Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* ДТТ и цистеин -- выпадает белок --
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! YPD
Участник



 прочитанное сообщение 07.06.2010 15:30     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование

ПОдскажите, почему у меня белок в буфере с ДТТ выпадает в осадок, а без ДТТ - нет. При этом с структуре 8 цистеинов и ни одной SS связи.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Atropos
Guest
IP-штамп: fr9wQhdAvy73Q
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2010 16:51     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

что исчо в буфере??????
Участник оффлайн! YPD
Участник



 прочитанное сообщение 07.06.2010 18:09     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

в Трисе тоже самое и в фосфатном буфере
guest: ммм
IP-штамп: frwHRv5zEzGDY
гость



 прочитанное сообщение 07.06.2010 19:44     Сообщение для модератора       
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

--с ДТТ выпадает в осадок, а без ДТТ - нет. При этом с структуре 8 цистеинов и ни одной SS связи.

Противоречие. Откуда вы знаете что связей нет?!
Участник оффлайн! YPD
Участник



 прочитанное сообщение 07.06.2010 20:08     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

в pdb не прописано, там расстояние слишком большое, но в потенциале думаю возможно, поскольку у гомологов есть SS связи, а у некоторых они модифицированы на селеноцистеин...
Участник оффлайн! Daemonarchestratygos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 08.06.2010 16:42     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Белок состоит из одной цепи и хорошо очищен?
Участник оффлайн! YPD
Участник



 прочитанное сообщение 08.06.2010 18:37     Сообщение для модератора         Личное письмо
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

да, из одной, но склонный образовывать комплексы, в процессе очистки и при концентрировании начинает агрегировать.

Во всех буферах высокая соль и глицерина добавляю, не очень помогает.
Мне перед гель-фильтрацией надо сконцентрировать - а он выпадает. Рефолдинг не получается (цистеины наверняка дают о себе знать).
Участник оффлайн! Fritz
Постоянный участник
Москва



 прочитанное сообщение 08.06.2010 20:18     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #8 множественное цитирование

Просто проверить,если дисульфиды важны для растворимости,то наиболее полно и необратимо их можно разрушить при помощи TCEP,если и после этого с течением времени осадок выпадет, значит надо пуститься в пляс-поиграв с условиями рефолдинга, концентрациями GSH/GSSH и pH smile.gif
Участник оффлайн! papa Karlo
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 09.06.2010 01:38     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #9 множественное цитирование

Было бы странно если бы он не агреггировал.... это было бы что-то новое.

А как он у вас в нативных условиях ( ну там где он функционирует) не выпадает в осадок? что его удерживает? неужели все эти 8 цистеинов недоступны и сидят где-то глубоко внутри белковой глобулы в отдельных енергетических клетках?

Вообще проект малореалистичный... единственно что можно так это на всем процессе удерживать концентрацию на достаточно низком уровне в присутствии высокой концентрации постороннего белка..

все эти игры с условиями рефолдинга и с кислотно-щелочным балансом только время потеряете.

Ну уж если хочется поиграться ,то тогда точно не ДТТ, а просто меркаптоэтанол используйте.
Участник оффлайн! Neznika
Участник



 прочитанное сообщение 09.06.2010 17:01     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #10 множественное цитирование

У папы хороший вопрос про нативные условия. Трудно что-то сказать, если неизвестна функция белка. In vitro проблемой может быть и гидрофобика, например. Во всяком случае, глицерол не панацея. Попробуйте сравнить, как вариант, растворимость ваших образцов в настоящих условиях и при низкой соли <0.1 NaCl, повышенном рН ~8.5, низкой концентрации белка и, действительно, высоком 2-меркаптоэтанол >50mM. Еще лучше менять условия и смотреть образцы на ДСР детекторе. Там очень даже хорошо динамика агрегации видна. Вообще, много чего можно сделать, вопрос что доступно. Ну и такое соображение - для самого белка связей может и не быть, но он, как известно, может неспецифично образовывать их с другими белками, если ему условия создать. Подходящие.
Участник оффлайн! Atropos
Постоянный участник
abroad



 прочитанное сообщение 12.06.2010 19:39     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #11 множественное цитирование
Вопрос
Интересен более общий вопрос: для чего у белка может быть много свободных цистеинов?
Участник оффлайн! Daemonarchestratygos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.06.2010 16:10     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #12 множественное цитирование

(Atropos @ 12.06.2010 17:39)
Ссылка на исходное сообщение  Интересен более общий вопрос: для чего у белка может быть много свободных цистеинов?

Для того чтобы образовывать артефактные смешанные дисульфиды с кем попало в процессе выделения и очистки в аэробных условиях, разумеется.

Всего благодарностей: 1Поблагодарили (1): Atropos
Участник оффлайн! Daemonarchestratygos
Постоянный участник



 прочитанное сообщение 13.06.2010 16:15     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #13 множественное цитирование

Где белок в норме обитает? Цитозольный, резидент какого-то компартмента, секретируемый?
Участник оффлайн! Atropos
Постоянный участник
abroad



 прочитанное сообщение 25.07.2018 05:24     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #14 множественное цитирование
Обмен опытом
Интересуют цитозольные и внутрипероксисомные. В аэробных животных.

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 15.11.18 20:50
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft