molbiol.ru -> Сборка генома

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Сборка генома -- Подскажите с чего начать... --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

страницы (2): 1 2 >

misterKam

14.07.2010 10:24

URL #1

Есть сиквенсы, нужно провести сборку генома.. Подскажите, с чего бы начать? Может есть какая хорошая литература? Спасибо!

RJ Dio
Постоянный участник

14.07.2010 12:57

URL #2

спросите у Вентора, он знает как

Поблагодарили (1): VVolkov

Vassili
Постоянный участник

14.07.2010 13:26

URL #3

Venter вообще-то...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genom.../assembly.shtml

Файл/ы:

Shotgun_Sequence_Assembly.pdf
размер: 576.73к
кол-во скачиваний: 847

misterKam

14.07.2010 15:34

URL #4

(Vassili @ 14.07.2010 14:26)

Venter вообще-то...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genom.../assembly.shtml

Спасибо за информацию!)

genseq
Постоянный участник

15.07.2010 15:38

URL #5

(SVZ @ 14.07.2010 12:36)

недавно появилась компания, специализирующаяся на обработке NGS и полногеномных микроматричных данных, т-ген, мы умеем собирать de novo геномы на Abyss, можете обратиться к нам.....

А как найти эту компанию?

artemka
Участник

15.07.2010 20:15

URL #6

(misterKam @ 14.07.2010 11:24)

начните со сборки генома плазмиды , потом фага , потом вируса , потом бактерии .................

потом пошлите всех на .........

artemka
Участник

15.07.2010 20:21

URL #7

(misterKam @ 14.07.2010 11:24)

чей геном ? у растений вроде есть РНКа сволочи (вироиды)длинной 300 нукликов -
ну и чего его "собирать" ?

artemka
Участник

15.07.2010 20:24

URL #8

(misterKam @ 14.07.2010 11:24)

кстати, геном хламидий тоже всего около одного лимона нукликов - собирают в соседнем детском саде у вашего дома

Guest
IP-штамп: frM.OGd33xfA6
гость

15.07.2010 21:32

URL #9

(SVZ @ 14.07.2010 14:36)

ни хрена вы не умеете

Guest
IP-штамп: frM.OGd33xfA6
гость

15.07.2010 21:33

URL #10

(SVZ @ 14.07.2010 14:36)

где статья в Натуре Генетикс про которую Егорушка давеча баял?
А?

Guest
IP-штамп: frM.OGd33xfA6
гость

15.07.2010 21:39

URL #11

(genseq @ 15.07.2010 15:38)

А как найти эту компанию?

генсек, смотри сюда: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=zhenilo+sv
ну и где тут сборка геномов что-то я не вижу

нешто глаза меня подводят?

artemka
Участник

15.07.2010 21:40

URL #12

(SVZ @ 14.07.2010 15:36)

недавно появилась компания, специализирующаяся на обработке НГС и полногеномных микроматричных данных, т-ген, мы умеем собирать де ново геномы на Абысс, можете обратиться к нам.....

Ну "де-ново" тока Мишка Гельфанд со своими собутыльниками в Америке может собирать геномы бактерюх - на высших - кишка тонка

VVolkov
Постоянный участник

15.07.2010 21:48

URL #13

Как это Гельфанд геномы собирает? Враньё всё!

Вентер тока микоплазму пока с искусственным геномом сделал. Публикации в студию, pls.

artemka
Участник

15.07.2010 23:22

URL #14

(VVolkov @ 15.07.2010 22:48)

Как это Гельфанд геномы собирает? Враньё всё!

Вентер тока микоплазму пока с искусственным геномом сделал. Публикации в студию, плс.

до одного лимона вроде геномы собираются - проверил на хламидии попугайчиков новых русских

))))))))))))))))))))

VVolkov
Постоянный участник

16.07.2010 00:35

URL #15

Кто? Где? Когда?

Как собираются и кем? Каким методом? Ссылки и доказательства, pls.

Guest
IP-штамп: frM.OGd33xfA6
гость

16.07.2010 01:31

URL #16

(VVolkov @ 16.07.2010 00:35)

Кто? Где? Когда?

Как собираются и кем? Каким методом? Ссылки и доказательства, pls.

В-в, не тупи! из сиквенсов собирают, не из нуклеотидов

Guest
IP-штамп: frM.OGd33xfA6
гость

16.07.2010 12:39

URL #17

(SVZ @ 16.07.2010 11:40)

genseq, со всеми интересующими вопросами по теме сборки de novo можете обращаться по моему эл. адресу svz.sveta@gmail.com

Генсек, ты туда не ходи

это хреноаналитика прохорчуковская

http://conf.nsc.ru/participationview/16938

artemka
Участник

17.07.2010 22:26

URL #18

(Guest @ 16.07.2010 13:39)

Генсек, ты туда не ходи

это хреноаналитика прохорчуковская

хттп://цонф.нсц.ру/партиципатионвиещ/16938

ну и чем Прохорчук собирал "геном Первого Русского" ?

VVolkov
Постоянный участник

18.07.2010 00:12

URL #19

Потом сложно с таким русским жаргоном.

Только сейчас дошло.

На Вы всё же, pls, незнакомым гостям.

petr
Постоянный участник

18.07.2010 00:45

URL #20

(VVolkov @ 17.07.2010 22:12)

Потом сложно с таким русским жаргоном.

Гы

Тут даже курсы Эзопова языка не помогут

VVolkov
Постоянный участник

18.07.2010 01:49

URL #21

Только руками работать.

))

rikitiki
Участник

18.07.2010 14:21

URL #22

в твоем случае - языком

VVolkov
Постоянный участник

18.07.2010 14:55

URL #23

Ладно ужжж.

))
http://molbiol.ru/forums/index.php?showtop...=0#entry1075032

Guest
IP-штамп: frR5TUTiEnknw
гость

18.07.2010 14:57

URL #24

(rikitiki @ 18.07.2010 14:21)

в твоем случае - языком

и енто правда п-деть не гемомы ворочать

Z
IP-штамп: frI8XktBaiNDk
гость

18.07.2010 15:43

URL #25

http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly.shtml
http://www.sciencedirect.com/science?_ob=A...20871a8c18866c3

Z
IP-штамп: frI8XktBaiNDk
гость

18.07.2010 15:52

URL #26

(misterKam @ 14.07.2010 10:24)

http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-8-64.pdf

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

18.07.2010 18:12

URL #27

(rikitiki @ 18.07.2010 15:21)

в твоем случае - языком

... и носом тоже - у лесных собак нюх сумашедший.

VVolkov
Постоянный участник

18.07.2010 18:36

URL #28

Brown nosing is excluded for me.

Z
IP-штамп: frI8XktBaiNDk
гость

19.07.2010 07:14

URL #29

(misterKam @ 14.07.2010 10:24)

Никогда не занимался сборками, но хотелось бы попробовать. Сколько у Вас ридов и кого нужно собирать (вируса, бактерию или человека)?

genseq
Постоянный участник

20.07.2010 10:33

URL #30

Почитайте здесь:
http://www.plosone.org/article/info:doi/10...al.pone.0010922

Guest
IP-штамп: fra6xdMWXgbHc
гость

04.08.2010 12:47

URL #31

Вообще-то наши три года назад геном склеили. Сами собой, без всякой Америки. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome?D...mToSearch=21751

genseq
Постоянный участник

04.08.2010 17:19

URL #32

(Guest @ 04.08.2010 10:47)

Вообще-то наши три года назад геном склеили. Сами собой, без всякой Америки. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome?D...mToSearch=21751

Причём трудились над этой проблемой - сборкой одного из самых маленьких геномов бактерий (1496992 bp) - сразу две группы авторов из двух институтов, руководимые М. Гельфандом и В. Говоруном:

AUTHORS Kovaleva,G.Y., Kazanov,M.D., Malko,D.B., Vitreschak,A.G.,
Sernova,N.V. and Gelfand,M.S.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (22-NOV-2007) Institute for Information Transmission
Problems of the Russian Academy of Sciences (Kharkevich Institute),
127994, Bolshoy Karetny per. 19, Moscow, Russia
REFERENCE 2 (bases 1 to 1496992)
AUTHORS Lazarev,V.N., Levitskii,S.A., Basovskii,Y.I., Chukin,M.M.,
Akopian,T.A., Vereshchagin,V.A., Kostrjukova,E.S., Selezneva,O.V.,
Vtyurin,N.N., Rogov,S.I., Alekseev,D.G., Ladygina,V.G.,
Titova,G.A., Karpov,V.A. and Govorun,V.M.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (21-NOV-2007) Research Institute for Physico-Chemical
Medicine, Federal Agency of Public Health and Social Development of
the Russian Federation, 119992, Malaya Pirogovskaya St., 1a,
Moscow, Russia

Поблагодарили (1): Guest1

Tom1
Постоянный участник

04.08.2010 18:09

URL #33

ай-ай как не стыдно так неуважительно отзываться об успехах российской науки!!!
А еще п-ик....
Такие времена... ©

genseq
Постоянный участник

08.08.2010 12:41

URL #34

http://genome.ku.dk/resources/assembly/methods.html

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

08.08.2010 13:57

URL #35

[quote=genseq,04.08.2010 18:19]

Причём трудились над этой проблемой - сборкой одного из самых маленьких геномов бактерий (1496992 bp) - сразу две группы авторов из двух институтов, руководимые М. Гельфандом и В. Говоруном:
/quote]
Самое смешное, нафига нужно было секвенировать эту микоплазму 96-кап. секвенатором, заведемо зная, что это будет ресеквенирование. Да и актуальность сомнительная.

Короче говоря, я "не вижу науки" в этой работе. Производство.

Но уже морально и безнадежно устаревшее.

Guest
IP-штамп: frFxpi34n3KHA
гость

09.08.2010 08:38

URL #36

Мишку не знаете? Везде бегал и рекламировал себя, как человека секвенировавшего первый геном в России. В этом и смысл! Говорун от расстройства "жевал свой галстук"...

Vassili
Постоянный участник

09.08.2010 16:22

URL #37

(genseq @ 04.08.2010 15:19)

Причём трудились над этой проблемой - сборкой одного из самых маленьких геномов бактерий (1496992 bp) - сразу две группы авторов из двух институтов, руководимые М. Гельфандом и В. Говоруном:

AUTHORS Kovaleva,G.Y., Kazanov,M.D., Malko,D.B., Vitreschak,A.G.,
Sernova,N.V. and Gelfand,M.S.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (22-NOV-2007) Institute for Information Transmission
Problems of the Russian Academy of Sciences (Kharkevich Institute),
127994, Bolshoy Karetny per. 19, Moscow, Russia
REFERENCE 2 (bases 1 to 1496992)
AUTHORS Lazarev,V.N., Levitskii,S.A., Basovski,Y.I., Chukin,M.M.,
Akopian,T.A., Vereshchagin,V.A., Kostrjukova,E.S., Selezneva,O.V.,
Vtyurin,N.N., Rogov,S.I., Alekseev,D.G., Ladygina,V.G.,
Titova,G.A., Karpov,V.A. and Govorun,V.M.
TITLE Direct Submission
JOURNAL Submitted (21-NOV-2007) Research Institute for Physico-Chemical
Medicine, Federal Agency of Public Health and Social Development of
the Russian Federation, 119992, Malaya Pirogovskaya St., 1a,
Moscow, Russia

Поскольку моя фамилия стоит первой в этой работе, отвечу.
Геном Acholeplasma laidlawii - самый большой среди известных микоплазм.
Почему вызывает удивление, что над этим трудились две группы - группа, делавшая непосредственно сам сиквенс, и группа биоинформатиков?
Тем не менее, это первый бактериальный геном, СДЕЛАННЫЙ и АННОТИРОВАННЫЙ в России.
Для Ъ. Это вовсе не ресиквенс, а полноценный сиквенс de novo. Эта микоплазма занимает промежуточное положение между микоплазмами и бациллами.
Про "жевание галстука" комментировать не буду. Автор явно мудаковат чуток.
Будут вопросы - пишите в личку.

Guest
IP-штамп: frDQwa9k7riYg
гость

09.08.2010 16:38

URL #38

(Guest @ 09.08.2010 08:38)

это полный бред - Гельфанд никто не говорил, что он сам что-то секвенировал, он всегда позиционировал себя как обработчика данных.
" Говорун от расстройства" - это тоже глупость, они по этому проекту сотрудничали, а не были соперниками.
Со Скрябиным-то не путайте!

-Ъ-
Постоянный участник
Москва

09.08.2010 16:53

URL #39

(Vassili @ 09.08.2010 17:22)

Я был неправ - хочу слово "ресиквенс" заменить на "сиквенс". Это действительно так!

(или, чтобы Генсек не обиделся, "ресЕквенирование" на сЕквенирование")
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/162446888
А мне эта вездесущая зараза немало крови попортила.

Tom1
Постоянный участник

09.08.2010 17:01

URL #40

"Геном Ачолепласма лаидлащии - самый большой среди известных микоплазм. "
Напомнило " А не пора ли нам замахнуться на товарища Генома???"
"Тем не менее, это первый бактериальный геном, СДЕЛАННЫЙ и АННОТИРОВАННЫЙ в России" а какой по счету у мировом маштабе??????

"Эта микоплазма занимает промежуточное положение между микоплазмами и бациллами. "
ентот вывод был сделал на основании полного сиквенса?????
пы.сы а что вы имеите ввиду под словом бациллы?????

Vassili
Постоянный участник

12.08.2010 15:16

URL #41

(Tom1 @ 09.08.2010 15:01)

Ну зачем ёрничать?
Так и есть - первый в России. Геном действительно самый большой. Сравните с М.genitalium. Про мировой масштаб я и не говорил. Но бактерия действительно уникальная. Буду рад ответить на любые вопросы. Кстати, по поводу темы топика, сборку мы делали сами, М.Гельфанд аннотировал.

Tom1
Постоянный участник

12.08.2010 16:01

URL #42

Да кто ерничает??????
я и не начинал....
Вопрос конкретный повторю "Кто такие бациллы"?????

mrotzek
Постоянный участник

12.08.2010 23:20

URL #43

(Vassili @ 09.08.2010 17:22)

Поскольку моя фамилия стоит первой в этой работе, отвечу.
Геном Ачолепласма лаидлащии - самый большой среди известных микоплазм.
Почему вызывает удивление, что над этим трудились две группы - группа, делавшая непосредственно сам сиквенс, и группа биоинформатиков?
Тем не менее, это первый бактериальный геном, СДЕЛАННЫЙ и АННОТИРОВАННЫЙ в России.
Для Ъ. Это вовсе не ресиквенс, а полноценный сиквенс де ново. Эта микоплазма занимает промежуточное положение между микоплазмами и бациллами.
Про "жевание галстука" комментировать не буду. Автор явно мудаковат чуток.
Будут вопросы - пишите в личку.

Везет же некоторым - у меня немецкая студентка -блондинка собрала 6 НОВЫХ геномов изолятов хламидий попугаев "гибридным сиквенсом" Иллумминна+Рош

)) с перекрытием более 100 и телится с публикухой - скромная намка попалась

))))))))))))

mrotzek
Постоянный участник

12.08.2010 23:26

URL #44

(Vassili @ 12.08.2010 16:16)

Ну зачем ёрничать?
Так и есть - первый в России. Геном действительно самый большой. Сравните с М.гениталиум. Про мировой масштаб я и не говорил. Но бактерия действительно уникальная. Буду рад ответить на любые вопросы. Кстати, по поводу темы топика, сборку мы делали сами, М.Гельфанд аннотировал.

Ваасчето- полтора лимона бактерюхи сиськвинируются рутинно как "клинические изоляты" посмотри публикухи по изолятам холеры

Guest
IP-штамп: fr53Mfolz7edU
гость

13.08.2010 00:05

URL #45

(mrotzek @ 12.08.2010 23:20)

)) с перекрытием более 100 и телится с публикухой - скромная намка попалась

))))))))))))

да, с публикухами у тебя вообще не густо

VVolkov
Постоянный участник

13.08.2010 00:31

URL #46

А что серьезно - так плохо в России? В 2007 году - первый бактериальный геном! Не верю все же.

Из http://www.plosone.org/article/info:doi/10...al.pone.0010922
The sequencing of the first bacterial genome in 1995 has left a lasting impact on the field of prokaryotic genomics. Это что в мире делается.

У бактерий потом колоссальная изменчивость, чисто по Дарвину - мутации и отбор. Там же колоссально меняются геномы в популяции бактерий за считанные дни. В клинике по идее антибиотики подбирать по генам можно, может, и дешевле уже скоро будет микробиологических анализов.

Вопрос "из длинных или коротких собирать" - это уже настолько технический, что даже как-то думать не хочется.

mrotzek
Постоянный участник

13.08.2010 00:38

URL #47

(Guest @ 13.08.2010 01:05)

да, с публикухами у тебя вообще не густо

по советским меркам - мне 3 года до пенсии

, а публикухи меня волнуют тока чтоб начальство сильно не злить - первая публикуха в 1981 году , последняая в 2010 - кого это е..т ?

))))))))))))))))
денюх и без публикух хватает

)))))))))) основная работа - енто халтура , а вот ХАЛТУРА - енто ОСНОВНАЯ РАБОТА

))))))))))))))))
учись салага - пока я жив

))))))))))))

Guest
IP-штамп: fr53Mfolz7edU
гость

13.08.2010 00:45

URL #48

(mrotzek @ 13.08.2010 00:38)

по советским меркам - мне 3 года до пенсии

))))))))))))))))
денюх и без публикух хватает

)))))))))) основная работа - енто халтура , а вот ХАЛТУРА - енто ОСНОВНАЯ РАБОТА

))))))))))))))))
учись салага - пока я жив

))))))))))))

а у меня начальства нету - на кой оно мне

я его послал и оно пошло

mrotzek
Постоянный участник

13.08.2010 00:45

URL #49

(Guest @ 13.08.2010 01:05)

да, с публикухами у тебя вообще не густо

ваасчето работать в "науке" для меня 39 лет было просто "хобби" - все остальное просто "скучно блин"

))))))))))))) могу подарить тебе все публикухи и мои американо-канатско-японамать патенты

)))))))))))

mrotzek
Постоянный участник

13.08.2010 00:55

URL #50

(Guest @ 13.08.2010 01:05)

да, с публикухами у тебя вообще не густо

не знаешь основное правило - не балуй босса

он один хер запишет себя соавтором

будеш активно публикухить - получишь проблемы - все должно быть вмеру

)))))))))))

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.