Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* PAAG электрофорез нативных белков -- comments to a permanent page of the site --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Тема связана с: PAAG в неденатурирующих условиях
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! Forum robot
Постоянный участник
на сервере в Москве



 прочитанное сообщение 13.05.2005 13:17     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

ПААГ электрофорез белков в неденатурирующих условиях. Сдвиг заряда белков за счет низкой концентрации SDS позволяет сократить время электрофореза и значительно улучшить картинку при блоттинге.
Гость
IP-штамп: fra6xdMWXgbHc
гость



 прочитанное сообщение 13.05.2005 13:17     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Какой же это форез нативных белков, если есть SDS?
Участник оффлайн! А
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 14.05.2005 12:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Ак, в многих методиках присутствует, кажись и в методах на этом сайте есть, только концентрации ДСН не те, что в денатурирующем
Участник оффлайн! Tecan
Участник



 прочитанное сообщение 16.05.2005 08:56     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

В принципе при малой концентрации додецилсульфата можно получить даже полосы димеров.
Участник оффлайн! Shusha

СПб - Magdeburg



 прочитанное сообщение 17.05.2005 11:35     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

А нету ли какого-нибудь варианта нативного препаративного фореза?
Гость
IP-штамп: frDQwa9k7riYg
гость



 прочитанное сообщение 12.07.2005 11:47     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Вообще-то рН буферов нужно подбирать каждый раз для каждого белка индивидуально. Лично я гоню гели без капли SDS, а буфер для нанесения представляет собой просто подкрашенный бромфеноловым синим р-р глицерина. Но данная методика была предварительно обкатана на моём образце другими товарищами. Так что ищите и обрящите.
Участник оффлайн! Elshad




 прочитанное сообщение 22.01.2006 15:44     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

Мне очень нужно программы DenStar и SigmaGel
Участник оффлайн! Werta
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 22.01.2006 20:14     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Если есть SDS то это вам соыершенно не нативный эликтрофорез.
А как было правильно замечено выше - надо гнать разные белки при разном pH
Участник оффлайн! Samuray

Suomi



 прочитанное сообщение 23.01.2006 23:56     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Сдается мне, что такой форез со следывыми количествами SDS может быть очень полезен при работе с тотальными лизатами и последующим вестерном.

Я как-то пытался определить димеризуется или олигомеризуестя мой рецептор при активации ростовым фактором, приходилось как раз использовать тотальные лизаты и нативный форез. Картинка была страшная, и выходило, что мой рецептор в клетках тетрамеризовался. При добавлении в гель следовых количеств саркозила окрашивание антителами показало присутствие только димера. Позже мы показали что это действительно так - обычный димер. Думаю, что и мизерные кол-ва SDS будут также работать. Хотя нкто не даст грантии, что если есть димер то нет более высокой олигомеризации....
Участник оффлайн! antiximik
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 15.04.2006 16:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

Очень интересная методика... особенно если учесть, что использовали и ДДС, и меркаптоэтанол...
Лично я подбирал условия для нативного фореза (концентрация "геля", сила тока, рН буфера для разделяющего геля и рН электродного буфера), причем НИГДЕ не присутствовали даже следовые количества ДДС, а пробы подготавливали простым смешением анализируемого раствора с бромфеноловым синим с добавлением глицерина. При этом удавалось "пронаблюдать" наличие тетрамеров, додекамеров, икосамеров... :)

З.Ы. К минусам стоит отнести то, что "загружать" белка приходится больше, чем для "обычного" денатурирующего фореза... Дерзайте...
Участник оффлайн! Kas

London,UK



 прочитанное сообщение 26.06.2006 11:03     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование

Скажите, при постановке нативного фореза при каком рН нужно гнать АТ, очищенные на DEAE?
Участник оффлайн! Kas

London,UK



 прочитанное сообщение 26.06.2006 11:05     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

Имеется в виду рН буфера, конечно! Заранее спасибо!!!
ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 26.06.2006 17:36     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

А это зависит от того куда вы гнать их хотите от плюса к минусу или от минуса к плюсу и нужно ли вам концентрирование или вполне достаточно дифузной зоны. К тому же это еще зависит от рI антител она у них тоже разная бывает.
Участник оффлайн! real-sugar




 прочитанное сообщение Сообщение на английском  01.12.2006 15:24     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование

Ja etim kak raz vchera zanimalsja
Гость
IP-штамп: frtbMasbqESIo
гость



 прочитанное сообщение 13.02.2007 13:25     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #15 множественное цитирование

Скажите, при каких условиях фореза можно выделить чистый гемагглютинин вируса гриппа, окрашивать белок или нет?
Гость
IP-штамп: frHWt7eplAB5c
гость



 прочитанное сообщение 22.02.2007 06:52     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #16 множественное цитирование

как готовить образцы белков из растительного мотериала и как нанести их в гель? я не понимю процесс выравнеивания концентраций. и вообще у меня элетрофорез не получается!!!
Участник оффлайн! Krosha
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 27.03.2007 10:12     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #17 множественное цитирование

про гемагглютинин могу подсказать, если конечно еще интересует
Guest
IP-штамп: frtbMasbqESIo
гость



 прочитанное сообщение 29.03.2007 14:30     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #18 множественное цитирование

каким методом лучше выделить ГА в чистом виде (форез)? Белок нужен для получения моноспецифической сыворотки (объём выделенного белка тоже важен).
Участник оффлайн! Krosha
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 04.04.2007 14:35     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #19 множественное цитирование

Ух, это Вам надо в НИИ Гриппа ..
Возможно, дадут подробную методику.
1. Вырастить вирус в курином эмбрионе или на культуре клеток
2. Инактивировать формальдегидом
3. Детергент Триметил-Цетил-Аммониум Бромид (TCAD) позволяет выделять гемагглютинин и нейраминидазу в самостоятельные субъединицы.
4. Поверхностные белки выделяются с помощью очередного ультрацентрифугирования. Белки очищаются от детергента и внутренних составляющих вирусной частицы при помощи диализа.

Активность выделенного белка зависит от штамма. Некоторые вообще не растут на яйцах, а только на клетках и тд. Там нюансов много. Идентифицировать ГА Вы можете в реакции торможения гемагглютинации (РТГА)
А чью сыворотку Вы собираетесь получать, если не секрет? Протокол иммунизации у Вас есть? Метод РТГА умеете ставить? Условия, чтоб с живым вирусом работать?
SASh
IP-штамп: frDQwa9k7riYg
гость



 прочитанное сообщение 12.04.2007 12:54     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #20 множественное цитирование

А подскажите пожалуйста поподробней, как именно с помощью TCAD выделять гемагглютинин и нейраминидазу в самостоятельные субъединицы? есть ли прописи, методики, где можно прочитать?
Участник оффлайн! Krosha
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 13.04.2007 15:32     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #21 множественное цитирование

К сожалению, я этим не занимаюсь. Не знаю. Могу только предполагать, где Вам могут помочь. Это НИИ Гриппа, у них есть сайт, обратитесь для начала туда.
В УФЕ этим занимается Микроген. Но будут ли они кому помогать - вопрос.
Участник оффлайн! Krosha
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 13.04.2007 15:33     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  ICQ
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #22 множественное цитирование

А Вы откуда ? И чем занимаетесь, если не секрет.
Пишите мне в личку.
Гость
IP-штамп: frWKf2AKRVu2Q
гость



 прочитанное сообщение 26.04.2007 03:42     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #23 множественное цитирование

Ооочень прошу подсказать методику количественного извлечения нативного белка из нативного акриламида.Концентрация белка в полосе очень хилая. Yuri/26.04.2007 11:40/
guest: ммм
IP-штамп: fr.ReEIhc9B8A
гость



 прочитанное сообщение 16.06.2007 10:46     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #24 множественное цитирование

--Ооочень прошу подсказать методику количественного извлечения нативного белка из нативного акриламида.Концентрация белка в полосе очень хилая. Yuri/26.04.2007 11:40/

Дык! это! Пихаете куски геля с вырезанной зоны в диализный пакетик и подвергаете электрофорезу в трис глициновом или трис боратном буфере. Потом извлекаете раствор из мешочка и концентрируете на микроконе или центриконе от милипора.

Это один из вариантов.
Участник оффлайн! avor
moderator



 прочитанное сообщение 16.06.2007 11:25     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #25 множественное цитирование

Антихимик! Ваша просьба отдельным топом помещена в форуме СОФТ. Здесь она совсем не в тему. lol.gif wall.gif
Участник оффлайн! Tivan




 прочитанное сообщение 31.03.2011 18:54     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #26 множественное цитирование

Помогите, пожалуйста, как провести нативный форез смеси IgG IgM IgA. Пробовала в 4% нативном ПААг - смесь не входит в гель. Хочу попробовать агарозный гель. Подскажите, какой нужно использовать буфер для фореза?
Участник оффлайн! Tom1
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 31.03.2011 21:37     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #27 множественное цитирование

(Tivan @ 31.03.2011 08:54)
Ссылка на исходное сообщение  Помогите, пожалуйста, как провести нативный форез смеси ИгГ ИгМ ИгА. Пробовала в 4% нативном ПААг - смесь не входит в гель. Хочу попробовать агарозный гель. Подскажите, какой нужно использовать буфер для фореза?

2-D native-PAGE/SDS-PAGE visualization of
an oligomer’s subunits: Application to the
analysis of IgG
Leticia Gonzalez et. at.
Electrophoresis 2006, 27, 2016–2023
© 2006
2.2.1 First-dimensional native PAGE
IgG oligomers in sample buffer (60 mM potassium hydroxide,
63 mM glacial acetic acid, 25% v/v glycerol,
pH 4) were electrophoresed in a 1 mm thick first-dimensional
discontinuous native polyacrylamide slab gel
(4% T, 2.1% CBIS stacking gel, pH 4; 6% T, 2.1% CBIS
running gel) under acidic conditions (pH 4) according to
Reisfeld et al. [3] in a BioRad Mini-Protean II cell. The
aqueous anode buffer contained potassium hydroxide
(48.5 mM) and glacial acetic acid (4.3% v/v). The aqueous
cathode buffer contained b-alanine (350 mM) and glacial
acetic acid (0.8% v/v). Proteins were electrophoresed at
constant voltage (200 V) until the tracking dye (dimethyl
green) reached the bottom of the gel.
2.2.2 Staining of native polyacrylamide gels
Separated proteins were visualized by staining polyacrylamide
gels by either the native fast silver method of
Shevchenko et al. [4], the permanganate silver stain
tion for 26 h at room temperature in the dark, and then
visualizing using a Chromato-Vac Transilluminator Model
TM 10 with a wavelength of 302 nm. Table 1 provides a
summary of the fixing and staining protocols.



извиняюсь что стайку не привожу полностью.
Модеры не дают пдф файл прикреплять гы-гы)))
Участник оффлайн! plotter
Постоянный участник
Стыдно признаваться о том, где живу...



 прочитанное сообщение 01.04.2011 12:47     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #28 множественное цитирование

извиняюсь что стайку не привожу полностью.

Лучше так. Статейка через две недели того. А в такой форме будет долго лежать.
Guest
IP-штамп: frNgDO7rvIshI
гость



 прочитанное сообщение 08.04.2011 12:33     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #29 множественное цитирование

нативный форез по мне это так себе метод, лучше уж на калиброваной колонке гель-фильтрации все делать, если уж нужно чтобы белок не денатурировал. кстати и препаративность присутствует)
Guest
IP-штамп: frNgDO7rvIshI
гость



 прочитанное сообщение 08.04.2011 12:35     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #30 множественное цитирование

малые кол-ва ддс между прочим все равно меняют конформацию белка. Пусть это не полная денатурация, но св-ва все равно меняются
Участник оффлайн! Aleg




 прочитанное сообщение 26.04.2011 19:06     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #31 множественное цитирование

Никому не приходилось гонять лизоцим форезом без сдс? Я попытался, взяв стандартную методику SDS PAAG, но все растворы готовил без SDS и DTT, вместо бромфенолового синего взял метиловый зеленый и при гнал с обратной полярностью ( к минусу). Дак у меня в разделяющем геле краситель исчез wall.gif а при проявке в кумасе оказалось что у меня белок вообще в разделяющий не пошел.
Белочек то щелочной, может дело в рН буферов?
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 26.04.2011 19:50     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #32 множественное цитирование

--может дело в рН буферов?

Однозначно, кто ж щелочные белки в щелочных буферах, гоняет обратная полярность здесь не поможет.
Участник оффлайн! ERiNaCeUS
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 27.04.2011 13:52     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #33 множественное цитирование

Кислый буфер надо, например бета-аланин-ацетатный (80mM Beta-alanine + 40 mM Acetic acid = pH 4.4), еще вариант - 10mM Histidine + 30mM MES = pH 5.4. Разумеется в обратную сторону. Только ТЕМЕDа надо раз в пять больше - полимеризация идет хуже при низком рН
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 27.04.2011 15:07     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #34 множественное цитирование

-- ТЕМЕDа надо раз в пять больше - полимеризация идет хуже при низком рН

Лучше рибофлавин и свет, если есть возможность. Много темеда портит картинку в геле.
Участник оффлайн! Aleg




 прочитанное сообщение 27.04.2011 15:46     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #35 множественное цитирование

Спасиб, буду пробовать.
Участник оффлайн! ERiNaCeUS
Участник
Москва



 прочитанное сообщение 28.04.2011 17:40     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #36 множественное цитирование

буфер для нанесения тоже кислый надо
Участник оффлайн! Daemonarchestratygos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 29.04.2011 23:43     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #37 множественное цитирование

(guest: ммм @ 27.04.2011 13:07)
Ссылка на исходное сообщение  -- ТЕМЕDа надо раз в пять больше - полимеризация идет хуже при низком рН

Лучше рибофлавин и свет, если есть возможность. Много темеда портит картинку в геле.


Во-во, к тому же 1% витамин В2 в любой аптеке продаётся и стоит копейки. yes.gif

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 22.02.19 22:44
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft