molbiol.ru -> программы для количественного обсчета результатов ЭФ белков в ПААГ

> Все форумы > Тематические форумы > Молекулярная и клеточная биология

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* программы для количественного обсчета результатов ЭФ белков в ПААГ -- сравнение ImageJ, Scion Image и TotalLab --

Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

Софья555

05.06.2013 13:10

URL #1

Помогите, пожалуйста, разобраться в программах, подходящих для количественной оценки белков, разделенных методом ЭФ в ПААГ (окраска Кумасси R 250), когда уже есть снимок геля. Какие программы сейчас используются? Покопавшись в инете и спросив кое-кого, узнала о существовании ImageJ, Scion Image и TоtalLab Quant. Все ли они подходят для оценки белков, разделенных ЭФ в ПААГ? Какие у каждой особенности, какая чем удобна? (Я знаю, что первые две бесплатны, а третья платная). Спасибо всем за ответы!!!

guest: electron
IP-штамп: frEiFPK2ZWkzc
гость

05.06.2013 14:07

URL #2

Что за количественный анализ Вам нужен? Относительные концентрации? Хорошо ли разделены полосы? Хотите автоматизированные измерения?

Kostia
Участник
Москва

05.06.2013 14:41

URL #3

Привет! Здесь на Molbiol в разделе Soft просишь доступа к FTP и скачиваешь Phoretics-1 и все проблемы решены.

Это специализированная программа, в отличие от перечисленных. Придется, конечно, потыкать в разные кнопки при изучении интерфейса...
Успеха!

Сообщение было отредактировано Kostia - 05.06.2013 14:42

Софья555

05.06.2013 17:31

URL #4

(guest: electron @ 05.06.2013 15:07)

Суть в том, что раньше у нас метод использовался для качественного анализа белков, а теперь хотим выйти на новый уровень - количественного анализа.)
Интересуемся соответствующими программами и их особенностями, чтобы выбрать наиболее подходящую.Хотим теперь измерять количества белков.

Софья555

05.06.2013 17:50

URL #5

(Kostia @ 05.06.2013 15:41)

Привет! Здесь на Molbiol в разделе Soft просишь доступа к FTP и скачиваешь Phoretics-1 и все проблемы решены.

Это специализированная программа, в отличие от перечисленных. Придется, конечно, потыкать в разные кнопки при изучении интерфейса...
Успеха!

Привет, Костя! Я тут плохо ориентируюсь. Как попасть в раздел Soft??

guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость

05.06.2013 18:17

URL #6

--Как попасть в раздел Soft??
http://molbiol.ru/forums/index.php?act=SF&s=&f=24

--количественного анализа.

Для количественного анализа необходимо делать раститровку проб и иметь золотой стандарт (маркер) с хорошо установленной концентрацией белка, который тоже надо раститровывать при чем на каждом геле. В итоге реактивов станет уходить раз в 5-10 больше.А софт в этом деле далеко не на первом месте.

Esya
Постоянный участник
PA, USA

05.06.2013 18:48

URL #7

только если очень нужно определить концентрацию интересующего продукта в не очень чистом препарате, но, тогда, при наличии раститровки , можно и на глаз неплохо определить

я использовала IQ программу для фосфоимаджера, она есть в том же месте, где и все остальные, для оцифровки, нужно перевести в 8 битный tif причем негативом сохранить

не спрашивайте меня, почему я такая извращенка - задача была разовая, использовала подручные средства

genseq
Постоянный участник

05.06.2013 20:50

URL #8

http://www.gelanalyzer.com/

Поблагодарили (1): Flyamer

Flyamer
Постоянный участник
Москва

05.06.2013 22:21

URL #9

+ к gelanalyzer'у, успешно пользовался для примерной оценки, понравилось (никакого золотого стандарта не было, но примерно определить можно). Жаль, там автоматическая детекция полос паршиво работает только((

guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость

06.06.2013 06:55

URL #10

Примерно можно определить и на глаз.

Проблема в том, что зависимость интенсивности окраски от концентрации весьма нелинейна (особенно для R250). Поэтому если вы измеряете например общий белок, то если у вас в пробе есть мажоры, вы их легко недооцените при нагрузке, с которой видны миноры, результат будет занижен. Что бы их оценить корректно, пробы нужно разбавить, скорее всего до состояния, когда минорные зоны в пробе не видны. Тоже правило будет действовать и в случае сравнения концентраций проб, в которых концентрация отдельных белков находится более или менее узком диапазоне, но сами пробы имеют разную общую концентрацию. В общем для корректной оценки надо попасть в довольно узкий диапазон линейности окрашивания. При чем градуировочный стандарт при этом должен быть в одной и той же красильной ванне в геле с одинаковой концентрацией и отмываться должен тоже идентично с анализируемым гелем(те проще говоря нанесен на тот же гель) при чем раз это градуировка то в 5-6 нагрузках. Те на одном геле дай бог сравнить 2-3 пробы и стандарт.

Esya
Постоянный участник
PA, USA

06.06.2013 08:00

URL #11

2 ммм, а никто не обещал, что будет легко (с)
10 лунок, 7 калибровка, 3 пробы, естественно молекулярный вес стандарта и пробы должен быть в одном диапазоне, естественно, концентрация стандарта и пробы не должны быть больше гаммы на полосу в тонком геле, неравномерность окраски сильно преувеличена - калибровки у меня были линейнее бредфорда, а у меня лапы кривые - у остальных лучше получится

guest: ммм
IP-штамп: frQlBxj4iQSg.
гость

06.06.2013 08:32

URL #12

Я не про трудности. Я про то что программа в этом деле, дело десятое.

Esya
Постоянный участник
PA, USA

06.06.2013 08:47

URL #13

это да, я знаю человека, который для этого пользуется последней бесплатной версией paint shop pro и счастлив

Сообщение было отредактировано Esya - 06.06.2013 08:48

watchesbiz
Постоянный участник

06.12.2021 17:13

URL #14

http://www.authorstream.com/Replicawatches24/
https://about.me/Replicawatches24
https://moz.com/community/users/17050093
https://trello.com/rolexrelicawatches/activity
https://replicarolexwatches.dreamwidth.org/365.html
https://visual.ly/users/watcheshutuk/portfolio
https://www.viki.com/users/watcheshutuk_549/about
https://www.academia.edu/s/14bdb7d4fe?source=link
https://www.slideshare.net/Nowseore/guide-o...ex-watch-online
https://audiomack.com/rolexrelicawatches
https://soundcloud.com/replicarolexwatches
https://www.bagtheweb.com/u/fakerolexwatches/profile
https://www.flipsnack.com/ReplicawatchesUK/...ca-watches.html
https://www.4shared.com/office/zA4L7Rmzea/G...hase_a_Fak.html?
https://codepen.io/Rolexrelicawatches/full/abBEzaQ

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.