 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Приготовление растворов -- -малый объём, высокая концентрация- --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 himikПостоянный участник не родина  |
 02.10.2015 18:51
Мне сегодня задали вопрос, который я хотел бы переадресовать вам как специалистам. Задача такая - надо приготовить раствор малого объёма (для ПЦР рестриктазу развести и т.п.) с высокой концентрацией растворённого вещества, т.е. более 10 %. Как правило в методиках стоит масса/объём. Я как классический химик готовлю раствор в мерных колбах, и там неважно, какая концентрация, так как всё доводится растворителем до метки. Но как поступать в случае растворов малых объёмов, ведь там до метки не доведёшь, а при смешивании раствора и растворителя объём может быть весьма неаддитивен? Подскажите, пожалуйста, как это делать? Спасибо. |
|
blij Постоянный участник |
02.10.2015 19:01
(himik @ 02.10.2015 17:51)  Задача такая - надо приготовить раствор малого объёма (для ПЦР рестриктазу развести и т.п.) с высокой концентрацией растворённого вещества, т.е. более 10 %. Как правило в методиках стоит масса/объём.Как правило, рестриктаза в стоковом растворе находится (не сухую же сыпите), потому проценты объемные. Точность до четвертого знако тоже как правило некритична. Потому пипеточкой отмеряете и всё ОК. |
|
himik Постоянный участник не родина |
02.10.2015 19:08
|
|
blij Постоянный участник |
02.10.2015 19:24
Я пас. |
|
himik Постоянный участник не родина |
02.10.2015 19:28
|
|
blij Постоянный участник |
02.10.2015 19:31
|
|
himik Постоянный участник не родина |
02.10.2015 19:34
|
|
blij Постоянный участник |
02.10.2015 19:42
И я не знаю, веществ, применяемых в молбиоле, которые могут вызвать сколько-нибудь значимую контракцию объема. |
|
himik Постоянный участник не родина |
02.10.2015 19:52
Сообщение было отредактировано himik - 02.10.2015 19:53 |
|
blij Постоянный участник |
02.10.2015 20:12
КУО для натрия гидрокарбоната равен 0,3 мл/г. Тогда количество воды для изготовления 1л 5% раствора натрия гидрокарбоната составит: 1000-(0.3 х 50) = 985.0 мл на навеску гидрокарбоната в 50 г. Так, как Вы рассчитываете 30% для 4 мг чего-то растворенных в 10 мкл, это элементарно неграмотно, т.к. 4 мг чего-то совершенно необязательно занимают объем 4 мкл. И контракция раствора тут совсем не при чем. Если Вам действительно нужно что-то молекулярно-биологическое развести, скажите лучше конкретно, что нужно. |
|
himik Постоянный участник не родина |
02.10.2015 20:20
Но я веду речь о другом. Задача: надо приготовить 10 мкл раствора с концентрацией 40 % (масса/объём). Вопрос - как приготовить. Если бы надо было приготовить 10 мл раствора, то я бы готовил растворением навески 4 г в мерной колбе на 10 мл с доведением растворителя до метки. Но как готовить на малых объёмах? |
|
blij Постоянный участник |
02.10.2015 20:25
(himik @ 02.10.2015 19:20) Простите, я знаю, что такое КУО и даже знаю, где это применяется - в аптечной технологии лекарств. В статьях для рестриктазы КУО не указывают.Но я веду речь о другом. Задача: надо приготовить 10 мкл раствора с концентрацией 40 % (масса/объём). Вопрос - как приготовить. Если бы надо было приготовить 10 мл раствора, то я бы готовил растворением навески 4 г в мерной колбе на 10 мл с доведением растворителя до метки. Но как готовить на малых объёмах? Рестриктаза же у Вас для примера была? Ферменты поставляются в стоковых растворах, знать КУО для них не нужно. Нужно знать, что такое объемный процент. Сообщение было отредактировано blij - 02.10.2015 20:26 |
|
himik Постоянный участник не родина |
02.10.2015 20:34
|
|
MMM Постоянный участник |
02.10.2015 22:02
1) в 99% случаев ошибка +- 2-3% в концентрации раствора не оказывает существенного влияния на результат, а в 85% на результат не влияет ошибка и в 10%. 2)Как ни странно, но большинство объектов, с которыми мол биолог сталкивается в микро объемах изначально все находятся в виде растворов. Даже если это сухое вещество он, как правило получено лиофильной сушкой из раствора и на нем написано довести до объема, но обычно это не 10мкл и даже не 100, а 500-1000 или конечные концентрации там крайне низкие например доли микрограмм на мл. В большинстве растворы эти очень редко превышают концентрацию 5-10%, а обычно они редко превышают 1%(1мг/мл - любимая концентрация, а это примерно 0,1%). Почти всегда не нужен раствор с заранее заданной концентрацией. Если же такая напасть случилась. делают раствор с очень приблизительно заданной концентрацией, но большей чем нужная. Получившуюся концентрацию уточняют, например, по поглощению на спектрофотометре и потом уже, зная концентрацию, точно разводят раствор до нужной. 3) В 90% случаев концентрации вообще измеряются в единицах активности фермента, а они еще и у разных ферментов по разному измеряются, так что на массу и моли там вообще наплевать. Производитель просто подгоняет концентрацию в растворе под нужную активность и все и поставляет готовый раствор. Так же часто производитель просто пишет рабочее разведение, типа антитела из пробирочки надо разводить в 100 раз и они сработают. 4)Жидкость в жидкости практически всегда по умолчанию подразумевают объем объемные проценты. И в протоколах так и пишут "добавить 3 объема этилового спирта", а в материалах еще и пояснят, что не 100%, а ректификата. 5)Всякие стоки из всяких порошков обычно делают как химики в обозримых объемах от 20мл до литров, только максимум точности это, когда объем доводят в мерном цилиндре, обычно же хватает точности ориентировочных делений на пробирках, стаканах или колбах.
|
|
blij Постоянный участник |
02.10.2015 22:39
(himik @ 02.10.2015 19:34) да, для примера. а если не стоковый?Если не стоковый, его разводить не нужно. По определению. |
|
R.J.Dio Постоянный участник |
03.10.2015 11:22
|
|
himik Постоянный участник не родина |
03.10.2015 12:06
Мне такой вопрос задал физик, которого в своё время занесло в молбиол. Проблему-то я сразу понял, но у меня классический макроанализ, самая маленькая навеска - сотни миллиграммов, а объёмы - десятки и сотники кубиков, поэтому я сразу сюда написал в надежде, что ситуацию прояснят. Конкретно я не могу сказать, что ему там надо было развести, скину ему ссылку на наш тред - пусть пример приведёт, может, с конкретикой оно будет специалистам понятнее. |
|
avor moderator |
04.10.2015 11:15
|
|
himik Постоянный участник не родина |
05.10.2015 09:28
Я и не выхожу, а тут, оказывается, чтец моралей завёлся. Недоработка! 
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
05.10.2015 10:45
 ... за родных химиков абидна стало.  4 мг это не 4.000 мг и тем более 6 мкл, откапанные пипеткой, а с испарением водички, соразмерным с данным объемом что делать... Как химик химику - в молбиоле все готовится крайне примитивно и практически не "по науке", но самое главное в молбиоле - готовить растворы ВСЕГДА ОДИНАКОВО и строго по протоколу. И не забывать с какой целью это делается, назначение этой золотой жидкости. Мне лично никогда не приходилось готовить 10 мкл раствора  . И Вам не советую.  Соглашайтесь только на 100, не ниже, и на несток. Удачи!
|
|
himik Постоянный участник не родина |
05.10.2015 16:03
:-) |
|
vb Постоянный участник |
05.10.2015 17:08
. ну разве что действительно дозировать гамильтоновским шприцем. короче у химика после молбиол методик будет инфаркт микарда .
|
|
sin-mike |
05.10.2015 21:46
пцр - это иллюстрация, есть и другие задачи, фазовую диаграмму измерить, например, либо сток для селфри приготовить. и объемы там реально сравнимы с объемами, используемыми в генной инжинерии - около мкл, потому и иллюстрация. и стоки - это объективная необходимость. И что делать, если, например, полимера вам насинтезировали несколько мг, а измеряемые концентрации - от 0 до 40%? Или фермента с гулькин нос и надо делиться. При том, что везде в статьях пишут именно % w/v и стоят они рядом с такими объемами как 1-5 мкл, и использовать надо именно их. Везде где было можно, я скатывался на w/w, которые можно измерить вплоть до 0.01% на хороших весах. Но вот проблема, переходя от стоков в w/w к образцам все равно надо было возвращаться в v самый информативный ответ предоставил MMM, особенно это: //// 1) в 99% случаев ошибка +- 2-3% в концентрации раствора не оказывает существенного влияния на результат, а в 85% на результат не влияет ошибка и в 10%. //// Вот интуитивно я это и сам понимал, но выдерживать процедуру приготовления надо как-то. вот такая дилемма, кароч |
|
metrim Постоянный участник Москва |
06.10.2015 13:09
))Их вероятно ввели в заблуждения мизерные аликвоты, с которыми работают молекулярщики и концентрации На деле же разумеется никто не готовит 10 мкл раствора из навесок и пр. Например в случае с ферментами - с колонки просто собирается фракция, измеряется её чистота и активность, затем производится расчет активности на мл и разводится до нужной кратной, либо аликвотится и высушивается, что бы потом "просто добавить воды", скажем мл Навесками готовится в объемах 200, 20, 2, 1 мл в мерных колбочках и аликвотится. Сообщение было отредактировано metrim - 06.10.2015 13:12 |
|
avor moderator |
06.10.2015 16:43
sin-mike как-то ваше высказывание не проясняет суть взволновавшей вас проблемы. Может вы приведете какой-то конкретный пример, с обстоятельным разбором, но только постарайтесь изложить, так как-будто пишете для рецензента. |
|
avor moderator |
07.10.2015 12:20
Итак, в качестве конкретного примера Был у меня полимер XXX, насинтезированный в количестве около 100 мг, поставляемый в стеклянной таре под инертным газом. Задача была в том, чтобы приготовить набор образцов для измерения тернарной фазовой диаграммы гомогенной смеси липид-вода-XXX при изменяемых долях липида 30-50 % w/v и XXX 0-25% w/v в 2-3 разных буферах. Липид поставлялся в виде порошка и добавлялся в контроллируемых объемах в жидкой фазе при температуре выше фазового перехода в 40С. Плотность липида в жидкой фазе известна. Для полимера XXX для каждого буфера в начале готовили сток 25% w/v, при том, что на каждый буфер приходилось примерно 25мг XXX, т.е. суммарный объем стока был около 100мкл. Для приготовления стока полимера отмеряли на весах количество полимера в районе 25мг и добавляли буфера в количестве 50 мкл, так чтобы удельная массовая доля не превышала растворимость полимера, около 35-40% w/v. После этого сток полимера гомогенизировали последовательным перемешиванием и центрифугированием. Затем добавили буфера до количества 100 мкл, ориеноируясь на шкалу эппиндорфа. Такой подход позволил соблюсти воспроизводимость экспериментов друг с другом, однако не может быть достоверно сравнен с эталонными фазовыми диаграммами. Вот такой пример |
|
MMM Постоянный участник |
07.10.2015 12:57
R.J.Dio --> Принцип один, вопрос- как измерить. Возьмите Гамильтоновскую пипетку на 10 мкл и добавляйте себе к пресловутым 4 мг субстанции (без намеков!) сначала 5 мкл, измерьте получившийся объем, будет приемлемо точно. Затем просто добавь воды (сколько останется до 10 мкл- ну, там 1-3 мкл), снова проконтролируйте объем. таким образом, техника позволит очистить мозх от ерунды. Несколько комментариев к этому методу. 1) Я не знаю что такое гамильтоновская пипетка. Но для объема в 100мкл можно в качестве измерителя объема пользоваться автоматическим сэмплером со съемным одноразовым наконечником. Но здесь в вашем примере таится засада заключающаяся в высокой вязкости 25% полимерного раствора. Что бы ошибка при измерении была минимальной надо: первое - обрезать кончик наконечника и тем самым увеличить проходной диаметр наконечника и снизить его гидравлическое сопротивление,второе - при заборе жидкости в наконечник это надо делать максимально медленно дабы разрежение над жидкостью успевало выравниваться уменьшением объема над жидкостью при затекании жидкости в наконечник. 2) В качестве другого инструмента измерения объема можно использовать гамильтоновский(не пипетку) микрошприц на 100мкл(бывает номиналом на 1,10,25(20) 50мкл). Здесь между жидкостью и поршнем нет воздуха, но набирать жидкость надо все равно мееееедленно, в противном случае вы рискуете засосать в пространство между поршнем и жидкостью воздух из пространства над поршнем или вызвать закипание и вспенивание жидкости. Вторая вещь, которую надо учитывать при измерении объема микрошприцом - это мертвый объем иглы. Во-первых он должен быть заполнен растворителем(те при измерении раствор немного разбавится (так как это совершенно определенная величина - это можно учесть заранее)), а во вторых его надо добавлять к измеренному объему раствора(поправка), а в третьих при измерениях вы теряете часть раствора в виде мертвого объема. Сообщение было отредактировано MMM - 07.10.2015 12:57
|
|
blij Постоянный участник |
07.10.2015 13:19
(avor @ 07.10.2015 11:20) Вот такой пример Ну, типичнейшая задача для молбиолога, чо там В первом же посту всё так адекватно было описано, просто биолухи тупыя, сразу и не врубились.Однако, остается непонятным, в чем вопрос физика-то? Вроде всё уже написали. Либо все-же разводить полимер с учетом его КУО (если это белок, брать средний 0.7 и будет достаточно точно), либо, как R.J.Dio советовал, готовить заведомо более конц-й р-р, измерять концентрацию и разводить до необходимой. ЗЫ: что за "шкала эпиндорфа", это не деления на пробирке, надеюсь? Гамильтоном действительно можно объем наиболее точно отмерять. Только не забудьте конц. азотной кислотой шприц промыть. Сообщение было отредактировано blij - 07.10.2015 13:24 |
|
R.J.Dio Постоянный участник |
07.10.2015 19:00
|
|
sin-mike |
08.10.2015 23:55
самым информативным был первый ответ МММ, второй ответ содержит процедуру измерения, влияющую на результат в качестве вывода для себя обозначил, что магии никакой нет, и в индивидуальных случаях надо, как обычно, пользоваться здравым смыслом и/или не пользоваться упоротыми протоколами и единицами измерений avor дизреспект |
|
blij Постоянный участник |
09.10.2015 00:32
(sin-mike @ 08.10.2015 22:55) avor дизреспект Чойта?! Птичку нашу попрошу не обижать! Мы ее сами обидим
|
|
MMM Постоянный участник |
09.10.2015 07:13
Зачтем как слишком общее и голословное. Кстати, вот вам еще один способ так сказать обратный. Вы можете всегда узнать концентрацию своего однокомпонентного раствора, если упарите досуха строго заданный объем(можно лиофильно или в вакууме,зависит от свойств растворенного вещества). И потом взвесите твердый остаток. А создавать определенный буфер в растворе можно добавляя туды определенный объем концентрированного буферного стока. Тут есть одно "но" растворенный компонент должен быть весьма низко летучим. --в качестве вывода для себя обозначил, что магии никакой нет, и в индивидуальных случаях надо, как обычно, пользоваться здравым смыслом и/или не пользоваться упоротыми протоколами и единицами измерений. Это такая философия эксперимента. Которую можно переформулировать и так. 99% лабораторных процедур уже придуманы до нас, а если вам кажется, что совокупного опыта человечества не хватает, то либо ты чего-то не дочитал, либо надо действовать самому, но основываясь на всем доступном опыте предыдущих товарищей, но опыт этот надо всегда осмысливать критически, базируясь на фактах проверенных, не подлежащих сомнению. |
|
R.J.Dio Постоянный участник |
09.10.2015 09:36
не трож модератора! Avor им не нравится. Это наше все. Клал он на ваши дислайки, кто фолы раздавать будет, если не кормилец! Дождетесь! Сообщение было отредактировано R.J.Dio - 09.10.2015 09:37 |
|
Guest IP-штамп: frUaoQwiavAB6 гость |
09.10.2015 16:33
(sin-mike @ 08.10.2015 23:55) avor дизреспект Уважаемый himik , по что вы сюда всякую школоту понатащили то ??? |
|
avor moderator |
09.10.2015 22:15
(sin-mike @ 08.10.2015 21:55) господа, всем спасибо за ценные комментарии!avor дизреспект Уважаемый sin-mike! Вы видимо справедливо обижены, тем что я придал огласке ваше сообщение. Приношу свои извинения. Но я, действительно, искренне подумал, что вы отправили сообщение мне по ошибке. Потому что мое предложение в этом топике высказаться более подробно, было высказано не потому что, мне было, что сказать, а именно потому, что ваше изложение было очень сумбурно, и не ясно. К тому же в сообщении я не обнаружил ничего конфиденциального , что могло бы нарушить коммерческую тайну или нарушало авторские права или что-нибудь подобное. Еще раз приношу свои извинения. |
|
NMR-guy Постоянный участник временной жизни |
10.10.2015 13:01
А по теме: в таких предельных случаях высоких (близких к растворимости при текущей температуре) концентраций да еще в таких малых объемах объём действительно точно измерить можно либо микрошприцом либо брендовым носом дозатора. Если у вас дозаторы Эппендорф рекомендую купить носы из несмачиваемого пластика LoBind и не заморачиваться потерями на стенках. То же относится и к микропробиркам - пластик должен быть родной эппедорфовский с LoBind-дном. С помеченными благодарностями советами выше полностью согласен. |
|
watchesbiz Постоянный участник |
 25.11.2021 16:04
|
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.