Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Хранение праймеров
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Consuelo
Участник



 прочитанное сообщение 08.02.2019 06:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

В одной из лабораторий, где приходилось работать, имеется практика хранить праймеры при работе под столом, якобы они боятся света. Часть праймеров меченая. Вне работы они само собой в морозилке. Вопрос. Насколько они боятся света?) заодно спрошу о сроках жизни разбавленных и нет при +20, +4, - 10. Также любопытно, кто как относится с урне внутри бокса. Где-то она заводится и чистится-прожигается после каждой работы, где-то строго вне бокса стоит
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 11.02.2019 18:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Очень боятся, но только меченные! А немеченным свет - по барабану. С праймерами - с ними же как с детьми, только нежностью и заботой можно. Например, я часто оттаиваю праймеры из морозилки в нагрудном кармане. Они впитывают теплоту моего сердца и работают гораздо лучше. Ещё они - врунишки. Их концентрацию надо проверять на спеке, так как чего там производители в спецификациях указывают - часто не совсем правда.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 12.02.2019 12:00     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Стареем, Карбонич. smile.gif
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 12.02.2019 12:21     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Кстати, о птичках...
Недавно решил испытать лиофилизованные PCR мастермиксы, которые валялись более года на свету на столе, с TaqMan, даже с двумя - с FAM и ROX, и был "приятно удивлен" - незначительное статистически снижение сигнала!
В деталях лень разбираться - это полимераза с антителами, dNTP, гидролиз праймеров-зондов или наконец фотолиз confused.gif .
Так что не так страшен черт... yes.gif
Участник оффлайн! KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED



 прочитанное сообщение 12.02.2019 12:28     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

С мечеными праймерами не работал, использовал только обычные + SYBR GREEN,
как лиофилизированные так и разведенные аликвоты хранил на -20, желательно в nuclease free water если аликвотишь. Обычная ДНК не боится видимого света, только УФ, но стекло окон его большей частью не пропускает, поэтому во время работы вполне могут стоять на столе или в ламинаре.
Но УФ , не убрав любую ДНК, включать нельзя.
И, кстати, на трансилюминаторе ДНК в агарозе по часу тоже не желательно держать, нужно фоткать или резать быстро. Есть разные типы трансилюминаторов, отличаются по длине волны. Те, где волна короче, подсвечивают этидий бромид лучше, но и ДНК калечат быстрее.
Участник оффлайн! ship
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 13.02.2019 12:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

праймеры для сиквенса стоят разведенные на -20С годами и переживают десятки замораживаний-оттиваний. некоторые праймеры стоят по 10 лет - и работают на сиквенсе без проблем.
считаю проблемы развала и деградации праймеров надуманной, если вода чистая и ничего не занесли, то ничего им и не будет.
по поводу урны - зачем дерьмо хранить в чистой зоне? обычно мусорные ведра всегда стоят рядом, на полу. но если у вас лентивирусы например, то тогда, да, лучше скидывать все в урны под ламинаром, и потом это все дезинфицировать и тп.
Участник оффлайн! DK.
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 19.08.2019 23:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Спрошу здесь. чтобы не множить темы.
У нас для q-PCR используется небольшой инструмент "Nano" от Roche - четыре ряда для "цепочек" на 8 проб (7 образцов и контроль). Вдохновившись тем, что существуют киты с праймерами, лиофилизованными в лунках, стали разливать праймеры (4 мкл для конечной реакции 20 мкл) сразу на 12 и даже 24 "цепочки" (chains), залеплять плашку с "цепочками" плотно plate sealer-ом, центрифугировать, чтобы собрать раствор на дне - и хранить при -20С, используя по мере необходимости и избегая многократного размораживания-оттаивания и манипуляций с основным раствором праймеров. Удобно. Результаты между свежеразлитыми и хранившимися(по крайней мере до двух недель) праймерами ОК, в пределах ожидаемого разброса. Но все-таки это не лиофилизация - может, мне просто повезло со стабильностью праймеров?

У кого какие опыт/соображения на сей счет, кроме как "сами дальше и тестируйте"? smile.gif
Участник оффлайн! X34
Участник



 прочитанное сообщение 20.08.2019 13:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(DK. @ 20.08.2019 00:05)
Ссылка на исходное сообщение  

У кого какие опыт/соображения на сей счет, кроме как "сами дальше и тестируйте"? smile.gif


да все просто, чистые прямые руки. вот и все. по своим ощущениям праймеры, валяющиеся на +4 после синтеза (врать не буду) НО! -надцать лет работали получше свежих от современных евросинтологенов
ну и стоки конечно вьюношам в руки не давать
хотя не спорю, есть отдельные структуры (последовательности) которые сами сыпятся через пару дней после синтеза, но, как горит Карпов "наливай, сейчас я тебе что-то интересное расскажу, ты не поверишь, но бывает...."

Всего благодарностей: 2Поблагодарили (2): -Ъ-, DK.
Участник оффлайн! -Ъ-
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 20.08.2019 17:33     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(X34 @ 20.08.2019 14:24)
Ссылка на исходное сообщение   но, как горит Карпов "наливай, сейчас я тебе что-то интересное расскажу, ты не поверишь, но бывает...."

lol.gif lol.gif lol.gif

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): DK.
Участник оффлайн! elektrikvasilij




 прочитанное сообщение 20.08.2019 19:55     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

(X34 @ 20.08.2019 14:24)
Ссылка на исходное сообщение  да все просто, чистые прямые руки. вот и все. по своим ощущениям праймеры, валяющиеся на +4 после синтеза (врать не буду) НО! -надцать лет работали получше свежих от современных евросинтологенов
ну и стоки конечно вьюношам в руки не давать
хотя не спорю, есть отдельные структуры (последовательности) которые сами сыпятся через пару дней после синтеза, но, как горит Карпов "наливай, сейчас я тебе что-то интересное расскажу, ты не поверишь, но бывает...."

угу я в германии однажды заказал килограмм 60 нт олигов спотит микроарреи все сиквенсы перепутаны и фейк smile.gif

правда потом извинилис? но полгода онанизьма smile.gif
Участник оффлайн! Carbon Copy
Постоянный участник
So close no matter how far



 прочитанное сообщение 26.08.2019 17:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

(DK. @ 19.08.2019 21:05)
  У кого какие опыт/соображения на сей счет, кроме как "сами дальше и тестируйте"? smile.gif

Иногда свойства праймеров и проб меняются при хранении. Залепили как то тест по опубликованным (более того - рокомендованным CDC) праймерам и Такманам. Свежие реакции с праймерами и пробами из стоков работали нормально, но, стоило primer/probe mix постоять денёк в холодильнике на 4 оС - начинала лезть неспецифика на поздних циклах. То же было, если mix многократно замораживали/оттаивали. Чем объяснить - непонятно, скорее всего взаимодействием однонитевой ДНК в растворе в силу частичной комплиментарности сиквенсов. Оставили Такман и поменяли праймеры на самопальные - всё заработало нормально. Вобщем мораль - всё обязательно нужно тестировать и валидировать. Если лаба диагностическая, стабильность primer/probe mix, или в Вашем случае PCR mix, - валидация с подробной документацией обязательна. Кстати я бы лучше хранил приготовленные реакции на - 80 оС, а не - 20 оС.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Asterix

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 17.09.19 06:18
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft