Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
papa Karlo Постоянный участник |
Кстати вам для производства понадобитсся станок - лазерный резак и 3D принтер тоже. Чтоб можно было просто даже дизайн продавать с какими-то ключевыми компонентами вашего производства. Сейчас все так делают. Лазерный резак штука невыгодная, у нас например в центре технологического творчества молодежи одна минута работы его стоит 1 евро. То есть сделать красиво кубик из 8мм оргстекла 20х20х20 с кучей всяких там дырочек и прорезов обойдется в 60 евро. но если его купить и обслуживать за счет института ... то вполне можно дешево вещи делать. |
Guest IP-штамп: frvv0Oz7cMymY гость |
|
papa Karlo Постоянный участник |
|
papa Karlo Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frvv0Oz7cMymY гость |
Меня больше статья и Азия интересуют. |
Guest IP-штамп: frvv0Oz7cMymY гость |
|
papa Karlo Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frvv0Oz7cMymY гость |
|
genseq Постоянный участник |
(papa Karlo @ 07.12.2011 19:06) Вам бы там заняться бы дизайном и мелким производством наборов Сделай Сам ну скажем секвенаторов расчитанных именно на любителей. Вот он там что-то от-ПЦРил на той самодельной мыльнице и естественно хотел бы и отсеквенировать. Но на рынке нет пока секвенатора для любителей.... вот вам и ниша .... 2-3 тысячи клиентов по миру наберется. Практически все кто купили этоит ПЦРник захотят и секвенатор прикупить.... но цена должна быть очень низкая , пусть даже и качество не лучшее.... А тот факт что прибор из России только прибавит популярности в этой среде био-хакеров. Они его сами до ума доведут и будут этим жутко гордиться. Как-то так? Файл/ы:
|
papa Karlo Постоянный участник |
Лучше всего было бы начать с переделки какого-нибудь существующего прибора в секвенатор... Ну например из ДВД-драйва. Придумать какой-нибудь одноразовый диск со спиральной электрофоретической дорожкой.... типа капнул туда образец в центр , положил на металлическую пластину на льду , подключил к электричеству и через пару часиков вставил в ридер и оппаньки - вот вам сиквенс, 300 бп. Достаточно для начала подробно обосновать дизайн, то есть как это будет работать... с небольшой флеш-анимацией естественно, а уж потом собирать общественное внимание и народные пожертвования на реализацию опытного образца. Вообще тема биохакерства в России пока плохо разработана.... тут вполне есть куда развиваться да и заграница в этом деле весьма благосклонно настроена на помощь. Почему бы не сделать Пущино центром биохакерского двожения в России? Представляете себе Первый Международный Сьезд Биохакеров в маленькой подмосковной деревушке куда раньше иностранцу без спецразрешения нельзя было и носа сунуть. Человек 30-50 если собрать то и уже событие прогремит на весь мир. Целые геномы любителям сиквенировать нахрен не надо, а вот какой-нибудь полиморфизм у себя посмотреть или мутацию - это интересно и занимательно. Вы же знаете сколько медики берут за подобные анализы..... а все потому что лицензионные методики запатентованы. Вот уж где раздолье для биохакеров. Я уж молчу об юных Шерлоках Холмсах которым такой аппарат на дому весьма был бы интересен.....по-вполне понятным причинам. Взорвем нахрен весь этот жадный мир патентов и лицензий.... всех на Волю.... Сообщение было отредактировано papa Karlo - 11.12.2011 21:20 |
comp3v Постоянный участник Москва |
Сообщение было отредактировано comp3v - 11.12.2011 22:35 |
papa Karlo Постоянный участник |
То есть самому возиться с секвенатором и реактивами уже нет коммерческого смысла. Но движение биохакеров совсем не об этом.... это совершенно отдельный рынок. Это любители, хоббиисты...Это другая параллельная вселенная. Там действуют другие мотивации и другие законы. Низкая стоимость - это необходимое но не достаточное условие. Главное - это открытая ахитектура, возможность залезть внутрь и покопаться там и добавить что-то свое и в конечном итоге рассказать об этом улучшении дизайна и получить одобрение общества таких же любителей. По сути - это параллельная научная деятельность, которая абсолютно свободна от финансовых ветров на рынках и от ограничений прав интеллектуальной собственности. Сообщение было отредактировано papa Karlo - 11.12.2011 22:51 |
papa Karlo Постоянный участник |
Качество тут тоже непринципиально. Вполне можно открыть небольшое предприятие по выпуску таких любительских синтезаторов в виде наборов - Сделай Сам и наборов реагентов к ним.... Если цена укладывается в некие рамки то огромное количество людей купят просто чтоб своими руками попробовать что это такое.... Просто из любопытства и интереса к новому. Постоянно редко кто этим будет пользоваться. Так же и дети теряют интерес к новым игрушкам довольно быстро, потом их разламывают чтобы посмотреть что там внутри и опять хотят что-нибудь новое. Сообщение было отредактировано papa Karlo - 11.12.2011 23:21 |
comp3v Постоянный участник Москва |
(papa Karlo @ 11.12.2011 21:40) Главное - это открытая ахитектура, возможность залезть внутрь и покопаться там и добавить что-то свое и в конечном итоге рассказать об этом улучшении дизайна и получить одобрение общества таких же любителей. По сути - это параллельная научная деятельность, которая абсолютно свободна от финансовых ветров на рынках и от ограничений прав интеллектуальной собственности. с этим я вполне согласен.
|
genseq Постоянный участник |
|
vtosha Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
|
papa Karlo Постоянный участник |
Ну вы посмотрите где эти два паренька которые ПЦР в жизни не видели взяли деньги на свой проэкт старого ПЦРника ... собрали с народа на специальном сайте который именно для таких случаев и предназначен. Поэтому нужен просто американский партнер в проект, ибо иностранцам там на сайте денег не собирают, увы. Вот такие вот они американские патриоты. Деньги можно взять в банке..... банки именно для этого и существуют чтобы давать деньги в долг с риском их невозврата в случае неудачи со старт-апом. Тем более сейчас банки они все вообще сильно провинились перед обществом и должны как-то искупать свою вину.... и давать деньги на всякие такие вот общественно-полезные работы, практически бесприбыльные. Сообщение было отредактировано papa Karlo - 12.12.2011 13:15 |
papa Karlo Постоянный участник |
.......................... Центр научно-технического творчества студентов в ближайшее время появится в Томском государственном университете систем управления и радиоэлектроники (ТУСУР), сообщает официальный сайт вуза. Планируется, что в рамках этого центра будут работать две лаборатории – проектная с выходом на инженерный центр и программно-аппаратная для создания конструкций моделей. Затем их будут испытывать на специальном полигоне. Для реализации задуманного в лабораториях планируется установить автоматизированные рабочие места проектировщика кибермоделей, являющиеся собственной тусуровской разработкой, а также американскую лабораторию прототипирования Fab Lab, модификацию производственной лаборатории. С их помощью студент в виртуальном и реальном пространстве сможет создать вполне реальный проект от начала до конца. Как надеются в руководстве университета, возможность такого проектирования на моделях во многом заменит нынешним студентам практику на производстве на реальном оборудовании и сформирует у них первые навыки проектно-конструкторских работ. |
bee1 Постоянный участник |
(comp3v @ 11.12.2011 23:35) когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе. Мы не сделали скандала - нам вождя недоставало. Настоящих буйных мало - вот и нету вожаков. Но на происки и бредни сети есть у нас и бредни, И не испортят нам обедни злые происки врагов! |
bee1 Постоянный участник |
(comp3v @ 11.12.2011 23:35) когда цена секвенирования генома упадёт до 1000 баксов, смотреть у себя отдельный полиморфизм или мутацию будет уже никому не интересно. Так что лучше уж сразу стараться думать о полногеномном масштабе. комп -ниже тонны баксофф геном не упадет даже для бактерий |
genseq Постоянный участник |
(bee1 @ 15.12.2011 10:37) Цена экзомов упала ниже тонны баксов: |
bee1 Постоянный участник |
(genseq @ 15.12.2011 17:58) Цена экзомов упала ниже тонны баксов: сиквинс плюс биоинхфарматика пока ниже тонны не падает |
bee1 Постоянный участник |
(genseq @ 15.12.2011 17:58) Цена экзомов упала ниже тонны баксов: даже на хисеке2000 в мултиплексе в одну дорожку врядли менше 1000 баксов будет один прогон |
papa Karlo Постоянный участник |
Я уже сам заинтересовался своей идеей со спиральными дорожками на пластиковом диске в которые можно заливать гель , прогонять форез и считывать лазером результат используя переделанный немного ДВД-драйв. Такую дорожку можно выжигать обычным лазерным резаком, он позволяет не только прожигать натериал насквозь но и на определенную глубину канавку делать. ( Можно даже картины рельефные так рисоватЬ) То есть наверное даже можно использовать обычные СД-диски под это дело. Причем диски могуть быть одноразовые. Учитывая микроскопические размеры дорожек то расход материалов будет минимальным. В принципе - это получиится супер-вариант элетрофорезного устройства с готовым одноразовым катриджем. За счет размеров получится весьма превосходное разрешение.... лучше чем обычный аппарат для фореза. Няа одном диске можно наверное несколько таких микродорожек прожечь и заполнить гелем. Потом надо как-то микроэлектроды подключить, прогнать форез, зафиксировать и прочитать. Это отличный проэкт как раз для того самого амеериканского проекта Фаблаб. Там все есть для такой разработки. |
genseq Постоянный участник |
(papa Karlo @ 15.12.2011 18:13) Где Ген-сек-то? Я уже сам заинтересовался своей идеей со спиральными дорожками на пластиковом диске в которые можно заливать гель , прогонять форез и считывать лазером результат используя переделанный немного ДВД-драйв. Такую дорожку можно выжигать обычным лазерным резаком, он позволяет не только прожигать натериал насквозь но и на определенную глубину канавку делать. ( Можно даже картины рельефные так рисоватЬ) То есть наверное даже можно использовать обычные СД-диски под это дело. Причем диски могуть быть одноразовые. Учитывая микроскопические размеры дорожек то расход материалов будет минимальным. В принципе - это получиится супер-вариант элетрофорезного устройства с готовым одноразовым катриджем. За счет размеров получится весьма превосходное разрешение.... лучше чем обычный аппарат для фореза. Няа одном диске можно наверное несколько таких микродорожек прожечь и заполнить гелем. Потом надо как-то микроэлектроды подключить, прогнать форез, зафиксировать и прочитать. Это отличный проэкт как раз для того самого амеериканского проекта Фаблаб. Там все есть для такой разработки. Здесь я. Не волнуйтесь. С лазерной резкой и гравировкой знаком. Позавчера получил комплект деталей для сборки форетической камеры в одной фирме и заказал ещё один, с повышенной точностью раскроя, в другой. Стоит это в России 20...30 руб. за метр реза + 3...4 руб. за каждый контур. Ваши цены (за минуту) меня поражают. Сделать прецизионные канавки гравировкой невозможно. После резки края имеют небольшие оплавленные выступы и приходится браться за напильник. Так что лучше мелкие детали формовать штамповкой. И не из дисков, а из заготовок. Любые материалы сейчас вполне доступны. В общем, если есть желание, то можете повозиться. Мне идея с переделкой DVD в капиллярный форетический секвенатор кажется слишком сложной и не слишком рациональной. Полупроводниковый аналог PGM сделать намного проще. |
papa Karlo Постоянный участник |
А штамповка - это сами-понимаете уже не любительский уровень. это производство. Тут ведь речь идет не о сиквенаторе как таковом, а о универсальном микро-форезнике с одноразовыми катриджами которым можно и секвенировать и просто результаты ПЦР смотреть. За счет микро-размеров получается дешевизна реагентов. Идея диска с канавками весьма красиво смотрится. Тем более что ДВДишник ничего не стоит сам по себе, это уже массовое производство, просто софт нужен новый к нему, чтоб он дорожки считывал. |
genseq Постоянный участник |
|
papa Karlo Постоянный участник |
Тут приятно то что остается простор для пользователя... он может експериментирвать с длиной, глубиной, профилем ... да практически все можно будет менять. Лазер - он универсальный - как нарисуешь ему так и сделает. Тут ведь нет необходимости в сотнях таких дисков.... это же не обычная лаба. Капиллярник - это целая история.... замучаешься его воспроизводить. да и неудобен он для редких експериментов не требующих прецизионной точноости в результатах. |
genseq Постоянный участник |
Никогда не супротив. Вам осталось написать проект и выполнить его. Правда, придётся привлекать спецов, а они обычно работают за деньги. Так что ищите деньги. Или Вы всё собираетесь сделать своими руками, в свободное от основной работы время и бесплатно? Точнее - за свою зарплату, поскольку бесплатно лазерную резку Вам никто делать не станет. |
papa Karlo Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
Пытался сделать красивую камеру для фореза с корпусом из стекла и потрохами из оргстекла. Со стеклом всё красиво, а вот красиво склеить оргстекло не получается. Все клеи дают на оргстекле подтёки, трещинки, пузырьки и отпечатки пальцев на оптически идеальных поверхностях. Основная причина - кривые руки, но их переделывать уже поздно. Проще переделать прибор. Но тогда детальки нужно вырезать не из оргстекла, а из стекла, и не лазером, а гидроабразивной резкой. Для получения пробных образцов и доработки чертежей нужно неоднократно мотаться в Москву, а мне это уже основательно надоело. |
papa Karlo Постоянный участник |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(genseq @ 20.12.2011 10:26) А нет ли в Вашей ФабЛаб станка для гидроабразивной резки? Пытался сделать красивую камеру для фореза с корпусом из стекла и потрохами из оргстекла. Со стеклом всё красиво, а вот красиво склеить оргстекло не получается. Все клеи дают на оргстекле подтёки, трещинки, пузырьки и отпечатки пальцев на оптически идеальных поверхностях. Основная причина - кривые руки, но их переделывать уже поздно. Проще переделать прибор. Но тогда детальки нужно вырезать не из оргстекла, а из стекла, и не лазером, а гидроабразивной резкой. Для получения пробных образцов и доработки чертежей нужно неоднократно мотаться в Москву, а мне это уже основательно надоело. Генсек, Генсек, аууу ... не отвлекайся на всякие "стекляшки" . Плотника хлебом не корми - дай по...деть... |
papa Karlo Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
(-Ъ- @ 20.12.2011 10:51) Генсек, Генсек, аууу ... не отвлекайся на всякие "стекляшки" . Плотника хлебом не корми - дай по...деть... "Стекляшки" - это хобби. Отвлекаться на них нерационально, но хобби и не должно быть рациональным. Что касается "плотника", то его художественный склад может оказаться очень полезен для рекламы продукции компании "Clone Torrent". Да и представительство в Евросоюзе было бы очень полезным. Хороших специалистов мало, а готовых п...деть бесплатно ещё меньше, так что не вспугни мне кандидата на на эту вакантную должность. |
genseq Постоянный участник |
Сообщение было отредактировано genseq - 31.12.2011 16:02 Картинки: happy_new_year_2012_400x400.jpg — (21.27к) |
bee1 Постоянный участник |
|
genseq Постоянный участник |
|
bee1 Постоянный участник |
(genseq @ 05.01.2012 11:11) я вроде уже тебе говорил - економсиквинирование в швейцарии - 10% дорожки Хисека2000 - 300 еврикофф - какого XXXX солдат на форуме обявы выкладует ? Сообщение было отредактировано genseq - 06.01.2012 10:33 |
genseq Постоянный участник |
2. Ion 316 подешевел более чем на 40%. 3. Сервер для PGM тоже стал дешевле на 40%. 4. Доступным стало paired-end секвенирование. |
genseq Постоянный участник |
|
Guest IP-штамп: frxbj0K9xj17w гость |
(genseq @ 10.01.2012 09:07) Между тем Иллумина анонсирует Hiseq2500 и трёхкратное увеличение производительности майсека:
|
genseq Постоянный участник |
Опять о нём же. Демонстрация Ion Proton на выставке CES 2012 (Consumer Electronics Show 2012): Сообщение было отредактировано genseq - 12.01.2012 14:42 Картинки: g6EfD.png — (110.02к) FOmV2.jpg — (47.85к) lowIC.jpg — (26.85к) 136791016.jpg — (67.48к) |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
(genseq @ 10.01.2012 09:07) 1. В продаже появился Ион 318. 2. Ион 316 подешевел более чем на 40%. 3. Сервер для ПГМ тоже стал дешевле на 40%. 4. Доступным стало паиред-енд секвенирование. где 318 ? Протон1 с 165 лимонов ячеек это очередной миф ? |
genseq Постоянный участник |
Начался приём заявок на Ion Proton: Сообщение было отредактировано genseq - 21.01.2012 08:53 Картинки: Proton.JPG — (48.47к) |
bee1 Постоянный участник |
похоже на 165 лимонов лунок - 20 лимонов пройдет даже при самых кривых руках похоже на протона можно впряямую перенести чип-екзо изза индивидуальных адаптеров , а не Y иллумины у кого есть планы сделать ChIP-exo протокол на ион-протоне ? поделитесь резалтами почему мне рекламу на ион-протон шлет инвитроген , а не аби ? дезайн ион-протона плавно перешел в верити и степана (bee1 @ 21.01.2012 23:39) генсек , дк что покупать - ион протон или мисек ? |
genseq Постоянный участник |
(bee1 @ 25.01.2012 22:04) Зависит от задач. Если для секвенирования de novo, то MiSeq. Если для ресеквенирования, то Ion Proton. Но только не из первой партии. Самые первые образцы всегда имеют неноделки. Правда, всё может быстро измениться. Если у "протона" будет предусмотрено использование дНТФ с удаляемыми арильными блокаторами 3'-концевого гидроксила, то он подойдёт и для секвенирования de novo. Сообщение было отредактировано genseq - 26.01.2012 08:25 Картинки: F_P.JPG — (44.92к) |
Guest IP-штамп: fr45uHVgO7WZ2 гость |
тогда РНК-сек и Чип-сек лучше будет на протоне - на мисеке 10 миллионов откартированных ридов маловато будет |
genseq Постоянный участник |
(bee1 @ 21.01.2012 11:12) Лично мне сейчас покупать ничего не надо. Но очень надо несколько использованных Ion 314. Неужели купить неиспользованные проще, чем найти использованные? |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |