Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* интерпретация SNP
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
gennoob
IP-штамп: frlHGMHi8Zz/M
гость



 прочитанное сообщение 07.02.2014 22:42     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

коллеги, помогите, пожалуйста, в следующем вопросе.
  • Есть ген тирозиназа, продукт которого абсолютно необходим для синтеза меланина
  • Есть SNP rs1393350, который находится в интроне этого гена
  • Есть корреляция между статусом rs1393350 и синтезом меланина
можно ли, исходя из расположения rs1393350, считать что сам по себе его статус совершенно неважен для формирования фенотипа, а обнаруженная корреляция отражает роль какого-то другого полиморфизма, сцепленного с данным? если нет, то какие могут быть механизмы?

Заранее спасибо
Участник оффлайн! Flyamer
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 07.02.2014 23:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Думаю, так: точно мы не знаем из вашего описания, но наиболее вероятно, что тут играет роль сцепление.
gennoob
IP-штамп: frlHGMHi8Zz/M
гость



 прочитанное сообщение 08.02.2014 19:16     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

спасибо за ответ!
Это не задачка с экзамена smile.gif а мой собственный интерес, так что помимо моего описания можно использовать любую имеющуюся информацию. Мне просто было (и осталось) удивительно, что такие вещи до сих пор остаются неопределёнными - по крайней мере в тех статьях, что я нашёл, пишут о данном SNP как (упрощённо говоря) маркёре пигментации, и всё. Хотя если реальную роль играет другой полиморфизм, казалось бы куда логичнее попытаться его найти.
Участник оффлайн! Statin
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.02.2014 20:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Заходим вот сюда http://compbio.cs.queensu.ca/F-SNP/ вставляем в search ваш rs
и читаем, что ваш снип участвует в transcriptional_regulation вашего гена.
gennoob
IP-штамп: frlHGMHi8Zz/M
гость



 прочитанное сообщение 08.02.2014 21:33     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

круто, я не знал про такую базу, спасибо! правда, конкретно в этом случае не очень убедительно, мягко говоря: минорный (A) аллель, согласно их анализу, отличается только тем, что среди дюжины сайтов трансфаков, якобы найденных в этом участке, имеется 2 сайта для HSF, в то время как у G-варианта таких сайтов 3. Даже если считать что это действительно так (что само по себе отдельный вопрос: и наличие такого количества сайтов трансфаков в интроне посреди гена, и сам HSF, который вовсе дрозофилиный фактор), то по логике можно было бы ожидать, что добавление сайта посреди гена должно снижать экспрессию, в то время как на самом деле G-аллель ассоциирован как раз с усилением продукции пигмента...
Участник оффлайн! xenopus
Постоянный участник
Moscow



 прочитанное сообщение 10.02.2014 02:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Сами по себе компьютерно-предсказанные сайты трансфаков ни о чем не говорят. В реальной жизни все по другому как правило.
guest: amigo
IP-штамп: frVGCwWxLnRoQ
гость



 прочитанное сообщение 17.04.2014 22:06     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

подскажите пожалуйста, как найти rs полиморфизма, если знаешь его праймеры и зонды?
Участник оффлайн! karimovdo




 прочитанное сообщение 18.04.2014 08:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

(guest: amigo @ 18.04.2014 00:06)
Ссылка на исходное сообщение  подскажите пожалуйста, как найти rs полиморфизма, если знаешь его праймеры и зонды?


посмотреть сиквенс гена, определить куда прикрепляется зонд и посмотреть метку какой снип там находится.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/
Участник оффлайн! frree
Участник



 прочитанное сообщение 17.07.2019 09:00     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

(Statin @ 08.02.2014 20:40)
Ссылка на исходное сообщение  Заходим вот сюда http://compbio.cs.queensu.ca/F-SNP/ вставляем в search ваш rs
и читаем, что ваш снип участвует в transcriptional_regulation вашего гена.

подскажите, плиз, ссылка не работает... есть ли еще сайт, где можно по rs определить локализацию и функцию SNV (замена аминокислоты, кодирующий, интрон, промотер и пр.).
Заранее благодарен
Участник оффлайн! semi
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 18.07.2019 16:57     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Можно начать с https://www.snpedia.com/index.php/Rs1393350
Оттуда идти по ссылкам, и самостоятельно оценить, что вам подходит.
Участник оффлайн! medmenshealth




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  19.07.2019 09:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

I really impressed after read this because of some quality work and informative thoughts . I just wanna say thanks for the writer and wish you all the best for coming! https://www.medmenshealth.com

Это СПАМ!
Это сообщение — спам.
dk
Участник оффлайн! Arbeiter-Samaritier-Bund




 прочитанное сообщение 19.07.2019 19:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(frree @ 17.07.2019 10:00)
Ссылка на исходное сообщение  подскажите, плиз, ссылка не работает... есть ли еще сайт, где можно по рс определить локализацию и функцию СНВ (замена аминокислоты, кодирующий, интрон, промотер и пр.).
Заранее благодарен

если чичлавека то на Геном Броузер если интроны промотеры енхансеры супрессоры хроматин опен клозет и прочая чучхлома smile.gif
https://genome.ucsc.edu/

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 17.08.19 14:42
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft