 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Эзотерическое знание -- Краткий курс эзотерики для Ph.D. --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 Рекрут |
 24.06.2019 09:05
ПГ: Можете поставить этот эксперимент? У Вас есть биохим. кухня, у меня ее нет. |
|
Asterix Постоянный участник |
 24.06.2019 13:02
> - 720 nucleotides Translation in forward direction: DNA: atggtgagcaagggcgaggagctgttcaccggggtggtgcccatcctggtcgagctggac +1fr: MetValSerLysGlyGluGluLeuPheThrGlyValValProIleLeuValGluLeuAsp DNA: ggcgacgtaaacggccacaagttcagcgtgtccggcgagggcgagggcgatgccacctac +1fr: GlyAspValAsnGlyHisLysPheSerValSerGlyGluGlyGluGlyAspAlaThrTyr DNA: ggcaagctgaccctgaagttcatctgcaccaccggcaagctgcccgtgccctggcccacc +1fr: GlyLysLeuThrLeuLysPheIleCysThrThrGlyLysLeuProValProTrpProThr DNA: ctcgtgaccaccctgacctacggcgtgcagtgcttcagccgctaccccgaccacatgaag +1fr: LeuValThrThrLeuThrTyrGlyValGlnCysPheSerArgTyrProAspHisMetLys DNA: cagcacgacttcttcaagtccgccatgcccgaaggctacgtccaggagcgcaccatcttc +1fr: GlnHisAspPhePheLysSerAlaMetProGluGlyTyrValGlnGluArgThrIlePhe DNA: ttcaaggacgacggcaactacaagacccgcgccgaggtgaagttcgagggcgacaccctg +1fr: PheLysAspAspGlyAsnTyrLysThrArgAlaGluValLysPheGluGlyAspThrLeu DNA: gtgaaccgcatcgagctgaagggcatcgacttcaaggaggacggcaacatcctggggcac +1fr: ValAsnArgIleGluLeuLysGlyIleAspPheLysGluAspGlyAsnIleLeuGlyHis DNA: aagctggagtacaactacaacagccacaacgtctatatcatggccgacaagcagaagaac +1fr: LysLeuGluTyrAsnTyrAsnSerHisAsnValTyrIleMetAlaAspLysGlnLysAsn DNA: ggcatcaaggtgaacttcaagatccgccacaacatcgaggacggcagcgtgcagctcgcc +1fr: GlyIleLysValAsnPheLysIleArgHisAsnIleGluAspGlySerValGlnLeuAla DNA: gaccactaccagcagaacacccccatcggcgacggccccgtgctgctgcccgacaaccac +1fr: AspHisTyrGlnGlnAsnThrProIleGlyAspGlyProValLeuLeuProAspAsnHis DNA: tacctgagcacccagtccgccctgagcaaagaccccaacgagaagcgcgatcacatggtc +1fr: TyrLeuSerThrGlnSerAlaLeuSerLysAspProAsnGluLysArgAspHisMetVal DNA: ctgctggagttcgtgaccgccgccgggatcactctcggcatggacgagctgtacaagtaa +1fr: LeuLeuGluPheValThrAlaAlaGlyIleThrLeuGlyMetAspGluLeuTyrLysOc* |
|
Asterix Постоянный участник |
24.06.2019 13:08
Будут 2 гипотезы , одна на основе классической модели кода , а другая на основе вашей модели контекстного кодирования. И будет ожидаемый результат, с позиции каждой теории мы предскажем его. И тогда можно будет и эксперимент сделать. Это несложно технически. |
|
Asterix Постоянный участник |
24.06.2019 13:15
Давайте все детали обговорим сначала и все предсказания сделаем с позиции классической и вашей теории кода. Ну и контроли какие будем делать? |
|
Рекрут |
24.06.2019 15:51
(Asterix @ 24.06.2019 14:15)  То есть Вы предлагаете поменять первый АТГ на один из 3 изолейциновых кодонов и утверждаете что согласно вашей теории рибосома исходя из контекста эту подмену заметит и поставит туда метионин и таким образом сама определит себе правильную рамку считывания РНК. В результате получится функциональный белок , который будет давать зеленую флюоресценцию как и обычный , который без этой замены первого кодона.Давайте все детали обговорим сначала и все предсказания сделаем с позиции классической и вашей теории кода. Ну и контроли какие будем делать? АТГ - экзотический сиом кодон начала синтеза белков. Этим отличается от других сиом. Имеет смысл взять другой сиом из рамки ГАЦ или ТТЦ, тем более, они кодируют по КолИной таблице - Asp и Ser. Это будет дополнительный опыт и одновременно контроль на экзотику и уникальность, свойственную только АТГ, с которого начинаются синтезы белков. В сиомах ГАЦ и ТТЦ тоже поменять 3' вобулирующие нуклеотиды на не свои. Если я (мы) правы, то включаться будут прежние табличные аминокислоты, т.е. внесенные ошибки будут исправлены в соответсвии с контекстом мРНК Если не правы, включаться будут, хоть и Табличные, но другие аминокислоты, т.е. ошибки не исправлены, контекст не работает, по крайней мере в рамках данного эксперимента . Сообщение было отредактировано Рекрут - 24.06.2019 15:59 |
|
Asterix Постоянный участник |
24.06.2019 17:43
Начинать надо с самого главного кодона , с первого метионина , уж у него-то контекст точно есть , причем очевидный и очень важный контекст - рамка считывания называется , и уж если он не даст ожидаемого результата, то чего на остальные смотреть. Вот классическая теория ГенКода в данном конкретном случае предсказывает что если заменить АТГ на любой изолейциновый кодон АТХ.. то она будет просто тупо искать следующий АТГ и конечно же его найдет, он там есть , но не в той рамке что нужна , запустит трансляцию РНК в пептид и довольно быстро обнаружит в этой рамке другой стоп-кодон , но не найдя подтверждения ему, что он настоящий , просто сбросит то что насинтезировала в утиль и просто уйдет с этой РНК . С другой рибосомой повторится та же история.. В результате никакого зеленого белка в клетке не появится. А по вашей теории все будет совсем по другому, рибосома увидит что первый АТГ подменили на изолейцин и спокойно исправит ошибку и синтезирует тот самый белок. Таким образом все получится солидно и в Натуре подобную работу вполне примут к Публикации. Ну хотя бы в виде короткого сообщения . Сообщение было отредактировано Asterix - 24.06.2019 18:03 |
|
Asterix Постоянный участник |
24.06.2019 18:40
Так вот среди прочего мне надо было переозвучить неудачную предыдущую озвучку фразы , ее местный чеченец до этого озвучивал , получился дикой кавказскои акцент - // Америка , Германия, Расскажи лучше про свою девочку --Это лучшая история ---// причем надо было это сказать в таком издевательском тоне .. Ну представьте себе , Мурманск , вечер , какие-то жилые сараи , снег .. я в роскошной рыжей собачьей шубе гуляю не менее роскошную собаку в цвет к шубе. И вижу местного шизофреника , он ключник, типа слесарь по замкам, двери людям вскрывает когда ключи потеряны, и постоянно с кем-то разговаривает , с выдуманными им персонажами что отвлекает его от суровой действительности этого города. И вот мне надо над ним поиздеваться , ибо это его внутренний голос такой. И вот я ему проходя мимо должен что-то высказать в уничижительном тоне. Не состарадательном, а вот именно припечатать. Выяснилось что я не могу эту фразу так как надо сказать без модификации лингво-кода... Только вот так у меня и получилось. // Америка Германия, Лучше про бабу свою расскажи --Это твоя лучшая история -- // причем /твоя/ практически и не слышно но без этого слова ничего не получается, речевой аппарат так устроен , очень странно он работает. Потом была еще одна фраза тоже сложно было .. ///Блядь , Я писаю на свою обувь что ли?// Ну а с немецкой фразой вообще замучился , надо было сказать с русским акцентом где-то в Мурманске. очень медленно [Das ist meine auto] Ну вообщем веселое это дело - лингвистика и семантика. Завтра пойду на премьеру фильма в нашем кинотеатре, аж два сеанса у него будет , в присутсвии режиссера. Надеюсь успеет последную редакцию сделать к премьере. |
|
Рекрут |
24.06.2019 22:16
Вот Вам супер эзотерика в ореоле ДНК Насчет того, что рибосома "соскочит", прочитав бред стоп-контекста. Не очевидно. И в добавок для большего ДНК кайфа Сообщение было отредактировано Рекрут - 24.06.2019 22:23 |
|
Asterix Постоянный участник |
25.06.2019 00:23
Кратко освещены понятия: Древо Жизни, Меркаба, Катара, Темплата Первоосновы Создания, 15-мерная Матрица, Млечный Путь, Андромеда, Червячные Дыры, Чёрные Дыры, Каббала, Атлантида, Лимурия, 3-х мерная Реальность, инкарнация, гармонический ряд, ченеллинг, чакра, Метатрон, Архангел Михаил, Ануннаки, Нефилимы, Тот, Изумрудные Скрижали, Хроники Акаши, Прецессия Равноденствия, Весика Пайсис, Фибоначчи, Чандлеровское Колебание, Морфогенетическое Поле, Квантовая Физика, Скалярная Волна, Атомная Трансмутация, Трансмиграция, Транслокация, Тёмная Материя, Торсионное Поле, история Земли, история галактики Млечный Путь, НЛО, Нью-Эйдж, Новый век, Кундалини, Духовность, Душа, Дух, Поле Единого Сознания Бога-Истока |
|
Asterix Постоянный участник |
25.06.2019 00:57
[The ability of mammalian ribosomes to initiate translation at triplets other than AUG emphasizes the complexity of eucaryotic translation initiation sites and adds to the clear and growing evidence that sequences in the vicinity of an initiation codon contribute to its ability to function in trans- lation initiation. Since non-AUG triplets are normally ignored by the translation initiation apparatus, the occurrence of initiation events at such sites indicates that sequences outside the initiation codon must play a role. This expectation has been borne out experimentally. The initiator consensus se- quence originally defined by Kozak (11, 15-17) is clearly an important determinant of the efficiency with which AUG and non-AUG triplets are recognized as initiation codons. Since initiation at a non-AUG triplet requires base mis- match at the level of the codon-anticodon interaction, the efficiency with which some non-AUG triplets are recognized as initiation codons is a little surprising. In vivo ACG is utilized with as much as 10-15% the efficiency of AUG in some experiments. This is an error frequency that would be intolerable during the elongation phase of protein synthesis. Since some base mismatches seem to be tolerated remarkably well, it is clear that the interaction between the codon and anticodon cannot be an over-riding determinant of the fidelity of initiation codon recognition. As mentioned above, sequence context helps define an initiation site. Moreover, a high degree of fidelity is apparently introduced into the initiation process at the level of ternary complex formation (eukaryotic initia- tion factor 2-GTP-tRNAMet). Methionine is the initiating amino acid regardless of which triplet is being utilized, because tRNAF is probably the only species able to gain access to the initiation site. These considerations allow the require- ments for precise codon-anticodon interaction to be less strin- gent than those which operate during elongation. The different efficiencies of utilization of the various non- AUG triplets suggest that some nucleotide mismatches are less destabilizing than others. It has been recognized for many years that codon-anticodon interactions can involve uncon- ventional base pairing schemes that render certain mis- matches tolerable. This was the basis of Crick's wobble hypothesis which predicted alternative base pairing schemes for the third position of some codons (31). Other unusual base pairing schemes have also been discussed relative to the fidelity of codon-anticodon interaction (32). The possibility of additional unconventional base pairs has been inferred from studies of natural suppressor tRNAs (33), from analysis of the secondary and tertiary structures of ribosomal RNAs (34) and tRNAs (35, 36), and from the three-dimensional structures of mismatched synthetic duplex oligodeoxyribo- nucleotides (37-39). Some of these unconventional base pairs may form during initiation at the non-AUG triplets examined in this study. Unfortunately, the current state of knowledge of the destabilizing effects of specific single base mismatches in RNA seems insufficient to permit one to conclude whether the strength of the codon-anticodon interaction is the sole determinant of the relative initiation efficiencies of the non- AUG triplets. Moreover, conformational constraints imposed on the anticodon by the secondary structure of tRNA, and by the environment of the ribosome itself, may make it difficult to extrapolate directly from studies of model oligonucleotides. However, we can point out that some positions of the initiator triplet are more sensitive to substitution than others. Thus, the third position is relatively insensitive to substitution, each of the mutations being tolerated about equally well. The first position can also be altered without eliminating the ability to serve as an initiator, although C is clearly favored over U or G. The second position is more sensitive to substitution and cannot tolerate the presence of a purine residue, even though a C at this site yields the most efficient of all the non-AUG initiation codons tested in this study. There are at least two potential advantages in the ability to initiate translation at sites other than AUG. 1) Since initiation at a non-AUG triplet is generally less efficient than at AUG, it could provide a means for negatively modulating the synthesis of a protein that is required (or tolerated) only in small quantities. 2) Initiation at a non-AUG triplet situated upstream of an initiator AUG provides a mechanism for the production of more than one protein from a single mRNA. In some instances this has been accomplished by altering the sequence context of an AUG to reduce its efficiency and thus reveal the presence of a downstream initiation codon. The synthesis of virion proteins 2 and 3 of SV40 is an example of such a mechanism. However, the same goal can be accom- plished by the use of a non-AUG initiator triplet. So far only a few examples of translation initiation at naturally occurring non-AUG triplets have been reported. Adeno-associated virus initiates translation of a capsid pro- tein with ACG (7). An ACG is apparently also used as an initiation codon for the C' protein of Sendai virus (8, 9). ] |
|
Asterix Постоянный участник |
25.06.2019 01:05
Вот даже интересно , неужели вы эту статью не читали? это же 1989 год .. и еще куча других потом была но ничего особо нового в контекстном кодировании не обнаружили.. Феномен существует , но к синонимам и омонимам по вашей версии Кода очень слабо соотносится. Вот как красиво он водит читателей за нос там... прям гениально водит. И не подкопаешься ... [As observed previously (ll), the non-AUG triplets appear to be much less efficiently recognized in vivo than in vitro, but the overall hierarchy of efficiencies is similar. ACG was the most efficient, followed by CUG, AUC, AUU, and AUA. No full-length DHFR was detected when GUG, UUG, AAG, or AGG was the initiator triplet. No species is present which might correspond to initiation at internal positions as was seen in vitro (Figs. 2 and 3). Perhaps this truncated form of DHFR is rapidly degraded in vivo. We cannot exclude the alternative possibility that the AUG at codon 15 is not recognized as an initiation site by ribosomes in vivo.] Сообщение было отредактировано Asterix - 25.06.2019 01:21 |
|
Рекрут |
25.06.2019 08:54
|
|
Asterix Постоянный участник |
25.06.2019 13:31
Давайте вот лучше вместе внимательно почитаем эту статью и отметим все звоночки указывающие на недобросовестность автора работы ( ну помино того что это апрельский номер журнала) Я уже отметил интересную фразу которая выглядит как редакционное требование рецензента и которая запросто обьясняет все результаты по-другому . Комар носа не подточит. И научная формальность соблюдена. Мол есть и другое обьяснение нашим результатам, но оно какое-то слишком уж простое и неинтересное , и мы не стали этот вопрос исследовать и сосредоточились на том что нам большэ по душе. [We cannot exclude the alternative possibility that the AUG at codon 15 is not recognized as an initiation site by ribosomes in vivo.] Вообще там огромное поле для тренировки студентов на [scientific bullshit]. Просто отличная статья. |
|
Asterix Постоянный участник |
25.06.2019 13:45
Там куча интересной именно для рассуждений о ГенКоде информации. В частности вот и обсуждения неопределенности соотвествия кодон-аминокислота. However, we can point out that some positions of the initiator triplet are more sensitive to substitution than others. Thus, the third position is relatively insensitive to substitution, each of the mutations being tolerated about equally well. The first position can also be altered without eliminating the ability to serve as an initiator, although C is clearly favored over U or G. The second position is more sensitive to substitution and cannot tolerate the presence of a purine residue, even though a C at this site yields the most efficient of all the non-AUG initiation codons tested in this study. |
|
Рекрут |
25.06.2019 16:10
(Asterix @ 25.06.2019 14:31) Ас: динамические тексто-смысловые игры - это философское обобщение не требующее доказательств , его не опубликуешь как вывод из научных экспериментов. Это пустое множество. ПГ: Гипотеза, до ее доказательства или опровержения, не может являться пустым множеством. Как не может быть таковым язык, которого не понимаешь. А язык генов именно таков. Пока мы понимаем только три сиом кодона - TGA, TAA, TAG как слова синонимы - СТОП, СТОЙ, ЗАКАНЧИВАЙ. И это уже проявления тексто-смысловых структур последовательностей ДНК и РНК. Но Язык ДНК - табу для генетики, хотя Ф.Крик первым назвал ДНК текстом, но использовал это как МЕТАФОРУ, не более. Хотя уже первое открытие группы Ниренберга, ясно показало, что кодон UUU имеет двойную, омонимическую семантику и он означает одновременно Фенилаланин и Лейцин. Тут бы и задуматься... Где там, Нобелевская Ниренбергу маячила совсем близко. И они с Криком  отделались пустым - нам-де непонятна молекулярная природа этого явления. Учитесь, как можно отказаться от собственного крупнейшего открытия. А научных экспериментов, доказывающих текстовость и смысл генов уже достаточно, дополненных чисто логическим доказательством (Гаряев и др.), и использующим экспериментальные результаты, не до конца понятые авторами (группа Ниреберга, работа Лолли и соавт, статья Туранова и соавт. Ссылки давал.) Ас: Давайте вот лучше вместе внимательно почитаем эту статью и отметим все звоночки указывающие на недобросовестность автора работы ( ну помино того что это апрельский номер журнала). Я уже отметил интересную фразу которая выглядит как редакционное требование рецензента и которая запросто обьясняет все результаты по-другому . Комар носа не подточит. И научная формальность соблюдена. Мол есть и другое объяснение нашим результатам, но оно какое-то слишком уж простое и неинтересное , и мы не стали этот вопрос исследовать и сосредоточились на том что нам большэ по душе. [We cannot exclude the alternative possibility that the AUG at codon 15 is not recognized as an initiation site by ribosomes in vivo.] ПГ: А где Вы видите "звоночки"? Вообще там огромное поле для тренировки студентов на [scientific bullshit]. Просто отличная статья. ПГ: Еще раз ссылку на эту статью, если не трудно |
|
Рекрут |
25.06.2019 16:27
(Asterix @ 25.06.2019 14:45) Я так понимаю что вам будет удобнее если я на русской переведу английский текст из статьи? или и так понимаете?Там куча интересной именно для рассуждений о ГенКоде информации. В частности вот и обсуждения неопределенности соотвествия кодон-аминокислота. However, we can point out that some positions of the initiator triplet are more sensitive to substitution than others. Thus, the third position is relatively insensitive to substitution, each of the mutations being tolerated about equally well. The first position can also be altered without eliminating the ability to serve as an initiator, although C is clearly favored over U or G. The second position is more sensitive to substitution and cannot tolerate the presence of a purine residue, even though a C at this site yields the most efficient of all the non-AUG initiation codons tested in this study. ПГ: Важно, что инициирующий кодон ATG является сиом кодоном, и понятно поэтому, что третья позиция (Гуанин) наиболее чувствительна к заменам, тут ничего нового. Первые две позиции (кодирующий дублет сиома) тоже чувствительны. Это как бы новый результат. Но на то и есть сиом кодон, чтобы быть объектом перекодировок даже при заменах по первым двум позициям. В чем вопрос-то? |
|
Рекрут |
25.06.2019 22:02
рекомендованную Вами, как пример работы с не AUG инициирующими кодонами, и нахожу, по сути, подтверждение идеи контекстных перекодировок. Великолепная работа. Позже дам выдержки из неё. А вообще, работ по этой теме бездна Беглый просмотр показывает, что контекст-перекодировочные мотивы, похоже, в статьях отсутствуют. То есть отсутствует понимание, а почему такие замены AUG работают? В этом смысле то, что предлагаю экспериментально проверить, в лучшем случае дополнит предшествующие работы. Тут фишка в объяснении этого феномена, его биологического смысла. Вот характерный фрагмент из рекомендованной статьи: "Поскольку инициация в триплете, отличном от AUG, требует несовпадения оснований на уровне взаимодействия кодон-антикодон, эффективность, с которой некоторые триплеты, не являющиеся AUG, распознаются как кодоны инициации, является немного удивительной. В некоторых экспериментах ACG in vivo используют до 10-15% эффективности AUG. Это частота ошибок, которая была бы недопустимой во время фазы удлинения синтеза белка. Поскольку некоторые несоответствия базы, по-видимому, замечательно переносятся, ясно, что взаимодействие между кодоном и антикодоном не может быть определяющим фактором достоверности распознавания инициирующего кодона. Как упоминалось выше, контекст последовательности помогает определить сайт инициации. Более того, высокая степень верности, по-видимому, вводится в процесс инициации на уровне образования тройного комплекса (эукариотический фактор инициации 2-GTP-tRNAMet). Метионин является инициирующей аминокислотой, независимо от того, какой триплет используется, потому что tRNAF, вероятно, является единственным видом, способным получить доступ к сайту инициации. Эти соображения позволяют сделать требования к точному кодон-антикодонному взаимодействию менее строгими, чем те, которые действуют во время удлинения." Сообщение было отредактировано Рекрут - 25.06.2019 23:53 |
|
Asterix Постоянный участник |
26.06.2019 02:06
Ну и судя по заявленимям про 40 сантиметровые гели и картинке удивительно нереальной для таких гелей .. вывод напрашивается сам .. С 1 Апреля. |
|
Asterix Постоянный участник |
26.06.2019 02:09
Вот еще один свежий пример научного юмора от [Nature] ... давно так не хохотал ... красиво сделали. Там самое главное - это ссылки... Тоже прекрасный учебный материал для студентов , чтоб потом сами могли дерьмо научное от жемчуга отличать... И интуицию бы вырабатывали , что не всему что публикуют в серьезных даже журналах можно доверять. Шутников-то в науке пруд пруди. Сообщение было отредактировано Asterix - 26.06.2019 03:26 |
|
Рекрут |
26.06.2019 07:52
(Asterix @ 26.06.2019 03:06) Ну там же есть оговорка что все результаты можно обьяснить по-простому , там есть еще один первый АТГ кодон в рамке через 15 кодонов от первого .. и эта простейшая версия не была исследована в статЬе. Ну и судя по заявленимям про 40 сантиметровые гели и картинке удивительно нереальной для таких гелей .. вывод напрашивается сам .. С 1 Апреля. Вряд-ли журнал пошел по шутливой линии. А отдаленный от первого АТГ кодон, так сие не меняет главного. Это означает перемены в текстах мРНК, и соответственно, в их смыслах. То есть все те же тексто-ментальные операции. Поймите, на генах и их мРНК нет ничего, кроме текстов и их смыслов. А кодирование сиом кодонами основано на, если не тотальной, то массовой ВИРТУАЛЬНОЙ деколлинеаризации. Простите за косноязычное звучание этого стратегического фактора. Выглядит и впрямь забавно - AUG поменяли, а новый, не AUG, ведет себя виртуально, как AUG. Для старой генетики это, действительно, как первоапрельская хохма. Особенно ярко это можно высветить, в буквальном смысле, на зеленом белке при не AUG инициирующих кодонах в нашем варианте. В этом случае, если получится, можно дать, как объяснение, версию мРНК контекст зависимости. Давно напрашивается. Даже акад. РАН Л.П.Овчинников, Директор Института белка РАН, шептком (в Соросовском просветительском журнале!) сообщил о "втором генетическом коде", связанным с контекстными манипуляциями в мРНК (ссылку давал, но могу повторить). Громко говорить об этом боятся. Также как не насмелятся увидеть массовые деколлинеарности мРНК----БелкИ при статистически значимом сопоставлении. Искал много - ничего не нашел. Может, кто видел?
|
|
Рекрут |
26.06.2019 10:37
|
|
vb Постоянный участник |
26.06.2019 14:26
(Рекрут @ 24.06.2019 07:05) ПГ: Можете поставить этот эксперимент? У Вас есть биохим. кухня, у меня ее нет. (Рекрут @ 25.06.2019 14:10) (Рекрут @ 26.06.2019 05:52) Искал много - ничего не нашел. Может, кто видел?(Рекрут @ 26.06.2019 08:37) To Asterix: Так что, будем ставить эксперимент?Вот собственно, суть петра петровича: абсолютный импотент шакплит, вдруг ктото дрогнет и за него поставит эксперименты для подтверждерия его бреда. работать не пробовал, выбегалло? |
|
Asterix Постоянный участник |
26.06.2019 14:41
Повторить эту работу нереально , ну кто будет работать с радиоактивной меткой нынче и гонять 40 сантиметровые гели и прочее там такое... Надо новую работу нарисовать. С теми же результатми но без технических ляпов. Нужно именно в простом современном формате ту же самую сказку пересказать читателю. И только наличие в ссылках ваших публикаций по Волновой Генетике будет единственным колокольчиком который подскажет читателю суть этой статьи. Вот давайте рисуйте для начала самый первый экперимент .. синтез вариантов ГФП согласно вот той статье про дигидрофолат редуктазу ... далее нам нужно будет смотреть на активность зеленого белка , будем делать в растениях , это точно никто воспроизводить не станет и всегда можно отмазку сделать, я нарисую фотки у меня полно ГФП растений есть. Ну и пойдем далее ... Надо предусмотреть отсуствие второго АТГ в рамке рядом с первым, чтоб рецензенты не морочили нам голову потом. Потом нам надо нарисовать масс-спек амино-концевого пептида... естесвенно чтоб все правильно было, первые 5-6 аминокислот вполне достаточно чтоб показать наличие метионина . То есть это будет неопровержимым доказательством что другие кодны в позиции первого метионина кодируют метионин и никак иначе. Масс-спек лучше рисовать поскольку это никто воспроизводить не станет , дорого слишком . Что нам и требуется . Но можно пойти и по другому пути, вставить после первых 5 амимокислот сайт для протеазы ФакторХ например или любую другую которая подойдет. Тогда мы сможем после дериватизации просто порезать белок и вытащить дериватив амино-концевого пептида и его отсиквенировать по Едману. Тут надо будет взять в долю еще одного участника который согласится нарисовать нужные спектры и картинки. Ну давайте работaть .. пишите , будем вместе редактировать . |
|
Asterix Постоянный участник |
26.06.2019 14:52
ну мы ведем светскую беседу ... что вы злитесь-то? корову что ли продаете? Петрович вполне себе в русле зарубежной мысли в области чудесных свойств ДНК кода , он не одинок. В Науке всегда есть место юмору , как впрочем и то что в любой шуткэ есть доля шутки. То что кроме метионина есть и другие инициирующие кодоны - это научный факт. Но вот смелая гипотеза про то что они кодируют метионин не будучи метиониновыми кодонами - это смелое утверждение . Это шаг вперед в деле дешифровки ГенКода. Высказывайте лучше свои соображения по экспериментам ... Вас эти эсперименты никто делать не заставляет. Это прекрасный и осмысленный проект для биохакерской лаборатории. Вот почитайте этого юмориста и покритикуйте его ... как надо бы правильно сделать подобные експерименты. |
|
Рекрут |
26.06.2019 15:08
Идея и постановка ясна. Ставьте. Я дам теорию. И не забудьте посоветоваться с vb. Он большой шутник на букву м. Впрочем, проводить экспериментальную работу в обсуждаемом ключе довольно бессмысленно. Таких данных уже множество. Все дело в трактовке, в теории. Их как не было, так и нет. Это беру на себя. Хотя vb, наверно, напишет лучше. А Вы могли бы обзор опубликованных работ дать. Такую работу можно было бы подать в J.theoret. biology.
|
|
Рекрут |
26.06.2019 15:19
ПГ: Где Вы увидели юмор в этой статье? |
|
Поклонник Талантов |
26.06.2019 15:41
|
|
Asterix Постоянный участник |
26.06.2019 23:01
Ну там же ошибка на ошибке ... и подтасовка и передергивание и вообще картинки не соотвествуют тому что на них заявлено. Ну и апрельской же номер. Одни 40см белковые гели чего стоят .. это +5. Мне лично прикольно было читать и разбираться .. А давайте не побоимся ответственности и сделаем сиквел этой статьи.. нУ на современный лад . Благо уже 30 лет прошло ... автор наверное уже мертв и сраму не имет .. и на права не будет претендовать... Алцгеймер у него в последней стадии ... живой труп. |
|
Рекрут |
26.06.2019 23:31
(Asterix @ 27.06.2019 00:01) ПГ: Где Вы увидели юмор в этой статье? Ну там же ошибка на ошибке ... и подтасовка и передергивание и вообще картинки не соотвествуют тому что на них заявлено. Ну и апрельской же номер. Одни 40см белковые гели чего стоят .. это +5. Мне лично прикольно было читать и разбираться .. А давайте не побоимся ответственности и сделаем сиквел этой статьи.. нУ на современный лад . Благо уже 30 лет прошло ... автор наверное уже мертв и сраму не имет .. и на права не будет претендовать... Алцгеймер у него в последней стадии ... живой труп. Может быть, но в итоге получил результат, который повторили многие. Давайте, разберите экспериментальную часть, здесь Вы эксперт, а я по теор. части напишу. Куда? В Cell или в J. theor. biol.? |
|
Asterix Постоянный участник |
26.06.2019 23:46
напишите полный список сиом кодонов и ваши предположения насчет их стабильности в плане замены отдельных букв кода.. Я а посмотрю что мы имеем в зеленом белке для экспериментальных замен и задавания вопросов рибосоме по трансляции генкода в белок. |
|
vb Постоянный участник |
27.06.2019 06:34
(Asterix @ 26.06.2019 12:52) Dear VB , ну мы ведем светскую беседу ... что вы злитесь-то? корову что ли продаете? Петрович вполне себе в русле зарубежной мысли в области чудесных свойств ДНК кода , он не одинок. Нуну, продолжайте. а давайте, раз уж у вас много свобоного воемени и доступ к оборудованию, вы лучше займетесь подтверждением его лазерныз фантомов? там же все просто -праймеры, матрица, пцр и лазер. А то петр петрович в последнее время не вспоминает об этом. Все норовит в более глубокие и ресурсоемкие темы зарыться, а то и вообще от экспериментов откреститься, чтобы его никто не уличил в подтасовке. |
|
Рекрут |
27.06.2019 11:44
(Asterix @ 27.06.2019 00:46) Ну сначака надо вашу теорию немного подредактировать .. а то из этих результатов третья позиция в кодоне совсем не особая . это может быть и вторая и первая.напишите полный список сиом кодонов и ваши предположения насчет их стабильности в плане замены отдельных букв кода.. Я а посмотрю что мы имеем в зеленом белке для экспериментальных замен и задавания вопросов рибосоме по трансляции генкода в белок. Не особая... Поэтому и предлагал не метиониновый сиом, чтобы увидеть его особость или не особость. Впрочем, на третьем эффективнее работает, что не случайно и важно. И еще. Сделать автора очень старой статьи объектом критики за методические недочеты - не лучшая идея. Логичнее было бы сделать кратенький обзор статей, безупречных в экспериментальном плане и однозначно доказывающих, что 3-й нуклеотид сиома вобулирует с целью перекодировки триплета в соответствии с контекстом мРНК. И если его заменить, а функция зеленого белка остается, смысл 3-го (заместителя) возникает как делегированный контекстом в сторону нужного нуклеотида для сохранения белковой функции. Меняется по схеме: пишется Лондон, читается (понимается) - Жмеринка. Кстати, это еще одно доказательство устойчивости генетической информации не только по син. кодонам, но и по сиомам. Причем, в сиом варианте защита тройная - по третьему, второму и первому нуклеотидам метионинового сиом кодона. Так что заменяемость второго и первого логична и демонстративна.
|
|
Рекрут |
27.06.2019 12:08
(Asterix @ 27.06.2019 00:46) Ну сначака надо вашу теорию немного подредактировать .. а то из этих результатов третья позиция в кодоне совсем не особая . это может быть и вторая и первая.напишите полный список сиом кодонов и ваши предположения насчет их стабильности в плане замены отдельных букв кода.. Я а посмотрю что мы имеем в зеленом белке для экспериментальных замен и задавания вопросов рибосоме по трансляции генкода в белок. Подредактировал, дополнил в смысле тройной устойчивости сиом (напр., от мутаций) См. предыдущий ответ. А список сиом не нужен. Он в таблице ген кода в нашей статье Стабильность сиом в плане замены нуклеотидов по 1 и 2 позициям надо смотреть по статьям. Или проверять самим. |
|
Рекрут |
27.06.2019 12:24
(vb @ 27.06.2019 07:34) Нуну, продолжайте.а давайте, раз уж у вас много свобоного воемени и доступ к оборудованию, вы лучше займетесь подтверждением его лазерныз фантомов? там же все просто -праймеры, матрица, пцр и лазер. А то петр петрович в последнее время не вспоминает об этом. Все норовит в более глубокие и ресурсоемкие темы зарыться, а то и вообще от экспериментов откреститься, чтобы его никто не уличил в подтасовке. Нет, не даром в 2004 году, когда появился в Беседе и тут же этот г-н vb бросил в мою сторону (но попал в себя) конечный продукт своего метаболизма, не даром у меня первая реакция была - Vo bliad'... За прошедшие 15 лет он всё та же форумная bliad'.  , которая сиплым голосом поёт одни и те песни все эти 15 лет. Это уже хроническая мозговая болезнь, но можем помочь, используя наши технологии.
|
|
Asterix Постоянный участник |
27.06.2019 15:21
/// Итак , цитата, --- в сиом варианте защита тройная - по третьему, второму и первому нуклеотидам метионинового сиом кодона. Так что заменяемость второго и первого логична и демонстративна.-- Вот пишите список из трех ваших самых замечательных сиом кодонов и распишите во что они могут превращаться то есть какие перекодировки , виртуальные , вы их называете, перекодировки , рибосома может им давать? Я так понимаю что в новой редакции вашей теории, согласно вот упомянутым выше экспериментальным данным, сиом АТГ может быть практически любым по составу букв и все равно кодировать метионин если он стоит в первой позиции белка? не так ли? Или таки он ограничен? Нам нужно расписать четкий научный эксперимент именно для вашей теории .. Просто слова о динамической перекодировке и связка ДНК-РНК-Рибосома как голографический синтронный квази-компьютер в приличном журнале не прокатят , нужны эспериментальные факты. |
|
Рекрут |
27.06.2019 20:03
(Asterix @ 27.06.2019 16:21) Петрович, берите пример с меня , я же не перехожу на мат и личные оскорбления ... Не всегда нужно вестись на провокации и отвечать тем же. Мы же научную беседу ведем, а не на базаре рыбой торгуем... Держите марку академического ученого. В МГУ же как никак учились./// ПГ: слово bliad, использованное мной, близко к Немецкому das blut, английскому blood, норвежскому blodet, то есть КРОВЬ. У нас, Русских, оно перекодировано в ругательство. Шире смотреть надо - на истоки языковых кодов . Это академичнее. vb, пытается из форума фактически сделать кровавую бойню, как мне кажется, что не хорошо. Ас: Итак , цитата, --- в сиом варианте защита тройная - по третьему, второму и первому нуклеотидам метионинового сиом кодона. Так что заменяемость второго и первого логична и демонстративна.-- Вот пишите список из трех ваших самых замечательных сиом кодонов и распишите во что они могут превращаться то есть какие перекодировки , виртуальные , вы их называете, перекодировки , рибосома может им давать? ПГ: Почему список из трех сиом кодонов, когда их 32? (См. Табл. ген. кода в нашей статье). Наглядно и удобно, для понимания моих соображений, это представлено в Таблице ген. кода (красными буквами) в нашей статье, где прямо демонстрируются перекодировки кодонов методом делегирования смыслов от контекста мРНК на рибосомный квази интеллект и далее на генетический смысл сиом кодонов Кто не понял, еще раз модельный пример как бы генетического текста: "Маня, я забыл коГ своей эл. почты". Рибосома-Маня, прочитав, понимает, что надо мысленно (виртуально) неправильное, бессмысленное слово коГ читать и понимать как коД. Иными словами буква Г физически не переписывается Маней-рибосомой, но мысленно переделывается на букву Д. Также переделывается, виртуально меняется третья буква - нуклеотид в сиом кодоне метионина. А также, в меньшей степени, вторая и первая. Словосочетание "в меньшей степени" будет означать, что частоты включений метионина в начало растущей пептидной цепи зеленого белка будут меньше, по сравнению с заменами нуклеотидов по второй и первой позициям. Это хорошая поправка к моей сиом-текстовой модели белкового кода, основанная на экспериментах, которые Астериксу вряд-ли имеет смысл повторять, по крайней мере для сиом кодона метионина. Ас: Я так понимаю что в новой редакции вашей теории, согласно вот упомянутым выше экспериментальным данным, сиом АТГ может быть практически любым по составу букв и все равно кодировать метионин если он стоит в первой позиции белка? не так ли? Или таки он ограничен? ПГ: Никакой новой существенной редакции моей теории нет. Есть поправки тактического уровня. Стратегическая редакция дана мной еще в 1997г. в монографии "Волновой генетический код" (есть в Сети), где на базе известных экспер. данных и модели кода Ниренберга-Крика, обосновано стратегическое положение о двойной синонимо-омонимической вырожденности белкового кода. Это положение вводит ментальную (текстовую) составляющую в модель биосинтеза белков. Это импульс к развитию новой генетики, хотят-ли этого vb-подобные или не хотят. Такова Природа. С ней не поспоришь на форумах. Ас: Нам нужно расписать четкий научный эксперимент именно для вашей теории .. Просто слова о динамической перекодировке и связка ДНК-РНК-Рибосома как голографический синтронный квази-компьютер в приличном журнале не прокатят , нужны эспериментальные факты. ПГ: Экспериментальные факты уже есть, разве что повторить и развить их на очень демонстративном зеленом белке. Эффективнее было бы сделать краткий обзор экспериментов в таком духе и дать теорию в более четком виде. А спинтронные эффекты при ген. кодировании нами продемонстрированы экспериментально. И защищена кандидатская Николаем Кокая в 2012г., принятая ВАКом. Правда, Николай не использовал пугающих биологов слов - спинтроника, квантовый нанобиокомпьютинг и т.д. Это взял на себя в расчете на будущее понимание. |
|
vb Постоянный участник |
27.06.2019 20:17
с неонкой красива будет. натура примет. хотя, судя по терминологии гаряева, вам нужно в филологический журнал подаваться. подумайте, может того этого? в филологические говнометарии подадитесь? Сообщение было отредактировано vb - 27.06.2019 20:18 |
|
Рекрут |
27.06.2019 20:37
(vb @ 27.06.2019 21:17) а куда будете неонкой светить?с неонкой красива будет. натура примет. хотя, судя по терминологии гаряева, вам нужно в филологический журнал подаваться. подумайте, может того этого? в филологические говнометарии подадитесь? Отмечу только интеллектуальное убожество vb. И отвечать ему далее не буду. Все и так видят, кто есть кто.
|
|
Asterix Постоянный участник |
27.06.2019 22:38
/////// Ну нам надо как-то придти к экспериментальной модели ... чего толку теоретизировать о квази-рибосомном разуме . Это непубликабельно в приличном научном журнале. Нам нужно эспериментальное доказательство бытия этого рибосомного Квази-Разума, Нужэн эксперимент с четким выводом по результату анализа. Есть Квази-Разум у Рибосомы или таки она глупа как утка и ничего в тексте ДНК не соображает вообще. Как какая-нибудь умная машинка для чтения текстов ... Читает, но не понимает что читает. В отличие от человека который понимает что он читает. |
|
Рекрут |
27.06.2019 23:49
Нам нужно эспериментальное доказательство бытия этого рибосомного Квази-Разума, Нужэн эксперимент с четким выводом по результату анализа. Есть Квази-Разум у Рибосомы или таки она глупа как утка и ничего в тексте ДНК не соображает вообще. Как какая-нибудь умная машинка для чтения текстов ... Читает, но не понимает что читает. В отличие от человека который понимает что он читает. ПГ: Существует довольно большое количество статей в рамках идеи о том, геном является биокомпьютером. Тем более, наш мозг. Вот на вскидку: Математика ген кода https:// Можно еще дать... Так что насчет неопубликабельности, это Вы зря... |
|
Рекрут |
28.06.2019 00:02
И подтверждать теор. положения чистым экспериментом, как, к примеру, в нашей работе с генетиками о программируемом влиянии человеческой речи на репаративные функции генома растений: Сообщение было отредактировано Рекрут - 28.06.2019 00:03 |
|
Asterix Постоянный участник |
28.06.2019 00:27
Но если вы хотите сделать научную публикацию , то от языка и терминов очевидно эзотерического характера лучше отказаться .. Надо сделать все в научном стиле , ну то есть надо замаскироваться под науку ... ох господи , уже не знаю как доходчивее вам это обьяснить... эзопов язык совершенно не воспринимаете похоже, а все о контексте ДНК текста рассуждаете. Чтоб публиковать в научном журнале - это должно быть похоже на науку, хотя бы внешне похоже . Нужны четкие гипотезы и эксперименты и ясные выводы из этих экспериментов. И без эзотерики ... она может там быть в виде глубоко скрытого в самой структуре ядра, но невидимого обычным взглядом. На вид - это должна быть рядовая научная работа. |
|
Рекрут |
29.06.2019 00:14
(Asterix @ 28.06.2019 01:27) Петровичь ,есть куча мест где публикуются эзотерические работы ... вы вот сами привели их целый список... Это не проблема , я вам с самого начала сказал что вы принадлежите к области эзотерики и там совершэнно прекрасно во все вписываетесь. И никаких научных экспериментов вам в принципе и не нужно. Теории можно и без экспериментов придумывать. Но если вы хотите сделать научную публикацию , то от языка и терминов очевидно эзотерического характера лучше отказаться .. Надо сделать все в научном стиле , ну то есть надо замаскироваться под науку ... ох господи , уже не знаю как доходчивее вам это обьяснить... эзопов язык совершенно не воспринимаете похоже, а все о контексте ДНК текста рассуждаете. Чтоб публиковать в научном журнале - это должно быть похоже на науку, хотя бы внешне похоже . Нужны четкие гипотезы и эксперименты и ясные выводы из этих экспериментов. И без эзотерики ... она может там быть в виде глубоко скрытого в самой структуре ядра, но невидимого обычным взглядом. На вид - это должна быть рядовая научная работа. Генетической лингвистике свойственны все понятия обычной лингвистики, которая не эзотерична. Такова и генетическая лингвистика. Если не хотите совместной работы, напишу сам. Благодарю Вас за ссылку. |
|
Поклонник Талантов |
29.06.2019 13:25
Всѐ началось как обычно, с женщины. Мама решила воспользоваться антресолью и обнаружила, что это невозможно по причине еѐ полнейшей захламлѐнности и указала «своим мальчикам» на недопустимость, неприемлемость и вообще, доколе?! Полезли разгр***. Хотели взять и скопом всѐ выбросить, но снова вмешалась мама, приказала перед отправкой барахла на мусорку, проверить его на наличие пригодных в хозяйстве вещей. Мысль здравая, на дворе стояли, как теперь принято политкорректно говорить, лихие девяностые и в дело шло буквально всѐ. И вот в процессе поиска, я наткнулся на коробку с голограммами. Голограммы, это старинное хобби папы, причѐм на столько, что он наверное один из лучших специалистов в этом вопросе, с Басовым и Прохоровым за руку здоровался. Вообще, по жизни, он учѐный, от звонка до звонка на службе МО СССР, дослужился до полковника и занимался проблемами распространения сигналов. Правда, с большинством его работ не смог ознакомиться даже я со своей первой формой. То, что вы сможете найти в открытом доступе, это лишь коммерческие проекты, к науке отношения не имеющие. Единственное, если в детстве вас водили на выставку голограмм орденов и медалей СССР, их как раз и делал мой отец. Привыкнув, что голограмма это нечто прикольное, принялся их с интересом рассматривать, однако тут меня ждало разочарование, вместо занятных картинок, на пластинах были записаны странные концентрические окружности. Естественно, возник вопрос – это что? - Глаз кролика – просветил меня папа. - В смысле? - В прямом. Берѐтся кролик, выдирается у него глаз и пока он, если можно так сказать, жив, записывается голограмма. - Э…, это как? - Если ты про вырванный глаз, без понятия. Этим занимался профессиональный хирург из академии. Всѐ остальное, точно так же как при снятии голограммы с обычного предмета. - А нафига? - Без понятия, сверху спустили приказ – сделать. Приехал ответственный человек с кроликами и инструментом, от меня только сама голограмма. Если бы мне нужно было знать зачем, довели бы дополнительно. - А всѐ же? ... |
|
Asterix Постоянный участник |
29.06.2019 14:26
---Генетической лингвистике свойственны все понятия обычной лингвистики, которая не эзотерична. Такова и генетическая лингвистика...--- Ну кто бы спорил что в конечном итоге мы живем в мире слов , и без слова мы не способны даже увидеть предмет им обозначаемый. Я очень люблю эти теории возникновения сознания основанные на слове , на речи. И это действительно наука , но в той науке другие понятия и термины ... которые очень отдаленно связаны с генетикой. Да, наше сознание 100% зависит от слова. Но в генетике это не катит, увы. Тексты ДНК изучаются по другому . При помощи экпериментов. Пэтому я прдлагаю вам разработать концепт Простого Универсального Кодона и нарисовать научное исследование которое подтверждает этот концепт научным же методом , путем самого обычного эксперимента. Савайте введем в Волнивую Генетиуку понятие Универсальный Кодон .. который может кодировать любую аминокислоту ... Информация о значении этого УК считывается рибосомой позиционно и не зависит от состава букв в нем .. Самый удобный кандидат на эту должность - это именно АТГ метионин, поскольку он первый кодон и он определяет контекст , рамку считывания. Если она его не увидит то белка не будет. Мы выдвинем гипотезу что рибосома считывает не АТГ, а позицию +31 от конкретного короткого сигнала в 5-начале мРНК , соотвественно что бы не маходилось в позициях 31,32, 33 оно рибосомой прочитывается как первый метионин белка и начало рамки считывания кода. Ну а далее рибосома уже не думает а просто тупо наращивает пептидный текст пользуясь однозначным соотвествием кодонов и аминокислот согласно всем известной таблице ГенКода. Ну иногда может и ошибается и не ту аминокислоту включает но в силу структуры кода эти замены ни на что особо не влияют. Вот такая гипотеза прекрасно поддается экспериментальной проверке, и если нам удастся это показать на практике то это будет очень добротная научная публикация. И такую статью очень несложно нарисовать как я уже выше вам рассказывал. И заметЬте , никакой внешней эзотерики в этом нет ... я ее скрыл и замаскировал очень глубоко и хорошо... ни один рецензент не догадается что это на самом деле. Сообщение было отредактировано Asterix - 29.06.2019 14:28 |
|
Рекрут |
29.06.2019 20:16
(Asterix @ 29.06.2019 15:26) Ох Петрович, истину глаголете, ---Генетической лингвистике свойственны все понятия обычной лингвистики, которая не эзотерична. Такова и генетическая лингвистика...--- Ну кто бы спорил что в конечном итоге мы живем в мире слов , и без слова мы не способны даже увидеть предмет им обозначаемый. Я очень люблю эти теории возникновения сознания основанные на слове , на речи. И это действительно наука , но в той науке другие понятия и термины ... которые очень отдаленно связаны с генетикой. Да, наше сознание 100% зависит от слова. Но в генетике это не катит, увы. Тексты ДНК изучаются по другому . При помощи экпериментов. Пэтому я прдлагаю вам разработать концепт Простого Универсального Кодона и нарисовать научное исследование которое подтверждает этот концепт научным же методом , путем самого обычного эксперимента. Савайте введем в Волновую Генетику понятие Универсальный Кодон .. который может кодировать любую аминокислоту ... Информация о значении этого УК считывается рибосомой позиционно и не зависит от состава букв в нем .. Самый удобный кандидат на эту должность - это именно АТГ метионин, поскольку он первый кодон и он определяет контекст , рамку считывания. Если она его не увидит то белка не будет. Мы выдвинем гипотезу что рибосома считывает не АТГ, а позицию +31 от конкретного короткого сигнала в 5-начале мРНК , соотвественно что бы не маходилось в позициях 31,32, 33 оно рибосомой прочитывается как первый метионин белка и начало рамки считывания кода. Ну а далее рибосома уже не думает а просто тупо наращивает пептидный текст пользуясь однозначным соотвествием кодонов и аминокислот согласно всем известной таблице ГенКода. Ну иногда может и ошибается и не ту аминокислоту включает но в силу структуры кода эти замены ни на что особо не влияют. Вот такая гипотеза прекрасно поддается экспериментальной проверке, и если нам удастся это показать на практике то это будет очень добротная научная публикация. И такую статью очень несложно нарисовать как я уже выше вам рассказывал. И заметЬте , никакой внешней эзотерики в этом нет ... я ее скрыл и замаскировал очень глубоко и хорошо... ни один рецензент не догадается что это на самом деле. Об этом думал и даже высказывал идею на квантум форуме, но там специалистов нет, кроме двух, один из которых уже почил. Но ставил вопрос шире, и наверно, сыровато. Идея: любой сиом триплет может (контектуально-зависимо) шифровать все 20 аминокислот, включая СТОПы. Потом бросил думать, предварительно утомив соображалку. Теперь Вы меня вернули на эту колею. Дедуктивный посыл здесь таков. Сиомы, по своей природе, в своих возможностях, функционально полиморфны и, теоретически, с легкостью могут перекодировываться на все 20 аминокислот, манипулируя семантикой первых, вторых и третьих нуклеотидов, и присваивая (делегируя) им комбинаторику значений букв A,U,G,С в любых вариациях. Если так, то преимущества в духе Ин-Янь очевидны. Простите за вклинившуюся (для служебного пользования) эзотерику. С одной стороны появляется невероятная приспособительная и, пардон снова, "соображательная" гибкость при мощном биосинтезе коротко живущих белков нейронов, которые в совокупности реально мыслят. Эта же гибкость и находчивость для иммунных ответов на уровне иммуноглобулинов по схеме графиков Ву-Кэбота. С другой стороны, сохраняется первородная невинность исходных ДНК последовательностей белковых генов, не распространяемая на "лёгкое поведение" мРНК (еще раз прошу извинить ). Тогда термин "универсальный кодон" можно будет заменить на словосочетание "универсальность сиом "Жду возражений. Сообщение было отредактировано Рекрут - 30.06.2019 08:46 |
|
Asterix Постоянный участник |
30.06.2019 01:56
Давайте разработаем детально пока только концепт первого Универсального Кодона и посмотрим какие эксперименты нам нужны и какие мы ожидаем результаты чтоб эту работу приняли в печать. Все это нарисовать несложно , но надо четко понимать что, куда, и зачем .. нужна логика во всем этом.. Остальное - дело техники. |
|
Рекрут |
30.06.2019 08:41
(Asterix @ 30.06.2019 02:56) Ну теоретически, у вас все было правильно , но нам нужна конкретика и подавать ее надо под научным соусом, без очевидной эзотерики..Давайте разработаем детально пока только концепт первого Универсального Кодона и посмотрим какие эксперименты нам нужны и какие мы ожидаем результаты чтоб эту работу приняли в печать. Все это нарисовать несложно , но надо четко понимать что, куда, и зачем .. нужна логика во всем этом.. Остальное - дело техники. Ну давайте хотя бы первый эскиз экспериментов. Только по сиому метионина основное уже давно получено. Можно менять нуклеотиды по всем трем позициям без смены метионина, как результат смен 1-3 нуклеотидов, на другую аминокислоту, но с количественными небольшими вариациями. Спасибо контексту мРНК. Что-то хотите добавить? Сообщение было отредактировано Рекрут - 30.06.2019 08:48 |
|
Asterix Постоянный участник |
30.06.2019 14:17
Я предлагаю сделать абсолютно безгрешное исследование , с Революционными воистину результатами. ... Которое можно будет подвергнуть критическому сомнению только если у критика найдутся деньги на воспроизведение нашей работы. В современном научном мире - это самый главный вопрос , Где деньги и кто финансирует. В свое удовольствие никто не инвестирует капиталы. А если и найдется такой критик с деньгами .. то у нас завяжется с ним плодотворная дискуссия о Едином Универсальном Кодоне в которой ваше имя Петрович будет постоянно на виду у широкой научной общественности. Сейчас нам нужна консультация специалиста по рибосоме , как научно оформить этот контекст мРНК который который рибосома узнает на 5-конце и который определяет начало трансляции по позиционному механизму , независимо от значения Первого Кодона. Ну то есть вот как такое в принципе возможно прдставить себе на практике ? так чтоб коллеги бы тоже поверили в такой механизм. Только без квантовых фантомов и спинтронного излучения. Мы сделаем все просто как все остальные учэные молбиологи делают. |
|
Asterix Постоянный участник |
30.06.2019 16:38
...Ribosomes are the workplaces of protein biosynthesis, the process of translating mRNA into protein. The mRNA comprises a series of codons which are decoded by the ribosome so as to make the protein. Using the mRNA as a template, the ribosome traverses each codon (3 nucleotides) of the mRNA, pairing it with the appropriate amino acid provided by an aminoacyl-tRNA. Aminoacyl-tRNA contains a complementary anticodon on one end and the appropriate amino acid on the other. For fast and accurate recognition of the appropriate tRNA, the ribosome utilizes large conformational changes (conformational proofreading) .[39] The small ribosomal subunit, typically bound to an aminoacyl-tRNA containing the first amino acid methionine, binds to an AUG codon on the mRNA and recruits the large ribosomal subunit. The ribosome contains three RNA binding sites, designated A, P and E. The A-site binds an aminoacyl-tRNA or termination release factors;[40][41] the P-site binds a peptidyl-tRNA (a tRNA bound to the poly-peptide chain); and the E-site (exit) binds a free tRNA. Protein synthesis begins at a start codon AUG near the 5' end of the mRNA. mRNA binds to the P site of the ribosome first. The ribosome recognizes the start codon by using the Shine-Dalgarno sequence of the mRNA in prokaryotes and Kozak box in eukaryotes. Although catalysis of the peptide bond involves the C2 hydroxyl of RNA's P-site adenosine in a proton shuttle mechanism, other steps in protein synthesis (such as translocation) are caused by changes in protein conformations. Since their catalytic core is made of RNA, ribosomes are classified as "ribozymes,"[42] and it is thought that they might be remnants of the RNA world. Addition of translation-independent amino acids Presence of a ribosome quality control protein Rqc2 is associated with mRNA-independent protein elongation.[49][50] This elongation is a result of ribosomal addition (via tRNAs brought by Rqc2) of CAT tails: ribosomes extend the C-terminus of a stalled protein with random, translation-independent sequences of alanines and threonines.[51][52] Origin The ribosome may have first originated in an RNA world, appearing as a self-replicating complex that only later evolved the ability to synthesize proteins when amino acids began to appear.[54] Studies suggest that ancient ribosomes constructed solely of rRNA could have developed the ability to synthesize peptide bonds.[55][56][57] In addition, evidence strongly points to ancient ribosomes as self-replicating complexes, where the rRNA in the ribosomes had informational, structural, and catalytic purposes because it could have coded for tRNAs and proteins needed for ribosomal self-replication.[58] Hypothetical cellular organisms with self-replicating RNA but without DNA are called ribocytes (or ribocells).[59][60] As amino acids gradually appeared in the RNA world under prebiotic conditions,[61][62] their interactions with catalytic RNA would increase both the range and efficiency of function of catalytic RNA molecules.[54] Thus, the driving force for the evolution of the ribosome from an ancient self-replicating machine into its current form as a translational machine may have been the selective pressure to incorporate proteins into the ribosome’s self-replicating mechanisms, so as to increase its capacity for self-replication. |
| « Предыдущая тема · Беседа · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.