 * |   |
|
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда |  Zbio-wikiNG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: |
|
Правила
* Некоторые вопросы о полном геноме
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.
   |
 FarroukhБаку  |
 17.02.2014 05:33
1) По идее, извлечь полный геном (ПГ) можно из любой соматической клетки. Поскольку пересылка слюны (зубов, костей и т. п.) по почте намного проще, чем крови, то лучше всего годится слюна. Однако некоторые лаборатории для полногеномного секвенса настаивают на использовании крови. В чём причина предпочтения? 2) Возможно ли из данных ПГ получить фактический биологический возраст организма на момент взятия пробы или на момент смерти (если речь об умершем человека)? 3) Проводилась ли антропологическая реконструкция внешнего облика человека на основе данных его ПГ? |
|
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
17.02.2014 07:09
3. Можно расу определить. Можно найти ближайших родственников и посмотреть на них.
|
|
Farroukh Баку |
17.02.2014 07:50
Как я понимаю, по п. 1 однозначного ответа нет. По п. 2 - насколько точны существующие методики определения возраста? Допустим, у меня на руках дДНК человека, умершего более 2 тыс. лет назад. Насколько точно можно определить его возраст на момент смерти? По п.3., если не ошибаюсь, конкретные особенности внешности и строения тела (сцепленные с генами, естественно), пока не определимы? |
|
Flyamer Постоянный участник Москва |
17.02.2014 09:39
Да, пока что по генетическим данным не умеют восстанавливать облик, насколько я знаю, поскольку нет четкого соответствия большинства признаков и каких-то определенных аллелей. Однако некоторые вещи, вроде цвета волос и глаз, определяют легко.
|
|
Guest IP-штамп: frGqyYT8IU7LU гость |
17.02.2014 10:00
1. С кровью работать удобнее и чище - объем большой набрать можно + метагенома (бактерий) меньше + ферментов ядреных меньше и т.д. 2. Нуу, геномные маркеры старения есть и их часто используют - кол-во двунитевых разрывов, например. Но, во-первых, многие из них теряют актуальность при долгом хранении и выделении ДНК - разве что, учитывать что-нибудь вроде делеций и транспозонной активности, но тут нужен WT для сравнения. Во-вторых, маркеры старения показывают биологический возраст конкретных клеток, а в любом сложном организме клетки разновозрастные. Для оценки биологического возраста всего человека нужно тогда, наверное, ориентироваться на долгоживущие стволовые или постмитотические клетки. Плюс, биологический возраст - это хорошо, но он не обязательно совпадет с хронологическим - пил, курил... Чаще биологический возраст клеток оценивают по негенетическим маркерам - оксидативно-модифицированные белки и липиды, сникшие митохондрии и прочее. Но тут те же проблемы, описанные выше + сохранить такие маркеры еще сложнее.
|
|
Farroukh Баку |
17.02.2014 11:55
Ещё вопросы более сведущим, нежели я, форумцам. Допустим, есть , датируемой III-I вв. до н. э. Захоронения в грунтовых могилах, скелеты в скорченных позах. 1) Какие фрагменты скелета наиболее релевантны для извлечения дДНК с целью ПГ-исследования? Зубы, кости (какие именно)? 2) Возможно ли проведение подобного исследования в Москве и что собой представляет процедура оформления? |
|
borigv Постоянный участник г. Саратов |
17.02.2014 12:24
Ну во-первых сведения о предпочтении крови перед буккальными соскобами при отборе материала у живых несколько преувеличено, если кому-то вредит "метагенома" - надо менять методику и наборы. Установление возраста по телломерной ДНК сейчас дает разброс в 10 лет, любой паталогоанатом по состоянию скелета, суставов и зубов даст более точную цифру. Из археологических раскопок рекомендовал бы зубы или трубчатые кости имеющие участки с достаочно тостым матриксным слоем костной ткани - в подобных исследованиях деконтоминация важнейший этап и после нее от губчатой ткани может мало что остаться. Я предпочитаю бедренные кости. Лаборатории этой тематики стоит поискать в Москве и Новосибирске - главное заинтересовать их в своих исследованиях.
|
|
Farroukh Баку |
17.02.2014 12:48
Теоретически, общая стоимость одного ПГ ДНК, извлечённой из зуба или бедра обойдётся в ~(195+7000)=~7200 долл. borigv, Вы могли дать ссылки на соответствующие московские лаборатории? Какова ориентировочная стоимость одного ПГ-исследования дДНК в Москве? (Очевидно, было бы удобнее отправить кость в одну лабораторию и от неё же получить ПГ). |
|
borigv Постоянный участник г. Саратов |
17.02.2014 13:02
В любом случае я не работаю в академической среде, я из кримлабы и дать ссылку не смогу. Рекомендую Вам определиться что Вы хотите получить в результате исследования, тогда будет яснее кого Вам искать в коллабораторы. Удачи Вам.
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
17.02.2014 13:10
|
|
Farroukh Баку |
17.02.2014 13:33
что Вы хотите получить в результате исследования Установить степень родства между современной и древней популяцией региона, сравнив ПГ древних останков с выборкой ПГ современных людей. Если совсем грубо, то цель - выяснить, является ли существующая популяция потомком древней и если да, то в какой степени. |
|
Guest IP-штамп: frGqyYT8IU7LU гость |
17.02.2014 13:41
Любопытно стало - теломерное укорочение имеет мозаичную картину в тканях и зависит от ткани и условий. Для анализа используют какую-то определенную ткань? Археологический образец, наверное, не пройдет, в любом случае - слишком много разрывов? |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
17.02.2014 13:46
(Farroukh @ 17.02.2014 14:33)  Установить степень родства между современной и древней популяцией региона, сравнив ПГ древних останков с выборкой ПГ современных людей.Если совсем грубо, то цель - выяснить, является ли существующая популяция потомком древней и если да, то в какой степени. Независимо от цели иследования, ДНК от живых людей должна быть суперчистой, без следовых количеств бакт. и прочей ДНК. А древние образцы - какие будут, это от Вас не зависит.
|
|
Farroukh Баку |
17.02.2014 15:18
ДНК от живых людей должна быть суперчистой, без следовых количеств бакт. и прочей ДНК. То есть её рекомендуется брать из крови? |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
17.02.2014 15:54
|
|
LMP Постоянный участник |
17.02.2014 15:59
(Farroukh @ 17.02.2014 11:33) Установить степень родства между современной и древней популяцией региона, сравнив ПГ древних останков с выборкой ПГ современных людей.Если совсем грубо, то цель - выяснить, является ли существующая популяция потомком древней и если да, то в какой степени. Уважаемый Farroukh, если так стоит задача, я бы на первом (самом простом) этапе ограничился секвенированием гипервариабельных зон HVR1 и HVR2 митохондриальной ДНК. Хотя бы потому, что ваша древняя ДНК, скорее всего в большей мере обогащена митоходриальной ДНК (т.к. она лучше сохраняется во сремени). Для этого же простого исполнения вы можете обойтись образцами слюны. На качество коротких ПЦР с последующим секвеированием состав биообразца не сильно повлияет. С этой задачей вы можете обратиться в любую (ту же судмедэкспертную) лабораторию вашего района/города.
|
|
Farroukh Баку |
17.02.2014 18:59
Благодарю всех за советы! |
|
Farroukh Баку |
18.02.2014 05:09
Допустим, имеется обширная база данных ПГ разных людей. Существуют ли алгоритмы, позволяющие на основе результатов ПГ выявить, кто из людей какими наследственно обусловленными качествами обладает? Этот, скажем, мог бы стать хорошим спортсменом, а вот этот имеет склонность к обладанию высоким IQ, у третьего есть психические отклонения и т. п.? |
|
guest: ммм IP-штамп: frQlBxj4iQSg. гость |
18.02.2014 05:58
|
|
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
18.02.2014 06:32
|
|
Farroukh Баку |
18.02.2014 07:38
|
|
guest: ммм IP-штамп: frQlBxj4iQSg. гость |
18.02.2014 08:08
Но вот даже наличие отсутствия генетических ограничений не гарантирует высоких результатов. Более того многие спортсмены имеющие ограничения именно выбирают все что могут, а многие имеющие высококачественные предрасположенности не доходят и до кмс. Так что генетика генетикой, а спорт спортом. |
|
vb Постоянный участник |
18.02.2014 08:14
 )))))))))))))
|
|
guest: ммм IP-штамп: frQlBxj4iQSg. гость |
18.02.2014 08:22
|
|
Farroukh Баку |
18.02.2014 09:10
многие имеющие высококачественные предрасположенности не доходят и до кмс. Так что генетика генетикой, а спорт спортом. Бесспорно. Тем не менее подмечено, что эфиопские бегуны - самые эфиопские бегуны в мире. Видимо, дело в отборе людей, чьи предки тысячелетия жили на среднегорье и адаптировались к дыханию в условиях недостатка кислорода, что и является преимуществом на длинных дистанциях. Отсюда кенийцы и эфиопы, живущие на Эфиопском нагорье, имеют значительное генетическое преимущество. |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
18.02.2014 13:16
(Farroukh @ 17.02.2014 19:59) Да, митосиквенс наиболее реален, но хотелось бы и повозиться и с Y-STR и Y-SNP для чисто ДНК-генеалогических целей.Благодарю всех за советы! Для этих целей годится любая ДНК, начиная с буккального сваба, и не обязательно гоняться за стерильностью и чистотой (без примесей другой ДНК) иссл. ДНК. |
|
borigv Постоянный участник г. Саратов |
18.02.2014 13:50
Уважаемые коллеги, не надо давать ложных надежд не профессионалу в молбиологии - археологу, человек начитался популярно-научных статей и готов искать деньги (не малые) на ПГ. Давайте скажем честно - на этом пути его ждут разочарования - данных пригодных для интерпретации в области исторических наук он не получит даже в случае идеального состояния архДНК. Уважаемый Farroukh, найдите российские статьи по популяционной генетики в археологических исследованиях (честно - лень мне лезть в пабмед искать их), свяжитесь с этими спецами, выясните что Вы сможете вытянуть из подобной ДНК. ПГ будет излишней - максимум последовательность митохондриалки и анализ частот встречаемости аллелей. Это проще, дешевле и информативнее чем ПГ. 5-6 дисков с текстом из 4 букв развлечение способное довести до желтого дома. Уважаемый -Ъ-, искренне Вам благодарен за признание права буккальных соскобов на место в анализе ДНК, я уж начал сомневаться что хлеб мой заработан честно. ВСЯ информация которая может пригодиться молодому человеку в его исследованиях не требует кровопролития. Принципиально не отвечаю гостям, а так же на обращения "эй, мужик, дай закурить" и "мужчина, не хотите ли приятно провести время?" - это вещи одного порядка.
|
|
Farroukh Баку |
18.02.2014 15:52
Для этих целей годится любая ДНК, начиная с буккального сваба, и не обязательно гоняться за стерильностью и чистотой (без примесей другой ДНК) иссл. ДНК. К сожалению, у останков 2000-летней давности взять буккальный эпителий уже не получится, поэтому вся надежда уловить игрек в зубах и берцовых костях. данных пригодных для интерпретации в области исторических наук он не получит даже в случае идеального состояния архДНК. Допустим, дДНК в идеальном состоянии. Неужели ПГ останков не даст мне возможность сравнить его аутосомы с местными современными? |
|
borigv Постоянный участник г. Саратов |
18.02.2014 16:49
Если Вы всеж решитесь на научный прорыв и займетесь прямым анализом нуклеотидной последовательности - совет: запаситесь суперкомпьютером, и учтите что цены на ПО будут сопоставимы с ценой прочтения нуклеотидов. В любом случае удачи Вам и сохранить оптимизм.
|
|
LMP Постоянный участник |
19.02.2014 10:09
(Farroukh @ 18.02.2014 13:52) поэтому вся надежда уловить игрек в зубах и берцовых костях.Осторожней с игреком, т.к. он не всегда отражает состояние оседлости  Сообщение было отредактировано LMP - 19.02.2014 10:09 |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
19.02.2014 10:32
|
|
Farroukh Баку |
19.02.2014 12:23
Вы собираетесь сравнивать последовательность нуклеотидов? Что это Вам даст? Уважаемый borigv, именно это и является причиной открытия этой темы. Свои познания в секвенировании и его результатах я оцениваю как дилетантские. Вкратце опишу суть проблемы. Археолог/антрополог, обнаружив скелет человека, может узнать о нём примерно следующее: - примерное время жизни/смерти индивида - примерный возраст на момент смерти - пол, расу - возможно, род занятий (некоторые профессиональные заболевания влияют на строение костей) - возможно, причину смерти (если таковая наступила в результате серьёзной травмы черепа ил т. п.) Возможно, чтобы выяснить это совсем не обязательно воротить полногеномный огород. Но исследователь стремится узнать об останках максимум возможного. Как я понимаю, что-то новое к этому списку может дать ПГ. Например, степень его родства с другими людьми может показать полный мито- и игрек-секвенс на предмет прямого женского и прямого мужского родства, а также аутосомные маркёры (вопрос - какие именно?). Склонность к заболеваниям, некоторые физиологические особенности и т. п. - тут видимо нужен уже ПГ. |
|
Nastja Постоянный участник Новосибирск |
19.02.2014 12:56
|
|
Farroukh Баку |
19.02.2014 13:15
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
20.02.2014 10:29
(Farroukh @ 19.02.2014 14:15) То есть, для упрощения задачи достаточно тестирования по панелям, имеющим снипы?Но это тоже задача не простая. 
|
|
vb Постоянный участник |
20.02.2014 10:52
(guest: ммм @ 18.02.2014 06:22) Это как это заставляют. В чем это выражается. И при чем тут полно геномное секвенирование.как заставляют не знаю - свечку не держал. но факт в том, что у них больше половины лыжников-биатлонистов с диагнозом "бронхияльная астма". что дает им право пользоваться бронхолитиками . а для прочих бронхолитики - злостный допинг. такие пирожки.ну есть же какие-то генетические предрасположенности. может они уже по генетическим марерам отбирают... так, чиста предположение . в секвенировании ничего не понимаю, а поп...ть охота 
|
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
20.02.2014 11:03
(vb @ 20.02.2014 11:52) как заставляют не знаю - свечку не держал. но факт в том, что у них больше половины лыжников-биатлонистов с диагнозом "бронхияльная астма". что дает им право пользоваться бронхолитиками . а для прочих бронхолитики - злостный допинг. такие пирожки.ну есть же какие-то генетические предрасположенности. может они уже по генетическим марерам отбирают... так, чиста предположение . в секвенировании ничего не понимаю, а поп...ть охота Мне тоже. А я подозреваю, что это у них это индуцированная астма, которая поддерживается как хроника. |
|
watchesbiz Постоянный участник |
 03.12.2021 19:22
|
| « Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |
 |
· Викимарт - все интернет-магазины в одном месте · Доска объявлений Board.com.ua ·
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---
Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Powered by Invision Power Board(Trial) v2.0.0 © 2024 IPS, Inc.