Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Результаты поиска -- Найденные сообщения --

страницы (147):  1 2 3 > » 

Доморощенные магносорбенты
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 30.12.2021 20:07  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2147360  |  Ответов: 213  |  Просмотров: 114 236
Немного об AMPure RU:
https://disk.yandex.ru/i/x6ZKbTf_D8rU6A

Технологии секвенирования следующего поколения.
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 30.12.2021 20:05  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2147358  |  Ответов: 1185  |  Просмотров: 360 688
wink.gif

Доморощенные магносорбенты
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 29.12.2021 20:56  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2146855  |  Ответов: 213  |  Просмотров: 114 236
С Новым годом!

Как сделать простейший магнитный штатив?
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 29.12.2021 20:54  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2146852  |  Ответов: 184  |  Просмотров: 128 027
С Новым годом!

Технологии секвенирования следующего поколения.
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 29.12.2021 20:52  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2146845  |  Ответов: 1185  |  Просмотров: 360 688
С Новым годом!

Технологии секвенирования следующего поколения.
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 13.12.2021 12:12  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2132845  |  Ответов: 1185  |  Просмотров: 360 688
Вести с полей (нанопоровое секвенирование):
https://www.youtube.com/watch?v=f_p4GpYOc68

Ячейки для FLONGLE
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 10.11.2021 08:20  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2100320  |  Ответов: 8  |  Просмотров: 3 236
Магнитные штативы не нужно делать Они уже сделаны. Их нужно только рекламировать и продавать. И на вырученные деньги разрабатывать секвенаторы:
https://electronix.ru/forum/index.php?app=f...164319#comments

Экспрессия GC-богатого гена
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 09.11.2021 10:02  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2099876  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 1 444
Тогда придётся секвенировать и разбираться с особенностями этого клона.

Экспрессия GC-богатого гена
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 07.11.2021 14:42  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2099193  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 1 444
(с пробелами в образовании @ 30.10.2021 17:27)
Ссылка на исходное сообщение  Здравствуйте,

Я клонировал ген интереса в плазмиду pET для наработки белка. Проблема в том, что очень маленький выход. Пробовал разные штаммы: C41 и С43 — выхода нет, в BL21 и Rosetta выход есть, но маленький, хотелось бы больше хотя бы раз в 10. Подозреваю, что это связано с высоким GC-составом гена (73%) и, возможно, вторичными структурами. Во всяком случае, ген ПЦРится только в буфере для GC-богатых матриц. Я не хочу синтезировать ген, может быть есть какие-нибудь штаммы или хитрые условия, которые помогу увеличить выход белка в таком случае?


GC, скорее всего, не виноваты. Редкие кодоны (типа ССС) в Rosetta преодолеваются дополнительными tRNA. Скорее всего, в плохой экспрессии виновата токсичность целевого белка. Например, его встраивание в мембрану. Или у него имеются гидрофобные эпитопы, действующие на мембрану как детергенты. Возможны и более хитрые воздействия на окружающие структуры, белки и их функции.

Экспрессия GC-богатого гена
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 07.11.2021 08:42  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2099091  |  Ответов: 9  |  Просмотров: 1 444
Я уж и не надеялся встретить здесь живых людей. jump.gif

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 04.11.2021 08:51  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2097060  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
Наверное, биолистингом.

Меня сейчас больше интересует ген флавидина (https://www.addgene.org/search/catalog/plasmids/?q=Flavidin). Хотя для начала подойдёт и стрептавидина. Синтез гена дороговат, а заказывать из США в разгар пандемии как-то стрёмно.
Эпитопы S-белка для диффузионной преципитации нужны в виде димеров или тримеров. Ещё лучше - тетрамеров. Тетрамерный стрептавидин для этих целей подходит идеально. Тем более, что его ещё и окрасить можно биотинилированными красителями или белками.

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 02.11.2021 14:49  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2095661  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
Ещё одна дурацкая идея - разработка наборов для определение антител при помощи РДП (реакции диффузионной преципитации). Для этого нужно иметь растворимый антиген (S-белок). Подойдут и его отдельные эпитопы, но только в форме димеров или тримеров. И хорошо бы навесить на них GFP или что-то вроде него. С флуоресцентной меткой полоски преципитата будут выглядеть очень красиво.

Формочки для заливки гелей и штампы для формирования в них лунок можно печатать на 3D-принтере. Кровь брать умеет (и может научить) любой диабетик, контролирующий свой уровень глюкозы. Пробирки для забора 200 мкл крови с капиллярами и ЭДТА в продаже имеются. В общем, всё есть. Нужно только обеспечить народ (школьников и студентов) растворимыми антигенами и ввести практикум по определению антител и антигенов в программу их обучения. Или обеспечить биохакеров антигенами для определения IgG к S-белку SARS-CoV-2 и подробными инструкциями по постановке РДП.

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 31.10.2021 17:43  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2094146  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
Я в институте тоже работаю на правах волонтёра. Главное - чтобы пускали.

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 28.10.2021 11:30  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2091477  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
Я уже давно биохакерствую. Сюда можно причислить и освоение производства магнитных штативов, и технологию синтеза магносорбентов, и AMPure RU. А теперь к этому списку захотелось добавить DIY-вакцину и тест-систему для определения антител на S-белок в домашних условиях. Буду рад любой поддержке. Особенно моральной. Материальная для этого не требуется.

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 27.10.2021 14:23  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2090389  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
Если человек не умер от SARS-CoV-2, то только за счёт формирования иммунитета. Обычный вариант такого иммунитета - B-клеточный, приводящий к образовнию нейтрализующих антител. Но возможны и другие варианты. Например, может сработать РНК-интерференция. Или T-клеточный иммунитет (через MHC I и стимуляцию размножения Т-киллерных лимфоцитов). А также размножение T-хелперных лимфоцитов (при участии MHC II), которые способствуют размножению и B-, и Т-лимфоцитов. Так что отсутствие антител после выздоровления не свидетельствует об отсутствии иммунитета.

Наибольшую опасность представляет антителозависимое усиление инфекции (antibody-dependent enhancement, ADE), способствующее размножению филовирусов (Эбола, Марбург и т.п), флавивирусов (Денге, желтой лихорадки и т.п.), аренавирусов (Ласса, Мачупо и др.). К счастью, у коронавирусов ADE не проявляется, поэтому первые страхи по этому поводу уже развеялись. Зато проявляется невысокая продолжительность иммунитета, которая в осчетании с появлением новых (частично преодолевающих иммунитет) вариантов может очень осложнить нам всю оставшуюся жизнь.

Сначала надеялся пересидеть эту пандемию и ни во что - ввязываться, но, похоже, отсидеться в окопах не удастся. Придётся хоть что-то сделать. Например, простую вакцину, приготовить которую (и вколоть себе) сможет любой биохакер средней руки.

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 26.10.2021 19:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2089318  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
Антител сейчас хватает (435 BAU), но через пол года, похоже, придётся ревакцинироваться. Вакцины на вариант Дельта к этому времени могут ещё не появиться, поэтому доморощенная вакцина может пригодиться. А эндотоксина я не боюсь. Очистить IBs от него сложно, но остаточную токсичность можно просто нейтрализовать.

Что касается клеточного иммунитета, то с ним сложнее. Есть парочка неплохих эпитопов, но с ними нужно ещё разбираться. Если разберусь, то постараюсь что-нибудь придумать. Возможно, в духе Пфайзера и Модерны, но есть варианты и получше.

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 26.10.2021 08:45  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2088387  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
(Asterix @ 25.10.2021 23:17)
Ссылка на исходное сообщение  Хорошими адьювантами?  ну  да конечно ,  я кроликов так иммунизировал  тельцами включения, они оК , ну страдают  конечно  от  этого  но кто их слышит-то? умер  и умер , на то он и кролик.  Минимум надо  4-5 кроликов  брать  в опыт  именно из-за  от  проблемы  с имунной реакцией. ...  но боюсь  что за иммунизацию таким шмурдяком  живого человека очень легко сесть  в тюрьму...
Очень легко и практически гарантированно    на  10  вакцинаций ...  за нанесение тяжких телесных повреждений  и  медицинскую деятельность  без лицензии...

Гарантирую этот результат.


Всё не так однозначно. Эндотоксин убрать не сложно. А если не убрать, то нейтрализовать его токсичность. Кроме того, кролики к нему очень чувствительны, а на хомяков он вообще не действует. Так что с ним возможны варианты. Думаю, что очистки IBs с His-tag на никелевой колонке будет достаточно для минимизации токсичности препаратов. Если кроликам и этого не хватит, то придётся добавить нейтрализаторы - полимиксин и/или человеческий лактоферрин. Первый можно купить в ближайшей аптеке. Второй (рекомбинантный) тоже вполне доступен.

Если опыты по вакцинации людей проводить исключительно на себе, то в тюрьму не посадят. wink.gif

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 25.10.2021 16:43  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2087718  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
И где его (S-ген) можно купить?

Чистить белок не собираюсь. Они в неочищенном виде более иммуногенен. Примеси (эндотоксин и ошмётки клеточной стенки) являются хорошими адъювантами.

Как сделать простейший магнитный штатив?
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 25.10.2021 09:41  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2086879  |  Ответов: 184  |  Просмотров: 128 027
Скопировано из сообщения Asterix:

Да , похоже надо будет подкинуть идейку свою этим товарищам , они неплохо там развернулись с магнитно-улучщенной трансфекцией.

Может смогут обсчитать и мою идею для растений тоже .., а я займусь проверкой на практике их расчетов, там конечно обычный магнит не потянет , нужен сверхмощный какой-то или импульсный .. но вот вопрос исключительно в достижимости подобной мощности за разумные деньги.

Светящийся табачок
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 25.10.2021 09:36  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2086870  |  Ответов: 273  |  Просмотров: 49 679
Лёд тронулся ... прислали праймеры для клонирования S-гена SARS-CoV-2. И одна школьница пососедству согласилась повозиться с таким клонированием . Задача - получить штамм-сверхпродуцент первой половины спайк-белка (S1), образующий при индукции промотора тельца включения (IBs). Из них может получиться отличная вакцина. Да и для ИФА-системы на IgG могут пригодиться.

Буду признателен, если поищете ошибки не в конструкциях генов для светящегося табака (который никому не нужен), а в моих расчётах:
https://1drv.ms/w/s!Aj-K-u-yGV9230ONZ73...PY8lPO?e=YV9u2x

Next-gen секвенирование в России
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 25.10.2021 09:21  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2086849  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 560 203
В среду удалось попасть на выставку "Диагнополис" и заглянуть в павильон Axbio.

Секвенатор обещают выпустить в следующем году, хотя его экспериментальные образцы уже работают. Технология - рошевская. Т.е. нанопоровая, но с ДНК-полимеразой phi29 на входе в биопору и со специальными субстратами (модифицированными dNTP). Точность многократного чтения довели до Q30. Для определения снипов этого недостаточно, но идентифицировать любые возбудители метагеномным секвенированием препаратов можно. Производительность - 10 Gb/run, причём это всего за час. У MinION производительность 20...30 Gb/run, но это за двое суток.
Секвенирование одной пробы (чип + пробоподноговка +расходники) будет стоить ~$100.
Все прочие подробности можно будет узнать 25 апреля 2022 года на конференции "День ДНК - 2022" (Пущино, ИТЭБ РАН). Пообещали приехать туда с докладом.

Next-gen секвенирование в России
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 24.10.2021 09:49  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2085465  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 560 203
В среду удалось попасть на выставку "Диагнополис" и заглянуть в павильон Axbio.

Секвенатор обещают выпустить в следующем году, хотя его экспериментальные образцы уже работают. Технология - рошевская. Т.е. нанопоровая, но с ДНК-полимеразой phi29 на входе в биопору и со специальными субстратами (модифицированными dNTP). Точность многократного чтения довели до Q30. Для определения снипов этого недостаточно, но идентифицировать любые возбудители метагеномным секвенированием препаратов можно. Производительность - 10 Gb/run, причём это всего за час. У MinION производительность 20...30 Gb/run, но это за двое суток.
Секвенирование одной пробы (чип + пробоподноговка +расходники) будет стоить ~$100.
Все прочие подробности можно будет узнать 25 апреля 2022 года на конференции "День ДНК - 2022" (Пущино, ИТЭБ РАН). Пообещали приехать туда с докладом.

Next-gen секвенирование в России
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 18.10.2021 19:25  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2079644  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 560 203
Картинка этого года. Завтра и послезавтра (19-20 октября сего года) AXBIO будет представлять свой первый прибор на выставке "Диагнополис" в павильоне М8. Правда, это будет ещё не секвенатор, а нанопоровый анализатор ампликонов. Но я надеюсь, что секвенатор они всё-таки доработают. Если, конечно, перестанут ориентироваться на рошевскую технологию и модифицируют свой чип (уменьшат количество сенсоров с миллиона до 10000, повысят частоту считывания сигнала и т.п.) для использования с оксфордскими нанопорами.
https://1drv.ms/u/s!Aj-K-u-yGV9230Wt2xC...fScm2q?e=eluDzm
https://1drv.ms/u/s!Aj-K-u-yGV9230cr_mH...mM8Obp?e=xqVBS7

Next-gen секвенирование в России
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 16.10.2021 10:41  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2077370  |  Ответов: 3338  |  Просмотров: 560 203

Технологии секвенирования следующего поколения.
genseq
Постоянный участник


Отправлено: 16.10.2021 10:36  |  Молекулярная и клеточная биологияМолекулярная и клеточная биология  |  link: #2077326  |  Ответов: 1185  |  Просмотров: 360 688
user posted image
страницы (147):  1 2 3 > »  

Новые сообщения  Есть новые сообщения
Нет новых сообщений  Нет новых сообщений
Нет новых сообщений*  Тема с вашим участием
Горячая тема - новые сообщения  Горячая тема (есть новые сообщений)
Горячая тема - нет новых сообщений  Горячая тема (нет новых сообщений)
Важно - нет новых сообщений  Важная тема
Опрос - есть новые голоса  Опрос — есть новые голоса
Опрос - нет новых голосов  Опрос — нет новых голосов
Опрос -нет новых голосов  Опрос с вашим участием
Объявление  Объявление
Тема закрыта  Закрытая тема
Тема перемещена  Перемещённая тема


Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 28.03.24 14:21
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft