 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* аферисты от медицины -- О тестировании на Ковид19 --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 AsterixПостоянный участник  |
 24.05.2020 12:25
аферисты от медицины Alexandra Novoselova #коронавирус Глядя на то, какими бешеными темпами растут цифры тестируемых на covid-19 в нашей стране, я хотела бы обсудить с уважаемыми читателями вопрос, который может быть покажется вначале неожиданным: А на что НА САМОМ ДЕЛЕ мы тестируем наших граждан? И почему результаты тестирования на covid-19 так идеально совпадают с давно известными сведениями из учебника о широкой распространенности обычной коронавирусной инфекции в структуре всех ОРВИ ( от 4 до 9%), о чем я уже несколько раз писала в своих предыдущих публикациях. Ни одна инфекция ранее, даже внесенная в тот же список болезней, что и covid -19 ( опасных для общественного здоровья) -,не удостаивалась такого внимания. В этом можно убедиться, заглянув в перечень Тестирование на предмет инфицирования или заболевания ( что не одно и то же) проводилось ранее только по факту самостоятельного обращения человека за медицинской помощью, и чаще всего - на госпитальном этапе. На догоспитальном этапе никто за пациентами не бегал и принудительно без повода не принуждал провериться ни на гельминтозы, ни на ВИЧ. Достоверно известно, что количество обследованных на коронавирус в наше время многократно превышает количество обследованных на любую из инфекций когда-то в прошлые годы. При этом подход к обследованию беспрецедентный - тестируют массово не только заболевших и контактных, но и тех, кто вообще не имеет никакого отношения как к первым, так и ко вторым. Некоторые работодатели требуют от сотрудников прохождения тестирования под угрозой увольнения, тестируются хирургические пациенты, тестируются закрытые социальные группы, в т.ч. пациенты психоневрологических интернатов, тестируются курсанты военных учебных заведений, тестируются насельники монастырей, идут подомовые обходы с целью тестирования жителей в сельской местности и т. д. При этом рост числа положительных по ковиду - прямо пропорционален росту числа обследованных, несмотря на то что качество тест-систем неоднократно подвергалось специалистами сомнению. Тестирование происходит под лозунгом спасения всех остальных пока еще здоровых - путем выявления и изоляции максимального количества инфицированных, которым немедленно присваивается статус заболевших. Доктора знают, что слияние смыслов «инфицированный» и «заболевший» есть абсолютная ложь: далеко не у всех инфицированных развивается заболевание, у некоторых лиц вирусные инфекции приобретают форму персистенции ( постоянного присутствия без достаточного для развития болезни размножения и атаки на органы) или иммунная система человека справляется и элиминирует проникший в клетки вирус без всяких последствий. Обнаружение у 80% и более из числа протестированных лиц бессимптомного носительства или легких форм заболевания covid-19, заканчивающихся самостоятельным выздоровлением - это СРАЗУ характеристика инфекции, которая никак не может находиться в списке опасных. Потому, что опасность инфекции — это ее способность вызывать явные, тяжелые поражения органов и тканей у АБСОЛЮТНОГО БОЛЬШИНСТВА инфицированных. Т.е. при опасной инфекции 80% и более инфицированных не могут оказать сопротивление болезни и тяжело заболевают, а не живут обычной жизнью, без выраженной реакции на инфекцию со стороны организма. Клиническая же картина легких случаев covid-19 и давно известной коронавирусной инфекции тогда и сейчас различий не имеет: обычная простуда, иногда с поражениями желудочно-кишечного тракта в виде легкого расстройства стула. Лечение у большинства острых респираторных вирусных инфекций также одинаковое, т. е. симптоматическое. И потому с экономической точки зрения ранее не было никакой целесообразности вдаваться в детальные подробности состава группы ОРВИ и целенаправленно проводить поиск той группы возбудителей , о которых было известно что они существуют и находятся в подгруппе «другие». До тех пор, пока ВОЗ не закричал на весь мир, что появился новый вирус, угрожающий всему человечеству, вызывающий некие особенные тяжелые поражения легких. Первый раз это произошло в 2003 году, и тогда не случилось аферы в мировом масштабе и мирового экономического коллапса. В первую очередь потому, что национальные системы здравоохранения многих государств тогда были еще достаточно независимы. Это обеспечивало получение объективной информации о новом возбудителе, т. к. в алгоритме исследования использовали давно отработанные, гарантирующие объективный результат, трехступенчатые методы лабораторной диагностики. Подробнее о событиях 2003 года я напишу в следующий раз, настоящая публикация посвящена методам диагностики covid-2019. Семейство Coronaviridae широко распространены в природе, это более 40 видов РНК-вирусов, они поражают животных, насекомых, растения и даже грибы. У коронавирусов существует семь основных типов, которые патогенны для человека. Из них четыре — обычные респираторные вирусы, заканчивающиеся легкими симптомами простуды. И три выделенных недавно, известный SARS-CoV 2002 года (ТОРС-тяжелый острый респираторный синдром), MERS ( ближневосточный респираторный синдром), и SARS-CoV-2 ( ковид), с которым мы имеем дело сейчас. Коронавирусную инфекцию открыли в 1960-х годах прошлого века как респираторный вирус. С тех пор ни для кого не секрет, что четыре штамма этого вируса все прошлые годы вызывали сезонную острую респираторную инфекцию. Очевидно, что очень многие люди когда-нибудь заражались и переболевали одним из них. Также очевидно, что и как для большинства возбудителей ОРВИ, коронавирусной инфекции присуща латентная персистенция в носоглотке у некоторого % населения. Роль персистенции у носителей респираторных вирусов в эпидемиологическом смысле всегда считалась крайне небольшой и недоказанной в отношении сезонных вспышек. Значительно бОльшую роль играли благоприятные для респираторных вирусов климатические условия в холодное время года и ослабление иммунитета человека в соответствующий период. Какая же особенность ковидной инфекции вызвала переполох? В своих рекомендациях ВОЗ ( и переписанные с нее калькой рекомендации нашего Минздрава) вплоть до середины марта с.г. упирали на то, что ковид вызывает «типичные изменения в легких». До такой степени типичные, что даже отсутствие лабораторного подтверждения ввиду несовершенства систем тестирования дает основания клинической комиссии выносить диагноз « COVID». О несовершенстве тестирования пишет сама ВОЗ и ее транслируют наши СМИ ). Все пневмонии ( не только вирусные, но и бактериальные, осложнившие вирусные) полетели в ковидную статистику. Главные рентгенологи и пульмонологи немедленно создали методические образовательные программы, обучающие врачей распознавать ковид по КТ-снимкам. Однако, начались высказывания специалистов в соцсетях, и публикации в западной прессе о том, что те изменения, которые считались «типичными» для ковида, на самом деле обнаруживаются при целом ряде других заболеваний. О чем также за последние тройку десятилетий написана не одна и не две диссертации. Радиологическое общество Северной Америки (RSNA) опубликовало статью о корреляции КТ грудной клетки и ПЦР при covid-19, в результате чего Центр по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) вынес резюме: «...Ни одно исследование ещё не подтвердило точность и дискриминационную ценность компьютерных томографий, чтобы отличить COVID от других вирусных пневмоний. Поэтому CDC не рекомендует КТ для первоначального скрининга, как подчёркивалось ранее. Лица с подозрением на COVID должны проходить ПЦР-тест, который является наиболее специфическим тестом ...» ВОЗ , ничтоже сумняшись, что немалое количество пациентов с нековидными пневмониями были расценены по их же рекомендации как ковидные, а соответственно — к таким пациентам были применены и ранняя ИВЛ, и активная стероидная и иммунодепрессивная терапия ( что с моей точки зрения и являлось причиной высокой летальности, т. к. любой студент 4-5 курса мединститута знает исход стероидной и иммунодепрессивной фармакотерапии острых вирусных респираторных заболеваний) — спустя полтора месяца переписывает рекомендации. Вслед за ним обновляет рекомендации и наш Минздрав. КТ-диагностика больше не является ведущим методом, на арену выходит «наше все» — метод ПЦР. Но ВОЗ точно знает нюансы метода ПЦР, которым она рекомендует диагностировать коивдную инфекцию, т. к. отдельно разъясняет: « ...Поскольку существует много типов коронавирусов, рекомендуется не использовать термин «коронавирус» вместо COVID-19. Это помогает уменьшить неопределенность для классификации или кодирования заболевания...» Другими словами ВОЗ как бы говорит : мы знаем какой результат вам даст ПЦР, поэтому давайте заранее договоримся считать этот результат — подтверждением ковидной инфекции. Так что же на самом деле имел ввиду ВОЗ, упреждая вопросы по результатам тестирования? Давайте вспомним об акутальных на сегодняшний день методах диагностики огромного количества вирусных инфекций, которые десятилетиями пользовались и продолжают пользоваться все лаборатории для известных нам кори, краснухи, ветряной оспы, гриппа, полиомиелита, гепатитов В и С, ВИЧ-инфекции и других вирусных болезней - и которыми ВОЗ и наш Минздрав почему-то прямо НЕ РЕКОМЕНДОВАЛИ пользоваться при лабораторной диагностике COVID-19. С чем связана такая исключительность? Совершенно точно что «Методические рекомендации для лабораторной диагностики covid-19» удивительно сильно урезаны даже в сравнении с аналогичными рекомендациями по диагностике его ближайшего родственника SARS 2003 года. Хотя мы постоянно слышим от официальных медицинских чиновников и ученых - как похожи эти инфекции и как нам повезло, что патогенность и летальность ковида намного ниже, чем у его родственника. Более того, нынешние рекомендации по ковиду создают такие условия работы с клиническим материалом, полученным от пациента, что провести лабораторную диагностику ковидной инфекции по стандартной схеме, в том числе дифференцировать возбудитель covid-19 с другими бактериальными инфекциями, которые чаще всего по статистике вызывают тяжелые пневмонии, становится крайне затруднительно или вообще невозможно. В частности, у большинства пациентов с внебольничными пневмониями (ВБП) наиболее частыми возбудителями являются - Streptococcus pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae ( микоплазменная пневмония давно гуляет по разным регионам РФ, вызывая вспышки с 2012 года ), Chlamydia pneumoniae, Haemophilus influenzae ( пневмония курильщиков и больных ХОБЛ) и другие возбудители. Также есть категории больных с микозами легких, получающие иммуносупрессивную терапию. Можно ли их обнаружить, следуя рекомендациям Минздрава по дифдиагностике ВБП , если биологический материал от пациента, пригодный к проведению иследования методом бактериологического посева, в Приложении № 3 «Временных методических рекомендаций по covid-19» предлагается при отборе помещать в среду, содержащую противогрибковые и антибактериальные препараты - ? Можно ли что-то высеять и обнаружить рост микроорганизмов после такой предварительной обработки - вопрос, полагаю, риторический... А ведь многие вышеперечисленные возбудители дают чрезвычайно похожую клиническую и рентгенологическую картину заболевания пневмонией, отличить их помогают только методы лабораторной диагностики. Итак, порядок диагностики любой инфекционной патологии определен СанПином — санитарно-эпидемиологическими правилами. Это нормативный акт, обязательный к исполнению в т.ч. лабораторной службой. Он определяет способы и методы диагностики конкретной инфекции, а также как отличить ее от других инфекций - так называемый дифференциальный диагноз. Ни одна, даже давно известная инфекция, не ограничивалась в своей диагностике только одним СКРИНИНГОВЫМ методом ПЦР. Речь не только о верификации диагноза, но и об установлении периода болезни. Ведь каждый из этапов заболевания имеет свои особенности и нередко при отрицательном ПЦР - в крови пациента обнаруживаются антитела, когда вирус из организма элиминировался, а следы иммунного ответа — остались. Стандартные требования лабораторной диагностики инфекции включают кроме ПЦР еще обязательное серологическое и вирусологическое подтверждение. Т.е. есть метод обнаружения генетического материала возбудителя ( ПЦР), есть метод исследования ответа организма на инфекцию ( обнаружение в крови антител, синтезируемых иммунной системой в ответ на заражение) и есть крайне важный метод — ВЫДЕЛЕНИЕ САМОГО ВИРУСА. Только на самом деле убедившись в реальном существовании патогена , образно говоря — увидав его в микроскоп и «пощупав руками» - заразив им культуру клеток и лабораторных животных, можно ответит на вопрос : КТО ЭТО, т. е. произвести ИДЕНТИФИКАЦИЮ возбудителя. Никакие из любых других методов лабораторной диагностики такой возможности не дают. Тут уместно вспомнить нашумевший конфуз исследователей смывов с кают лайнера Diamond Princess «Бриллиантовая принцесса», первого международного обсерватора по covid-19. Тогда методом ПЦР в смывах с поверхностей помещений, где проживали зараженные, были обнаружены «осколки» вирусного генома, из чего был сделан вывод о живучести вируса на поверхностях до 28 дней. Однако, довольно быстро микробиологи уточнили, что речь идет не об обнаружении вируса как полноценного живого агента, способного заражать и размножаться, а лишь о генетическом материале, кусочках генома, отражающим следы пребывания вируса в помещении. В комментариях к моей прошлой публикации многие клиницисты спорили с тем, что культуральные методы выделения вируса якобы давно канули в прошлое, не являются рутинными и для постановки диагноза врачам не нужно дожидаться, чтобы лаборатория из материала пациента выделила вирус. Однако, такая точка зрения клиницистов отражает лишь их незнание ЭПИДЕМИЧЕСКИХ нормативов наблюдения за инфекциями. ВСЕ пробы от пациентов должны поступать в лаборатории Роспотребнадзора в порядке эпиднадзора. Причем не только от медицинской, но и от ветеринарной служб, если речь идет о зооантропонозах ( болезнях, которыми человек заражается от животных). Для ветеринарной службы вообще имеется сезонный календарь наблюдений и график отправки проб на ту или иную инфекцию вне всяких вспышек. Также пробы параллельно отбираются не только от пациентов, но и из окружающей среды, если распространение инфекции связано с водой, почвой, пищевыми продуктами и т. д. Желающие могут ознакомиться с презентацией на эту тему по ссылке |
|
Asterix Постоянный участник |
24.05.2020 12:25
Такое количество проб можно получить только на потоке, при систематическом отборе биологического материала. Клиицисты также подзабыли то, что при всех очевидных симптомах того же гриппа, диагноз «грипп» в эпидемию выносится только после объявления эпидемии Роспотребнадзором. Таким образом, именно Роспотребнадзор формально удостоверяет, что симптомы текущей респираторной инфекции массово вызваны именно этим вирусом, причем конкретным его штаммом. Так что для клиницистов для постановки диагноза культуральный метод может и не нужен, а для эпиднадзора остается актуальным по сию пору. Культуральный метод исследования не зря назван «золотым стандартом» вирусологической диагностики: он незаменим не только для отслеживания мутаций в т.ч. для актуализации производства вакцин и создания банка данных по штаммам патогенов. Он необходим для наблюдений за патогенными свойствами вируса : ведь только с использованием культуры клеток и заражением лабораторных животных можно изучать тропизм вируса к определенным тканям ( какой орган вирус выбирает своей мишенью), от чего зависит патогенность и наблюдать за изменениями зараженных клеток - соответственно выявлять разные формы одной и той же инфекции. Это дает врачам информацию о том, как изменяется симптоматика заболевания, какие новые органы и системы будут вовлечены в патологический процесс, особенно при мутациях вируса, и помогает поставить диагноз когда симптомы болезни изменяются. А еще выделение вируса небходимо для создания ПЦР-тестов лабораторной диагностики инфекции, точнее их верификации и стандартизации. Разработчику теста ПЦР-диагностики любой инфекции необходим биологический материал для создания так называемого контрольного образца, по которому тестируется система. Контрольные образцы содержат изоляты вируса — выделенные и выращенные отдельно от организма больного, т.е. необходимо убедиться в том, что наличие конкретного возбудителя в этом биоматериале подтверждено не только косвенно, но и прямым культуральным методом. Окончательным доказательством этиологической роли выделенного вируса в заболевании является положительная биопроба: заражение выделенным вирусом лабораторного животного, восприимчивого к данной инфекции. Заражение животных происходит ввиду перекрестной восприимчивости к вирусам одного вида у некоторых животных и у человека. Однако, животное — тупиковый для вируса путь, и стать элементом эпидемической цепочки, заражать дальше человека и других животных — не может. Именно животные становятся моделью как для изучения свойств вируса, так и при разработке вакцин. Вирусам свойственна видовая специфичность, т. е. каждый биологический вид в природе болеет своим типом вируса одно и того же семейства. Особенно актуальным становится требование выделения самого вируса при создании лабораторных тестов по совершенно новой, ранее не исследованной инфекции. Но почему-то в «Инструкции по проведению этиологической лабораторной диагностики» в версии от 28.04.2020 Временных методических рекомендаций Минздрава по covid-19 нет ни одного слова о выделении вируса SARS CoV-2 как доказательства его существования у пациента. Казалось бы, все лаборатории Роспотребнадзора должны были броситься искать вирус, выяснять и доказывать, что именно им вызваны все похожие пневмонии у пациентов, которым поставлен диагноз covid-19. Ведь у нас нет недостатка в заболевших — материала от больных бери-не хочу. А на деле получилось, что отдан приказ - НЕ ИСКАТЬ. И к этому приказу есть железное обоснование: вирус SARS CoV-2 отнесен к группе I-II патогенности микроорганизмов, т. е. к группе особо опасных и высококонтагиозных эпидемических заболеваний. Работа по выделению таких возбудителей разрешена только Центрам специальной лабораторной диагностики особо опасных инфекционных заболеваний, к коим отнесен новосибирский «Вектор», НИИ Минобороны в Загорске (ныне Сергиевом Посаде) и его филиалы. Всем остальным лабораториям разрешены тесты ПЦР и серология, т. е. работать с материалом от больных можно, а выделять вирус — нельзя. Логика, не поддающаяся разумному объяснению с эпидемической точки зрения. Кстати, как и требование всем одеть маски, накашлять в них — и выбросить куда угодно, вплоть до мусорной урны, откуда порывами ветра особо опасный биоматериал на бумажном листочке разнесется по городу куда дальше, чем на 1,5 метра т. н. «социальной дистанции». Поразительно, что ковид продолжает оставаться в этом списке инфекций, особо опасных для лабораторной работы, несмотря на подтвержденное абсолютное число бессимптомных и легко болеющих этим заболеванием. Однако, его родственник SARS CoV-1 в 2002-2003 г.г. на самом деле уносил жизни каждого десятого заболевшего. Давайте сравним требования к лабораторной диагностике этой инфекции в 2004 году от Минздрава РФ с нынешней диагностикой covid-19. Департамент Госсанэпиднадзора Минздрава РФ в документе от 03.05.2003 «Временные методические рекомендации по лабораторной диагностике "атипичной пневмонии" (SARS) методом ПЦР" и в документе от 04.03.2004 г. в Методических указаниях 1.3.1877-04 о «Порядке сбора и проведения лабораторного анализа биологического материала от больных (и умерших) пациентов с подозрением на тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС)» - рассказывает о том, что пробы от больных нужно исследовать методом ПЦР. Однако, не просто одним мазком из носоглотки, как нынче по ковиду - отправляя всех по одному и тому же результату в «заболевшие», а рекомендует использовать как минимум ТРИ ВИДА клинического материала: мазок из носоглотки (или смыв из носоглотки), мокроту и фекалии. Дополнительно также может быть исследована плазма крови. Каждую пробу клинического материала тестируют ТРЕХКРАТНО. Т.е. всего 9 тестов ПЦР на одного исследуемого. Далее, рекомендации содержат указания о серологических методах обнаружения в крови пациента антител к вирусу: исследование методом ИФА с тестированием сывороток, взятых на 10, 20 и 30 дни заболевания. Результат считают положительным при выявлении СЕРОКОНВЕРСИИ ( смена отрицательного результата на положительный) или УВЕЛИЧЕНИИ ТИТРА антител в фазе реконвалесценции не менее чем в 4 раза по сравнению с острой фазой. А отнюдь не однократное получение IgG на коронавирус у исследуемого, как это предлагается сейчас. И если какое-то из исследований дало положительный результат на этапе верификации — пробы отправляют в ЦСДЛ для проведения ВИРУСОЛОГИЧЕСКОГО исследования. Потому что (цитата): « полученный методом ПЦР положительный результат с одной или с двумя парами праймеров не является безусловным доказательством наличия вируса SARS, а проба от данного больного подлежит направлению в специализированный центр для проведения подтверждающего анализа». Можно сказать — образцовые научно-практические рекомендации. То что очевидно следует делать при диагностике новой инфекции. Почему же они не повторились дословно в случае с covid-19 - ? Ответ очень прост. Для изучения ТОРС ( он же SARS CoV-1) были привлечены 13 лабораторий из 9 стран для проведения объединённых исследований этого заболевания. В качестве приоритетных задач ставилось определение этиологического агента, и затем на основании этого – разработка диагностических тест-систем. 16 апреля 2003 года ВОЗ было объявлено, что этиологическим агентом "атипичной пневмонии" является новый патоген, вирус SARS относящийся к семейству коронавирусов, но не родственный ни одному из известных штаммов этого вируса . В результате тесного сотрудничества ученых из лабораторий разных стран , начатые работы по диагностике возбудителя очень быстро выявили НЕСООТВЕТСТВИЯ между результатами, полученными Канадской национальной микробиологической лабораторией и Гонконгской группой исследователей. Так, по данным китайских ученых в 90 % вероятных случаев ТОРС (SARS) присутствовал SARS-связанный коронавирус, при отсутствии его следов у здоровых лиц контрольной группы. Ни одна из проб секрета дыхательных путей, взятых от пациентов с другими респираторными заболеваниями, не содержала РНК коронавируса, и ни один из 200 образцов сывороток, взятых от доноров крови, не содержал сывороточных антител к этому новому коронавирусу. Напротив, по данным канадской группы SARS-связанный коронавирус выявлялся приблизительно у 20 % из 250 человек без подозрения на ТОРС (SARS), которые были протестированы, так как они приехали в Канаду из зараженных областей Азии или имели незначительные симптомы, которые не считались симптомами ТОРС (SARS). И у чуть менее чем половины заболевших в 4 госпиталях Торонто SARS-связанный коронавирус НЕ выявлялся, при очевидных клинических признаках атипичной пневмонии Возникла необходимость срочно объяснить это несоответствие, так как оно ставило под сомнение чувствительность, специфичность и уместность применяемых диагностических ПЦР тестов. Потому что вирусов, вызывающих острую пневмонию, известно не так уж мало: это и РСВ, и хантавирусы, и аденовирусы и др. Возбудителями пневмонии могут быть также грибы и бактерии, а, кроме того, в разных странах роль этих возбудителей в этиологии ТОРС может быть разной. При доказательстве этиологической роли коронавируса SARS как возбудителя "атипичной пневмонии" - все исследования в 13 лабораториях проводились с учетом модифицированных для вирусных инфекций постулатов Коха: возбудитель должен обнаруживаться у всех больных с данным заболеванием; он должен быть выделен у пациента и культивирован в чистой культуре, и инфекционный материал должен воспроизводить болезнь у других организмов, с подъемом уровня специфических антител после заражения. И на этом этапе исследование забуксовало. Грубо говоря, независимые исследователи сообщили о том, что коронавирус выявляется тогда, когда человек клинически ничем не болен. И наоборот, не выявляется в пробах от клинически больных атипичной пневмонией. И что в материале от пациентов был такой набор разных патогенов, что вообще трудно было понять — какой из них послужил причиной пневмонии, которую считают «атипичной». Удивительно похожая ситуация в настоящее время с covid-2019, не находите? ВОЗ вынуждена была заявить, что до тех пор, пока эти тесты не пройдут соответствующие полевые испытания, и их надежность не будет доказана, диагностика ТОРС (SARS) будет продолжать зависеть от клинических данных, подтверждающих, что атипичная пневмония не вызвана какой-либо другой причиной и контактом с пациентом, больным SARS. Для улучшения процесса тестирования ТОРС (SARS) ВОЗ рекомендовало клиницистам проводить последовательный сбор образцов материала от пациентов с ТОРС (SARS) и сохранять их для тестирования до того момента, «когда станут доступными надежные диагностические тесты». ВОЗ также отмечала, что имеется ряд лабораторных тестов, с помощью которых можно выявить, какой вирус является причиной заболевания у человека. Однако все эти тесты имеют «определенные ограничения для использования в случае необходимости ДОСТОВЕРНОГО контроля ситуации с ТОРС (SARS)».https://www.who.int/csr/sars/testing2003_04_18/en/ Т.е. семейство вируса обнаружить можем, а тип и штамм — увы, нет. Именно с проблемой выделения вируса и секвенирования его генома были связаны такие долгие попытки создать ПЦР-тесты для SARS, хотя согласно официальному отчету института Beijing Genomics Китайской академии наук, SARS вирус «очень быстро мутирует», и потому так трудно создать точные диагностические тесты Таким образом, уже по опыту работы с атипичной пневмонией, вызванной SARS CoV-1 в 2003 году стало понятно, что диагностика методом ПЦР не является универсальным достоверным методом. Потому что помимо стандартных требований к материалу от больного и условиям работы с ним в лаборатории, проблема вызвана серьезными трудностями работы молекулярных биологов по поиску того самого заветного участка генома изменчивого вируса, который будет положен в основу метода ПЦР. В материалах доклада о разработке и апробации российской тест-системы для выявления РНК коронавируса, вызывающего ТОРС, опубликованного в «Терапевтическом архиве» №4 2004 г. говорится, что биоматериал с выделенным вирусом от ЕДИНСТВЕННОГО пациента из лечебного учреждения Пекина был любезно предоставлен Военно-медицинской академией Министерства обороны Китая. Своих пациентов Россия тогда не имела, за исключением единственного Дениса Сойникова, диагноз SARS которому был поставлен распоряжением Главного санитарного врача РФ Г. Онищенко. Диагноз был поставлен под нажимом г-жи Т. Голиковой, в ту пору зам министра финансов, и вроде как на первый взгляд не имевшей никакого отношения к таким узким вопросам медицины. Однако, выделение МВФ валютных кредитов в т.ч. для нашей страны, напрямую было связано с поддержанием политики ВОЗ и ООН в отношении актуальной темы — борьбы с новой коронавирусной инфекцией. Тем не менее, более пациентов с ТОРС в России на ту пору 2002-2003 г.г. не наскреблось, по всей видимости ввиду отлаженного лабораторного дела и еще пока существующей на ту пору независимой санэпидслужбой , еще до ее кончины и преобразования в Роспотребнадзор. В этой же работе настойчиво отмечался приоритет метода ПЦР, как метода с меньшим риском заражения персонала, чем при культуральных методах исследования для особо опасных инфекций. Мысль развивалась до того, что можно вообще обойтись без выделения вируса на культуре , если точно определить уникальную последовательность участка генома, характерную для конкретного вируса и подходящей для дальнейшей синтетической работы в тесте. Испытания российской тест-системы ПЦР SARS в 2004 г. на пациентах с ПРЕДПОЛАГАЕМЫМ диагнозом ТОРС также прошли на базе Пекинского института микробиологии и эпидемиологии, который предоставил ВОЗ результаты исследований, категорически расходящиеся с результатами ученых Канады, США и Сингапура. Специфичность устанавливали по сравнению с вирусами ОРВИ (включая иные штаммы коронавирусов) и ОКИ ( острыми кишечными инфекциями). Т.е. говоря простыми словами, специфики диагностики именно вируса SARS CoV-1 по сравнению с другими известными коронавирусами добиться не удалось, хотя авторы методики утверждали обратное. Поразительным является тот факт, что еще 25 марта с.г. специалисты ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора сообщили, что они разработали «высокоточный тест» для диагностики коронавируса COVID-19. И что этот тест якобы позволяет как выявить новый коронавирус, так и дифференцировать его от других родственных вирусов, и что тест якобы «успешно прошел клинические испытания». Каким образом это удалось сделать специалистам Роспотребнадзора в отсутствии необходимых исследований на пациентах с SARS СoV-1 и МERS — остается загадкой, т. к. помимо того, что у российских пациентов вирус COVID-19 не выделялся культуральным методом, вся работа во всех странах создателей тест-систем методом ПЦР впервые в истории лабораторного дела — ведется абстрактно НА ФАНТОМЕ. |
|
Asterix Постоянный участник |
24.05.2020 12:25
И хотя уже в феврале 2020 года стало известно , что геномов covid-19 с учетом мутаций более тридцати типов ( на сегодняшний день известно более 3,5 тысяч типов генома covid-19), тем не менее, все остальные, кроме самого первого, находятся под эмбарго в GISAID ( организация созданная в 2006 году - Global Initiative on Sharing All Influenza Data «Глобальная инициатива по обмену всеми данными по гриппу»). GISAID обеспечивает публичный доступ к полной коллекции данных генетических последовательностей вирусов гриппа и связанных с ними клинических и эпидемиологических данных через свою базу. Эта организация создавалась в целях обеспечения самого широкого доступа исследователей к научным данным , полученным учеными всего мира. Инициатива была предложена , чтобы обойти ограничения правообладателей, которые ранее специально препятствовали обмену информацией о птичьем гриппе. Декларировалась надежда, что широкий доступ к данным поможет исследователям быстрее и на благо всех понять, как вирусы распространяются, развиваются и потенциально могут стать пандемией. Однако, на деле GISAID стала монополистом и продавцом доступа к научной информации, объясняя свои действия «защитой интеллектуальной собственности ». А также — защитой интересов биологической безопасности, т. к. требовала подтвердить статус и легальность покупки ( речь идет о юридическом подтверждении права лаборатории заниматься такого рода исследованиями) - у желающих приобрести информацию. 5 мая 2020 года информационный проект Nextstrain, который объединил на одном сайте информацию о распространении и эволюции не только SARS-CoV-2, но и вирусов гриппа, лихорадок Эбола, Зика и многих других патогенов, - прекратил распространение таблицы с географическим местоположением образцов генома COVID-19. Это произошло потому, что GISAID потребовал, чтобы проект Nextstrain прекратил предоставлять доступ к этому файлу, поскольку он нарушил условия использования, которые требуют не распространять данные какой-либо третьей стороне. Таким образом, асболютное большинство разработчиков тест-систем ПЦР не только работали с абстракцией, без тестирования систем на вирусном изоляте, но и не имели доступа к новейшим данным о геноме covid-19. ( продолжение следует). |
|
Asterix Постоянный участник |
24.05.2020 13:27
Alexandra Novoselova В двух словах: во-первых, врачи находятся в самом эпицентре внутрибольничной инфекции, больницы - это очаги ВБИ, оосбенно при массовом свозе. Т.е. там не только ковид, там еще перечень бактериальных возбудителей. Плюс не все вирусные, которые свезены - ковидные. Итого имеем ассортимент возбудителей, да еще в неинфекционных больницах, не приспособленных к приему таких пациентов. Во-вторых, есть понятие вирусной нагрузки: это количество вируса, которое попало в организм. Понятно, что у врачей, который постоянно близко контактируют с разными пациентами, и они кашляют и дышат на врача, такая вирусная нагрузка будет намного больше, чем даже у одного пациента в той же больнице. Таким образом, врач в самом опасном положении: большая вирусная нагрузка ( плюс часто неумение носить СИЗ или вообще их отсутствие) + длительное нахождение в очаге ВБИ. |
|
Asterix Постоянный участник |
24.05.2020 13:42
Поэтому определить наличие генома К19, именно его самого , можно практически 100%. Просто амплифицировав фрагмент вокруг этой вставки с самыми универсальными консервативными праймерами которые видят все корона вирусы человека и порезав породукт ПЦР этой рестриктазой элементарно увидеть наличие сайта [FauI] в ПЦР -продукте даже если у вас смесь всех корона вирусов в образце .. это работает прекрасно. Но это конечно сложнее чем обычные тесты, Больше времени требует и другого протокола клинического. Вообщем дороже . И таким образоом можно при разработке теста использовать обычные безопасные корона вирусы в качестве контроля на качество теста . Можно в конце концов аспиранта какого-нибудь заразить и использовать в качестве стандарта его биообразцы.
|
|
Asterix Постоянный участник |
24.05.2020 14:33
И как-то до сих пор ничего в народ из этих пещер так и не вынесли в себе.. Ну был говорят один случай пневмонии, так там особенный был человек , иммуникомпрометированный , хрен знает чем он там заразился , может плесеня какие его убили... И тоже от него никуда не вышло. То есть не так-то просто корона вирусу мышиному на человека перепрыгнуть в природе .. Иначе мы бы целый список загадочных смертей этих ученых-рукокрыльников наблюдали бы. Ну это учебник ,что профиль имунного ответа определается генотипом .. Есть запрещенные антитела и Т-клетки и они разные у разных генотипов. Поэтому вот верблюдов используют для разработки антител к антигенам которые человеческая имунная система не видит или не так как надо видит. Ну то есть отказывается на эти антигенные детерминанты антитела делать и все тут .. мол это этого вреда будет больше чем пользы. Ну и вакцины все это же самое .. кто-то отвечает на них как надо, а кто-то совсем не так как ожидается в среднем по-популяции. |
| « Предыдущая тема · Беседа · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.