природы. Как правило это центры с избыточными зарядами, центры формирующие так называемые водородные связи и центры гидрофобных взаимодействий( что это такое нужно читать учебники). Так вот, другая (макро)молекула,  которая будет обладать ответной подходящей пространственной структурой способной в пространстве образовать связи с первой в нужных точках будет связываться с первой и образовывать с ней устойчивый во времени комплекс.  Если такие молекулы окажутся на расстоянии достаточном для образования комплекса они его образуют и после этого комплекс становится устойчивым во времени и остаётся связанным тем дольше, чем прочнее связи, его образующие. А вот для того, что бы найти друг друга, этим молекулам нужна диффузия, которая является следствием случайного теплового движения молекул.

Таким образом волей случайного теплового движения молекулы встречаются, а волей распознающих специфичных взаимодействий связываются и удерживаются в комплексе.

А, вот, вместо изготовителя замков и ключей, причиной возникновения способности распознавать друг друга у макромолекул  является процесс эволюции.

Это, мягко говоря, примитив. Ионные, волородные, Вандерваальсовы силы взаимодействуют именно на коротких, ангстремных расстояниях. Как, напр., тРНК может найти нужный кодон, если ей надо пропутешествовать огромные расстояния в клетке до нужного кодона? Всё отдать случайностям броунирования. НЕТ. Такие взаимодействия включаются именно коротких расстояниях. А ДО ТОГО проходит сложнейшая полевая (волновая) дальняя ориентация, контролируемая биокомпьютерными квантовыми процессами. Читаей в Сети моногр. Лингвистико-волновой геном. Теория и практика.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Daemonarchestratygos
Участник оффлайн! ИНО
Постоянный участник
Донецк



 прочитанное сообщение 29.08.2020 10:36     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Нет, там все происходить за счет КВЧ волн с гармоникой мантры "Ом" lol.gif
Участник оффлайн! restrict




 прочитанное сообщение 29.08.2020 19:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Для МММ

Любезный, я предлагал Вам проверить экспериментально перевод квантового эквивалента ДНК фрагмента плазмиды в форме физического поля. Предлагал перевести эту волновую (не вещественную ДНК) в вещество реальной ДНК
через систему ПЦР. Но Вы ушли от этого. Хотя все было готово - и спинтронный спектр ДНК, и тексты праймеров, и протокол, и наша статья об этом. Ну ушли и ушли. Теперь, совсем недавно, некто DB, тоже взялся за эту же задачку. И что? Тот же результат. Некогда, мол, я в экспедиции. Зачем вызвался?

Но я не об этом, а о фантастическом мире сознания мол. биологов. По крайней мере, здешних. Годами нахожусь в состоянии постоянного удивления. Нет, серьёзно. Для меня фантатика в том, что если есть возможность своими глазами убедиться в квантовых атрибутах генов, в их способности дематериализдваться и материализоваться, т.е. фактиччески исчезать и возникать, кстати, как в Ковиде-19, то от этого факта может кровь закипеть...Но нет, не кипит. Скорее, стынет в жилах. Так? "Удивитетельное рядом" smile.gif
Еще фантастичнее, что квантовый эквивалент ДНК плазмиды висит в окружающем пространстве с 2006 года и не исчезает. Недавно проверяли. Но мы ушли уже далеко вперед и получаем те же эффекты, используя клетки поджелужочной для считывания лезером их нескольких генов в форме квантовых эквивалентов с последующим перевозом их в вещественные гены в ПЦР и секвенрованиеим их. Совпадение со стандартными генами в знчащей части 100%. Публикацию об этом пока притормозили. До срока.
Вот такой странный мир генетики и мол. биологии. Тут странный.

П.Гаряев
Участник оффлайн! P.P.Gariaev
Участник



 прочитанное сообщение 31.08.2020 23:02     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

[quote=restrict,29.08.2020 20:35]Ссылка на исходное сообщение  Для МММ

Любезный, я предлагал Вам проверить экспериментально перевод квантового эквивалента ДНК фрагмента плазмиды в форме физического поля. Предлагал перевести эту волновую (не вещественную ДНК) в вещество реальной ДНК
через систему ПЦР. Но Вы ушли от этого. Хотя все было готово - и спинтронный спектр ДНК, и тексты праймеров, и протокол, и наша статья об этом. Ну ушли и ушли. Теперь, совсем недавно, некто DB, тоже взялся за эту же задачку. И что? Тот же результат. Некогда, мол, я в экспедиции. Зачем вызвался?
Участник оффлайн! P.P.Gariaev
Участник



 прочитанное сообщение 31.08.2020 23:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Убрал для новой темы.
Malayalam TV Apk
IP-штамп: frdYKlupx8R2o
гость



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  03.09.2020 13:15     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Great article. It helps a lot for my work. Thanks for sharing these effective and helpful ways. Malayalam TV Apk

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
Daemonarchestratygos
Участник оффлайн! restrict




 прочитанное сообщение 03.09.2020 17:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

[quote=P.P.Gariaev,01.09.2020 00:02]Ссылка на исходное сообщение  [quote=restrict,29.08.2020 20:35]Ссылка на исходное сообщение  Для МММ

Любезный, я предлагал Вам проверить экспериментально перевод квантового эквивалента ДНК фрагмента плазмиды в форме физического поля. Предлагал перевести эту волновую (не вещественную ДНК) в вещество реальной ДНК
через систему ПЦР. Но Вы ушли от этого. Хотя все было готово - и спинтронный спектр ДНК, и тексты праймеров, и протокол, и наша статья об этом. Ну ушли и ушли. Теперь, совсем недавно, некто DB, тоже взялся за эту же задачку. И что? Тот же результат. Некогда, мол, я в экспедиции. Зачем вызвался?
[/quote]
Сам себе и отвечаю - да они (и db, и ммм) уж давно получили те же результаты. И сообразили, наконец, - вот они, родненькие, бабки-бабочки с пирамидкой и глазком наверху её, что следит за всеми бабочными возможностями. Кушать подано, кто соображает в этом ключе. Кроме меня. smile.gif
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 03.09.2020 18:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

(restrict @ 29.08.2020 10:10)
Ссылка на исходное сообщение  Это, мягко говоря, примитив. Ионные, волородные, Вандерваальсовы силы  взаимодействуют именно на коротких, ангстремных расстояниях. Как, напр., тРНК может найти нужный кодон, если ей надо пропутешествовать огромные расстояния в клетке до нужного кодона? Всё отдать случайностям броунирования. НЕТ. Такие взаимодействия включаются  именно коротких расстояниях. А ДО ТОГО проходит сложнейшая полевая (волновая) дальняя ориентация, контролируемая биокомпьютерными квантовыми процессами. Читаей в Сети моногр. Лингвистико-волновой геном. Теория и практика.

Да помним-помним.
Спиритуальные завихрения континииума.
Участник оффлайн! Permission
Участник



 прочитанное сообщение 03.09.2020 18:34     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

(Panaev @ 03.09.2020 19:00)
Ссылка на исходное сообщение  Да помним-помним.
Спиритуальные завихрения континииума.

Смените руку, сир. Вся квантовая физика на завихрениях. Мол. биология не будет исключением. Слово континУУм пишИте правильно. Без завихрений.
Участник оффлайн! Panaev
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 04.09.2020 10:13     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

(Permission @ 03.09.2020 19:34)
Ссылка на исходное сообщение  Смените руку, сир. Вся квантовая физика на завихрениях. Мол. биология не будет исключением. Слово континУУм пишИте правильно. Без завихрений.

Вам виднее, вы ж в лингвистике спец. Филолог lol.gif
Участник оффлайн! Permission
Участник



 прочитанное сообщение 04.09.2020 11:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

Точно. Виднее. И Вам того же. Только протрите глаза.
Участник оффлайн! borisov




 прочитанное сообщение 06.09.2020 22:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

https://youtu.be/VRQ45rQ6dQI

ретровирусы интегрируются в геном по сайт специфической рекомбинации

рекомбиназа вируса несет в себе участок днк который служит для распознавания транспозиции

https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B0%...%86%D0%B8%D1%8F
Участник оффлайн! borisov




 прочитанное сообщение 07.09.2020 13:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

(MMM @ 22.08.2020 15:36)

Таким образом можно считать, что цилиндрический механизм обладает некоей способность узнавать свой ключ. Способностью, которую ему придает изготовитель механизма и ключа.

Так вот биомолекулы обладают такой же способностью распознавать друг друга и образовывать специфические устойчивые комплексы.


Так действуют, например, репрессор и сигнальная молекула, а рекомбиназа или мобильные генэлементы просто узнают последовательность в днк, т.к. имеют в своем составе транспозон
user posted image


на рисунке зелененькая, много шариков это фрагмент днк, транспозаза ищет аналогичный на хромосоме и вставляет туда транспозон.
Участник оффлайн! Permission
Участник



 прочитанное сообщение 22.09.2020 23:21     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Вот фрагмент из цитируемого Борисовым:

"Перестановка сегментов ДНК происходит путем распознавания и связывания коротких последовательностей ДНК (сайтов), в которых специальные ферменты расщепляют, переставляют и снова соединяют цепи ДНК."

Видите, как привычно и с легкостью оперируют метафорами - "распознавание, связывание сайтов, ферменты расщепляют, переставляют и снова соединяют цепи ДНК". И даже не задумываются, что для всех этих сложнейших манипуляций требуется некое подобие Сознания, или проще и как бы понятнее - компьютинг, точнее биокомпьютинг. В этом направлении больше года мы поработали в Канаде, в Торонто. Один из результатов - мое выступление в Лондоне в одной из междунар. конференций, суммированное в статье http://www.rexresearch.com/biophotons/TheD...ocomputer10.pdf
С тех пор ушли далеко вперед в направлении работы по квази сознанию генома через работу ген. кода белков, который есть основа создания речеподобных конструкций диалектов мРНК---гены белков---белкИ и, соответственно, закладывание основ Мышления и Сознания на более высоком фрактальном уровне нейронов коры головного мозга. Вот промежуточный итог работы в этом ключе:

1. Gariaev, P. (2015) Another Understanding of the Model of Genetic Code Theoretical Analysis. Open Journal of Genetics, 5, 92-109. doi: 10.4236/ojgen.2015.52008.
2. Gariaev, P. and Leonova-Gariaeva, E. (2018) The Syhomy of the Genetic Code Is the Path to the Real Speech Characteristics of the Encoded Proteins. Open Journal of Genetics, 8, 23-33. doi: 10.4236/ojgen.2018.82003.
3. Gariaev, P. and Leonova-Gariaeva, E. (2019) mRNA Dependent Virtual-Real Substitutions of Nucleotides in Codons: The Dynamics of Their Meanings in the Genome Language. Open Journal of Genetics, 9, 77-90. doi: 10.4236/ojgen.2019.94006.
4. Gariaev, P. (2019) Linguistic-Probabilistic and Quantum Understanding of Gene Operation. Open Journal of Genetics, 9, 43-64. doi: 10.4236/ojgen.2019.93004.
5. Шипов Г.И., Гаряев П.П. (2018) Квантовый геном в понятиях теории физического вакуумв. Книга. 152 с. https://rodovich.org/1437-1/
6. Gariaev, P. P., Vladychenskaya, I. P. & Leonova-Gariaeva, E. A. (2016) PCR Amplification of Phantom DNA Recorded as Potentia Quantum Equivalent of Material DNA. DNA Decipher Journal | March 2016 | Volume 6| Issue 1 | pp. 01-11.

Эти статьи есть в Сети. Обращаю внимание на работу 6. Там мы регистрируем скачок на дугой уровень работы генома на модельном примере материализации волновой копии ДНК фрагмента плазмиды. Сейчас мы материализуем квантовые копии реальных генов. В этом же направлении работает нобелиат Люк Монтанье, но он несколько отстал от нас

https://yandex.ru/search/?text=Montagnier%2...win=232&&lr=213

В Торонто в 2001г. мы уже дистанционно передали пул квантовых генов, запускающих регенерацию поджелудочных желез у аллоксан-диабетных крыс. (См. Гаряев, Лингвистико-волновой геном (2009г.) моногр.). И wavegenetics.org
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Закрытая темаСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 20.04.24 05:56
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft