Rambler's Top100
Лёгкая версия форума* Виртуальная клавиатура  English  
Molbiol.ru | О проекте | Справочник | Методы | Растворы | Расчёты | Литература | Орг.вопросы
Web | Фирмы | Coffee break | Картинки | Работы и услуги | Биржа труда | Междисциплинарный биологический онлайн-журналZbio-wiki

NG SEQUENCING · ЖИЗНЬ РАСТЕНИЙ · БИОХИМИЯ · ГОРОДСКИЕ КОМАРЫ · А.А.ЛЮБИЩЕВ · ЗООМУЗЕЙ


Темы за 24 часа  [ Вход* | Регистрация* ]  
   



Форум: 
 

Щёлкните, чтобы внести в Избранные Темы* Геологические события и молекулярные часы
ИнтерЛабСервис - передовые технологии молекулярной диагностики
Операции: Хочу стать куратором* · Подписаться на тему* · Отправить страницу по e-mail · Версия для печати*
Внешний вид:* Схема · [ Стандартный ] · +Перв.сообщ.


 
Добавить сообщение в темуСоздать новую темуСоздать голосование
Участник оффлайн! S. Natan




 прочитанное сообщение 09.04.2019 10:19     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #1 множественное цитирование
Вопрос
Всем добрый день,
имеется четыре вида позвоночных одного рода, последовательности по cytb представлены в генбанке.
Имеется идея (очевидно, совсем не новая) привязать последовательное видообразование к геологическим событиям (оледенения) и связанной с этим изоляцией/освобождением новых участков в процессе отступа ледника.
Каким образом определить самый ранний временной отрезок, с которой следует начинать подробное построение последовательности геологических изменений?

Заранее большое спасибо всем отозвавшимся.
user posted image
Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 09.04.2019 16:33     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #2 множественное цитирование

Вообще вопроса не понял. Вы хотите просто восстановить филогению и откалибровать мол.часы по геологическим событиям? Берёте BEAST, задаёте точки калибровки, считаете часы. Только учтите, что событий оледенения было несколько, поэтому не факт что дивергенция видов произошла именно при последнем. В целом же мол.часы это очень уж "писями виляно" - даты запросто могут в 10 раз отличаться.
Участник оффлайн! S. Natan




 прочитанное сообщение 09.04.2019 19:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #3 множественное цитирование

Большое спасибо, что откликнулись.
Идея идет от обратного. Мы понятия не имеем, какие именно геологические события отразились на филогении, да и была ли добрая половина из них тоже непонятно. Я надеялся, что, чем черт не шутит, для цитохрома есть некие универсальные часы (в худшем случае - есть корректировки для таксонов). В таком случае, зная временные метки образования вида, можно было бы трактовать, какое геологическое событие или их совокупность привело к установлению видового барьера.
Прошу прощения, если темно пишу.
Участник оффлайн! Goncharov
Участник
СПб



 прочитанное сообщение 10.04.2019 12:08     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #4 множественное цитирование

Вот, по-моему, аналогичную задачу решали вирусологи (статья в прикреплении)

Файл/ы:

скачать файл molekulyarnaya_evolyutsiya_virusa_zapadnogo_nila.pdf
размер: 1.11мб
кол-во скачиваний: 125


Участник оффлайн! dk
Постоянный участник
Россия



 прочитанное сообщение 10.04.2019 15:42     Сообщение для модератора         Фотография  Личное письмо  Отправить e-mail  Web-адрес
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #5 множественное цитирование

Теперь понятно что Вы хотите. Пример с вирусами немного "не пляшет", т.к. их эволюция идёт совсем по другому, и очень быстро. Для вирусов, как в представленной статье, есть возможность напрямую вычислить скорость нукл.замен. Для животных, да ещё и транслируемых локусов мтДНК, подобного материала пока нет. Поэтому у животных, обычно, делают "калибровку" по палеонтологическим данным. Да, есть некие "средние скорости" мол.часов. Например, для COI у ракообразных 0,8-1,4% per MYA. Но это очень уж "средняя средняя". Поищите по статьям о животных, коих Вы хотите смотреть и для интересующего Вас локуса - должны быть какие-то "средние скорости", наверное. Тогда просто считаете р-дистанции и переводите их в некое время. Или возьмите побольше последовательностей из того же GenBank'a и откалибруйте дерево сами. Только относитесь к этим "часам" очень скептически. Те же Nei&Kumar,2000 в своей книге большую часть раздела про мол.часы объясняют почему они не работают (а как бы должны). Для тех же раков, опять же, при восстановлении филогении получаются цифры расходящиеся раз в 6-8 (и это типа нормально). Так что если хочется поBEASTноваться - сколько угодно, есть даже туториалы пошаговые.

Сообщение было отредактировано dk - 10.04.2019 15:48
Участник оффлайн! S. Natan




 прочитанное сообщение 10.04.2019 16:11     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #6 множественное цитирование

Большое всем спасибо!
Участник оффлайн! watchesbiz
Постоянный участник



 прочитанное сообщение Сообщение на английском  11.11.2021 16:45     Сообщение для модератора         Личное письмо  Отправить e-mail
Цитировать Поместить сообщение в колонку новостей  URL #7 множественное цитирование

https://app.ex.co/stories/bestreplicawatche...-regime-for-you
https://rolexrelicawatches.hpage.com/replica-watches-uk.html
https://www.cgmimm.com/articles/hints-to-he...lica-watches-uk
https://www.deviantart.com/fakerolexwatches...es-UK-871090193
https://replicawatches24.exposure.co/best-r...eplicawatches24
https://knowyourmeme.com/users/replicawatchesuk
https://www.scoop.it/topic/bestreplicawatch...ica-rolex-watch
https://uberant.com/article/1268140-hints-o...ca-rolex-watch/
https://devpost.com/watcheshutuk
https://www.ted.com/profiles/26540630/about
https://drive.google.com/file/d/1uTx90WraSJ...iew?usp=sharing
https://ibb.co/hgfZwb0
https://writer.zohopublic.com/writer/publis...10192bd4c742ceb
https://replicawatches24.mystrikingly.com/b...ica-rolex-watch
https://my.desktopnexus.com/ReplicawatchesU...a-rolex--31049/
https://sway.office.com/Tqm7mC7s0VWLhKAl

*




Кнопка "Транслит" перекодирует
текст из транслита в кирилицу.
Правила перекодировки здесь;
текст в квадратных скобках'[]'
не преобразуется.
Имя:

 преобразовывать смайлики · показать смайлики
Назначение кнопок:

   Поблагодарить автора сообщения — поблагодарить автора
   Удалить сообщение — удалить
   Редактировать сообщение — редактировать
   Поместить сообщение в колонку новостей — поместить в колонку новостей
   Цитировать — цитировать сообщение
   не входит в цитирование/входит в цитирование — цитировать несколько
   Отметить СПАМ-сообщение — обозначить спам
   Сообщение для модератора — связь с модератором
   Участник онлайн!/Участник оффлайн! — автор онлайн/оффлайн
   Фотография — фотография автора

   - остальные обозначения -
 
   *
« Предыдущая тема · Молекулярная и клеточная биология · Следующая тема »
Быстрый ответДобавить сообщение в темуСоздать новую тему

Rambler   molbiol.ru - методы, информация и программы для молекулярных биологов              

 ·  Викимарт - все интернет-магазины в одном месте  ·  Доска объявлений Board.com.ua  · 
--- сервер арендован в компании Hetzner Online, Германия ---
--- администрирование сервера: Intervipnet ---

Хеликон · Диаэм · ИнтерЛабСервис · Beckman Coulter · SkyGen · ОПТЭК · BIOCAD · Евроген · Синтол · БиоЛайн · Sartorius · Химэксперт · СибЭнзим · Tecan · Даниес · НПП "ТРИС" · Биалекса · ФизЛабПрибор · Genotek · АТГ Сервис Ген · Биоген-Аналитика
Ваш форум  ·  redactor@molbiol.ru  ·  реклама  ·  Дата и время: 29.03.24 18:44
Bridged By IpbWiki: Integration Of Invision Power Board and MediaWiki © GlobalSoft