Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Эзотерическое знание -- Краткий курс эзотерики для Ph.D. --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


страницы (6): < 1 2 3 4 > »  
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 08:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #51 множественное цитирование

(Asterix @ 19.06.2019 02:09)
Ссылка на исходное сообщение  Код по линии сиом имеет контектно-вероятностную природу. Включается рибосомно-мРНКовый "интеллект текста". Это нанобиокомпьютерная система, работающая по текстам гены-мРНК.
///////

Ас: Ну давайте же эксперимент   напишите ..  с четкой конфигурацией.. и  с выводами по результатам ..

ПГ: Уже написал. См. выше.

АС: наука не оперирует фактором Бога   и потусторонних сил.  Это граница между эзотерикой и наукой ... В науке  нет Бога, это  самодостаточная система  ... а в эзотерике он главная действующая сила которая управляет миром  и овладение ритуалами  по вызову нужных духов - это центральная часть эзотерического  обучения.

ПГ: Что Вы все время трясетесь с Богом. Поклонитесь лучше Спинозе и Гегелю. В их системе знаний Бог излишен. Распределен в Природе и Абсолютной идее. 

Ас: В вашем случае  вы вызываете  Духа Генетики  посредством  сложного лазерного ритуала  с элементами  шаманского транса    и просите его  сделать  то что вы хотите получить , и он иногда вам помогает , но полной власти  над этим духом у вас нет.

ПГ: Не стоит использовать влияния на Вас экзогенной иньецированной ДНК на понимание физики работы нашего лазера ЛГН-303. Никаких "сложных лазерных ритуалов" ни я, ни сотрудники не используем. Правда, тех кто пытается по пьянке получить лазерные мШЭИ спектры, от такой работы отстраняю. 

Ас: В науке данная  эзотерическая практика не используется.

ПГ: Точно. "И я и я такого же мненИЯ" smile.gif

Ас: И опубликовать  статью про материализацию  ДНК в пробирке  посредством  эзотерических ритуалов    будет весьма непросто.  Ну разве что на 1 апреля возьмут. Ученые  ведь тоже шутят  иногда.

ПГ: Так мы уже опубликовали, и без всякой эзотерики:
DNA Decipher Journal | March 2016 | Volume 6| Issue 1 | pp. 01-11
Gariaev, P. P., Vladychenskaya, I. P. & Leonova-Gariaeva, E. A., PCR Amplification of Phantom DNA Recorded as Potential Quantum Equivalent of Material DNA
https://dnadecipher.com/index.php/ddj/article/view/98


Сообщение было отредактировано Рекрут - 19.06.2019 09:00
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 11:28     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #52 множественное цитирование

(Asterix @ 19.06.2019 02:59)
Ссылка на исходное сообщение Вот вам Петрович балзам на душу про неопределенность генома ... Но правда апрелький номер конечно ... но выглядит очень круто. И не подкопаться. Про осьминогов и их замечательную систему редактирования РНК.

https://news.uchicago.edu/story/smart-cepha...-ability-evolve

ПГ: Прекрасно. Так это все-таки хохма или всерьёз?

В любом случае возникает совершенно очевидная мысль: геном осьминогов соображает, иначе редактирования не будет, даже если отдать сию редколлегию на откуп физхимии, как хотят правоверные ген-материалисты. А геном наших нейронов? Мы им думаем. Больше нечем. Или за нас думает матушка-Вселенная. То есть снова к Богу идем... Но Спиноза тысячу раз прав - Природа = Бог. Если так, тогда эзотерика будет выглядеть неприлично. tongue.gif
Ваш термин "неопределенность генома" (камешек в огород его сиомического атрибута smile.gif) не проходит. Не снятая неопределенность генома есть гибель биосистем. НЕ надо. Снятие идет при помощи вероятностно-контекстных соображательных Актов в геноме.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.06.2019 12:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #53 множественное цитирование

Петровичь, вы пользуетесь каким-то странным самодельным языком ... в эзотерике есть свои устоявшиеся способы описания структуры мира и его волновой природы.

Не надо использовать научный язык , он разрушает эзотерический подход поскольку подразумевает отсутсвие Бога в Уравнении Вселенной.

Ваш концепт Волновая Генетика восходит к Библии, ( если не копать еще глубже в даль веков) В Начале было Слово , то есть Знание . Из точки возникла сфера которую Дух сдвинул на волосок , из этого изначального движения возник матрикс нашего мира , Время-Пространство ...

Ну и так далее ... это обычный курс сакральной геометрии в комплексе эзотерики. Волновая природас всего нашего мира там возникает совершенно естесвенным и логическим образом и является неоспоримой истиной. Ее не надо доказывать. Она есть.

И Волновая генетика - это частное приложениие общей Волновой теории Мира.

Вам не нужны научные эсперименты , они имеют смысл только в научной системе координат. Не надо маскировать эзотерику под науку пользуясь научной тер,имологией .. это никому не надо. Это вызывает раздражение и непонимание.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 15:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #54 множественное цитирование

(Asterix @ 19.06.2019 13:17)
Ссылка на исходное сообщение  Петровичь, вы пользуетесь каким-то странным  самодельным языком  ... в эзотерике есть  свои устоявшиеся способы описания структуры мира  и  его волновой природы.

ПГ: я не эзотерик. Провести четкую границу между эзотерикой и т.н. официальной наукой затруднительно, если вообще возможно.

Ас: Не надо использовать  научный язык , он разрушает  эзотерический подход поскольку подразумевает  отсутствие Бога  в Уравнении Вселенной.

ПГ: Пантеизм Спинозы, которого придерживаюсь, не отрицает Бога, но равномерно распределяет его в Природе, придавая ей Божественность. Уравнения Вселенной Нет. 

Ас: Ваш концепт  Волновая Генетика  восходит к Библии, ( если не копать  еще глубже  в даль веков) В Начале было Слово , то есть  Знание . 

ПГ: Перевод неточный.  Вначале была Мысль, которая материализовалась в Слово, а оно в Природу, включая Человека. Идеальное (от Идея) всегда опережает Материальное.

Ас. Из  точки возникла сфера  которую  Дух  сдвинул на волосок , из этого  изначального движения возник матрикс  нашего мира  , Время-Пространство ...

ПГ: Из бесконечно малого  (условно, точки) возникло вращательное перводвижение - элементарная частица-волна, допустим, Бозон Хигса, а с ним и Пространство-Время.

Ас: Ну и так далее ... это  обычный курс   сакральной геометрии  в комплексе эзотерики. Волновая природа  всего нашего мира  там возникает  совершенно естественным   и логическим образом и  является неоспоримой истиной. Ее не надо доказывать. Она есть.

ПГ: Пантеизм говорит "возникать" ничему не надо. Волновое потенциально УЖЕ присутствует в перводвижении, вращательном = волновом.

Ас: И Волновая генетика - это частное приложениие  общей Волновой теории  Мира.

ПГ: Это неоспоримо.

Ас: Вам не нужны научные эксперименты , они имеют  смысл  только  в научной системе координат. Не надо  маскировать  эзотерику под науку  пользуясь научной терминологией  .. это никому не надо.  Это  вызывает раздражение и непонимание.

ПГ: Раздражение от использования,к примеру, слова КОДОНЫ? Но они реальность, не заменяемая эзотерикой. Это как раз та область, где происходит взаимная диффузия, перетекание методов науки и методов (рассуждений) эзотерики.  Ин-Янь. Ничего страшного в этом нет. Чего боитесь? Самих себя? Раздражаться контр продуктивно.
Надо работать. И не только головой, порождая идеи, но и воплощать их в плоть  руками. "Сами Боги" ... помните  Айзека Азимова?



Сообщение было отредактировано Рекрут - 19.06.2019 17:47
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 17:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #55 множественное цитирование

А вы так и ушли от моих вопросов:

1. Где ошибка, заблуждение в моих, чисто теоретических, доказательствах недостроенности модели Кода Белков Ниренберга-Крика, недостроенности, связанной с двукратной вырожденностью кода, которую они не заметили? Или проигнорировали?

2. Не дали объяснение необъясненному в работе Туранова и др., где обнаружено двойное кодирование одним кодоном UGA двух РАЗНЫХ аминокислот, что противоречит канонам модели Кода.

3. Дал описание эксперимента, который должен доказать или опровергнуть канон ген. Кода о строгой коллинеарности кодоны---аминокислоты. Будете ставить его?

4. Или теоретически разберетесь в экспериментально показанной вами странности в кодировании лейцина в отношении его кодона?

Пока ни одного ответа...
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 17:53     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #56 множественное цитирование

Кстати, можете поучаствовать https://atelje12.si
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.06.2019 21:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #57 множественное цитирование

Где ошибка, заблуждение в моих, чисто теоретических, доказательствах ..
/////
Да нет никаких ошибок в эзотерических теориях , это все одно единое Знание на одной платформе . ошибки бывают только в научной теории которая базируется на научном методе ... .. В этом разница между эзоитерикой и наукой.

Ни одна эзотерическая теория еще никогда не была опровергнута .. ибо это просто невозможно сделать.

Если вы хотите доказать что ваш теория не эзотерическая, а научная .. вам надо расписать эксперименты для этой цели... научные эксперименты, без заклинаний и вызывания духов при помощи лазерного света.
Участник оффлайн! banned sceptique-NMRguy
Постоянный участник
временной жизни



 прочитанное сообщение 19.06.2019 21:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #58 множественное цитирование

Гаряй Гаряич считает доказанным сразу всё, что несёт изначально. Он просто не сомневается ни в чём и всё - и доказательства не нужны. Можно выходить и радовать мамаш детей-инвалидов, и пить водку, кидая вокруг всех направо и налево.

А, Гаряй Гаряич?

Для того, что маяться изучением всякой таинственной хрени и ересей нужно воображение. А тут оно как раз и отсутствует. Поскольку если бы было на месте - в жизни Гаряй Гаряича было множество более полезных и радостных событий. А так его именем уже детей смешат в универах, типа как Чарли Чаплин. Скажешь - уже смешно. lol.gif

Сообщение было отредактировано banned sceptique-NMRguy - 19.06.2019 21:35
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.06.2019 21:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #59 множественное цитирование

Вот Вызвал я вчера Духа Генетики и дал ему задание ... бля, ну не знаю, все против правил, все против меня, а мне лень.., ты мне забацай там ... чтоб все хорошо было.

Ну он и забацал ... как всегда впрочем. Вместо двух генов сделал мне 3 .. у них так положено наверное , Бог и Сатана одну Троицу любят. Но ипостаси разные.

Вот бля , наперсточник ... но я таки разобрал где лишний шарик , под каким стаканом.

Теперь вот демона безлигазного лигирования буду вызывать.. Чего уж мелочиться... Пусть поработает, но что он с меня попросит в обмен ... - это загадка.
Душу уж точно не попросит .. это не его сфера, душа моя в Другом Банке заложена. ... но напакостить мелкой просьбой вполне может. И я по правилам игры не смогу ему отказать в этом пустячке.

https://www.facebook.com/photo.php?fbid=326...SuH7Iy_eHx9y8vv

Сообщение было отредактировано Asterix - 19.06.2019 22:24
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 21:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #60 множественное цитирование

(Asterix @ 19.06.2019 22:04)
Ссылка на исходное сообщение  Где ошибка, заблуждение в моих, чисто теоретических, доказательствах ..
/////
Ас: Да нет никаких ошибок в эзотерических теориях ,  это  все одно единое  Знание  на одной платформе  .  ошибки бывают только в научной теории  которая базируется на научном  методе ... ..  В  этом разница между эзоитерикой и наукой.

ПГ: В моих теоретических построениях нет эзотерики, равно как и в экспериментах. Зачем вы приписываете это мне? Это чисто научные данные. И это повторяю уже много раз. Насчет пирамиды, так это походя сказал. Если тут нечто эзотерическое, ну и что? Это никак не влияет на то, что реально делаю.

Ас: Ни одна эзотерическая теория  еще никогда не была опровергнута .. ибо  это просто невозможно  сделать.

ПГ: похоже, вам нечем ответить. А кивки в сторону моей якобы эзотерики похожи на отмазку.

Ас: Если вы хотите  доказать  что ваш теория не эзотерическая,  а научная .. вам надо  расписать  эксперименты  для этой цели... научные эксперименты, без  заклинаний и вызывания духов при помощи лазерного света.

ПГ: Еще раз. Никаких духов и заклинаний у нас нет. Глупости говорите. Наши эксперименты расписаны, доказаны и поэтому опубликованы в рейтинговых, отнюдь не эзотерических, журналах. Вы что, дурака валяете? Так прямо и скажите - испугался, не хочу с Вами дискутировать. Вы же предлагали поставить эксперименты. Я и предложил - либо проверить коллинеарности на больших белкАх, либо с кодированием лейцина разобраться.
Ладно, не хотите вместе подумать, поработать - не надо. 
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 22:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #61 множественное цитирование

(Asterix @ 19.06.2019 22:54)
Ссылка на исходное сообщение  Вот Вызвал я вчера Духа Генетики и дал ему задание ... бля, ну не знаю, все против правил, все против меня, а мне лень.., ты мне забацай там ... чтоб все хорошо было.

Ну он и забацал ... как всегда впрочем. Вместо двух генов сделал мне 3 .. у них так положено наверное , Бог и Сатана одну Троицу любят. Но ипостаси разные.

Вот бля , наперсточник ... но я таки разобрал где лишний шарик , под каким стаканом.

Теперь вот демона безлигазного лигирования буду вызывать.. Чего уж мелочиться... Пусть поработает, но что он с меня попросит в обмен ... - это загадка.
Душу уж точно не попросит .. это не его сфера, душа моя в Другом Банке заложена. ... но напакостить мелкой просьбой вполне может. И я по правилам игры не смогу ему отказать в этом пустячке.

https://scontent-bru2-1.xx.fbcdn.net/v/t1.0...398&oe=5DBE9F3C

Ээээ, да вы батенька обкурились, видать, чужеродной ДНК. Или дурилочку делаете.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.06.2019 22:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #62 множественное цитирование

Ну напишите же четкий научный эксперимент научным языком... давайте вместе его отредактируем ... Я помогу , мне это несложно.

Без Разума Вселенной пожалуйста ... он в науке - мнимая величина .


Нужны самые тупые эксперименты, доступные даже школьникам .

Сообщение было отредактировано Asterix - 19.06.2019 22:20
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.06.2019 22:09     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #63 множественное цитирование

И зачем отрицать очевидное? Это Вас никак не красит ... прям как тот самый апостол Петр .. отказался от Исуса как и было предсказано...

Не отказывайтесь от Бога ... гните Его линию. Он Спаситель.

ПГ: В моих теоретических построениях нет эзотерики, равно как и в экспериментах. Зачем вы приписываете это мне? Это чисто научные данные. И это повторяю уже много раз. Насчет пирамиды, так это походя сказал. Если тут нечто эзотерическое, ну и что? Это никак не влияет на то, что реально делаю.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 19.06.2019 22:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #64 множественное цитирование

(Asterix @ 19.06.2019 23:04)
Ссылка на исходное сообщение  Ну напишите же  четкий научный эксперимент  научным языком... давайте вместе его отредактируем ...  Я помогу , мне это несложно.

Без  Разума Вселенной пожалуйста ... он в  науке  -  мнимая величина .
Нужны самые тупые эксперименты,  доступные даже школьникам .

Я его уже расписал здесь. Не найду. Стерли. Ну я кратко, еще раз.

Берете длинный ген E.coli, транслируете его в мРНК, синтезируете белок. Проверяете коллинеарность кодонов иРНК и аминокислот полученного белка.
Предсказываю, и это надо проверить, что в случае син кодонов включаемые аминокислоты будут по Стандартной Таблице кода (если не будет СЛУЧАЙНЫХ ошибок трансляции мРНК и СЛУЧАЙНЫХ ошибок при трансляции белка).

В случае не син кодонов (сиом кодонов) могут быть не соответствия включения аминокислот в растущий белок. Не соответствия стандартной Таблице кода.

Чем длиннее белок, тем выше вероятность включения "неправильных" аминокислот, либо неправильная остановка синтеза белка.

Эксперимент тупее некуда. Странно, что такие не ставили с ТАКОЙ целью.

Помогите, как обещали, если где-то в плане постановки эксперимента ошибся.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.06.2019 23:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #65 множественное цитирование

Ну нарисуйте же 2 гена которые кодируют один и тот же белок ... , пусть будут короткие по 300 нуклеотидов то есть по 100 аминокислот с [ HiS6] тагом на конце , так легче работать.

И сделайте во второй копии гена замены кодонов согласно вашей теории.. И скажите что вы ожидаете увидеть... какие именно эффекты.

Куда же еще проще-то? Надо конкретно все расписать .. без блужданий , может то, а может это... а может вообще все не так ...
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 20.06.2019 00:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #66 множественное цитирование

(Asterix @ 20.06.2019 00:03)
Ссылка на исходное сообщение  Ну нарисуйте же  2 гена  которые кодируют  один и тот же белок  ... , пусть будут  короткие  по  300  нуклеотидов

ПГ: короткие - это понижает вероятность перекодировок сиом, поскольку контекст мРНК будет тупой.

  то есть по  100  аминокислот  с [ HiS6] тагом на конце , так легче работать.

Ас: И  сделайте  во второй копии  гена замены кодонов согласно вашей теории..  И скажите что вы ожидаете увидеть...  какие именно эффекты.

ПГ: такой пассаж говорит, что Вы не поняли главного. Замены делаем не мы, а соображающая и читающая контекст мРНК рибосома. Если она, исходя из смысла мРНК и встретив сиом кодон, "решит", что надо делегировать 3'-нуклеотиду сиома значение определенной буквы, то это МОЖЕТ изменить смысл сиома. Говорю МОЖЕТ потому, что смыслы мРНК - вещь тонкая.  Это чтение рибосомой мРНК МОЖЕТ (вероятность) привести к замене аминокислоты по сравнению с Табличной. Это будет нарушением коллинеарности, что и надо для доказательства двукратной вырожденности Кода.  Все зависит от смысла мРНК, который понимает пока только рибосома. Семантический ареал мРНК плавающий. Здесь работает Налимовско-Бейесовская вероятностная модель-уравнение для человеческих текстов, фильтрующее определенные смыслы текстов. (В.В.Налимов. Вероятностная модель языка. 1979 г.)

Ас: Куда же еще проще-то? Надо  конкретно все расписать .. без    блужданий  ,  может то,  а может это...  а может вообще все не так ...

ПГ: Блуждания-то у Вас. Перечитайте 2-ю статью. Чтобы не блуждать и не путаться среди 3-х сосен, то бишь 3-х букв триплетов. Все не так просто. "Все гораздо интересней, чем на самом деле".
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 20.06.2019 01:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #67 множественное цитирование

Так что не надо 2 гена. О один выберите сами у E.coli. Для простоты. Но можно и два, но разных и длинных. В сложных (длинных) белковых "фразах" более высокая вероятность нескольких смыслов, переписанных (транслированных) с мРНК транскриптов. И больше потенциально готовых к перекодировкам сиом кодонов. На коротких вряд-ли получишь это. Тем более на простых генах с повторяющимися последовательностями типа поли-ГЦАТ, т.е. бессмысленными.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.06.2019 01:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #68 множественное цитирование

Ну хорошо давайте возьмем ГФП , зеленый флюоресцентный белок..

там примерно 1000 нуклеотидов, и его легко видеть , просто посветил на колонии бактерий светодиодным фонариком с 450нм светом и видишь флюоресценцию , если она есть, то есть белок функционален.

И давайте заменим ему эти важные аминокислоты необходимые для флюоресценции на сиом -кодоны , которые в классической модели кода должны кодировать другие аминокислоты и белок светиться перестанет, а по вашей модели таки будет светиться поскольку рибосома прочтет некие инструкции в контексте гена.

Вам дать сиквенс еГФП? с которым я работаю?
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 20.06.2019 10:29     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #69 множественное цитирование

(Asterix @ 20.06.2019 02:18)
Ссылка на исходное сообщение  Ну хорошо  давайте возьмем  ГФП , зеленый флюоресцентный белок..

там примерно  1000  нуклеотидов,  и его легко  видеть  , просто посветил на колонии бактерий  светодиодным фонариком  с 450нм светом и видишь  флюоресценцию  , если она есть,  то  есть белок функционален.

И давайте заменим ему эти  важные аминокислоты  необходимые для флюоресценции    на  сиом -кодоны , которые в классической модели кода  должны кодировать другие аминокислоты  и  белок светиться перестанет,  а по вашей модели таки будет светиться поскольку рибосома прочтет  некие инструкции в контексте  гена.

ПГ: Это уход несколько в сторону. Не аминокислоты надо заменять а сиом кодоны. Тогда рибосома, ориентируясь на контекст мРНК должна вернуть прежние сиомы и свечение останется. Тогда надо будет констатировать возврат старых сиом. Это осложняет задачу.
Но можно проще. Если есть сиквенс еГФП и сиквенс его мРНК, то надо просто проверить их кодон-аминокислотную коллинеарность. Если она на отдельных парах сиом-аминокислота  нарушается по сравнению с канон Таблицей, то это уже результат.

Вам дать  сиквенс  еГФП?  с которым я работаю?

ПГ: Не надо, я соображаю пользуясь Русским языком, а у мРНК и Белков свои языки, нам пока неведомые. А логику соображений рибосомы мы тоже пока не знаем. Может, она иная по сравнению с нашей. smile.gif
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.06.2019 14:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #70 множественное цитирование

Ну вот вам ОРФ зеленого белка... На сайте есть все инструменты для работы с ДНК и для трансляции ее в аминокислотный код. В Википедии можно посмотреть какие там самые главные аминокислоты и вот сделать новую версию гена , которая согласно классической модели кода не должна давать функциональный белок , а согласно вашей модели что-то произойдет и рибосома заменит кодоны на правильные и белок таки будет светиться.

Это и есть научный метод , если есть что-то неизвестное нам , tо делаем гипотезу , проводим эксперимент и проверяем соответсвие гипотезы результату.
По итогу работы делаем выводы.. И опять и опять ... один и тот же цикл до ычи знания.

В эзотерике знание получают сразу и в цельном виде путем откровения , подключившись к каналу связи с Высшим Разумом Вселенной. Эти откровения не нуждаются в экспериментальном методе.

[ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGT
TCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCA
GCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCT
GCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCG
TGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCA
TGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGA
CCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCA
TCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCC
ACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCC
GCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCA
TCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGA
GCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCG
GGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA]
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 20.06.2019 16:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #71 множественное цитирование

(Asterix @ 20.06.2019 15:22)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот вам ОРФ  зеленого белка...

Ас: На сайте есть все инструменты  для работы с  ДНК  и  для трансляции  ее в аминокислотный код.   

ПГ: Дайте, пож-ста, ссылку на сайт.

Ас: В Википедии можно посмотреть какие там самые главные аминокислоты  и вот  сделать новую версию гена , которая  согласно классической модели кода не должна давать  функциональный белок  , а согласно вашей модели что-то произойдет  и  рибосома заменит кодоны  на правильные и белок таки будет  светиться.

ПГ: Кстати, если зеленый из Эквореи, то есть ли ее диалект Таблицы ген. кода? И будет-ли "зеленая" мРНК читаться также как в E.coli? И тут, как видим, непросто. Проблемы ветвятся.

Ас: Это  и есть научный метод , если  есть что-то неизвестное нам , tо делаем гипотезу , проводим эксперимент  и проверяем соответсвие гипотезы  результату.
По итогу  работы  делаем выводы..  И опять и опять ...  один и тот же цикл  до ычи  знания.

ПГ: Естественно.


Ас: В эзотерике  знание получают сразу  и в цельном  виде путем откровения  , подключившись  к каналу связи  с Высшим Разумом Вселенной. Эти откровения не нуждаются в экспериментальном методе. 

ПГ: Так откровения не всегда дают полные ответы, скорее наводят на мысль, заставляют думать. У меня были такие неполные откровения. Например, с тем же белковым Кодом. Где-то на 4-м - 5-м курсе. Все упорно и без мысли пялятся на канон таблицу Кода, верят в ее целомудрие, а у меня что-то засветилось в сознании - не то, не так... И потом, не сразу : если 3'-нуклеотид в кодонах вобулирует, то код не точен для не синонимов... И пошло и поехало. До двукратной (двумерной) вырожденности кода. Но уже без подсказок свыше. Тут сам потел. И еще много таких вспышек было, инициирующих, связанных с фантомами ДНК, листовыми фантомами и т.д.
Так что делать будем? Как видим, все усложняется...

[ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGT
TCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCA
GCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCT
GCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCG
TGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCA
TGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGA
CCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAGGGCGACACCCTGGTGAACCGCATCGAGCTGAAGGGCA
TCGACTTCAAGGAGGACGGCAACATCCTGGGGCACAAGCTGGAGTACAACTACAACAGCC
ACAACGTCTATATCATGGCCGACAAGCAGAAGAACGGCATCAAGGTGAACTTCAAGATCC
GCCACAACATCGAGGACGGCAGCGTGCAGCTCGCCGACCACTACCAGCAGAACACCCCCA
TCGGCGACGGCCCCGTGCTGCTGCCCGACAACCACTACCTGAGCACCCAGTCCGCCCTGA
GCAAAGACCCCAACGAGAAGCGCGATCACATGGTCCTGCTGGAGTTCGTGACCGCCGCCG
GGATCACTCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA]
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 20.06.2019 21:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #72 множественное цитирование

зайдите в раздел расчеты на молбиоле ... там все есть

Меня вот сегодня выпытывали как сделать светящююся плесень , фузариус , чтоб видна была колонизация растений его мицелием.

Ну запросто же все делается , и никакой эзотерики , чистая научная техника. Просто надо все знать.

И иметь уважение в среде научных демонов ...

Вот сегодня опять вызвал демона лигирования и сказал ему прямо что если завтра я не увижу клонов мне нужных ... то ему не поздоровится ..

И все будет , у них там мало людей вроде меня , понимающих их мир.. и умеющих с ними обращаться. Демону этому ничэго не стоит сделать мне лигирование так как мне надо. Даже без лигазы .. вообще в чистой воде.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.06.2019 04:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #73 множественное цитирование

(Рекрут @ 19.06.2019 06:30)
Ссылка на исходное сообщение  Прекрасно. Так это все-таки хохма или всерьёз?
В любом случае возникает совершенно очевидная мысль: геном осьминогов соображает, иначе редактирования не будет, даже если отдать сию редколлегию на откуп физхимии, как хотят правоверные ген-материалисты. А геном наших нейронов? Мы им думаем. Больше нечем. Или за нас думает матушка-Вселенная. То есть снова к Богу идем... Но Спиноза тысячу раз прав - Природа = Бог. Если так, тогда эзотерика будет выглядеть неприлично. tongue.gif 
Ваш термин "неопределенность генома" (камешек в огород его сиомического атрибута smile.gif) не проходит. Не снятая неопределенность генома есть гибель биосистем. НЕ надо. Снятие идет при помощи вероятностно-контекстных соображательных Актов в геноме.

И спиритуальных завихрений континума
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.06.2019 05:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #74 множественное цитирование

vb, .....
если вы видите подоплеку эзотерическую то все становится на свои места и Петрович совешенно нормальный эзотерик... просто он не знает об этом ... и я вот здесь пытаюс' емy это обьяснить.

Вот ведь весь Физтех не смог, бедные дети там учатся ... , а я могу и делаю это совершенно приличным образом, без мата и истерики ... просто обьясняю человеку суть его идей. Мне приходится много раз повторять одно и тоже ... но я уже привык со своими студентами по программе Эразмус к таким проблемам.

Это несложно ... главное чтоб огонь в глазах горел и живой интерес к науке был бы. Остальное я сделаю.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 21.06.2019 09:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #75 множественное цитирование

Ас: И иметь уважение в среде научных демонов ...

Вот сегодня опять вызвал демона лигирования и сказал ему прямо что если завтра я не увижу клонов мне нужных ... то ему не поздоровится ..

И все будет , у них там мало людей вроде меня , понимающих их мир.. и умеющих с ними обращаться. Демону этому ничэго не стоит сделать мне лигирование так как мне надо. Даже без лигазы .. вообще в чистой воде

ПГ: По сути, я делаю то же самое. Просто мысленно обращаюсь к матушке Вселенной разумной, где и демонам место. А уже Она своим подчиненным демонам дает указания по моей линии smile.gif
Если это эзотерика, то в таком виде она хороша. Но "на матушку надейся, а сам не плошай". И опять таки это не исключает наши ментальные манипуляции с ген. кодом, где "трансгенные инженеры" уже наломали дров. Нельзя же для работы с геномом-биокомпьютером пользоваться ломом.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.06.2019 13:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #76 множественное цитирование

Петровичь , я всю жизнь пользуюсь ломом при работе с генкодом ... и пока никаких жалоб у меня на мой инструмент и на генкод нет. Да и не было никогда .

Белки бывают плохо себя ведут , а гены они послушные . С ними что угодно можно делать. Не выходя за рамки стандартного кода.

На уровне генома да , чудеса иногда происходят ,и природа этих чудес нам непонятна ...

Но обьяснять это неким Вселенским Разумом я бы не стал, просто в этом нет никакой необходимости.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 21.06.2019 13:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #77 множественное цитирование

(Asterix @ 21.06.2019 03:17)
Ссылка на исходное сообщение  vb, .....
если вы видите  подоплеку эзотерическую то все становится на свои места и  Петрович совешенно нормальный  эзотерик... просто он не знает об этом ... и я вот  здесь  пытаюс' емy это обьяснить.

Вот ведь весь Физтех не смог,  бедные дети  там  учатся ... ,  а я могу и делаю это совершенно приличным образом, без мата и истерики ... просто  обьясняю человеку  суть его идей.  Мне приходится  много раз  повторять одно и тоже ... но я уже привык со своими студентами  по программе Эразмус  к таким проблемам.

Это несложно ... главное чтоб огонь в глазах горел  и живой интерес  к науке был бы.  Остальное я сделаю.

Да не вопрос.
Буду наблюдать, без особого оптимизма, впрочем.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 21.06.2019 15:37     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #78 множественное цитирование

(Asterix @ 21.06.2019 14:17)
Ссылка на исходное сообщение  Петровичь ,  я всю жизнь пользуюсь ломом  при работе с генкодом ... и пока никаких жалоб у меня на  мой инструмент и на генкод нет.  Да и не было никогда .

Белки бывают плохо себя ведут ,  а гены  они послушные . С ними что угодно можно делать.  Не выходя за рамки  стандартного кода.

На уровне генома  да , чудеса иногда происходят ,и природа этих чудес  нам непонятна ...

Но обьяснять  это  неким Вселенским Разумом я бы не стал, просто в этом нет никакой необходимости.

Это потому, что не тронули главное - уровни кодирования на речевом и квантовом уровнях. Первый звоночек - непонятности для Вас - это непонятки с кодированием лейцина. Они на речевом уровне работы кода. Непонятности родом из четверки TT-семейства сиом кодонов. Именно в нем двойственность, не однозначность кодирования - то-ли фенилаланин кодировать, то-ли лейцин. Идет запрос рибосомы в контекст мРНК. Оттуда ответ: в соответствии со смыслом контекста мРНК, делегируем (виртуально) взамен теперешнего 3'-нуклеотида сиом кодона другой нуклеотид. Тогда триплет приобретет точное значение кодирования. И в белок включится ЛИБО фенилаланин, ЛИБО лейцин.
Это не чудеса, а известные законы лингвистики, которые едины для грамматик всех языков (Ноам Хомский). Вы бы "не стали объяснять это неким Вселенским Разумом", а вот В.В.Налимов стал (Спонтанность сознания. 1984 г.), сказав, что Вселенная СЕМАНТИЧНА.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 22.06.2019 14:39     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #79 множественное цитирование

ПГ: Идет запрос рибосомы в контекст мРНК. Оттуда ответ: в соответствии со смыслом контекста мРНК, делегируем (виртуально) взамен теперешнего 3'-нуклеотида сиом кодона другой нуклеотид. Тогда триплет приобретет точное значение кодирования. И в белок включится ЛИБО фенилаланин, ЛИБО лейцин. Причем это ЛИБО не произвольно, не случайно, но определяется смыслом мРНК.

Кстати, Ас, определена таблица триплетного кода зеленого медузячьего белка? Если нет, тогда для проверки коллинеарности Ген----мРНК открытая рамка считывания гена не годится. Как тогда узнать какой из дублетов сиом кодирует лейцин, в случае один из 4-х нуклеотидов вирутально делегирован вместо имеющегося 3'-нуклеотида сиом кодона?
Что-то вы "приумолкли у окна", как Пушкинская няня...
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2019 15:51     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #80 множественное цитирование

Ну напишите же два варианта гена зеленого белка ... и предскажите что один должен работать по вашей теории но с точки зрения стандартной теории кодировки аминокислот в гене он работать не должен. Рассуждения о разумности рибосомы - это философия, для науки нужен научный подход , то есть эспериментально проверяемая гипотеза.

Тот вариант гена который я вам дал - это оптимизированнный вариант для експрессии в растениях. И мутант к тому же с аминокислотной заменой , у него лучше характеристики чем у нативного зеленого белка. меньше агрегирует и возбуждение сдвинуто почти на 100нм, тогда как эмиссия та же самая , зеленый свет.

Но это все не суть , ген рабочий и белок на нем рибосома синтезирует и он светится как и задумано.

Прекрасный обьект для ваших эспериментов по обнаружению разума у рибосомы. Вот поставьте рибосоме задачку которую она может решить только при наличии у нее разума. согласно вашей теории контекстного кодирования
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 22.06.2019 20:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #81 множественное цитирование

(Asterix @ 22.06.2019 16:51)
Ссылка на исходное сообщение  Ну напишите же два варианта гена   зеленого белка  ... и предскажите  что один должен работать  по вашей теории но с точки зрения стандартной теории кодировки  аминокислот  в гене  он работать не должен.  Рассуждения о разумности  рибосомы   - это философия, для науки  нужен  научный подход , то есть эспериментально проверяемая гипотеза.

ПГ: Основное уходит от Вас. Написать ДНК последовательность гена не сложно. Ну написал, допустим, и что? Не зная языка генов, логики принятия решения рибосомой как нано биокомпьютером, наверно, вкупе с логикой клетки, которая есть компьютер более высокого ранга... Что я могу предсказать? Пока ничего. Поэтому ограничимся пока скромными, но все таки знаниями, которые позволяют проверить мою гипотезу о некой разумности клеточно-рибосомных актов при биосинтезе белков. При этом я опираюсь на чисто экспериментальные результаты, которые однозначно говорят о квази разумном выборе системы клетка-рибосома-мРНК, выборе нужной аминокислоты (о стопах позже) из двух РАЗНЫХ, которые предоставлены шифровкой сиом кодонов, шифровкой, которая НЕ ОДНОЗНАЧНА (данные Ниренберга и Крика, УФН, 1994г. по сиом кодону UUU.  И данными группы Туранова, 2009г., Sciense по сиом кодону UGA). Итак, не тривиальная задачка, скорее всего, в предлагаемом Вами ключе, НЕ РАЗРЕШИМАЯ, отследить не нарушается-ли коллинеарность активной части зеленого гена-мРНК при биосинтезе зеленого белка.  При этом надо ориентироваться на таблицу ген. кода именно медузы - производителя зеленого белка, но не на стандартную Таблицу Кода E.coli. Есть таблица ген. кода этой медузы? Уже спрашивал. Допустим, есть. Тогда надо сопоставить Эти Табличные данные с разбивкой мРНК зеленого гена  на кодоны (предполагаем, что  в зеленой мРНК есть сиом кодоны). Допустим, все получилось по Таблице. Это для моей гипотезы не очень хорошо. Но я не унываю. И говорю: а теперь мы внесем замены в син триплеты в зеленой мРНК, т.е. поменяем ее контекст, ее информ. содержание. И синтезируем белок, и неважно, будет он зеленым или утратит свечение. И секвенируем его, чтобы снова проверить коллинеарность. Есть ВЕРОЯТНОСТЬ, что коллинеарности НЕ БУДУТ ВЕЗДЕ СОБЛЮДАТЬСЯ. Это будет говорить в пользу моей гипотезы. Подчеркну, что недостатком такой схемы будет то, что мы, физически меняя син кодоны, делаем это в слепую, поскольку языка генов и их смыслов мы не знаем.

Ас: Тот  вариант гена который я вам дал  - это оптимизированнный вариант  для експрессии в растениях.  И мутант к тому же с  аминокислотной заменой , у него  лучше характеристики  чем у нативного зеленого белка.  меньше агрегирует   и  возбуждение сдвинуто почти на 100нм,  тогда как эмиссия  та же самая , зеленый свет.

Но это все не суть , ген рабочий  и белок на нем рибосома синтезирует   и он светится как и задумано.

Прекрасный обьект для ваших эспериментов  по обнаружению  разума у рибосомы.   Вот поставьте  рибосоме задачку  которую  она может решить  только при наличии у нее разума.  согласно вашей теории  контекстного кодирования


Сообщение было отредактировано Рекрут - 22.06.2019 20:22
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 22.06.2019 21:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #82 множественное цитирование

Ну ... да , надо наверное выяснить что вы подразумеваете пи таблицей генкода зеленой медузы... Вы реально думаете что у зеленой медузы другой совсем код? Ну или даже немного отличный от общепринятой таблицы кода?
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 22.06.2019 23:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #83 множественное цитирование

https://www.bioinformatics.org/jambw/2/3/Tr...tionTables.html
The following genetic codes are described here:
 1. The Standard Code
 2. The Vertebrate Mitochondrial Code
 3. The Yeast Mitochondrial Code
 4. The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code
and the Mycoplasma/Spiroplasma Code
 5. The Invertebrate Mitochondrial Code
 6. The Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code
 9. The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code
 10. The Euplotid Nuclear Code
 11. The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code
 12. The Alternative Yeast Nuclear Code
 13. The Ascidian Mitochondrial Code
 14. The Alternative Flatworm Mitochondrial Code
 16. Chlorophycean Mitochondrial Code
 21. Trematode Mitochondrial Code
 22. Scenedesmus obliquus Mitochondrial Code
 23. Thraustochytrium Mitochondrial Code
 24. Pterobranchia Mitochondrial Code
 25. Candidate Division SR1 and Gracilibacteria Code
 26. Pachysolen tannophilus Nuclear Code
 27. Karyorelict Nuclear
 28. Condylostoma Nuclear
 29. Mesodinium Nuclear
 30. Peritrich Nuclear
 31. Blastocrithidia Nuclear

Вот их сколько. И постоянно расшифровывают новые. Все они близки, но кодоны не всегда совпадают по семантике. Диалекты, словом. Так что мой вопрос естественный - у медузы Aequorea victoria с "зеленым гЕном" Таблица кода известна? Иначе как искать коллинеарности?

Таблицы Генетического Кода медузы Aequorea victoria здесь не нашел.

Сообщение было отредактировано Рекрут - 22.06.2019 23:43
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 22.06.2019 23:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #84 множественное цитирование

Из параллельно темы

Ас: нарисуйте эсперимент который подтвердит или опровергнет вашу гипотезу о контекстном кодировании аминокислот..

Ну неужели так сложно .. Что мне самому за вас эту работу делать..

Пишите две версии гена ... с разными кодонами и какие ожидаете измеримые эффекты...

Возьмите в работу именно значимые для активного центра аминокислоты... чтоб сразу видно было светится или не светится.

Простой , изящный эксперимент. Нарисуйте эсперимент который подтвердит или опровергнет вашу гипотезу о контекстном кодировании аминокислот..

Ну неужели так сложно .. Что мне самому за вас эту работу делать..

Пишите две версии гена ... с разными кодонами и какие ожидаете измеримые эффекты...

Возьмите в работу именно значимые для активного центра аминокислоты... чтоб сразу видно было светится или не светится.

Простой , изящный эксперимент.

ПГ: НЕ ПРОСТОЙ. Не говоря уже о том, что таблицы ген. кода этой медузы нет. По крайней мере, я не нашел. Уже без этого ничего не нарисуешь. Но даже если бы была, то см. возникающие проблемы. Повторю их:

Основное уходит от Вас. Написать ДНК последовательность гена не сложно. Ну написал, допустим, и что? Не зная языка генов, логики принятия решения рибосомой как нано биокомпьютером, наверно, вкупе с логикой клетки, которая есть компьютер более высокого ранга... Что я могу предсказать? Пока ничего. Поэтому ограничимся пока скромными, но все таки знаниями, которые позволяют проверить мою гипотезу о некой разумности клеточно-рибосомных актов при биосинтезе белков. При этом я опираюсь на чисто экспериментальные результаты, которые однозначно говорят о квази разумном выборе системы клетка-рибосома-мРНК, выборе нужной аминокислоты (о стопах позже) из двух РАЗНЫХ, которые предоставлены шифровкой сиом кодонов, шифровкой, которая НЕ ОДНОЗНАЧНА (данные Ниренберга и Крика, УФН, 1994г. по сиом кодону UUU. И данными группы Туранова, 2009г., Sciense по сиом кодону UGA). Итак, не тривиальная задачка, скорее всего, в предлагаемом Вами ключе, НЕ РАЗРЕШИМАЯ, отследить не нарушается-ли коллинеарность активной части зеленого гена-мРНК при биосинтезе зеленого белка. При этом надо ориентироваться на таблицу ген. кода именно медузы - производителя зеленого белка, но не на стандартную Таблицу Кода E.coli. Есть таблица ген. кода этой медузы? Уже спрашивал. Допустим, есть. Тогда надо сопоставить Эти Табличные данные с разбивкой мРНК зеленого гена на кодоны (предполагаем, что в зеленой мРНК есть сиом кодоны). Допустим, все получилось по Таблице. Это для моей гипотезы не очень хорошо. Но я не унываю. И говорю: а теперь мы внесем замены в син триплеты в зеленой мРНК, т.е. поменяем ее контекст, ее информ. содержание. И синтезируем белок, и неважно, будет он зеленым или утратит свечение. И секвенируем его, чтобы снова проверить коллинеарность. Есть ВЕРОЯТНОСТЬ, что коллинеарности НЕ БУДУТ ВЕЗДЕ СОБЛЮДАТЬСЯ. Это будет говорить в пользу моей гипотезы. Подчеркну, что недостатком такой схемы будет то, что мы, физически меняя син кодоны, делаем это в слепую, поскольку языка генов и их смыслов мы не знаем.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2019 01:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #85 множественное цитирование

Н у вот опять вы мешаете эзотерику с наукой ... Это неправильная смесь.
В основе науки лежит гипотеза и эксперимент ... Вы от них отказываетесь принципиально , поскольку не знаете как оно устроено ... Ну так наука для этого и появилась из эзотерики и разошлась с ней ... чтоб выяснять механизмы и принципы природных явлений и создавать математические модели их описывающие ..

Сделайте модель контекстного кодирования .. это несложно , но я за вас это делать не буду.. из принципа.

И не вешайте вину на зеленую медузу... Этот ген мною переписан уже в генкоде зеленого растения.. и стоит он под промотором растительного вируса и прекрасно работает именно в зеленых растениях ... уже в 10 видах пробовали и везде работает, он прекрасно известен ... Ищите Арабидопсис кодовую таблицу ... это она и есть... но с моими поправками... от Высшего Разума конечно же.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 23.06.2019 09:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #86 множественное цитирование

Но если Вы точно знаете Таблицу кода сей медузы, то вам должна быть известна покодонная разбивка мРНК этой части гена, ответственной за синтез зеленого белка. И сиквенс этого белка тоже должен быть Вам известен. Тогда дело за малым - проверить коллинеарность мРНК----Зелёный белок. И мы, наконец, получим главный ответ - соблюдается-ли в этом случае коллинеарность.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 23.06.2019 11:35     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #87 множественное цитирование

(Asterix @ 23.06.2019 02:46)
Ссылка на исходное сообщение  Н у вот опять вы мешаете эзотерику с наукой ...  Это  неправильная смесь.
В основе науки лежит  гипотеза  и эксперимент ... Вы от них отказываетесь  принципиально , поскольку не знаете  как оно устроено ...  Ну так наука для этого и появилась из эзотерики и разошлась  с ней ... чтоб выяснять механизмы и принципы  природных явлений  и создавать математические модели  их описывающие ..

ПГ: Не отказываюсь, а обращаюсь к тем, что уже поставила Природа и люди. У Природы можно и нужно взять гены, их мРНК и их продукт - белкИ. Если есть сиквенсы мРНК и Белков, то нужно проверить коллинеарность мРНК---БелкИ. Это уже даст много информации для доказательства моих идей, или их опровержения.
Можно воспользоваться  уже имеющимися и опубликованными результатами (их упоминал) - по обнаружению двойного кодирования сиомами разных аминокислот, когда для правильного синтеза белков необходим мРНК-контектный выбор одной аминокислоты и з двух разных. Важна еще одна публикация. О ней говорил, но подробнее. Это работа Лолли и Прюита.

ОТДЕЛЬНО приведу фрагмент из моей статьи о сиомии ген. кода. См. ниже.

As: Сделайте модель контекстного  кодирования .. это несложно , но я за вас это делать не буду.. из принципа.

И не вешайте вину на зеленую медузу...  Этот ген мною переписан уже  в  генкоде  зеленого растения..  и стоит он под промотором  растительного вируса  и прекрасно работает  именно в  зеленых растениях ...  уже в 10 видах  пробовали  и везде работает, он прекрасно известен  ... Ищите  Арабидопсис кодовую таблицу ... это она и есть... но с моими поправками... от Высшего Разума конечно  же.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 23.06.2019 12:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #88 множественное цитирование

Фрагмент из моей статьи о сиомии ген. кода:

В этом представлении модели генетического кода интересна публикация Лолли и др. https://uwaterloo.ca/biology/people-profiles/susan-j-lolle о возвратной генетике некоторых растений [11]. В этой работе показано, что нет отличий в ДНК последовательностях гена Ler дикого типа и гена HTH мутанта растения Arabidopsis thaliana, отвечающих за прямую связь между биологическими свойствами кутикулы, клеточной адгезией и размножением. арабидопсиса. Авторы пишут: «In every case the sequence of the reverted HTH allele matched the Ler wild-type sequence exactly» (В каждом случае последовательность возвращенного HTH-аллеля точно соответствовала последовательности дикого типа Ler).
Это означает, что Лолли и Прюитт обнаружили эффект возврата к части предковой генетики у Арабидопсиса. Фантастичность этого факта в том, что вернувшийся "дикий" ген и мутантный ген идентичны по последовательностям, что необъяснимо со старых Менделевских позиций. Но это объяснимо с позиций лингвистико-волновой генетики. Почему же один и тот же ген дает разные фенотипические проявления?
Чтобы получить ответ в рамках рассматриваемых коррекций модели белкового кода, необходимо проверить коллинеарности мРНК и их белковых продуктов у дикого и у мутантного генов. Можно предсказать, что последовательности аминокислот продуктов этих генов будут различны. Аминокислотные последовательности будут различаться по аминокислотному составу, поскольку соседствующие ДНК последовательности с 3’ и 5’ концов диких и мутантных генов различны, что даёт вариации контекстов и, соответственно, смыслов одних и тех же кодонов в мРНК диких и мутантных генов. Авторы пишут, что высокий уровень реверсии к дикому типу от мутантного давал на нуклеотидном уровне точный дубликат гена дикого типа, наблюдавшегося в предшествующих поколениях. К сожалению, приводимые авторами последовательности нуклеотидов дикого и мутантного кодирующих участков генома не разделены авторами по кодонам. Но очевидно другое - последовательности ДНК с 3’ и 5’ концов обоих генов различаются, следовательно, контекстуальное содержание их обеих мРНК различно. Это позволяет прогнозировать различающиеся аминокислотные последовательности белковых продуктов обоих «псевдо одинаковых» генов и, естественно, разные морфогенезы кодируемых этими генами областей растения.
Подробный анализ работы Лолли и др. [11], вкупе с исследованием Туранова и др. [4] интересны тем, что их основные результаты подвигают генетику на дополнительные исследования в стратегии генетического кодирования белков. Как видим, тут еще многое надо уточнять. С таких новых позиций в генетике просматриваются возможные угрозы ошибок в рекомбинантных технологиях искусственной гибридизации различных генов, ведущей к семантическому произволу на уровне смыслов мРНК, определяющих выбор и точность кодирования аминокислот и стоп позиций сиом-кодонами. Парадоксальность положения в генетике заключается в том, что за 50 лет существования принятой повсеместно модели белкового кода не проведена масштабная проверка на сотнях белков и со статистикой, проверка коллинеарностей ‘белки --- кодоны мРНК’. Если будут найдены несоответствия стандартной таблице кода для белков E.coli, то это не будет отрицать модель кода М. Ниренберга и Ф. Крика. Это будет означать неисчерпаемость принципов генетического кодирования белков, особенно, в лингвистическом, квази речевом направлении.
Ссылки:
1. Gariaev P.P., 1997, Wave genetic code. Monograph. Institute of Control Sciences of the Russian Academy of Sciences. 107 p. (In Russian).
2. Gariaev P.P., 2009, Linguistic-wave genome. Theory and practice. Monograph. 216 p. (In Russian).
3. Gariaev P.P., 2015, Another Understanding of the Model of Genetic Code Theoretical Analysis. Open Journal of Genetics, 2015, 5, 92-109. Published Online June 2015 in SciRes. http://www.scirp.org/iournal/oigen http://dx.doi.org/10.4236/ojgen.2015.52008 Institute of Quantum Genetics LLC. Moscow, Russia.
4. Turanov A.A. et al., 2009, Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon. Published 9 January 2009, Science 323, 259 (2009). DOI: 10.1126/science.1164748
5. Crick F., 1988, What mad pursuit. A personal view of scientific discovery, p. 90.
6. Lagerkvist U., 1978, “Two out of Three”: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 1978.V. 75. P. 1759-1762.
7. Gariaev P.P., Birshtein B.I., Iarochenko A.M., Marcer P.J., Tertishny G.G., Leonova K.A., Kaempf U., 2001, The DNA-wave biocomputer. “CASYS” – International Journal of Computing Anticipatory Systems (ed. D.M. Dubois), Liege, Belgium, v.10, pp.290-310.
8. Сriсk F., Nierenberg M., 1964. The genetic code. Successes of physical sciences., v.LHHH11. In Russian.
9. Gariaev P., Leonova-Gariaeva E.A., Nonlocal functions of DNA-RNA proteins in brain and Consciousness-Thinking (is being prepared)
10. Rumer Yu.B., 1968, The codification of codons in the genetic code. Reports of the Academy of Sciences of the USSR. (1968) V.183, N 1, P.225-226.
11. Lolle S.J., Jennifer L.V., Young J.M., Pruitt R.E., 2005, Genome-wide non-mendelian inheritance of extra-genomic information in Arabidopsis, Nature, 434:505-09, March 24, 2005.
++++++++++++++++++++
В чем изюминка в работе Лолли и др.? А вот в чем. Мутантный и дикий тип Арабидопсиса имеют один и тот же ген HotHead - нормальный и мутантный, но с одинаковыми ДНК последовательностями, НО дающими совершенно разные морфогенетические проявления!!! Это как же такое может быть? - вскричал старина Мендель. А это новая генетика - отвечаем мы. Именно в этом варианте развития генетических событий происходит перекодировка одного из мутантных кодонов гена HotHead по контекстному механизму. То есть кодон остается одним и тем же, но его смыслы в мутантном и диком типе Арабидопсиса Р АЗЛИЧНЫ!
Это приводит к тому, что мутантный тип Арабидопсиса проводит, казалось бы, немыслимый возврат к нормальному типу. Жаль, что авторы не разобрались с кодонами.
Эта работа говорит о многом, и прежде всего, что таблица ген. кода, с ее 32 сиом-кодонами, ментально динамична. А перекодировки кодонов могут быть управляемыми, если поймём язык генов и смоем управлять транспозициями фрагментов ДНК (транспозонами) и создавать нужные ДНК или РНК контексты. Например, для возврата нормальных смыслов онкогенам. Или создавать нужные контексты для инактивации ретровирусов типа ВИЧ. Инактивировать гены старения и т.д. Кстати, всё это перекликается с известным в эмбриологии т.н. эффектом положения генов в геноме.

Теперь об идее синтеза двух генов. В свете изложенного она не сработает.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2019 15:59     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #89 множественное цитирование

Ну сложно читать когда вы спутываете научные термины и эзотерику..

Вам нужно перевести свою идею о контекстном кодировании аминокислот из разряда эзотерического откровения данного вам свыше в поле смысла науки.

То есть необходима гипотеза и эксперимент . Причем все должно быть просто и наглядно и легко воспроизводимо в любой лаборатории мира.

Как только у вас это получится то вы сразу в дамках , или даже в ферзях.

Поэтому надо поработать на дизайном простого изящного легко воспроизводимого эксперимента.

Рассуждения о разуме Рибосомы, квантовых фантомах и спутанности ДНК всех живых организмов лучше пока убрать... это явно указывает на эзотерическую природу вашей теории. А нам надо сделать ее научным фактом. То есть из холистической сделать детерминистской, как положено в научном методе.

Иначе вы так и останитесь маргиналом -философом рассуждающим о непознаваемости ГенКода.

Эти рассуждения не имеют никакого практического смысла.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2019 16:31     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #90 множественное цитирование

Ну вот вам подсказка ... есть такая аминокислота метионин , у него один единственный кодон, АТГ.. Давайте разрушим фермент который присоединяет метионин к тРНК узнающей этот кодон при синтезе белка и посмотрим как рибосома будет справляться с этой проблемой. Сможет ли она заменить этот кодон на другой , ну на похожий Изолейцин скажем , там и АТЦ, АТА, АТТ.

С точки зрения функции белка этот первый метионин совершенно несущественен и разумная Рибосома должна легко справиться с подобной проблемой. Не помирать же целой клетке из-за подобной мелочи?

Ну принцип понятен? Нужен четкий эксперимент показывающий наличие контекстного Разума у рибосомы.

В случае со стоп-кодонами механизм подобного разума известен , рибосома после стоп кодона идет дальше по РНК и ищет еще одну короткую последовательность которая подтверждает что стоп-кодон настоящий, после чего белок отделяется , если подтверждения нет то белок направляется на деградацию будь он хоть трижды правильный. Поэтому в деле генетической инженерии очень важен терминатор транскрипции который содержит в себе этот сигнал для рибосомы. Ну и промотор тоже важен , он содержит в себе нетранслируемый участок который нужен рибосоме чтобы запустить трансляцию.
Участник оффлайн! vb
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2019 19:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #91 множественное цитирование

(Asterix @ 23.06.2019 14:31)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот вам подсказка ... есть такая аминокислота  метионин , у него один единственный кодон,  АТГ.. Давайте разрушим  фермент  который присоединяет  метионин  к тРНК  узнающей этот кодон  при синтезе белка  и посмотрим как рибосома будет справляться с этой проблемой.  Сможет ли она заменить этот  кодон на другой  , ну на похожий  Изолейцин  скажем , там и  АТЦ, АТА, АТТ.

С точки зрения функции белка  этот  первый метионин  совершенно несущественен  и разумная  Рибосома должна легко справиться  с подобной проблемой.  Не помирать же целой клетке из-за подобной мелочи?

Ну принцип понятен?  Нужен четкий эксперимент  показывающий наличие контекстного Разума у рибосомы.

В случае  со  стоп-кодонами  механизм подобного разума известен ,  рибосома после стоп кодона идет дальше  по  РНК и ищет  еще одну короткую последовательность  которая подтверждает  что стоп-кодон настоящий, после чего белок отделяется , если подтверждения нет то белок направляется  на деградацию  будь он хоть трижды правильный. Поэтому в деле генетической инженерии очень важен терминатор  транскрипции  который содержит  в себе этот  сигнал  для рибосомы. Ну и промотор тоже важен , он содержит в себе нетранслируемый участок  который нужен рибосоме  чтобы запустить трансляцию.


lol.gif lol.gif lol.gif
ты открыл петровичу новые горизонты. щас он сгенерирует очередную порцию разумно-флуктуацоннного бреда и включит туда откровения про промотор и терминатор.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 23.06.2019 20:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #92 множественное цитирование

(Asterix @ 23.06.2019 16:59)
Ссылка на исходное сообщение  Ну  сложно  читать когда вы спутываете  научные термины  и эзотерику..

Вам нужно перевести  свою идею  о контекстном кодировании аминокислот  из  разряда    эзотерического откровения  данного вам свыше  в  поле смысла  науки.

ПГ: никакой эзотерики. Не приписывайте. Просто логика.

То есть необходима  гипотеза  и эксперимент . Причем все должно быть просто  и наглядно  и  легко воспроизводимо  в любой лаборатории мира.

ПГ: Оно бы хорошо бы, да не по рту кусок. Так и будет сложно, а не просто, поскольку не знаем язык генов. Это, надеюсь, уяснили. Вы не понимаете, что экспериментальных результатов, в рамках ваших трактовок никто не получит.  Надо  управлять (но рановато) транспозонами = контекстами, только тогда высветится механизм перекодировок, общие черты которых дал и опубликовал. Эти 2 статьи массово скачивают, но воспринимаются они с трудом, как Вами, например. Ведь вы же по этим статьям ничего возразить не можете, всё эзотерику там ищете, как прошлогодний снег в июле.

Ас: Как только у вас это получится  то вы сразу в дамках , или даже в ферзях.
Поэтому надо поработать на дизайном простого изящного  легко воспроизводимого  эксперимента.

ПГ: Пока не поймем азы смыслов генных текстов, никакой дизайн не возможен. Пока можно искать только нарушения коллинеарностей в дублях мРНК----кодоны белков. Или
ловить эффекты возвратов от мутантных генов к нормальным на уровне виртуальный перекодировок смыслов сиом кодонов, как это было в цитированной статье Лолли и соавт. или искать случаи двойного неоднозначного кодирования, как в статье Туранова и соавт.

Ас: Рассуждения о разуме Рибосомы, квантовых фантомах  и спутанности  ДНК всех живых организмов лучше пока убрать...  это явно указывает на эзотерическую природу вашей теории. 

ПГ: Тогда уберите идеи квантовой нелокальности в теор. физике вместе с их автором - Эйнштейном.

Ас: А нам надо сделать ее научным фактом.  То есть из холистической  сделать  детерминистской, как положено  в научном методе.

ПГ: Так мы и получаем научные факты и анализируем аналогичные, полученные независимо, что цитировал. Вы с ними ознакомились?

Ас: Иначе вы так и останитесь маргиналом -философом рассуждающим о непознаваемости  ГенКода.

ПГ: Грубовато. Но понимаю, Вам надо как-то компенсировать не усвоение  наступающей новой генетики.

Ас: Эти рассуждения не имеют никакого практического смысла.

ПГ: Мы подтверждаем наши идеи практикой. Ссылки давал. Дам и еще, если хотите. В личку. Сюда не крепится, слишком большой объём.


Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2019 20:22     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #93 множественное цитирование

ты открыл петровичу новые горизонты...

Ну так я же вижу как он учится в процессе образовательной беседы ... да он постоянно включает новые элементы в свою теорию.. И это хорошо... По сравнению с тем что было в начале , когда он только еще приступал к служению Люциферу, - огромный прогресс наблюдается.

Еще немного усилий и будет статья в Натуре... Дайте срок.. До Апреля еще куча времени.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2019 20:32     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #94 множественное цитирование

Петровичь , я вас именно прошу подтвердить ваши идеи практическим экспериментом, который по вашей логике просто невозможен в силу непостижимости замысла главного генного инженера - Бога.

нам нужен простой изящный експеримент с кучей контролей ... иначе мы в приличном журнале вроде Натуры это не опубликуем.

Вы же претендуете на Новую Генетику .. а это уровень [Nature and Science and Cell] Давайте уж соотвествовать требованиям.

Вы же сами понимаете что Бюллетень Екпериментальной Медицины и Биологии публикует сплошной мусор научный, ему доверия нет . Я там тоже публиковался ... стыдно вспомнить. три старушки за компьютерами сидят и ничего более них за душой нет .
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 23.06.2019 20:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #95 множественное цитирование

И не надо ссылаться на вульгарные интерпретации квантовой механики и применять их к биологии ... Это не научно. Это непрофессиональный язык.

Там есть прекрасный и логично выстроенный математический аппарат и модели которые описывают реальность в такой степени что на этих описаниях построена целая индустрия электроники и космоса.

Когда эти модели начинают интерпретировать простым человеческим языком для непосвященных в тайны математики - начинается всякая чушь вроде дуализма волна-частица и квантовой нелокальности ... Эти идеи заимствоиваны в эзотерике , поскольку так проще , хоть что-то можно обьяснить. По крайней мере оно выглядит более человечно.

У вас нет новой модели Генетического Кода ... так вот сделайте, и давайте ее проверять, экспериментальным научным путем.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 23.06.2019 20:49     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #96 множественное цитирование

(Asterix @ 23.06.2019 17:31)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот вам подсказка ... есть такая аминокислота  метионин , у него один единственный кодон,  АТГ.. Давайте разрушим  фермент  который присоединяет  метионин  к тРНК  узнающей этот кодон  при синтезе белка  и посмотрим как рибосома будет справляться с этой проблемой.  Сможет ли она заменить этот  кодон на другой  , ну на похожий  Изолейцин  скажем , там и  АТЦ, АТА, АТТ.

ПГ: Ну вот видите, сразу обнаруживается Ваше непонимание. Кодирование метионина осуществляется одним из сиом кодонов семейства АТ, а именно  АТГ.  Чтобы убедиться в способности рибосомы к виртуальной перекодировке, надо поступить изящнее - заменить АТГ на  АТЦ или АТА или АТТ, то есть поменять на вируально вобулирующий (по Ф.Крику) 3'-нуклеотид - Г на нуклеотиды Ц, А, Т. В таком раскладе рибосома должна будет воспринимать  эти кодоны как шифрующие изолейцин.Так? Так. Но рибосоме, прочитавшей контекст мРНК, это явно не понравится, контекст, который говорит - нужен нуклеотид Г и только Г. И тогда рибосома ВИРТУАЛЬНО заменяет обозначения Ц, А, Т на Г. И включает в растущую цепь пептида МЕТИОНИН. Ошибка исправлена. Как втом примере записки: "Маша, я забыл коГ своего компа. Помоги вспомнить." Маша читает и понимает, что в слове коГ надо мысленно (виртуально) заменить Г на Д. Вот и вся премудрость лингвистики генома.

Ас: С точки зрения функции белка  этот  первый метионин  совершенно несущественен  и разумная  Рибосома должна легко справиться  с подобной проблемой.  Не помирать же целой клетке из-за подобной мелочи?
Ну принцип понятен?  Нужен четкий эксперимент  показывающий наличие контекстного Разума у рибосомы.

ПГ: Я его и описал.

Ас: В случае  со  стоп-кодонами  механизм подобного разума известен ,  рибосома после стоп кодона идет дальше  по  РНК и ищет  еще одну короткую последовательность  которая подтверждает  что стоп-кодон настоящий, после чего белок отделяется , если подтверждения нет то белок направляется  на деградацию  будь он хоть трижды правильный. Поэтому в деле генетической инженерии очень важен терминатор  транскрипции  который содержит  в себе этот  сигнал  для рибосомы. Ну и промотор тоже важен , он содержит в себе нетранслируемый участок  который нужен рибосоме  чтобы запустить трансляцию.

ПГ: Видите, опять текст-подтверждение нужен. Типа: "валяй, останавливай синтез" smile.gif
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 23.06.2019 21:58     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #97 множественное цитирование

(Asterix @ 23.06.2019 21:32)
Ссылка на исходное сообщение  Петровичь , я вас именно прошу подтвердить ваши идеи практическим экспериментом, который по вашей логике просто невозможен в силу непостижимости замысла  главного генного инженера  -  Бога.

ПГ: Почему невозможен. Получали же люди, не слабые люди, И результаты не слабые. Приводил. Но Вы их как бы не замечаете. Они, правда, от этого не исчезают.

Ас: нам нужен простой изящный експеримент  с кучей контролей  ... иначе мы в приличном журнале  вроде  Натуры  это не опубликуем.

ПГ: Вот в Натуре и опубликованы результаты по гену HotHead. И давненько о них тут говорил. Так что просто развиваю те идеи, которые еще в 1997г. опубликовал в монографии "Волновой генетический код". Идеи о двукратной вырожденности ген. кода.

Ас: Вы же претендуете на Новую Генетику .. а это уровень  [Nature  and  Science  and Cell]  Давайте уж соотвествовать требованиям.

ПГ: Вот и поставьте эксперимент с кодоном Метионина. И разберитесь с кодированием Лейцина. Будет еще пара доказательств в пользу новой генетики.

Ас: Вы же сами понимаете что Бюллетень Екпериментальной Медицины и Биологии публикует сплошной мусор научный, ему доверия нет . Я там тоже публиковался ... стыдно вспомнить.  три  старушки за компьютерами сидят  и ничего более них за душой нет .

ПГ: Это старая песня. Истина не зависит от места публикации. Кстати, Open.J. of Genetics, где опубликовал последние две статьи, приличный журнал. Просят прислать еще в том же направлении сиомии ген. кода. Написал, отослал, но в другой журнал, где включил вероятностную модель в функциях генома.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 23.06.2019 22:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #98 множественное цитирование

(Asterix @ 23.06.2019 21:45)
Ссылка на исходное сообщение  И не надо ссылаться на вульгарные интерпретации квантовой механики  и применять их к биологии ... Это не научно.  Это  непрофессиональный язык.

ПГ: Вы бы, как не профи в квант. физике, не трогали бы её...

Ас: Там есть прекрасный и логично выстроенный математический аппарат  и модели которые описывают реальность  в такой степени  что на этих описаниях построена целая индустрия  электроники  и космоса.

ПГ: Рекомендовал уже моногр. С.И.Доронина, специалиста по квантовому компьютингу, под названием "Квантовая магия". Там бы увидели как сливается кв. физика с эзотерикой, но на пользу дела, а не демонов. Есть в сети.

Ас: Когда эти модели начинают  интерпретировать  простым человеческим языком  для непосвященных  в тайны математики    - начинается всякая чушь  вроде дуализма  волна-частица  и квантовой нелокальности  ...  Эти идеи  заимствоиваны в эзотерике , поскольку так проще , хоть что-то можно обьяснить. По крайней мере оно выглядит  более человечно.

ПГ: Не мудрите, уже отвечал на это.

Ас: У вас нет новой модели Генетического  Кода ...  так вот сделайте,  и давайте ее проверять, экспериментальным  научным путем.

ПГ: Уже приводил и наши экспер-ты, и независимые. Без толку. Ни объяснить их не можете, ни опровергнуть. Зашли в тупик.
Участник оффлайн! Asterix
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 24.06.2019 03:04     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #99 множественное цитирование

Ну вот уже хоть что-то у вас стало получаться , наконец-то ..

То есть вы предлагаете заменить в гене зеленого флюоресцентного белка первый кодон метионина на один из его сиомкодонов изолейцин и утверждаете что рибосома обнаружит проблему, найдет решение исходя из контекста РНК , что это должен быть первый метионин белка и поставит туда именно метионин а не изолейцин? И далее просто прочтет всю рамку как обычно. И такой мутантный ген будет давать белок который будет светиться как и обычно?

Ну что ж , это будет явно необьяснимо с позиций классического кода.. Метионин в одной позиции , а именно в самой первой кодируется изолейцином и вполне может принести вашей теории признание в Натуре.

Вот это уже будет не эзотерика, а наука.
Участник оффлайн! Рекрут




 прочитанное сообщение 24.06.2019 08:50     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail

Рамка считывания зеленой мРНК разбита покодонно? Если это сделали, дайте ссылку, пожалуйста.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Беседа · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 01:03
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft