Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Liora |
(vb @ 09.02.2017 02:00) Вопервых не верю, что хлоркой. Гипохлорид кальция нынче непопулярен както. вовторых, толку от нее никакого, если просто протереть перчатки, как и от уф. Вообще-то это проверенный способ, но интересно, что бы вы посоветовали для очистки поверхностей и оборудования |
borigv Постоянный участник г. Саратов |
|
vb Постоянный участник |
(ksm @ 08.02.2017 23:24) тогда вопрос про время: в вашем времени люди уже пользуются электричеством? изобретена ли лампочкам накаливания? и оффтоп: "Белизна - это старое, проверенное десятилетиями, средство родом из СССР. Ее сила и ядреность известны всем. Казалось бы при нынешнем многообразии средств для стирки и мойки, старая суровая белизна никому не нужна. Но не тут-то было! Средства старой закалки еще повоюют!" Причем тут белизна? Автор писал "хлорка". Про белизну речи не было. |
vb Постоянный участник |
(Liora @ 09.02.2017 07:29) Вообще-то это проверенный способ, но интересно, что бы вы посоветовали для очистки поверхностей и оборудования 1. Легче не допускать контаминации, чем от нее избавляться. 2. Я бы посоветовал сменить метод детекции на адекватный, который вам тут уже не раз советовали, |
Liora |
(ksm @ 10.02.2017 03:47) я категорически уверен, что как только вы прекратите одевать эти ваши вторые перчатки, ваша проблема сама собой разрешится. ну в крайнем случае закажите кальциевую соль. Почему вы так решили? Думаете это только ухудшает ситуацию? Для чего мне кальциевая соль? |
Liora |
(vb @ 09.02.2017 20:19) 1. Легче не допускать контаминации, чем от нее избавляться. 2. Я бы посоветовал сменить метод детекции на адекватный, который вам тут уже не раз советовали, 1. Это понятно, но одно когда контаминация от образцов, и другое когда человеческая. 2. Не поняла вашей фразы "Я бы посоветовал сменить метод детекции на адекватный, который вам тут уже не раз советовали". Что значит адекватный? Какой? |
Liora |
|
Liora |
(MMM @ 20.01.2017 14:07) Кстати, ооочень простое решение ИФА(иммуноферментный анализ) на IgG человека. Практически 100% подтверждение, что вы имеете дело с кровью и с кровью не кого-нибудь, а человека. Я никогда не делала ИФА, буду рада если подкините ссылочку на методологию. Я так понимаю, что ИФА делается до ДНК экстракции? Тоже не знаю, как это осуществить, ведь у меня получается совсем небольшое кол-во "зараженных человеческой днк" образцов и прогонять все 96 образцов на ИФА как-то безсмысленно. До экстракции ДНК вообще не хочу трогать образцы. А если делать ИФА на остатках уже проверенных образцах, т.е. после экстракции, ПЦР, сиквенирования - заберет так недельку времени, остатки будут в lysis bufer не знаю, что там через неделю останется. Сложно все |
vb Постоянный участник |
(Liora @ 10.02.2017 10:02) Я никогда не делала ИФА, буду рада если подкините ссылочку на методологию. Я так понимаю, что ИФА делается до ДНК экстракции? Тоже не знаю, как это осуществить, ведь у меня получается совсем небольшое кол-во "зараженных человеческой днк" образцов и прогонять все 96 образцов на ИФА как-то безсмысленно. До экстракции ДНК вообще не хочу трогать образцы. А если делать ИФА на остатках уже проверенных образцах, т.е. после экстракции, ПЦР, сиквенирования - заберет так недельку времени, остатки будут в lysis bufer не знаю, что там через неделю останется. Сложно все Я не уверен, что вас понимаю, так как с языком чтото. Какую ссылочку? Ищите коммерческий набор из доступных в вашей стране. Вы где работаете? Ифа делается, конечно, до выделения днк. Или вместо. Вы чтото еще, кроме вида животного, на котором комар питался детектируете? что значит бессмысленно прогонять все на ифа? Вы таки хотите знать чья там кровь или нет? я уже совсем запутался. Опишите дизайн исследования. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
У вас же прибор NGS, как я понял, не капиллярник? Ему будет все равно на 2 праймера больше или меньше - там не значимо. Сообщение было отредактировано sceptique - 10.02.2017 15:23 |
Liora |
(vb @ 10.02.2017 13:11) Я не уверен, что вас понимаю, так как с языком чтото. Какую ссылочку? Ищите коммерческий набор из доступных в вашей стране. Вы где работаете? Ифа делается, конечно, до выделения днк. Или вместо. Вы чтото еще, кроме вида животного, на котором комар питался детектируете? что значит бессмысленно прогонять все на ифа? Вы таки хотите знать чья там кровь или нет? я уже совсем запутался. Опишите дизайн исследования. Насчет языка, знаю, что не идеален, особенно трудности с профессиональной терминологией, выше предупреждала и просила меня извинить. Но неужели до такой степени все так плохо?! Разъясню... Каждый из моих образцов должен пройти 3 анализа - определение источника крови в моските (т.е. с кого он пожрал), зараженность мокита паразитами лейшманиоза и определение вида данного маскита. С 2 последними анализами нет проблем, а вот первый не дает мне спать уже долгое время |
le lapin Постоянный участник |
|
Liora |
(le lapin @ 13.02.2017 13:57) Извините за оффтоп. Судя по имени девушки и потому, что приходится определять лейшманий в москитах, страна работы - Израиль. Да, я писала о том, что я из Израиля |
vb Постоянный участник |
(Liora @ 13.02.2017 10:23) Насчет языка, знаю, что не идеален, особенно трудности с профессиональной терминологией, выше предупреждала и просила меня извинить. Но неужели до такой степени все так плохо?! Разъясню... Каждый из моих образцов должен пройти 3 анализа - определение источника крови в моските (т.е. с кого он пожрал), зараженность мокита паразитами лейшманиоза и определение вида данного маскита. С 2 последними анализами нет проблем, а вот первый не дает мне спать уже долгое время Без обид, правда местами непонятно, что хотели сказать. так Уже понятнее. Смотрите, вы вашего москита можете поделить. Для определения вида москита можно взять любую его часть. Не обязательно брюшко с кровью. лейшмании тоже можно не только в кишечнике детектировать, хотя, конечно, лучше там. Брюшко делим на две части - выделяем днк для детекции лейшманий и ифа для определения вида прокормителя. как идея?
|
Liora |
(vb @ 13.02.2017 23:07) Без обид, правда местами непонятно, что хотели сказать. так Уже понятнее. Смотрите, вы вашего москита можете поделить. Для определения вида москита можно взять любую его часть. Не обязательно брюшко с кровью. лейшмании тоже можно не только в кишечнике детектировать, хотя, конечно, лучше там. Брюшко делим на две части - выделяем днк для детекции лейшманий и ифа для определения вида прокормителя. как идея? Идея не плохая, но очень уж не хочется вносить дополнительное "ковыряние". У меня это около 1500 образцов в год, а может и больше, если решу проблему контаминации. Но идею приму на всякий случай. Спасибо |
Panaev Постоянный участник |
Просто во втором случае все немного сложнее. ПЦР и/или сиквенс более подходящий метод. |
le lapin Постоянный участник |
(Liora @ 13.02.2017 14:48) В этой теме вы точно не писали, хотя вас не раз об этом спрашивали. Сообщение было отредактировано le lapin - 14.02.2017 12:38 |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(le lapin @ 14.02.2017 13:38) А почему тогда я давно знаю? Лиора об этом писала. |
Liora |
(Panaev @ 14.02.2017 12:38) А вам важно определить, на человеке ли кормился комар или нужно конкретно вид животного узнать? Просто во втором случае все немного сложнее. ПЦР и/или сиквенс более подходящий метод. C определением конкретного животного нет никаких проблем. Все гладко - ПЦР и/или сиквенс, как вы и говорите. Но вот проблема с фолс-позитивами на человека. Делаю плату 96, из них 24 отрицательные контроли. 96-24= 72 образца. Из 72 образцов 3 вышел человек, но на очень поздних циклах ПЦР, поэтому считаю это контаминацией, и 9 из 24 отрицательных контролей тоже вышли человек |
le lapin Постоянный участник |
(-Ъ- @ 14.02.2017 14:10) Может быть в личку? Поиск по "всем сообщениям учатсника" ничего не дал. |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(le lapin @ 14.02.2017 14:41) Модеры уже постарались, стерли вместе с третьяковским флудом.
|
kb1 Участник |
(Liora @ 14.02.2017 14:27) C определением конкретного животного нет никаких проблем. Все гладко - ПЦР и/или сиквенс, как вы и говорите. Но вот проблема с фолс-позитивами на человека. Делаю плату 96, из них 24 отрицательные контроли. 96-24= 72 образца. Из 72 образцов 3 вышел человек, но на очень поздних циклах ПЦР, поэтому считаю это контаминацией, и 9 из 24 отрицательных контролей тоже вышли человек А сколько циклов Вы ставите? Может стоит уменьшить их число (скажем до 40)? и будет Вам счастье??. |
vb Постоянный участник |
(Liora @ 14.02.2017 09:24) Идея не плохая, но очень уж не хочется вносить дополнительное "ковыряние". У меня это около 1500 образцов в год, а может и больше, если решу проблему контаминации. Но идею приму на всякий случай. Спасибо ВсегоТо? Это 150 в месяц за вычетом отпуска и запоев, 7 в день. Фигня вопрос ☺. впрочем, если вам не только человек/не человек нужно определить (кстати, у вас какой-то фиксированный набор прокормителей или всех подряд определяете сиквенсом?), то ифа неудобен. Больше 3-4 видов не сделаешь. подумайте еще о том кто и как вам эти образцы собирает и консервирует. Может он вам туда перхоть сыпет, негодяй. |
Liora |
(kb1 @ 14.02.2017 17:21) Делала. Без толку |
Liora |
Скорее всего нет такого, но может я ошибаюсь. Очень на это надеюсь |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
(Liora @ 14.02.2017 14:27) Комаров наверняка руками убивают или ловят/собирают - тут без контаминации никак. Вам же их не из стерильного бокса-инкубатора убитыми приносят? |
Panaev Постоянный участник |
(sceptique @ 15.02.2017 19:12) Комаров наверняка руками убивают или ловят/собирают - тут без контаминации никак. Вам же их не из стерильного бокса-инкубатора убитыми приносят? По-разному. Я видел, как ловят сачком, пылесосом (ну или похожим устройством). А вот сортируют, консервируют, тут да, если голову не включают, то руками. Потом борются с контаминацией. |
victorgodarev |
(sceptique @ 15.02.2017 19:12) Комаров наверняка руками убивают или ловят/собирают - тут без контаминации никак. Вам же их не из стерильного бокса-инкубатора убитыми приносят? может то не контаминация... а ложноположительный результат) ха ха |
Lorraine |
|
Bear Постоянный участник Москва |
Лабораторный анализ выявил человеческие следы сразу в двух видах продукции: «Королевской» колбасе и зернистом сервелате. «В исследованных образцах мясной продукции выявлены следовые количества ДНК человека. Не припомню таких случаев в последнее время. Честно говоря, это нечто из ряда вон выходящее», — сказал сотрудник Института питания газете «Известия». |
XXL Постоянный участник |
|
Bear Постоянный участник Москва |
(XXL @ 04.08.2017 11:10) Шутки контаминации или едим человечину? Вспрминается тупая американская комедия "большая жратва". |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
(XXL @ 04.08.2017 11:10) Шутки контаминации или едим человечину? Кто-то обидился на работодателя и эээ... наследил в чан с сырьем для колбасы, вероятно. |
Bear Постоянный участник Москва |
(sceptique @ 04.08.2017 11:17) Он должен был делать это регулярно, так как чаны для фарша огромные. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
|
Bear Постоянный участник Москва |
(sceptique @ 04.08.2017 11:21) Интересно посмотреть чувствительность метода, которым выявили ДНК, а потом пересчитать на количество слюны, например. |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
|
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Bear @ 04.08.2017 11:19) Шимпанзе пьяная туда упала! Если раздуют тему, по мозгам получит в первую очередь производитель этих "очень чувствительных" тест-систем. А я с удовольствием буду наблюдать за этим. |
Bear Постоянный участник Москва |
(-Ъ- @ 04.08.2017 11:36) Шимпанзе пьяная туда упала! Если раздуют тему, по мозгам получит в первую очередь производитель этих "очень чувствительных" тест-систем. А я с удовольствием буду наблюдать за этим. Чую, что они ваши конкуренты |
-Ъ- Постоянный участник Москва |
(Bear @ 04.08.2017 11:38) Я такого типа киты и не произвожу. Но потенциально есть, разработки ждут своего часа. Меня в свое время поразило как же мы (нк последовательности) гомологичны с нашими братьями меньшими, имею ввиду шимпанзе. Просто жуть! |
sceptique Постоянный участник временной жизни |
В любом случае хорошо что след нашли. |
Bear Постоянный участник Москва |
(sceptique @ 04.08.2017 11:34) Но слюна с соплями должна светиться! |
Bear Постоянный участник Москва |
|
Bear Постоянный участник Москва |
|
sceptique Постоянный участник временной жизни |
(Bear @ 04.08.2017 12:05) Нет. Если чан литров на 100 или больше, то минимум одной копии геномки может не попасть в кусок колбасы, взятый на определение. Упрощенный эксперимент - это 100 л воды. Плюньте в бочку, потом подождите денек, возьмите миллилитр воды и попытайтесь определить там человеческую ДНК. Я почти уверен, что не найдете. |
Yuri K IP-штамп: fr2aRBmdFhVMU гость |
(Liora @ 31.01.2017 12:53) Все стадии работы разделены, в разных комнатах и даже этажах. Днк добавляю в биологической "клетке", простите не знаю как по русски называется, с вытяжкой, после очистки и уф. Сегодня помимо всего одела маску Не надо добавлять ДНК в боксе, это нужно делать на своем обычном лабораторном столе. В изоляции (бокс или отдельная "чистая" комната) надо хранить чистые пипетки, чистые носики к ним, чистые штативы, чистые пробирки, а т ж чистые реагенты, включая воду, и смешивать их перед работой. Там же раскапываете их в плашку, добавляете (-) контроли, и переносите плашку на стол, где добавляете (+) контроли и анализируемые образцы. Если у вас есть потребность открыть плашку после ПЦР (напр для ЭФ), вы должны это делать в каком-то 3м месте, которое имеет статус "самого грязного". Таким образом, у вас должно быть 2-3 степени чистоты, и движение плашки всегда происходит только от чистого к грязному. Маску носить утомительно. Если реально опасаетесь забрызгать слюной, работайте за экранчиком, как с радиоактивностью. Но это поможет вам скорее морально, чем физически. Гугль мне подсказывает. что 1 комар выпивает в среднем 3 uL крови. Из этого объема можно выделить 100-150 ng человеческой (или лошадиной, whatever) ДНК, так что, при разведении, скажем, до 5 ng/uL, при которой на контаминацию своей ДНК можно плевать с высокой горки, вам должно хватать на 10-15 ПЦР-ок. |
Yuri K IP-штамп: fr2aRBmdFhVMU гость |
(Liora @ 15.02.2017 15:25) Подкиньте идейку, плиз, нужен генетический маркер на определение человеческой (только человеческой, ну можно приматной) крови (только крови, чтоб не клеток или слюны). Чтоб анализ на ДНК проводить. Скорее всего нет такого, но может я ошибаюсь. Очень на это надеюсь ДНК в слюне и в крови одна и та же. То есть абсолютно. |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |