Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Zbio-wiki NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ Темы за 24 часа [ Вход* | Регистрация* ] Форум: | |
Neimrut |
Я сам клеточный биолог, среди коллег биохимики и молекулярщики, владеющие методами ВЭЖХ и электрофореза, знакомые с биоинформатикой, но непосредственно на MALDI масс-спектрометрах никто не учился работать. Представители Bruker пока не демонстрируют готовности оказать всестороннюю консультативную поддержку (надеюсь, я окажусь неправ, и мы скоро ее получим, но пока не похоже). Не мог бы кто-то проконсультировать нас по этой теме? Можно ли с помощью MALDI TOF решать задачи качественной идентификации белка в пробе, на основе MASCOT-анализа или как-то еще? Насколько многокомпонентной может быть проба? Можно ли гель-фри (как подсказал мне уважаемый МММ в другой теме, но, возможно, имея в виду TOF/TOF), если, скажем, форез показывает, что в пробе менее 10 фракций разной мол.массы? Нужна ли ВЭЖХ? Насколько я понимаю суть MALDI масс-спектроскопии - нет, но может быть в каких-то случаях она желательна? Какие есть нюансы пробоподготовки, на которые следует обратить внимание? Спасибо! Буду признателен за любую помощь. Сообщение было отредактировано Neimrut - 18.12.2019 02:24 |
distemper Постоянный участник |
|
metrim Постоянный участник Москва |
Ну всегда чем чище - тем лучше, но в первом приближении - необязательна Если вам нужно секвенровать какой то неизвестный белок деново - разумеется он должен быть один в образце, после двухмерного фореза и т.д. Проверку же того что из известного генома что то экспрессируется или подтверждение, что "данная полоска на форезе ТО" , вполне можно из каши - просто трипсинолизом. Разумеется из геля - лучше чистить. =Какие есть нюансы пробоподготовки, на которые следует обратить внимание? Не экономить на перчатках, свежий масспектрометрический (а не из советской банки) трипсин и т.д. |
Neimrut |
Да, задача - определять белки из полностью аннотированных геномов, человека и лабораторных животных. Не мог бы кто-то бросить сюда статью или методичку с базовым протоколом для такой задачи, который считает предпочтительным? Особенно интересует варианты без ВЭЖХ. (metrim @ 18.12.2019 10:24) Проверку же того что из известного генома что то экспрессируется или подтверждение, что "данная полоска на форезе ТО" , вполне можно из каши - просто трипсинолизом. Разумеется из геля - лучше чистить. Не совсем понял про "чистить из геля". Извините, коллеги-биохимики на форуме не зарегистрированы, может выйти испорченный телефон, поэтому, пожалуйста, поясните более развернуто, чтобы я наверняка понял. Вроде бы в геле уже разделение же есть, почему из него лучше чистить, а из каши - нет? И как чистить после геля? ВЭЖК? Или речь вообще о другом? Для трипсинолиза просто вырезать отдельные пятна из геля? |
Neimrut |
(distemper @ 18.12.2019 06:12) по моим соображениям, без двумерного геля MALDI TOF не справится с вашей задачей, у вас просто спектры искаться по маскоту не будут, если вы говорите что в пробе пусть даже менее 10 белков. если на пальцах- порежте два-три белка в любой онлайн-програмке трипсином и масс-листы всех трех одновременно закинте в поиск маскотовский, если белки и найдутся, то скоры их будут печальные и непубликабельные у вас прекрасный прибор, поставьте кухню с двумерным форезом и будет вам Щастье Очень приятно слышать! Так, Вас уже не буду просить разжевать про скоры и т.д., просто зачитаю коллегам, они, наверное, поймут. |
Neimrut |
|
Vadim Sharov Постоянный участник Россия |
Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд. |
Neimrut |
(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40) Говорят, что Ваш прибор был закуплен в 2012 году. Действующего договора о тех поддержке у Вас пока нет. Посмотрите личное сообщение, я скину адрес. Договаривайтесь. Специалисты опытные. По школам смотрите Конференции Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд. Да, это так. После 2012 года прошло два последовательных слияния и Нижегородский НИИ детской гастроэнтерологии сейчас часть структуры Приволжского исследовательского медицинского университета. Большое спасибо. И спасибо за предупреждение о столь странной опасности. |
Acer-X Участник |
(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40) Говорят, что Ваш прибор был закуплен в 2012 году. Действующего договора о тех поддержке у Вас пока нет. Посмотрите личное сообщение, я скину адрес. Договаривайтесь. Специалисты опытные. По школам смотрите Конференции Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд. вадик у вас мания преследования |
Acer-X Участник |
(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40) Говорят, что Ваш прибор был закуплен в 2012 году. Действующего договора о тех поддержке у Вас пока нет. Посмотрите личное сообщение, я скину адрес. Договаривайтесь. Специалисты опытные. По школам смотрите Конференции Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд. Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд. вадик успокойся я на пенсии делать мне нехер на molbiol дурью маятся |
Acer-X Участник |
(Vadim Sharov @ 24.12.2019 15:40) Говорят, что Ваш прибор был закуплен в 2012 году. Действующего договора о тех поддержке у Вас пока нет. Посмотрите личное сообщение, я скину адрес. Договаривайтесь. Специалисты опытные. По школам смотрите Конференции Запросите права кураторстве, иначе банный лист из Йены заполонит тему спертыми цитатами из "Духа Физтеха" Михаила Ефимовича Левинштейна. Кураторство позволяет удалять флуд. |
Acer-X Участник |
(Acer-X @ 26.12.2019 22:41) Говорил, ломая руки, краснобай и баламут Про бессилие науки перед тайною Бермуд. Все мозги разбил на части, все извилины заплел, И канатчиковы власти колят нам второй укол. |
Acer-X Участник |
(Acer-X @ 26.12.2019 22:41) Цитата от Вадима Шарова немцы поняли что только в России умеют делать " нефть из опилок" |
Acer-X Участник |
(Acer-X @ 26.12.2019 22:41) |
Neimrut |
(Acer-X @ 26.12.2019 22:30) А чем вы тут занимаетесь? С Наступающим! |
MMM Постоянный участник |
Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. |
Мытарь Участник |
(MMM @ 22.01.2020 14:44) С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков. Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета |
Мытарь Участник |
(MMM @ 22.01.2020 14:44) С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков. Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. |
Мытарь Участник |
(MMM @ 22.01.2020 14:44) С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков. Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. у мммыча отмазка яхта утонула |
Мытарь Участник |
(MMM @ 22.01.2020 14:44) С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков. Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. |
Мытарь Участник |
(MMM @ 22.01.2020 14:44) С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков. Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. |
Мытарь Участник |
(MMM @ 22.01.2020 14:44) С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков. Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. |
Мытарь Участник |
(MMM @ 22.01.2020 14:44) С наступившими и прошедшими праздниками. Я к сожалению нахожусь в далёких морях без интернета. И совершенно случайно им обзавелся на очень короткое время. Гель фри MALDI заменяет двумерный форез на двумерную ВЭЖХ. Только, если при двумерном форезе мы трипсинолиз делаем после фореза, то в гель фри трипсинтся тотальная проба, а потом делается двумерная ВЭЖХ. Гель фри - это очень большая нагрузка на MALDI. Потому что у вас получается сотни или даже тысячи пятен, которые надо поднять в анализе. И по итогу идентифицируются сотни и тысячи белков. Что касается протоколов, то они есть в статьях и методиках многих фирм. Там все не так уж и сложно. Единственно если использовать двумерку и MALDI, то белка в пятне должно быть не мало. |
vak Постоянный участник Мюнхен |
(Neimrut @ 18.12.2019 00:22) 3 года (но очень давно) работал на связку HPLC + MALDI (TOF, TOF/TOF). за это время своими руками собрал им "домашний" вычислительный кластер и написал софт под него (калибровка, шумоподавление, base-line estimation and extraction, экстракция сигнала, multivariate analysis) -- всё это под peptidomics задачи. Если могу чем-то помочь, стучитесь в личку. Сообщение было отредактировано vak - 28.01.2020 16:16 |
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема » |