Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Creck Участник |
Не могу найти в нете файл с адаптерами TruSeq3-PE.ed.fa нашел только вот это там есть TruSeq3-PE.fa, это тоже самое что и TruSeq3-PE.ed.fa ?? Файл с адаптерами мне нужен чтоб отрезать триммоматиком адаптеры от ридов. Спасибо! |
Creck Участник |
(ksm @ 24.02.2017 14:14) В одном опусе по использованию trimmomatic было сказано "укажите файл с адапрерами, чтобы прога отрезала их от ридов", причем этот файл в составе линуксовой команды назывался, если я все правильно понял, как a.fasta Или вы (ksm) хотите сказать, что для этого нужна команда ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.ed.fa:2:30:10:1:true ? Я только учусь запускать джава-приложения из консоли, сори за тупые вопросы. |
Creck Участник |
(ksm @ 24.02.2017 14:14) Оказалось, все это добро лежит в архиве с триммоматиком))) |
Creck Участник |
|
genseq Постоянный участник |
Не обратиться ли Вам прямо к Михайлову? Адрес его электронной почты есть в тех же рекомендациях: Сообщение было отредактировано genseq - 25.02.2017 12:39 Картинки: Mich.JPG — (6.02к) |
Creck Участник |
(ksm @ 25.02.2017 12:51) не, не редактированный, FastQC говорит, что при секвенировании моих ридов использовались именно такие адаптеры |
Creck Участник |
в |
ASDF Постоянный участник |
|
Creck Участник |
Не подскажите, как откартировать два файла с парными ридами иллюмина на референсный геном? команда bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam выдает нечитаемфй файл, не являющийся файлом с расширением bam Преред картированием я индексирую референс: bwa index ref.fa |
Creck Участник |
|
Creck Участник |
[bam_header_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated. [bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file). [main_samview] fail to read the header from "aln-pe.sam". |
Creck Участник |
Перевод осуществляется командой: samtools view -b -S -h map.sam > map.bam . Значение опций: -b - перевести в бинарный файл, -S - на вход подаётся файл .sam, -h - сохранять заголовки. |
Guest IP-штамп: fr/HzI8uh4EWE гость |
(ksm @ 03.03.2017 18:51) "I just asked a similar question about quality trimming and BWA mem at the the bwa mailing list and this was Heng Li's reply: You don’t need to do quality trimming with bwa-mem. BWA-backtrack requires reads to be mapped in full length. Low-quality tail may greatly affect its sensitivity. Bwa-mem largely does local alignment. If a tail cannot be mapped well, it will be soft clipped." I dnt use BWA Bowtie2 |
Guest IP-штамп: fr/HzI8uh4EWE гость |
(ksm @ 03.03.2017 18:51) "I just asked a similar question about quality trimming and BWA mem at the the bwa mailing list and this was Heng Li's reply: You don’t need to do quality trimming with bwa-mem. BWA-backtrack requires reads to be mapped in full length. Low-quality tail may greatly affect its sensitivity. Bwa-mem largely does local alignment. If a tail cannot be mapped well, it will be soft clipped." панимаете на форуме хватает с избытком любителей синезеленых водорослей краснокачанной капусты и прочих исскапаемых озера Байкал |
Guest IP-штамп: fr/HzI8uh4EWE гость |
(ksm @ 03.03.2017 18:51) "I just asked a similar question about quality trimming and BWA mem at the the bwa mailing list and this was Heng Li's reply: You don’t need to do quality trimming with bwa-mem. BWA-backtrack requires reads to be mapped in full length. Low-quality tail may greatly affect its sensitivity. Bwa-mem largely does local alignment. If a tail cannot be mapped well, it will be soft clipped." ksm дак вы гином Монгольсской цианобактерии закрыли или только draft |
Guest гость |
(Guest @ 03.03.2017 23:22) |
Guest гость |
(ksm @ 26.02.2017 12:31) |
Guest гость |
(ksm @ 26.02.2017 12:31) ChIP-seq and ChIP-exo reads were aligned to UCSC GRCh37 genome (February 2009 build) using BWA version 0.5.9 (Li and Durbin, 2010). For consistency, all reads were trimmed to a common length (28 bp, the smallest read length across all datasets). |
Guest гость |
(ksm @ 24.02.2017 13:14) |
Guest гость |
(Creck @ 26.02.2017 04:23) спасибо за участие в дискуссии. Не подскажите, как откартировать два файла с парными ридами иллюмина на референсный геном? команда bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam выдает нечитаемфй файл, не являющийся файлом с расширением bam Преред картированием я индексирую референс: bwa index ref.fa Moscow State University username : mlog username : Flyamer |
Guest гость |
(Guest @ 08.03.2017 11:33) Moscow State University username : mlog username : Flyamer |
Guest гость |
(Creck @ 26.02.2017 04:23) спасибо за участие в дискуссии. Не подскажите, как откартировать два файла с парными ридами иллюмина на референсный геном? команда bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam выдает нечитаемфй файл, не являющийся файлом с расширением bam Преред картированием я индексирую референс: bwa index ref.fa
|
viên cao hồng sâ гость |
vien cao hong sam han quoc |
sam chinh phu гость |
хồнг сâм чíнх пхủ хàн яуốц |
nhan sam chinh phu гость |
cao sam chinh phu |
Nhân sâm hàn гость |
click here nguồn |
Guest гость |
(Guest @ 13.03.2017 15:09) |
Guest гость |
(Creck @ 24.02.2017 05:43) Всем привет! Не могу найти в нете файл с адаптерами TruSeq3-PE.ed.fa нашел только вот это там есть TruSeq3-PE.fa, это тоже самое что и TruSeq3-PE.ed.fa ?? Файл с адаптерами мне нужен чтоб отрезать триммоматиком адаптеры от ридов. Спасибо! |
Guest гость |
(Guest @ 17.05.2017 14:23) Николай Шмаков (Институт цитологии и генетики). Исследование при помощи RNA-seq генов ячменя, контролирующих синтез хлорофилла |
Guest гость |
Background: Deconvolution is a mathematical process of resolving an observed function into its constituent elements. In the field of biomedical research, deconvolution analysis is applied to obtain single cell-type or tissue specific signatures from a mixed signal and most of them follow the linearity assumption. Although recent development of next generation sequencing technology suggests RNA-seq as a fast and accurate method for obtaining transcriptomic profiles, few studies have been conducted to investigate best RNA-seq quantification methods that yield the optimum linear space for deconvolution analysis. Results: Using a benchmark RNA-seq dataset, we investigated the linearity of abundance estimated from seven most popular RNA-seq quantification methods both at the gene and isoform levels. Linearity is evaluated through parameter estimation, concordance analysis and residual analysis based on a multiple linear regression model. Results show that count data gives poor parameter estimations, large intercepts and high inter-sample variability; while TPM value from Kallisto and Salmon shows high linearity in all analyses. Conclusions: Salmon and Kallisto TPM data gives the best fit to the linear model studied. This suggests that TPM values estimated from Salmon and Kallisto are the ideal RNA-seq measurements for deconvolution studies. |
nhân sâm гость |
Click here source |
dong trung ha thao гость |
|
banh trung thu yen sao khanh hoa гость |
click here |
yen sao khanh hoa гость |
- Sản phẩm phù hợp làm quà biếu tặng cho người thân, bạn bè. |
bánh trung thu гость |
banh trung thu yen sao nguon |
Nơi bán nấm lim гость |
Trên thế giới có nhiều loại nấm lim xanh, có loại nấm lim xanh rất quý như nấm lim xanh tiên phước quảng nam của Việt Nam ở nước chúng ta. Nấm lim xanh Tiên Phước Quảng Nam là loại có dưỡng chất tốt nhất. Biết được điều đó nên chúng tôi đã cho ra đời cửa hàng nấm lim xanh tại Hà Nội nhằm đưa loại dược thảo hữu ích này đến với mọi người. Nơi bán nấm lim xanh tiên phước Quảng Nam tại Hà Nội |
cửa hàng bánh tr гость |
cửa hàng bánh trung thu yến sào bánh trung thu yến sào khánh hoà bánh trung thu yến sào 2017 |
banh trung thu tai hai phong гость |
bánh trung thu tại hà nội banh trung thu tai hai phong |
Guest гость |
bánh trung thu yen sao khanh hoa |
nấm linh chi гость |
Cửa hàng nấm linh chi đỏ tại Hà Nội Cửa hàng nấm linh chi đỏ tại TP HCM |
sdfsdfsdf гость |
Bạn nên biết rằng các sản phẩm cao hồng sâm được chế biến từ những củ nhân sâm Hàn Quốc 6 năm tuổi. Trải qua nhiều công đoạn, sẽ giữ lại được các thành phần dưỡng chất có lợi trong cao hồng sâm Hàn Quốc. Vì thế, công dụng của cao hồng sâm Hàn Quốc còn tốt hơn gấp nhiều lần so với nhân sâm tươi Hàn Quốc thông thường. Khi bạn sử dụng cao sâm Hàn Quốc để phục hồi sức khỏe, nâng cao hệ miễn dịch của mình, và giảm triệu chứng các bệnh về gan, thận, tim mạch, huyết áp, ung thư, … Ngoài ra, trong cao hồng sâm Hàn Quốc còn chứa Ginsenosides có tác dụngchống lão hóa, giảm các vết nhăn, vết nám, giúp làn da luôn căng hồng, tươi sáng, tràn đầy sức sống đối với phái đẹp. Mặc dù, có nhiều công dụng bổ ích như vậy nhưng nhiều người vẫn luôn thắc mắc là tại sao sử dụng cao hồng sâm HànQuốc trong một thời gian dài mà vẫn chưa thấy hiệu quả. Điều đó là do cách sử dụng cao sâm hàn quốc của bạn chưa hợp lý. Nếu bạn sử dụng không đúng thì không những không tận dụng hết công năng của sản phẩm mà còn có thể gây ra những ảnh hưởng không tốt đối với sức khỏe của chính mình. <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>keo sam kgc</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>keo sam hop thiec</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>Kẹo hồng sâm hộp thiếc</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>keo hong sam hop thiec</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>kẹo sâm kgc</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>kẹo sâm hộp thiếc</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>kẹo sâm cao cấp</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>keo sam cao cap</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>kẹo sâm renesse</a><br /> <a href=http://samyenthinhphat.com/hong-sam-chinh-phu-kgc/keo-sam.html>keo sam renesse</a><br /> |
bánh trung thu yến s& гость |
bánh trung thu ở Cao Bằng địa chỉ cửa hàng bánh trung thu ở quận 1 cửa hàng bánh trung thu ở quận Tây Hồ địa chỉ bánh trung thu ở Nam Định địa chỉ bánh trung thu ở quận Cầu Giấy |
mexe.info гость |
Món quà tặng sức khỏe bình rượu sâm Hàn Quốc 6 năm tuổi mang giá trị trưng bày sẽ luôn được đánh giá cao hơn các sản phẩm quà biếu thông thường, bởi đối tượng được biếu tặng là doanh nghiệp, mang tính cộng đồng. Với quà tặng độc lạ này, sẽ thích hợp để trưng bày trong các không gian chung của cơ quan, doanh nghiệp như phòng khách, phòng họp, nơi sinh hoạt cộng đồng để tăng thêm giá trị căn phòng, thể hiện sự sang trọng, quý phái. |
IgorPavlom |
|
Vastokas |
|
nhân sâm гость |
|
Guest гость |
+ Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм |
Guest гость |
+ Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм + Цао хồнг сâм |
Guest гость |
+ Cao hồng sâm + Cao hồng sâm + Cao hồng sâm + Cao hồng sâm + Cao hồng sâm + Cao hồng sâm + Cao hồng sâm + Cao hồng sâm |
« Предыдущая тема · Софт · Следующая тема » |