Rambler's Top100
Lo-Fi Version* Virtual  Russian keyboard  Russian  
Molbiol.ru | Project | Protocols | Programs | Literature
Web | Companies | Marketplace | Labor exchange

Today's active topics  [ Log In* | Register* ]  
   



Forum: 
 

Click to add to Selected Topics* Технологии секвенирования следующего поколения. -- Куда двигаться дальше? --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Topic Curators:* genseq
Black list: R-J-Dio, hopfen, valiksharov, guest0008, kadik sharoff, Bern8, kenseq, shloss3, pushcino5, kakseq, КсенияЛарина
     NB! members included in the Black list cannot be discussed in the topic
Options: I want to be curator* · Track this topic* · Email this topic · Print this topic*
Topic view:* Outline · [ Standard ] · Linear+


pages (23): « < 21 22 23 
Reply to this topicStart new topicStart Poll
User is offline! -Ъ-
Advanced Member
Москва



 old post 28.12.2018 11:00     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message

(banned sceptique-NMRguy @ 28.12.2018 08:21)
Link to the original post  Они и Сибэнзим теперь продают!! Ааааа!!!!  jump.gif
А это вообще невероятно: https://helicon.ru/brends/syntol/  mol.gif  jump.gif

Зато от Thermo отказались frown.gif теперь не знаю как свои любимые фьюжены покупать. frown.gif
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 31.12.2018 11:33     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

В ноябре стартовала программа тотального секвенирования геномов всех (1,5 млн.) видов эукариот:
https://www.sanger.ac.uk/news/view/launch-g...plex-life-earth
Правда, это не более чем голая идея, предлагающая объединить усилия мирового сообщества под общим флагом. Но замахнулись эти товарищи неплохо. Тем более, что стоимость этого удовольствия оценивается всего в $4,7 млрд. wink.gif
"То ли еще будет, ой-ёй-ёй !" tongue.gif

С наступающим Новым годом! beer.gif beer.gif beer.gif

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): banned sceptique-NMRguy
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 11.04.2019 19:04     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Удалил. А программу конференции можно оставить?

Attached File(s)

Download attachment ___________2019__09_04_.doc
Size:: 46.5k
Number of downloads: 32


User is offline! dk
Advanced Member
Россия



 old post 12.04.2019 11:46     Report Post  Report Post for topic curator       Photo  Personal message  Send an e-mail  Web site

Генсек, оставь презентацию - кому мешает ссылка-то? Если УФлазарю хочется поэксгибиционировать своими публикациями (к тому же не относящимися к теме ветки) - для этого есть "Беседа".
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 12.04.2019 14:09     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

O.K.

Секвенирование - 2019:
https://yadi.sk/i/9fi8glATPB3Org

Number of thanks: 2These members thanked the author (2): semi, dk
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 14.04.2019 21:39     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Ещё раз решил выложить программу конференции. На сей раз в формате pdf:

Download attachment _________________________________2019.pdf
Size:: 84.35k
Number of downloads: 68



Конференция "День ДНК - 2019" состоится, естественно, в День ДНК. Т.е. 25 апреля. И продлится с утра (10-00) до позднего вечера. По плану - до 17-10, но это если удастся выдежать регламент. И если не будет обсуждения и заключительных выступлений.

В самом начале ожидается доклад С.Э.Шноля, который обещал вспомнить молодость и рассказать правду о том, кто именно придумал двойную спираль. Причём это были совсем не Джеймс Уотсон и Френсис Крик. Изюминкой программы должен стать доклад О. Кузнецовой, которая специально ради этой конференции приедет из Оксфорда и расскажет о самых последних веяниях в нанопоровом секвенировании. Да и прочие доклады долджны быть весьма интересными. Например, Д.Коростин будет рассказывать о своём опыте работы на китайском секвенаторе MGISEQ-2000.

Зал вместительный (Пущино, ул. Институтская, д.3, 4-й этаж ИТЭБ РАН).
Вход свободный.
Будем рады всем. beer.gif jump.gif wink.gif

P.S.: автобус из Москвы до Пущино теперь ходит от метро Лесопарковая. Останавливается напротив ИТЭБ (остановка Лесная зона). Обычно доезжает за полтора часа. А иногда и быстрее.
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 15.04.2019 03:13     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Охренеть программа, я всё брошу и приеду! А с докладчиками пообщаться можно? Или они прочитают и сразу домой/в Москву?
User is offline! dk
Advanced Member
Россия



 old post 15.04.2019 10:47     Report Post  Report Post for topic curator       Photo  Personal message  Send an e-mail  Web site

Шноль опять про "зелёные тетради" Тимофеева-Ресовского будет рассказывать? Уже даже Дж.Уотсон ответил - что он этих работ и в глаза не видел, т.к. опубликованы они были в каком-то захолустном немецком журнале. Да и идея и модель - это две большие разницы. Так-то всю натурфилософию можно свести к Аристотелю. Вывод из всей той истории один: хотите чтобы вас знали - пишите в приличные журналы, а не в "мурзилки".
А нет ли возможность эти лекции в Интернетах посмотреть-послушать? Вроде, лекции сейчас не проблема на Ютуб "залить"?
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 15.04.2019 21:26     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

День ДНК на сайте ИТЭБ РАН:
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019.htm
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019-program.htm
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019-transport.htm

Объявление:

Download attachment DNA_DAY_2019.doc
Size:: 155k
Number of downloads: 43



Attached ImageDNADAY___2019.png
Программа:

Attached File(s)

Download attachment DNA_DAY___2019__Program.pdf
Size:: 84.35k
Number of downloads: 52


User is offline! dk
Advanced Member
Россия



 old post 16.04.2019 11:11     Report Post  Report Post for topic curator       Photo  Personal message  Send an e-mail  Web site

Генсек, так что насчёт трансляции лекций? Вне-Пущино - совсем не удастся нигде посмотреть-послушать?
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 17.04.2019 14:41     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Репортаж о конференции будет на YouTube. Во всяком случае, в прошлом году был:
https://www.youtube.com/watch?v=5gpFDspaAF4
Ключевые доклады постараемся выложить. Прямой трансляции не будет. Так что лучше приезжайте:
http://web.iteb.psn.ru/den-dnk-2019-transport.htm
Заодно и с докладчиками сможете пообщаться.

Number of thanks: 2These members thanked the author (2): dk, NMR-guy
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post Post on English  18.04.2019 23:18     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

https://www.skygen.com/novosti/meropriyatiy...nk-v-pushchino/

Attached image(s)
Attached ImageDNA_Day___2019.png
DNA_Day___2019.png — (137.68k)   

User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 20.04.2019 06:24     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

(dk @ 15.04.2019 08:47)
Link to the original post  А нет ли возможность эти лекции в Интернетах посмотреть-послушать? Вроде, лекции сейчас не проблема на Ютуб "залить"?

Генсек, так что насчёт трансляции лекций? Вне-Пущино - совсем не удастся нигде посмотреть-послушать?


Прямая трансляция будет на следующий год ("День ДНК - 2020"). В этом году спецы попробуют организовать трансляцию, но только в тестовом режиме. И пока непонятно, на каком сайте будут транслироваться доклады. Ссылку на сайт смогу выложить не раньше среды. Так что шансы посмотреть трансляцию конференции есть, но гарантий нет. rolleyes.gif

This post has been edited by genseq: 05.05.2019 08:26
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 22.04.2019 12:30     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Какие спецы, это сейчас школьник делает за 5 минут. У детей-геймеров спросите как это делается если сами не можете.
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 22.04.2019 19:25     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

(banned sceptique-NMRguy @ 22.04.2019 10:30)
Link to the original post  Какие спецы, это сейчас школьник делает за 5 минут. У детей-геймеров спросите как это делается если сами не можете.


https://www.youtube.com/watch?v=a3lF56O-f8E
https://pro-stream.ru/

Attached image(s)
Attached Imageon_line.png
on_line.png — (37k)   

User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 24.04.2019 18:59     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Видеотрансляцию конференции можно будет посмотреть с камеры, установленной в конференц-зале ИТЭБ РАН:
https://www.ivideon.com/tv/camera/100-c9da2...393216/?lang=ru
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 25.04.2019 21:43     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

можно купить камеру Microsoft Live! с хардверным кодером H.264 для ноутбука, кабель с интернетом кинуть в зал и жмякнуть кнопку "Транслировать" на Ютубе из аккаунта gmail. камеру поставить на штатив на стол рядом с проектором, так чтобы было видно и экран и докладчика на трибуне.

звук запускать в ноут с линейного выхода звуковой системы зала и проверить что уровень достаточен, включить нормализацию, если нужно.

всё.

операторы и инженеры - это довольно странно для обычного стрима в сети. это если прямо охота свадьбу транслировать или вручение нобелевской премии, не меньше.

This post has been edited by banned sceptique-NMRguy: 25.04.2019 21:43
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 26.04.2019 16:57     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Пробная трансляция выявила несколько проблем, с которыми понемногу будем разбираться. Через год трансляция должна быть нормальной.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): ЫльЦынЦентр
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 27.04.2019 16:53     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Мы верим, что у вас всё получится! Главное - это интернет по кабелю с устойчивой широкой полосой.

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): ЫльЦынЦентр
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 06.06.2019 20:50     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Немного свежей информации к размышлению:
"Задачи отечественного секвенаторостроения (июнь, 2019 г.)"
https://habr.com/ru/post/455156/

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): LMP
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 07.06.2019 14:54     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Вы, кажется, не поняли - после создания банка геномов, который уже начали создавать имеющимися приборами потихонечку, секвенаторы будут нужны отечественные не больше, чем отечественные электрочайники или утюги.

Вы необратимо опоздали, товарищи. Ахбио и Нанофор защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен.

Нанофоры британские хороши только для судебки и микробиологии с военщиной. Для поиска соматических мутаций (в той же онкологии) прибор, который ошибается раз на 100 нуклеотидов принципиально не пригоден.

This post has been edited by banned sceptique-NMRguy: 07.06.2019 14:56
User is offline! Carbon Copy
Advanced Member
So close no matter how far



 old post 07.06.2019 16:55     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Про "NGS способно потеснить обычную ПЦР-диагностику" - это Вы конечно безжалостно натянули сову на глобус. И как правильно и неоднократно уже было замечено уважемыми участнегами дискуссии - основная проблема - в целеполагании. Кому нужны дорогие длинные риды с ошибками? Особенно когда подавляющее большинство применений NGS - это дешёвые короткие риды, или уж вообще упрощая - клинические опухолевые PCR панели. Каково практическое использование, кроме как "мы тоже могём не хуже буржуев"? Может если обозначить хотя бы приблизительно область применения, то и инвесторы бы нарисовались?

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): Asterix
User is offline! Vadim Sharov
Advanced Member
Россия



 old post 09.06.2019 03:48     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

NMRguy,07.06.2019 12:54]Link to the original post  защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен.

Вы привели неадекватный пример.
Патент на инсулин? Он когда закончился? Есть патенты на пролонгированный инсулин. Но такие не только у Нова Нордикса.
С другой стороны, в России есть полный цикл инсулина, у "Герофарма". То что ему не дают заполонить Россию,это условия инвестиционных контрактов с Бигфармой.
Свои разработки нужны. Кстати, пролонгированный инсулин есть у "Герофрама".

Чтобы выжить и другим помочь:

САНКТ-ПЕТЕРБУРГ, 6 июня. /ТАСС/. Российская компания "Герофарм" заключила с венесуэльской Espromed Bio соглашение о сотрудничестве в области поставки и организации производства российских инсулинов в Венесуэле. Как сообщается в пресс-релизе Минпромторга, церемония подписания соглашения прошла в присутствии главы ведомства Дениса Мантурова в рамках Петербургского международного экономического форума. https://tass.ru/ekonomika/6516431
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 09.06.2019 12:44     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(Vadim Sharov @ 09.06.2019 04:48)
Link to the original post  NMRguy,07.06.2019 12:54]Link to the original post  защищены не только патентами, но и реальными ноу-хау (примерно как инсулин-сырец Ново Нордиска), а через 20 лет, когда вы разработаете свой "утюг", он уже не будет никому нужен.

Вы привели неадекватный пример.
Патент на инсулин? Он когда закончился? Есть патенты на пролонгированный инсулин. Но такие не только у Нова Нордикса.
С другой стороны, в России есть полный цикл инсулина, у "Герофарма". То что ему не дают заполонить Россию,это условия инвестиционных контрактов с Бигфармой.
Свои разработки нужны. Кстати, пролонгированный инсулин есть у "Герофрама".

Чтобы выжить и другим помочь:

САНКТ-ПЕТЕРБУРГ, 6 июня. /ТАСС/. Российская компания "Герофарм" заключила с венесуэльской Espromed Bio соглашение о сотрудничестве в области поставки и организации производства российских инсулинов в Венесуэле. Как сообщается в пресс-релизе Минпромторга, церемония подписания соглашения прошла в присутствии главы ведомства Дениса Мантурова в рамках Петербургского международного экономического форума. https://tass.ru/ekonomika/6516431

Я не про субстанцию говорю. А про производство сырца, который кроме Ново Нордиска никто в мире не делал. И который пытались запилить лет 20 всеми адекватными силами советской (не чета нынешней) биотехнологии. И который сейчас и варит Герофарм, как Вы, наверняка, знаете.

Если сейчас то же самое начнётся и с Нанопорами - то смею заметить товарищу Шарову, что даже ему 20 лет подряд 5% бюджета РАН на эти машинки никто тратить не даст сейчас. И что защитой от воспроизведения там являются наверняка не только патенты, но и то, о чём в них умолчано.

Если у ихней расходки срок хранения/годности - полтора месяца, то они в любом случае идут лесом мимо нашей медицины, у нас месяц только преодоление таможни будет занимать.

А россиян уже вовсю секвенируют в Питере на иллюминах. После которых, конечно, останутся белые пятна, причём весьма важные, протяжённые повторы, но секвенировать де ново весьма вероятно будут все на китайских секвенаторах (где людей не кидают с производством расходки через пару лет после покупки прибора). Наши же секвенаторы как всегда останутся для секвенирования ёжиков на дачах их изобретателей.

This post has been edited by banned sceptique-NMRguy: 09.06.2019 12:54
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 11.06.2019 17:33     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(Vadim Sharov @ 09.06.2019 15:02)
Link to the original post  "Сырец" есть в Китае. И, уж, конечно, собственный "сырец" есть у американской Эли Лилли и у французской Санофи.

Сильно в этом сомневаюсь (сомневаюсь что Эли и Санофи способны такое разработать). Скорее всего там не свой сырец, а лицензированный у НовоНордиска. Который после того, как сырец всё же биохакнули в ИБХ в Союзе, стал очень сговорчивым и радостно начал продавать лицензии всем, боясь остаться вообще без всего после заполнения рынка советскими лицензиями и сырцом. Насчёт китайцев - эти бы могли, думаю, но времени и денег нужно бы было немеряно. Но китайцам лицензию на сырец Ново продавать бы никогда не стал.

Кстати, если сырец всё же есть в Китае - то эту область можно закрывать, демпинга с таким внутренним спросом как у них, никто не выдержит.

This post has been edited by banned sceptique-NMRguy: 11.06.2019 17:35
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 03.07.2019 09:14     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

В конце прошлой недели в Китае состоялась презентация нового нанопорового секвенатора, разработанного компанией AxBio:
http://sk.ru/foundation/biomed/b/weblog3/a...nirovaniya.aspx
http://www.axbio.cn/xwzx/info_30_itemid_125.html
https://rb.ru/story/axbio-dna/
https://habr.com/ru/post/455156/

Attached image(s)
Attached ImageAXBIO_Winner.png
AXBIO_Winner.png — (1.24mb)   



Number of thanks: 1These members thanked the author (1): -Ъ-
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 08.07.2019 14:40     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

"Первый блин" - доклад "Секвенирование - 2019" на конференции "День ДНК- 2019" (25 апреля). Качество никудышнее, но лучше так, чем никак:
https://vimeo.com/346604783

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): greyxxxx
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 22.07.2019 12:43     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(genseq @ 03.07.2019 10:14)
Link to the original post  В конце прошлой недели в Китае состоялась презентация нового нанопорового секвенатора

Пока что купить на открытом рынке его нельзя (поправьте, если это не так, покажите где можно). РУ у него нет и судя по ответу их главного оно им и не надо, их устраивает Сколковский статус "законно внутри Сколковской зоны".

Пока очень напоминает возню Роша, на которую даже я купился. А к моменту вывода на рынок наобещанного - отделение секвенирующего бизнеса и его фактическая ликвидация, совмещенная с закрытием производства расходки к своим старым пиросеквенаторам (подстава всех кто им доверился).
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 22.07.2019 19:48     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

(banned sceptique-NMRguy @ 22.07.2019 10:43)
Link to the original post  Пока что купить на открытом рынке его нельзя (поправьте, если это не так, покажите где можно). РУ у него нет и судя по ответу их главного оно им и не надо, их устраивает Сколковский статус "законно внутри Сколковской зоны".

Пока очень напоминает возню Роша, на которую даже я купился. А к моменту вывода на рынок наобещанного - отделение секвенирующего бизнеса и его фактическая ликвидация, совмещенная с закрытием производства расходки к своим старым пиросеквенаторам (подстава всех кто им доверился).


Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
http://www.med-gen.ru/about/news/detail.php?ID=1277

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): dk
User is offline! kb1
Member



 old post 31.07.2019 16:02     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(genseq @ 22.07.2019 20:48)
Link to the original post  Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
http://www.med-gen.ru/about/news/detail.php?ID=1277

Вы уверены, что он действительно существует в природе и работает хотя-бы у китайцев? Лично я, кроме рассказов и картинок о том как это будет работать, ничего не видел и не слышал. Верю, что у AxBio есть электронный чип, а вот в наличие у них работоспособной нанопоровой мембраны сопряженной с этом чипом верится с трудом. Буду рад ошибиться
User is offline! banned sceptique-NMRguy
Advanced Member
временной жизни



 old post 01.08.2019 13:33     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Я могу ошибаться, но они утверждают, что у них кварцевая мембрана с нормированными дырами под белок. Именно для этого им японское производство понадобилось, единственное, которое способно такое освоить серийно.

Если учесть, сколько колупались британцы со своими машинками, которые и сейчас ошибаются настолько часто, что для поиска гетерозиготных де-ново мутаций их применять невозможно в медицине, то Ахбио пока ничем не лучше Роша и предшественников. Может, через несколько лет что-то начнут продавать. Пока это всё венчурный капитализм с соответствующими рисками.

Между тем, СПбГУ уже работает над генотипированием референсных россиян на иллюминах. Которые хоть и безполезны при анализе протяжённых повторов и всего, что те регулируют, но во всех остальных приложениях монопольно занимают весь рынок.

This post has been edited by banned sceptique-NMRguy: 01.08.2019 13:38

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): kb1
User is offline! 7825
Member



 old post 12.08.2019 19:33     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(genseq @ 22.07.2019 20:48)
Link to the original post  Вы правы. Купить этот секвенатор нельзя. Он ещё находится на ранней стадии разработки. Правда, у китайцев он уже работает, но лучше всё проверить в России. А его завезут сюда на бета-тестирование только осенью. Один секвенатор должен поступить в МГНЦ:
хттп://щщщ.мед-ген.ру/абоут/нещс/детаил.пхп?ИД=1277

генсек кто платит за бета тестинг lol.gif lol.gif lol.gif lol.gif
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 18.08.2019 09:02     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478
User is offline! Asterix
Member



 old post 18.08.2019 18:16     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Кстати Генсек , не подскажешь ли какие нынче самые модные идеи в области сиквенирования сильно поврежденной ДНК? Ну имеется ввиду что образцы лежали 50 лет в шкафу для бумаг.

Там и окисление и апуринизация солидная, поскольку бумага кислотная , там при естественной деградации целлюлозы и муравьиная и уксусная и молочная кислота образуется.... Как такую побитую временем ДНК сиквенировать?

Есть вполне приличный протокол воссстановления ДНК из заформалинных парафиновых гистологических срезов , там идет изотермическая амплификация с гексаполинуклеотидами всевозможными в качестве праймеров. .. но там как раз ДНК менее разрушается чем если просто на воздухе лежит. Парафин ее отлично сохраняет.
User is offline! Asterix
Member



 old post 18.08.2019 18:20     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

Вот у меня от Нанопора куча реактивов еще осталась и там как раз есть и набор для восстановления ДНК из парафиновых срезов. Но они подразумевают все же относительно свежие образцы, до 20 лет хранения.
User is offline! kakseq




 old post 19.08.2019 19:26     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(Asterix @ 18.08.2019 19:16)
Link to the original post  Кстати  Генсек , не подскажешь ли  какие нынче самые модные идеи  в области  сиквенирования  сильно  поврежденной ДНК?  Ну  имеется ввиду  что образцы лежали  50 лет  в шкафу  для бумаг. 

Там и окисление  и апуринизация  солидная, поскольку бумага кислотная , там при  естественной деградации целлюлозы  и муравьиная и уксусная  и  молочная  кислота  образуется....  Как такую  побитую временем ДНК  сиквенировать?

Есть  вполне приличный протокол  воссстановления ДНК  из заформалинных  парафиновых  гистологических срезов , там идет изотермическая амплификация  с  гексаполинуклеотидами  всевозможными  в качестве праймеров. ..  но там как раз ДНК  менее разрушается чем  если просто  на воздухе  лежит.  Парафин  ее отлично сохраняет.


посмотрите Геном Неандерталца там полный коплект smile.gif
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 21.08.2019 09:29     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

(Asterix @ 18.08.2019 16:16)
Link to the original post  Кстати  Генсек , не подскажешь ли  какие нынче самые модные идеи  в области  сиквенирования  сильно  поврежденной ДНК?  Ну  имеется ввиду  что образцы лежали  50 лет  в шкафу  для бумаг. 


Самому интересно. Наверное, лучше ориентироваться на опыт работы с неандертальским геномом.
User is offline! kb1
Member



 old post 27.08.2019 02:03     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Link to the original post  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478

Что-то о секвенаторе и секвенировании в пресс релизе ни гу-гу "Основным направлением сотрудничества является разработка методов электрохимической детекции белков "
User is offline! elektrikvasilij
Member



 old post 28.08.2019 22:53     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(elektrikvasilij @ 28.08.2019 23:45)
Link to the original post  куня вот с УФ Лазером облученной гиномомой от Третякова  lol.gif  lol.gif
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29101361

beer.gif  beer.gif  beer.gif  jump.gif  jump.gif

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5670203/
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 09.09.2019 13:05     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Иллюстрации к докладу "Секвенирование - 2019" (12 сентября на ВДНХ):
https://yadi.sk/d/vXldQbnpRSiVRg
User is offline! Bit
Advanced Member



 old post 13.09.2019 08:12     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

https://quantumbiosystems.com/news?lang=en
Quantum Biosystems пробудился после долгой спячки и стал раздавать интервью.
Гугл-перевод:

Общая генетическая информация (геном) является одним из наиболее ценных данных для человечества. Quantum Biosystems (город Осака, Йодогава-ку, президент Тошихико Мотокура) разрабатывает одно-молекулярный секвенатор ДНК (анализатор), который считывает последовательность одной ДНК. Мы можем прочитать состояние химической модификации ДНК (эпигенома), такой как метилирование, и начать предоставлять прототипы в 2021 году. У этого есть потенциал, чтобы преобразовать промышленность, которая обращается с живыми существами, такими как противодействие раку и инфекционным болезням, и развитие сельскохозяйственных продуктов и продуктов животноводства. (Интервью Такаюки Кодера)

«Если прибыль от данных превысит стоимость чтения ДНК, чтение будет бесплатным», - прогнозирует Президент Хонцо. ИТ-гиганты, такие как Google, заинтересованы в исследованиях генома. Огромные объемы данных обрабатываются только с использованием последовательностей ДНК, но данные резко увеличиваются, когда в них вносятся изменения в химическую модификацию. Геном стал незаменимым для отраслей, которые занимаются живыми существами, такими как поиск лекарств и разработка сельскохозяйственной продукции. Когда прибыль от данных превысит стоимость чтения? Инвесторы и ИТ-компании следят.

Секвенсор ДНК находится в центре этого. Quantum Bio считывает последовательность ДНК электрически с помощью тонкого электрода. Я начал бизнес, основываясь на результатах исследований Университета Осаки. Преимущество электрического метода заключается в том, что эпигеном может быть прочитан при низких затратах. В клетках метилирование регулирует функцию ДНК, а ненормальное метилирование приводит к раку. В исследованиях рака необходимо исследовать изменения клеток во временных рядах.

Эпигеном не заканчивается после прочтения. Хонзо говорит: «Предусматривается бизнес, который регулярно читает эпигеномы для проверки здоровья». Сужая функции текущего секвенсора для исследования, уменьшая и уменьшая цену, предсказывается, что «секвенсор будет персонализирован в будущем». Quantum Bio стремится расшифровать полный геном в 10000 иен в час.

現在 В настоящее время отстранение инженеров от конкурентов и развитие в Соединенных Штатах. Технология производства чипов для считывания ДНК работала с крупной полупроводниковой компанией, чтобы снизить нагрузку на ее разработку. Сотни миллионов датчиков встроены в один чип. Предоставление эпигеномных секвенаторов для исследователей в 2009 году и коммерциализация специализированных самолетов в 22 и 23.

Хонзо сказал: «Sequencer монополизирует одну компанию, и стоимость не будет снижаться. ИТ-компании приветствуют рост таких стартапов, как мы», - похоже, партнерство идет хорошо. Quantum Bio снизит стоимость данных, а ИТ-компании максимально увеличат ценность данных. В тот момент, когда значение и стоимость меняются местами, рождается мир, расшифровывающий геном с нулевой иеной. (Почетное звание опущено)

Интервью с президентом Тошихико Хонцо

Президент Тошихико Хонцо

-Как вы начали свой бизнес?
«Это было потому, что я познакомился с исследованиями профессора Гонджи Осаки Окавы и профессора Масатеру Танигучи на выставке. В то время я занимался разработкой био-венчурных инвестиций в качестве директора Организации промышленных инноваций. Доктор Каваи и другие говорили с венчурными капиталистами о том, что они хотят создать венчурное предприятие, но было сказано, что это сложно. В сентябре 2012 года Департамент промышленного и научного сотрудничества Университета Осаки и Танигучи Я взял интервью у учителей и спросил о ситуации. Будучи промышленной организацией, мы не могли бы инвестировать, если бы не были компанией. В обмен я решил создать стартап. Компания была основана примерно через три месяца после интервью ».

Вы изначально хотели быть менеджером?
«Короче говоря, я был вовлечен в исследования в области биоинформатики в качестве ассистента под руководством профессора Шиничи Моришита из Токийского университета. Декларация о геноме человека была объявлена ​​в 2001 году, когда я стал ассистентом. Символично было то, что предприятие было расшифровано, и Селера расшифровывалась с большей скоростью, чем академический мир, используя метод дробовика в качестве оружия. Я начал смотреть на биоисследования с точки зрения. В 2003 году я сменил работу на компанию, занимающуюся ценными бумагами, и начал видеть, что бренды биологических предприятий смешались с аналитиками, отвечающими за фармацевтические компании. Я изучал и испытал бум листинга биотехнологических предприятий ".

«Когда мы брали интервью у компании в качестве аналитика, мы знали, что университетские предприятия не только хороши в технологиях, но и менеджеры влияют на управление. Хорошие менеджеры собирают отличных исследователей и преуспевают в бизнесе. Подходят человеческие ресурсы. Работа аналитиков интересная, но они хотят пойти внутрь компании и хотят это сделать, поэтому они сменили работу на McKinsey и стали консультантом. Мы разработаем стратегии управления и дадим рекомендации в подразделениях примерно на 3 месяца, и будем участвовать в принятии решений, которые будут влиять на судьбу крупных компаний. У меня был MBA в течение 2 лет, и я работал в течение 4 лет. Мне сказали, что я не хотел бы делать что-либо кроме фармацевтических препаратов и здравоохранения. Это было "

«Было интересно организовать команду в качестве менеджера и решить вопросы управления, однако следующая задача менеджера - стать партнером и приступить к работе со стороны. Поскольку я перешел от аналитиков, консультантов и директоров по инвестиционному развитию, я узнал о бизнесе, таком как технологии, бизнес-планирование, создание команды и сбор средств. Мы подумали, что было бы интересно объединить аппаратные технологии, такие как датчики, с программной технологией, такой как анализ данных доктора Морисита, и раздуть план, обсуждая со связанными сторонами с частной точки зрения. Это было решение через месяц ".

- Запустили американскую корпорацию и перенесли функции развития. Исследования в университете Осаки все еще продолжаются?
«На самом деле, в то время понятия не было. Базовые результаты были использованы, но Quantum Bio определила, что трудно применить его на практике только с использованием технологии университета Осаки. Компания поддерживает метод проб и ошибок пользователей, но результаты всегда должны быть одинаковыми, даже если их измерять 100 и 1000 раз. Результаты только одного университета Осаки не могут обеспечить стабильность. Благодаря инвестициям система разработки под названием Quantum Bio была создана с 15 до 16 лет, но концепция единичных молекул и электрических измерений не изменилась ».

«В Соединенных Штатах существует организация поддержки предприятий, которая производит несколько предприятий секвенсоров. Я переехал на этот объект и вывел инженеров. Инженеров, которые занимались разработкой секвенсоров более 20 лет и знакомы с качеством каждой технологии. Заработная плата, опционы на акции и страховка находятся на том же уровне, что и конкуренты, и место для парковки только для изменений. Если мы сможем реализовать секвенсор ДНК с одной молекулой и электрическими измерениями по нашему методу, влияние на общество будет значительным. Мне было интересно, смогу ли я там играть. Я бы учился у этого инженера, и если бы я мог создать сеть, то бы собрались отличные молодые люди. Это предприятие имеет успех и неудачу, но для молодежи это будет возможность для роста ».

«С созданием американской корпорации мы также установили партнерские отношения с крупной полупроводниковой компанией. Мы производим чипы, которые считывают ДНК на заводе. Мы также сотрудничаем с Калифорнийским университетом в Дэвисе и Стэнфорде. Обсудите с другими производителями секвенсоров. Тем не менее, это не универсальный рынок (одна компания для всех приложений), который в настоящее время является лучшим среди Illumina в Соединенных Штатах, но превосходит во всех аспектах скорость чтения, точность и стоимость. Нет, вы можете сражаться, если найдете способ получить максимум от своих уникальных деталей ".

-Какое текущее состояние развития?
«Хотя мы вряд ли можем говорить о взаимоотношениях с NDA, мы завершим создание прототипа через 21 год и пригласим конкретного исследователя из университета. На этом этапе мы сформируем нашу концепцию измерений и изучим подходящие приложения. В ответ на отзывы исследователей компания планирует производить продукты со специфическими функциями в 22 и 23. Наш метод может считывать информацию о химической модификации (эпигеноме) ДНК, такой как метилирование. Не существует секвенатора, способного считывать эпигеном, эпигеном контролирует экспрессию генетической информации, а ненормальное метилирование может привести к раку.

«Крупный полупроводник исследует интеграцию сотен миллионов считывающих датчиков на одном кристалле. Это число не является обязательным для прототипа, но оно должно быть доступно по низкой цене. Это должно быть расшифровано с 10 000 иен.

-В какой отрасли используется эпигеномный секвенатор?
«Это все о том, как обращаться с существами. Для людей это используется для медицинских и уголовных расследований, а также для скота, оно используется для качественных мясных и молочных продуктов, сельскохозяйственных культур и инфекционных заболеваний. Отслеживая генетические изменения вирусов и бактерий, Можно прогнозировать риск по регионам, отслеживая кишечные бактерии, выбирая пищу и т. Д., И колебания эпигенома. Ситуация химической модификации изменяется в зависимости от времени и клеток. Когда вы читаете свой геном, ситуация будет меняться в зависимости от сроков каждой клетки, а не от конца, например, раковая ткань представляет собой смесь различных клеток. Также необходимо исследовать каждую клетку ».

- Это будет астрономическое количество данных.
«Существует также прогноз, что геном увеличится больше всего среди больших данных. По сравнению с видео, сообщениями, данными астрономических наблюдений и т. Д., Ожидается, что он увеличится на порядок. Энергозависимое хранилище хранится на магнитной ленте, потому что это стоит счета за электричество, просто чтобы вставить данные. Epigenome требует огромной информационной инфраструктуры для накопления и анализа. Мы также с нетерпением ожидаем применения генома с ожиданием Амазонки, Амазонки и т. Д. Если ценность, которую можно извлечь из данных, превышает стоимость чтения ДНК, также считается, что геном читается бесплатно, как G-mail. Исследования, направленные на повышение ценности данных, продвигаются в ИТ-компаниях, резко снижая стоимость чтения. Я считаю, что в настоящее время "

Вы должны сломать монополию Иллюмината.
«Венчурные вызовы, подобные нашим, приветствуются для ИТ-компаний. Несмотря на монополию, цена не снижается и не распространяется. Как только эпигеном прочитан, как только он прочитан, это не конец». Предусматривается работа по чтению и проверке работоспособности, для которой требуется персональный секвенсор, так же как компьютер перешел с мэйнфрейма на персональный компьютер, и текущий секвенсор исследований также был уменьшен в размере и уменьшен в размере. «Мы будем толкать цену, и будет персональный секвенсор, который потребует резкого сокращения затрат, и мы считаем, что это наша концепция измерения и инструмент».

- Есть ли выход в слияния и поглощения в Google и т. Д.? Некоторые люди жалуются, что отечественные предприятия-секвенсоры покупаются иностранным капиталом.
«Я на горизонте. Доктор Каваи понимает возможность покупки иностранного капитала во время его основания. Он предназначен не для передачи технологий японским компаниям, а для того, чтобы позволить человечеству использовать эту технологию. Для этого мы выбираем метод с наибольшей вероятностью успеха. Мы просим основные полупроводники разработать измерительные микросхемы и максимально снизить риск и нагрузку ».

-Что вам нужно, чтобы быть активным через границы и компании?
«Просто делай то, что хочешь, с людьми, которых хочешь. Если ты не выйдешь и не отправишь это, ты не сможешь найти талантливых людей. Если у меня есть варианты карьерного роста, я решил быть в восторге, и, поскольку во время плавания моряки были увлекательной профессией, они выбрали этот путь благодаря биотехнологии. Я не знаю, смогу ли я стать Колумбом, но я хочу попасть на корабль, хотя может показаться, что я делал карьеру, но я могу сказать, что только что перешел к чему-то более интересному. Просто сделай это.

Number of thanks: 2These members thanked the author (2): genseq, banned sceptique-NMRguy
User is offline! Ossi




 old post 17.09.2019 22:02     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(genseq @ 18.08.2019 10:02)
Link to the original post  Бета-тестированием ещё одного секвенатора AXP100 компании AxBio собирается заняться НИИ биомедицинской химии им. В.Н.Ореховича (ответственные - д.б.н. Е.В.Супрун и к.б.н. С.П.Радько):
http://ibmc.msk.ru/?page_id=478


гинсекыч бета тестинг за чии денги eek.gif confused.gif
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 20.09.2019 09:24     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Недавно начались продажи содержащих нуклеазы наборов реагентов (Flow Cell Wash Kit) для промывки ячеек секвенаторов MinION и PromethION (6 промывок, $99, срок поставки - неделя, срок годности - 3 месяца):
https://store.nanoporetech.com/catalog/prod...r9/category/28/
Дополнительное преимущество нуклеазной промывки - повышение эффективности восстановления забитых пор. Это заметно улучшает общую производительность циклов секвенирования. beer.gif
User is offline! Vadim Sharov
Advanced Member
Россия



 old post Post on English  15.10.2019 01:37     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/
User is offline! вукабука




 old post Post on English  16.10.2019 20:04     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail

(Vadim Sharov @ 15.10.2019 02:37)
Link to the original post  Analytical and Clinical Validation Requirements for Next Generation Sequencing Laboratory-Developed Tests
October 17, 2019
http://www.biohab.ru/index.php?/calendar/e...eveloped-tests/

eek.gif confused.gif eek.gif
User is offline! genseq
Advanced Member



 old post 17.10.2019 11:35     Report Post  Report Post for topic curator       Personal message  Send an e-mail  Web site

Доклад "Секвенирование - 2019" на конференции "День ДНК" (25 апреля):
https://1drv.ms/v/s!Aj-K-u-yGV92mj8vFBG...n_vX9P?e=VL4Nw6

Number of thanks: 1These members thanked the author (1): banned sceptique-NMRguy

*





Name:

 Enable Smilies · Show Smilies Pop Up Window
Icons designation:

   Say THANKS to the author — say THANKS to the author
   Delete Post — delete
   Edit Post — edit
   Put in the news column — put in the news column
   Quote Post — quote the post
   multiquote  not included/multiquote included — quote several posts
   Report SPAM — mark spam message
   Report Post — report post to the moderator
   User is online!/User is offline! — author online/offline
   Photo — photo of the author

   - other designations -
 
   *
« Next Oldest · Molecular and cellular biology · Next Newest »
pages (23): « < 21 22 23
Fast ReplyReply to this topicStart new topic

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Helicon · Dia-m · InterLabService · Beckman Coulter · SkyGen · OPTEC · BIOCAD · Evrogen · Syntol · Bioline · Sartorius · Khimexpert · SibEnzyme · Tecan · Danies · NPP «TRIS» · Bialexa · FizLabPribor · Genotek · ATG Service Gene · Biogen-Analitika
Your forum  ·  editor@zbio.net  ·  Time is now: 23.10.19 21:58
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft