 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила* Речеподобность белковых генов -- deleted by Aglaya --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
  |
 Bern5Участник  |
  02.01.2018 14:27
(ihlindham @ 31.12.2017 00:55)  
|
|
Bern5 Участник |
02.01.2018 14:43
(ihlindham @ 31.12.2017 00:55) не читайте индусские журналы перед обедом 
|
|
Gariaev Постоянный участник |
02.01.2018 16:00
(Чайник556 @ 02.01.2018 14:21) Что Петя нет у тебя бубликаций из Торонто? Или тебе напомнить за что тебя оттуда вышибли?см пост 91 |
|
Gariaev Постоянный участник |
02.01.2018 16:01
До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 И вот цитата оттуда: Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белк не мог бы происходить без ошибок. Складывается впечатление, что г-н Гаряев использует названия этих гипотез как некие магические заклинания, призванные одурманить, замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление. Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ mittelspiel Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха ПГ: Хотя и запоздало, но отвечу. mittelspiel wrote: Хайдук написал(а): Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 ПГ: там профессионализм в искажении позиции Лагеквиста и моей. Плюс обычные помои не профи в науке. И вот цитата оттуда: Это не профи - мой критик - Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белка не мог бы происходить без ошибок. ПГ: такого утверждения не делал. Ложь. Критик цитирует меня: Пётр Гаряев: Что до триплетного кода, то простой анализ канонической таблицы приводит к простому вопросу. 3–5 кодон-антикодоновой пары не участвует в кодировании (вспоминаем Вобл гипотезу Крика). Кодируют «два из трех» (Лагерквист), да и любой может это увидеть в таблице. Итак, простой анализ ее дает: в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует фенилаланин и лейцин, AU — изолейцин и метионин, UA — тирозин, Och и Amb стоп-кодоны, CA — гистидин и глицин, AA — аспарагин и лизин, GA — аспарагиновую и глутаминовую, UG — цистеин, Umb и Trp стоп-кодоны, AG — серин и аргинин. Это омонимия в дополнение к очевидной синонимии кода. Следовательно, рибосомы встречаясь с омонимичными дублетами должны «принять решение» (хотя решение принимает целостный геном каждой клетки) о выборе одной из двух аминокислот или стопа. Это достигается контекстными ориентациями рибосомы на иРНК, о чем говорил (после нас) акад. РАН Л. П. Овчинников как о втором генетическом коде. Контекст иРНК не может быть «понят» с чисто физ-хим позиций, это лингвистическое (ментальное) образование. Сюда же относятся работы В. И. Щербака об оперированием понятием нуля триплетным кодом, что также уходит из физ-химии. Таким образом, мы не пытаемся упразднить триплетную модель, но расширяем ее в другие горизонты. Отвечает Натальин Павел , т.е. тот самый Критик: Начнем с того, что «простой анализ канонической таблицы» никаких таких выводов сделать не позволяет. Код вырожденный, потому что одной аминокислоте может соответствовать несколько кодонов (объединяемых в кодоновую семью). Странно не то, что кодоны, принадлежащие к одной семье кодонов, отличаются только по последнему нуклеотидному остатку (они же отличаются, на то код и триплетный), а то, что число существующих антикодонов в тРНК, предназначенных для распознавания этих кодонов, оказалось меньшим. Гипотеза нестрогого соответствия, или «вобл-гипотеза» Ф. Крика, увидевшая свет в 1966 г., как раз была призвана объяснить это кажущееся противоречие. Согласно гипотезе, нуклеотидный остаток, находящийся на 5’-конце антикодона (в «вобл-позициии») может взаимодействовать с третьим нуклеотидным остатком кодона неканоническим путем (т. е., возможны дополнительные, «не уотсон-криковские» взаимодействия, но код остается триплетным и все три кодона учувствуют в кодировании). Однако, эксперименты in vitro (но не in vivo!) показали, что в некоторых случаях инозин (дезаминированный аденозин, встречается в антикодонах тРНК) и другие видоизмененные основания могут спариваться со всеми четырьмя основаниями в третьем положении кодона. Таким образом, в определенных условиях эксперимента in vitro, один антикодон может считывать все четыре кодона. ПГ: Критик П.Гаряева не понял Вобл Гипотезу ф.Крика, относящуюся к синонимическим кодонам. 3-й нуклеотид в кодонах синонимах (Ф.Крик называл это «некоторым случаями») может быть любым из 4-х возможных), поскольку во всех 8-ми семействах синонимов кодируют первые два и при этом одни и те же аминокислоты.3-й нуклеотид не участвует в кодировании. Но триплеты кодируют с участием 3-го нуклеотида, выполняющем чисто механическую роль стабилизации кодон-антикодоновое взвимодействие. Критик: На основании таких опытов, Лагерквист предложил гипотезу «два из трех», согласно которой для восьми несмешанных кодоновых семей (Leu, Val, Ser, Pro, Thr, Ala, Arg, Gly) узнавание кодонов антикодонами происходит только по первым двум нуклеотидам, тогда как третий нуклеотид кодона участия в узнавании не принимает и может быть любым. ПГ: критик плохо читал работы Ф.Крика. Именно он, Ф.Крик, и высказал это положение первым. См,. хотя бы, книгу Ф.Крика «What mad pursuit. A personal view of Scientific discоvery» (1988 г., стр.90). Лагерквист также высказал мысль, что подобное «упрощенное» прочтение кода может вызывать множество ошибок при трансляции. Однако он сам же и объяснил, почему этого не происходит, чему и посветил целую статью, приводимую господином Гаряевым в другом комментарии [Lagerkvist U., (1978). «Two out of Three»: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 1759–1762]. Все объяснения приводимые в статье, основаны на гипотезе спаривания оснований, т. е. на общепринятом фундаменте молекулярной биологии. Вкратце: 1) вероятность игнорирования третьего нуклеотида в кодоне при считывании пропорциональна силе взаимодействия между антикодоном и двумя первыми нуклеотидными остатками кодона; 2) пара G–C (три водородных связи) сильнее пары A–U (две водородных связи). Внимательное изучение генетического кода (тот самый «простой анализ» на глаз) показывает, что он так организован, что кодоны, наиболее склонные к прочтению по типу «два из трех» (т. е. с двумя первыми сильно взаимодействующими парами), содержатся строго в кодоновых семьях, в которых это правило не приведет к ошибке трансляции (все четыре кодона кодируют одну аминокислоту). Объяснение в случае со смешанными кодонами (когда одно из двух первых взаимодейс твий сильное, а другое слабое) более сложное, однако и здесь оно основывается на физическом взаимодействии кодона с антикодоном (желающие могут прочитать статью Лагерквиста). (От себя добавлю, что сегодня теоретизировать по данному вопросу и вовсе нет необходимости, потому что пространственные структуры всех комплексов упомянутых выше можно взять в базах данных в интернете, и промоделировать их взаимодействия может любой студент или аспирант - как на компьютере, так и in vitro -- Mittelspiel). ПГ: Отвечаю критику Миттельшпилю. Нигде не отрицаю факт физического взаимодействия кодон-антикодонов (куда же без него?) в случае смешанных кодонов (это кодоны - синонимо-омонимические, «сиомы», мой термин, статья готовится к печати ).Но тут дело не в этом, а в проблеме точного выбора из двух разных аминокислот одной или выбора аминокислоты или стопа в сиомах. Но ни Лагерквист, ни «критик» на этот вопрос не отвечают. Более того, «критик» умышленно не заметил главного в объяснениях Лагеркиста странности «опасного» кодирования сиомами (менее точно называл их ранее кодонами омонимами). Он объясняет это так, что, мол, сиомы встречаются крайне редко, поэтому-де не страшно.  А таких сиом в коде 32, половина! А мое объяснение такому странному положению дел с сиомами вообще проигнорировал. Вот вам пример шельмования неугодных официозу исследователей и обзывания их «лже учёными».Критик: Все это написано здесь для того, чтобы показать, что ссылки г-на Гаряева на гипотезу нестрогого соответствия и гипотезу прочтения «два из трех» не являются уместными. Данные гипотезы отнюдь не служат аргументами, опровергающими теорию триплетного генетического кода и к спору о «волновом коде» г-на Гаряева не имеют никакого отношения. ПГ: Волновой код относится к другому уровню ген. Кодирования, описанному в моей монографии «Волновой генетический код» (1997г., которую от тут «анализирует» и в другой, более продвинутой, монографии «Лингвистико-волновой геном. Теория и практика», 2009г. А о доказательстве двойного (странного, одновременного) кодирования кодоном-сиомом аминокислоты селеноцистеина и цистеина, он и не слыхивал. Или тоже проигнорировал. Вот ссылка на это экспериментальное доказательство: 1-9-2009 Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon Anton Turanov University of Nebraska - Lincoln Alexei Lobanov University of Nebraska - Lincoln Dmitri E. Fomenko University of Nebraska - Lincoln, dfomenko2@unl.edu Hilary Morrison Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Mitchell Sogin Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Оно доказывает именно то, что проигнорировал «Критик», что предсказано в моих приведенных двух монографиях. И статьях тоже. [/quote] |
|
Gariaev Постоянный участник |
02.01.2018 16:10
(Чайник556 @ 02.01.2018 14:21) Что Петя нет у тебя бубликаций из Торонто? Или тебе напомнить за что тебя оттуда вышибли?Файл/ы:
|
|
Bern5 Участник |
02.01.2018 16:15
Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 И вот цитата оттуда: Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белк не мог бы происходить без ошибок. Складывается впечатление, что г-н Гаряев использует названия этих гипотез как некие магические заклинания, призванные одурманить, замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление. Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ mittelspiel Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха ПГ: Хотя и запоздало, но отвечу. mittelspiel wrote: Хайдук написал(а): Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 ПГ: там профессионализм в искажении позиции Лагеквиста и моей. Плюс обычные помои не профи в науке. И вот цитата оттуда: Это не профи - мой критик - Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белка не мог бы происходить без ошибок. ПГ: такого утверждения не делал. Ложь. Критик цитирует меня: Пётр Гаряев: Что до триплетного кода, то простой анализ канонической таблицы приводит к простому вопросу. 3–5 кодон-антикодоновой пары не участвует в кодировании (вспоминаем Вобл гипотезу Крика). Кодируют «два из трех» (Лагерквист), да и любой может это увидеть в таблице. Итак, простой анализ ее дает: в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует фенилаланин и лейцин, AU — изолейцин и метионин, UA — тирозин, Och и Amb стоп-кодоны, CA — гистидин и глицин, AA — аспарагин и лизин, GA — аспарагиновую и глутаминовую, UG — цистеин, Umb и Trp стоп-кодоны, AG — серин и аргинин. Это омонимия в дополнение к очевидной синонимии кода. Следовательно, рибосомы встречаясь с омонимичными дублетами должны «принять решение» (хотя решение принимает целостный геном каждой клетки) о выборе одной из двух аминокислот или стопа. Это достигается контекстными ориентациями рибосомы на иРНК, о чем говорил (после нас) акад. РАН Л. П. Овчинников как о втором генетическом коде. Контекст иРНК не может быть «понят» с чисто физ-хим позиций, это лингвистическое (ментальное) образование. Сюда же относятся работы В. И. Щербака об оперированием понятием нуля триплетным кодом, что также уходит из физ-химии. Таким образом, мы не пытаемся упразднить триплетную модель, но расширяем ее в другие горизонты. Отвечает Натальин Павел , т.е. тот самый Критик: Начнем с того, что «простой анализ канонической таблицы» никаких таких выводов сделать не позволяет. Код вырожденный, потому что одной аминокислоте может соответствовать несколько кодонов (объединяемых в кодоновую семью). Странно не то, что кодоны, принадлежащие к одной семье кодонов, отличаются только по последнему нуклеотидному остатку (они же отличаются, на то код и триплетный), а то, что число существующих антикодонов в тРНК, предназначенных для распознавания этих кодонов, оказалось меньшим. Гипотеза нестрогого соответствия, или «вобл-гипотеза» Ф. Крика, увидевшая свет в 1966 г., как раз была призвана объяснить это кажущееся противоречие. Согласно гипотезе, нуклеотидный остаток, находящийся на 5’-конце антикодона (в «вобл-позициии») может взаимодействовать с третьим нуклеотидным остатком кодона неканоническим путем (т. е., возможны дополнительные, «не уотсон-криковские» взаимодействия, но код остается триплетным и все три кодона учувствуют в кодировании). Однако, эксперименты in vitro (но не in vivo!) показали, что в некоторых случаях инозин (дезаминированный аденозин, встречается в антикодонах тРНК) и другие видоизмененные основания могут спариваться со всеми четырьмя основаниями в третьем положении кодона. Таким образом, в определенных условиях эксперимента in vitro, один антикодон может считывать все четыре кодона. ПГ: Критик П.Гаряева не понял Вобл Гипотезу ф.Крика, относящуюся к синонимическим кодонам. 3-й нуклеотид в кодонах синонимах (Ф.Крик называл это «некоторым случаями») может быть любым из 4-х возможных), поскольку во всех 8-ми семействах синонимов кодируют первые два и при этом одни и те же аминокислоты.3-й нуклеотид не участвует в кодировании. Но триплеты кодируют с участием 3-го нуклеотида, выполняющем чисто механическую роль стабилизации кодон-антикодоновое взвимодействие. Критик: На основании таких опытов, Лагерквист предложил гипотезу «два из трех», согласно которой для восьми несмешанных кодоновых семей (Leu, Val, Ser, Pro, Thr, Ala, Arg, Gly) узнавание кодонов антикодонами происходит только по первым двум нуклеотидам, тогда как третий нуклеотид кодона участия в узнавании не принимает и может быть любым. ПГ: критик плохо читал работы Ф.Крика. Именно он, Ф.Крик, и высказал это положение первым. См,. хотя бы, книгу Ф.Крика «What mad pursuit. A personal view of Scientific discоvery» (1988 г., стр.90). Лагерквист также высказал мысль, что подобное «упрощенное» прочтение кода может вызывать множество ошибок при трансляции. Однако он сам же и объяснил, почему этого не происходит, чему и посветил целую статью, приводимую господином Гаряевым в другом комментарии [Lagerkvist U., (1978). «Two out of Three»: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 1759–1762]. Все объяснения приводимые в статье, основаны на гипотезе спаривания оснований, т. е. на общепринятом фундаменте молекулярной биологии. Вкратце: 1) вероятность игнорирования третьего нуклеотида в кодоне при считывании пропорциональна силе взаимодействия между антикодоном и двумя первыми нуклеотидными остатками кодона; 2) пара G–C (три водородных связи) сильнее пары A–U (две водородных связи). Внимательное изучение генетического кода (тот самый «простой анализ» на глаз) показывает, что он так организован, что кодоны, наиболее склонные к прочтению по типу «два из трех» (т. е. с двумя первыми сильно взаимодействующими парами), содержатся строго в кодоновых семьях, в которых это правило не приведет к ошибке трансляции (все четыре кодона кодируют одну аминокислоту). Объяснение в случае со смешанными кодонами (когда одно из двух первых взаимодейс твий сильное, а другое слабое) более сложное, однако и здесь оно основывается на физическом взаимодействии кодона с антикодоном (желающие могут прочитать статью Лагерквиста). (От себя добавлю, что сегодня теоретизировать по данному вопросу и вовсе нет необходимости, потому что пространственные структуры всех комплексов упомянутых выше можно взять в базах данных в интернете, и промоделировать их взаимодействия может любой студент или аспирант - как на компьютере, так и in vitro -- Mittelspiel). ПГ: Отвечаю критику Миттельшпилю. Нигде не отрицаю факт физического взаимодействия кодон-антикодонов (куда же без него?) в случае смешанных кодонов (это кодоны - синонимо-омонимические, «сиомы», мой термин, статья готовится к печати ).Но тут дело не в этом, а в проблеме точного выбора из двух разных аминокислот одной или выбора аминокислоты или стопа в сиомах. Но ни Лагерквист, ни «критик» на этот вопрос не отвечают. Более того, «критик» умышленно не заметил главного в объяснениях Лагеркиста странности «опасного» кодирования сиомами (менее точно называл их ранее кодонами омонимами). Он объясняет это так, что, мол, сиомы встречаются крайне редко, поэтому-де не страшно. А таких сиом в коде 32, половина! А мое объяснение такому странному положению дел с сиомами вообще проигнорировал. Вот вам пример шельмования неугодных официозу исследователей и обзывания их «лже учёными».Критик: Все это написано здесь для того, чтобы показать, что ссылки г-на Гаряева на гипотезу нестрогого соответствия и гипотезу прочтения «два из трех» не являются уместными. Данные гипотезы отнюдь не служат аргументами, опровергающими теорию триплетного генетического кода и к спору о «волновом коде» г-на Гаряева не имеют никакого отношения. ПГ: Волновой код относится к другому уровню ген. Кодирования, описанному в моей монографии «Волновой генетический код» (1997г., которую от тут «анализирует» и в другой, более продвинутой, монографии «Лингвистико-волновой геном. Теория и практика», 2009г. А о доказательстве двойного (странного, одновременного) кодирования кодоном-сиомом аминокислоты селеноцистеина и цистеина, он и не слыхивал. Или тоже проигнорировал. Вот ссылка на это экспериментальное доказательство: 1-9-2009 Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon Anton Turanov University of Nebraska - Lincoln Alexei Lobanov University of Nebraska - Lincoln Dmitri E. Fomenko University of Nebraska - Lincoln, dfomenko2@unl.edu Hilary Morrison Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Mitchell Sogin Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Оно доказывает именно то, что проигнорировал «Критик», что предсказано в моих приведенных двух монографиях. И статьях тоже. [/quote] [/quote] для чела нет |
|
Bern5 Участник |
02.01.2018 16:16
Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 И вот цитата оттуда: Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белк не мог бы происходить без ошибок. Складывается впечатление, что г-н Гаряев использует названия этих гипотез как некие магические заклинания, призванные одурманить, замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление. Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ mittelspiel Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха ПГ: Хотя и запоздало, но отвечу. mittelspiel wrote: Хайдук написал(а): Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 ПГ: там профессионализм в искажении позиции Лагеквиста и моей. Плюс обычные помои не профи в науке. И вот цитата оттуда: Это не профи - мой критик - Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белка не мог бы происходить без ошибок. ПГ: такого утверждения не делал. Ложь. Критик цитирует меня: Пётр Гаряев: Что до триплетного кода, то простой анализ канонической таблицы приводит к простому вопросу. 3–5 кодон-антикодоновой пары не участвует в кодировании (вспоминаем Вобл гипотезу Крика). Кодируют «два из трех» (Лагерквист), да и любой может это увидеть в таблице. Итак, простой анализ ее дает: в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует фенилаланин и лейцин, AU — изолейцин и метионин, UA — тирозин, Och и Amb стоп-кодоны, CA — гистидин и глицин, AA — аспарагин и лизин, GA — аспарагиновую и глутаминовую, UG — цистеин, Umb и Trp стоп-кодоны, AG — серин и аргинин. Это омонимия в дополнение к очевидной синонимии кода. Следовательно, рибосомы встречаясь с омонимичными дублетами должны «принять решение» (хотя решение принимает целостный геном каждой клетки) о выборе одной из двух аминокислот или стопа. Это достигается контекстными ориентациями рибосомы на иРНК, о чем говорил (после нас) акад. РАН Л. П. Овчинников как о втором генетическом коде. Контекст иРНК не может быть «понят» с чисто физ-хим позиций, это лингвистическое (ментальное) образование. Сюда же относятся работы В. И. Щербака об оперированием понятием нуля триплетным кодом, что также уходит из физ-химии. Таким образом, мы не пытаемся упразднить триплетную модель, но расширяем ее в другие горизонты. Отвечает Натальин Павел , т.е. тот самый Критик: Начнем с того, что «простой анализ канонической таблицы» никаких таких выводов сделать не позволяет. Код вырожденный, потому что одной аминокислоте может соответствовать несколько кодонов (объединяемых в кодоновую семью). Странно не то, что кодоны, принадлежащие к одной семье кодонов, отличаются только по последнему нуклеотидному остатку (они же отличаются, на то код и триплетный), а то, что число существующих антикодонов в тРНК, предназначенных для распознавания этих кодонов, оказалось меньшим. Гипотеза нестрогого соответствия, или «вобл-гипотеза» Ф. Крика, увидевшая свет в 1966 г., как раз была призвана объяснить это кажущееся противоречие. Согласно гипотезе, нуклеотидный остаток, находящийся на 5’-конце антикодона (в «вобл-позициии») может взаимодействовать с третьим нуклеотидным остатком кодона неканоническим путем (т. е., возможны дополнительные, «не уотсон-криковские» взаимодействия, но код остается триплетным и все три кодона учувствуют в кодировании). Однако, эксперименты in vitro (но не in vivo!) показали, что в некоторых случаях инозин (дезаминированный аденозин, встречается в антикодонах тРНК) и другие видоизмененные основания могут спариваться со всеми четырьмя основаниями в третьем положении кодона. Таким образом, в определенных условиях эксперимента in vitro, один антикодон может считывать все четыре кодона. ПГ: Критик П.Гаряева не понял Вобл Гипотезу ф.Крика, относящуюся к синонимическим кодонам. 3-й нуклеотид в кодонах синонимах (Ф.Крик называл это «некоторым случаями») может быть любым из 4-х возможных), поскольку во всех 8-ми семействах синонимов кодируют первые два и при этом одни и те же аминокислоты.3-й нуклеотид не участвует в кодировании. Но триплеты кодируют с участием 3-го нуклеотида, выполняющем чисто механическую роль стабилизации кодон-антикодоновое взвимодействие. Критик: На основании таких опытов, Лагерквист предложил гипотезу «два из трех», согласно которой для восьми несмешанных кодоновых семей (Leu, Val, Ser, Pro, Thr, Ala, Arg, Gly) узнавание кодонов антикодонами происходит только по первым двум нуклеотидам, тогда как третий нуклеотид кодона участия в узнавании не принимает и может быть любым. ПГ: критик плохо читал работы Ф.Крика. Именно он, Ф.Крик, и высказал это положение первым. См,. хотя бы, книгу Ф.Крика «What mad pursuit. A personal view of Scientific discоvery» (1988 г., стр.90). Лагерквист также высказал мысль, что подобное «упрощенное» прочтение кода может вызывать множество ошибок при трансляции. Однако он сам же и объяснил, почему этого не происходит, чему и посветил целую статью, приводимую господином Гаряевым в другом комментарии [Lagerkvist U., (1978). «Two out of Three»: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 1759–1762]. Все объяснения приводимые в статье, основаны на гипотезе спаривания оснований, т. е. на общепринятом фундаменте молекулярной биологии. Вкратце: 1) вероятность игнорирования третьего нуклеотида в кодоне при считывании пропорциональна силе взаимодействия между антикодоном и двумя первыми нуклеотидными остатками кодона; 2) пара G–C (три водородных связи) сильнее пары A–U (две водородных связи). Внимательное изучение генетического кода (тот самый «простой анализ» на глаз) показывает, что он так организован, что кодоны, наиболее склонные к прочтению по типу «два из трех» (т. е. с двумя первыми сильно взаимодействующими парами), содержатся строго в кодоновых семьях, в которых это правило не приведет к ошибке трансляции (все четыре кодона кодируют одну аминокислоту). Объяснение в случае со смешанными кодонами (когда одно из двух первых взаимодейс твий сильное, а другое слабое) более сложное, однако и здесь оно основывается на физическом взаимодействии кодона с антикодоном (желающие могут прочитать статью Лагерквиста). (От себя добавлю, что сегодня теоретизировать по данному вопросу и вовсе нет необходимости, потому что пространственные структуры всех комплексов упомянутых выше можно взять в базах данных в интернете, и промоделировать их взаимодействия может любой студент или аспирант - как на компьютере, так и in vitro -- Mittelspiel). ПГ: Отвечаю критику Миттельшпилю. Нигде не отрицаю факт физического взаимодействия кодон-антикодонов (куда же без него?) в случае смешанных кодонов (это кодоны - синонимо-омонимические, «сиомы», мой термин, статья готовится к печати ).Но тут дело не в этом, а в проблеме точного выбора из двух разных аминокислот одной или выбора аминокислоты или стопа в сиомах. Но ни Лагерквист, ни «критик» на этот вопрос не отвечают. Более того, «критик» умышленно не заметил главного в объяснениях Лагеркиста странности «опасного» кодирования сиомами (менее точно называл их ранее кодонами омонимами). Он объясняет это так, что, мол, сиомы встречаются крайне редко, поэтому-де не страшно. А таких сиом в коде 32, половина! А мое объяснение такому странному положению дел с сиомами вообще проигнорировал. Вот вам пример шельмования неугодных официозу исследователей и обзывания их «лже учёными».Критик: Все это написано здесь для того, чтобы показать, что ссылки г-на Гаряева на гипотезу нестрогого соответствия и гипотезу прочтения «два из трех» не являются уместными. Данные гипотезы отнюдь не служат аргументами, опровергающими теорию триплетного генетического кода и к спору о «волновом коде» г-на Гаряева не имеют никакого отношения. ПГ: Волновой код относится к другому уровню ген. Кодирования, описанному в моей монографии «Волновой генетический код» (1997г., которую от тут «анализирует» и в другой, более продвинутой, монографии «Лингвистико-волновой геном. Теория и практика», 2009г. А о доказательстве двойного (странного, одновременного) кодирования кодоном-сиомом аминокислоты селеноцистеина и цистеина, он и не слыхивал. Или тоже проигнорировал. Вот ссылка на это экспериментальное доказательство: 1-9-2009 Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon Anton Turanov University of Nebraska - Lincoln Alexei Lobanov University of Nebraska - Lincoln Dmitri E. Fomenko University of Nebraska - Lincoln, dfomenko2@unl.edu Hilary Morrison Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Mitchell Sogin Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Оно доказывает именно то, что проигнорировал «Критик», что предсказано в моих приведенных двух монографиях. И статьях тоже. [/quote] [/quote] для чела не доказано 
|
|
Bern5 Участник |
02.01.2018 16:17
Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 И вот цитата оттуда: Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белк не мог бы происходить без ошибок. Складывается впечатление, что г-н Гаряев использует названия этих гипотез как некие магические заклинания, призванные одурманить, замутить и без того мутную голову какого-нибудь нерадивого студента или далекого от науки обывателя. Такой тактический ход совершенно излишен в условиях открытой научной дискуссии и производит самое неблагоприятное впечатление. Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха Волновой геном еще и еще раз. Пока не поймём. +++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ mittelspiel Ну а если вопросы останутся после выступления ППГ, то я по мере сил постараюсь ответить. А теперь заслушаем начальника транспортного цеха ПГ: Хотя и запоздало, но отвечу. mittelspiel wrote: Хайдук написал(а): Скорее всего тривиально ошибаетесь, не мог Фрэнсис не заметить такого, притом с тех пор прошло масса времени, надеюсь Мительшпиль всё нам разъяснит До меня уже это довольно профессионально сделали, так что мне только остается дать ссылку: biomolecula.ru/content/403 ПГ: там профессионализм в искажении позиции Лагеквиста и моей. Плюс обычные помои не профи в науке. И вот цитата оттуда: Это не профи - мой критик - Одним из основных постулатов «волновой генетики» является убеждённость, что существующая модель триплетного кодирования белковых молекул в последовательности ДНК в корне ошибочна. Якобы, если бы код действительно был триплетным, синтез белка не мог бы происходить без ошибок. ПГ: такого утверждения не делал. Ложь. Критик цитирует меня: Пётр Гаряев: Что до триплетного кода, то простой анализ канонической таблицы приводит к простому вопросу. 3–5 кодон-антикодоновой пары не участвует в кодировании (вспоминаем Вобл гипотезу Крика). Кодируют «два из трех» (Лагерквист), да и любой может это увидеть в таблице. Итак, простой анализ ее дает: в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует фенилаланин и лейцин, AU — изолейцин и метионин, UA — тирозин, Och и Amb стоп-кодоны, CA — гистидин и глицин, AA — аспарагин и лизин, GA — аспарагиновую и глутаминовую, UG — цистеин, Umb и Trp стоп-кодоны, AG — серин и аргинин. Это омонимия в дополнение к очевидной синонимии кода. Следовательно, рибосомы встречаясь с омонимичными дублетами должны «принять решение» (хотя решение принимает целостный геном каждой клетки) о выборе одной из двух аминокислот или стопа. Это достигается контекстными ориентациями рибосомы на иРНК, о чем говорил (после нас) акад. РАН Л. П. Овчинников как о втором генетическом коде. Контекст иРНК не может быть «понят» с чисто физ-хим позиций, это лингвистическое (ментальное) образование. Сюда же относятся работы В. И. Щербака об оперированием понятием нуля триплетным кодом, что также уходит из физ-химии. Таким образом, мы не пытаемся упразднить триплетную модель, но расширяем ее в другие горизонты. Отвечает Натальин Павел , т.е. тот самый Критик: Начнем с того, что «простой анализ канонической таблицы» никаких таких выводов сделать не позволяет. Код вырожденный, потому что одной аминокислоте может соответствовать несколько кодонов (объединяемых в кодоновую семью). Странно не то, что кодоны, принадлежащие к одной семье кодонов, отличаются только по последнему нуклеотидному остатку (они же отличаются, на то код и триплетный), а то, что число существующих антикодонов в тРНК, предназначенных для распознавания этих кодонов, оказалось меньшим. Гипотеза нестрогого соответствия, или «вобл-гипотеза» Ф. Крика, увидевшая свет в 1966 г., как раз была призвана объяснить это кажущееся противоречие. Согласно гипотезе, нуклеотидный остаток, находящийся на 5’-конце антикодона (в «вобл-позициии») может взаимодействовать с третьим нуклеотидным остатком кодона неканоническим путем (т. е., возможны дополнительные, «не уотсон-криковские» взаимодействия, но код остается триплетным и все три кодона учувствуют в кодировании). Однако, эксперименты in vitro (но не in vivo!) показали, что в некоторых случаях инозин (дезаминированный аденозин, встречается в антикодонах тРНК) и другие видоизмененные основания могут спариваться со всеми четырьмя основаниями в третьем положении кодона. Таким образом, в определенных условиях эксперимента in vitro, один антикодон может считывать все четыре кодона. ПГ: Критик П.Гаряева не понял Вобл Гипотезу ф.Крика, относящуюся к синонимическим кодонам. 3-й нуклеотид в кодонах синонимах (Ф.Крик называл это «некоторым случаями») может быть любым из 4-х возможных), поскольку во всех 8-ми семействах синонимов кодируют первые два и при этом одни и те же аминокислоты.3-й нуклеотид не участвует в кодировании. Но триплеты кодируют с участием 3-го нуклеотида, выполняющем чисто механическую роль стабилизации кодон-антикодоновое взвимодействие. Критик: На основании таких опытов, Лагерквист предложил гипотезу «два из трех», согласно которой для восьми несмешанных кодоновых семей (Leu, Val, Ser, Pro, Thr, Ala, Arg, Gly) узнавание кодонов антикодонами происходит только по первым двум нуклеотидам, тогда как третий нуклеотид кодона участия в узнавании не принимает и может быть любым. ПГ: критик плохо читал работы Ф.Крика. Именно он, Ф.Крик, и высказал это положение первым. См,. хотя бы, книгу Ф.Крика «What mad pursuit. A personal view of Scientific discоvery» (1988 г., стр.90). Лагерквист также высказал мысль, что подобное «упрощенное» прочтение кода может вызывать множество ошибок при трансляции. Однако он сам же и объяснил, почему этого не происходит, чему и посветил целую статью, приводимую господином Гаряевым в другом комментарии [Lagerkvist U., (1978). «Two out of Three»: an alternative method for codon reading. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 75, 1759–1762]. Все объяснения приводимые в статье, основаны на гипотезе спаривания оснований, т. е. на общепринятом фундаменте молекулярной биологии. Вкратце: 1) вероятность игнорирования третьего нуклеотида в кодоне при считывании пропорциональна силе взаимодействия между антикодоном и двумя первыми нуклеотидными остатками кодона; 2) пара G–C (три водородных связи) сильнее пары A–U (две водородных связи). Внимательное изучение генетического кода (тот самый «простой анализ» на глаз) показывает, что он так организован, что кодоны, наиболее склонные к прочтению по типу «два из трех» (т. е. с двумя первыми сильно взаимодействующими парами), содержатся строго в кодоновых семьях, в которых это правило не приведет к ошибке трансляции (все четыре кодона кодируют одну аминокислоту). Объяснение в случае со смешанными кодонами (когда одно из двух первых взаимодейс твий сильное, а другое слабое) более сложное, однако и здесь оно основывается на физическом взаимодействии кодона с антикодоном (желающие могут прочитать статью Лагерквиста). (От себя добавлю, что сегодня теоретизировать по данному вопросу и вовсе нет необходимости, потому что пространственные структуры всех комплексов упомянутых выше можно взять в базах данных в интернете, и промоделировать их взаимодействия может любой студент или аспирант - как на компьютере, так и in vitro -- Mittelspiel). ПГ: Отвечаю критику Миттельшпилю. Нигде не отрицаю факт физического взаимодействия кодон-антикодонов (куда же без него?) в случае смешанных кодонов (это кодоны - синонимо-омонимические, «сиомы», мой термин, статья готовится к печати ).Но тут дело не в этом, а в проблеме точного выбора из двух разных аминокислот одной или выбора аминокислоты или стопа в сиомах. Но ни Лагерквист, ни «критик» на этот вопрос не отвечают. Более того, «критик» умышленно не заметил главного в объяснениях Лагеркиста странности «опасного» кодирования сиомами (менее точно называл их ранее кодонами омонимами). Он объясняет это так, что, мол, сиомы встречаются крайне редко, поэтому-де не страшно. А таких сиом в коде 32, половина! А мое объяснение такому странному положению дел с сиомами вообще проигнорировал. Вот вам пример шельмования неугодных официозу исследователей и обзывания их «лже учёными».Критик: Все это написано здесь для того, чтобы показать, что ссылки г-на Гаряева на гипотезу нестрогого соответствия и гипотезу прочтения «два из трех» не являются уместными. Данные гипотезы отнюдь не служат аргументами, опровергающими теорию триплетного генетического кода и к спору о «волновом коде» г-на Гаряева не имеют никакого отношения. ПГ: Волновой код относится к другому уровню ген. Кодирования, описанному в моей монографии «Волновой генетический код» (1997г., которую от тут «анализирует» и в другой, более продвинутой, монографии «Лингвистико-волновой геном. Теория и практика», 2009г. А о доказательстве двойного (странного, одновременного) кодирования кодоном-сиомом аминокислоты селеноцистеина и цистеина, он и не слыхивал. Или тоже проигнорировал. Вот ссылка на это экспериментальное доказательство: 1-9-2009 Genetic Code Supports Targeted Insertion of Two Amino Acids by One Codon Anton Turanov University of Nebraska - Lincoln Alexei Lobanov University of Nebraska - Lincoln Dmitri E. Fomenko University of Nebraska - Lincoln, dfomenko2@unl.edu Hilary Morrison Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Mitchell Sogin Josephine Bay Paul Center, Marine Biological Laboratory, Woods Hole, MA 02543, USA Оно доказывает именно то, что проигнорировал «Критик», что предсказано в моих приведенных двух монографиях. И статьях тоже. [/quote] [/quote] для чела не доказано
|
|
опять |
02.01.2018 16:31
гаряичу из Небраски |
|
опять |
02.01.2018 16:42
(Gariaev @ 02.01.2018 17:10) гаряич я кабы поосторожней относился к публикациям со Среднего Запада
|
|
опять |
02.01.2018 16:52
(опять @ 02.01.2018 17:42) гаряич я кабы поосторожней относился к публикациям со Среднего Запада |
|
LMP Постоянный участник |
02.01.2018 21:17
(Чайник556 @ 02.01.2018 11:21) Что Петя нет у тебя бубликаций из Торонто? Или тебе напомнить за что тебя оттуда вышибли? |
|
Gariaev Постоянный участник |
02.01.2018 23:14
(LMP @ 02.01.2018 22:17) да не было Ппг экспериментов в Торонто. Он постоянно выдумывает столицу подальше то в юар, то в Канаде, странно почему нет данных из Джакарты, Пномпеня или йокагамы))цыц, под лавку.
|
|
LMP Постоянный участник |
02.01.2018 23:24
|
|
Gariaev Постоянный участник |
03.01.2018 00:04
|
|
Bern5 Участник |
03.01.2018 00:30
(Gariaev @ 03.01.2018 01:04) Кидаю тебе кость. Не гавкай.
|
|
Bern5 Участник |
03.01.2018 00:37
(Gariaev @ 03.01.2018 01:04) Кидаю тебе кость. Не гавкай.психи  |
|
Bern5 Участник |
03.01.2018 00:48
(Bern5 @ 03.01.2018 01:37) психи
|
|
Bern5 Участник |
03.01.2018 01:05
(Bern5 @ 03.01.2018 01:37) психи интересно как стоят паруса при боковом ветре шоу для прекрасных дам |
|
Gariaev Постоянный участник |
03.01.2018 09:37
|
|
Gariaev Постоянный участник |
03.01.2018 09:40
(LMP @ 02.01.2018 22:17) да не было Ппг экспериментов в Торонто. Он постоянно выдумывает столицу подальше то в юар, то в Канаде, странно почему нет данных из Джакарты, Пномпеня или йокагамы))Файл/ы:
|
|
MeToo |
03.01.2018 10:00
(Gariaev @ 03.01.2018 10:40)
|
|
Bern5 Участник |
03.01.2018 10:33
(Gariaev @ 03.01.2018 10:37) Бернулли, будя зашумлять тему. Ведь годами одно и то же долдонишь...гарячкин я посчитал суммарный импакт фактор твоих писанюх 0.00001 
|
|
Bern5 Участник |
03.01.2018 10:39
(Gariaev @ 03.01.2018 10:37) Бернулли, будя зашумлять тему. Ведь годами одно и то же долдонишь...гарячкин можно выложить импакты журналов с твоими опусами в назидание молодежи
|
|
Gariaev Постоянный участник |
03.01.2018 17:32
(Bern5 @ 03.01.2018 11:39) гарячкин можно выложить импакты журналов с твоими опусами в назидание молодежи Когда цыплят по осени посчитаем.
|
|
Чайник556 Участник |
03.01.2018 17:48
|
|
LMP Постоянный участник |
03.01.2018 18:12
|
|
Gariaev Постоянный участник |
03.01.2018 21:23
(LMP @ 03.01.2018 19:12) Да это вообще не журнал, что он там дал. Это журнала вообще не существует. Это просто сайт, типа чата с наукоподобными разделами в каждом из которых абракадабра от очередного чудика, психа или клоуна, коих дофига и более. Люди которых гаряша вписал в сей опус об этом даже и не догадываются, поди и до Канады в своей жизни ни разу не доезжали)))гаряй наивно полагает что если он 20 раз даст ссылку на сей чат - это усилит его доказательную силу, да Гаряй?Да кто же тебе, лм-пешка, поверит, стократно солгавший? И стёрший своё признание - "ладно, победил", когда я дал подробный анализ одной из работ западников в журнале с высоким рейтингом о тРНК в аспекте Вобл гипотезы Ф.Крика? Авторы вляпались, предсказав спаривание кодона с антикодоном, которое противоречило Криковскому канону А-Т(У), Г-Ц, что должно привести к включению в растущий пептид "неправильной аминокислоты", которая не предусматривалась канон. таблицей ген. кода.. Аккуратненько так стёр. И не в первый раз. То, что изобличает тебя как проф. безграмотного, с одной стороны, и как лгуна, с другой. Этот журнал "International Journal of Computing Anticipatory Systems", Edited by Daniel M. Dubois, Published by CHAOS, Liège, Belgium - весьма уважаемый. И напомню, тоже не в первый раз, что первая публикация по будущему научному направлению, Синергетика, была опубликована в трудах какого-то мед. института. г. Мухозагаженска. Закончилось Нобелевской премией Илье Пригожину. Похожая история с Нобелевской Барбары Мак Клинток. Сообщение было отредактировано Gariaev - 03.01.2018 21:24 |
|
Чайник556 Участник |
03.01.2018 21:49
|
|
LMP Постоянный участник |
03.01.2018 22:17
 Омонимы разогнали, волна не волна, даже про Канаду наврать как следует не смог. Кстати, так и не обосновал торонтовских поделок, но каким то неумелым ширмочкам не скрыть лживой рыжей морды.
|
|
Gariaev Постоянный участник |
03.01.2018 22:34
Вот довольно забавная, но искренняя статья. Автор живет за бугром, поэтому наивно представляет положение науки в России, да и ссылки на мои статьи мог бы и посильнее дать. |
|
LMP Постоянный участник |
03.01.2018 23:16
|
|
Gariaev Постоянный участник |
04.01.2018 00:45
. Да, и ждем твои публикации из под лавки. Только не путай их с конечными продуктами своего патометаболизма.
|
|
Чайник556 Участник |
04.01.2018 09:18
Ведь кроме этого у него ничего и нет, ни доказательств ни намерений это сделать, а поститься он тут в надежде на то, что лох- пользователи его матриц считали его приобщенным к большой науке, а не изгоем оплёванным всеми. |
|
LMP Постоянный участник |
04.01.2018 10:22
А знаешь, гаряша, это ведь нас приходят читать, а не тебя. Ты уже выработался, не интересен, да и туп к тому же. Всю теорию просрал, стыд и позор. Как же ты в глаза молодых биологов теперь смотреть будешь? Спросит тебя новое поколение: где омонимы? - Нету, отняли... А теория мшеи? - И её тоже...  развеяли по ветру. Как ты мог? Где твое волногонское достоинство?
|
|
Gariaev Постоянный участник |
04.01.2018 11:00
|
|
Gariaev Постоянный участник |
04.01.2018 11:07
Neo, брось тут что-то по науке добиваться, расслабься. |
|
Чайник556 Участник |
04.01.2018 11:20
Надо помочь этому "Ломоносову" от около научной деятельности. Кто тут готов бросить кости идей для этого старого пенсионера? |
|
Gariaev Постоянный участник |
04.01.2018 11:50
(Чайник556 @ 04.01.2018 12:20) Идей своих значит уже нет, по этому и просит мальчик Петя дайте мне что нибудь для общения с учеными что нибудь нового по "воблировнию" молекул.Надо помочь этому "Ломоносову" от около научной деятельности. Кто тут готов бросить кости идей для этого старого пенсионера? Кыш под лавку к другим шавкам - лм-пешке и vb-ешке. Будет о чем поговорить.
|
|
LMP Постоянный участник |
04.01.2018 12:04
|
|
Чайник556 Участник |
04.01.2018 12:25
И тогда ученые смогут реально по новой технологии и этот труд П.Гаряеву зачтется. |
|
ihlindham Постоянный участник |
04.01.2018 12:30
|
|
ihlindham Постоянный участник |
04.01.2018 12:47
(LMP @ 04.01.2018 13:04) ...пойдешь младшим лаборантом к vb? Разрабатывать двойное воблирование. Он хороший учитель: научишься мыть пипетки, работать чисто и без перекрестной контаминации. Сам знаешь к чему это приводит.Ну хорошо - покажите нам парочку статей по "двойному воблированию" Сообщение было отредактировано ihlindham - 04.01.2018 13:34
|
|
ihlindham Постоянный участник |
04.01.2018 13:43
(Gariaev @ 04.01.2018 12:00) ... публикации в журналах с высоким импактом...ага: В журнале e-Life опубликована информация о проверочных исследованиях самых важных статей по раку, проведенных проектом Reproducibility Project: Cancer Biology. Участники проекты попытались воспроизвести результаты экспериментов, описанных в статьях, но не смогли. Означает ли это, что работы были некачественно сделаны? С этим согласны не все, пишет Nature. «Одна единственная неудача воспроизвести результаты не означает, что изначально они были ложными. Это не должно накладывать печать на конкретную статью. Если мы ищем доказательства, чтобы усложнить жизни исследователям, которые сделали оригинальную работу, то с нашей культурой что-то не так», — цитирует издание Тима Эррингтона (Tim Errington), менеджера Reproducibility Project, который работает в Центре открытой науки в США. По мнению ученого, результаты проекта нужно рассматривать как информацию, а не как осуждение. Статья Эркки Руослати (Erkki Ruoslahti), онкобиолога из Института медицинский исследований имени Санфорда, Бирнама и Пребиса, не прошла проверку в проекте, и ученый озабочен тем, что это может повлиять на фандрайзинг для его компании DrugCendR, созданной для развития его метода исследований. The Reproducibility Project: Cancer Biology запущен в 2013 году с целью проверить 50 ключевых работ в онкологии, опубликованных в Nature, Science, Cell и других ведущих журналах. Участники проекта планировали выявить надежные исследования, а это ключевой вопрос для онкологии. Он появился не случайно, поскольку в 2012 году ученые из биотехнологической фирмы Amgen не смогли воспроизвести 47 из 53 важнейших статей по раку. Какие именно работы не воспроизвели, неизвестно, равно как и неизвестны многие детали их попыток. Reproducibility Project делает свои проверки открытыми. Сейчас проверено 29 работ. Все результаты проверок появятся к концу 2017 года. Результаты трех статей воспроизвести не удалось, две из них не получается считать статистически значимыми. Результаты еще двух работ не удалось интерпретировать. Одна из проблем воспроизведения результатов в том, что в оригинальных статьях бывает слишком мало деталей о методе. Некоторые авторы проверенных статей высоко оценили результаты проверочного проекта, но другие опасаются, что теперь их работа будет дискредитирована. An open-science effort to replicate dozens of cancer-biology studies is off to a confusing start. Сообщение было отредактировано ihlindham - 04.01.2018 13:47 |
|
ihlindham Постоянный участник |
04.01.2018 14:01
...The Reproducibility Project: Cancer Biology запущен в 2013 году с целью проверить 50 ключевых работ в онкологии, опубликованных в Nature, Science, Cell и других ведущих журналах. Участники проекта планировали выявить надежные исследования, а это ключевой вопрос для онкологии. Он появился не случайно, поскольку в 2012 году ученые из биотехнологической фирмы Amgen не смогли воспроизвести 47 из 53 важнейших статей по раку... Reproducibility Project делает свои проверки открытыми. Сейчас проверено 29 работ. Все результаты проверок появятся к концу 2017 года. Результаты трех статей воспроизвести не удалось... Некоторые авторы проверенных статей высоко оценили результаты проверочного проекта, но другие опасаются, что теперь их работа будет дискредитирована. А вот сайт проекта: Теперь, Петрович, давайте внимательно отслеживать результаты проверки "статей из журналофф с высоким импакт-фактором" и задавать нашим оппонентам один простой вопрос: доколе ? Сообщение было отредактировано ihlindham - 04.01.2018 14:02 |
|
Gariaev Постоянный участник |
04.01.2018 14:05
(ihlindham @ 04.01.2018 13:30) Невероятно содержательная и познавательная беседа. Я уже даже жалею, что ушел из темы И правильно. Тут интереснее, чем занудство официоза. Хамство бы убрать и темы придерживаться. |
|
Gariaev Постоянный участник |
04.01.2018 14:19
Но использовали Квантовый мШЭИ эквивалент экстракта этого гриба. Так онкологи сдуру поставили в термостат не только нашу культуру онко клеток, на которую подавали мШЭИ, но и с десяток других раковых линий клеток. И это, несмотря на моё предупреждение о не установленном радиусе воздействий мШЭИ. В итоге все линии раковых клеток погибли. Это их сильно расстроило, не потому что сильный результат, а потому, что стало ясно - зачем им париться десятилетиями, отыскивая антираковые вещества, когда можно сразу грохнуть. Короче, под угрозой оказался их "хлеб". На том и расстались. Просто охреневаю от таких онкологов. |
|
ihlindham Постоянный участник |
04.01.2018 14:26
Сообщение было отредактировано ihlindham - 04.01.2018 14:26 |
|
Чайник556 Участник |
04.01.2018 14:43
П.Гаряеву дали что бы он смог сделать свой знаменитый файл мШЭИ для лечебных процедур по регенерации и борьбы с онколоболезнями. Все ждут РЕЗУЛЬТАТА испытаний. Так, что не стоит пенсионера П.Гаряева отвлекать от стоящих прорывных дел. |
|
ihlindham Постоянный участник |
04.01.2018 15:14
(Чайник556 @ 04.01.2018 15:43) Никто никуда не подевался. Просто все заняты своей работой. Да я вижу как некоторые товарисчи были заняты работой, прямо-таки горели на оной: Фармацевтическая компания Bayer, например, призналась, что её сотрудники не могут повторить примерно две трети из опубликованных исследований, посвящённых выявлению потенциальных целей лекарственных препаратов. Её конкурент Amgen сообщил о ещё более высоком проценте неудач: за последние десять лет специалисты этой фирмы в области онкологии и гематологии опозорили коллег в 47 случаях из 53. Это самые яркие примеры, поскольку фармацевтические компании по роду деятельности вынуждены штудировать научную литературу в поисках наиболее перспективных областей исследования. Хорошо бы сделать нечто подобное и в других науках.
Итак, теперь мы знаем, что подавляющее большинство биомедицинских исследований не может быть воспроизведено.... |
| « Предыдущая тема · Мусорница · Следующая тема » |
|
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.