Не факт. Вообще такой вопрос нужно разработчикам наборов задавать. Смотря на какие области у них праймеры. Потом, чисто теоретически, вирусная мрнк наверняка быстро деградирует. Пробовать нужно. Хотя, кому это нужно, выдирать зубы через задний проход?

  Я бы не стал, все вопросы "почему?" в Google

  Ситуация такая. Есть кДНК образцов. Есть набор для дифференциальной диагностики ВПГ1/ВПГ2 (фирма РЕАЛБЕСТ). Протокол подразумевает использование ДНК. ДНК выделить не удалось (выделяли из соскобов эпителия, которые хранились в Trizol (остались после выделения из них РНК).

Вопрос следующий: можно использовать кДНК???

  Попробовать точно можно - хуже уже не будет, разве не так?    Если там активная вирусная инфекция протекает, то кДНК должно содержать мишень праймеров. Я бы попробовал а не спрашивал тут.

   буду пробовать выделять ДНК из тризола

  Спасибо всем откликнувшимся!!!

Да, я врач. Но моя специальность никак не связана с этим исследованием!  Никто не собирается ставить диагноз пациенту, ибо генитальный герпес и так виден невооруженным глазом.

Работа фундаментальная!!!

Все протоколы были соблюдены. Изначально нужна была РНК, ее и выделяли. А на данном этапе нужно отдифференцировать ВПГ1 от ВПГ 2. А те образцы, в которых ничего не найду, просто исключу из анализа.

Вобщем, буду пробовать выделять ДНК из тризола и ставить ПЦР с тем количеством, которое получится.

  пытаюсь разобраться
Образцы таки залиты тризолом и хранятся или кДНК в наличии?

  После долгого хранения в тризоле ДНК-шаблон будет терять свою реакционную активность в ПЦР. Если бы в тризоле не было ГТЦ - у Вас бы получилось. По моим наблюдениям - в любом аминосодержащем буфере при комнатной температуре время полуинактивации шаблона составляет 2-3 дня (сильно зависит от длины ампликона между праймерами, 2-3 дня это для амликонов 500-700 нуклеотидов, 100-150 нуклеотидов и через месяц стояния в аминных буферах относительно неплохо ПЦРятся).

Если вдруг у Вас появятся специфичные положительные продукты в ПЦР против ДНК-шаблона из тризола - пожалуйста отпишитесь, мне важно это знать.
По-моему сия дама имеет как образцы в тризоле, так и кДНК с них.

  После долгого хранения в тризоле ДНК-шаблон будет терять свою реакционную активность в ПЦР. Если бы в тризоле не было ГТЦ - у Вас бы получилось. По моим наблюдениям - в любом аминосодержащем буфере при комнатной температуре время полуинактивации шаблона составляет 2-3 дня (сильно зависит от длины ампликона между праймерами, 2-3 дня это для амликонов 500-700 нуклеотидов, 100-150 нуклеотидов и через месяц стояния в аминных буферах относительно неплохо ПЦРятся).

Если вдруг у Вас появятся специфичные положительные продукты в ПЦР против ДНК-шаблона из тризола - пожалуйста отпишитесь, мне важно это знать.
По-моему сия дама имеет как образцы в тризоле, так и кДНК с них.

  Точно!
И хоть к Тризолу прилагается протокол для выделения ДНК, выделилась она в концентрации 8-10 нг/мкл максимум... (мерила на нанодропу).

  Герпесвирусы - это ДНК-содержащие вирусы. Причем тут кДНК?