Все форумы > Молекулярная и клеточная биология > версия для печати
Web-адрес темы: http://molbiol.ru/forums/index.php?s=a907d25636dc832a06d336730f0342ce&act=ST&f=1&t=484510

Технологии секвенирования следующего поколения.

genseq 08.09.2011 11:07
Выложил сегодня в соседнем топике сочинение на указанную тему. Хотелось бы обсудить его отдельно, поскольку там всё уже очень запущено и загажено.
Буду признателен за любые замечания, а также за выявление грамматических, орфографических и стилистических ошибок в этом опусе.

Скачать файл Roadmap.pdf
Размер:: 1.59мб
кол-во скачиваний: 20533



Конструктивные предложения приветствуются. Все неконструктивные замечания и ссылки без комментариев будут удаляться. mad.gif
В обсуждении принимают участие только зарегистрированные посетители форума. wink.gif



GG 08.09.2011 11:16
Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.

ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.



genseq 08.09.2011 11:27
(GG @ 08.09.2011 09:16)
Ссылка на исходное сообщение ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.


Буду очень признателен за такую компрессию. Адоба не имею. Конвертировал doc-файл через zamzar.com , а там всё без вариантов.



Файл/ы:

Скачать файл Chip_Washing_Station.pdf
Размер:: 1.06мб
кол-во скачиваний: 428




basil2 08.09.2011 11:46
(genseq @ 08.09.2011 12:27)
Ссылка на исходное сообщение  Буду очень признателен за такую компрессию. Адоба не имею. Конвертировал doc-файл через zamzar.com , а там всё без вариантов.

here you go



Файл/ы:

Скачать файл Roadmap_8_09_2011_1_rs.pdf
Размер:: 1.59мб
кол-во скачиваний: 1143




genseq 08.09.2011 11:59
(basil2 @ 08.09.2011 09:46)
Ссылка на исходное сообщение  here you go


Большое спасибо!
Уже заменил Вашим вариантом. beer.gif



Guest 08.09.2011 12:05
(GG @ 08.09.2011 11:16)
Ссылка на исходное сообщение  Для меня лично, наиболее интересное развитие NGS - это секвенирование с параллельным определением метилирования цитозина, без предварительной модификации ДНК бисульфитом. Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.

ЗЫ: в Адобе можно выбрать оптимизацию ПДФ, размер реально сокращается в разы.

http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n6/...nmeth.1459.html ( http://www.nature.com/nmeth/journal/v7/n6/full/nmeth.1459.html )



genseq 08.09.2011 17:39
Спасибо куратору за предоставление прав модератора. jump.gif
Ссылки без комментариев буду удалять. mad.gif
Особенно от незарегистрированных пользователей. wink.gif



Картинки:
Прикреплённое изображение

Guest 09.09.2011 09:34
(-Ъ- @ 08.09.2011 15:55)
Ссылка на исходное сообщение  В Зиморесёче тихим сапом полезные киты делают.  umnik.gif


купи быстрый РНК-выделялка кит от Зимо - не пожалеешь smile.gif



-Ъ- 20.09.2011 19:24
Генсек, когда начнем в нанобол играть? smile.gif



genseq 20.09.2011 20:26
Если бесплатно, то уже можно начинать. Если за деньги, то нужно немного подождать.



genseq 22.09.2011 09:59
Это иллюстрации к сегодняшнему докладу:
Скачать файл Biomics_2011_.ppt
Размер:: 9.48мб
кол-во скачиваний: 1452




То же, но для Уфы:
Скачать файл Biomics_2011.ppt
Размер:: 9.39мб
кол-во скачиваний: 830






Guest 22.09.2011 10:45
некоторые каммены к "докладу" smile.gif
ХиСек2000 - 600Гб - Если МедГенетика - это "персональный геном" - то полупроводниковый Ион Торрент никогда его не сделает smile.gif

Епигенетику тоже забудь на Ион Торренте smile.gif



genseq 22.09.2011 11:03
HiSeq 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Tb, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb. Давно не следил за цифрами.
600 Gb - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ion Torrent уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).



Guest 22.09.2011 14:18
(genseq @ 22.09.2011 11:03)
Ссылка на исходное сообщение  ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами.
600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).


"Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb." (ц) smile.gif генсек - Ссылку на сцену , чтоб языком не трепал smile.gif



Guest 22.09.2011 15:07
(genseq @ 22.09.2011 11:03)
Ссылка на исходное сообщение  ХиСея 2000 в рекордных ранах делает и по 1 Тб, но это - деньги на ветер. Качество чтения при увеличении длины значительно уменьшается. Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Мб. Давно не следил за цифрами.
600 Мб - это нынешний стандарт для всех юзеров, или уровень, демонстрируемый особо скрупулёзными экспериментаторами?

Ион Торрент уже сделал один персональный геном, но для этого потребовалось 1000 чипов. Через пару лет будет достаточно 10...100 чипов, а лет через 5 геномы он будет делать на 1...10 чипах.

Про эпигегетику, вроде, не забыл (см. предпоследний слайд).


ню-ню - геном на одном чипе smile.gif примерно какого размера в литрах будет "емульшн ПЦР" для такого "чипа" ? посчитай надосуге smile.gif



genseq 22.09.2011 18:02
При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ion 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома.

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.



Guest 23.09.2011 14:22
(genseq @ 22.09.2011 18:02)
Ссылка на исходное сообщение  При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома. 

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.


Иллуминовский Геномный Аналайзер (ГА2Х) сейчас делает 100гб за один прогон smile.gif
Зачем ждать мифические "нацболы" ? smile.gif



genseq 24.09.2011 08:33
(Guest @ 23.09.2011 12:22)
Ссылка на исходное сообщение 
Зачем ждать мифические "нацболы" ? smile.gif


Спасибо за название. Пользоваться западной терминологией не хочется, а сам ничего хорошего не придумал. Пусть будут "нацболы".

Та же презентация, но в формате pdf:



Файл/ы:

Скачать файл Biomics_2011_.pdf
Размер:: 1.93мб
кол-во скачиваний: 821




-Ъ- 26.09.2011 22:55
(KaterinaBat @ 12.09.2011 15:49)
Ссылка на исходное сообщение  Ну не расстраивайтесь smile.gif Вот вам Приглашение smile.gif))))
ПРИГЛАШАЕМ НА СЕМИНАР ИЛЛЮМИНА 27 сентября!!! Подробнее тут: http://www.interlabservice.ru/about/news/?id=5491 ( http://www.interlabservice.ru/about/news/?id=5491 )

Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? smile.gif Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...? frown.gif



k7riYg 27.09.2011 17:32
(-Ъ- @ 26.09.2011 23:55)
Ссылка на исходное сообщение  Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? smile.gif Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...? frown.gif


не очень-то это красиво, цитировать ЛС.
кстати, на этом самом семинаре любопытно было smile.gif Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты smile.gif



Guest 27.09.2011 17:53
(k7riYg @ 27.09.2011 17:32)
Ссылка на исходное сообщение  не очень-то это красиво, цитировать ЛС.
кстати, на этом самом семинаре любопытно было smile.gif Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты smile.gif


интересно, что солдатов "откопал" за этот час ? smile.gif



k7riYg 27.09.2011 17:56
(Guest @ 27.09.2011 18:53)
Ссылка на исходное сообщение  интересно, что солдатов "откопал" за этот час ? smile.gif

майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif



-Ъ- 27.09.2011 19:36
(k7riYg @ 27.09.2011 18:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif

Понятное дело, каждый кулик (исправлено) ... или по другому ... а вшивый о ... праально yes.gif smile.gif

слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время... frown.gif

В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет confused.gif " - устами говорящей коровы.

Такие времена-с..., пардон за плагиат. wink.gif



k7riYg 27.09.2011 20:31
(-Ъ- @ 27.09.2011 20:36)
Ссылка на исходное сообщение  
слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время... frown.gif


Эх... если б это было единственным поводом для бешенства относительно нашей науки, я был бы счастлив frown.gif
Есть вещи существенно более неприглядные.
Ладно, это уже не про технологии секвенирования, а про некоторые другие "технологии"... Распила и отката.



Guest 28.09.2011 09:45
(-Ъ- @ 27.09.2011 19:36)
Ссылка на исходное сообщение  Понятное дело, каждый сверчок ... или по другому ... а вшивый о ... праально yes.gif  smile.gif

слишком раздутые "научные кАмпании" отвлекают средства от основной науки - вот что меня бесит в последнее время... frown.gif

В детстве, помню, читал на каком то плакате и врезалось "Богат багет, а корма нет confused.gif " - устами говорящей коровы.

Такие времена-с..., пардон за плагиат. wink.gif


почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? smile.gif у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов smile.gif



-Ъ- 28.09.2011 10:04
(Guest @ 28.09.2011 10:45)
Ссылка на исходное сообщение  почему солдатов должен хвалить иллумину, как "шесток" ? smile.gif у него насколько помню СОЛИД для сиквинирования 1000 геномов smile.gif

А может его купили илюминаты wink.gif ...Впрочем, не знаю. Генсек расследует, выяснит и выложит тут эту ценнейшую инфу. smile.gif



-Ъ- 28.09.2011 10:12
(k7riYg @ 27.09.2011 18:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif

Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы. Понимаю, что утрирую yes.gif , но... no.gif
Как уже говорил, не интересны "фабричные дела"... no.gif



Guest 29.09.2011 10:17
(k7riYg @ 27.09.2011 17:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.
ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif


"и советовал всем биологам учиться биоинформатике " (ц) пускай лучше биоинхфарматики учут биологию smile.gif



Guest 29.09.2011 13:38
(-Ъ- @ 26.09.2011 22:55)
Ссылка на исходное сообщение  Это из лички: Господин Твердый Знак, чем же я лично Вам так насолила, что Вы каждое мое сообщение орденом Спам обвесили? smile.gif Или у Вас от ИЛСа несварение? Чем мы обидели Вас?

Дэвушка, у тебя папамама есть...? frown.gif



http://ifirms.ru/firm/44843 ( http://ifirms.ru/firm/44843 ) smile.gif))))))))))))



guest: Beta 29.09.2011 22:21
а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?



Guest 30.09.2011 12:52
(genseq @ 22.09.2011 18:02)
Ссылка на исходное сообщение  При использовании для секвенирования ДНК-наноболлов шаг сенсорных пикселов можно уменьшить до 0,5 мкм. Миллиард таких пикселов занимает поверхность площадью 2,5 см2. Кстати, площадь сенсорной поверхности у чипа Ион 316 равна примерно 4 см2, т.е. на ней может разместиться 1.6 млрд. сенсорных пикселов с шагом 0,5 мкм. Если работать будут не все, а только 1 млрд., то при длине ридов 100 п.о. за один заход можно получить 100 млрд.п.о., а это 33-кратное прочтение генома. 

Объём миллиарда ДНК-наноболлов диаметром 300 нм посчитайте сами.


вчера с одной дорожки ХиСека получил 185 миллионов 50 бп РНК-Секов ридов для "генекспрессии" - сколько нужно чипов торрента на этот експеримент ? smile.gif



-Ъ- 30.09.2011 13:12
(Guest @ 08.09.2011 18:08)
Ссылка на исходное сообщение  http://www.zymoresearch.com/product/dsdna-...19-50-e2019-200 ( http://www.zymoresearch.com/product/dsdna-shearase-e2018-50-e2018-200-e2019-50-e2019-200 )
smile.gif

Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". smile.gif Единственный продолжительный этап - RCA...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

Космонавтом быть хочу,
Пусть меня научат. tongue.gif



Guest 30.09.2011 13:33
(-Ъ- @ 30.09.2011 13:12)
Ссылка на исходное сообщение  Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". smile.gif  Единственный продолжительный этап - РЦА...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

      Космонавтом быть хочу,
      Пусть меня научат. tongue.gif


попробуй пофрагментировать хроматин пошитый формалдегидом для Чип-Секов - получишь райское наслаждение smile.gif



Guest 30.09.2011 15:12
(-Ъ- @ 30.09.2011 13:12)
Ссылка на исходное сообщение  Более управляемую фрагментацию ДНК делаю ПЦР-ом, причем с пришитыми "чем надо". smile.gif  Единственный продолжительный этап - RCA...
По Генсеку полчаса-час, но на самом деле намного больше - до 10 часов.
По моим рассчетам, с пробоподготовкой можно уложиться в рабочий день.

      Космонавтом быть хочу,
      Пусть меня научат. tongue.gif

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc ( http://www.jbc.org/content/early/2011/05/09/jbc.M111.220178.abstract?etoc )



Redactor 30.09.2011 15:16
Вообще-то хотелось сказать немного другое umnik.gif . И даже казалось, что получилось. Ан нет, судя по пересказу wall.gif .


(k7riYg @ 27.09.2011 16:32)
Ссылка на исходное сообщение Солдатов проговорил целый час наверное, нахрен "закопал" всякие солиды и прочие торренты smile.gif

(k7riYg @ 27.09.2011 16:56)
Ссылка на исходное сообщение  майсек хвалил, ну и хайсек само собой.


Я хотел сказать нечто более интересное (более рискованное утверждение). По моему мнению, Applied Biosystems уже решила, что гонка Illumina/SOLiD проиграна. И на сегодня это самый существенный фактор при сравнении машин Illumina и SOLiD.
PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.




#######################
(k7riYg @ 27.09.2011 16:56)
Ссылка на исходное сообщение ещё говорил, что вообще-то самое важное это компьютеры и советовал всем биологам учиться биоинформатике smile.gif

(-Ъ- @ 28.09.2011 09:12)
Ссылка на исходное сообщение  Если бы даже платили мне как футболисту Самуэлю Д"Это, не согласился заниматься подобной наукой - строить из кирпичиков-ридов здания-геномы.


Ещё сильнее недолёт. Судя по пересказу, я посоветовал всем быть красивыми и здоровыми.

На самом деле, когда я говорил о биоинформатике, то сравнивал нынешнюю ситуацию со временем появления массовых персоналок. Тогда тоже многие считали, что им удасться отвертеться от основ работы на персональном компьютере. Сейчас практически все базовыми навыками владеют.

То же самое, по моему мнению, будет с биоинформатикой (для биологии) и прогностической/превентивной медициной (для медицины). Независимо от индивидуальных предпочтений, через сравнительно короткое время все будут владеть базовыми навыками. А совет был -- заняться этим заранее, чтобы знания, которыми так и так придётся овладеть, были плюсом в карьерном росте.




Guest 30.09.2011 15:20
Редактор - а какой такой чип-сек программой получил всего 89 пиков на геном? smile.gif

Вроде это мировой антирекорд ? smile.gif

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc ( http://www.jbc.org/content/early/2011/05/09/jbc.M111.220178.abstract?etoc )



Redactor 30.09.2011 15:35
(Guest @ 30.09.2011 14:20)
Ссылка на исходное сообщение  Редактор - а какой такой чип-сек программой получил всего 89 пиков на геном? smile.gif

Вроде это мировой антирекорд ? smile.gif

http://www.jbc.org/content/early/2011/05/0...8.abstract?etoc ( http://www.jbc.org/content/early/2011/05/09/jbc.M111.220178.abstract?etoc )



Первый раз увидел эту статью сходив по Вашей ссылке. Но очень удивлюсь, если Marie-Laure Yaspo выпустила в печать явную ерунду и Ваше глумление оправдано smile.gif



k7riYg 30.09.2011 15:38
(Redactor @ 30.09.2011 16:16)
PS. К Ion Torrent это не относится, и про него я почти ничего не сказал, так как опыта работы с этой машиной у меня нет. Кстати, интересно, что в гонке, опережающей закон Мура, ABI решила поставить на "электронную" машину.


ну как -- сказали, что унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется smile.gif confused.gif

Насчёт биоинформатики согласен, неправильно передал нюансы.



Redactor 30.09.2011 15:48
(k7riYg @ 30.09.2011 14:38)
Ссылка на исходное сообщение  ну как -- сказали, что  унего пока низка производительность, и что он не делает paired end чтения. Если это не называется "закопать", то что тогда называется smile.gif  confused.gif

По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).

Paired end чтения в предлогаемом комплекте Ion Torrent нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Illumin'овских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.



genseq 30.09.2011 15:52
(guest: Beta @ 29.09.2011 20:21)
Ссылка на исходное сообщение  а что правда, в России уже есть ИонТорренты? интересно, у кого и для каких целей?


В сентябре пришли 3 шт. в Москву. Точно не знаю, но, кажется, в Геноаналитику, в Центр биоинженерии и в МГУ. В ноябре должен прийти один в Калининград. Ещё скоро один должен появиться в Новосибирске (тендер уже завершён). Возможно, это ещё не всё, но больше ничего не знаю. Буду признателен за дополнения.



Guest 30.09.2011 16:00
(Redactor @ 30.09.2011 15:48)
Ссылка на исходное сообщение  По производительности Ион Торрент и МиСея очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (СОЛиД и ХиСея).

Паиред енд чтения в предлогаемом комплекте Ион Торрент нет, но я не понимаю, что может помешать переворачивать цепь так же, как это делается на Иллуминьовских платформах. Скорее всего это либо маркетинговое, либо патентное затруднение. В обоих случаях, можно наладить прямо у себя в лаборатории.


Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"



-Ъ- 30.09.2011 17:29
(Guest @ 30.09.2011 14:33)
Ссылка на исходное сообщение  попробуй пофрагментировать хроматин пошитый формалдегидом для Чип-Секов - получишь райское наслаждение smile.gif

Тебе подавай только экстрим...для наслаждений.
С таким же успехом может не справиться и ДНК-аза. Впрочем, не знаю... confused.gif



genseq 01.10.2011 11:25
(Redactor @ 30.09.2011 13:48)
Ссылка на исходное сообщение  По производительности Ion Torrent и MiSeq очень близки и оба сильно отстают от больших братьев (SOLiD и HiSeq).


Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.



Redactor 01.10.2011 13:07
(genseq @ 01.10.2011 10:25)
Ссылка на исходное сообщение  Основное различие в том, что NGS-технология, используемая в MiSeq, уже приблизилась к пику своего развития, а полупроводниковое секвенирование только набирает обороты и его потенциал ещё далеко не исчерпан.


А несуществующая технология Васи Пупкина даже ещё не начала растрачивать свой потенциал. Выходит, она вообще самая крутая.

Если разновариваем, то может будем придерживаться "обсуждаемых" аргументов?



Redactor 01.10.2011 13:11
(Guest @ 30.09.2011 15:00)
Ссылка на исходное сообщение  Мисек удобно для быстрых прогонов например для Чип-Сек - чтоб потом на Хисеках не получать "удивительные резалты"


И не только, есть ещё применения. Но, Вы правильно указываете, что малые и большие машины -- совершенно разные аппараты с отдельными областями применения.

Мы и Сенгеровским сиквенсом довольно часто пользуемся. Это же не повод начать говорить, что он "лучше" или "хуже" NGS.



Dima11 02.10.2011 14:48
Во ! что и постоянно талдычу
Ложка - к обеду, разные задачи - разные приборы! smile.gif



Guest 05.10.2011 16:17
http://www.mdc-berlin.de/en/news/2011/2011...s_bu/index.html ( http://www.mdc-berlin.de/en/news/2011/20110913-chancellor_angela_merkel_presses_starts_bu/index.html )

smile.gif))))))))))))))))))))))



Guest 05.10.2011 16:20
(Guest @ 05.10.2011 16:17)
Ссылка на исходное сообщение  хттп://щщщ.мдц-берлин.деен/нещс/2011/2011...с_бу/индех.хтмл ( http://www.mdc-berlin.de/en/news/2011/20110913-chancellor_angela_merkel_presses_starts_bu/index.html )

smile.gif))))))))))))))))))))))


Тимофееву-Ресовскому подарили ПакБио посмертно



Guest 06.10.2011 12:50
Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print]
The real cost of sequencing: higher than you think!
Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB.
Source

Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu.
Abstract

ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?

PMID:
21867570
[PubMed - as supplied by publisher]



genseq 06.10.2011 18:39
(Guest @ 06.10.2011 10:50)
Ссылка на исходное сообщение  Genome Biol. 2011 Aug 25;12(8):125. [Epub ahead of print]
The real cost of sequencing: higher than you think!
Sboner A, Mu XJ, Greenbaum D, Auerbach RK, Gerstein MB.
Source

Program in Computational Biology and Bioinformatics, Yale University, New Haven, CT 06520, USA. mark.gerstein@yale.edu.
Abstract

ABSTRACT: Advances in sequencing technology have led to a sharp decrease in the cost of 'data generation'. But is this sufficient to ensure cost-effective and efficient 'knowledge generation'?

PMID:
    21867570
    [PubMed - as supplied by publisher]


Для доступа к этой статье требуется подписка. Не сможете ли поделиться текстом?



-Ъ- 06.10.2011 21:35
Скинул в личку.



genseq 08.10.2011 19:37
Здесь можно прослушать целую лекцию на тему "Evaluating Ion Personal Genome Machine Sequencer":
http://www.youtube.com/watch?v=dWpLrUQ_0es...layer_embedded# ( http://www.youtube.com/watch?v=dWpLrUQ_0es&feature=player_embedded# )!



Guest 10.10.2011 14:30
http://2429-genomeweb.voxcdn.com/illumina-...e-tools-vendors ( http://2429-genomeweb.voxcdn.com/illumina-news-drags-down-stocks-life-science-tools-vendors )

http://www.reuters.com/article/2011/10/07/...ype=companyNews ( http://www.reuters.com/article/2011/10/07/us-genesequencers-idUKTRE79655D20111007?type=companyNews )

http://www.biospace.com/news_story.aspx?St...D=235234&full=1 ( http://www.biospace.com/news_story.aspx?StoryID=235234&full=1 )



genseq 11.10.2011 09:31
(Guest @ 10.10.2011 12:30)
Ссылка на исходное сообщение  http://2429-genomeweb.voxcdn.com/illumina-...e-tools-vendors ( http://2429-genomeweb.voxcdn.com/illumina-news-drags-down-stocks-life-science-tools-vendors )

http://www.reuters.com/article/2011/10/07/...ype=companyNews ( http://www.reuters.com/article/2011/10/07/us-genesequencers-idUKTRE79655D20111007?type=companyNews )

http://www.biospace.com/news_story.aspx?St...D=235234&full=1 ( http://www.biospace.com/news_story.aspx?StoryID=235234&full=1 )


И что?



Guest 11.10.2011 11:20
(genseq @ 11.10.2011 09:31)
Ссылка на исходное сообщение  И что?


ничего - похоже в России слишком много приборов для сиквинирования "геномов русских" smile.gif

пора сокращать клиентов

(genseq @ 11.10.2011 09:31)
Ссылка на исходное сообщение  И что?


smile.gif

http://www.i-gene.ru/faq#ans_%D0%A7%D1%82%...%93%D0%B5%D0%BD ( http://www.i-gene.ru/faq#ans_%D0%A7%D1%82%D0%BE_%D0%B7%D0%B0_%D0%B8%D1%81%D1%81%D0%BB%D0%B5%D0%B4%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D1%80%D0%B5%D0%B4%D0%BB%D0%B0%D0%B3%D0%B0%D0%B5%D1%82_%D0%9C%D0%BE%D0%B9_%D0%93%D0%B5%D0%BD )



genseq 11.10.2011 16:57
Попытаюсь угадать ход Ваших мыслей.

Первая серия ссылок касалась падения на 6...7% стоимости акций компаний, конкурирующих на рынке приборов и услуг NGS, и о небольшом сокращении персонала в Вашингтонском геномном центре. Основные причины - урезание бюджета NHI, выделяемого на научные разработки, а также сезонные колебания затрат на НИР в III квартале (период отпусков). Последняя ссылка - на российскую компанию "Мой Ген" (Геноаналитика), пытающуюся "обувать" лохов при помощи гибридизационных ДНК-чипов на 5 тысяч SNP (Illumina) и типирования их "Здоровья" и "Происхождения".

Из всего этого делается вывод о том, что в России слишком много секвенаторов.

Правильно ли я Вас понял?



Guest 11.10.2011 17:11
(genseq @ 11.10.2011 16:57)
Ссылка на исходное сообщение  Попытаюсь угадать ход Ваших мыслей.

Первая серия ссылок касалась падения на 6...7% стоимости акций компаний, конкурирующих на рынке приборов и услуг НГС, и о небольшом сокращении персонала в Вашингтонском геномном центре. Основные причины - урезание бюджета НХИ, выделяемого на научные разработки, а также сезонные колебания затрат на НИР в ИИИ квартале (период отпусков). Последняя ссылка - на российскую компанию "Мой Ген" (Геноаналитика), пытающуюся "обувать" лохов при помощи гибридизационных ДНК-чипов на 5 тысяч СНП (Иллумина) и типирования их "Здоровья" и "Происхождения".

Из всего этого делается вывод о том, что в России слишком много секвенаторов.

Правильно ли я Вас понял?


1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %

2. дешевых халявных госденег на "геномы русских" не будет - поетому это "не сезон отпусков"

3. ГенноАналитика вроде имеет : Ион Торрент , СОЛИД4 и ГА2Х и позиционирует себя ,
как "провайдер НГС сервисов" - но "ценники за услуги" не лезут ни в какие ворота smile.gif

Итого - в России приборов много , но нафиг они кому нужны за такие деньги ? smile.gif



-Ъ- 11.10.2011 18:07
(Guest @ 11.10.2011 18:11)
Ссылка на исходное сообщение  1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %

2. дешевых халявных госденег на "геномы русских" не будет - поетому это "не сезон отпусков"

3. ГенноАналитика вроде имеет : Ион Торрент , СОЛИД4 и ГА2Х и позиционирует себя ,
как "провайдер НГС сервисов" - но "ценники за услуги" не лезут ни в какие ворота smile.gif

Итого - в России приборов много , но нафиг они кому нужны за такие деньги ? smile.gif

Ход мыслей, конечно, интересный... yes.gif
Если существует и процветает (а может и нет confused.gif ) Геноаналитика - значит ЭТО кому-то нужно!? confused.gif Я не про звезды, которые на небе... wink.gif



genseq 12.10.2011 09:14
(Guest @ 11.10.2011 15:11)
Ссылка на исходное сообщение  1. ну не 6-7 % , а в этом году 40-80 %


Виноват. Был не прав.
-6...7% - это "температура в среднем по больнице".
За сентябрь стоимость акций упала весьма ощутимо:
Pacific Biosciences - -54,66%;
Complete Genomics - -35,21%;
Illumina - -21,46%;
Life Technologies - -8,5%.
Caliper - +39,23%.
Прикреплённое изображение
http://www.persistentchange.com/companies/...h-months-tools/ ( http://www.persistentchange.com/companies/rough-months-tools/ )

Обвал стоимости акций у PacBio (PACB) и у Complete Genomics (NASDAQ:GNOM) был вполне предсказуем, причём предсказывался ещё 4 года назад. Удивляет только, что они продержались так долго. Возможно, эта паника отразилась и на "ближайших соседях", хотя свой вклад внесло и снижение финансирования NIH (~1%), и сезонный фактор. Но не стоит преувеличивать влияние нестабильности финансового рынка на развитие NGS.
Объём рынка секвенирования ещё 2...3 года будет медленно но верно расти (на 20...30% в год), а после перехода NGS с академических задач на решение прикладных проблем (Clinical NGS) может резко увеличиться (в 10...100 раз).

Кстати, о Clinical NGS:



Файл/ы:

Скачать файл Clinical_Next_Gen_Sequencing.pdf
Размер:: 20.84к
кол-во скачиваний: 442




Guest 12.10.2011 13:26
"а после перехода НГС с академических задач на решение прикладных проблем" (ц)

Даеш НГС в каждую поликлинику ! Ударим автопробегом по .... smile.gif

"Рогаев Е. Генетические факторы и полигенные модели болезни Альцгеймера " smile.gif

Похоже ХиСек 2000 у Рогаева долго не освободится от пациентов smile.gif

http://www.asna.ru/med_info/news/med/58 ( http://www.asna.ru/med_info/news/med/58 )



genseq 17.10.2011 09:00
(Guest @ 08.09.2011 15:08)
Ссылка на исходное сообщение  http://www.zymoresearch.com/product/dsdna-...19-50-e2019-200 ( http://www.zymoresearch.com/product/dsdna-shearase-e2018-50-e2018-200-e2019-50-e2019-200 )
smile.gif


Попытался разобраться с ДНКазной фрагментацией. Похоже, "фрагментаза". используемая для пробоподготовки у PGM - это NEBNext® dsDNA Fragmentase™:
http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0348.asp ( http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0348.asp )
Является смесью рекомбинантных ДНКаз из Vibrio vulnificus и фага T7. Расход на пробу - ~2$

Что касается dsDNA Shearase™, предлагаемой компанией Zymo Research, то по всем параметрам она напоминает ДНКазу Serratia marcescens, известную также как "Benzonase". Расход на пробу копеечный. jump.gif

В старину валялся у меня в холодильнике пузырёк ДНКазы Sma отечественного производства. Интересно, сейчас её у нас чистят, или и это захирело? weep.gif



Guest 19.10.2011 11:18
(genseq @ 17.10.2011 09:00)
Ссылка на исходное сообщение  Попытался разобраться с ДНКазной фрагментацией. Похоже, "фрагментаза". используемая для пробоподготовки у ПГМ - это НЕБНехт® дсДНА Фрагментасе™:
хттп://щщщ.неб.цом/небецомм/продуцтс/продуцтМ0348.асп ( http://www.neb.com/nebecomm/products/productM0348.asp )
Является смесью рекомбинантных ДНКаз из Вибрио вулнифицус и фага Т7. Расход на пробу - ~2$

Что касается дсДНА Шеарасе™, предлагаемой компанией Зымо Ресеарч, то по всем параметрам она напоминает ДНКазу Серратиа марцесценс, известную также как "Бензонасе". Расход на пробу копеечный. jump.gif

В старину валялся у меня в холодильнике пузырёк ДНКазы Сма отечественного производства. Интересно, сейчас её у нас чистят, или и это захирело? weep.gif


обычный ултразвук "horn cup" в еппендорфаг за 10 минут все делает прекрасно

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...els_and_PCR.pdf ( http://genomics.med.tufts.edu/documents/protocols/TUCF_Tips_for_Gels_and_PCR.pdf )



genseq 19.10.2011 14:30
(Guest @ 19.10.2011 09:18)
Ссылка на исходное сообщение  обычный ултразвук "horn cup" в еппендорфаг за 10 минут все делает прекрасно

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...els_and_PCR.pdf ( http://genomics.med.tufts.edu/documents/protocols/TUCF_Tips_for_Gels_and_PCR.pdf )


Только после ультразвука нужно ещё концы "тупить". weep.gif



Guest 24.10.2011 12:06
(genseq @ 19.10.2011 14:30)
Ссылка на исходное сообщение  Только после ультразвука нужно ещё концы "тупить". weep.gif

http://www.fermentas.com/en/products/all/m...-dna-end-repair ( http://www.fermentas.com/en/products/all/molecular-cloning/kits/k077-fast-dna-end-repair )



genseq 24.10.2011 12:31
Спасибо за ссылку. Неплохая смесь:
Прикреплённое изображение
Но после ультразвука часть 3'-концов будет фосфорилирована. Как с ними посоветуете бороться? Добавить предварительную фосфатазную обработку с инактивацией фермента перед затуплением концов?
А нельзя ли попроще?



Guest 24.10.2011 16:03
вроде 3-фосфатаза уже в ферментасовсском ките ? smile.gif

"НГС звуковые мойки" подорожали до 20.000 евров smile.gif

http://www.diagenode.com/en/catalog/equipm...ruptor-ngs-2277 ( http://www.diagenode.com/en/catalog/equipment-1/sonication-device-6/bioruptor-reg-sonication-device-47/product/bioruptor-ngs-2277 )



genseq 24.10.2011 18:57
(Guest @ 24.10.2011 14:03)
Ссылка на исходное сообщение  вроде 3-фосфатаза уже в ферментасовсском  ките ? smile.gif

"НГС звуковые мойки"  подорожали до 20.000 евров smile.gif

http://www.diagenode.com/en/catalog/equipm...ruptor-ngs-2277 ( http://www.diagenode.com/en/catalog/equipment-1/sonication-device-6/bioruptor-reg-sonication-device-47/product/bioruptor-ngs-2277 )


Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3'-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!

"Мойки", действительно, дороговаты wall.gif . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше beer.gif . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются. jump.gif



Guest 24.10.2011 19:11
(genseq @ 24.10.2011 18:57)
Ссылка на исходное сообщение  Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3ь-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!

"Мойки", действительно, дороговаты wall.gif . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше beer.gif . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются. jump.gif


мне для хроматиновых Чип-Секов только ультразвук подходит smile.gif



genseq 24.10.2011 20:24
(Guest @ 24.10.2011 17:11)
Ссылка на исходное сообщение  мне для хроматиновых Чип-Секов только ультразвук подходит smile.gif


А чем ДНКазы хуже?



comp3v 25.10.2011 00:26
а что такое ПЦР-фрагментация?



Guest 25.10.2011 07:28
(genseq @ 24.10.2011 20:24)
Ссылка на исходное сообщение  А чем ДНКазы хуже?


днказы в закрытый хроматин не лезут , "ДНКз1 гиперсенситиве сайтс" мне картировать не нужно smile.gif
трансфаки ДНКазы могут "отфутпринтить" до фрагментов 10-15 бп -
ну и как сиквинировать 10 бп вставки ? smile.gif



genseq 25.10.2011 08:55
(comp3v @ 24.10.2011 22:26)
Ссылка на исходное сообщение  а что такое ПЦР-фрагментация?


PCR-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.



-Ъ- 25.10.2011 09:24
(Guest @ 25.10.2011 08:28)
Ссылка на исходное сообщение  днказы в закрытый хроматин не лезут , "ДНКз1 гиперсенситиве сайтс" мне картировать не нужно smile.gif
трансфаки ДНКазы могут "отфутпринтить" до фрагментов 10-15 бп -
ну и как сиквинировать 10 бп вставки ? smile.gif

Я об этом предупреждал...



Guest 25.10.2011 09:26
(genseq @ 24.10.2011 18:57)
Ссылка на исходное сообщение  Виноват. Проглядел. Не знал, что полинуклеотидкиназа обладает 3ь-фосфатазной активностью. Век живи - век учись!

"Мойки", действительно, дороговаты wall.gif . ДНКазная фрагментация, не требующая затупления, явно лучше beer.gif . Но лично мне больше нравится ПЦР-фрагментация. Для неё вообще почти ничего не нужно, да ещё и адапторы сразу пристыковываются. jump.gif


генсек - твой бзик по "ускорению -удешевлению" производства НГС библиотек - не имеет смысла smile.gif даунстриим "биоинформатик боттлнек" - угробит все твои "наноболы" и Ионы Торренты smile.gif



-Ъ- 25.10.2011 09:44
(genseq @ 25.10.2011 09:55)
Ссылка на исходное сообщение  PCR-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.

По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и DOP-PCR (термин можно использовать в поиске).
Примерная схема, как я планирую:
1. ПЦР, двухстадийная,
2. рестрикция очень крупно (редко),
3. очистка продукта,
4. лигирование,
5. RCA.
1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру". smile.gif

Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью) - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено. wink.gif



Guest 25.10.2011 09:49
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:44)
Ссылка на исходное сообщение  По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и ДОП-ПЦР (термин можно использовать в поиске).
Примерная схема, как я планирую:
1. ПЦР, двухстадийная,
2. рестрикция очень крупно (редко),
3. очистка продукта,
4. лигирование,
5. РЦА.
1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру". smile.gif

Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью)  - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено. wink.gif


за 10 минут 1% формалин сильно не гадит и классическая "Лигейшн Медиейтед ПЦР" прекрасно делает Иллуниновские библиотеки smile.gif



Guest 25.10.2011 09:55
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:44)
Ссылка на исходное сообщение  По Железной - очень громоздко и нерационально. Был еще в те годы и ДОП-ПЦР (термин можно использовать в поиске).
Примерная схема, как я планирую:
1. ПЦР, двухстадийная,
2. рестрикция очень крупно (редко),
3. очистка продукта,
4. лигирование,
5. РЦА.
1 раб. день. Если даже два - не принципиально... Готовые ДНК наноболы для желающих "поиграть в новую игру". smile.gif

Но любителям экстрима (модификация ДНК формальдегидом и прочей годостью)  - не пойдет сходу, надо помучиться, как положено. wink.gif


Геном Неандерталца однако отсиквинировали - а ето тебе не формалин smile.gif



-Ъ- 25.10.2011 09:56
(Guest @ 25.10.2011 10:49)
Ссылка на исходное сообщение  за 10 минут 1% формалин сильно не гадит и классическая "Лигейшн Медиейтед ПЦР" прекрасно делает Иллуниновские библиотеки smile.gif

Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" smile.gif !.

Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях. yes.gif



-Ъ- 25.10.2011 10:11
(Guest @ 25.10.2011 10:55)
Ссылка на исходное сообщение  Геном Неандерталца однако отсиквинировали - а ето тебе не формалин smile.gif

Но мой взгляд там матрица попроще, "модифицирована" ДНК-азами и кислородом.. confused.gif
Кусочки нормальной ДНК, но оооочень короткой... confused.gif



Guest 25.10.2011 10:50
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:56)
Ссылка на исходное сообщение  Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" smile.gif !.

Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях. yes.gif


делают по Булату и Велшу - два длинных арбитрари праймера 60нт А и Б ПЦРят только фрагменты с разными концами : ) одинаковые хвосты А-А , Б-Б "спрессируются" по Еврогену и Ко smile.gif



Guest 25.10.2011 10:59
(-Ъ- @ 25.10.2011 09:56)
Ссылка на исходное сообщение  Ну тогда тебя тоже берем в команду "наноболистов" smile.gif !.

Надо будет почитать на досуге как иллюминаты свои библиотеки делают, но уже в деталях. yes.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...?tool=pmcentrez ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC328887/?tool=pmcentrez )



genseq 25.10.2011 16:35
Учитесь у классика! umnik.gif



Картинки:
Прикреплённое изображение

Guest 25.10.2011 16:49
сайз-селекшн посли лигирования этих дудацких иллуминофских Y-адаптеров я не делаю особенно когда всего 5 нанограмм чип ДНК smile.gif

отПЦРил , а уж потом "сайз-селекшн" smile.gif



Guest 26.10.2011 08:09
http://www.sumobrain.com/patents/wipo/Meth...2010064040.html ( http://www.sumobrain.com/patents/wipo/Method-use-in-polynucleotide-sequencing/WO2010064040.html )



Guest 26.10.2011 08:23
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P.../ukmss-4024.pdf ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2664327/pdf/ukmss-4024.pdf )



Guest 26.10.2011 10:21
(genseq @ 25.10.2011 08:55)
Ссылка на исходное сообщение  ПЦР-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.


Генсек - займись производством китов для Иллумины - намного полезней чем из Новосибирсского синтезатора олигов делать восьмиканальный Ион Торрент smile.gif

http://www.biooscientific.com/NGSProducts....on%20Sequencing ( http://www.biooscientific.com/NGSProducts.aspx?itemId=4&CName=Next-Generation%20Sequencing )



Guest 26.10.2011 10:40
русская компания "Хеликон" увеличила производительность Иона Торрента до 100 миллионов "чтений" smile.gif
http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334 ( http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?IBLOCK_ID=4&SECTION_ID=550&ELEMENT_ID=4334 )



-Ъ- 26.10.2011 12:01
(Guest @ 26.10.2011 11:40)
Ссылка на исходное сообщение  русская компания "Хеликон" увеличила производительность Иона Торрента до 100 миллионов "чтений" smile.gif
http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334 ( http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?IBLOCK_ID=4&SECTION_ID=550&ELEMENT_ID=4334 )

Завидуешь? smile.gif Все еще впереди.



Guest 26.10.2011 12:29
(-Ъ- @ 26.10.2011 12:01)
Ссылка на исходное сообщение  Завидуешь? smile.gif  Все еще впереди.

chemu zavidovat' - tomu, chto rebyata iz helikona ne otlichayut chteniya ot nukleotidov? confused.gif



Guest 26.10.2011 13:03
(genseq @ 25.10.2011 08:55)
Ссылка на исходное сообщение  ПЦР-фрагментация ДНК / Л.А.Железная и др. // Биохимия. – 1999. – Т.64, вып.4. - с.447-453.


Генсек - из вот этой Российсской штуки за полдня производится американский Биораптер ценой 20000 евров
переверни его вверх ногами и насади стаканчик подключаемый к 4 градуса циркулируюйщей водяной помпе

получиш суперприбор для создания библиотек для NGS smile.gif

http://www.petsonic.ru/uzo-02-02-01.shtml ( http://www.petsonic.ru/uzo-02-02-01.shtml )



vadich 26.10.2011 16:43
(Guest @ 26.10.2011 11:22)
Ссылка на исходное сообщение  Да нет - просто обалдел откуда у "Хеликона" 318-й чип и откуда 100 миллионов "ридов" на Торренте ? smile.gif


Производительность Ion Torrent сейчас на 314-м чипе составляет от 10 Мб (максимум сейчас до 100Мб), 316-м чипе от 100 Мб (максимум сейчас до 600 Мб), 318-м чипе от 1 Гб (анонсирован будет в конце этого года). https://www3.appliedbiosystems.com/cms/grou.../cms_094139.pdf ( https://www3.appliedbiosystems.com/cms/groups/applied_markets_marketing/documents/generaldocuments/cms_094139.pdf )
Скоро будут Paired End чтения, при этом длина чтения фрагментов больше 400 нуклеотидов: http://www.iontorrent.com/lib/images/PDFs/...ppnote_v12b.pdf ( http://www.iontorrent.com/lib/images/PDFs/pe_appnote_v12b.pdf )



genseq 26.10.2011 19:10
(Guest @ 26.10.2011 06:23)
Ссылка на исходное сообщение  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P.../ukmss-4024.pdf ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2664327/pdf/ukmss-4024.pdf )




Картинки (кликните, чтобы посмотреть полноразмерную):
60.47к -

Guest 27.10.2011 09:08
генсек - найди 10 различий с твоей картинкой smile.gif

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...eq_Adapters.pdf ( http://genomics.med.tufts.edu/documents/protocols/TUCF_Understanding_Illumina_TruSeq_Adapters.pdf )



genseq 29.10.2011 14:24
(Guest @ 27.10.2011 07:08)
Ссылка на исходное сообщение  генсек - найди 10 различий с твоей картинкой smile.gif

http://genomics.med.tufts.edu/documents/pr...eq_Adapters.pdf ( http://genomics.med.tufts.edu/documents/protocols/TUCF_Understanding_Illumina_TruSeq_Adapters.pdf )


Различий практически нет. Просто из протокола Illumina выброшен один ненужный этап, для чего пришлось немного изменить праймеры. rolleyes.gif

Читал протоколы пробоподготовки SOLID. Поражают изобилием ненужных манипуляций. То же самое наблюдается и у Illumina. Клиенты терпят, поскольку боятся экспериментировать. Очень уж дорого стоят стандартные киты. wall.gif А если кто-то и отваживается что-нибудь слегка модифицировать, то это выдают за принципиально новый подход, да ещё и патентуют. Дурдом!



genseq 29.10.2011 14:52
(Guest @ 22.09.2011 12:18)
Ссылка на исходное сообщение  "Для широкого круга юзеров весной они обозначили максимальную производительность в 500 Gb." (ц) smile.gif  генсек - Ссылку на сцену , чтоб языком не трепал smile.gif


Вы были правы. Приношу свои извинения за ошибочную информацию. Производительность HiSeq 2000 весной должна была возрасти до 600 Gb. Правда, с выпуском новых наборов, если не ошибаюсь, была какая-то заминка. Впрочем ошибаюсь я всё чаще и чаще. Сосуды головного мозга прочищает водка, а столько, сколько нужно, мне уже не выпить. weep.gif

600 Gb HiSeq Reagent Kits:
http://www.illumina.com/documents//product...seq_systems.pdf ( http://www.illumina.com/documents//products/brochures/brochure_truseq_v3_advancements_for_hiseq_systems.pdf )



downshifter 30.10.2011 00:18
(genseq @ 29.10.2011 15:52)
Ссылка на исходное сообщение  Вы были правы. Приношу свои извинения за ошибочную информацию. Производительность HiSeq 2000 весной должна была возрасти до 600 Gb. Правда, с выпуском новых наборов, если не ошибаюсь, была какая-то заминка. Впрочем ошибаюсь я всё чаще и чаще. Сосуды головного мозга прочищает водка, а столько, сколько нужно, мне уже не выпить. weep.gif 

600 Gb HiSeq Reagent Kits:
http://www.illumina.com/documents//product...seq_systems.pdf ( http://www.illumina.com/documents//products/brochures/brochure_truseq_v3_advancements_for_hiseq_systems.pdf )


Ну вот тут в соседней комнате 510 ГБ получили smile.gif
А уж какие у них версии реагентов я не знаю frown.gif
Надо спросить wink.gif



downshifter 31.10.2011 21:42
(bee1 @ 31.10.2011 22:27)
Ссылка на исходное сообщение  на таких оверлодах программы Чип-сек и РНК-Сек не работают - передай соседям smile.gif
биоинхфарматики всех стран smile.gif
ты хоть раз пробовал 500 гб сунуть хоть в одну программку Миши Гелфанада ? smile.gif


ну очень содержательный комментарий!
мне неясны только три вопроса:
1) при чём тут рна-сек и чип-сек?
2) при чём тут Гельфанд?
3) при чём тут я? я так, мимо проходил....

confused.gif eek.gif confused.gif



genseq 07.12.2011 17:27
Проект для России. Кто первый будет ругаться? rolleyes.gif



Файл/ы:

Скачать файл puzzle.pdf
Размер:: 528.08к
кол-во скачиваний: 1698




papa Karlo 07.12.2011 21:06
Вы знаете ... я бы вам посоветовал не гонятся за людьми у которых денег куры не клюют и сосредоточиться на чем-нибудь альтернативном с высоким ПиАр выхлопом.
Вы же вроде там где-то в Пущино обитаете? Так вот сейчас в мире пошла волна спроса на оборудование для биологов-любителей, к примеру [ Open PCR project ]. Рзебята из Штатов собрали за 2 месяца 12 000$ с миру по нитке [ Kickstarter] и сделали допотопный Пущинский ПЦРник и продают его за 600$... по всему миру. Можно купить набор сделай сам а можно и уже собранный вариант.

Вам бы там заняться бы дизайном и мелким производством наборов Сделай Сам ну скажем секвенаторов расчитанных именно на любителей. Вот он там что-то от-ПЦРил на той самодельной мыльнице и естественно хотел бы и отсеквенировать. Но на рынке нет пока секвенатора для любителей.... вот вам и ниша .... 2-3 тысячи клиентов по миру наберется. Практически все кто купили этоит ПЦРник захотят и секвенатор прикупить.... но цена должна быть очень низкая , пусть даже и качество не лучшее....

А тот факт что прибор из России только прибавит популярности в этой среде био-хакеров. Они его сами до ума доведут и будут этим жутко гордиться.



Guest-111 07.12.2011 22:50
Очень дельное предложение!



papa Karlo 08.12.2011 01:46
Да не то слово что дельное.... Мне издалека все гораздо виднее чем на местах... :-))

Кстати вам для производства понадобитсся станок - лазерный резак и 3D принтер тоже. Чтоб можно было просто даже дизайн продавать с какими-то ключевыми компонентами вашего производства. Сейчас все так делают.

Лазерный резак штука невыгодная, у нас например в центре технологического творчества молодежи одна минута работы его стоит 1 евро. То есть сделать красиво кубик из 8мм оргстекла 20х20х20 с кучей всяких там дырочек и прорезов обойдется в 60 евро. но если его купить и обслуживать за счет института ... то вполне можно дешево вещи делать.



Guest 08.12.2011 01:56
Нда... А до секвенирования a la rus еще не дошли?



papa Karlo 08.12.2011 02:05
Хорошо бы сделать любительский секвенатор на 300-500 бп.... в пределах $1000 с каким-то невероятно дешевым набором реактивов ( возможно что не особо чистых ) ... Пусть низкокачественно но все по-настоящему.... чтоб был худо-бедно результат. И естественно никакой радиоактивности. Вполне можно можно будет небольшой личный бизнес организовать на этом проекте. Но естественно без налогов и всего прочего.... любительский такой бизнес.



papa Karlo 08.12.2011 02:46
Основной рынок для подобной продукции - это совсем не Россия - поэтому дороже чем за 1000 не пойдет. Вообще американские школьные бюджеты на мелкое оборудование не любят цифру выше $600, тогда как азитаские бюджеты вполне потерпят и 1200.



Guest 08.12.2011 02:52
В принципе набор Юный химик тоже не обязательно сразу все нужные результаты выдавал... А пластмассовый секвенатор на брелке? Или Кен и Барби секвенируют ДНК мамонта - игра для юных мериканских дебилофф.

Меня больше статья и Азия интересуют.



Guest 08.12.2011 02:54
Даже статья скоро своя будет, скорее со-творчество.



papa Karlo 08.12.2011 02:58
Да далась вам эта статья.. господи право... у меня их вполне достаточно. Ценности в них никакой нет. Профессором мне все равно не быть уже. Убитое время. Лучше право бы еще 10 лет назад бы занялся бы чем-нибудь другим.



Guest 08.12.2011 03:12
Запросто профессором можно... Но только молчите о намерениях. smile.gif))



genseq 11.12.2011 10:50
(papa Karlo @ 07.12.2011 19:06)
Ссылка на исходное сообщение  Вам бы там заняться бы дизайном и мелким производством  наборов Сделай Сам ну скажем секвенаторов  расчитанных именно на любителей.  Вот он там что-то от-ПЦРил  на той самодельной мыльнице  и естественно хотел бы и отсеквенировать.  Но на рынке нет пока секвенатора для любителей....  вот вам и ниша .... 2-3 тысячи клиентов по миру  наберется.  Практически все кто купили этоит ПЦРник захотят и секвенатор прикупить.... но цена должна быть очень низкая , пусть даже и качество не лучшее....

А тот факт что прибор из России  только прибавит популярности  в этой среде  био-хакеров.  Они его сами до ума доведут  и будут этим жутко гордиться.


Как-то так? rolleyes.gif



Файл/ы:

Скачать файл Open_SEQ.doc
Размер:: 227к
кол-во скачиваний: 766




papa Karlo 11.12.2011 20:41
Во, прекрасная заявка , и главное понятная.... и я так подозреваю что вы уж увидели целый фронт работ в этом направлении. Станете миллионером - не забудьте про меня , бедного художника из Бельгии.

Лучше всего было бы начать с переделки какого-нибудь существующего прибора в секвенатор... Ну например из ДВД-драйва. Придумать какой-нибудь одноразовый диск со спиральной электрофоретической дорожкой.... типа капнул туда образец в центр , положил на металлическую пластину на льду , подключил к электричеству и через пару часиков вставил в ридер и оппаньки - вот вам сиквенс, 300 бп. Достаточно для начала подробно обосновать дизайн, то есть как это будет работать... с небольшой флеш-анимацией естественно, а уж потом собирать общественное внимание и народные пожертвования на реализацию опытного образца. Вообще тема биохакерства в России пока плохо разработана.... тут вполне есть куда развиваться да и заграница в этом деле весьма благосклонно настроена на помощь.
Почему бы не сделать Пущино центром биохакерского двожения в России? Представляете себе Первый Международный Сьезд Биохакеров в маленькой подмосковной деревушке куда раньше иностранцу без спецразрешения нельзя было и носа сунуть. Человек 30-50 если собрать то и уже событие прогремит на весь мир.

Целые геномы любителям сиквенировать нахрен не надо, а вот какой-нибудь полиморфизм у себя посмотреть или мутацию - это интересно и занимательно. Вы же знаете сколько медики берут за подобные анализы..... а все потому что лицензионные методики запатентованы. Вот уж где раздолье для биохакеров. Я уж молчу об юных Шерлоках Холмсах которым такой аппарат на дому весьма был бы интересен.....по-вполне понятным причинам. Взорвем нахрен весь этот жадный мир патентов и лицензий.... всех на Волю....



comp3v 11.12.2011 22:35
когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе.



papa Karlo 11.12.2011 22:40
А вот и ничего подобного. Конечно уже и сейчас можно отдать образец в центр секвенирования и получить результат через 3 дня за 30 баксов.
То есть самому возиться с секвенатором и реактивами уже нет коммерческого смысла.

Но движение биохакеров совсем не об этом.... это совершенно отдельный рынок. Это любители, хоббиисты...Это другая параллельная вселенная. Там действуют другие мотивации и другие законы.

Низкая стоимость - это необходимое но не достаточное условие. Главное - это открытая ахитектура, возможность залезть внутрь и покопаться там и добавить что-то свое и в конечном итоге рассказать об этом улучшении дизайна и получить одобрение общества таких же любителей. По сути - это параллельная научная деятельность, которая абсолютно свободна от финансовых ветров на рынках и от ограничений прав интеллектуальной собственности.



papa Karlo 11.12.2011 23:00
кстати вслед за секвенатором имеет смысл взять старый советский еще олигосинтезатор ручной и переделать под этот рынок. Пусть там будет максимум длину 30 букв можно сделать, но это нужно будет делать вручную и долго чтоб почувствовать процесс, как в старые добрые времена.

Качество тут тоже непринципиально. Вполне можно открыть небольшое предприятие по выпуску таких любительских синтезаторов в виде наборов - Сделай Сам и наборов реагентов к ним....


Если цена укладывается в некие рамки то огромное количество людей купят просто чтоб своими руками попробовать что это такое.... Просто из любопытства и интереса к новому. Постоянно редко кто этим будет пользоваться. Так же и дети теряют интерес к новым игрушкам довольно быстро, потом их разламывают чтобы посмотреть что там внутри и опять хотят что-нибудь новое.



comp3v 12.12.2011 01:16
(papa Karlo @ 11.12.2011 21:40)
Ссылка на исходное сообщениеГлавное - это открытая ахитектура, возможность залезть внутрь и покопаться там  и добавить что-то свое и в конечном итоге рассказать об этом  улучшении дизайна и получить одобрение общества таких же любителей.  По сути - это параллельная научная деятельность, которая абсолютно свободна от финансовых ветров на рынках и от ограничений прав интеллектуальной собственности.
с этим я вполне согласен.



genseq 12.12.2011 08:09
В одиночку с этой задачей не справиться. Придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Где брать деньги?



vtosha 12.12.2011 09:59
Найти кого-то, кто хочет это делать, и написать совместный грант.



-Ъ- 12.12.2011 10:04
Плотник никогда не исправится - отвлекает занятых людей от "финансовых ветров". smile.gif



papa Karlo 12.12.2011 13:10
В одиночку с этой задачей не справиться. Придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Где брать деньги? ........

Ну вы посмотрите где эти два паренька которые ПЦР в жизни не видели взяли деньги на свой проэкт старого ПЦРника ... собрали с народа на специальном сайте который именно для таких случаев и предназначен. Поэтому нужен просто американский партнер в проект, ибо иностранцам там на сайте денег не собирают, увы. Вот такие вот они американские патриоты.


Деньги можно взять в банке..... банки именно для этого и существуют чтобы давать деньги в долг с риском их невозврата в случае неудачи со старт-апом.

Тем более сейчас банки они все вообще сильно провинились перед обществом и должны как-то искупать свою вину.... и давать деньги на всякие такие вот общественно-полезные работы, практически бесприбыльные.



papa Karlo 14.12.2011 21:47
кстати Генсек... вот тебе хороший проэкт - организовать ФабЛаб в Пущино.... как раз именно под проектные работы на биохакерское оборудование.

..........................

Центр научно-технического творчества студентов в ближайшее время появится в Томском государственном университете систем управления и радиоэлектроники (ТУСУР), сообщает официальный сайт вуза. Планируется, что в рамках этого центра будут работать две лаборатории – проектная с выходом на инженерный центр и программно-аппаратная для создания конструкций моделей. Затем их будут испытывать на специальном полигоне.

Для реализации задуманного в лабораториях планируется установить автоматизированные рабочие места проектировщика кибермоделей, являющиеся собственной тусуровской разработкой, а также американскую лабораторию прототипирования Fab Lab, модификацию производственной лаборатории. С их помощью студент в виртуальном и реальном пространстве сможет создать вполне реальный проект от начала до конца.

Как надеются в руководстве университета, возможность такого проектирования на моделях во многом заменит нынешним студентам практику на производстве на реальном оборудовании и сформирует у них первые навыки проектно-конструкторских работ.



bee1 15.12.2011 03:48
(comp3v @ 11.12.2011 23:35)
Ссылка на исходное сообщение  когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе.


Мы не сделали скандала - нам вождя недоставало.
Настоящих буйных мало - вот и нету вожаков.
Но на происки и бредни сети есть у нас и бредни,
И не испортят нам обедни злые происки врагов!



bee1 15.12.2011 12:37
(comp3v @ 11.12.2011 23:35)
Ссылка на исходное сообщение  когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе.


комп -ниже тонны баксофф геном не упадет даже для бактерий



genseq 15.12.2011 16:58
(bee1 @ 15.12.2011 10:37)
Ссылка на исходное сообщение  комп -ниже тонны баксофф геном не упадет даже для бактерий


Цена экзомов упала ниже тонны баксов:
https://www.23andme.com/exome/ ( https://www.23andme.com/exome/ )
http://bgiamericas.com/human-exome-sequenc...-at-999/exome2/ ( http://bgiamericas.com/human-exome-sequencing-staring-at-999/exome2/ )



bee1 15.12.2011 18:00
(genseq @ 15.12.2011 17:58)
Ссылка на исходное сообщение  Цена экзомов упала ниже тонны баксов:
хттпс://щщщ.23андме.цомехоме/ ( https://www.23andme.com/exome/ )
хттп://бгиамерицас.цом/хуман-ехоме-сеяуенц...-ат-999ехоме2/ ( http://bgiamericas.com/human-exome-sequencing-staring-at-999/exome2/ )

сиквинс плюс биоинхфарматика пока ниже тонны не падает



bee1 15.12.2011 18:06
(genseq @ 15.12.2011 17:58)
Ссылка на исходное сообщение  Цена экзомов упала ниже тонны баксов:
хттпс://щщщ.23андме.цомехоме/ ( https://www.23andme.com/exome/ )
хттп://бгиамерицас.цом/хуман-ехоме-сеяуенц...-ат-999ехоме2/ ( http://bgiamericas.com/human-exome-sequencing-staring-at-999/exome2/ )


даже на хисеке2000 в мултиплексе в одну дорожку врядли менше 1000 баксов будет один прогон



papa Karlo 15.12.2011 20:13
Где Ген-сек-то?
Я уже сам заинтересовался своей идеей со спиральными дорожками на пластиковом диске в которые можно заливать гель , прогонять форез и считывать лазером результат используя переделанный немного ДВД-драйв.

Такую дорожку можно выжигать обычным лазерным резаком, он позволяет не только прожигать натериал насквозь но и на определенную глубину канавку делать. ( Можно даже картины рельефные так рисоватЬ) То есть наверное даже можно использовать обычные СД-диски под это дело. Причем диски могуть быть одноразовые. Учитывая микроскопические размеры дорожек то расход материалов будет минимальным. В принципе - это получиится супер-вариант элетрофорезного устройства с готовым одноразовым катриджем. За счет размеров получится весьма превосходное разрешение.... лучше чем обычный аппарат для фореза.

Няа одном диске можно наверное несколько таких микродорожек прожечь и заполнить гелем. Потом надо как-то микроэлектроды подключить, прогнать форез, зафиксировать и прочитать. Это отличный проэкт как раз для того самого амеериканского проекта Фаблаб. Там все есть для такой разработки.



genseq 15.12.2011 20:45
(papa Karlo @ 15.12.2011 18:13)
Ссылка на исходное сообщение  Где Ген-сек-то?
Я уже сам заинтересовался своей идеей  со спиральными дорожками на пластиковом диске  в которые можно заливать гель , прогонять форез и считывать лазером результат используя  переделанный немного ДВД-драйв.

Такую дорожку можно выжигать обычным лазерным резаком, он позволяет не только прожигать  натериал насквозь но и на определенную глубину канавку делать. ( Можно даже картины рельефные так рисоватЬ) То есть наверное даже можно использовать обычные  СД-диски под это дело.  Причем диски могуть быть одноразовые. Учитывая микроскопические размеры дорожек  то  расход материалов будет минимальным.  В принципе - это получиится супер-вариант элетрофорезного устройства с готовым одноразовым катриджем. За счет размеров получится весьма превосходное разрешение.... лучше чем обычный аппарат для фореза.

Няа одном диске можно наверное несколько таких микродорожек  прожечь и заполнить гелем. Потом надо как-то микроэлектроды подключить, прогнать  форез, зафиксировать и прочитать.  Это отличный проэкт как раз для того самого амеериканского проекта Фаблаб.  Там все есть для  такой разработки.


Здесь я. Не волнуйтесь.

С лазерной резкой и гравировкой знаком. Позавчера получил комплект деталей для сборки форетической камеры в одной фирме и заказал ещё один, с повышенной точностью раскроя, в другой. Стоит это в России 20...30 руб. за метр реза + 3...4 руб. за каждый контур. Ваши цены (за минуту) меня поражают.

Сделать прецизионные канавки гравировкой невозможно. После резки края имеют небольшие оплавленные выступы и приходится браться за напильник. Так что лучше мелкие детали формовать штамповкой. И не из дисков, а из заготовок. Любые материалы сейчас вполне доступны.
В общем, если есть желание, то можете повозиться. Мне идея с переделкой DVD в капиллярный форетический секвенатор кажется слишком сложной и не слишком рациональной. Полупроводниковый аналог PGM сделать намного проще.



papa Karlo 15.12.2011 21:29
Ну не знаю, то что я тут вижу ..... суперпрецизионная работа у лазера.... лучше уже ничем не сделаешь. Какие там заусеницы?
А штамповка - это сами-понимаете уже не любительский уровень. это производство.

Тут ведь речь идет не о сиквенаторе как таковом, а о универсальном микро-форезнике с одноразовыми катриджами которым можно и секвенировать и просто результаты ПЦР смотреть. За счет микро-размеров получается дешевизна реагентов.

Идея диска с канавками весьма красиво смотрится. Тем более что ДВДишник ничего не стоит сам по себе, это уже массовое производство, просто софт нужен новый к нему, чтоб он дорожки считывал.



genseq 15.12.2011 21:47
Наверное, у Вас не обычная, а прецизионная лазерная резка. Это, действительно, стоит дороже, но оно того стоит. Так что дерзайте. Только не забудьте, что для микрофорезника потребуются нанолитровые объёмы. Так что наносить пробы лучше электроимпульсом, и не на гель в канавке, а загонять в капилляр. Но тогда зачем городить спиральные канавки? С капиллярами работать проще. В результате речь идёт уже не о DVD и дисках, а о самодельном капиллярном форезнике.



papa Karlo 16.12.2011 02:26
Ну зачем нанолитровые? Почему бы просто не сделать дорожку скажем квадратную или там полукруглую с размерами 1х1х1 мм. Ну или там 2мм.... Это будет что-то среднее между каппилярником и обычным макро-форезом. То есть обьем образца будет 1 микролитр что вполне удобоваримо, никакого электроимпульса не надо. капаем в разрыв дорожки и все .

Тут приятно то что остается простор для пользователя... он может експериментирвать с длиной, глубиной, профилем ... да практически все можно будет менять. Лазер - он универсальный - как нарисуешь ему так и сделает. Тут ведь нет необходимости в сотнях таких дисков.... это же не обычная лаба.
Капиллярник - это целая история.... замучаешься его воспроизводить. да и неудобен он для редких експериментов не требующих прецизионной точноости в результатах.



genseq 16.12.2011 08:48
Я хороших перспектив
Никогда не супротив.

Вам осталось написать проект и выполнить его. Правда, придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Так что ищите деньги.
Или Вы всё собираетесь сделать своими руками, в свободное от основной работы время и бесплатно? Точнее - за свою зарплату, поскольку бесплатно лазерную резку Вам никто делать не станет.



papa Karlo 16.12.2011 13:17
Я практически все делаю в свободное время и за свой счет :-)) Но у меня приоритеты другие пока... Все болЬше научно-художественные гаджеты. А такой проект с ДНК-диском - это для энтузиастов био-хакеров. Вот в том -то и проблема что на свете очень мало людей с кучей свободного времени, хорошим образованием и желанием что-нибудь своими руками делать. У нас тут тоже хрен найдешь кого... Эта ФабЛаб обородованная по-последнему слову мейкерского движения практически пустая стоит..... приходят интересуются , посмотрят на 3Д-принтер самодельный и уходят , а так чтоб вот проекты какие делать , обсуждать с другими, творческие группы организовывать.. ни хрена не идет процесс. Ну разве что лазерный резак приходят часто пользовать.... но не более того.



genseq 20.12.2011 09:26
А нет ли в Вашей ФабЛаб станка для гидроабразивной резки?

Пытался сделать красивую камеру для фореза с корпусом из стекла и потрохами из оргстекла. Со стеклом всё красиво, а вот красиво склеить оргстекло не получается. Все клеи дают на оргстекле подтёки, трещинки, пузырьки и отпечатки пальцев на оптически идеальных поверхностях. Основная причина - кривые руки, но их переделывать уже поздно. Проще переделать прибор. Но тогда детальки нужно вырезать не из оргстекла, а из стекла, и не лазером, а гидроабразивной резкой. Для получения пробных образцов и доработки чертежей нужно неоднократно мотаться в Москву, а мне это уже основательно надоело.



papa Karlo 20.12.2011 12:29
Ну это неа, ФабЛаб - это прототипирование , тут стекло как-то совсем ни к чему.



-Ъ- 20.12.2011 12:51
(genseq @ 20.12.2011 10:26)
Ссылка на исходное сообщение  А нет ли в Вашей ФабЛаб станка для гидроабразивной резки?

Пытался сделать красивую камеру для фореза с корпусом из стекла и потрохами из оргстекла. Со стеклом всё красиво, а вот красиво склеить оргстекло не получается. Все клеи дают на оргстекле подтёки, трещинки, пузырьки и отпечатки пальцев на оптически идеальных поверхностях. Основная причина - кривые руки, но их переделывать уже поздно. Проще переделать прибор. Но тогда детальки нужно вырезать не из оргстекла, а из стекла, и не лазером, а гидроабразивной резкой. Для получения пробных образцов и доработки чертежей нужно неоднократно мотаться в Москву, а мне это уже основательно надоело.

Генсек, Генсек, аууу ... не отвлекайся на всякие "стекляшки" no.gif . Плотника хлебом не корми - дай по...деть...



papa Karlo 20.12.2011 15:35
Почему хлебом? Я давно уже на рис перешел.



genseq 20.12.2011 17:55
(-Ъ- @ 20.12.2011 10:51)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек, Генсек, аууу ... не отвлекайся на всякие "стекляшки" no.gif . Плотника хлебом не корми - дай по...деть...


"Стекляшки" - это хобби. Отвлекаться на них нерационально, но хобби и не должно быть рациональным. Что касается "плотника", то его художественный склад может оказаться очень полезен для рекламы продукции компании "Clone Torrent". Да и представительство в Евросоюзе было бы очень полезным. Хороших специалистов мало, а готовых п...деть бесплатно ещё меньше, так что не вспугни мне кандидата на на эту вакантную должность. wink.gif



genseq 31.12.2011 16:02
С Новым годом!



Картинки:
Прикреплённое изображение

bee1 01.01.2012 13:29
с новым годом хисеки2000 - не слухайте генсека



genseq 05.01.2012 10:11
Оценка специалистами работы на PGM. Всё лучше и лучше:
http://www.edgebio.com/blog/?p=842 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=842 )



bee1 05.01.2012 23:11
(genseq @ 05.01.2012 11:11)
Ссылка на исходное сообщение  Оценка специалистами работы на ПГМ. Всё лучше и лучше:
хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=842 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=842 )

я вроде уже тебе говорил - економсиквинирование в швейцарии - 10% дорожки Хисека2000 - 300 еврикофф - какого XXXX солдат на форуме обявы выкладует ?



genseq 10.01.2012 09:07
1. В продаже появился Ion 318. beer.gif
2. Ion 316 подешевел более чем на 40%. beer.gif
3. Сервер для PGM тоже стал дешевле на 40%. beer.gif
4. Доступным стало paired-end секвенирование. beer.gif

http://find.lifetechnologies.com/ionfirsttwelve/pr ( http://find.lifetechnologies.com/ionfirsttwelve/pr )
https://products.appliedbiosystems.com/ab/e...e2&catID=608847 ( https://products.appliedbiosystems.com/ab/en/US/adirect/ab;jsessionid=1GlNPG1L18LyhxL0pdYKwh3RQT8J9k4S4DqB2lwLJwSTqbK8D0XQ!-1640947589?cmd=catNavigate2&catID=608847 )
http://www.prnewswire.com/news-releases/io...-136921308.html ( http://www.prnewswire.com/news-releases/ion-torrent-delivers-on-unparalleled-speed-simplicity-and-scalability-enabled-by-semiconductor-technology-136921308.html )



genseq 10.01.2012 22:15
Оказывается, PGM со всеми своими чипами (Ion 314 - 1,5 Mp; Ion 316 - 7 Mp; Ion 318 - 12 Mp) уже скоро может устареть. Через пол года должна появиться новая модель - "Ion Proton" (149000$), предназначенная для секвенирования экзомов (чип "Ion Proton™ I Chip" - 165 Mp). К концу года для неё обещают сделать чип на 660 Mp, позволяющий проводить экспрессное полногеномное секвенирование ("Ion Proton™ II Chip") за 1000$.



Guest 11.01.2012 00:19
(genseq @ 10.01.2012 09:07)
Ссылка на исходное сообщение  1. В продаже появился Ion 318. beer.gif


Между тем Иллумина анонсирует Hiseq2500 и трёхкратное увеличение производительности майсека: http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml...6757&highlight= ( http://investor.illumina.com/phoenix.zhtml?c=121127&p=irol-newsArticle&ID=1646757&highlight= )

tongue.gif wink.gif beer.gif jump.gif



genseq 12.01.2012 14:03
Немного о Ion Proton:
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=16709 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=16709 )

Опять о нём же.
Демонстрация Ion Proton на выставке CES 2012 (Consumer Electronics Show 2012):
http://www.youtube.com/watch?v=HidQYCqYwg4 ( http://www.youtube.com/watch?v=HidQYCqYwg4 )



Картинки:
Прикреплённое изображение Прикреплённое изображение Прикреплённое изображение Прикреплённое изображение

Guest 18.01.2012 12:34
(genseq @ 10.01.2012 09:07)
Ссылка на исходное сообщение  1. В продаже появился Ион 318. beer.gif
2. Ион 316 подешевел более чем на 40%. beer.gif
3. Сервер для ПГМ тоже стал дешевле на 40%. beer.gif
4. Доступным стало паиред-енд секвенирование. beer.gif

хттп://финд.лифетечнологиес.цом/ионфирсттщелве/пр ( http://find.lifetechnologies.com/ionfirsttwelve/pr )
хттпс://продуцтс.апплиедбиосыстемс.цом/абе...е2&цатИД=608847 ( https://products.appliedbiosystems.com/ab/en/US/adirect/ab;jsessionid=1GlNPG1L18LyhxL0pdYKwh3RQT8J9k4S4DqB2lwLJwSTqbK8D0XQ!-1640947589?cmd=catNavigate2&catID=608847 )
хттп://щщщ.прнещсщире.цом/нещс-релеасес/ио...-136921308.хтмл ( http://www.prnewswire.com/news-releases/ion-torrent-delivers-on-unparalleled-speed-simplicity-and-scalability-enabled-by-semiconductor-technology-136921308.html )


где 318 ? confused.gif

Протон1 с 165 лимонов ячеек это очередной миф ? confused.gif



genseq 21.01.2012 08:35
Интервью Ротберга от 20.01.2012 г.:
http://www.bloomberg.com/video/84660602/ ( http://www.bloomberg.com/video/84660602/ )

Начался приём заявок на Ion Proton:
http://www.dailydisruption.com/2012/01/lif...e-day-for-1000/ ( http://www.dailydisruption.com/2012/01/life-technologies-introduces-the-benchtop-ion-proton-sequencer-designed-to-decode-a-human-genome-in-one-day-for-1000/ )



Картинки (кликните, чтобы посмотреть полноразмерную):
48.47к -

bee1 21.01.2012 13:12
уболтал - куплю ионпротон smile.gif

похоже на 165 лимонов лунок - 20 лимонов пройдет даже при самых кривых руках smile.gif

похоже на протона можно впряямую перенести чип-екзо изза индивидуальных адаптеров , а не Y иллумины
http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2811%2901351-1 ( http://www.cell.com/abstract/S0092-8674%2811%2901351-1 )

у кого есть планы сделать ChIP-exo протокол на ион-протоне ? поделитесь резалтами smile.gif

почему мне рекламу на ион-протон шлет инвитроген , а не аби ?

дезайн ион-протона плавно перешел в верити и степана smile.gif

(bee1 @ 21.01.2012 23:39)
Ссылка на исходное сообщение  дезайн ион-протона плавно перешел в верити и степана smile.gif

http://tools.invitrogen.com/content/sfs/br.../cms_039232.pdf ( http://tools.invitrogen.com/content/sfs/brochures/cms_039232.pdf )

генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ?



genseq 26.01.2012 08:24
(bee1 @ 25.01.2012 22:04)
Ссылка на исходное сообщение  генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ?


Зависит от задач. Если для секвенирования de novo, то MiSeq. Если для ресеквенирования, то Ion Proton. Но только не из первой партии. Самые первые образцы всегда имеют неноделки.

Правда, всё может быстро измениться. Если у "протона" будет предусмотрено использование дНТФ с удаляемыми арильными блокаторами 3'-концевого гидроксила, то он подойдёт и для секвенирования de novo.



Картинки:
Прикреплённое изображение

Guest 26.01.2012 12:35
меня начинает смущать количество ридов на новом мисеке и на протоне : 15 миллионов на мисеке против 165 миллионов на протоне ? smile.gif

тогда РНК-сек и Чип-сек лучше будет на протоне - на мисеке 10 миллионов откартированных ридов маловато будет



genseq 26.01.2012 18:14
(bee1 @ 21.01.2012 11:12)
Ссылка на исходное сообщение 
генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ?


Лично мне сейчас покупать ничего не надо. Но очень надо несколько использованных Ion 314. Неужели купить неиспользованные проще, чем найти использованные?



-Ъ- 27.01.2012 11:44
Генсек. мы что купить не можем? Раз такая пьянка, давай купим парочку!
Пользоваться б.у - это же такой... ну сам понимаешь. smile.gif



genseq 27.01.2012 14:59
(-Ъ- @ 27.01.2012 09:44)
Ссылка на исходное сообщение  Генсек. мы что купить не можем? Раз такая пьянка, давай купим парочку!
Пользоваться б.у - это же такой... ну сам понимаешь. smile.gif


Мне ими не пользоваться. Мне их распилить. И желательно побыстрее. А новые будут добираться 2...3 месяца. Да и рука на них не поднимется.



bee1 27.01.2012 20:01
(genseq @ 26.01.2012 19:14)
Ссылка на исходное сообщение  Лично мне сейчас покупать ничего не надо. Но очень надо несколько использованных Ион 314. Неужели купить неиспользованные проще, чем найти использованные?


скорее всего - да smile.gif минимальная упаковка в 4 314-х чипа вроде 800 ефриков ? smile.gif

Самое интересное Ион Прот6он реально убивает Ион Торрент на корню - скоро Ионы Торренты вместе с 314, 316 и 318 будут дарить в нагрузку smile.gif

У меня большое подозрение, что Ионы Торренты и 314, 316, 318 - это типичный способ АБИ продавать бета-версии разработок лохам smile.gif



genseq 29.01.2012 14:05
И это всё о нём (Jonathan Rothberg в Давосе smile.gif ):
http://business.inquirer.net/41995/davos-w...f-life-in-hours ( http://business.inquirer.net/41995/davos-wowed-by-device-that-reads-code-of-life-in-hours )
http://www.theaustralian.com.au/news/break...y-1226256549591 ( http://www.theaustralian.com.au/news/breaking-news/dna-reader-tipped-to-revolutionise-health/story-fn3dxity-1226256549591 )



Картинки:
Прикреплённое изображение

genseq 07.02.2012 07:21
(bee1 @ 27.01.2012 18:01)
Ссылка на исходное сообщение  скорее всего - да smile.gif минимальная  упаковка в 4 314-х чипа вроде 800 ефриков ? smile.gif

Самое интересное Ион Прот6он реально убивает Ион Торрент на корню - скоро Ионы Торренты вместе с 314, 316 и 318 будут дарить в нагрузку smile.gif

У меня большое подозрение, что Ионы Торренты и 314, 316, 318 - это типичный способ АБИ продавать бета-версии разработок лохам smile.gif


Новость дня - появление чипов для PGM на "барахолке" eBay jump.gif :
выставлены на продажу 4 упаковки чипов Ion 316 (по 4 шт. в каждой).
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )

Стартовая цена аукциона - 500$ за упаковку (каталожная - 1200$) wink.gif :
http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Se...=item3a70294b87 ( http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Sequencing-Chip-4-Pack-BRAND-NEW-UNOPENED-/250989857671?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item3a70294b87 )



Guest 07.02.2012 13:56
(genseq @ 07.02.2012 07:21)
Ссылка на исходное сообщение  Новость дня - появление чипов для ПГМ на "барахолке" еБаы jump.gif :
выставлены на продажу 4 упаковки чипов Ион 316 (по 4 шт. в каждой).
хттп://сеяансщерс.цом/форумс/шощтхреад.пхп?т=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )

Стартовая цена аукциона - 500$ за упаковку (каталожная - 1200$)  wink.gif :
хттп://щщщ.ебаы.цом/итм/Ион-Торрент-316-Се...=итем3а70294б87 ( http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Sequencing-Chip-4-Pack-BRAND-NEW-UNOPENED-/250989857671?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item3a70294b87 )


у АБИ очень интересный курс евро/доллар smile.gif примерно 0.8 smile.gif



Guest 07.02.2012 14:04
(genseq @ 07.02.2012 07:21)
Ссылка на исходное сообщение  Новость дня - появление чипов для ПГМ на "барахолке" еБаы jump.gif :
выставлены на продажу 4 упаковки чипов Ион 316 (по 4 шт. в каждой).
хттп://сеяансщерс.цом/форумс/шощтхреад.пхп?т=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )

Стартовая цена аукциона - 500$ за упаковку (каталожная - 1200$)  wink.gif :
хттп://щщщ.ебаы.цом/итм/Ион-Торрент-316-Се...=итем3а70294б87 ( http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Sequencing-Chip-4-Pack-BRAND-NEW-UNOPENED-/250989857671?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item3a70294b87 )


в германии 316 кит на 4 чипа - 1380 евриков с налогом будет smile.gif



-Ъ- 07.02.2012 14:12
Все больше и больше убеждаюсь что проекты по полногеномному секвенированию - мафиозные проекты! frown.gif
Лохи вовлечены в финансирование "передовой науки", покупая "промежуточную" красиво упакованную какашку! mad.gif Даром не взял бы...
Пардон, сорвалось.



Guest 07.02.2012 14:37
(-Ъ- @ 07.02.2012 14:12)
Ссылка на исходное сообщение  Все больше и больше убеждаюсь что проекты по полногеномному секвенированию - мафиозные проекты! frown.gif
Лохи вовлечены в финансирование "передовой науки", покупая "промежуточную" красиво упакованную какашку! mad.gif Даром не взял бы...
Пардон, сорвалось.


дк деньги-то народные smile.gif чего их жалеть smile.gif



-Ъ- 07.02.2012 14:40
(Guest @ 07.02.2012 15:37)
Ссылка на исходное сообщение  дк деньги-то народные smile.gif чего их жалеть smile.gif

А у меня вот уже 20 лет деньги не народные! frown.gif



Guest 07.02.2012 14:43
(-Ъ- @ 07.02.2012 14:40)
Ссылка на исходное сообщение  А у меня вот уже 20 лет деньги не народные! frown.gif


дк вроде некоторые тоже не нанародные деньги Ионы Торренты впервые в стране "запускают в коссмос" smile.gif Типа Торрент-Фобос smile.gif

http://www.genoanalytica.ru/ ( http://www.genoanalytica.ru/ )

"Компания Геноаналитика приобрела секвенатор последнего поколения SOLiD 4.

Данная система позволяет получать сиквенсы более высокого качества при меньшей стоимости запуска.Новый оптимизированный набор реагентов и протокол секвенирования обеспечивают более равномерное покрытие генома. Это способствует увеличению производительности и точности получаемых результатов для всех приложений. " ©

smile.gif)))))))))))


Компания Геноаналитика сможет провести картирование «ридов», определить расстояние между «ридами» на референсном геноме, посчитать статистику по нуклеотидным заменам, коротким инсерциям и делециям, провести SNPcalling, найти пики в ChipSeq эксперименте. " ©

smile.gif)))))))))))))

"найти пики в ChipSeq эксперименте" ©

Задача ловца: найти черную кошку в темной комнате ..



"итого 0.00 рублей " ©

http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334 ( http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?IBLOCK_ID=4&SECTION_ID=549&ELEMENT_ID=4334 )



Guest 07.02.2012 15:57
(Guest @ 07.02.2012 15:56)
Ссылка на исходное сообщение  "итого 0.00 рублей " ©

http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?I...ELEMENT_ID=4334 ( http://www.helicon.ru/catalog/detail.php?IBLOCK_ID=4&SECTION_ID=549&ELEMENT_ID=4334 )

"Наименование Артикул Цена Кол-во
Personal Genome Machine (Ion torrent) 4462917
ИТОГО 0.00 руб. " ©



-Ъ- 07.02.2012 17:45
(Guest @ 07.02.2012 15:37)
Ссылка на исходное сообщение  дк деньги-то народные smile.gif чего их жалеть smile.gif

Ты можешь дальше ржать... wink.gif
http://www.genotek.ru/R&D ( http://www.genotek.ru/R&D ) Крутой бижнеш. umnik.gif - деньги народу возвращают. smile.gif



Guest 07.02.2012 17:50
(-Ъ- @ 07.02.2012 17:45)
Ссылка на исходное сообщение  Ты можешь дальше ржать... wink.gif
хттп://щщщ.генотек.ру/Р&Д ( http://www.genotek.ru/R&D )  Крутой бижнеш. umnik.gif - деньги народу возвращают. smile.gif


ну и почем услуги в этой конторке на ХиСеке 2-ООО? smile.gif



Guest 07.02.2012 17:58
(Guest @ 07.02.2012 17:50)
Ссылка на исходное сообщение  ну и почем услуги в этой конторке на ХиСеке 2-ООО? smile.gif

Вам уже возвернули? confused.gif



Guest 07.02.2012 17:59
(Guest @ 07.02.2012 17:58)
Ссылка на исходное сообщение  Вам уже возвернули?  confused.gif

тьфу, это не к тому, это был вопрос к Ъ smile.gif



-Ъ- 07.02.2012 18:21
Мне всегда было интересно узнать о "кругообороте капитала" в таких конторах... confused.gif
Неужели можно так заработать на продаже расходки и прочей мелочи, чтобы потом можно было легко купить Хай-, Май-, Торент- и Солид - Секи и зарабатывать деньги, оказывая услуги? confused.gif confused.gif confused.gif

А иногда я смотрю на свои кровные, но тоже недешевые приборы, и думаю - лучше бы я купил.... и .... weep.gif



-Ъ- 07.02.2012 18:22
(Guest @ 07.02.2012 18:50)
Ссылка на исходное сообщение  ну и почем услуги в этой конторке на ХиСеке 2-ООО? smile.gif

Это не ко мне, это к Генсеку.



Guest 07.02.2012 18:25
(-Ъ- @ 07.02.2012 18:21)
Ссылка на исходное сообщение  Мне всегда было интересно узнать о "кругообороте капитала" в таких конторах... confused.gif
Неужели можно так заработать на продаже расходки и прочей мелочи, чтобы потом можно было легко купить Хай-, Май-, Торент- и Солид - Секи и зарабатывать деньги, оказывая услуги? confused.gif  confused.gif  confused.gif

А иногда я смотрю на свои кровные, но тоже недешевые приборы, и думаю - лучше бы я купил.... и .... weep.gif


да вы прям как будто не знаете, что они сами ничего не покупали? confused.gif это ж аутсорсеры.



-Ъ- 07.02.2012 18:40
(Guest @ 07.02.2012 19:25)
Ссылка на исходное сообщение  да вы прям как будто не знаете, что они сами ничего не покупали? confused.gif  это ж аутсорсеры.

Ладно, не буду задавать наивные вопросы в прямом эфиры....
Признаться, тоже очень хочется "народные средства возвращать"... shuffle.gif



Guest 08.02.2012 02:47
Работайте лучше! Сиквенируйте и моделируйте! Чтобы у меня недвижимость в цене не упала.

Это в прокуратуру уже вопросы.



Notch 08.02.2012 10:13
(-Ъ- @ 07.02.2012 19:22)
Ссылка на исходное сообщение  Это не ко мне, это к Генсеку.


см. на сайте:
1 дорожка
Иллюмина -54 т.р.
1/4 слайда
Солид 91 т.р.

7 дорожек (ячкйка)
И-326 т.р.
1 слайд
С-217 т.р.

Интересно, что они будут делать со своими приборами после появления Ion Proton.

Кстати, кто там его приобрел? smile.gif



Notch 08.02.2012 10:19
(Guest @ 07.02.2012 16:57)
Ссылка на исходное сообщение  "Наименование  Артикул  Цена  Кол-во
Personal Genome Machine (Ion torrent)  4462917 


Сдается мне, что скоро такие машинки будут стоить не дороже обычного секвенатора. smile.gif А то и амплификатора. smile.gif



genseq 08.02.2012 10:20
(genseq @ 07.02.2012 05:21)
Ссылка на исходное сообщение  Новость дня - появление чипов для PGM на "барахолке" eBay jump.gif :
выставлены на продажу 4 упаковки чипов Ion 316 (по 4 шт. в каждой).
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )

Стартовая цена аукциона - 500$ за упаковку (каталожная - 1200$)  wink.gif :
http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Se...=item3a70294b87 ( http://www.ebay.com/itm/Ion-Torrent-316-Sequencing-Chip-4-Pack-BRAND-NEW-UNOPENED-/250989857671?pt=LH_DefaultDomain_0&hash=item3a70294b87 )


На eBay "наехала" Life Tech. Кажется, за незаконное использование фотографии чипа. Осталось только обсуждение этой истории:
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )



Guest 08.02.2012 10:47
(Notch @ 08.02.2012 10:13)
Ссылка на исходное сообщение 
Кстати, кто там его приобрел?  smile.gif


да никто его там не приобретал, вы чего frown.gif они просто переправляют образцы за границу.
а ион, хоть торрент, хоть протон - хайсеку не помеха. Ион никогда не избавится от своего первородного греха - ошибок в гомополимерах.



Notch 08.02.2012 10:59
(Guest @ 08.02.2012 11:47)
Ссылка на исходное сообщение  да никто его там не приобретал, вы чего frown.gif они просто переправляют образцы за границу.
а ион, хоть торрент, хоть протон - хайсеку не помеха. Ион никогда не избавится от своего первородного греха - ошибок в гомополимерах.



а что, есть такая информация?
И чему могут помешать данные ошибки?



Guest 08.02.2012 11:07
(Notch @ 08.02.2012 10:59)
Ссылка на исходное сообщение  а что, есть такая информация?
И чему могут помешать данные ошибки?

Э-э-э...
Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а pH. Результат немного предсказуем smile.gif
http://www.edgebio.com/blog/?p=442 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=442 )
http://www.illumina.com/documents/analysis...application.pdf ( http://www.illumina.com/documents/analysis_of_inaccuracies_in_ion_torrent_long_read_application.pdf )
Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.



genseq 08.02.2012 14:04
(Guest @ 08.02.2012 08:47)
Ссылка на исходное сообщение  ... Ион никогда не избавится от своего первородного греха - ошибок в гомополимерах.


У Ion Proton в реагентном отсеке на картинках видны не 4 (как у PGM), а 8 ёмкостей с реагентами. Не исключено, что они предназначены для дНТФ с блокированными 3'-группами, и уже на следующей неделе (на AGBT) будет анонсирована ликвидация "первородного греха" (ошибок в гомополимерах) jump.gif . В патентах это уже давно описано umnik.gif .



guest: Olga 08.02.2012 16:06
(genseq @ 27.01.2012 14:59)
Ссылка на исходное сообщение  Мне ими не пользоваться. Мне их распилить. И желательно побыстрее.

Гордость распирает, когда знаешь, что не перевелись на земле русской умельцы lol.gif
или уже не на русской, но все -равно "знай наших!"
smile.gif



Guest 08.02.2012 16:09
(Guest @ 08.02.2012 11:07)
Ссылка на исходное сообщение  Э-э-э...
Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а пХ. Результат немного предсказуем smile.gif
хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=442 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=442 )
хттп://щщщ.иллумина.цом/доцументс/аналысис...апплицатион.пдф ( http://www.illumina.com/documents/analysis_of_inaccuracies_in_ion_torrent_long_read_application.pdf )
Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.


smile.gif интересно скока фреймшифты фигачут РНК-Секи риды в "мусор" ?
На Хисеке я делаю РНК-Секи 50+50 - пока РПКМы правильные для актина и других хаускиперов smile.gif

(Guest @ 08.02.2012 11:07)
Ссылка на исходное сообщение  Э-э-э...
Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а пХ. Результат немного предсказуем smile.gif
хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=442 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=442 )
хттп://щщщ.иллумина.цом/доцументс/аналысис...апплицатион.пдф ( http://www.illumina.com/documents/analysis_of_inaccuracies_in_ion_torrent_long_read_application.pdf )
Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.


РНКа-секи на Торренте не сделать: 100-200 миллионов одноконцевых ридов на одно выделение кДНК замучишся получать smile.gif

(genseq @ 08.02.2012 14:04)
Ссылка на исходное сообщение  У Ион Протон в реагентном отсеке на картинках видны не 4 (как у ПГМ), а 8 ёмкостей с реагентами. Не исключено, что они предназначены для дНТФ с блокированными 3ь-группами, и уже на следующей неделе (на АГБТ) будет анонсирована ликвидация "первородного греха" (ошибок в гомополимерах) jump.gif . В патентах это уже давно описано umnik.gif .

Кстати, о дНТФ. Не сможет ли кто-нибудь обработать их бромацетоном и получить производные с блокированными 3ь-ОХ групами wall.gif ?


а улучшения в "емульшн ПЦР" ? wink.gif или уже без "емульшн" ? smile.gif

(Guest @ 08.02.2012 11:07)
Ссылка на исходное сообщение  Э-э-э...
Вы описание технологии читали? Технология аналогична 454, с той разницей, что детектируются изменения не света, а пХ. Результат немного предсказуем smile.gif
хттп://щщщ.едгебио.цом/блог/?п=442 ( http://www.edgebio.com/blog/?p=442 )
хттп://щщщ.иллумина.цом/доцументс/аналысис...апплицатион.пдф ( http://www.illumina.com/documents/analysis_of_inaccuracies_in_ion_torrent_long_read_application.pdf )
Чему помешать - да практически всему, а в первую очередь - де ново секвнированию транскриптомов. Индель в транскрипте ведет к фреймшифту, а фреймшифты ведут к проблемам с аннотацией.


на Протоне с 165 миллионов дырок - даже если сильно накасячишь - 20-30 лимонов картируемых ридов наверно останется для Чип-Секов и РНКа-секов confused.gif

(Notch @ 08.02.2012 10:59)
Ссылка на исходное сообщение  а что, есть такая информация?
И чему могут помешать данные ошибки?


ну для Чип-секов пофиг - риды 40-50 нормально картируются с "2 мисмача"
Вот тут есть суперметод ЧИП-екзо - но он зараза адаптирован под АБИшные СОЛИДы с лигированием адаптеров в два приема smile.gif
Если его адаптировать на Протоны - то заманчиво smile.gif
http://www.sciencedirect.com/science/artic...092867411013511 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411013511 )



Guest 08.02.2012 18:21
(Guest @ 08.02.2012 18:17)
Ссылка на исходное сообщение  ну для Чип-секов пофиг - риды 40-50 нормально картируются с "2 мисмача"
Вот тут есть суперметод ЧИП-екзо - но он зараза адаптирован под АБИшные СОЛИДы с лигированием адаптеров в два приема smile.gif
Если его адаптировать на Протоны - то заманчиво smile.gif
http://www.sciencedirect.com/science/artic...092867411013511 ( http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867411013511 )

http://www.huck.psu.edu/about/news-archive...hee-dna-mapping ( http://www.huck.psu.edu/about/news-archive/pugh-rhee-dna-mapping )



Guest 09.02.2012 16:53
Baylor College of Medicine, Yale School of Medicine, and The Broad Institute, have each signed up for multiple Ion Proton™ Sequencers and will be the first customers to adopt this transformative technology.



Guest 21.02.2012 17:36
(genseq @ 08.02.2012 14:04)
Ссылка на исходное сообщение  У Ion Proton в реагентном отсеке на картинках видны не 4 (как у PGM), а 8 ёмкостей с реагентами. Не исключено, что они предназначены для дНТФ с блокированными 3'-группами, и уже на следующей неделе (на AGBT) будет анонсирована ликвидация "первородного греха" (ошибок в гомополимерах) jump.gif . В патентах это уже давно описано umnik.gif .

http://en.wikipedia.org/wiki/Osborne_effect ( http://en.wikipedia.org/wiki/Osborne_effect )



comp3v 21.02.2012 22:02
вот интересно, насколько хорош в реальности MinION окажется - его, вроде как, аж прямо в этом году обещают начать продавать за нереально маленькие деньги...



genseq 22.02.2012 06:29
(comp3v @ 21.02.2012 20:02)
Ссылка на исходное сообщение  вот интересно, насколько хорош в реальности MinION окажется - его, вроде как, аж прямо в этом году обещают начать продавать за нереально маленькие деньги...


Насчёт этого года звучало довольно невнятно.
Показывали не прибор, а "концепт" - корпус, в котором предполагается размещать и биосенсоры, и минисеквенаторы.
"Нереально маленькие деньги" - это 900$. Только учтите, "прибор" за эти деньги будет одноразовым.



comp3v 22.02.2012 06:44
ааа, насчёт одноразовости-то я не увидел. Тогда, конечно, немного менее заманчиво.



comp3v 28.03.2012 17:46
вот ещё, из любопытных новостей:
Ученые из Нью-Йоркского и Калифорнийского университетов объявили, что разработали метод определения последовательности ДНК, анализируя ее изображения, полученные атомно-силовым микроскопом. <...> Для определения последовательности к молекулам ДНК присоединяются наночастицы, затем молекулу наносят на подложку и сканируют скоростным атомно-силовым микроскопом. Подробности обработки ДНК и характер специфичного присоединения наночастиц в зависимости от последовательности ДНК в пресс-релизе не приводятся.
- это Lenta.ru ( http://lenta.ru/news/2012/03/28/seq/ ) <- via physorg.com ( http://www.physorg.com/news/2012-03-molecular-braille-dna-molecules.html ) <- via NYU ( http://www.nyu.edu/about/news-publications/news/2012/03/27/researchers-create-molecular-braille-to-identify-dna-molecules.html ); сама статья должна выйти в JRSIF ( http://rsif.royalsocietypublishing.org/ ).



genseq 29.03.2012 12:26
Спасибо за информацию. Впервые увидел ссылку на свой старый (2004 г.) обзор по пиросеквенированию:
http://molbiol.ru/bio/001/001.html ( http://molbiol.ru/bio/001/001.html )
Наконец-то он хоть кому-то пригодился! Чуть не прослезился. weep.gif



papa Karlo 29.03.2012 16:45
Работа финансировалась Национальным научно-исследовательским институтом генома человека (National Human Genome Research Institute) в рамках программы поиска технологии, позволяющей осуществлять отдельные секвенирования менее чем за 1000 долларов. По словам профессора Гундлаха, до сих пор стоимость одного исследования измерялась сотнями тысяч долларов, но с новой технологией его можно будет провести всего за 10 долларов и 15 минут.



Guest 29.03.2012 17:09
http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/34149 ( http://dspace.mit.edu/handle/1721.1/34149 )



BVS 31.03.2012 17:56
(genseq @ 22.02.2012 04:29)
Ссылка на исходное сообщение  Насчёт этого года звучало довольно невнятно.
Показывали не прибор, а "концепт" - корпус, в котором предполагается размещать и биосенсоры, и минисеквенаторы.
"Нереально маленькие деньги" - это 900$. Только учтите, "прибор" за эти деньги будет одноразовым.


Если я правильно понял из пресс-релиза, анонсируется возможность полногеномного секвенирования. Получается, что стоимость геномного секвенирования в таком случае будет сопоставима с Протоном (вроде-как 1000 долларов). При этом, отсутствует статья "амортизация оборудования" стоимостью 150 килоденег. Выходит, что применение "Миньона" будет дешевле, чем протона. Вопрос только в достоверности получаемых данных. К сожалению, информации о точности предлагаемой методики я не нашёл.



Guest 01.04.2012 00:39
(papa Karlo @ 29.03.2012 16:45)
Ссылка на исходное сообщение  Работа финансировалась Национальным научно-исследовательским институтом генома человека (National Human Genome Research Institute) в рамках программы поиска технологии, позволяющей осуществлять отдельные секвенирования менее чем за 1000 долларов. По словам профессора Гундлаха, до сих пор стоимость одного исследования измерялась сотнями тысяч долларов, но с новой технологией его можно будет провести всего за 10 долларов и 15 минут.


http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId=221&d_no=45900 ( http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId=221&d_no=45900 )



genseq 01.04.2012 10:24
(Guest @ 31.03.2012 22:39)
Ссылка на исходное сообщение  http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId=221&d_no=45900 ( http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId=221&d_no=45900 )


Спасибо за ссылку на очередную сенсацию "нанопорщиков", которую поспешили растиражировать многие сайты. Стараюсь не обращать внимание на подобную ерунду, но очень уж привлекательно всё выглядит у корреспондентов.

Добыл исходную статью в Nature Biotechnology:
http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncu...l/nbt.2171.html ( http://www.nature.com/nbt/journal/vaop/ncurrent/full/nbt.2171.html )

Скачать файл Msp_phi29_nanopore.pdf
Размер:: 746.85к
кол-во скачиваний: 251



Изучил shuffle.gif . В очередной раз убедился, что в этой области дела обстоят всё лучше и лучше, но результат неизменен - "оно уже мажется на хлеб". wall.gif wall.gif wall.gif weep.gif



Guest 01.04.2012 12:25
Ну когда уже, наконец, появится гаджет типа глюкометра, чтобы пойти в аптеку и купить?



mlog 03.04.2012 02:56
Очень интересная ссылочка: http://thechart.blogs.cnn.com/2012/04/02/a...enetic-testing/ ( http://thechart.blogs.cnn.com/2012/04/02/a-warning-against-genetic-testing/ )

всем теоретикам и практикам NGS'а рекомендую smile.gif



comp3v 03.04.2012 03:04
статья действительно очень разумная, но не столько "теоретикам и практикам NGS'а" (их дело прочитать геном и обработать данные), сколько потенциальным пациентам и врачам. Причём пациентам даже в первую очередь, потому что основная мысль статьи - "More than just genes contribute to someone getting the disease" - для нормального врача и так очевидна.



genseq 03.04.2012 11:17
Хотел использовать для секвенатора некоторые детали из конструктора Lego. Идея оказалась не новой:
http://bioinformaticscore.blogspot.com.au/...01_archive.html ( http://bioinformaticscore.blogspot.com.au/2011_04_01_archive.html )
http://bioinformaticscore.blogspot.com/201...inion-lego.html ( http://bioinformaticscore.blogspot.com/2012/03/minion-lego.html )
http://thegenomefactory.blogspot.com/2012/...-sequencer.html ( http://thegenomefactory.blogspot.com/2012/03/lego-ion-pgm-sequencer.html )



Guest 03.04.2012 16:54
http://science.compulenta.ru/670901/ ( http://science.compulenta.ru/670901/ )

http://stm.sciencemag.org.sci-hub.org/cont...anslmed.3003380 ( http://stm.sciencemag.org.sci-hub.org/content/early/2012/04/02/scitranslmed.3003380 )



BVS 03.04.2012 23:27
По поводу статьи.
Во первых, никто и не говорил о том, что секвенирование - панацея от всех бед! Как говаривал один умный человек - "не влюбляйтесь (занимайтесь любовью) в метод!" (с) Надо всему знать меру и понимать, что метод - всего лишь инструмент (хороший/плохой, подходящий/неподходящий, достаточный/недостаточный) для решения той или иной биологической задачи. Молекулярщику достаточно помнить, что он в первую очередь биолог и соответственно мыслить, чтобы обезопасить себя от соблазна полностью полагаться на один, пусть и эффективный, но инструмент добывания информации определённого рода. wink.gif
Ну и во вторых, кто сказал, что нам в настоящий момент известны все мутации, сцепленные с теми или иными болезнями/предрасположенностями/синдромами и т.д.??? То, что известно нам - лишь самая верхушка айсберга, да и та стала нам известна во многом случайно, учитывая серьёзную методологическую лимитированность современной науки. ИМХО, объём новых знаний, благодаря развитию геномного секвенирования будет нарастать лавинообразно и тут уже впору задуматься над тем, сколь эффективно научная общественность сможет использовать такой массив информации...
Звыняйте за патетику, что-то накатило smile.gifsmile.gifsmile.gifsmile.gif



Guest 03.04.2012 23:32
(BVS @ 03.04.2012 23:27)
Ссылка на исходное сообщение ИМХО, объём новых знаний, благодаря развитию геномного секвенирования будет нарастать лавинообразно и тут уже впору задуматься над тем, сколь эффективно научная общественность сможет использовать такой массив информации...
Звыняйте за патетику, что-то накатило smile.gifsmile.gifsmile.gifsmile.gif



А хватит ли квалифицированных сотрудников, чтобы обрабатывать такой массив информации? Не пора ли уже начинать их готовить?



mlog 03.04.2012 23:48
(BVS @ 04.04.2012 00:27)
Ссылка на исходное сообщение  По поводу статьи.
Во первых, никто и не говорил о том, что секвенирование - панацея от всех бед!


Никто не говорил? Совсем-совсем никто? А это что: "Анализ ДНК – ключ к здоровью и долголетию. Генетический анализ – это не только эффективный способ определения индивидуального риска развития заболеваний и переносимости лекарственных препаратов, но и возможность узнать о генетических особенностях поведения, склонностях и способностях человека."
confused.gif eek.gif confused.gif

А это, на минуточку, с заглавной страницы одного из спонсоров molbiol.ru frown.gif



mlog 03.04.2012 23:54
(comp3v @ 03.04.2012 04:04)
Ссылка на исходное сообщение  статья действительно очень разумная, но не столько "теоретикам и практикам NGS'а" (их дело прочитать геном и обработать данные), сколько потенциальным пациентам и врачам. Причём пациентам даже в первую очередь, потому что основная мысль статьи - "More than just genes contribute to someone getting the disease" - для нормального врача и так очевидна.


Пожалуй, да, ты прав. Я на самом деле очень хотела запостить эту ссылку в тему с рекламой г-нотека - там это актуальней -, но убоялась окончательного забанивания smile.gif
Мне как практику статья очень нравится, и она совпадает с моими представлениями - но она полностью поперек мэйнстрима. Так что я решила, что это может быть интересно и в этой теме.



patrol 04.04.2012 07:17
(Guest @ 04.04.2012 00:32)
Ссылка на исходное сообщение  А хватит ли квалифицированных сотрудников, чтобы обрабатывать такой массив информации? Не пора ли уже начинать их готовить?


дык уже начали



genseq 04.04.2012 08:02
(patrol @ 04.04.2012 05:17)
Ссылка на исходное сообщение  дык уже начали


Это Вы про биофак МГУ? confused.gif



patrol 04.04.2012 08:45
(genseq @ 04.04.2012 09:02)
Ссылка на исходное сообщение  Это Вы про биофак МГУ? confused.gif


Я про Петербург
http://bioinf.me/ ( http://bioinf.me/ )

Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.



mlog 04.04.2012 09:11
(patrol @ 04.04.2012 09:45)
Ссылка на исходное сообщение  Я про Петербург
http://bioinf.me/ ( http://bioinf.me/ )

Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.

Лаборатория Певзнера? Ну как там ваш сборщик, можно уже им большие геномы собирать? confused.gif



patrol 04.04.2012 09:54
(mlog @ 04.04.2012 10:11)
Ссылка на исходное сообщение  Лаборатория Певзнера? Ну как там ваш сборщик, можно уже им большие геномы собирать?  confused.gif


Я то сам не оттуда, просто знаком с ними. Про сборщик не могу ничего сказать.



Guest 04.04.2012 10:36
Прежде чем радоваться слабой предсказательной способности генетики, было бы правильнее проанализировать упомянутую выше статью на предмет корректности использованных в ней методов.



Guest 04.04.2012 11:01
(Guest @ 04.04.2012 10:36)
Ссылка на исходное сообщение  Прежде чем радоваться слабой предсказательной способности генетики, было бы правильнее проанализировать упомянутую выше статью на предмет корректности использованных в ней методов.


Сначала советую эту: http://www.nature.com/nature/journal/v483/...ll/483531a.html ( http://www.nature.com/nature/journal/v483/n7391/full/483531a.html )

как опровергнете, приходите снова smile.gif



Guest 04.04.2012 11:29
Дык я прошла в 2010-2011 эти курсы. И что? Мне предложили работу? На минуточку - биолог, а не программер.

(patrol @ 04.04.2012 08:45)
Ссылка на исходное сообщение  Я про Петербург
http://bioinf.me/ ( http://bioinf.me/ )

Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.




Guest 04.04.2012 11:31
А зачем новые сборщики???
В интернете их навалом. Для неленивых. Поискать никак?
А будет еще больше.
smile.gif
А вот интерпретировать вал информации чисто математических мозгов может не хватить. Нужны биологи.


(mlog @ 04.04.2012 09:11)
Ссылка на исходное сообщение  Лаборатория Певзнера? Ну как там ваш сборщик, можно уже им большие геномы собирать?  confused.gif




Guest 04.04.2012 11:35
(patrol @ 04.04.2012 08:45)
Ссылка на исходное сообщение 
Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.



Создавать программы-да. И только. Для одного этапа работы. Хотя, повторяю, программ, бесплатных и так уже море в интернете. tongue.gif
И не верю, что математики и информатики могут стать биологами.
Скорее биолог освоит программу, созданную математиками-программерами, а потом будет проводить исследования, которые, не способен спланировать человек -программер.



Guest 04.04.2012 11:48
(patrol @ 04.04.2012 08:45)
Ссылка на исходное сообщение 
Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.


Математики-информатики без биологов могут собрать только геном сферического коня в вакууме yes.gif С другой стороны, биологи без математиков перед громадой данных NGS вообще бессильны.
Поэтому надо не противопоставлять, а объединяться. cool.gif



Guest 04.04.2012 11:52
Так вот меня и удивило, что после курсов Певзнера перед биологами мягко прикрыли дверь. Типа, вы нам не нужны, а параллельно проводились некие низкокачественные курсы по мол. биологии, которые якобы должны были чудесным образом превратить программистов в биологов-программистов.
А то, что биолог учится шесть с половиной лет да еще м.б. аспирантура и прочие стажировки т.п. в рассчет не принимается. Думают, так легко и просто. tongue.gif

(Guest @ 04.04.2012 11:48)
Ссылка на исходное сообщение  Математики-информатики без биологов могут собрать только геном сферического коня в вакууме  yes.gif С другой стороны, биологи без математиков перед громадой данных NGS вообще бессильны.
Поэтому надо не противопоставлять, а объединяться.  cool.gif




молекула 04.04.2012 13:22
Куча программ,в том числе для ассемблинга
Список программ ( http://seqanswers.com/wiki/Software/list )

еще
http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/ind...nalysis_Toolkit ( http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/The_Genome_Analysis_Toolkit )
http://www.openbioinformatics.org/annovar/ ( http://www.openbioinformatics.org/annovar/ )
http://www.bio-itworld.com/news/06/23/2011...g-software.html ( http://www.bio-itworld.com/news/06/23/2011/VAAST-potential-new-genome-mutation-hunting-software.html )

А скоро еще появятся программы с user-friendly интерфейсом. И все.
Нужны будут только биологи.



Guest 04.04.2012 13:58
А для биологов в Питере ничего подобного не будет организовано?
Кто будет обрабатывать и интерпретировать "огромные массивы информации"? wink.gif
Когда уже все user-friendly программы для биологов будут написаны?

(patrol @ 04.04.2012 08:45)
Ссылка на исходное сообщение  Я про Петербург
http://bioinf.me/ ( http://bioinf.me/ )

Считаю такой подход более правильным. Все-таки эти люди должны быть в первую очередь математиками и информатиками, а уже во вторую - биологами.




genseq 04.04.2012 15:34
(patrol @ 04.04.2012 06:45)
Ссылка на исходное сообщение  Я про Петербург
http://bioinf.me/ ( http://bioinf.me/ )


Кстати, о Петербурге. Буду очень рад ошибиться, но там всего один сравнительно геномный секвенатор - GS Junior. Да и тот не в самом Питере, а в Пушкино. Скоро ли появятся другие?



Guest 04.04.2012 15:47
(молекула @ 04.04.2012 13:22)
Ссылка на исходное сообщение  Куча программ,в том числе для ассемблинга
Список программ ( http://seqanswers.com/wiki/Software/list )

еще
хттп://щщщ.броадинституте.орг/гса/щики/инд...налысис_Тоолкит ( http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/The_Genome_Analysis_Toolkit )
хттп://щщщ.опенбиоинформатицс.орг/анновар/ ( http://www.openbioinformatics.org/annovar/ )
хттп://щщщ.био-итщорлд.цом/нещс/06/23/2011...г-софтщаре.хтмл ( http://www.bio-itworld.com/news/06/23/2011/VAAST-potential-new-genome-mutation-hunting-software.html )

А скоро еще появятся программы с усер-фриендлы интерфейсом. И все.
Нужны будут только биологи.


биоинформатиков поубивать надо половину или процентов 70 smile.gif

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1...2164-10-618.pdf ( http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-10-618.pdf )



Guest 04.04.2012 15:57
(молекула @ 04.04.2012 13:22)
Ссылка на исходное сообщение  Куча программ,в том числе для ассемблинга
Список программ ( http://seqanswers.com/wiki/Software/list )

еще
хттп://щщщ.броадинституте.орг/гса/щики/инд...налысис_Тоолкит ( http://www.broadinstitute.org/gsa/wiki/index.php/The_Genome_Analysis_Toolkit )
хттп://щщщ.опенбиоинформатицс.орг/анновар/ ( http://www.openbioinformatics.org/annovar/ )
хттп://щщщ.био-итщорлд.цом/нещс/06/23/2011...г-софтщаре.хтмл ( http://www.bio-itworld.com/news/06/23/2011/VAAST-potential-new-genome-mutation-hunting-software.html )

А скоро еще появятся программы с усер-фриендлы интерфейсом. И все.
Нужны будут только биологи.


с такими базами будут нужны психиатры smile.gif
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...35/?tool=pubmed ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3293935/?tool=pubmed )



Guest 04.04.2012 15:58
(Guest @ 04.04.2012 15:47)
Ссылка на исходное сообщение  биоинформатиков поубивать надо половину или процентов 70 smile.gif

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1...2164-10-618.pdf ( http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-10-618.pdf )



А зачем нам иммунопреципитация хроматина?
Это же для изучения сайтов посадки факторов транскрипции.



Guest 04.04.2012 16:01
(genseq @ 04.04.2012 15:34)
Ссылка на исходное сообщение  Кстати, о Петербурге. Буду очень рад ошибиться, но там всего один сравнительно геномный секвенатор - GS Junior. Да и тот не в самом Питере, а в Пушкино. Скоро ли появятся другие?



Если проследить кому и на что дали мегагранты - а по биоинформатике в Питере их два (!). Один Певзнеровский, а второй в универе.
То есть надежда еще хотя бы на один прибор в Питере. Если тратить мегагранты с умом, а не только на программеров.



Guest 04.04.2012 16:41
(Guest @ 04.04.2012 16:01)
Ссылка на исходное сообщение  Если проследить кому и на что дали мегагранты - а по биоинформатике в Питере их два (!). Один Певзнеровский, а второй в универе.
То есть надежда еще хотя бы на один прибор в Питере. Если тратить мегагранты с умом, а не только на программеров.

По слухам, Стив оБрайен собрался геном амурского тигра секвенировать smile.gif интересно, купит ли под это дело свой секвенатор или нет? confused.gif



Guest 04.04.2012 16:50
(Guest @ 04.04.2012 16:41)
Ссылка на исходное сообщение  По слухам, Стив оБрайен собрался геном амурского тигра секвенировать smile.gif интересно, купит ли под это дело свой секвенатор или нет?  confused.gif


Это, наверное, одна из задач. Ему мегагрант аж 5 млн. выделили. А на выходе один геном амурского тигра??? smile.gif



Guest 04.04.2012 17:00
(Guest @ 04.04.2012 16:50)
Ссылка на исходное сообщение  Это, наверное, одна из задач. Ему мегагрант аж 5 млн. выделили. А на выходе один геном амурского тигра??? smile.gif

да если хоть это будет сделано. и то хорошо...



Guest 04.04.2012 17:03
(Guest @ 04.04.2012 16:50)
Ссылка на исходное сообщение  Это, наверное, одна из задач. Ему мегагрант аж 5 млн. выделили. А на выходе один геном амурского тигра??? smile.gif

там из этих 5 млн можно 60% на зарплату smile.gif так что хорошо бы хоть один smile.gif



Guest 04.04.2012 18:57
(Guest @ 04.04.2012 17:03)
Ссылка на исходное сообщение  там из этих 5 млн можно 60% на зарплату smile.gif так что хорошо бы хоть один smile.gif


Убогий результат. А могли бы тоже какие-нибудь курсы и практические занятия для биологов организовать. Мегагрант кончится, а что останется?



Guest 04.04.2012 23:26
(Guest @ 04.04.2012 11:29)
Ссылка на исходное сообщение  Дык я прошла в 2010-2011 эти курсы. И что? Мне предложили работу? На минуточку - биолог, а не программер.

Ну а что значит "предложили работу"? А должны были? обычно всё-таки люди работу ищут, а не она их smile.gif
даже тут на молбиоле есть несколько вакансий, связанных с биоинформатикой и NGS
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505158 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505158 )
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503278 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503278 )

а вот ещё один мегагрантник ищет сотрудников: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503930 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503930 )

попробуйте туда обратиться, это конструктивней, чем ворчать на Певзнера...



Guest 04.04.2012 23:46
Это Москва.


(Guest @ 04.04.2012 23:26)
Ссылка на исходное сообщение  Ну а что значит "предложили работу"? А должны были? обычно всё-таки люди работу ищут, а не она их smile.gif
даже тут на молбиоле есть несколько вакансий, связанных с биоинформатикой и NGS
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505158 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505158 )
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503278 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503278 )

а вот ещё один мегагрантник ищет сотрудников: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503930 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=503930 )

попробуйте туда обратиться, это конструктивней, чем ворчать на Певзнера...




Guest 04.04.2012 23:48
Если бы такое же, но в Питере. frown.gif



Guest 05.04.2012 00:44
(Guest @ 04.04.2012 23:48)
Ссылка на исходное сообщение  Если бы такое же, но в Питере. frown.gif

в Питере, конечно, хуже frown.gif
НУ вот такое есть: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505258#1310034 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505258#1310034 )
может, им нужны биоинформатики.
ну и оБрайен. У него проект только-только начался.



vtosha 05.04.2012 09:47
Питерских биологов я сама отговаривала от покупки NGSа. По собственному опыту мне представляется, что если денег не бесконечно, а ограничено (грубо говоря, не по 3 млн в год на ближайшее десятилетие), то сначала стоит несколько лет пообрабатывать данные с аутсорсинга, а потом думать, нужен ли себе в лабораторию этот белый слон.

По крайней мере, до той поры, пока секвенирование не удешевят в два раза и оборудование перестанет совершенствоваться каждые полгода.

А что касается биоинформатики, то информатик без знания биологии нафиг не требуется. Пробовали уже. Программы написать могут многие, а как до анализа доходит, тут уже плавание начинается.
Я теперь верю в биоинформатиков с МФТИ и ФББ.
Последнее меня удивляетsmile.gif. До последнего года мне казалось, что они занимаются оторванными от жизни вещами.
Другое дело, что у нас платить им пока немногие могут достойно... Но через несколько лет, когда рынок разовьётся, думаю, они смогут много запрашивать.



Guest 05.04.2012 10:39
(Guest @ 04.04.2012 15:58)
Ссылка на исходное сообщение  А зачем нам иммунопреципитация хроматина?
Это же для изучения сайтов посадки факторов транскрипции.


нам не надо - за нас все американцы сделают smile.gif
100 факторов уже откартировали и ни один не совпадает с предсказанными биоинформатиками сайтами smile.gif
http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ ( http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ )



Guest 05.04.2012 11:36
(Guest @ 05.04.2012 10:39)
Ссылка на исходное сообщение  нам не надо - за нас все американцы сделают smile.gif
100 факторов уже откартировали и ни один не совпадает с предсказанными биоинформатиками сайтами smile.gif
http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ ( http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ )


вот она предсказательная мощь биоинформатики/-ков. tongue.gif



Guest 05.04.2012 11:37
(Guest @ 05.04.2012 00:44)
Ссылка на исходное сообщение  в Питере, конечно, хуже frown.gif
НУ вот такое есть: http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505258#1310034 ( http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=505258#1310034 )
может, им нужны биоинформатики.
ну и оБрайен. У него проект только-только начался.


Про оБрайена ничего не слышно. frown.gif
На этот семинар конечно же нужно идти.



Guest 05.04.2012 15:11
http://jcm.asm.org/content/50/4/1355.full ( http://jcm.asm.org/content/50/4/1355.full )



Guest 05.04.2012 15:20
(Guest @ 05.04.2012 15:11)
Ссылка на исходное сообщение  http://jcm.asm.org/content/50/4/1355.full ( http://jcm.asm.org/content/50/4/1355.full )

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111...0678.x/abstract ( http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1574-695X.2010.00678.x/abstract )



mlog 05.04.2012 18:09
Важнейший для развития применения технологий секвенирования следующего поколения вопрос - как убедить российское представительство одной крупной биотехнологической компании, что наценка в 3 раза - это СЛИШКОМ! mad.gif



vtosha 05.04.2012 18:35
На февраль месяц вроде бы подсчитали, что дело таки в ценах исходной компании? Апрельские ценники выставили?



mlog 05.04.2012 18:36
(vtosha @ 05.04.2012 19:35)
Ссылка на исходное сообщение  На февраль месяц вроде бы подсчитали, что дело таки в ценах исходной компании? Апрельские ценники выставили?

а это я не про иллюмину smile.gif
см. почту.



mlog 05.04.2012 18:39
(vtosha @ 05.04.2012 19:35)
Ссылка на исходное сообщение  На февраль месяц вроде бы подсчитали, что дело таки в ценах исходной компании? Апрельские ценники выставили?

В Штатах хайсек стоил 600 килобаксов, в России миллион - к иллюмине и к ИЛСу у меня вопросов нет yes.gif это вам не в 3 раза.



genseq 10.04.2012 16:26
(Guest @ 10.04.2012 12:15)
Ссылка на исходное сообщение  http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=17458 )


http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064 )



Guest 10.04.2012 16:42
(genseq @ 10.04.2012 16:26)
Ссылка на исходное сообщение  хттп://сеяансщерс.цом/форумс/шощтхреад.пхп?т=19064 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064 )


ну и что ответили ? smile.gif



genseq 10.04.2012 17:01
(Guest @ 10.04.2012 14:42)
Ссылка на исходное сообщение  ну и что ответили ? smile.gif


А разве не видно?



Guest 10.04.2012 17:18
(genseq @ 10.04.2012 17:01)
Ссылка на исходное сообщение  А разве не видно?


не видно smile.gif



genseq 10.04.2012 20:29
(Guest @ 10.04.2012 15:18)
Ссылка на исходное сообщение  не видно smile.gif


Продолжайте наблюдение. wink.gif



comp3v 11.04.2012 08:48
(genseq @ 10.04.2012 17:26)
Ссылка на исходное сообщение  http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064 ( http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=19064 )
честно говоря, на чисто англоязычном форуме задавать вопрос с объясняющим материалом в виде русского текста - выглядит несколько странно. Да и выяснять детали на тему "Clone torrent" в профильной ветке торрента (куда регулярно заходят представители Life Tech) - это граничит, как говорили раньше, "с особым цинизмом" tongue.gif



Guest 11.04.2012 09:13
(genseq @ 10.04.2012 20:29)
Ссылка на исходное сообщение  Продолжайте наблюдение. wink.gif


генсек - тебе что делать нечего , как мыть отработанные чипы торрента ? smile.gif
чипы - не самое дорогое , а влететь в задницу на твоем "отмытом чипе" в пять секунд smile.gif



genseq 11.04.2012 09:14
(comp3v @ 11.04.2012 06:48)
Ссылка на исходное сообщение  честно говоря, на чисто англоязычном форуме задавать вопрос с объясняющим материалом в виде русского текста - выглядит несколько странно. Да и выяснять детали на тему "Clone torrent" в профильной ветке торрента (куда регулярно заходят представители Life Tech) - это граничит, как говорили раньше, "с особым цинизмом"  tongue.gif


"Больше цинизма! Людям это нравится!" (О. Бендер) jump.gif

Честно говоря, статьи читаю на английском достаточно свободно, а вот писать на нём же не могу. При машинном переводе получается что-то неудобоваримое. Буду весьма признателен, если поможете перевести эту страничку.

Что касается Торрентовцев, то отношусь к ним с большим уважением. Ещё больше зауважаю, если они снизят свои цены. И не будут с особым цинизмом гнать свой товар через Европу (+30%) и нашу границу (+30%). При желании эти наценки можно и обойти. Китайцам они поставляют всё напрямую, а наша таможня не берёт мзду ни с медицинского оборудования, ни с уникальных приборов (по Флорентийскому соглашению). Но возиться с этими проблемами не интересно даже нашим людям, поскольку чем дороже секвенирование, тем больше у них навар.

Ну и кто из нас циник? mad.gif



Guest 11.04.2012 09:19
(genseq @ 10.04.2012 20:29)
Ссылка на исходное сообщение  Продолжайте наблюдение. wink.gif


пожалуй куплю иллуминовсского мисека smile.gif



mlog 11.04.2012 10:08
(genseq @ 11.04.2012 10:14)
Ссылка на исходное сообщение  И не будут с особым цинизмом гнать свой товар через Европу (+30%) и нашу границу (+30%).


Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены!
Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза. mad.gif
Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Life Technologies.



Guest 11.04.2012 10:35
(mlog @ 11.04.2012 10:08)
Ссылка на исходное сообщение  Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены!
Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза.  mad.gif
Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Лифе Течнологиес.


если Протон-Ион стоит в германии 140 тонн евров без НДС - то в России он уже будет Хисеком2000 smile.gif



comp3v 11.04.2012 11:54
(mlog @ 11.04.2012 11:08)
Ссылка на исходное сообщение  Какие +30% + 30% - я вроде тут уже говорила - в три раза цены завышены!
Специально попросила двух коллег, работающих за рубежом, взять КП на торрент у себя там, потом сравнила с тем, что у нас предлагают - ровно в 3 раза.  mad.gif
Бороться с этим можно и нужно, только по-моему, самый верный способ - полный бойкот любой продукции Life Technologies.
не знал, что всё настолько круто. А у Иллюмины меньше накрутки?



mlog 11.04.2012 12:13
(comp3v @ 11.04.2012 12:54)
Ссылка на исходное сообщение  не знал, что всё настолько круто. А у Иллюмины меньше накрутки?

Я шо, я шо, я сама офигела! (с)
Меньше. Хотя итоговая цена получается больше у иллюмины - потому что исходная выше. Но это ещё хоть как-то понятно - они производители, разработчики... А на каком основании в 3 раза завышают люди, которые ничего, кроме перепродажи, не делают, мне лично непонятно.



genseq 11.04.2012 18:07
Я офигел ещё больше, когда попытался разобраться в Ion PGM™ Torrent Server EL. rolleyes.gif

Оказывается, это вполне тривиальная графическая станция Dell Precision T3500, отличающаяся от базовой комплектации увеличенным количеством HDD (4 шт. по 2 Tb). Её примерная стоимость в местных лавочках составляет около 3 тыс.$, причём значительная часть цены платится за фирменную марку Dell. Отвёрточная сборка обойдётся дешевле. Правда, придётся повозиться с установкой бесплатного программного обеспечения, и эта возня может увеличить стоимость на 1...2 тыс. рублей.

В комплекте с PGM этот уже несколько устаревший настольный компьютер стоит 16,5 тыс.$ (в России - 16,5х3=49,5 тыс.$). Т.е. цена этого сервера для нас завышена в 15...20 раз. mad.gif

Не обидно быть лохами?



Файл/ы:

Скачать файл Ion_PGM_Server.doc
Размер:: 36к
кол-во скачиваний: 240



Скачать файл Ion_Torrent_Server_EL.pdf
Размер:: 682.44к
кол-во скачиваний: 1162




Guest 12.04.2012 10:44
(genseq @ 11.04.2012 18:07)
Ссылка на исходное сообщение  Я офигел ещё больше, когда попытался разобраться в Ion PGM™ Torrent Server EL. rolleyes.gif

Оказывается, это вполне тривиальная графическая станция Dell Precision T3500, отличающаяся от базовой комплектации увеличенным количеством HDD (4 шт. по 2 Tb). Её примерная стоимость в местных лавочках составляет около 3 тыс.$, причём значительная часть цены платится за фирменную марку Dell. Отвёрточная сборка обойдётся дешевле. Правда, придётся повозиться с установкой бесплатного программного обеспечения, и эта возня может увеличить стоимость на 1...2 тыс. рублей.

В комплекте с PGM этот уже несколько устаревший настольный компьютер стоит 16,5 тыс.$ (в России - 16,5х3=49,5 тыс.$). Т.е. цена этого сервера для нас завышена в 15...20 раз. mad.gif

Не обидно быть лохами?

http://bowtie-bio.sourceforge.net/myrna/index.shtml ( http://bowtie-bio.sourceforge.net/myrna/index.shtml )
smile.gif



А 13.04.2012 08:15
Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между MiSeq, Junior и Ion Torrent.
Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы об увеличении длины прочтений Ion Torrent до 400, а Junior до 1000 слышал уже давно.

Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются.
Ion Torrent, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка de novo чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте отказываются.

Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?



Guest 13.04.2012 08:27
(А @ 13.04.2012 08:15)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между МиСея, Юниор и Ион Торрент.
Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы  об увеличении длины прочтений Ион Торрент до 400, а Юниор до 1000 слышал уже давно.

Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются.
Ион Торрент, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка де ново чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте  отказываются.

Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?


я пока на МисеКа деньги откладую smile.gif
ну его нафик "емулшн ПЦР"



Guest 13.04.2012 08:29
(А @ 13.04.2012 08:15)
Ссылка на исходное сообщение  Уважаемые коллеги, помогите сделать выбор между МиСея, Юниор и Ион Торрент.
Основные технические характеристики (длины прочтения и т.д.) доступны. Анонсы  об увеличении длины прочтений Ион Торрент до 400, а Юниор до 1000 слышал уже давно.

Однако по некоторым слухам всё даже не так, как декларируется: анонсы никто не выполняет, а технические характеристики не у всех выдерживаются.
Ион Торрент, например, якобы не выдаёт производительности, которая соответствует его техническим характеристикам (фактическая что-то чуть ли не в 10 раз меньше), количество ошибок зашкаливает, а сборка де ново чего-то существенного невозможна. А от заявленных анонсах о чипах и бесконечном апгрейте  отказываются.

Хотелось бы получить информацию от тех, кто уже использует такие приборы или знает о результатах их использования: как там всё на самом деле то?


если МисеК дает 15 лимонов одноконцевых ридов и 30 парных - то для 90% задач - сойдет



А 13.04.2012 08:35
(Guest @ 13.04.2012 06:29)
Ссылка на исходное сообщение  если МисеК дает 15 лимонов одноконцевых ридов и 30 парных - то для 90% задач - сойдет

я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика.
А про Ion Torrent, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так...
Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нём и у кого он установлен?



Guest 13.04.2012 08:37
(А @ 13.04.2012 08:35)
Ссылка на исходное сообщение  я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика.
А про Ион Торрент, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и  который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так...
Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нёми у кого он установлен?


я длиннее 50 бп не гоняю smile.gif



Guest 13.04.2012 17:48
(А @ 13.04.2012 08:35)
Ссылка на исходное сообщение  я тоже о нём подумываю... но длина прочтений всё-таки не велика.
А про Ион Торрент, к которому чип для прочтении в 400 пн обещали в этом году и  который анонсировали как нечто новое, высокоточное и бесконечно развивающееся, слышал что всё уже не так...
Интересно, есть где-то положительные отзывы о работе на нём и у кого он установлен?


на Мисеке вроде два по 250 бп , что длиннее и Юниора и торрента



vtosha 13.04.2012 21:25
Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.



Guest 14.04.2012 00:37
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.

ну купите себе терцик smile.gif



-Ъ- 16.04.2012 16:30
(Guest @ 13.04.2012 09:27)
Ссылка на исходное сообщение  я пока на МисеКа деньги откладую smile.gif
ну его нафик "емулшн ПЦР"

Ты ж хотел Пртон прикупить confused.gif

А я ничего не буду покупать, экономить буду. smile.gif
Пока не увижу, что на 80-90% смогу зменить расходку на лучшего качества, но umnik.gif собственного изготовления - не могу смотреть сколько денег уходит в никуда с нулевой отдачей! mad.gif
"Учоние развлекаются"© yes.gif



mlog 16.04.2012 19:20
(-Ъ- @ 16.04.2012 17:30)
Ссылка на исходное сообщение  
Пока не увижу, что на 80-90% смогу зменить расходку на лучшего качества, но umnik.gif собственного изготовления

то есть никогда smile.gif



genseq 16.04.2012 19:56
(mlog @ 16.04.2012 17:20)
Ссылка на исходное сообщение  то есть никогда smile.gif


то есть через год. Сделать свою расходку вполне реально. Наверное, опишу это в пятой главе. Пока застрял на второй.



vtosha 16.04.2012 21:25
А для Иллюмины????



genseq 17.04.2012 07:08
(vtosha @ 16.04.2012 19:25)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины????


А для Иллюмины один начинающий биолог (но опытный програмист) уже купил шаговый моторчик и электронные компоненты для его подключения к компьютеру. На него нужно будет насадить селекторный клапан (чертежи переданы в производство), подключить к стоку секвенатора и наладить разделение вытекающих из него отходов на фракции. Правда, потребуется ещё управляющий клапаном проточный детектор и программное обеспечение, так что придётся повозиться. Зато потом самую дорогую фракцию - флуоресцентно меченые dNTP - сможете использовать повторно. Если не для секвенирования геномов, то для коротких ридов, пригодных для диагностики ЗППП и прочей гадости wink.gif.



Guest 17.04.2012 09:40
Самая дорогая фракция - ячейка smile.gif все остальное не лимитирует



vtosha 17.04.2012 09:44
Это, конечно, хорошо для экологической составляющей производства. Но, по правде сказать, лучше бы свои дешёвые реагенты...
Отщепляющую смесь по-любому нельзя в повторное пользование, да и сканирующую тоже - мало ли чем засорится.
Основной реактив секвенирования собирается из трёх частей: из буфера, нуклеотидов и полимеразы. Смешанный реагент по-любому долго не живёт (ну, дня три продержится, а потом полимераза дохнет и интенсивность всё равно падает, на серьёзных прогонах никто рисковать не будет). Можно, конечно, сэкономить, смешивая в меньших количествах, растянем кит в два-три раза. Хотя... на трёх китах прогнать 300 нуклеотидов... Заманчиво, конечно. На трёх китах, говорят, земля держится, может, и пригодится. Но широкого спроса не гарантируюsmile.gif, разве что небольшие кустарные производства. Диагностику вряд ли кто даст на самопальных механизмах делать.



EGen 17.04.2012 11:01
(genseq @ 17.04.2012 07:08)
 А для Иллюмины один начинающий биолог (но опытный програмист) уже купил шаговый моторчик и электронные компоненты для его подключения к компьютеру. На него нужно будет насадить селекторный клапан (чертежи переданы в производство), подключить к стоку секвенатора и наладить разделение вытекающих из него отходов на фракции. Правда, потребуется ещё управляющий клапаном проточный детектор и программное обеспечение, так что придётся повозиться. Зато потом самую дорогую фракцию - флуоресцентно меченые dNTP - сможете использовать повторно. Если не для секвенирования геномов, то для коротких ридов, пригодных для диагностики ЗППП и прочей гадости wink.gif.


Вобщето я не для Иллюмины покупал - а для Clone Torrenta, не совсем понял чем он иллюмине может пригодиться. После Torrenta можно и иллюминой заняться, бы были флуоресцентно меченые dNTP smile.gif



vtosha 17.04.2012 11:25
Ну и хорошо. Для Иллюмины вряд ли это будет энергетически оправдано на данном этапе развития прибора.



mlog 17.04.2012 15:10
(vtosha @ 16.04.2012 22:25)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины????

А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость" mad.gif



-Ъ- 17.04.2012 15:59
(mlog @ 17.04.2012 16:10)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"  mad.gif

Тааак, эты Вы на что намекаете? confused.gif



genseq 17.04.2012 16:19
(mlog @ 17.04.2012 13:10)
Ссылка на исходное сообщение  А для Иллюмины можно было бы сделать наборы для пробоподготовки как минимум. Их и так делают все кому не лень. Но нет, "у русских собственная гордость"  mad.gif


(-Ъ- @ 17.04.2012 13:59)
Ссылка на исходное сообщение  Тааак, эты Вы на что намекаете? confused.gif


Не пора ли вам познакомиться? wink.gif Повод, похоже, имеется. shuffle.gif



mlog 17.04.2012 16:44
(-Ъ- @ 17.04.2012 16:59)
Ссылка на исходное сообщение  Тааак, эты Вы на что намекаете? confused.gif

Да я не намекаю, я вполне открыто говорю - российские аналоги наборов типа таких: http://www.kapabiosystems.com/products/nam...reparation-kits ( http://www.kapabiosystems.com/products/name/kapa-library-preparation-kits )
очень бы пригодились. Но почему-то интерес к их разработке проявляют в основном за пределами этого форума, а здесь всё больше обсуждают сиквенсные реагенты.
Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...



-Ъ- 17.04.2012 18:12
(mlog @ 17.04.2012 17:44)
Ссылка на исходное сообщение  Да я не намекаю, я вполне открыто говорю - российские аналоги наборов типа таких: http://www.kapabiosystems.com/products/nam...reparation-kits ( http://www.kapabiosystems.com/products/name/kapa-library-preparation-kits )
очень бы пригодились. Но почему-то интерес к их разработке проявляют в основном за пределами этого форума, а здесь всё больше обсуждают сиквенсные реагенты.
Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...

В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... eek.gif
Есть другая альтернатива - через DOP-PCR c пришитыми линкерами...Конкретику - когда буду этим заниматься непосредственно. Но в свое время перепробовал много протоколов для полногеномной АМПЛИФИКАЦИИ для ... всего, в частности, для СТР анализа. Сейчас не делаю - никому не нужно.
А компоненты для секвенирующей реакции не обязательно на самих ячейках испытывать - существуют другие, "практически беплатные" контрольные реакции... Кстати, суперчистые трифосфаты (не меченые) я уже купил. Бум испытывать после майских пьянок. Вообщем, не так страшен черт... smile.gif Дайте мне рычаг... tongue.gif

А наивный Генсек решил, что мы с Машей не знакомы. Как ты мог такое пропустить! lol.gif Но, однако, ты обещал познакомить меня с vtosha. wink.gif



mlog 17.04.2012 18:16
(-Ъ- @ 17.04.2012 19:12)
Ссылка на исходное сообщение  В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... eek.gif

Да ладно! Это очень простая, надёжная и интуитивно понятная последовательность действий! И это при том, что я не молекулярщик ни разу...

А почему Вы с vtosha не знакомы? Работаете же совсем рядом.



genseq 17.04.2012 18:55
(mlog @ 17.04.2012 14:44)
Ссылка на исходное сообщение Мне страшно себе представить человека, который использует б/ушные или самопальные dNTP с новой фирменной ячейкой (а уж её-то повторно использовать или самим сделать точно не получится) - очень беззаботный и/или безответственный должен быть товарищ...


Спасибо за комплименты. И не бойтесь ячеек. Сделать такие же не слишком сложно. Правда, от HiSeq я их не видел, а вот от от GA IIx изучал всерьёз. Даже пилил и фотографировал срезы под микроскопом. И с технологиями сварки стёкол разбирался. Ничего особо сложного там нет. Да и новые ячейки делать ни к чему. Лучше регенерировать старые - промывать пираньей, активировать поверхность АПТЭСом и заново пришивать праймеры. Просто это никому не нужно. Если будете спорить и утверждать, что это нужно, то прежде чем спорить определите, насколько Вам это нужно (на какую сумму?). confused.gif

Кстати, о ячейках. У секвенатора Mini-20 их будет 20 штук, причём регенерируемых:
http://www.azcobiotech.com/instruments/mini20.php ( http://www.azcobiotech.com/instruments/mini20.php )
Each reusable flow cell is designed to hold a single, isolated sample so there is no need for batching or barcoding, thus eliminating the chance for sample contamination!



Файл/ы:

Скачать файл MINI_20_Sequencer_Brochure_032612.pdf
Размер:: 2.02мб
кол-во скачиваний: 610




vtosha 17.04.2012 19:18
ъ, если рядом работаем, может, мы уже знакомы, просто об этом не знаем? Мало ли, скажем, столовая в математическом центре...

Ну на новой фирменной ячейке не рискнула бы. А вот старые фирменные давно просроченные ячейки у нас вполне есть. Что характерно, работают, проверили месяц назад, только ПО к ним нужно ихнее, старое тоже. И у курчатника, чует моё сердце, таких хватает.

Наборы для пробоподготовки - это да, это не повредило бы, хотя... если они не будут стоит дешевле НЕБовских, то зачем бы они нужны? НЕБ на 50 образцов - около 60 тысяч без адаптеров. Если российский будет столько же стоить, будет ли он конкурентно способен? Там всё-таки полтора десятка пробирок наберётся. Если с адаптерами будет, то однозначно станет конкурентно способен.

Кстати, в секвенирующих китах, между прочим, только нальгеновские баночки стоят по 7 тысяч рублей на человека. Четыре баночки - тридцать тысяч. Из примерно 90 тысяч современной российской стоимости кита.



mlog 17.04.2012 19:40
(vtosha @ 17.04.2012 20:18)
Ссылка на исходное сообщение 
Наборы для пробоподготовки - это да, это не повредило бы, хотя... если они не будут стоит дешевле НЕБовских, то зачем бы они нужны? НЕБ на 50 образцов - около 60 тысяч без адаптеров. Если российский будет столько же стоить, будет ли он конкурентно способен? Там всё-таки полтора десятка пробирок наберётся. Если с адаптерами будет, то однозначно станет конкурентно способен.

C адаптерами, естественно, иначе какой смысл. А конкурентно способен будет как минимум из-за сроков. Сколько тот NEB к нам везут? Месяца три mad.gif

Кстати, в секвенирующих китах, между прочим, только нальгеновские баночки стоят по 7 тысяч рублей на человека. Четыре баночки - тридцать тысяч. Из примерно 90 тысяч современной российской стоимости кита.

Это что ещё за баночки? confused.gif



mindstate 18.04.2012 00:08
(Guest @ 04.04.2012 17:03)
Ссылка на исходное сообщение  там из этих 5 млн можно 60% на зарплату smile.gif так что хорошо бы хоть один smile.gif


там из этих 5 млн минимум 60% улетает на накладные расходы smile.gif в лице админаппарата универов, которые будут задействованы в этом проекте. smile.gif такова бухгалтерия любых научных проектов в академнауке Штатов, да и не только их. это к разговору о величине гранта у Стивена О'Брайена. так что реальные размеры грантов - вполне вменяемые.



Guest 18.04.2012 12:24
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.


http://www.illumina.com/Documents/products...seq_nextera.pdf ( http://www.illumina.com/Documents/products/appnotes/appnote_miseq_nextera.pdf )



Guest 18.04.2012 12:31
(vtosha @ 13.04.2012 21:25)
Ссылка на исходное сообщение  Я бы не стала покупать прибор, который меньше двух лет на рынке. Методики не отработаны, реагенты "совершенствуются", сервиса толкового нет.

http://www.illumina.com/systems/miseq/feat...esearchers.ilmn ( http://www.illumina.com/systems/miseq/featured_researchers.ilmn )



Guest 18.04.2012 12:34
(mindstate @ 18.04.2012 00:08)
Ссылка на исходное сообщение  там из этих 5 млн минимум 60% улетает на накладные расходы smile.gif в лице админаппарата универов, которые будут задействованы в этом проекте. smile.gif такова бухгалтерия любых научных проектов в академнауке Штатов, да и не только их. это к разговору о величине гранта у Стивена О'Брайена. так что реальные размеры грантов - вполне вменяемые.



Кому-то накладные доходы, а кому-то отрабатывать грант. smile.gif



Guest 18.04.2012 13:27
(-Ъ- @ 17.04.2012 18:12)
Ссылка на исходное сообщение  В том то и дело что этот метод получения библиотеки для полногенмного секвенирования - полный отстой, сборная солянка кучи последовательных реакций, на чем можно легко проколоться... Практически, получение библиотеки для КЛОНИРОВАНИЯ по Маниатису.... eek.gif
Есть другая альтернатива - через DOP-PCR c пришитыми линкерами...Конкретику - когда буду этим заниматься непосредственно. Но в свое время перепробовал много протоколов для полногеномной АМПЛИФИКАЦИИ для  ... всего, в частности, для СТР анализа. Сейчас не делаю - никому не нужно.
А компоненты для секвенирующей реакции не обязательно на самих ячейках испытывать - существуют другие, "практически беплатные" контрольные реакции... Кстати, суперчистые трифосфаты (не меченые) я уже купил. Бум испытывать после майских пьянок. Вообщем, не так страшен черт... smile.gif  Дайте мне рычаг... tongue.gif

А наивный Генсек решил, что мы с Машей не знакомы. Как ты мог такое  пропустить! lol.gif Но, однако, ты обещал познакомить меня с vtosha. wink.gif


http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2010-11-12-r119.pdf ( http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2010-11-12-r119.pdf )

smile.gif



vtosha 18.04.2012 13:41
А, всё забываю, что у вас фасовки другие. Баночки, в которых буфера. Мы как-то думали, чтобы их закупить (типа, чтобы промывать каждый раз в свежих), но потом узнали цену и призадумались.



-Ъ- 19.04.2012 10:16
(Guest @ 18.04.2012 14:27)
Ссылка на исходное сообщение  http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2010-11-12-r119.pdf ( http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2010-11-12-r119.pdf )

smile.gif

Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif



-Ъ- 19.04.2012 10:21
(vtosha @ 18.04.2012 14:41)
Ссылка на исходное сообщение  А, всё забываю, что у вас фасовки другие. Баночки, в которых буфера. Мы как-то думали, чтобы их закупить (типа, чтобы промывать каждый раз в свежих), но потом узнали цену и призадумались.

Речь о пустых поликарбонатных налгеновских баночках? confused.gif
Чем же силиконизированный полипропилен хуже?



NKjulanoff 19.04.2012 17:29
Была не так давно статья в Натуре по этому методу, типа пруф оф принсипл.



Guest 20.04.2012 14:50
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif


все новое - хорошо забытое старое smile.gif
"транспозанию" - 1000 лет и 3 года smile.gif



Guest 20.04.2012 15:07
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif


вообсчето - это метод Горышина из ЛИЯФ smile.gif
http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html ( http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html )



Guest 20.04.2012 15:17
(-Ъ- @ 19.04.2012 10:16)
Ссылка на исходное сообщение  Ну вот, это уже движение в сторону "неварварских" методов... cool.gif

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/P...s01145-0085.pdf ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC45120/pdf/pnas01145-0085.pdf )
smile.gif



genseq 20.04.2012 15:29
(Guest @ 20.04.2012 13:07)
Ссылка на исходное сообщение  вообсчето - это метод Горышина из ЛИЯФ smile.gif
http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html ( http://www.jbc.org/content/273/13/7367.full.pdf+html )


Вообще-то он его уже давно продал Эпицентру, который купила Иллюмина, и сейчас на них же и вкалывает:
Transposase mediated construction of RNA-seq libraries.



Файл/ы:

Скачать файл Transposase_mediated_construction_of_RNA_seq_libraries.pdf
Размер:: 1.17мб
кол-во скачиваний: 336




Guest 20.04.2012 15:40
(genseq @ 20.04.2012 15:29)
Ссылка на исходное сообщение  Вообще-то он его уже давно продал Эпицентру, который купила Иллюмина, и сейчас на них же и вкалывает:
Транспосасе медиатед цонструцтион оф РНА-сея либрариес.


дк делай EZ-Tn5 транспозазу - намного проще агарозных гелей smile.gif



genseq 20.04.2012 17:22
(Guest @ 20.04.2012 13:40)
Ссылка на исходное сообщение  дк делай  EZ-Tn5  транспозазу - намного проще агарозных гелей smile.gif


Нужно подумать. Похоже, это патентами не защищено.



молекула 22.04.2012 15:24
(genseq @ 22.04.2012 10:59)
Ссылка на исходное сообщение  Намного расширил описание проекта "Sequencing for all":


genseq, а не боитесь, что выпустив на рынок такой дешевый секвенатор, вы навлечете на себя гнев конкурентов? smile.gif За ними такие капиталы стоят, а тут понимаешь, помеха в виде русского Кулибина.



papa Karlo 22.04.2012 16:19
О, Генсек, правильным курсом идете .... Вот видите же, я плохих советов не даю....Стратегический консалтинг - это посильнее фауста гете :-))

Единственно что вам с этим проектом в Штаты надо ехать, там бы уже деньги бы собирали на кикстартере как осенние листья... И ведь собрали бы бы... там публика благодарная и изобретателей ценит.. можно даже и не сомневаться... единственно что там конкуренты подметки на ходу срезают... не удивлюсь что скоро уже услышим о таком проекте... или даже еще что-нибудь покруче.



vtosha 22.04.2012 16:27
Вряд ли кто-то кого-то станет бояться.
Серьёзные конкуренты - это западные фирмы. Насколько я вижу их политику, они не гневятся на новые эффективные машины и технологии, а стараются их закупить, чтобы самим производить (Иллюмина и Солекса, Иллюмина и Некстеровская система пробоподготовки, Лайф текнолоджис и Ион Торрент, Рош и Иллюмина). На покупки для помещения патента под стекло, вроде, со стороны NGS никто пока не жаловался.
На кустарном уровне машину не заметят. А если дойдёт дело до рынка, то тут важно попасть в нужную экологическую нишу, когда интересы производителей различаются.
CFX-96 и Rotor-Gene, вроде, нормально параллельно с АНК существуют. Любителей Терцика тоже пока ещё никто не отменял. Хеликоновские форезные камеры вместе с Биорадовскими продаются.



А 24.04.2012 10:15
Подскажите пожалуйста, насколько Myseq и Ion Torrent пригодны для секвенирования de novo?
или только для ресеквенирования?





Powered by Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)