molbiol.ru -> компьютер для моделирования структуры и динамики белка

> Все форумы > Тематические форумы > Биофизика и матметоды в биологии

Zbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ

Правила FAQ* Поиск* Участники* Календарь* Избранные темы* Форум Форумов*

Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ]

Форум:

* компьютер для моделирования структуры и динамики белка -- CUDA и EVGA GTX 580 --
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.

KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED

10.05.2018 11:49

URL #1

Недавно я общался с коллегами про копьютер для моделирования структуры и динамики белка, а так же докинга низкомолекулярных соединений (AutoDoc). Так вот, чтобы выполнять рассчеты на языке CUDA на GROMACS 4.5 и выше, и выполнять их эффективно, потребуется не видеокарта к компьютеру, а компьютер к видеокарте.

Для вычеслений необходимо, чтобы видеокарта обладала широкой шиной данных ( от 380 бит и больше), большим количеством шейдеров (от 512), высокой тактовой частотой памяти и ядра, большим объемом памяти с высокой частотой, но меньшим, чем для графики. Геймерские карты не подходят - у них 128 битные шины, это слишком узко. А у предназначенных для дизайна и графики - много памяти, но слабая вычислительная мощность. Видеокарты такого типа должны хорошо справляться с рассчетами преобразований Фурье, целочисленными операциями и вычислениями с плавающей запятой. Этим требованиям удовлетворяет EVGA GTX 580 (40nm) , архитектура Ферми или Коперник. Данный агрегат потребляет мощность в 600 Вт и требует установки дополнительного блока питания только для видеокарты, а так же надежной системы охлаждения, возможно водяной.

Работать она будет хорошо в архитектуре Intel Потребуется процессор Core i7, материнская плата Gigabyte, 8-16 Гб ОЗУ с частотой 2400 Мгц, блок питания для компьютера от 650 Вт, жесткий диск или SSD, дисковод и переферия - по усмотрению. ОС Linux Debian 9.4 x64.

Такая видеокарта, б.у. на eBay стоит вот столько - EVGA GTX 580 (590 USD - 740 USD - разные модификации новых карт с сайта производителя)

А вот ее модификации, с водяным охлаждением и увеличенным объемом памяти - https://3dnews.ru/610882

Тесты в GROMACS: http://www.gromacs.org/Downloads/Installat...s?highlight=gpu

Картинка

Как видим по тестам она превосходит более дорогую и новую Tesla, что связано с шириной шины, и уж подавно - вычисления на ЦП. Жалко, что GROMACS не поддерживает параллельные вычисления на двух видеокартах, или я ошибаюсь?

Цена такого проекта от 1500 USD до 2000 USD, это не дешево, но толька такая система способна тягаться с кластером и выдавать от 160 до 170 наносекунд динамики в GROMACS за 24 часа работы.

Экономически по цене и потребляемой электроэнергии это выгоднее, чем кластер из б.у. копьютеров.

Можно ли заниматься по тому же механизму докингом? Что для этого нужно? Какие еще программы можно выполнять в такой системе?

У кого какие мнения или советы по данной конфигурации и ПО?

Сообщение было отредактировано KCN - 11.05.2018 10:30

KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED

11.05.2018 10:29

URL #2

Что касается наносекунд за 24 часа, то в рассмотренном примере 160 наносекунд были получены для белка с 2489 атомами в воде, общее количество атомов в системе 23569. В более простых задачах можно получить и 900 наносекунд за 24 часа.

А теперь что касается рассчетов на ЦП и объема оперативной памяти. Для физических расчетов использовали многоядерные процессоры и ОЗУ с большой частотой объемом 64 Гб. Оказалось, что не столько количество ядер, сколько частота ядер и памяти а так же ее объем оказались главным фактором, определяющим производительность системы. Т.е. вся задача должна быть в ОЗУ. На производительность влияют в таком порядке следующие факторы :

1. Maximum clock frequency
2. Maximum memory bandwidth/core
3. number of cores

Т.е. количество ядер конечно влияет, но не на первом месте.

Детальнее об этом по ссылке
https://www.comsol.ru/forum/thread/127801/c...9T06%3A31%3A02Z

В принципе, в данных задачах использовался объем ОЗУ 10 Гб из 64 Гб. Исходя из этого лучше брать многоядерный Xeon чем Core i7. Это так же подтверждается тестом на GROMACS. http://www.gromacs.org/@api/deki/files/146...R_benchmark.png

Сообщение было отредактировано KCN - 14.05.2018 14:47

KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED

14.05.2018 10:01

URL #3

Подобрал такие конфигурации.
1. Масштабируемый мощный вариант.
Процессор - Intel Xeon E5-2630v2 x 1шт.
Материнская плата - Intel S2600CP
Охлаждение - Охлаждение - Башенное Performa + 3 корпусных вентилятора 120 мм
Оперативная память - 32Gb DDR3 ECC
Сеть - 2*1 Gbe LAN port
Управление - IPMI
Видеокарта - встроенная (возможно установить любую)
Жесткий диск - 1*2Tb
Блок питания - 1200W
Корпус - Vinga Titan
950 - 1000 USD без EVGA GTX 580
Память можно поставить максимум 1600 Gb, выше нет смысла процессор не понимает. Еще можно установить 1 дополнительный многоядерный многопоточный процессор Intel Xeon E5-2630v2 и дополнительные жесткие диски. Итого 1600 USD с EVGA GTX 580. Корпус компьютера позволяет организовать хорошее охлаждение и процессора и видеокарты.

2. Бюджетный вариант.
Socket 1151
1. Процессор Intel Core i3-7100 (BX80677I37100)
2. Мат плата Gigabyte GA-B250M-D3H
3. оперативная память TEAM 8 GB DDR4 2400 MHz (TPRD48G2400HC1601)
или Kingston DDR4-3000 8192MB PC4-24000 HyperX Predator Black (HX430C15PB3/8)
4. SSD/HDD Western Digital Red 1TB 5400rpm 64MB WD10EFRX 3.5 SATA III или
Kingston SSDNow A400 120 GB (SA400S37/120G)
5. БП Raidmax Cobra 1200W (RX-1200AE-B)
6. Корпус Vinga Titan или Zalman Z3 Black
7 кулер под процессор Deepcool Iceedge Mini FS V2.0 и еще несколько корпусных вентилятора 120 мм
Итого 480 USD без EVGA GTX 580, или 1100 USD с EVGA GTX 580.

У кого какие предложения, замечания , пожелания?

Сообщение было отредактировано KCN - 14.05.2018 12:10

KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED

14.05.2018 11:18

URL #4

Кстати, вот сравнение видеокарт, где Radeon RX Vega 64 демонстирует лучшие характеристики по сравнению с EVGA GTX 580. (шина 2048 бит и 4096 унифицированных шейдерных блока).

https://www.overclockers.ua/video/gpu/compa...80-353-280-370/

sceptique
Постоянный участник
временной жизни

13.07.2018 15:43

URL #5

Пан русофоб, Вы какой белок то собрались моделировать? Может лучше Вам с желтков начать, или с бЕлок? Зачем вам там белОк моделировать? У вас там все равно ничего своего нет, кроме ворованных констрактов с полимеразами.

KCN
Постоянный участник
Київ. Україна понад усе! / DELETED

15.07.2018 07:45

URL #6

Не поверишь, пан русофил, но это белок из свинного САЛА. И он намертво заклеивает анальные отверстия интернет-троллям, особенно ТОЛСТЫМ и унылым

guest: 123
IP-штамп: frJhOCvSv9ICE
гость

31.05.2022 09:15

URL #7

SINCE LAUNCHING AMB CASINO HIS INVASION OF UKRAINE, RUSSIA'S FC SLOT PRESIDENT VLADIMIR PUTIN 88KTC HAS FACED AN UNPRECEDENTED 11HILO GLOBAL RESPONSE, FROM CULTURAL BOYCOTTS TO 123GOAL COUNTRIES RADICALLY 123VEGA TRANSFORMING THEIR ALLBET FOREIGN POLICIES. BUT THE สูตรสล็อต LONGER THE CONFLICT CANDY BURST GOES ON, THE MORE SIGNS THERE ปั่นสล็อต ARE OF DIVISIONS.

guest: 123
IP-штамп: fr4iy3.kHUw02
гость

06.06.2022 12:40

URL #8

South Korea 123VEGA and the US launched WAZDAN eight missiles WM CASINO on Monday, in AFFILIATE response to a ลิงค์รับทรัพย์ volley of ballistic missiles fired by North Korea the 123GOAL previous day. It comes 88KTC as Pyongyang continues FC SLOT to escalate its AMB CASINO missile tests. South 11HILO Korea's president Yoon Suk-yeol.

Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.

Имя:

Отправка сообщений использует JavaScript операции. В вашем броузере не
установлено/отключено выполнение JavaScript программ. Используйте Netscape Navigator
или Internet Explorer (не ранее 3 версии); убедитесь, что выполнение JavaScript
программ разрешено в настройках вашего броузера.