molbiol.ru -> Множественные горизонтальные переносы генов α-L-рамнозидаз между бактериями отделов Bacteroidetes и Acidobacteria

> Все форумы > Тематические форумы > Колонка новостей

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* Множественные горизонтальные переносы генов α-L-рамнозидаз между бактериями отделов Bacteroidetes и Acidobacteria -- FEBS Lett. 2012, 586(21):3843-3851 --

Кураторы темы:* daniil naumoff
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

09.12.2012 20:14

URL #1

Гликозил-гидролазы (К.Ф. 3.2.1) – обширная группа ферментов, катализирующих гликолитическое расщепление O-гликозидной связи. Они относятся к ферментам углеводного обмена и в течение многих десятилетий являются объектами разнообразных биохимических исследований. Гены гликозил-гидролаз обнаружены в геномах почти всех живых организмов. Доля этих генов в геноме сильно зависит от таксономического положения организма, однако она может существенно отличаться и у близкородственных организмов. Набор гликозил-гидролаз у микроорганизмов сильно зависит от их экологической ниши: гены гликозидаз часто подвержены дупликациям, элиминации и горизонтальному переносу. В общей сложности эта группа объединяет ферменты примерно с полутора сотнями различными энзиматическими активностями.

α-L-Рамнозидазы (К.Ф. 3.2.1.40) – широко распространённая группа гликозил-гидролаз, ответственных за отщепление с нередуцирующего конца терминальных остатков α-L-рамнозы от углеводов и их производных. На основании гомологии каталитических доменов почти все ферменты этой группы отнесены к семействам GH78 и GH106 гликозил-гидролаз, характеризующихся принципиально разной 3D структурой. Ферменты из этих двух семейств отличаются по субстратной специфичности.

Скрининг базы данных аминокислотных последовательностей позволил обнаружить 1222 и 486 белок, содержащих домены семейств GH78 и GH106, соответственно. Из них 21 белок принадлежит бактериям отдела Acidobacteria. Все белки ацидобактерий обоих семейств содержат по три консервативных домена (различных в разных семействах), а также могут содержать дополнительные факультативные домены. Участки аминокислотных последовательностей, соответствующие трём консервативным доменам, использовали для проведения филогенетического анализа.

Результаты филогенетического анализа впервые позволили выявить многочисленные горизонтальные переносы в процессе эволюции генов, кодирующих белки обоих семейств α-L-рамнозидаз. В частности, белки ацидобактерий образуют по шесть кластеров на филогенетических деревьях семейств GH78 и GH106. Исследование положения этих кластеров на деревьях, а также попарное сравнение аминокислотных последовательностей позволили сделать вывод о том, что большинство генов ацидобактерий, кодирующих потенциальные α-L-рамнозидазы, в процессе эволюции были получены путём нескольких независимых горизонтальных переносов от бактерий отдела Bacteroidetes.

На рисунке представлена схема филогенетического древа семейства GH78 гликозил-гидролаз.
Жёлтым цветом выделены два белка из Acidobacteria и четыре кластера, содержащих белки из Acidobacteria.
Зелёным выделены два кластера, содержащих белки только из Bacteroidetes. Всего проанализировано 358 белков.

По материалам статьи: Naumoff DG, Dedysh SN. Lateral gene transfer between the Bacteroidetes and Acidobacteria: The case of α-L-rhamnosidases. FEBS Lett. 2012, 586(21):3843-3851. Pubmed

Сообщение было отредактировано daniil naumoff - 10.12.2012 14:20

Поблагодарили (1): Redactor

Сообщение в колонке новостей, раздел "Наука: общая и молекулярная биология"
10.12.2012 14:13

молекула
Участник

12.12.2012 09:21

URL #2

Значит горизонтальный перенос генов между бактериями настолько распространенное явление? И есть риск, что гены устойчивости к тем или иным антибиотикам будут перенесены из йогуртного ГМОшного L. Casei в патогенную или условно-патогенную микрофлору?

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

14.12.2012 11:13

URL #3

Всё в этом мире относительно. Надо разбираться со свойствами конкретных штаммов. А зачем уподобляться TV-рекламе и писать видовые эпитеты с заглавной буквы? Хотя бы на профессиональном форуме хотелось бы этого не видеть.

====================

Относительно статьи надо наверно подчеркнуть три основных вывода, которые можно сделать из работы:

Для генов, кодирующих белки семейств GH78 и GH106, характерна эволюция путём горизонтальных переносов.
Ацидобактерии получили соответствующие гены путём множественных горизонтальных переносов.
Источником таких переносов в большинстве случаев были бактерии отдела Bacteroidetes.

В эту статью не вошло, но в процессе выполнения работы был обнаружен уникальный геном Clostridium methylpentosum DSM5476, содержащий 83 гена белков этих двух семейств. Большинство других бактерий рода Clostridium таких генов не содержат вовсе. Происхождение этих генов объясняется множественными горизонтальными переносами за некоторыми из которых последовали дупликации и даже элиминации генов. Соответствующие материалы сейчас в печати (Микробиология, 2013, т.82, №4).

Сообщение было отредактировано daniil naumoff - 30.04.2013 13:55

Guest
IP-штамп: frF63nlCtDizk
гость

14.12.2012 11:41

URL #4

Не могли бы Вы более точно указать критерий, в соответствии с которым,
нахождение сходных последовательностей в "разных частях" филогенетического
древа является свидетельством горизонтального переноса?

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

14.12.2012 13:56

URL #5

Сходные (точнее близкородственные) последовательности должны лежать на филогенетическом древе рядом, т.е. в одном кластере. В противном случае древостроительство теряет смысл. Вы, очевидно, говорите о сравнении древ, построенных по рРНК и конкретному белку. Существенные расхождения между этими деревьями являются указанием на горизонтальный перенос. Однако, могут быть и другие объяснения. Например, эволюционно раняя дупликация и последующая линия-специфическая потеря одного из паралогов. Интерпретация филогенетических древ - задача не тривиальная, она требует обоснования. Хорошими аргументами являются высокая бутстреп-поддержка узлов и стабильность кластеров вне зависимости от использованного алгоритма построения древа. Например, в обсуждаемой статье мы используем в каждом случае по два варианта древа: построенные методом ближайших соседей и методом максимальной экономии. Жёстких критерией я назвать не могу, надо найти достаточно веские аргументы, чтобы убедить рецензентов. Впрочем это универсальный совет.

Guest
IP-штамп: frF63nlCtDizk
гость

16.12.2012 22:24

URL #6

Спасибо за обстоятельный ответ!
По всей видимости, проблема строго обоснованного критерия горизонтального переноса в области тех данных, о которых мы говорим, весьма не проста.
Возможно, что критерии, приведенные Вами, скорее, обоснованы интуитивно...
Из всех критериев, известных мне, строгим является единственный: детекция в двухлокусной "двухаллельной" системе (гаплоидная популяция) всех четырех генотипов AA, BB, AB, BA, при доказанной (подразумеваемой) идентичности аллелей по происхождению.
А вот еще один вопрос, изучали ли Вы геномный контекст, скажем, привязку Ваших генов к геномным островам?

daniil naumoff
Постоянный участник
Moscow, Russia

17.12.2012 17:15

URL #7

(Guest @ 16.12.2012 23:24)

Из всех критериев, известных мне, строгим является единственный: детекция в двухлокусной "двухаллельной" системе (гаплоидная популяция) всех четырех генотипов AA, BB, AB, BA, при доказанной (подразумеваемой) идентичности аллелей по происхождению.

Этого я не смог понять. Необходимо было указать хотя бы какой тип размножения подразумевается: половое или вегетативное. Моя работа выполнялась преимущественно на прокариотических объектах, а Вы вероятно имеете в виду эукариот?

(Guest @ 16.12.2012 23:24)

А вот еще один вопрос, изучали ли Вы геномный контекст, скажем, привязку Ваших генов к геномным островам?

Нет. Вы саму статью видели? Почитайте, тогда таких вопросов не будет.

champak12
IP-штамп: frWoyLp/FCXKE
гость

16.11.2021 17:28

URL #8

useful information tnx for your post.비아센터

vrida2
Постоянный участник

23.06.2022 21:10

URL #9

http://audiobookkeeper.ruhttp://cottagenet.ruhttp://eyesvision.ruhttp://eyesvisions.comhttp://factoringfee.ru
http://filmzones.ruhttp://gadwall.ruhttp://gaffertape.ruhttp://gageboard.ruhttp://gagrule.ru
http://gallduct.ruhttp://galvanometric.ruhttp://gangforeman.ruhttp://gangwayplatform.ruhttp://garbagechute.ru
http://gardeningleave.ruhttp://gascautery.ruhttp://gashbucket.ruhttp://gasreturn.ruhttp://gatedsweep.ru
http://gaugemodel.ruhttp://gaussianfilter.ruhttp://gearpitchdiameter.ruhttp://geartreating.ruhttp://generalizedanalysis.ru
http://generalprovisions.ruhttp://geophysicalprobe.ruhttp://geriatricnurse.ruhttp://getintoaflap.ruhttp://getthebounce.ru
http://habeascorpus.ruhttp://habituate.ruhttp://hackedbolt.ruhttp://hackworker.ruhttp://hadronicannihilation.ru
http://haemagglutinin.ruhttp://hailsquall.ruhttp://hairysphere.ruhttp://halforderfringe.ruhttp://halfsiblings.ru
http://hallofresidence.ruhttp://haltstate.ruhttp://handcoding.ruhttp://handportedhead.ruhttp://handradar.ru
http://handsfreetelephone.ruhttp://hangonpart.ruhttp://haphazardwinding.ruhttp://hardalloyteeth.ruhttp://hardasiron.ru
http://hardenedconcrete.ruhttp://harmonicinteraction.ruhttp://hartlaubgoose.ruhttp://hatchholddown.ruhttp://haveafinetime.ru
http://hazardousatmosphere.ruhttp://headregulator.ruhttp://heartofgold.ruhttp://heatageingresistance.ruhttp://heatinggas.ru
http://heavydutymetalcutting.ruhttp://jacketedwall.ruhttp://japanesecedar.ruhttp://jibtypecrane.ruhttp://jobabandonment.ru
http://jobstress.ruhttp://jogformation.ruhttp://jointcapsule.ruhttp://jointsealingmaterial.ruhttp://journallubricator.ru
http://juicecatcher.ruhttp://junctionofchannels.ruhttp://justiciablehomicide.ruhttp://juxtapositiontwin.ruhttp://kaposidisease.ru
http://keepagoodoffing.ruhttp://keepsmthinhand.ruhttp://kentishglory.ruhttp://kerbweight.ruhttp://kerrrotation.ru
http://keymanassurance.ruhttp://keyserum.ruhttp://kickplate.ruhttp://killthefattedcalf.ruhttp://kilowattsecond.ru
http://kingweakfish.ruhttp://kinozones.ruhttp://kleinbottle.ruhttp://kneejoint.ruhttp://knifesethouse.ru
http://knockonatom.ruhttp://knowledgestate.ruhttp://kondoferromagnet.ruhttp://labeledgraph.ruhttp://laborracket.ru
http://labourearnings.ruhttp://labourleasing.ruhttp://laburnumtree.ruhttp://lacingcourse.ruhttp://lacrimalpoint.ru
http://lactogenicfactor.ruhttp://lacunarycoefficient.ruhttp://ladletreatediron.ruhttp://laggingload.ruhttp://laissezaller.ru
http://lambdatransition.ruhttp://laminatedmaterial.ruhttp://lammasshoot.ruhttp://lamphouse.ruhttp://lancecorporal.ru
http://lancingdie.ruhttp://landingdoor.ruСЃР°Р№С‚http://landreform.ruhttp://landuseratio.ru
http://languagelaboratory.ruhttp://largeheart.ruhttp://lasercalibration.ruhttp://laserlens.ruhttp://laserpulse.ru
http://laterevent.ruhttp://latrinesergeant.ruhttp://layabout.ruhttp://leadcoating.ruhttp://leadingfirm.ru
http://learningcurve.ruhttp://leaveword.ruhttp://machinesensible.ruhttp://magneticequator.ruhttp://magnetotelluricfield.ru
http://mailinghouse.ruhttp://majorconcern.ruhttp://mammasdarling.ruhttp://managerialstaff.ruhttp://manipulatinghand.ru
http://manualchoke.ruhttp://medinfobooks.ruhttp://mp3lists.ruhttp://nameresolution.ruhttp://naphtheneseries.ru
http://narrowmouthed.ruhttp://nationalcensus.ruhttp://naturalfunctor.ruhttp://navelseed.ruhttp://neatplaster.ru
http://necroticcaries.ruhttp://negativefibration.ruhttp://neighbouringrights.ruhttp://objectmodule.ruhttp://observationballoon.ru
http://obstructivepatent.ruhttp://oceanmining.ruhttp://octupolephonon.ruhttp://offlinesystem.ruhttp://offsetholder.ru
http://olibanumresinoid.ruhttp://onesticket.ruhttp://packedspheres.ruhttp://pagingterminal.ruhttp://palatinebones.ru
http://palmberry.ruhttp://papercoating.ruhttp://paraconvexgroup.ruhttp://parasolmonoplane.ruhttp://parkingbrake.ru
http://partfamily.ruhttp://partialmajorant.ruhttp://quadrupleworm.ruhttp://qualitybooster.ruhttp://quasimoney.ru
http://quenchedspark.ruhttp://quodrecuperet.ruhttp://rabbetledge.ruhttp://radialchaser.ruhttp://radiationestimator.ru
http://railwaybridge.ruhttp://randomcoloration.ruhttp://rapidgrowth.ruhttp://rattlesnakemaster.ruhttp://reachthroughregion.ru
http://readingmagnifier.ruhttp://rearchain.ruhttp://recessioncone.ruhttp://recordedassignment.ruhttp://rectifiersubstation.ru
http://redemptionvalue.ruhttp://reducingflange.ruhttp://referenceantigen.ruhttp://regeneratedprotein.ruhttp://reinvestmentplan.ru
http://safedrilling.ruhttp://sagprofile.ruhttp://salestypelease.ruhttp://samplinginterval.ruhttp://satellitehydrology.ru
http://scarcecommodity.ruhttp://scrapermat.ruhttp://screwingunit.ruhttp://seawaterpump.ruhttp://secondaryblock.ru
http://secularclergy.ruhttp://seismicefficiency.ruhttp://selectivediffuser.ruhttp://semiasphalticflux.ruhttp://semifinishmachining.ru
http://spicetrade.ruhttp://spysale.ruhttp://stungun.ruhttp://tacticaldiameter.ruhttp://tailstockcenter.ru
http://tamecurve.ruhttp://tapecorrection.ruhttp://tappingchuck.ruhttp://taskreasoning.ruhttp://technicalgrade.ru
http://telangiectaticlipoma.ruhttp://telescopicdamper.ruhttp://temperateclimate.ruhttp://temperedmeasure.ruhttp://tenementbuilding.ru
tuchkashttp://ultramaficrock.ruhttp://ultraviolettesting.ru

singha89
IP-штамп: fraDva5tRoCLg
гость

25.06.2022 14:24

URL #10

New members receive free bonuses, 50% promotions, unlimited withdrawals, automatic deposits, quick withdrawals.
singha89

guest: Ufa1688
IP-штамп: frdN6q3cADZrs
гость

03.08.2022 07:49

URL #11

Migrant workers แทงบอลออนไลน์ are too often excluded แฮนดิแคป and forgotten from most แทงบอล168 global conversations about ทางเข้าufa1688 the climate crisis even aff 1688 though they are clearly ufabet เข้า สู่ระบบ one of the most vulnerable หวยลาว groups at risk said หวยไทย British researcher and หวยยี่กี migrant worker rights หวยออนไลน์ specialist Andy Hall

guest: Ufa1688
IP-штамп: fr/1ZkUsuBQOE
гость

05.08.2022 17:36

URL #12

Neil and Scarlett are หารายได้เสริม thrilled with the result and ทางเข้าufa1688 look forward to putting Mr ufabet เข้า สู่ระบบ Jones' money to good use ลิงค์รับทรัพย์ Bankston added. "Mr Jones on ufa168 the other hand will not sleep easy aff 1688 tonight. With punitive damages still AMEBA to be decided and multiple additional Red tiger defamation lawsuits pending, it is clear Pragmatic Play that Mr Jones' time on the CQ9 American stage is finally coming to an end.

vrida2
Постоянный участник

22.11.2022 12:48

URL #13

watchesonline89
Постоянный участник

07.12.2022 11:12

URL #14

https://diigo.com/0pigcp
https://penzu.com/p/847cc342
https://writer.zoho.com/writer/open/k3enw4d...b0a3d8cf13c901a
https://eatsleepride.com/c/383274
https://anotepad.com/notes/byixar75
https://www.deviantart.com/omegawatches89/j...tches-930507835
https://form.jotform.com/223253469189061
https://padlet.com/omegawatches89/fvf9g8yhawsjurox
https://anotepad.com/notes/9393ncw8
https://www.crokes.com/omegawatches89/info/
https://www.merchantcircle.com/omegawatches89-houston-tx
https://trello.com/b/kEnu4Gm0/rolex-replica
https://www.instapaper.com/u
https://form.jotform.com/223253136113039
https://www.pinterest.com/pin/957859414473160488/
https://www.pinterest.com/pin/957859414473160566/
https://www.pearltrees.com/omegawatches89#item456651188
https://plaza.rakuten.co.jp/omegawatches89/...y/202208040003/

RegistartionKeys23
Участник

09.01.2023 08:42

URL #15

AirServer Activation Code Crack for PC screen mirroring is more advanced for Mac, PC, and Xbox One. Google Cast and Miracast enable you to connect devices to your Apple TV or Chromecast. Use this technology to mirror your iPads, Windows laptops, and Chromebooks in the classroom, turn your desk into a wireless conference room, or turn your Xbox One into a wireless media charging station.

Ufa1688
Постоянный участник

28.02.2023 11:54

URL #16

We’re going app aff1688 to hopefully have audiences ufabet vip in a tug of war where they ทาง เข้า ufabet for 15 minutes 123goal at a time, are rooting for UEFA ปั่นสล็อต and the fans and the next 15 minutes เกมสล็อต they’re rooting for the Super สูตรสล็อต League because they can identify with the personal ทาง เข้า ufabet มือ ถือ experiences of the architects แฮนดิแคป คือ on either side and they understand nigoal123 the arguments.

Ufa1688
Постоянный участник

16.05.2023 06:35

URL #17

Neither candidate แฮนดิแคป คือ achieved the required 50% 123goal to take the presidency outright nigoal123 after 100% of ballot สูตรสล็อต boxes were opened ทาง เข้า ufabet according to Turkey’s Supreme Election Council. All ballot boxes [url=https://ufa1688.com/?p=2285&preview=true]ufabet vip in the country were opened ทาง เข้า ufabet มือ ถือ and the voter turnout rate is 88.92% app aff1688 council chairman Ahmet เกมสล็อต Yener said.

Jaipurescort7
Постоянный участник
Jaipur

18.05.2023 06:49

URL #18

garryy
Постоянный участник

18.05.2023 08:36

URL #19

If you have an Android device and a Windows PC, you can use https://akams-phonelinkqrc.us/ to link them together and access your phone’s features on your PC. This is a feature from Microsoft that allows you to sync your photos, messages, calls, and apps across your devices. You can also adjust settings on notifications, Bluetooth, and volume, as well as skip and pause songs that are playing on your phone.

garryy
Постоянный участник

18.05.2023 08:37

URL #20

Phone Companion application: The fundamental applications you must install on your smartphone. It is available for immediate download from https://www.akamsyour-pc.com/. You may download it without any delays from the Microsoft official website by clicking this link, which will take you there. But keep in mind that you must download it from either the Play store on your smartphone or the official Microsoft website via this link.

garryy
Постоянный участник

18.05.2023 08:37

URL #21

You have connected your device successfully using the https://www.akams-addcomputer.com/ webpage. However, you’re currently having issues with this feature and want to unplug your smartphone from your computer. You can therefore unlink your smartphone from your PC by simply following the procedures listed below.

garryy
Постоянный участник

18.05.2023 08:38

URL #22

Phone Companion application: The fundamental applications you must install on your smartphone. It is available for immediate download from https://www.aka-msphonelinkpin.com/. You may download it without any delays from the Microsoft official website by clicking this link, which will take you there. But keep in mind that you must download it from either the Play store on your smartphone or the official Microsoft website via this link.

garryy
Постоянный участник

18.05.2023 08:40

URL #23

You can link your phone with your computer using the https://www.wwwakams-phonelinkqrc.com/ feature of the Windows Creators Update. This implies that you can view your phone’s notifications, SMS, and app alerts on a computer. Additionally, you may use your phone as a laptop mouse or keyboard. To get started, all you need is the www.aka.ms/phonelinkqrc code.

Ufa1688
Постоянный участник

13.06.2023 20:21

URL #24

Hutchinson, who app aff1688 announced his presidential ปั่นสล็อต candidacy in April, served as US เกมสล็อต attorney for the Western District สูตรสล็อต of Arkansas under President ทาง เข้า ufabet Ronald Reagan. He later also ufabet vip served as a congressman and in the ทาง เข้า ufabet มือ ถือ George W. Bush administration as แฮนดิแคป คือ head of the Drug Enforcement Administration 123goal and as a Department of Homeland nigoal123 Security undersecretary.

guest: Ufa1688
IP-штамп: frqaYaYx2Y2ds
гость

17.04.2024 11:57

URL #25

There are also ALL-BET regional heavyweights ลิงค์รับทรัพย์ such as the West Bengal ปั่นสล็อต chief minister and All เกมสล็อต India Trinamool Congress สูตรสล็อต Mamata Banerjee and the south’s หวยออนไลน์ Tamil Nadu chief minister เครดิตฟรี Muthuvel Karunanidhi สล็อตออนไลน์ Stalin, who will be vying to block บาคาร่าออนไลน์ a BJP takeover in their respective states 123VEGA where Modi is yet to break through.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.